Submit Script ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
 
(44 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 1: Baris 1:
Salah satu seni dalam menggunakan superkomputer adalah '''user menentukan sendiri alokasi resources untuk menjalankan job''' seperti '''jumlah core CPU, RAM, GPU, walltime, file output, notifikasi email, threading CPU, dll'''. Analogikan seperti kita hendak pesan bungkus di warung makan nasi padang di mana kita menentukan sendiri berapa porsi yang mau dibungkus, jenis lauk, dan jumlahnya.   
[[Berkas:Slurm.jpg|nirbing|400x400px]]    
=='''Resources ALELEON Supercomputer'''==
 
Sebelum menentukan alokasi resource job, user harus mengetahui spesifikasi hardware dari ALELEON Supercomputer yang dijelaskan pada tabel dibawah ini.
Halaman ini menjelaskan panduan memahami '''Submit Script''' yang merupakan 'formulir' untuk menjalankan komputasi ke Compute Node menggunakan '''sistem manajemen Slurm'''. 
{| class="wikitable"
|+Partisi Hardware dan Resources ALELEON Supercomputer
!Partisi
!Keterangan
!Jumlah Node
!Jumlah Core Fisik CPU
per node
!Jumlah Core Thread CPU
per node
!Kapasitas RAM
per node
!Jumlah GPU
per node
|-
|'''epyc''' (DEFAULT)
|compute node '''CPU'''
|3
|64
|128
|250GB
|0
|-
|'''gpu_ampere'''
|compute node '''GPU'''
|1
|64
|128
|125GB
|2
|}
Keterangan:


* '''Partisi adalah pengelompokan jenis Compute Node.''' Partisi epyc khusus untuk komputasi CPU sedangkan Partisi gpu_ampere mempunyai GPU.
=='''Struktur Submit Script'''==
* '''Secara default, komputasi pada ALELEON Supercomputer diarahkan ke Partisi epyc.''' Gunakan parameter SBATCH partition untuk menggunakan Partisi gpu_ampere (penjelasan di bawah).
Submit Script mempunyai 4 bagian utama:


* '''Istilah node digunakan sebagai satuan jumlah server'''. Contoh, Partisi epyc mempunyai 3 node yang artinya mempunyai 3 unit server.
#Header '''#!/bin/bash''' karena script ini ditulis dengan '''bahasa bash'''.  
#'''Parameter SBATCH''' untuk mengalokasikan resources job seperti CPU, RAM, GPU, time, dll.
#*''User menentukan sendiri jumlah alokasi komputasi (CPU, RAM, GPU, time limit) yang akan dipakai asalkan tidak melebihi limit.''
# Apabila butuh, memuat modul software untuk menjalankan komputasi user dengan '''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Module_Environment#Module_Environment_di_SLURM_Submit_Script Module Environment]'''
# Alur perintah jalannya program user.


== '''Core Thread CPU pada ALELEON Supercomputer''' ==
[[Berkas:Slurmsubmitscript.png|al=|nir|jmpl|''Struktur dan contoh SLURM Submit Script'']]
EFISON menggunakan CPU [https://www.amd.com/en/products/cpu/amd-epyc-7702p '''AMD EPYC 7702P'''] pada Partisi epyc dan [https://www.amd.com/en/products/cpu/amd-ryzen-threadripper-3990x '''AMD Threadripper 3990X'''] pada Partisi gpu_ampere'''.''' EFISON mengaktifkan '''SMT (Simultaneous Multi-Threading)''' pada semua CPU AMD di ALELEON Supercomputer sehingga masing-masing CPU mempunyai '''2 core thread per 1 core fisik'''.
== '''Parameter SBATCH esensial''' ==
Parameter SBATCH berfungsi untuk mengatur alokasi komputasi (CPU, RAM, GPU, time limit) dan output program. SLURM mempunyai ratusan opsi untuk parameter SBATCH dimana tutorial ini memberikan daftar SBATCH yang esensial untuk menjalankan komputasi di ALELEON Supercomputer.


