Katalog Software ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(→‎Daftar Compiler C/C++/Fortran: edit aocc 4.0 ke 4.2.0)
(Melengkapi modul NVIDIA dan Python)
Baris 24: Baris 24:
ALELEON Supercomputer menyediakan compiler C/C++/Fortran dari:
ALELEON Supercomputer menyediakan compiler C/C++/Fortran dari:


* GNU ('''GCC''')
* Bawaan OS yaitu '''GNU GCC 8.5.0-20 Red Hat.'''
* AMD ('''AOCC''' atau AMD Optimizing C/C++ and Fortran Compilers)
* GNU ('''GCC''').
* NVIDIA ('''NVIDIA HPC Compilers''' via NVIDIA HPC SDK Toolkit)
* AMD ('''AOCC''' atau AMD Optimizing C/C++ and Fortran Compilers).
* NVIDIA ('''NVIDIA HPC Compilers''' via NVIDIA HPC SDK Toolkit).


{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
Baris 54: Baris 55:
!Nama dan Versi
!Nama dan Versi
!Nama Modul
!Nama Modul
|-
| colspan="2" |''Default OS: GCC 8.5.0-20 Red Hat''
|-
|-
|GCC 8.3.0
|GCC 8.3.0
Baris 343: Baris 342:
== '''Daftar Software NVIDIA'''  ==
== '''Daftar Software NVIDIA'''  ==
ALELEON Supercomputer menyediakan software NVIDIA untuk CUDA Toolkit dan aplikasi HPC (NVIDIA HPC SDK) yang telah disesuaikan untuk arsitektur NVIDIA Ampere.
ALELEON Supercomputer menyediakan software NVIDIA untuk CUDA Toolkit dan aplikasi HPC (NVIDIA HPC SDK) yang telah disesuaikan untuk arsitektur NVIDIA Ampere.
* Perhatikan bahwa CUDA 11 kebawah '''tidak mendukung''' GPU NVIDIA yang terpasang di ALELEON Supercomputer.


=== Modul NVIDIA CUDA Toolkit (Standalone) ===
=== Modul NVIDIA CUDA Toolkit (Standalone) ===
{| class="wikitable"
|'''''Note:'''''
* ''CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung GPU NVIDIA yang terpasang di Compute Node GPU (Partisi ampere) dan Interactive Node GPU Tilla.''
|}
{| class="wikitable sortable"
{| class="wikitable sortable"
|+Modul NVIDIA CUDA Toolkit
!Nama dan Versi
!Nama dan Versi
!Nama Modul
!Nama Modul
Baris 365: Baris 363:
|cuda/12.0-cuDNN8.7.0
|cuda/12.0-cuDNN8.7.0
|-
|-
| rowspan="2" |CUDA 12.1 dengan cuDNN 8.8.1 '''''[DEFAULT]'''''
|CUDA 12.1 dengan cuDNN 8.8.1  
|cuda/12.1-cuDNN8.8.1
|cuda/12.1-cuDNN8.8.1
|-
|-
|cuda
| rowspan="2" |CUDA 12.3 dengan cuDNN 8.9.6
|cuda/12.3-cuDNN8.9.6
|-
|''atau'' cuda
|}
|}


Baris 386: Baris 387:
Terdapat beberapa modul untuk NVIDIA HPC SDK dengan pembagian komponen:  
Terdapat beberapa modul untuk NVIDIA HPC SDK dengan pembagian komponen:  
{| class="wikitable sortable"
{| class="wikitable sortable"
|+Modul NVIDIA HPC SDK
!Nama dan Versi
!Nama dan Versi
!Nama Modul
!Nama Modul
Baris 402: Baris 404:


=='''Daftar Software Python dan Anaconda'''==
=='''Daftar Software Python dan Anaconda'''==
ALELEON Supercomputer menyediakan intepreter Python baik Python ''standalone'' dan ''suite'' Anaconda.
ALELEON Supercomputer menyediakan intepreter Python dari:
 
* Bawaan OS yaitu '''Python 3.9.18.'''
** ALELEON Supercomputer menggunakan environment Python 3 sebagai standar.
* Suite Anaconda 3.
* Modul terpisah.


