R: Perbedaan antara revisi

Revisi per 15 Januari 2024 09.43

R adalah bahasa interpreter yang didesain untuk mengerjakan komputasi statistika. Pada perkembangannya, bahasa R digunakan untuk pengolahan data di bidang data science. Software R didukung oleh The R Foundation for Statistical Computing.

Modul R

Berikut adalah detail versi R yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul R
Versi	Nama modul	Dukungan hardware
Versi	Nama modul	CPU	GPU	OMP Threading	MPI multi-node
4.3.0 "Already Tomorrow"	R/4.3.0-GCC11.3-MKL	V	-	-	V melalui RMPI¹

Keterangan:

RMPI dapat dicapai dengan pemrograman R dari pihak user menggunakan wrapper Rmpi.

Instalasi Library Package R

Instalasi library R pada ALELEON Supercomputer dapat dilakukan dengan dua alternatif cara:

Melayangkan permintaan instalasi package ke admin melalui email support@efisonlt.com; atau
Melakukan instalasi mandiri di Login Node dengan langkah berikut (klik expand atau kembangkan):

Langkah instalasi mandiri Library Package R di Login Node

*tidak menggunakan Kredit Core Hour

0

Instalasi package dilakukan melalui terminal.

Bagi user yang login ke web EFIRO, buka menu Clusters > Aleleon Shell Access.

1

Aktifkan R dengan memuat modul versi R yang akan digunakan.

Versi	Perintah Terminal
4.3.0	`$ module load R/4.3.0-GCC11.3-MKL`

2

Jalankan R dan lakukan instalasi package dengan format perintah standar:

$ R 
> install.packages('nama-package-yang-akan-diinstal')

Package akan terinstal di direktori HOME user.

Bagi user yang pertama kali melakukan instalasi package R:

Akan terdapat prompt untuk mengarahkan instalasi ke personal library, jawab yes.

Warning in install.packages("benchmarkme") :
  'lib = "/comp/R/4.1.2-GCC10-MKL/lib64/R/library"' is not writable
Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) yes

Kemudian R akan meminta izin untuk membuat personal library di HOME user. Jawab yes.

Would you like to create a personal library
‘~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1’
to install packages into? (yes/No/cancel) yes

Alternatif Menjalankan R di ALELEON Supercomputer

ALELEON Supercomputer menawarkan user untuk menjalankan R dengan pilihan skema:

--- Menjalankan R melalui Job Submission
Menjalankan file R siap jalan melalui scheduler SLURM. Berjalan di Compute Node: Dengan alokasi hingga CPU 128 core dan RAM 500GB R versi MPI (RMPI) dapat berjalan paralel hingga CPU 384 core.
Menjalankan R dengan sesi interaktif Jupyter
Menjalankan R melalui sesi interaktif via Jupyter Notebook atau Lab. Berjalan di Interactive Node: Torti dengan spesifikasi CPU 32 core dan RAM 64GB.

Menjalankan R Melalui Job Submission

User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui tampilan terminal atau website EFIRO (klik expand atau kembangkan).

Opsi menggunakan terminal (SLURM sbatch)

Langkah Menjalankan R di Terminal

0

Login SSH

Tatacara login SSH lihat laman Login SSH ALELEON Supercomputer.

1

Menyiapkan File Komputasi dan Library Package R

Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:

File input dan data komputasi.
- User dapat upload / download file ke ALELEON dengan software FTP.
Membuat SLURM Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
- Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh my_job_submission.sh
Lakukan instalasi library package R yang dibutuhkan job komputasi user
- Langkah lihat subbab Instalasi Library Package R di atas.

$ mkdir kerjaanskripsi
$ cd kerjaanskripsi
$ touch my_job_submission.sh

... upload / menyiapkan / edit input dan komputasi ...

2

Template SLURM Submit Script R

Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.