Secara default, '''penggunaan CPU pada ALELEON Supercomputer didasarkan pada core thread, termasuk [[Core Hour|penghitungan penggunaan komputasi CPU Core Hour user]]'''.
=== Format Penulisan SBATCH ===
SBATCH ditulis dengan format <code>'''#SBATCH --''[nama-parameter]''=''[nilai]'''''</code> sesuai contoh berikut:  <syntaxhighlight lang="bash">
# --- Contoh penulisan SBATCH yang benar
#SBATCH --ntasks=32
#SBATCH --mem=64GB
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --output=result-%j.txt
#SBATCH --error=error-%j.txt


=='''Parameter Resources SBATCH Esensial'''==
# --- Contoh penulisan SBATCH yang salah
Terdapat ratusan jenis [https://slurm.schedmd.com/sbatch.html parameter SBATCH pada SLURM] dari yang standar hingga ''advanced''. Admin EFISON merangkum parameter esensial yang digunakan pada ALELEON Supercomputer.
#SBATCH --ntasks = 32
#SBATCH --mem= 64GB
#SBATCH --mem = 64 GB
</syntaxhighlight>
=== #SBATCH --partition ===
Menentukan jenis partisi (Compute Node) untuk menjalankan job komputasi user. ALELEON Supercomputer mempunyai 2 partisi Compute Node:  
{| class="wikitable"
!Partisi Compute Node
!Menulis SBATCH
|-
|'''epyc''' (Compute Node CPU)
|Merupakan partisi default


=== Menggunakan Compute Node CPU / Partisi epyc ===
* user tidak perlu menulis SBATCH parameter untuk epyc
Berikut adalah parameter SBATCH yang direkomendasikan dan secara umum dapat digunakan untuk semua jenis job:
|-
# user mengisi parameter dengan mengganti bagian yang ditandai dengan ////
|'''ampere''' (Compute Node GPU)
#SBATCH --nodes=////
|<code>#SBATCH --partition=ampere</code>
#SBATCH --ntasks=////
|}
#SBATCH --mem=////
#SBATCH --time=////
#SBATCH --output=////
#SBATCH --error=////


* '''nodes'''
=== #SBATCH --ntasks, --mem, dan --gpus ===
** Alokasi jumlah node yang digunakan.
ntasks, mem, dan gpus adalah parameter SBATCH utama untuk menentukan alokasi komputasi.  
** Contoh mengalokasikan 1 node: '''#SBATCH --nodes=1'''
* '''ntasks'''
** Alokasi jumlah core thread CPU yang digunakan.
** Contoh mengalokasikan 32 core thread CPU: '''#SBATCH --ntasks=32'''
* '''mem'''
** Alokasi kapasitas RAM yang digunakan, diikuti dengan satuan KB, MB, atau GB.
** Contoh mengalokasikan RAM 32GB: '''#SBATCH --mem=32GB'''
* '''time'''
** Alokasi walltime (waktu maksimal) yang diizinkan untuk menjalankan job, mengikuti format penulisan:
*** HH:MM:SS. Contoh alokasi 2 jam: '''#SBATCH --time=02:00:00'''
*** D-HH:MM:SS. Contoh alokasi 2 hari: '''#SBATCH --time=2-00:00:00'''
* '''output'''
** Merekap output program yang keluar di terminal. User memberikan sendiri nama file (satu kata tanpa spasi) diikuti dengan format file seperti .txt atau .out yang sering digunakan.
** Terdapat penamaan pattern dari SLURM yaitu '''%j''' yang merekap job-ID.
** Contoh penamaan output yang sering digunakan: '''#SBATCH --output=result-%j.txt'''
** Apabila job berjalan dengan no. ID 2555, maka nama output menjadi '''result-2555.txt'''
* '''error'''
** Merekap output verbose program yaitu status jalannya program seperti "job sudah berjalan!" dan error log ketika program gagal selesai.
** Output error sangat bermanfaat bagi user untuk melakukan troubleshooting disaat program gagal berjalan. Admin EFISON selalu merekomendasikan user untuk selalu menggunakan parameter error ini.
** Format penamaan mengikuti parameter output diatas, contoh: '''#SBATCH --error=error-%j.txt'''
|