=== Python Default OS ===
{| class="wikitable sortable"
ALELEON Supercomputer menggunakan '''Python 3.9.13''' sebagai default OS.  
|+Modul Anaconda
{| class="wikitable"
!Nama dan Versi
|'''''Note:'''''
!Python bawaan
* ''ALELEON Supercomputer '''tidak menyediakan Python 2 pada default OS''' karena ketidakcocokan dengan sistem OS. Apabila user membutuhkan Python 2, gunakan modul Python yang dijabarkan pada subbab berikutnya.''
!Nama Modul
|-
|Anaconda 3 2020.11
|3.8.5
|Anaconda3/2020.11
|-
|Anaconda 3 2021.05
|3.8.8
|Anaconda3/2021.05
|-
|Anaconda 3 2022.05
|3.9.12
|Anaconda3/2022.05
|-
|Anaconda 3 2023.07-2
|3.11.4
|Anaconda3/2023.07-2
|}
|}
=== Modul Python ===
{| class="wikitable sortable"
{| class="wikitable sortable"
|+Modul Python
!Nama dan Versi
!Nama dan Versi
!Nama Modul
!Nama Modul
Baris 428: Baris 450:
|Python/3.9.5-GCCcore-10.3.0
|Python/3.9.5-GCCcore-10.3.0
|-
|-
|Python 3.10.4 '''''[DEFAULT]'''''
|Python 3.10.4  
|Python/3.10.4-GCCcore-11.3.0
|Python/3.10.4-GCCcore-11.3.0
|}
=== Modul Suite Anaconda ===
{| class="wikitable sortable"
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|Anaconda 3 2020.11
* Python default 3.8.5
|Anaconda3/2020.11
|-
|-
|Anaconda 3 2021.05
| rowspan="2" |Python 3.11.3
* Python default 3.8.8
|Python/3.11.3-GCCcore-12.3.0
|Anaconda3/2021.05
|-
|-
|Anaconda 3 2022.05 '''''[DEFAULT]'''''
|''atau'' Python
* Python default 3.9.12
|Anaconda3/2022.05
|}
|}
User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat [[Versi dan Instalasi Python|'''Versi dan Instalasi Python''']].

Revisi per 20 Juni 2024 06.20

Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan info penggunaan untuk beberapa set software spesifik.

Layanan Gratis Instalasi Software

Admin EFISON memberikan layanan instalasi software gratis beserta optimasinya di ALELEON Supercomputer baik untuk user maupun calon user. User dapat melayangkan permohonan instalasi software dengan menghubungi admin EFISON melalui support@efisonlt.com.

Layanan mencakup:
  • Instalasi software beserta optimasinya.
  • Memastikan software bekerja dengan baik1.
  • Pembuatan halaman tutorial wiki untuk menjalankan software tersebut.
Persyaratan layanan:
  • Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di ALELEON Supercomputer.
  • Software diinstal secara global dimana dapat diakses oleh semua user.

Note:

  1. Apabila dibutuhkan, tim admin akan memohon kolaborasi dengan user bersangkutan untuk menguji instalasi software seperti dengan akun testing (gratis) atau membantu menyediakan file input / pengujian.

Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan

SIlahkan klik gambar dibawah ini untuk melihat daftar software komputasi dan tutorial penggunaan di ALELEON Supercomputer:

Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan

Daftar Compiler C/C++/Fortran

ALELEON Supercomputer menyediakan compiler C/C++/Fortran dari:

  • Bawaan OS yaitu GNU GCC 8.5.0-20 Red Hat.
  • GNU (GCC).
  • AMD (AOCC atau AMD Optimizing C/C++ and Fortran Compilers).
  • NVIDIA (NVIDIA HPC Compilers via NVIDIA HPC SDK Toolkit).
Wrapper Compiler C/C++/Fortran
Compiler C C++ Fortran
GCC gcc g++ gfortran
AOCC clang flang
NVIDIA nvc nvc++ nvfortran
Modul GCC
Nama dan Versi Nama Modul
GCC 8.3.0 GCC/8.3.0
GCC 8.4.0 GCC/8.4.0
GCC 10.2.0 GCC/10.2.0
atau GCC
GCC 10.3.0 GCC/10.3.0
GCC 11.2.0 GCC/11.2.0
GCC 11.3.0 GCC/11.3.0
GCC 12.2.0 GCC/12.2.0
GCC 12.3.0 GCC/12.3.0
GCC 13.2.0 GCC/13.2.0
Modul AOCC
Nama dan Versi Nama Modul
AOCC 3.1.0 aocc/3.1.0
AOCC 4.2.0 aocc/4.2.0
atau aocc
Modul NVIDIA HPC Compilers
Nama dan Versi Nama Modul
NVIDIA Compilers 23.1-0 nvhpc-nompi/23.1

Daftar Compiler MPI (Message Passing Interface)

Compiler MPI digunakan untuk compiling program paralel yang ditulis dengan library MPI. ALELEON Supercomputer memilih Open MPI sebagai MPI utama dengan optimasi sesuai arsitektur AMD Zen2 dan protokol network UCX.