Template SLURM Submit Script untuk R

#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# R | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file R yang dijalankan
INPUT_FILE="////.R"

# Memuat modul software R
# Daftar modul lihat subbab "Modul R" di atas 
module load R////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan R
Rscript ${INPUT_FILE}

Template SLURM Submit Script untuk R versi MPI (RMPI)

#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# R versi MPI (RMPI) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file R yang dijalankan
INPUT_FILE="////.R"

# Memuat modul software R
# Daftar modul lihat subbab "Modul R" di atas 
module load R////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Memuat modul OpenMPI default
module load OpenMPI

# Perintah menjakankan R
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} Rscript ${INPUT_FILE}

Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk R

Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
Skenario Komputasi	ntasks (CPU)	mem (RAM)	gpus (GPU)	time (time limit)
Fair policy usage untuk akumulasi semua job¹	128	128GB	2	3-00:00:00 atau 72:00:00
R biasa	128	240GB	0
R biasa di high-mem node Tambahkan `#SBATCH --nodelist=epyc001`	128	500GB	0
R versi MPI (RMPI)²	384	240GB²	0
Keterangan: Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer. User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih. Info detail buka laman Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer RMPI mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128: SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node. Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node. Info detail buka laman MPI ALELEON Supercomputer.
Keterangan tambahan
Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour: SLURM akan menahan job apabila: ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user. gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user. Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah: $ sausage Info SBATCH lebih detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer

3

Menjalankan Job Komputasi

Jalankan job dengan perintah sbatch.

$ sbatch <nama-SLURM-Submit-script>

Contoh menjalankan nama script my_job_submission.sh.

$ sbatch my_job_submission.sh

4A

User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.

Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.

$ squeue -ul $USER

Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:

Daftar STATE squeue SLURM
STATE	Kepanjangan	Penjelasan
R	RUN	Job berjalan
PD	PENDING	Job tertahan, lihat keterangan NODELIST(REASON)
CG	COMPLETING	Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
CA	CANCELED	Job dibatalkan oleh user
PR	PREEMPETED	Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
S	SUSPENDED	Job ditahan oleh admin EFISON

4B

Menghentikan Job Komputasi

Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.

Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.

User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.

$ scancel <job-ID-submission-user>

Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.

$ scancel 231

4C

Tips: Apabila program R gagal berjalan karena ada package R yang belum terinstal:

File output dari SBATCH error dapat merekap package R apa saja yang belum terinstal.
Berdasarkan info tersebut, lakukan instalasi package R.

Opsi menggunakan Web EFIRO (FIRO Job Composer)

Langkah Menjalankan R di Web EFIRO

0

Login Web EFIRO

User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer.
Buka alamat web http://aleleon.ood lalu masukkan username dan password user.
- Bagi user Linux, buka alamat http://10.192.50.11

1

Membuka Job Composer dan Memilih Template Job

Buka menu Jobs > Jobs Composer pada dashboard EFIRO.
Pilih New Job > From Template

Menu Jobs > Jobs Composer

Menu New Jobs > From Template

2

PIlih template R yang diinginkan.

Isi atau ganti kolom Job Name sesuai keinginan user.
Apabila sudah selesai, klik Create New Job.

Template R yang tersedia
Nama Template	Penjelasan
R 4.3.0 "Already Tomorrow"	Menjalankan R versi 4.3.0
RMPI 4.3.0 "Already Tomorrow"	Menjalankan R versi 4.3.0 dengan MPI

3

Menyiapkan File Komputasi dan Library Package R

Gunakan menu Edit Files untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.

Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas 2GB per file.
- Gunakan aplikasi FTP untuk upload file tunggal diatas 2GB.

Gunakan menu Open Terminal untuk melakukan instalasi library package R yang dibutuhkan.

Langkah lihat subbab Instalasi Library Package R di atas.

4

Melengkapi Submit Script

Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.

Lengkapi Submit Script melalui menu Open Editor.
Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
Jangan lupa klik Save setiap sekali mengubah script.

Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk R

Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
Skenario Komputasi	ntasks (CPU)	mem (RAM)	gpus (GPU)	time (time limit)
Fair policy usage untuk akumulasi semua job¹	128	128GB	2	3-00:00:00 atau 72:00:00
R biasa	128	240GB	0
R biasa di high-mem node Tambahkan `#SBATCH --nodelist=epyc001`	128	500GB	0
R versi MPI (RMPI)²	384	240GB²	0
Keterangan: Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer. User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih. Info detail buka laman Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer RMPI mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128: SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node. Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node. Info detail buka laman MPI ALELEON Supercomputer.
Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour: SLURM akan menahan job apabila: ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user. gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user. Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu `Open Terminal` dan jalankan perintah: $ sausage Info SBATCH lebih detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer

5

Menjalankan Job Komputasi

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Status Arti

Not Submitted Job belum pernah dijalankan.

Running Job berjalan.

Queue

Job mengantri dan belum berjalan.

Langkah melihat status job ketika queue
Buka `Jobs > Active Jobs` pada dashboard EFIRO. Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini Halaman Active Jobs. Ubah opsi `Your jobs` untuk melihat status job user saja. Klik simbol > untuk melihat status job pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.