=== Menggunakan Compute Node GPU / Partisi gpu_ampere ===
* '''ntasks''' -> alokasi jumlah '''core CPU.''' ALELEON Supercomputer mengaktifkan ''SMT (Simultaneous Multithreading)'' pada semua CPU sehingga ntasks mendefinisikan jumlah core thread CPU.
Secara umum mengikuti format SBATCH yang sama dengan menggunakan Partisi epyc, diikuti dengan tambahan:
* '''mem''' -> alokasi jumlah '''memori RAM'''. Ditulis dengan satuan memori GB (Gigabyte).
# user mengisi parameter dengan mengganti bagian yang ditandai dengan ////
* '''gpus''' -> alokasi jumlah '''GPU'''.
'''#SBATCH --partition=gpu_ampere'''
'''#SBATCH --gres=gpu:////'''
#SBATCH --ntasks=////
#SBATCH --mem=////
#SBATCH --time=////
#SBATCH --output=////
#SBATCH --error=////


=== Pengiriman Status Jalannya Job via E-mail ===
Berikut adalah panduan nilai maksimal parameter untuk beberapa skenario penggunaan:
SLURM pada ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user untuk mengabarkan apabila job user sudah berjalan atau selesai. SLURM ALELEON Supercomputer menggunakan alamat email '''[[/cdn-cgi/l/email-protection|[email protected]]]''' untuk mengirim notifikasi email.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Parameter
! rowspan="2" |Skenario Penggunaan
!Penjelasan
! colspan="3" |Nilai maksimal
|-
|-
|
!ntasks (CPU)
'''#SBATCH --mail-user='''
!mem (RAM)
|Email user untuk menerima pesan dari SLURM
!gpus (GPU)
|-
|-
|
|Akumulasi ''concurrent'' job fair policy usage<sup>''1''</sup>
'''#SBATCH --mail-type=begin'''            
|128
|Mengirim pesan email bahwa job user sudah berjalan.
|128GB
|2
|-
|-
|
|Job non-MPI di epyc (Compute Node CPU)''<sup>2</sup>''  
'''#SBATCH --mail-type=end'''
|128
|
|240GB
* Mengirim pesan email bahwa job user sudah selesai.
|0
 
* Email ini sekaligus berisikan cuplikan 20 baris terakhir dari file output dan error SLURM.
|}
 
=== '''Menggunakan Compute Node GPU''' ===
Berikut adalah dua parameter tambahan untuk menggunakan compute node GPU ALELEON Supercomputer atau Partisi gpu_ampere: 
{| class="wikitable"
|+Parameter SBATCH tambahan untuk menjalankan job di compute node GPU
!Paramater
!Penjelasan
|-
|-
|
|Job MPI di epyc (Compute Node CPU)<sup>''3''</sup>
'''#SBATCH --partition=gpu_ampere'''
|384
|Menjalankan job pada partisi compute node GPU
|240GB
|0
|-
|-
| rowspan="2" |
|Semua jenis job di high-mem node epyc''<sup>4</sup>''
'''#SBATCH --gres=gpu:<jumlah-GPU>'''
|128
|
|500GB
* Jumlah GPU yang digunakan.
|0
 
* Contoh menggunakan 1 GPU:
|-
|-
|'''$SBATCH --gres=gpu:1'''
|Semua jenis job di ampere (Compute Node GPU)''<sup>5</sup>''
|}
|32
 
|120GB
=== '''Menggunakan Paralelisasi Threading OpenMP atau BLAS''' ===
|2
Berikut adalah parameter untuk mengalokasikan threading per core para program paralel yang menggunakan metode OpenMP (OMP), hybrid MPI/OMP, atau terintegrasi dengan BLAS:
{| class="wikitable"
|+Parameter SBATCH SLURM untuk menjalankan threading CPU
!Parameter
!Penjelasan
|-
| rowspan="2" |
'''#SBATCH --cpus-per-task='''                     
|
* Jumlah paralelisasi threading per core yang digunakan.
 