Wrapper Compiler MPI
Compiler C C++ Fortran
Open MPI mpicc mpic++ mpifort
Modul Open MPI
Nama dan Versi Nama Modul
Open MPI 4.0.5 (versi GCC 9.3.0) OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0
Open MPI 4.0.5 (versi GCC 10.2.0) OpenMPI/4.0.5-GCC-10.2.0
Open MPI 4.1.0 openmpi/4.1.0-GCC-10.2.0
Open MPI 4.1.1 (versi GCC 10.3.0) OpenMPI/4.1.1-GCC-10.3.0
Open MPI 4.1.1 (versi GCC 11.2.0) OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0
Open MPI 4.1.3 (versi CUDA 11.6) openmpi/4.1.3-GCC-11.2.0-CUDA-11.6
Open MPI 4.1.4 (versi GCC 11.3.0) OpenMPI/4.1.4-GCC-11.3.0
Open MPI 4.1.4 (versi GCC 12.2.0) OpenMPI/4.1.4-GCC-12.2.0
Open MPI 4.1.5 OpenMPI/4.1.5-GCC-12.3.0
Open MPI 4.1.6 OpenMPI/4.1.6-GCC-13.2.0
atau OpenMPI

Daftar Library CPU Matematika

Library CPU matematika mencakup BLAS, LAPACK, scaLAPACK, FFTW, dan Eigensolver untuk menjalankan program dengan algoritma numerik. ALELEON Supercomputer menyediakan library CPU matematika dari berbagai pembuat yang telah disesuaikan untuk bekerja dengan CPU AMD EPYC Zen 2.

Modul AMD Optimizing CPU Libraries (AOCL)

Kategori Nama dan Versi Nama Modul
Accelerated math library AOCL LibM 3.6 (dari AOCL 2.2) LibM/3.6-AOCL2.2-GCC
Accelerated math library AOCL LibM 3.8 (dari AOCL 3.1) LibM/3.8-AOCL3.1-GCC11
BLAS AOCL BLIS 3.0 blis/3.0-AOCL-GCC10
BLAS AOCL BLIS 3.0.1 blis/3.0.1-AOCL-GCC11
BLAS AOCL BLIS 4.0 blis/4.0-AOCL-GCC11.3
FFTW3 AOCL FFTW 3.0 fftw/3.0-AOCL-GCC10
FFTW3 AOCL FFTW 3.0.1 fftw/3.0.1-AOCL-GCC11
FFTW3 AOCL FFTW 3.1 fftw/3.1-AOCL-GCC11
FFTW3 AOCL FFTW 4.0 fftw/4.0-AOCL-GCC11.3
LAPACK AOCL libFLAME 3.0 libflame/3.0-AOCL-GCC10
LAPACK AOCL libFLAME 3.0.1 libflame/3.0.1-AOCL-GCC11
LAPACK AOCL libFLAME 4.0 libflame/4.0-AOCL-GCC11.3
scaLAPACK AMD ScaLAPACK 3.0, linked:
  • AOCL BLIS 3.0.1
  • AOCL libFLAME 3.0.1
 scalapack/3.0-AOCL-BLIS-Libflame-GCC10
scaLAPACK AMD ScaLAPACK 3.0, linked:
  • AOCL BLIS 3.0.1
  • Netlib LAPACK 3.10
 scalapack/3.0-AOCL-BLIS-LAPACK-GCC10

Modul Intel OneAPI MKL (Math Kernel Library)

Intel OneAPI MKL mengandung BLAS, LAPACK, scaLAPACK, dan FFTW3.

Nama dan Versi Nama Modul
OneAPI MKL 2021.1.0.2659 oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly
OneAPI MKL 2021.3.0.3219 oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly
OneAPI MKL 2022.2.1.16993 [DEFAULT] oneapi/2022.2.1.16993-MKLOnly

Modul Library CPU lainnya

Kategori Nama dan Versi Nama Modul
Accelerated math library LibM 3.7 LibM/3.7-GCC11
Accelerated math library LibM 4.0 LibM/4.0-GCC11.3
BLAS OpenBLAS 0.3.7 OpenBLAS/0.3.7-GCC-8.3.0
BLAS OpenBLAS 0.3.12 OpenBLAS/0.3.12-GCC-10.2.0
BLAS OpenBLAS 0.3.13 openblas/0.3.13-GCC10
BLAS OpenBLAS 0.3.15 OpenBLAS/0.3.15-GCC-10.3.0
LAPACK Netlib LAPACK 3.9, linked:
  • AMD BLIS 3.0
 lapack/3.9-BLIS-GCC10
LAPACK Netlib LAPACK 3.10, linked:
  • AMD BLIS 3.0.1
 lapack/3.10-BLIS-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • AOCL BLIS 3.0
  • AOCL libFLAME 3.0
 scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • AOCL BLIS 3.0
  • Netlib LAPACK 3.9
 scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • GOMPI 2020b
 ScaLAPACK/2.1.0-gompi-2020b
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • GOMPI 2021a-fb
 ScaLAPACK/2.1.0-gompi-2021a-fb

