Submit Script ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(memindahkan bagian optimasi performa ke halaman terpisah)
 
(37 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 1: Baris 1:
Halaman ini menjelaskan panduan memahami dan mengisi parameter resources pada SLURM Script beserta contohnya berdasarkan hardware ALELEON Supercomputer.   
[[Berkas:Slurm.jpg|nirbing|400x400px]]    


== '''Struktur SLURM Script''' ==
Halaman ini menjelaskan panduan memahami '''Submit Script''' yang merupakan 'formulir' untuk menjalankan komputasi ke Compute Node menggunakan '''sistem manajemen Slurm'''. 
Secara umum, Submit Script atau SLURM Script dipecah menjadi 4 bagian penting.
[[Berkas:Jcscriptrev.png|nir|jmpl|624x624px|'''Contoh template EFIRO Job Composer untuk menjalankan program ORCA''']]
Penjelasan dan langkah user membuat SLURM Script:


# Menulis header '''#!/bin/bash''' karena SLURM Script adalah bash script.
=='''Struktur Submit Script'''==
# '''Membuat dan menentukan parameter SBATCH''' untuk mengalokasikan resources job seperti CPU, RAM, GPU, time, dll.
Submit Script mempunyai 4 bagian utama:
# [[Module Environment|'''Memuat software yang dibutuhkan untuk menjalankan job user dengan Module Environment.''']] Apabila user tidak memuat modul software yang benar maka job tidak akan berjalan.
# Menulis perintah untuk menjalankan program user.
=='''Resources ALELEON Supercomputer di SLURM'''==
Sebelum menentukan alokasi resource job, user harus mengetahui spesifikasi hardware dari ALELEON Supercomputer:


* '''Partisi epyc''' atau pengelompokan '''Compute Node CPU.'''
#Header '''#!/bin/bash''' karena script ini ditulis dengan '''bahasa bash'''.
** '''3 Node''' (unit server), '''total 192 core fisik / 384 core thread CPU'''
#'''Parameter SBATCH''' untuk mengalokasikan resources job seperti CPU, RAM, GPU, time, dll.
** Masing-masing node berisikan:
#*''User menentukan sendiri jumlah alokasi komputasi (CPU, RAM, GPU, time limit) yang akan dipakai asalkan tidak melebihi limit.''
*** 64 core fisik / 128 core thread CPU
# Apabila butuh, memuat modul software untuk menjalankan komputasi user dengan '''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Module_Environment#Module_Environment_di_SLURM_Submit_Script Module Environment]'''
*** RAM 240GB.
# Alur perintah jalannya program user.
** Secara default, komputasi pada ALELEON Supercomputer diarahkan ke Partisi epyc.
* '''Partisi gpu_ampere''' atau pengelompokan '''Compute Node GPU'''
** '''1 Node''', '''total 2 GPU'''
*** CPU 64 core fisik / 128 core thread CPU
*** RAM 125GB.


Info lebih detail dapat dipelajari pada laman '''[[Spesifikasi ALELEON Supercomputer]]'''.
[[Berkas:Slurmsubmitscript.png|al=|nir|jmpl|''Struktur dan contoh SLURM Submit Script'']]
== '''Parameter SBATCH esensial''' ==
Parameter SBATCH berfungsi untuk mengatur alokasi komputasi (CPU, RAM, GPU, time limit) dan output program. SLURM mempunyai ratusan opsi untuk parameter SBATCH dimana tutorial ini memberikan daftar SBATCH yang esensial untuk menjalankan komputasi di ALELEON Supercomputer.


== '''Core Thread CPU pada ALELEON Supercomputer''' ==
=== Format Penulisan SBATCH ===
EFISON menggunakan CPU [https://www.amd.com/en/products/cpu/amd-epyc-7702p '''AMD EPYC 7702P'''] pada Partisi epyc dan [https://www.amd.com/en/products/cpu/amd-ryzen-threadripper-3990x '''AMD Threadripper 3990X'''] pada Partisi gpu_ampere'''.''' EFISON mengaktifkan '''SMT (Simultaneous Multi-Threading)''' pada semua CPU AMD di ALELEON Supercomputer sehingga masing-masing CPU mempunyai '''2 core thread per 1 core fisik'''.
SBATCH ditulis dengan format <code>'''#SBATCH --''[nama-parameter]''=''[nilai]'''''</code> sesuai contoh berikut:  <syntaxhighlight lang="bash">
# --- Contoh penulisan SBATCH yang benar
#SBATCH --ntasks=32
#SBATCH --mem=64GB
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --output=result-%j.txt
#SBATCH --error=error-%j.txt


