Katalog Software ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(→‎Modul GNU GCC: tes formatting)
Baris 22: Baris 22:
[[Berkas:Wiki-15.jpg|1000x1000px |link=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan |alt=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan]]
[[Berkas:Wiki-15.jpg|1000x1000px |link=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan |alt=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan]]
=='''Daftar Compiler C/C++/Fortran'''  ==
=='''Daftar Compiler C/C++/Fortran'''  ==
ALELEON Supercomputer menyediakan compiler C/C++/Fortran dari GNU. AOCC, dan NVIDIA.
ALELEON Supercomputer menyediakan compiler C/C++/Fortran dari:
=== GCC Default OS ===
ALELEON Supercomputer menggunakan '''GCC 8.5.0 (Red Hat 8.5.0-15)''' sebagai default GCC.


=== Modul GNU GCC ===
* GNU ('''GCC''')
* AMD ('''AOCC''' atau AMD Optimizing C/C++ and Fortran Compilers)
* NVIDIA ('''NVIDIA HPC Compilers''' via NVIDIA HPC SDK Toolkit)
 
{| class="wikitable"
|+Nama Compiler C/C++/Fortran
!Compiler
!C
!C++
!Fortran
|-
|GCC
|''gcc''
|''g++''
|''gfortran''
|-
|AOCC
| colspan="2" |''clang''
|''flang''
|-
|NVIDIA
|''nvc''
|''nvc++''
|''nvfortran''
|}
{| class="wikitable sortable"
{| class="wikitable sortable"
| colspan="2" |Nama compiler
|+Modul GCC
 
* C -> gcc
* C++ -> g++
* Fortran -> gfortran
|-
|-
!Nama dan Versi
!Nama dan Versi
!Nama Modul
!Nama Modul
|-
| colspan="2" |''Default OS: GCC 8.5.0-20 Red Hat''
|-
|-
|GCC 8.3.0
|GCC 8.3.0
Baris 43: Baris 63:
|GCC/8.4.0
|GCC/8.4.0
|-
|-
|GCC 10.2.0 '''''[DEFAULT]'''''
|GCC 10.2.0  
|GCC/10.2.0  
|GCC/10.2.0  
|-
|-
Baris 57: Baris 77:
|GCC 12.2.0
|GCC 12.2.0
|GCC/12.2.0
|GCC/12.2.0
|-
|GCC 12.3.0
|GCC/12.3.0
|-
|GCC 13.2.0
|GCC/13.2.0
|}
|}
=== Modul AMD Optimizing C/C++ and Fortran Compilers (AOCC) ===
Nama compiler untuk AOCC:
* C dan C++ -> '''''clang'''''
* Fortran -> '''''flang'''''


{| class="wikitable sortable"
{| class="wikitable sortable"
|+Modul AOCC
!Nama dan Versi
!Nama dan Versi
!Nama Modul
!Nama Modul
Baris 72: Baris 93:
|aocc/3.1.0
|aocc/3.1.0
|-
|-
|AOCC 4.0 '''''[DEFAULT]'''''
|AOCC 4.0
|aocc/4.0
|aocc/4.0
|}
|}
=== Modul NVIDIA HPC Compilers (via NVIDIA HPC SDK Toolkit - ''Experimental'') ===
{| class="wikitable"
|'''''Note:'''''
* ''Saat ini tim engineering ALELEON Supercomputer sedang mengadakan pengujian kompabilitas sistem untuk NVIDIA HPC Compilers ini.''
|}
Nama compiler untuk NVIDIA HPC Compilers:
* C -> '''''nvc'''''
* C++ -> '''''nvc++'''''
* Fortran -> '''''nvfortran'''''


{| class="wikitable sortable"
{| class="wikitable sortable"
|+Modul NVIDIA HPC Compilers
!Nama dan Versi
!Nama dan Versi
!Nama Modul
!Nama Modul
Baris 95: Baris 106:
|}
|}


== '''Daftar Compiler MPI''' ==
== '''Daftar Compiler MPI (Message Passing Interface)''' ==
Compiler MPI digunakan untuk compiling program paralel yang ditulis dengan library MPI.  
Compiler MPI digunakan untuk compiling program paralel yang ditulis dengan library MPI.
{| class="wikitable"
|+Nama Compiler MPI
!Compiler
!C
!C++
!Fortran
|-
|Open MPI
|''gcc''
|''g++''
|''gfortran''
|}


=== Modul Open MPI ===
=== Modul Open MPI ===
ALELEON Supercomputer memilih Open MPI sebagai MPI utama dengan menyesuaikan arsitektur prosesor AMD EPYC Zen 2 dan protokol network UCX untuk menjalankan komputasi paralel antar-node. Nama compiler untuk Open MPI: 
ALELEON Supercomputer memilih '''Open MPI''' sebagai MPI utama menyesuaikan arsitektur prosesor AMD EPYC Zen 2 dan protokol network UCX untuk komputasi paralel antar-node.


