Halaman ini menjelaskan tutorial menggunakan ALELEON Supercomputer via terminal.
Standar Kompetensi dan Persetujuan Prefix
- Tutorial ini mengasumsikan user dapat mengoperasikan terminal Linux.
- Simbol $ menandakan perintah terminal, bracket [ ] menandakan parameter input.
$ command [input-user]
1 | Login SSH
| Langkah Login SSH ALELEON Supercomputer
|
| 1
|
| Aktifkan VPN ALELEON Supercomputer.
|
| 2
|
Gunakan software shell preferensi user.
- Lakukan login ke Login Node dengan kredensial berikut:
| Kredensial Login Node Utama
|
| Username dan password
|
Diberikan oleh admin EFISON
|
| Host untuk user Windows / MacOS
|
aleleon.hpc
|
| Host untuk user Linux
|
10.192.50.10
|
| Nomor port
|
22 (default)
|
Contoh login via terminal:
- User Windows & MacOS ->
$ ssh [username]@aleleon.hpc
- User Linux ->
$ ssh [username]@10.192.50.10
|
|
|
|
Login Node ALELEON Supercomputer mendukung SSH X11:
| User OS
|
Metode
|
| Windows
|
Admin merekomendasi software MobaXTerm Home Edition
|
| MacOS
|
$ ssh -Y [username]@aleleon.hpc
|
| Linux
|
$ ssh -X [username]@10.192.50.10
|
|
|
|
Berikut kredensial Login Node backup ketika yang utama down:
| Kredensial Login Node Backup 1
|
| Username dan password
|
Diberikan oleh admin ALELEON
|
| Host untuk user Windows / MacOS
|
aleleon3.hpc
|
| Host untuk user Linux
|
10.192.50.13
|
| Nomor port
|
22 (default)
|
| Kredensial Login Node Backup 2
|
| Tanpa GPU sehingga tidak dapat compiling / install package GPU
|
| Username dan password
|
Diberikan oleh admin ALELEON
|
| Host untuk user Windows / MacOS
|
aleleon2.hpc
|
| Host untuk user Linux
|
10.192.50.12
|
| Nomor port
|
22 (default)
|
|
2 | Selamat Datang di Login Node
Login SSH membawa user masuk ke Login Node. Pada Login Node, user dapat melakukan:
Manajemen Data dan Folder
User dapat melakukan kegiatan manajemen data:
- Upload dan download data via software FTP. Info lebih lanjut lihat laman Upload File dengan Aplikasi FTP
- Mengatur file dan folder via software FTP atau terminal (cd, mkdir, cp, mv, vim, nano, dan lain-lainnya).
- Kegiatan ini tidak mengurangi Kredit Core Hour.
Mengakses, Compiling, dan Instalasi Software
User dapat melakukan kegiatan mengakses, compiling, dan instalasi software secara lokal di direktori HOME masing-masing.
- Info lebih detail lihat laman <coming soon>
Menjalankan Komputasi
User dapat menjalankan komputasi ke Compute Node melalui manajemen SLURM.
Keterangan:
- Dimohon untuk tidak menjalankan komputasi selain compiling di semua jenis Login Node karena mempunyai spesifikasi terbatas dan akan mengganggu user lainnya.
- Admin EFISON berhak memberikan peringatan kepada user atau menghentikan program user yang memakan semua resources Login Node dalam waktu lama.
|
3 | Menjalankan Komputasi ke Compute Node via SLURM
User menjalankan job komputasi ke Compute Node melalui program manajemen atau scheduler SLURM.
Tutorial Spesifik per Software Komputasi
User dapat melihat tutorial menjalankan komputasi masing-masing software komputasi di laman Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan:
Tutorial Umum
Berikut menjabarkan tutorial umum menjalankan komputasi melalui SLURM.
| Langkah Menjalankan Komputasi melalui SLURM di Terminal
|
| 1
|
Menyiapkan File Komputasi
Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:
- File input dan data komputasi.
- User dapat upload / download file ke ALELEON dengan software FTP.
- Membuat SLURM Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
| Contoh SLURM Submit Script dengan software CP2K
|
#!/bin/bash
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# CP2K (versi CPU) | rev.080124
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
# User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
# Definisi file untuk menampung output error log
#SBATCH --error=error-%j.txt
# Nama input file CP2K yang dijalankan
INPUT_FILE="////.inp"
# Memuat modul software CP2K versi CPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul CP2K" di atas
module load cp2k////
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
# Perintah menjakankan CP2K
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} cp2k.zen2 ${INPUT_FILE}
|
|
| 2
|
Menjalankan Job Komputasi
Jalankan job dengan perintah sbatch.
$ sbatch <nama-SLURM-Submit-script>
Contoh menjalankan nama script my_job_submission.sh.
$ sbatch my_job_submission.sh
|
| 3A
|
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
- Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ squeue -ul $USER
Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
Daftar STATE squeue SLURM
| STATE
|
Kepanjangan
|
Penjelasan
|
| R
|
RUN
|
Job berjalan
|
| PD
|
PENDING
|
Job tertahan, lihat keterangan NODELIST(REASON)
|
| CG
|
COMPLETING
|
Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
|
| CA
|
CANCELED
|
Job dibatalkan oleh user
|
| PR
|
PREEMPETED
|
Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
|
| S
|
SUSPENDED
|
Job ditahan oleh admin EFISON
|
|
| 3B
|
Menghentikan Job Komputasi
Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
- Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
- User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
$ scancel <job-ID-submission-user>
Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.
$ scancel 231
|
Support dan Laporan Kendala Penggunaan
Apabila terdapat masalah teknis dalam menggunakan ALELEON Supercomputer, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