Secara default, '''penggunaan CPU pada ALELEON Supercomputer didasarkan pada core thread, termasuk [[Core Hour|penghitungan penggunaan komputasi CPU Core Hour user]]'''.
# --- Contoh penulisan SBATCH yang salah
#SBATCH --ntasks = 32
#SBATCH --mem= 64GB
#SBATCH --mem = 64 GB
</syntaxhighlight>
=== #SBATCH --partition ===
Menentukan jenis partisi (Compute Node) untuk menjalankan job komputasi user. ALELEON Supercomputer mempunyai 2 partisi Compute Node:
{| class="wikitable"
!Partisi Compute Node
!Menulis SBATCH
|-
|'''epyc''' (Compute Node CPU)
|Merupakan partisi default


=='''Parameter Resources SBATCH Esensial'''==
* user tidak perlu menulis SBATCH parameter untuk epyc
Terdapat ratusan jenis [https://slurm.schedmd.com/sbatch.html parameter SBATCH pada SLURM] dari yang standar hingga ''advanced''. Admin EFISON merangkum parameter esensial yang digunakan pada ALELEON Supercomputer.
|-
|'''ampere''' (Compute Node GPU)
|<code>#SBATCH --partition=ampere</code>
|}


---
=== #SBATCH --ntasks, --mem, dan --gpus ===
ntasks, mem, dan gpus adalah parameter SBATCH utama untuk menentukan alokasi komputasi.


=== Menggunakan Compute Node CPU / Partisi epyc ===
* '''ntasks''' -> alokasi jumlah '''core CPU.''' ALELEON Supercomputer mengaktifkan ''SMT (Simultaneous Multithreading)'' pada semua CPU sehingga ntasks mendefinisikan jumlah core thread CPU.
Berikut adalah parameter SBATCH yang direkomendasikan dan secara umum dapat digunakan untuk semua jenis job:
* '''mem''' -> alokasi jumlah '''memori RAM'''. Ditulis dengan satuan memori GB (Gigabyte).
# user mengisi parameter dengan mengganti bagian yang ditandai dengan ////
* '''gpus''' -> alokasi jumlah '''GPU'''.
#SBATCH --nodes=////
#SBATCH --ntasks=////
#SBATCH --mem=////
#SBATCH --time=////
#SBATCH --output=////
#SBATCH --error=////