* C -> '''''mpicc'''''
* ''Untuk memaksimalkan penggunaan dan performa Open MPI pada ALELEON Supercomputer, lihat laman: '''[[MPI ALELEON Supercomputer]]''' .''
* C++ -> '''''mpic++'''''
* Fortran -> '''''mpifort'''''


{| class="wikitable"
|'''''Note:'''''
* ''Untuk memaksimalkan penggunaan dan performa Open MPI pada ALELEON Supercomputer pelajari: '''[[MPI ALELEON Supercomputer]]''' .''
|}
{| class="wikitable sortable"
{| class="wikitable sortable"
!Nama dan Versi
!Nama dan Versi
Baris 140: Baris 157:
== '''Daftar Library CPU Matematika''' ==
== '''Daftar Library CPU Matematika''' ==
Library CPU matematika mencakup BLAS, LAPACK, scaLAPACK, FFTW, dan Eigensolver untuk menjalankan program dengan algoritma numerik. ALELEON Supercomputer menyediakan library CPU matematika dari berbagai pembuat yang telah disesuaikan untuk bekerja dengan CPU AMD EPYC Zen 2.
Library CPU matematika mencakup BLAS, LAPACK, scaLAPACK, FFTW, dan Eigensolver untuk menjalankan program dengan algoritma numerik. ALELEON Supercomputer menyediakan library CPU matematika dari berbagai pembuat yang telah disesuaikan untuk bekerja dengan CPU AMD EPYC Zen 2.
{| class="wikitable"
|'''''Note:'''''
* ''Untuk memaksimalkan penggunaan library CPU pada ALELEON Supercomputer dengan menyesuaikan arsitektur prosesor AMD EPYC Zen 2 pelajari: '''[[Compiler AMD ALELEON Supercomputer]]''' .''
|}
=== Modul AMD Optimizing CPU Libraries (AOCL) ===
=== Modul AMD Optimizing CPU Libraries (AOCL) ===
{| class="wikitable sortable"
{| class="wikitable sortable"

Revisi per 20 Juni 2024 05.44

Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan info penggunaan untuk beberapa set software spesifik.

Layanan Gratis Instalasi Software

Admin EFISON memberikan layanan instalasi software gratis beserta optimasinya di ALELEON Supercomputer baik untuk user maupun calon user. User dapat melayangkan permohonan instalasi software dengan menghubungi admin EFISON melalui support@efisonlt.com.

Layanan mencakup:
  • Instalasi software beserta optimasinya.
  • Memastikan software bekerja dengan baik1.
  • Pembuatan halaman tutorial wiki untuk menjalankan software tersebut.
Persyaratan layanan:
  • Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di ALELEON Supercomputer.
  • Software diinstal secara global dimana dapat diakses oleh semua user.

Note:

  1. Apabila dibutuhkan, tim admin akan memohon kolaborasi dengan user bersangkutan untuk menguji instalasi software seperti dengan akun testing (gratis) atau membantu menyediakan file input / pengujian.

Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan

SIlahkan klik gambar dibawah ini untuk melihat daftar software komputasi dan tutorial penggunaan di ALELEON Supercomputer:

Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan

Daftar Compiler C/C++/Fortran

ALELEON Supercomputer menyediakan compiler C/C++/Fortran dari:

  • GNU (GCC)
  • AMD (AOCC atau AMD Optimizing C/C++ and Fortran Compilers)
  • NVIDIA (NVIDIA HPC Compilers via NVIDIA HPC SDK Toolkit)
Nama Compiler C/C++/Fortran
Compiler C C++ Fortran
GCC gcc g++ gfortran
AOCC clang flang
NVIDIA nvc nvc++ nvfortran
Modul GCC
Nama dan Versi Nama Modul
Default OS: GCC 8.5.0-20 Red Hat
GCC 8.3.0 GCC/8.3.0
GCC 8.4.0 GCC/8.4.0
GCC 10.2.0 GCC/10.2.0
GCC 10.3.0 GCC/10.3.0
GCC 11.2.0 GCC/11.2.0
GCC 11.3.0 GCC/11.3.0
GCC 12.2.0 GCC/12.2.0
GCC 12.3.0 GCC/12.3.0
GCC 13.2.0 GCC/13.2.0
Modul AOCC
Nama dan Versi Nama Modul
AOCC 3.1.0 aocc/3.1.0
AOCC 4.0 aocc/4.0
Modul NVIDIA HPC Compilers
Nama dan Versi Nama Modul
NVIDIA Compilers 23.1-0 nvhpc-nompi/23.1

Daftar Compiler MPI (Message Passing Interface)

Compiler MPI digunakan untuk compiling program paralel yang ditulis dengan library MPI.

