COMCOT: Perbedaan antara revisi

Revisi per 23 Februari 2024 09.54

COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid) adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode Shallow Water Equations.

Modul COMCOT

Berikut adalah detail versi COMCOT yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Versi	Nama modul	Modul DEFAULT	Dukungan hardware
Versi	Nama modul	Modul DEFAULT	CPU	GPU	OMP Threading	MPI multi-node
1.7	comcot/1.7cpu	V	V	-	-	-

Menjalankan COMCOT

User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO (klik expand atau kembangkan).

Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)

Langkah Menjalankan COMCOT di Terminal

0

Lakukan login SSH ke ALELEON Supercomputer.

1

Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user

User dapat upload / download file dengan software FTP.

2

Buat Slurm Submit Script yaitu "formulir" untuk menjalankan komputasi.

Format file .sh (bash), nama bebas. Contoh: my_job_submission.sh
Berikut contoh template untuk COMCOT, ikuti petunjuk NOTES di dalamnya:

Template Submit Script untuk COMCOT

#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# COMCOT | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Memuat modul software COMCOT
# Daftar modul lihat subbab "Modul COMCOT" di atas 
module load comcot////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan COMCOT
comcot

Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
Skenario Komputasi	ntasks (CPU)	mem (RAM)	gpus (GPU)	time (time limit)
Fair policy usage¹	128	128GB	2	3-00:00:00 atau 72:00:00
COMCOT	128	240GB	0
COMCOT di high-mem node, tambahkan: `#SBATCH --nodelist=epyc001`	128	500GB	0
Keterangan: Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer. Berlaku untuk akumulasi semua job user yang berjalan. Dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih. Info detail buka laman Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer.
Keterangan tambahan
Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour: SLURM akan menahan job apabila: ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user. gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user. Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah `sausage` Info SBATCH lebih detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer

3

Jalankan job dengan perintah sbatch:

$ sbatch <nama-SLURM-Submit-script>

Contoh menjalankan script my_job_submission.sh

$ sbatch my_job_submission.sh

4A

User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue:

$ squeue -ul $USER

Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang sedang berjalan / antri.

Berikut adalah daftar STATE (ST) yang menunjukkan status jalannya job:

Daftar STATE squeue Slurm
STATE		Penjelasan
R	RUN	Job berjalan
PD	PENDING	Job tertahan, lihat keterangan NODELIST(REASON)
CG	COMPLETING	Job selesai dan dalam proses clean-up
CA	CANCELED	Job dibatalkan oleh user
PR	PREEMPETED	Job dibatalkan oleh admin EFISON. alasan dikabarkan melalui email ke user.
S	SUSPENDED	Job ditahan oleh admin EFISON

4B

Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel:

$ scancel <job-ID-submission-user>

Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
User hanya bisa memb231atalkan job submission milik user sendiri.
Contoh user membatalkan job submission ID 231:

$ scancel 231

Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)

Langkah Menjalankan COMCOT di Web EFIRO

0

Login Web EFIRO

User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer.
Buka alamat web http://aleleon.ood lalu masukkan username dan password user.
- Bagi user Linux, buka alamat http://10.192.50.11

1

Membuka Job Composer dan Memilih Template Job

Buka menu Jobs > Jobs Composer pada dashboard EFIRO.
Pilih New Job > From Template

Menu Jobs > Jobs Composer

Menu New Jobs > From Template

2

PIlih template COMCOT yang diinginkan.
Isi atau ganti kolom Job Name sesuai keinginan user.
Apabila sudah selesai, klik Create New Job.

Template COMCOT yang tersedia
Nama Template	Penjelasan
COMCOT 1.7 (CPU)	Menjalankan COMCOT 1.7 versi CPU

3

Menyiapkan File Komputasi

Gunakan menu Edit Files untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.

Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas 2GB per file.
- Gunakan aplikasi FTP untuk upload file tunggal diatas 2GB.

4

Melengkapi Submit Script

Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.

Lengkapi Submit Script melalui menu Open Editor.
Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
Jangan lupa klik Save setiap sekali mengubah script.

Panduan Nilai Maksimal SBATCH

Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
Skenario Komputasi	ntasks (CPU)	mem (RAM)	gpus (GPU)	time (time limit)
Fair policy usage untuk akumulasi semua job¹	128	128GB	2	3-00:00:00 atau 72:00:00
COMCOT	128	240GB	0
COMCOT di high-mem node Tambahkan `#SBATCH --nodelist=epyc001`	128	500GB	0
Keterangan: Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer. User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih. Info detail buka laman Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer.
Keterangan tambahan
Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour: SLURM akan menahan job apabila: ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user. gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user. Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu `Open Terminal` dan jalankan perintah: $ sausage Info SBATCH lebih detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer

5

Menjalankan Job Komputasi

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Status Arti

Not Submitted Job belum pernah dijalankan.

Running Job berjalan.

Queue

Job mengantri dan belum berjalan.

Langkah melihat status job ketika queue
Buka `Jobs > Active Jobs` pada dashboard EFIRO. Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini Halaman Active Jobs. Ubah opsi `Your jobs` untuk melihat status job user saja. Klik simbol > untuk melihat status job pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.

Completed Job selesai berjalan.

Failed Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

Menghentikan Job Komputasi

Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop.

6A

Melihat Output Komputasi

User dapat melihat output file komputasi pada kolom Folder Contents

Atau dengan membuka Edit Files

Kolom Folder Contents.

6B User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama dengan mengklik kembali tombol Submit.

Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email

SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:

#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user> 
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL

SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:

BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:

support@efisonlt.com

@@ Baris 114: / Baris 114: @@
 (time limit)
 |-
-|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
+|Fair policy usage<sup>''1''</sup>
 |128
 |128GB
@@ Baris 128: / Baris 128: @@
 |0
 |-
-|COMCOT di high-mem node
+|COMCOT di high-mem node, tambahkan:
-*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
+<code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
 |128
 |500GB
@@ Baris 136: / Baris 136: @@
 | colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
 #Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
-#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
+#*Berlaku untuk akumulasi semua job user yang berjalan.
+#*Dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
 #*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']].
 |-
@@ Baris 155: / Baris 156: @@
 Jalankan job dengan perintah sbatch:
   $ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
-Contoh menjalankan script <code>my_job_submission.sh</code>.
+Contoh menjalankan script <code>my_job_submission.sh</code>
-  $ sbatch my_job_submission.sh
+  $ sbatch ''my_job_submission.sh''
 |-
 |'''4A'''
@@ Baris 202: / Baris 203: @@
   $ '''scancel <''job-ID-submission-user''>'''
 *Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
-*User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
+*User hanya bisa memb231atalkan job submission milik user sendiri.
 *Contoh user membatalkan job submission ID 231:
-  $ scancel 231
+  $ scancel ''231''
 |}
 === Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer) ===

Article tools

Perkakas pribadi

Navigasi

Perkakas