COMCOT: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(italic deskripsi gambar)
Baris 36: Baris 36:
|'''0'''
|'''0'''
|
|
=====Login SSH=====
Lakukan [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_|_Login_SSH '''login SSH ke ALELEON Supercomputer'''].
Tatacara login SSH lihat laman [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_|_Login_SSH '''Login SSH ALELEON Supercomputer'''].
|-
|-
|'''1'''
|'''1'''
|
|
=====Menyiapkan File Komputasi=====
Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user
Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:
*User dapat upload / download file dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
*File input dan data komputasi.
**User dapat upload / download file ke ALELEON dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
* Membuat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
**Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
|-
|-
| rowspan="2" |'''2'''
| rowspan="2" |'''2'''
|
|
=====Template SLURM Submit Script COMCOT =====
Buat '''Slurm Submit Script''' yaitu "formulir" untuk menjalankan komputasi.
Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.
 
* Format file .sh (bash), nama bebas. Contoh: <code>my_job_submission.sh</code>
* Berikut contoh template untuk COMCOT, ikuti petunjuk NOTES di dalamnya:
 
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script untuk COMCOT
!Template Submit Script untuk COMCOT
|-
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
Baris 102: Baris 100:
|-
|-
|
|
=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH=====
 
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time  
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time  
Baris 148: Baris 146:
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah:
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah '''<code>sausage</code>'''
$ '''sausage'''
 
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
|}
|}
Baris 155: Baris 153:
|'''3'''
|'''3'''
|
|
=====Menjalankan Job Komputasi=====
Jalankan job dengan perintah sbatch:
Jalankan job dengan perintah sbatch.
  $ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
  $ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
Contoh menjalankan script <code>my_job_submission.sh</code>.
  $ sbatch my_job_submission.sh
  $ sbatch my_job_submission.sh
|-
|-
|'''4A'''
|'''4A'''
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue:
*Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
  $ '''squeue -ul $USER'''
  $ '''squeue -ul $USER'''
Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
*Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang sedang berjalan / antri.
 
* Berikut adalah daftar STATE (ST) yang menunjukkan status jalannya job:
 
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Daftar STATE squeue SLURM
|+Daftar STATE squeue Slurm
!STATE  
! colspan="2" |STATE  
!Kepanjangan
!Penjelasan
!Penjelasan
|-
|-
| R
| R  
|RUN
|RUN
|Job berjalan
|Job berjalan
|-
|-
|PD
|PD  
|PENDING
|PENDING
|Job tertahan, lihat keterangan [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|Job tertahan, lihat keterangan [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|-
|-
|CG
|CG  
| COMPLETING
|COMPLETING
|Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
|Job selesai dan dalam proses clean-up
|-
|-
|CA
|CA  
|CANCELED
|CANCELED
|Job dibatalkan oleh user
|Job dibatalkan oleh user
|-
|-
|PR
|PR  
|PREEMPETED
|PREEMPETED
|Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
|Job dibatalkan oleh admin EFISON.
 
* alasan dikabarkan melalui email ke user.
|-
|-
|S
|S  
|SUSPENDED  
|SUSPENDED
|Job ditahan oleh admin EFISON
|Job ditahan oleh admin EFISON
|}
|}
Baris 199: Baris 199:
|'''4B'''
|'''4B'''
|
|
=====Menghentikan Job Komputasi=====
Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel:
Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
$ '''scancel <''job-ID-submission-user''>'''
*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
*User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
*User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
$ '''scancel <''job-ID-submission-user''>'''
*Contoh user membatalkan job submission ID 231:
Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.
  $ scancel 231
  $ scancel 231
|}
|}

Revisi per 23 Februari 2024 09.28

COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid) adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode Shallow Water Equations.

Modul COMCOT

Berikut adalah detail versi COMCOT yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Versi Nama modul Modul

DEFAULT

Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

1.7 comcot/1.7cpu V V - - -

Menjalankan COMCOT

User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO (klik expand atau kembangkan).

Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)

Langkah Menjalankan COMCOT di Terminal

Sbatch Terminal.png

0

Lakukan login SSH ke ALELEON Supercomputer.

1

Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user

2

Buat Slurm Submit Script yaitu "formulir" untuk menjalankan komputasi.