Nama Compiler MPI
Compiler C C++ Fortran
Open MPI gcc g++ gfortran

Modul Open MPI

ALELEON Supercomputer memilih Open MPI sebagai MPI utama menyesuaikan arsitektur prosesor AMD EPYC Zen 2 dan protokol network UCX untuk komputasi paralel antar-node.

Nama dan Versi Nama Modul
Open MPI 4.0.5 (dicompile dengan GCC 9.3.0) OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0
Open MPI 4.0.5 (dicompile dengan GCC 10.2.0) OpenMPI/4.0.5-GCC-10.2.0
Open MPI 4.1.0 (dicompile dengan GCC 10.2.0) OpenMPI/4.1.0-GCC-10.2.0
Open MPI 4.1.1 (dicompile dengan GCC 10.3.0) OpenMPI/4.1.1-GCC-10.3.0
Open MPI 4.1.1 (dicompile dengan GCC 11.2.0) OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0
Open MPI 4.1.3 (dicompile dengan GCC 11.2.0 dan CUDA 11.6) OpenMPI/4.1.3-GCC-11.2.0-CUDA-11.6
Open MPI 4.1.4 (dicompile dengan GCC 11.3.0) OpenMPI/4.1.4-GCC-11.3.0
Open MPI 4.1.4 (dicompile dengan GCC 12.2.0) [DEFAULT] OpenMPI/4.1.4-GCC-12.2.0

Daftar Library CPU Matematika

Library CPU matematika mencakup BLAS, LAPACK, scaLAPACK, FFTW, dan Eigensolver untuk menjalankan program dengan algoritma numerik. ALELEON Supercomputer menyediakan library CPU matematika dari berbagai pembuat yang telah disesuaikan untuk bekerja dengan CPU AMD EPYC Zen 2.

Modul AMD Optimizing CPU Libraries (AOCL)

Kategori Nama dan Versi Nama Modul
Accelerated math library AOCL LibM 3.6 (dari AOCL 2.2) LibM/3.6-AOCL2.2-GCC
Accelerated math library AOCL LibM 3.8 (dari AOCL 3.1) LibM/3.8-AOCL3.1-GCC11
BLAS AOCL BLIS 3.0 blis/3.0-AOCL-GCC10
BLAS AOCL BLIS 3.0.1 blis/3.0.1-AOCL-GCC11
BLAS AOCL BLIS 4.0 blis/4.0-AOCL-GCC11.3
FFTW3 AOCL FFTW 3.0 fftw/3.0-AOCL-GCC10
FFTW3 AOCL FFTW 3.0.1 fftw/3.0.1-AOCL-GCC11
FFTW3 AOCL FFTW 3.1 fftw/3.1-AOCL-GCC11
FFTW3 AOCL FFTW 4.0 fftw/4.0-AOCL-GCC11.3
LAPACK AOCL libFLAME 3.0 libflame/3.0-AOCL-GCC10
LAPACK AOCL libFLAME 3.0.1 libflame/3.0.1-AOCL-GCC11
LAPACK AOCL libFLAME 4.0 libflame/4.0-AOCL-GCC11.3
scaLAPACK AMD ScaLAPACK 3.0, linked:
  • AOCL BLIS 3.0.1
  • AOCL libFLAME 3.0.1
 scalapack/3.0-AOCL-BLIS-Libflame-GCC10
scaLAPACK AMD ScaLAPACK 3.0, linked:
  • AOCL BLIS 3.0.1
  • Netlib LAPACK 3.10
 scalapack/3.0-AOCL-BLIS-LAPACK-GCC10

Modul Intel OneAPI MKL (Math Kernel Library)

Intel OneAPI MKL mengandung BLAS, LAPACK, scaLAPACK, dan FFTW3.

Nama dan Versi Nama Modul
OneAPI MKL 2021.1.0.2659 oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly
OneAPI MKL 2021.3.0.3219 oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly
OneAPI MKL 2022.2.1.16993 [DEFAULT] oneapi/2022.2.1.16993-MKLOnly