Completed Job selesai berjalan.

Failed Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

Menghentikan Job Komputasi

Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop.

6A

Melihat Output Komputasi

User dapat melihat output file komputasi pada kolom Folder Contents

Atau dengan membuka Edit Files

Kolom Folder Contents.

6B

Tips: Apabila program R gagal berjalan karena ada package R yang belum terinstal:

File output dari SBATCH error dapat merekap package R apa saja yang belum terinstal.
Berdasarkan info tersebut, lakukan instalasi package R.

6C User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama dengan mengklik kembali tombol Submit.

Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email

SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:

#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user> 
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL

SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:

BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.

Menjalankan R dengan Sesi Interaktif Jupyter

Terdapat 2 langkah untuk menjalankan R melalui sesi interaktif Jupyter yaitu:

Melakukan instalasi package IRKernel ketika pertama kali menggunakan Jupyter untuk R.
Memulai sesi interaktif Jupyter Notebook atau Lab pada web EFIRO.

---

Instalasi Package IRkernel pertama kali

Berikut adalah langkah untuk instalasi package IRKernel (klik expand atau kembangkan):

Langkah instalasi package IRkernel R untuk masing-masing user

0

Instalasi package dilakukan melalui terminal.

Bagi user yang login ke web EFIRO, buka menu Clusters > Aleleon Shell Access.

1

Aktifkan R dengan memuat modul versi R yang akan digunakan.

Versi	Perintah Terminal
4.3.0	`$ module load R/4.3.0-GCC11.3-MKL`

2

Aktifkan modul Anaconda terbaru:

$ module load Anaconda3

2

Jalankan R dan lakukan instalasi package dengan format perintah standar:

$ R 
> install.packages('IRkernel')
> IRkernel::installspec()
> q()

3

Buat file R profile di direktori HOME user:

$ cd
$ touch ~/.Rprofile
$ echo "options(bitmapType='cairo')" >> ~/.Rprofile

---

Memulai Sesi Jupyter

Berikut adalah langkah untuk memulai sesi Jupyter dengan kernel R:

Langkah Memulai Sesi Interaktif Jupyter

0

Login Web EFIRO

User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer.
Buka alamat web http://aleleon.ood lalu masukkan username dan password user.
- Bagi user Linux, buka alamat http://10.192.50.11

1

Buka menu Interactive Apps

Silahkan pilih Jupyter Notebook atau Lab sesuai referensi pribadi user.

2

Mengisi Formulir Sesi Interaktif Jupyter

Isi formulir untuk memulai sesi Jupyter dengan panduan berikut:

Panduan Formulir Menggunakan Torti (Interactive Node CPU)

Partition -> torti
Number of CPU Cores -> Min: 1, maks: 32
Number of GPUs -> kosongkan
Number of hours (Durasi sesi interaktif) -> Min: 1, maks: 72
Anaconda Selection -> Pilih versi terbaru
Conda Environment Directory -> kosongkan

Software Modules
- Isi dengan versi R yang akan digunakan

Versi	Nama software modules
4.3.0	`R/4.3.0-GCC11.3-MKL`

Environment Setup -> kosongkan
Email Address
- Sistem mengirim notifikasi ke email user ketika sesi Jupyter siap diakses.
- Apabila butuh, isi dengan email user

Perhatikan sisa Kredit Core Hour user!
Bagi akun perseorangan, sesi Jupyter tidak akan berjalan apabila: Number of CPU cores * Number of Hour lebih besar dari sisa CPU Core Hour user. Number of GPUs * Number of Hour lebih besar dari sisa GPU Hour user. Cek sisa Kredit Core Hour user dengan langkah: Buka `Clusters` > `Aleleon Shell Access` pada dasboard EFIRO. Jalankan perintah: $ sausage

4

Memulai Sesi Interaktif Jupyter

Apabila formulir sudah terisi, klik tombol Launch untuk memulai sesi Jupyter.

User akan diarahkan ke halaman My Interactive Sessions.
Tunggu hingga sesi Jupyter siap diakses.

Status sesi Jupyter mengantri menunggu alokasi hardware

5

Apabila status menunjukkan Running atau kolom berwarna hijau, klik Connect to Jupyter.

Sistem mulai menghitung Core Hour saat status sesi Jupyter menunjukkan running.

Sesi Jupyter siap diakses.