* Contoh mengalokasikan paralelisasi 8 threading per core:
|-
|-
|'''<nowiki>#</nowiki>SBATCH --cpus-per-task=8'''
| colspan="4" |''Tim admin dapat membantu user untuk membedakan program MPI dan non-MPI.''
* ''Daftar [[Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan|'''software komputasi ALELEON''']] memberikan indikator program MPI atau non-MPI.''
* ''Dapat pula menghubungi admin untuk diskusi melalui email '''support@efisonlt.com'''.''  
|}
|}
User yang menjalankan program hybrid MPI/OMP atau terintegrasi dengan BLAS dapat mempelajari bagaimana [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Software_HPC_AMD#Threading_di_AMD_Zen2_dan_Contoh_SLURM_Script '''threading bekerja di AMD EPYC ALELEON Supercomputer'''] supaya menghasilkan performa yang optimal.
'''''Keterangan:'''''
 
# Limitasi '''fair policy usage''' untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
== '''Menentukan Alokasi Jumlah nodes, ntasks, dan mem'''   ==
#* User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi apabila job membutuhkan alokasi lebih.
Seni berikutnya dalam menggunakan superkomputer adalah kebebasan user dalam menentukan jumlah core prosesor, RAM, dan node yang akan digunakan. Apakah program user cukup menggunakan 8 core, atau butuh 32 core atau sekalian 64 core? Apakah program user hanya dapat berjalan pada 1 node atau bisa lebih? Apakah RAM 16GB sudah cukup atau butuh lebih? Admin EFISON merangkum beberapa ''rule of thumb'' bagi user untuk mengalokasikan jumlah resources komputasi utama ini pada ALELEON Supercomputer.
#* Info lebih detail lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
 
# Program non-MPI hanya dapat berjalan satu node (maks 128 core di epyc dan 32 core di ampere).
|
# Program MPI dapat berjalan ''multi-node (parallel computing)'' pada Partisi epyc yaitu lebih dari 128 core
 
#* Pada jumlah ntasks >128, SLURM otomatis menjalankan job secara multi-node.
=== Jumlah Core CPU: Kelipatan 4 ===
#* Dalam kaitan ini, parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
Berdasarkan arsiktektur CPU AMD yang digunakan oleh ALELEON Supercomputer, user direkomendasikan untuk memilih jumlah core CPU (ntasks) berdasarkan kelipatan 4, dimulai dari 1,2,4, kemudian naik kelipatan 4 menjadi 8, 12, 16, 20, 24, 28, 32, 36, 40, dan seterusnya.
#* Info lebih detail lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
 
#Partisi epyc mempunyai satu node dengan jumlah memori 500GB yaitu epyc001.
|
##Tambahkan parameter '''<code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>'''
 
#Jangan lupa untuk menggunakan compute node GPU, tambahkan parameter '''<code>#SBATCH --partition=ampere</code>'''
=== Semakin Besar Jumlah Core CPU = Komputasi Semakin Cepat? ===
=== #SBATCH --time ===
Bisa iya bisa tidak. Besar jumlah core CPU yang dibutuhkan bergantung pada:
Alokasi waktu maksimal untuk menjalankan job. Ditulis dengan format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS. ALELEON Supercomputer mengizinkan time maksimal 3 hari per job (72:00:00 atau 3-00:00:00).  
 