* '''nodes'''
Berikut adalah panduan nilai maksimal parameter untuk beberapa skenario penggunaan:
** Alokasi jumlah '''node''' yang digunakan.
{| class="wikitable"
** Contoh mengalokasikan 1 node: '''#SBATCH --nodes=1'''
! rowspan="2" |Skenario Penggunaan
* '''ntasks'''  
! colspan="3" |Nilai maksimal
** Alokasi jumlah '''core thread CPU''' yang digunakan.
|-
** Contoh mengalokasikan 32 core thread CPU: '''#SBATCH --ntasks=32'''
!ntasks (CPU)
* '''mem'''  
!mem (RAM)
** Alokasi '''kapasitas RAM''' '''per node''' yang digunakan, diikuti dengan satuan KB, MB, atau GB.
!gpus (GPU)
** Contoh mengalokasikan RAM 32GB: '''#SBATCH --mem=32GB'''
|-
* '''time'''  
|Akumulasi ''concurrent'' job fair policy usage<sup>''1''</sup>
** Alokasi '''walltime (waktu maksimal)''' yang diizinkan untuk menjalankan job, mengikuti format penulisan:
|128
*** HH:MM:SS. Contoh alokasi 2 jam: '''#SBATCH --time=02:00:00'''
|128GB
*** D-HH:MM:SS. Contoh alokasi 2 hari: '''#SBATCH --time=2-00:00:00'''
|2
* '''output'''  
|-
** Merekap '''output program yang keluar di terminal'''. User memberikan sendiri nama file (satu kata tanpa spasi) diikuti dengan format file seperti .txt atau .out yang sering digunakan.
|Job non-MPI di epyc (Compute Node CPU)''<sup>2</sup>''
** Terdapat penamaan pattern dari SLURM yaitu '''%j''' yang merekap job-ID.
|128
** Contoh penamaan output yang sering digunakan: '''#SBATCH --output=result-%j.txt'''
|240GB
** Apabila job berjalan dengan no. ID 2555, maka nama output menjadi '''result-2555.txt'''
|0
* '''error'''
|-
** Merekap '''output verbose program''' yaitu status jalannya program seperti "job sudah berjalan!" dan error log ketika program gagal selesai.
|Job MPI di epyc (Compute Node CPU)<sup>''3''</sup>
** Output error sangat bermanfaat bagi user untuk melakukan troubleshooting disaat program gagal berjalan. Admin EFISON selalu merekomendasikan user untuk selalu menggunakan parameter error ini.
|384
** Format penamaan mengikuti parameter output diatas, contoh: '''#SBATCH --error=error-%j.txt'''
|240GB
---
|0
|-
|Semua jenis job di high-mem node epyc''<sup>4</sup>''
|128
|500GB
|0
|-
|Semua jenis job di ampere (Compute Node GPU)''<sup>5</sup>''
|32
|120GB
|2
|-
| colspan="4" |''Tim admin dapat membantu user untuk membedakan program MPI dan non-MPI.''
* ''Daftar [[Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan|'''software komputasi ALELEON''']] memberikan indikator program MPI atau non-MPI.''
* ''Dapat pula menghubungi admin untuk diskusi melalui email '''support@efisonlt.com'''.''  
|}
'''''Keterangan:'''''
# Limitasi '''fair policy usage''' untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
#* User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi apabila job membutuhkan alokasi lebih.
#* Info lebih detail lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
# Program non-MPI hanya dapat berjalan satu node (maks 128 core di epyc dan 32 core di ampere).
# Program MPI dapat berjalan ''multi-node (parallel computing)'' pada Partisi epyc yaitu lebih dari 128 core
#* Pada jumlah ntasks >128, SLURM otomatis menjalankan job secara multi-node.
#* Dalam kaitan ini, parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#* Info lebih detail lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
#Partisi epyc mempunyai satu node dengan jumlah memori 500GB yaitu epyc001.
##Tambahkan parameter '''<code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>'''
#Jangan lupa untuk menggunakan compute node GPU, tambahkan parameter '''<code>#SBATCH --partition=ampere</code>'''
=== #SBATCH --time ===
Alokasi waktu maksimal untuk menjalankan job. Ditulis dengan format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS. ALELEON Supercomputer mengizinkan time maksimal 3 hari per job (72:00:00 atau 3-00:00:00).


=== Menggunakan Compute Node GPU / Partisi gpu_ampere ===
* SLURM akan menghentikan job apabila berjalan melebihi time yang dialokasikan,
Secara umum mengikuti format SBATCH yang sama dengan menggunakan Partisi epyc, diikuti dengan tambahan:
* SLURM akan menahan job (status PENDING) apabila '''ntasks * time yang dialokasikan lebih besar dari sisa Core Hour user'''.
# user mengisi parameter dengan mengganti bagian yang ditandai dengan ////
* Untuk mengetahui sisa Core Hour, jalankan perintah <code>'''sausage'''</code> pada terminal.
'''#SBATCH --partition=gpu_ampere'''
'''#SBATCH --gres=gpu:////'''
#SBATCH --ntasks=////
#SBATCH --mem=////
#SBATCH --time=////
#SBATCH --output=////
#SBATCH --error=////