6

Pilih Notebook R untuk memulai sesi notebook R baik di Jupyter Notebook dan Lab.

Gunakan Notebook R untuk menjalankan kernel R di Jupyter Notebook

Gunakan Notebook R untuk menjalankan kernel R di Jupyter Lab

7A

Mengakses Kembali Sesi Interaktif Jupyter yang Berjalan

User dapat mengunjungi sesi Jupyter yang sedang berjalan di My Interactive Sessions

7B

Menghentikan Sesi Interaktif Jupyter

User dapat menghentikan sesi Jupyter yang sedang berjalan dengan klik tombol Delete

Klik tombol Delete untuk menghentikan sesi Jupyter yang sedang berjalan

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi R, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:

support@efisonlt.com

Kontributor

EFISON mengucapkan terima kasih kepada para kontributor untuk pengujian R di ALELEON Supercomputer yang kemudian menjadi dasar penulisan tutorial di halaman ini:

Tim Sadasa Academy.

@@ Baris 639: / Baris 639: @@
 |}
 {| class="wikitable"
-!Perhatikan sisa Kredit Core Hour user!
+!''Perhatikan sisa Kredit Core Hour user!''
 |-
 | Bagi akun perseorangan, sesi Jupyter tidak akan berjalan apabila:
@@ Baris 658: / Baris 658: @@
 * User akan diarahkan ke halaman '''<code>My Interactive Sessions</code>'''.
 *Tunggu hingga sesi Jupyter siap diakses.
-[[Berkas:JNqueue.png|nir|jmpl|''Status sesi Jupyter mengantri menunggu alokasi hardware'']]
+[[Berkas:Jupyternotebookqueue.png|nir|jmpl|''Status sesi Jupyter mengantri menunggu alokasi hardware'']]
 |-
 |'''5'''
 |Apabila status menunjukkan '''Running''' atau kolom berwarna hijau, klik <code>'''Connect to Jupyter'''</code>.
 *''Sistem mulai menghitung Core Hour saat status sesi Jupyter menunjukkan running.''
-[[Berkas:JNrun.png|nir|jmpl|''Sesi Jupyter siap diakses.'']]
+[[Berkas:Newjupyter120124.png|nir|jmpl|''Sesi Jupyter siap diakses.'']]
 |-
 |'''6'''
@@ Baris 678: / Baris 678: @@
 |
 ====Menghentikan Sesi Interaktif Jupyter====
-User dapat menghentikan sesi Jupyter yang sedang berjalan dengan klik tombol '''<code>Delete</code>'''[[Berkas:JNrun.png|nir|jmpl|''Klik tombol '''<code>Delete</code>''' untuk menghentikan sesi Jupyter yang sedang berjalan'']]
+User dapat menghentikan sesi Jupyter yang sedang berjalan dengan klik tombol '''<code>Delete</code>'''[[Berkas:Newjupyter120124.png|nir|jmpl|''Klik tombol '''<code>Delete</code>''' untuk menghentikan sesi Jupyter yang sedang berjalan'']]
 |}
 =='''Pelaporan Kendala dan Support'''==

Article tools

Perkakas pribadi

Navigasi

Perkakas

R: Perbedaan antara revisi

Revisi per 15 Januari 2024 09.43

Daftar isi

Modul R

Instalasi Library Package R

Alternatif Menjalankan R di ALELEON Supercomputer

Menjalankan R Melalui Job Submission

Opsi menggunakan terminal (SLURM sbatch)

Login SSH

Menyiapkan File Komputasi dan Library Package R

Template SLURM Submit Script R

Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk R

Menjalankan Job Komputasi

Menghentikan Job Komputasi

Opsi menggunakan Web EFIRO (FIRO Job Composer)

Login Web EFIRO

Membuka Job Composer dan Memilih Template Job

Menyiapkan File Komputasi dan Library Package R

Melengkapi Submit Script

Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk R

Menjalankan Job Komputasi

Menghentikan Job Komputasi

Melihat Output Komputasi

Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email

Menjalankan R dengan Sesi Interaktif Jupyter

Instalasi Package IRkernel pertama kali

Memulai Sesi Jupyter

Login Web EFIRO

Mengisi Formulir Sesi Interaktif Jupyter

Memulai Sesi Interaktif Jupyter

Mengakses Kembali Sesi Interaktif Jupyter yang Berjalan

Menghentikan Sesi Interaktif Jupyter

Pelaporan Kendala dan Support

Kontributor