* '''Apabila menjalankan program CPU:''' bergantung pada besarnya skala input komputasi user. Admin ALELEON Supercomputer sepenuhnya menyerahkan tanggung jawab kepada user untuk mengetahui sendiri apakah input komputasi yang dijalankan adalah skala kecil atau besar.
** Input komputasi skala kecil cukup membutuhkan jumlah core kecil (rekomendasi dibawah 16) dan bisa jadi lambat apabila dijalankan dengan jumlah core besar.
** Apabila user yakin bahwa input yang dijalankan adalah skala besar maka gunakan jumlah core CPU yang besar seperti 32, 64, 128, atau diatasnya.
* '''Apabila menjalankan program GPU:''' kebanyakan membutuhkan jumlah core kecil (dibawah 16) karena pada dasarnya semua komputasi dikerjakan oleh GPU. Cukup jarang ada program GPU yang membutuhkan jumlah core CPU besar.
 
|
 
=== Memperkirakan Kapasitas RAM yang Digunakan ===
Apakah program user membutuhkan banyak RAM atau tidak? Tidak ada aturan baku untuk mengetahui hal ini karena bergantung dengan jenis software dan besarnya skala input yang dijalankan user. Admin EFISON dapat memberikan saran '''untuk menggunakan jumlah RAM 1GB per ntasks sebagai basis'''. Contoh:
 
* ntasks=8, alokasikan mem 8GB.
* ntasks=32, alokasikan mem 32GB.
 
User dapat menggunakan kapasitas RAM yang lebih besar (contoh 2GB atau 4GB per ntasks) apabila user mengetahui bahwa program yang dijalankan membutuhkan kapasitas RAM besar atau program gagal berjalan dengan alokasi RAM 1GB per ntasks.  
 
|
 
=== Menentukan Jumlah Node: Program MPI versus Non-MPI ===
Terdapat dua kategori besar pada program komputasi yang dijalankan pada superkomputer yaitu program MPI dan non-MPI:
 
* Program MPI adalah program yang ditulis berdasarkan pemrograman MPI (Message Parallel Interface) di mana '''dapat berjalan secara paralel atau lebih dari satu node (multi-node)'''. Berjalan multi-node artinya dapat memanfaatkan lebih dari 128 core thread CPU pada ALELEON Supercomputer.
* Program non-MPI adalah program yang tidak ditulis dengan pemodelan MPI sehingga '''hanya dapat berjalan pada 1 node.'''
 
|
 
=== Program Non-MPI: Hanya Dapat Menggunakan 1 Node ===
Program non-MPI hanya dapat berjalan pada 1 node sehingga menggunakan alokasi ntasks antara '''1 hingga 128 core thread CPU'''.
'''#SBATCH --nodes=1'''
#SBATCH --ntasks=   #antara 1 - 128
'''User perlu mengetahui:'''
 
* Program komputasi non-MPI dapat berjalan secara multi-core (lebih dari 1 core) atau hanya bisa berjalan dengan 1 core (ntasks=1) tergantung oleh jenis software dan pemrogramannya.
* Program komputasi non-MPI yang hanya berjalan 1 core sering terjadi pada program yang ditulis sendiri oleh user atau framework komputasi yang ditulis dengan standar pemrograman serial.  
* Bagi user yang tidak ingin programnya berjalan di ALELEON Supercomputer hanya dengan 1 core, Admin EFISON menyarankan untuk menguji terlebih dahulu dengan menjalankannya pada perangkat komputer pribadi dan lihat status penggunaan CPU-nya.
** User dapat mengganti coding apabila terjadi pada program yang ditulis sendiri.
** Apabila menggunakan software komputasi maka user harus mencari alternatif software pengganti.


Untuk program komputasi non-MPI yang memanfaatkan paralelisasi threading OpenMP dan membutuhkan parameter OMP_NUM_THREAD, gunakan kombinasi parameter berikut:
* SLURM akan menghentikan job apabila berjalan melebihi time yang dialokasikan,
'''#SBATCH --nodes=1
* SLURM akan menahan job (status PENDING) apabila '''ntasks * time yang dialokasikan lebih besar dari sisa Core Hour user'''.
#SBATCH --ntasks=1'''
* Untuk mengetahui sisa Core Hour, jalankan perintah <code>'''sausage'''</code> pada terminal.
#SBATCH --cpus-per-task=  #antara 1 - 128
export OMP_NUM_THREADS='''$SLURM_CPUS_PER_TASK'''
|