Modul Library CPU lainnya

Kategori Nama dan Versi Nama Modul
Accelerated math library LibM 3.7 LibM/3.7-GCC11
Accelerated math library LibM 4.0 LibM/4.0-GCC11.3
BLAS OpenBLAS 0.3.7 OpenBLAS/0.3.7-GCC-8.3.0
BLAS OpenBLAS 0.3.12 OpenBLAS/0.3.12-GCC-10.2.0
BLAS OpenBLAS 0.3.13 openblas/0.3.13-GCC10
BLAS OpenBLAS 0.3.15 OpenBLAS/0.3.15-GCC-10.3.0
LAPACK Netlib LAPACK 3.9, linked:
  • AMD BLIS 3.0
 lapack/3.9-BLIS-GCC10
LAPACK Netlib LAPACK 3.10, linked:
  • AMD BLIS 3.0.1
 lapack/3.10-BLIS-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • AOCL BLIS 3.0
  • AOCL libFLAME 3.0
 scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • AOCL BLIS 3.0
  • Netlib LAPACK 3.9
 scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • GOMPI 2020b
 ScaLAPACK/2.1.0-gompi-2020b
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • GOMPI 2021a-fb
 ScaLAPACK/2.1.0-gompi-2021a-fb

Modul Eigenvalue Solvers

Nama dan Versi Nama Modul
ELPA 2018.11, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2020.11, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2021.05, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2021.05-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2021.05, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
 elpa/2021.05-GCC10-MKL
ELPA 2021.11 [DEFAULT], linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2021.11-GCC10-MKL-CUDA11

Daftar Software NVIDIA

ALELEON Supercomputer menyediakan software NVIDIA untuk CUDA Toolkit dan aplikasi HPC (NVIDIA HPC SDK) yang telah disesuaikan untuk arsitektur NVIDIA Ampere.

Modul NVIDIA CUDA Toolkit (Standalone)

Note:
  • CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung GPU NVIDIA yang terpasang di Compute Node GPU (Partisi ampere) dan Interactive Node GPU Tilla.
Nama dan Versi Nama Modul
CUDA 11.2 dengan cuDNN 8.1.1 cuda/11.2-cuDNN8.1.1
CUDA 11.6 dengan cuDNN 8.3.3 cuda/11.6-cuDNN8.3.3
CUDA 11.8 dengan cuDNN 8.6.0 cuda/11.8-cuDNN8.6.0
CUDA 12.0 dengan cuDNN 8.7.0 cuda/12.0-cuDNN8.7.0
CUDA 12.1 dengan cuDNN 8.8.1 [DEFAULT] cuda/12.1-cuDNN8.8.1
cuda

Modul NVIDIA HPC SDK (Experimental)

Note:
  • Saat ini tim engineering ALELEON Supercomputer sedang mengadakan pengujian kompabilitas sistem untuk NVIDIA HPC SDK ini.

NVIDIA HPC SDK berisikan modul NVIDIA:

  • NVIDIA HPC Compilers (C, C++, Fortran)
  • NVIDIA CUDA Toolkit (11.0, 11.8, 12.0)
  • NVIDIA MPI (Open MPI dengan CUDA aware)
  • NVIDIA Collective Communication Library (NCCL)
  • NVIDIA SHMEM (NVSHMEM)

Terdapat beberapa modul untuk NVIDIA HPC SDK dengan pembagian komponen:

Nama dan Versi Nama Modul Kelengkapan Komponen
NVIDIA HPC SDK 23.1 nvhpc/23.1 NV HPC compilers, CUDA, MPI, NCCL, SHMEM
nvhpc-nompi/23.1 NV HPC compilers, CUDA, NCCL, SHMEM
nvhpc-byo-compiler/23.1 CUDA, NCCL, SHMEM

Daftar Software Python dan Anaconda

ALELEON Supercomputer menyediakan intepreter Python baik Python standalone dan suite Anaconda.

Python Default OS

ALELEON Supercomputer menggunakan Python 3.9.13 sebagai default OS.

Note:
  • ALELEON Supercomputer tidak menyediakan Python 2 pada default OS karena ketidakcocokan dengan sistem OS. Apabila user membutuhkan Python 2, gunakan modul Python yang dijabarkan pada subbab berikutnya.

Modul Python

Nama dan Versi Nama Modul
Python 2.7.16 Python/2.7.16-GCCcore-8.3.0
Python 2.7.18 Python/2.7.18-GCCcore-11.2.0
Python 3.8.6 Python/3.8.6-GCCcore-10.2.0
Python 3.9.5 Python/3.9.5-GCCcore-10.3.0
Python 3.10.4 [DEFAULT] Python/3.10.4-GCCcore-11.3.0

Modul Suite Anaconda

Nama dan Versi Nama Modul
Anaconda 3 2020.11
  • Python default 3.8.5
 Anaconda3/2020.11
Anaconda 3 2021.05
  • Python default 3.8.8
 Anaconda3/2021.05
Anaconda 3 2022.05 [DEFAULT]
  • Python default 3.9.12
 Anaconda3/2022.05

User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat Versi dan Instalasi Python.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Katalog_Software_ALELEON_Supercomputer&oldid=1556"