* '''partition=gpu_ampere'''
=== #SBATCH --output ===
** Mengalokasikan job ke Compute Node GPU gpu_ampere
SBATCH output membuat file untuk merekap output terminal jalannya program. User mendefinisikan nama dan format file.
* '''gres=gpu:<jumlah-GPU>'''
* Terdapat pola penamaan dari SLURM yaitu %j untuk merekap nomor Job ID.
** Alokasi '''Jumlah GPU''' yang digunakan.
* Format file dibebaskan (biasanya menggunakan .txt atau .out).
** Contoh mengalokasikan 1 GPU: '''#SBATCH --gres=gpu:1'''
Template submit script pada wiki ini memberikan contoh penamaan <code>'''#SBATCH --output=result-%j.txt'''</code> dimana ketika job berjalan (contoh) dengan job-ID 670, maka nama file output menjadi '''result-670.txt'''.
** Contoh mengalokasikan 2 GPU: '''#SBATCH --gres=gpu:2'''


---
=== #SBATCH --error ===
SBATCH error membuat file untuk merekap output verbose program (status jalannya program dan error log ketika program gagal berjalan). File SBATCH error bermanfaat untuk melakukan ''troubleshooting'' ketika program gagal berjalan. '''Apabila membutuhkan support, admin biasanya akan meminta file output dari SBATCH error ini'''. Pola penamaan mengikuti SBATCH output di atas.


=== Notifikasi Status Jalannya Job via E-mail ===
=== '''SBATCH untuk notifikasi email SLURM''' ===
SLURM pada ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user untuk mengabarkan apabila job user sudah berjalan atau selesai. SLURM ALELEON Supercomputer menggunakan nama email '''Jojo''' untuk mengirim notifikasi email. User dapat menambahkan parameter berikut untuk menerima notifikasi email dari SLURM:  
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada submit script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM: <syntaxhighlight lang="bash">
#SBATCH --mail-user=////
#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=begin
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL
#SBATCH --mail-type=end
</syntaxhighlight>SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:


* '''mail-user'''
* BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
** Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
* END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
* '''mail-type=begin'''
* FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
** Notifikasi email yang menginfokan job sudah mulai.
* TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
* '''mail-type=end'''
* TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.
** Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
** Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari SBATCH output dan error job user.


---
=== SBATCH lainnya untuk job MPI ===
Dalam menjalankan job MPI, user dapat menggunakan parameter SBATCH yang lebih kompleks seperti <code>nodes</code> (alokasi jumlah node), <code>mem-per-cpu</code> (alokasi jumlah RAM per core CPU), <code>mem-per-gpu</code> (alokasi jumlah RAM per GPU). <code>cpus-per-task</code> (alokasi jumlah core per proses MPI untuk skenario hybrid MPI / OMP job), dan lain-lainnya. Info lebih detail lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']]


==='''Menggunakan Paralelisasi Threading OpenMP atau BLAS'''===
== '''Memuat Software dengan module load''' ==
Berikut adalah parameter tambahan untuk mengalokasikan threading per core para programyang menggunakan paralelisasi OpenMP (OMP), hybrid MPI/OMP, atau terintegrasi dengan BLAS:
Perintah <code>module load</code> (bagian dari [[Module Environment|'''Module Environment''']] untuk memuat modul software) pada Submit Script berfungsi supaya '''Compute Node dapat menjalankan software yang dibutuhkan job user.''' <syntaxhighlight lang="bash">
#SBATCH --cpus-per-task=////
#!/bin/bash
# diikuti dengan pengalokasikan threads contoh dengan OMP:
export OMP_NUM_THREADS='''$SLURM_CPUS_PER_TASK'''


* cpus-per-task
# SBATCH ......
** Alokasi jumlah threading per ntasks.
** User mendefinisikan jumlah threading (contoh ke OMP_NUM_THREADS) dengan variabel '''$SLURM_CPUS_PER_TASK.'''
** Contoh mengalokasikan 4 thread per core: '''$SBATCH --cpus-per-task=4'''


=='''Dasar Menentukan Alokasi Jumlah nodes, ntasks, dan mem'''==
module load [nama-modul-software]
Superkomputer membebaskan user dalam menentukan jumlah core prosesor, RAM, dan node yang akan digunakan. Apakah program user cukup menggunakan 8 core atau sekalian 64 core? Apakah program user hanya dapat berjalan pada 1 node atau bisa lebih? Apakah RAM 16GB sudah cukup atau butuh lebih?  Hal ini ditambah dengan '''ALELEON Supercomputer dan arsitektur AMD EPYC''' '''mempunyai beberapa aturan khusus supaya user dapat memanfaatkan kemampuan komputasinya dengan optimal'''. 