=== Program MPI: Menggunakan 1 Node atau Lebih ===
=== #SBATCH --output ===
Ketika menjalankan program MPI di ALELEON Supercomputer, user dapat mengalokasikan resources:
SBATCH output membuat file untuk merekap output terminal jalannya program. User mendefinisikan nama dan format file.
* Terdapat pola penamaan dari SLURM yaitu %j untuk merekap nomor Job ID.
* Format file dibebaskan (biasanya menggunakan .txt atau .out).
Template submit script pada wiki ini memberikan contoh penamaan <code>'''#SBATCH --output=result-%j.txt'''</code> dimana ketika job berjalan (contoh) dengan job-ID 670, maka nama file output menjadi '''result-670.txt'''.


* Tetap menggunakan 1 node / 128 core.
=== #SBATCH --error ===
* Menggunakan lebih dari 1 node / lebih dari 128 core.
SBATCH error membuat file untuk merekap output verbose program (status jalannya program dan error log ketika program gagal berjalan). File SBATCH error bermanfaat untuk melakukan ''troubleshooting'' ketika program gagal berjalan. '''Apabila membutuhkan support, admin biasanya akan meminta file output dari SBATCH error ini'''. Pola penamaan mengikuti SBATCH output di atas.


Apabila user menjalankan program komputasi yang tersedia di ALELEON Supercomputer, user dapat mengetahui bahwa program tersebut adalah MPI atau tidak dengan memperhatikan kolom "Dukungan MPI" di [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Katalog_Software_ALELEON_Supercomputer#Daftar_Software_Komputasi_.28Global.29 '''tabel daftar software komputasi ALELEON Supercomputer'''].
=== '''SBATCH untuk notifikasi email SLURM''' ===
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada submit script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM: <syntaxhighlight lang="bash">
#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL
</syntaxhighlight>SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:


|
* BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
* END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
* FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
* TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
* TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.


=== Pembagian Proses MPI Pada Core CPU ALELEON Supercomputer ===
=== SBATCH lainnya untuk job MPI ===
Terdapat tiga aturan pada perintah MPI (mpirun atau mpiexec) yang diberlakukan pada ALELEON Supercomputer yaitu:
Dalam menjalankan job MPI, user dapat menggunakan parameter SBATCH yang lebih kompleks seperti <code>nodes</code> (alokasi jumlah node), <code>mem-per-cpu</code> (alokasi jumlah RAM per core CPU), <code>mem-per-gpu</code> (alokasi jumlah RAM per GPU). <code>cpus-per-task</code> (alokasi jumlah core per proses MPI untuk skenario hybrid MPI / OMP job), dan lain-lainnya. Info lebih detail lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']]


* Satu proses MPI mewakili satu core thread CPU atau satu ntasks. Artinya, '''jumlah proses MPI sama dengan jumlah ntasks.'''
== '''Memuat Software dengan module load''' ==
* Berlaku aturan kelipatan 4 pada jumlah ntasks.
Perintah <code>module load</code> (bagian dari [[Module Environment|'''Module Environment''']] untuk memuat modul software) pada Submit Script berfungsi supaya '''Compute Node dapat menjalankan software yang dibutuhkan job user.''' <syntaxhighlight lang="bash">
* Secara standar, total proses MPI akan selalu '''mengisi 2 core thread per core fisik'''. Artinya:
#!/bin/bash
** Contoh '''32 proses MPI''' berjalan pada '''16 core fisik / 32 core thread.'''
** Contoh lain '''128 proses MPI''' berjalan pada '''64 core fisik / 128 core thread.'''


|
# SBATCH ......


=== Efisiensi Menjalankan Program MPI dan Penggunaan Multi-Node di ALELEON Supercomputer ===
module load [nama-modul-software]
Terdapat hal teknis yang harus diketahui user untuk menjalankan program MPI dengan efisiensi performa yang baik pada sistem superkomputer apapun termasuk ALELEON Supercomputer seperti:


* Efisiensi core thread versus core fisik pada program MPI.
# Alur jalannya program ...
* Affinity mpirun (binding by core / thread / socket / dll).
</syntaxhighlight>'''''Keterangan:'''''
* Bagaimana cara menjalankan MPI pada multi-node dengan efisien.