  • Format file .sh (bash), nama bebas. Contoh: my_job_submission.sh
  • Berikut contoh template untuk COMCOT, ikuti petunjuk NOTES di dalamnya:
Template Submit Script untuk COMCOT 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# COMCOT | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Memuat modul software COMCOT
# Daftar modul lihat subbab "Modul COMCOT" di atas 
module load comcot////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan COMCOT
comcot
Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
Skenario Komputasi ntasks

(CPU)

mem

(RAM)

gpus

(GPU)

time

(time limit)

Fair policy usage untuk akumulasi semua job1 128 128GB 2 3-00:00:00

atau

72:00:00

COMCOT 128 240GB 0
COMCOT di high-mem node
  • Tambahkan #SBATCH --nodelist=epyc001
 128 500GB 0
Keterangan:
  1. Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
Keterangan tambahan
  • Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:
    • SLURM akan menahan job apabila:
      • ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
      • gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
    • Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah sausage
3

Jalankan job dengan perintah sbatch: 

$ sbatch <nama-SLURM-Submit-script>

Contoh menjalankan script my_job_submission.sh. 

$ sbatch my_job_submission.sh
4A User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue: 
$ squeue -ul $USER
  • Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang sedang berjalan / antri.
  • Berikut adalah daftar STATE (ST) yang menunjukkan status jalannya job:
Daftar STATE squeue Slurm
STATE Penjelasan
R RUN Job berjalan
PD PENDING Job tertahan, lihat keterangan NODELIST(REASON)
CG COMPLETING Job selesai dan dalam proses clean-up
CA CANCELED Job dibatalkan oleh user
PR PREEMPETED Job dibatalkan oleh admin EFISON.
  • alasan dikabarkan melalui email ke user.
S SUSPENDED Job ditahan oleh admin EFISON
4B

Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel: 

$ scancel <job-ID-submission-user>
  • Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
  • User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
  • Contoh user membatalkan job submission ID 231:
$ scancel 231

Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)

Langkah Menjalankan COMCOT di Web EFIRO

Efirojobcomposer3.png

0
Login Web EFIRO
1

Membuka Job Composer dan Memilih Template Job

  • Buka menu Jobs > Jobs Composer pada dashboard EFIRO.
  • Pilih New Job > From Template
Menu Jobs > Jobs Composer
Menu New Jobs > From Template
2 Jcselecttemplate3.png
  • PIlih template COMCOT yang diinginkan.
  • Isi atau ganti kolom Job Name sesuai keinginan user.
  • Apabila sudah selesai, klik Create New Job.
Template COMCOT yang tersedia
Nama Template Penjelasan
COMCOT 1.7 (CPU) Menjalankan COMCOT 1.7 versi CPU
3
Menyiapkan File Komputasi

Jcjoboption3.png

Gunakan menu Edit Files untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.

  • Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
  • Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas 2GB per file.
4
Melengkapi Submit Script

Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.

  • Lengkapi Submit Script melalui menu Open Editor.
  • Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
  • Jangan lupa klik Save setiap sekali mengubah script.

Panduan Nilai Maksimal SBATCH
Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
Skenario Komputasi ntasks

(CPU)

mem

(RAM)

gpus

(GPU)

time

(time limit)

Fair policy usage untuk akumulasi semua job1 128 128GB 2 3-00:00:00

atau

72:00:00

COMCOT 128 240GB 0
COMCOT di high-mem node
  • Tambahkan #SBATCH --nodelist=epyc001
 128 500GB 0
Keterangan:
  1. Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
Keterangan tambahan
  • Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:
    • SLURM akan menahan job apabila:
      • ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
      • gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
    • Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu Open Terminal dan jalankan perintah:
$ sausage

Jcjoboption4.png

5
Menjalankan Job Komputasi

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Penjelasan kolom Status, pantau dengan refresh halaman job
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Langkah melihat status job ketika queue
Buka Jobs > Active Jobs pada dashboard EFIRO.
  • Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini
Halaman Active Jobs. Ubah opsi Your jobs untuk melihat status job user saja. Klik simbol > untuk melihat status job pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
Menghentikan Job Komputasi

Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop.

Stop.png

6A
Melihat Output Komputasi

User dapat melihat output file komputasi pada kolom Folder Contents

  • Atau dengan membuka Edit Files
Kolom Folder Contents.
6B User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama dengan mengklik kembali tombol Submit.

Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email

SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:

#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user> 
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL

SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:

  • BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
  • END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
  • FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
  • TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
  • TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=COMCOT&oldid=1386"