Admin EFISON merangkum ''rules of thumb'' bagi user untuk mengalokasikan jumlah resources komputasi dan melakukan optimasi performa pada ALELEON Supercomputer di:  
# Alur jalannya program ...
</syntaxhighlight>'''''Keterangan:'''''


[[Berkas:Wiki-13.jpg|1000x1000px |link=Optimasi Performa ALELEON Supercomputer| alt=Optimasi Performa ALELEON Supercomputer ]]
* Tulis <code>module load</code> sebelum menulis script alur jalannya program.


== '''Contoh SLURM Script''' ==
* Template Submit Script pada masing-masing tutorial software komputasi di laman [[Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan|'''Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan''']] dapat memandu memilih modul software yang tepat.
EFISON merangkum contoh SLURM script untuk penggunaan berbagai skenario komputasi pada laman '''[[Contoh SLURM Script]]'''.
* Daftar modul software yang lengkap dirangkum pada laman [[Katalog Software ALELEON Supercomputer|'''Katalog Software ALELEON Supercomputer''']].
 
=='''Contoh SLURM Script Software Spesifik'''==
EFISON juga merangkum contoh SLURM script untuk software komputasi saintifik pada laman '''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Software_di_HPC_Aleleon_Mk.II#Daftar_Software_Komputasi Software di HPC Aleleon Mk.II]'''.

Revisi terkini sejak 4 Juni 2024 14.42

Berkas:Slurm.jpg

Halaman ini menjelaskan panduan memahami Submit Script yang merupakan 'formulir' untuk menjalankan komputasi ke Compute Node menggunakan sistem manajemen Slurm.

Struktur Submit Script

Submit Script mempunyai 4 bagian utama:

  1. Header #!/bin/bash karena script ini ditulis dengan bahasa bash.
  2. Parameter SBATCH untuk mengalokasikan resources job seperti CPU, RAM, GPU, time, dll.
    • User menentukan sendiri jumlah alokasi komputasi (CPU, RAM, GPU, time limit) yang akan dipakai asalkan tidak melebihi limit.
  3. Apabila butuh, memuat modul software untuk menjalankan komputasi user dengan Module Environment
  4. Alur perintah jalannya program user.
Struktur dan contoh SLURM Submit Script

Parameter SBATCH esensial

Parameter SBATCH berfungsi untuk mengatur alokasi komputasi (CPU, RAM, GPU, time limit) dan output program. SLURM mempunyai ratusan opsi untuk parameter SBATCH dimana tutorial ini memberikan daftar SBATCH yang esensial untuk menjalankan komputasi di ALELEON Supercomputer.

Format Penulisan SBATCH

SBATCH ditulis dengan format #SBATCH --[nama-parameter]=[nilai] sesuai contoh berikut: 

# --- Contoh penulisan SBATCH yang benar
#SBATCH --ntasks=32
#SBATCH --mem=64GB
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --output=result-%j.txt
#SBATCH --error=error-%j.txt

# --- Contoh penulisan SBATCH yang salah
#SBATCH --ntasks = 32
#SBATCH --mem= 64GB 
#SBATCH --mem = 64 GB

#SBATCH --partition

Menentukan jenis partisi (Compute Node) untuk menjalankan job komputasi user. ALELEON Supercomputer mempunyai 2 partisi Compute Node:

Partisi Compute Node Menulis SBATCH
epyc (Compute Node CPU) Merupakan partisi default
  • user tidak perlu menulis SBATCH parameter untuk epyc
ampere (Compute Node GPU) #SBATCH --partition=ampere

#SBATCH --ntasks, --mem, dan --gpus

ntasks, mem, dan gpus adalah parameter SBATCH utama untuk menentukan alokasi komputasi.

  • ntasks -> alokasi jumlah core CPU. ALELEON Supercomputer mengaktifkan SMT (Simultaneous Multithreading) pada semua CPU sehingga ntasks mendefinisikan jumlah core thread CPU.
  • mem -> alokasi jumlah memori RAM. Ditulis dengan satuan memori GB (Gigabyte).
  • gpus -> alokasi jumlah GPU.