== '''Contoh SLURM Script''' ==
* Tulis <code>module load</code> sebelum menulis script alur jalannya program.
EFISON merangkum contoh SLURM script untuk penggunaan berbagai skenario komputasi pada laman '''[[Contoh SLURM Script]]'''.


=='''Contoh SLURM Script Software Spesifik'''==
* Template Submit Script pada masing-masing tutorial software komputasi di laman [[Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan|'''Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan''']] dapat memandu memilih modul software yang tepat.
EFISON juga merangkum contoh SLURM script untuk software komputasi saintifik pada laman '''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Software_di_HPC_Aleleon_Mk.II#Daftar_Software_Komputasi Software di HPC Aleleon Mk.II]'''.
* Daftar modul software yang lengkap dirangkum pada laman [[Katalog Software ALELEON Supercomputer|'''Katalog Software ALELEON Supercomputer''']].

Revisi terkini sejak 4 Juni 2024 14.42

Berkas:Slurm.jpg

Halaman ini menjelaskan panduan memahami Submit Script yang merupakan 'formulir' untuk menjalankan komputasi ke Compute Node menggunakan sistem manajemen Slurm.

Struktur Submit Script

Submit Script mempunyai 4 bagian utama:

  1. Header #!/bin/bash karena script ini ditulis dengan bahasa bash.
  2. Parameter SBATCH untuk mengalokasikan resources job seperti CPU, RAM, GPU, time, dll.
    • User menentukan sendiri jumlah alokasi komputasi (CPU, RAM, GPU, time limit) yang akan dipakai asalkan tidak melebihi limit.
  3. Apabila butuh, memuat modul software untuk menjalankan komputasi user dengan Module Environment
  4. Alur perintah jalannya program user.
Struktur dan contoh SLURM Submit Script

Parameter SBATCH esensial

Parameter SBATCH berfungsi untuk mengatur alokasi komputasi (CPU, RAM, GPU, time limit) dan output program. SLURM mempunyai ratusan opsi untuk parameter SBATCH dimana tutorial ini memberikan daftar SBATCH yang esensial untuk menjalankan komputasi di ALELEON Supercomputer.

Format Penulisan SBATCH

SBATCH ditulis dengan format #SBATCH --[nama-parameter]=[nilai] sesuai contoh berikut: 

# --- Contoh penulisan SBATCH yang benar
#SBATCH --ntasks=32
#SBATCH --mem=64GB
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --output=result-%j.txt
#SBATCH --error=error-%j.txt

# --- Contoh penulisan SBATCH yang salah
#SBATCH --ntasks = 32
#SBATCH --mem= 64GB 
#SBATCH --mem = 64 GB

#SBATCH --partition

Menentukan jenis partisi (Compute Node) untuk menjalankan job komputasi user. ALELEON Supercomputer mempunyai 2 partisi Compute Node:

Partisi Compute Node Menulis SBATCH
epyc (Compute Node CPU) Merupakan partisi default
  • user tidak perlu menulis SBATCH parameter untuk epyc
ampere (Compute Node GPU) #SBATCH --partition=ampere

#SBATCH --ntasks, --mem, dan --gpus

ntasks, mem, dan gpus adalah parameter SBATCH utama untuk menentukan alokasi komputasi.

  • ntasks -> alokasi jumlah core CPU. ALELEON Supercomputer mengaktifkan SMT (Simultaneous Multithreading) pada semua CPU sehingga ntasks mendefinisikan jumlah core thread CPU.
  • mem -> alokasi jumlah memori RAM. Ditulis dengan satuan memori GB (Gigabyte).
  • gpus -> alokasi jumlah GPU.

Berikut adalah panduan nilai maksimal parameter untuk beberapa skenario penggunaan:

Skenario Penggunaan Nilai maksimal
ntasks (CPU) mem (RAM) gpus (GPU)
Akumulasi concurrent job fair policy usage1 128 128GB 2
Job non-MPI di epyc (Compute Node CPU)2 128 240GB 0
Job MPI di epyc (Compute Node CPU)3 384 240GB 0
Semua jenis job di high-mem node epyc4 128 500GB 0
Semua jenis job di ampere (Compute Node GPU)5 32 120GB 2
Tim admin dapat membantu user untuk membedakan program MPI dan non-MPI.
  • Daftar software komputasi ALELEON memberikan indikator program MPI atau non-MPI.
  • Dapat pula menghubungi admin untuk diskusi melalui email support@efisonlt.com.

Keterangan:

  1. Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
  2. Program non-MPI hanya dapat berjalan satu node (maks 128 core di epyc dan 32 core di ampere).
  3. Program MPI dapat berjalan multi-node (parallel computing) pada Partisi epyc yaitu lebih dari 128 core
    • Pada jumlah ntasks >128, SLURM otomatis menjalankan job secara multi-node.
    • Dalam kaitan ini, parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
    • Info lebih detail lihat laman MPI ALELEON Supercomputer.
  4. Partisi epyc mempunyai satu node dengan jumlah memori 500GB yaitu epyc001.
    1. Tambahkan parameter #SBATCH --nodelist=epyc001
  5. Jangan lupa untuk menggunakan compute node GPU, tambahkan parameter #SBATCH --partition=ampere

#SBATCH --time

Alokasi waktu maksimal untuk menjalankan job. Ditulis dengan format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS. ALELEON Supercomputer mengizinkan time maksimal 3 hari per job (72:00:00 atau 3-00:00:00).

  • SLURM akan menghentikan job apabila berjalan melebihi time yang dialokasikan,
  • SLURM akan menahan job (status PENDING) apabila ntasks * time yang dialokasikan lebih besar dari sisa Core Hour user.
  • Untuk mengetahui sisa Core Hour, jalankan perintah sausage pada terminal.

#SBATCH --output

SBATCH output membuat file untuk merekap output terminal jalannya program. User mendefinisikan nama dan format file.

  • Terdapat pola penamaan dari SLURM yaitu %j untuk merekap nomor Job ID.
  • Format file dibebaskan (biasanya menggunakan .txt atau .out).

Template submit script pada wiki ini memberikan contoh penamaan #SBATCH --output=result-%j.txt dimana ketika job berjalan (contoh) dengan job-ID 670, maka nama file output menjadi result-670.txt.

#SBATCH --error

SBATCH error membuat file untuk merekap output verbose program (status jalannya program dan error log ketika program gagal berjalan). File SBATCH error bermanfaat untuk melakukan troubleshooting ketika program gagal berjalan. Apabila membutuhkan support, admin biasanya akan meminta file output dari SBATCH error ini. Pola penamaan mengikuti SBATCH output di atas.

SBATCH untuk notifikasi email SLURM

SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada submit script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM: 

#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user> 
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL

SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:

  • BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
  • END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
  • FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
  • TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
  • TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.

SBATCH lainnya untuk job MPI

Dalam menjalankan job MPI, user dapat menggunakan parameter SBATCH yang lebih kompleks seperti nodes (alokasi jumlah node), mem-per-cpu (alokasi jumlah RAM per core CPU), mem-per-gpu (alokasi jumlah RAM per GPU). cpus-per-task (alokasi jumlah core per proses MPI untuk skenario hybrid MPI / OMP job), dan lain-lainnya. Info lebih detail lihat laman MPI ALELEON Supercomputer

Memuat Software dengan module load

Perintah module load (bagian dari Module Environment untuk memuat modul software) pada Submit Script berfungsi supaya Compute Node dapat menjalankan software yang dibutuhkan job user. 

#!/bin/bash

# SBATCH ......

module load [nama-modul-software]

# Alur jalannya program ...

Keterangan:

  • Tulis module load sebelum menulis script alur jalannya program.
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Submit_Script_ALELEON_Supercomputer&oldid=1526"