Berikut adalah panduan nilai maksimal parameter untuk beberapa skenario penggunaan:

Skenario Penggunaan Nilai maksimal
ntasks (CPU) mem (RAM) gpus (GPU)
Akumulasi concurrent job fair policy usage1 128 128GB 2
Job non-MPI di epyc (Compute Node CPU)2 128 240GB 0
Job MPI di epyc (Compute Node CPU)3 384 240GB 0
Semua jenis job di high-mem node epyc4 128 500GB 0
Semua jenis job di ampere (Compute Node GPU)5 32 120GB 2
Tim admin dapat membantu user untuk membedakan program MPI dan non-MPI.
  • Daftar software komputasi ALELEON memberikan indikator program MPI atau non-MPI.
  • Dapat pula menghubungi admin untuk diskusi melalui email support@efisonlt.com.

Keterangan:

  1. Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
  2. Program non-MPI hanya dapat berjalan satu node (maks 128 core di epyc dan 32 core di ampere).
  3. Program MPI dapat berjalan multi-node (parallel computing) pada Partisi epyc yaitu lebih dari 128 core
    • Pada jumlah ntasks >128, SLURM otomatis menjalankan job secara multi-node.
    • Dalam kaitan ini, parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
    • Info lebih detail lihat laman MPI ALELEON Supercomputer.
  4. Partisi epyc mempunyai satu node dengan jumlah memori 500GB yaitu epyc001.
    1. Tambahkan parameter #SBATCH --nodelist=epyc001
  5. Jangan lupa untuk menggunakan compute node GPU, tambahkan parameter #SBATCH --partition=ampere

#SBATCH --time

Alokasi waktu maksimal untuk menjalankan job. Ditulis dengan format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS. ALELEON Supercomputer mengizinkan time maksimal 3 hari per job (72:00:00 atau 3-00:00:00).

  • SLURM akan menghentikan job apabila berjalan melebihi time yang dialokasikan,
  • SLURM akan menahan job (status PENDING) apabila ntasks * time yang dialokasikan lebih besar dari sisa Core Hour user.
  • Untuk mengetahui sisa Core Hour, jalankan perintah sausage pada terminal.

#SBATCH --output

SBATCH output membuat file untuk merekap output terminal jalannya program. User mendefinisikan nama dan format file.

  • Terdapat pola penamaan dari SLURM yaitu %j untuk merekap nomor Job ID.
  • Format file dibebaskan (biasanya menggunakan .txt atau .out).

Template submit script pada wiki ini memberikan contoh penamaan #SBATCH --output=result-%j.txt dimana ketika job berjalan (contoh) dengan job-ID 670, maka nama file output menjadi result-670.txt.

#SBATCH --error

SBATCH error membuat file untuk merekap output verbose program (status jalannya program dan error log ketika program gagal berjalan). File SBATCH error bermanfaat untuk melakukan troubleshooting ketika program gagal berjalan. Apabila membutuhkan support, admin biasanya akan meminta file output dari SBATCH error ini. Pola penamaan mengikuti SBATCH output di atas.

SBATCH untuk notifikasi email SLURM

SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada submit script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM: 

#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user> 
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL

SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:

  • BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
  • END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
  • FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
  • TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
  • TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.

SBATCH lainnya untuk job MPI

Dalam menjalankan job MPI, user dapat menggunakan parameter SBATCH yang lebih kompleks seperti nodes (alokasi jumlah node), mem-per-cpu (alokasi jumlah RAM per core CPU), mem-per-gpu (alokasi jumlah RAM per GPU). cpus-per-task (alokasi jumlah core per proses MPI untuk skenario hybrid MPI / OMP job), dan lain-lainnya. Info lebih detail lihat laman MPI ALELEON Supercomputer

Memuat Software dengan module load

Perintah module load (bagian dari Module Environment untuk memuat modul software) pada Submit Script berfungsi supaya Compute Node dapat menjalankan software yang dibutuhkan job user. 

#!/bin/bash

# SBATCH ......

module load [nama-modul-software]

# Alur jalannya program ...

Keterangan:

  • Tulis module load sebelum menulis script alur jalannya program.
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Submit_Script_ALELEON_Supercomputer&oldid=1526"