Modul Eigenvalue Solvers

Nama dan Versi Nama Modul
ELPA 2018.11, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2020.11, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2021.05, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2021.05-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2021.05, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
 elpa/2021.05-GCC10-MKL
ELPA 2021.11 [DEFAULT], linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2021.11-GCC10-MKL-CUDA11

Daftar Software NVIDIA

ALELEON Supercomputer menyediakan software NVIDIA untuk CUDA Toolkit dan aplikasi HPC (NVIDIA HPC SDK) yang telah disesuaikan untuk arsitektur NVIDIA Ampere.

  • Perhatikan bahwa CUDA 11 kebawah tidak mendukung GPU NVIDIA yang terpasang di ALELEON Supercomputer.

Modul NVIDIA CUDA Toolkit (Standalone)

Modul NVIDIA CUDA Toolkit
Nama dan Versi Nama Modul
CUDA 11.2 dengan cuDNN 8.1.1 cuda/11.2-cuDNN8.1.1
CUDA 11.6 dengan cuDNN 8.3.3 cuda/11.6-cuDNN8.3.3
CUDA 11.8 dengan cuDNN 8.6.0 cuda/11.8-cuDNN8.6.0
CUDA 12.0 dengan cuDNN 8.7.0 cuda/12.0-cuDNN8.7.0
CUDA 12.1 dengan cuDNN 8.8.1 cuda/12.1-cuDNN8.8.1
CUDA 12.3 dengan cuDNN 8.9.6 cuda/12.3-cuDNN8.9.6
atau cuda

Modul NVIDIA HPC SDK (Experimental)

Note:
  • Saat ini tim engineering ALELEON Supercomputer sedang mengadakan pengujian kompabilitas sistem untuk NVIDIA HPC SDK ini.

NVIDIA HPC SDK berisikan modul NVIDIA:

  • NVIDIA HPC Compilers (C, C++, Fortran)
  • NVIDIA CUDA Toolkit (11.0, 11.8, 12.0)
  • NVIDIA MPI (Open MPI dengan CUDA aware)
  • NVIDIA Collective Communication Library (NCCL)
  • NVIDIA SHMEM (NVSHMEM)

Terdapat beberapa modul untuk NVIDIA HPC SDK dengan pembagian komponen:

Modul NVIDIA HPC SDK
Nama dan Versi Nama Modul Kelengkapan Komponen
NVIDIA HPC SDK 23.1 nvhpc/23.1 NV HPC compilers, CUDA, MPI, NCCL, SHMEM
nvhpc-nompi/23.1 NV HPC compilers, CUDA, NCCL, SHMEM
nvhpc-byo-compiler/23.1 CUDA, NCCL, SHMEM

Daftar Software Python dan Anaconda

ALELEON Supercomputer menyediakan intepreter Python dari:

  • Bawaan OS yaitu Python 3.9.18.
    • ALELEON Supercomputer menggunakan environment Python 3 sebagai standar.
  • Suite Anaconda 3.
  • Modul terpisah.
Modul Anaconda
Nama dan Versi Python bawaan Nama Modul
Anaconda 3 2020.11 3.8.5 Anaconda3/2020.11
Anaconda 3 2021.05 3.8.8 Anaconda3/2021.05
Anaconda 3 2022.05 3.9.12 Anaconda3/2022.05
Anaconda 3 2023.07-2 3.11.4 Anaconda3/2023.07-2
Modul Python
Nama dan Versi Nama Modul
Python 2.7.16 Python/2.7.16-GCCcore-8.3.0
Python 2.7.18 Python/2.7.18-GCCcore-11.2.0
Python 3.8.6 Python/3.8.6-GCCcore-10.2.0
Python 3.9.5 Python/3.9.5-GCCcore-10.3.0
Python 3.10.4 Python/3.10.4-GCCcore-11.3.0
Python 3.11.3 Python/3.11.3-GCCcore-12.3.0
atau Python
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Katalog_Software_ALELEON_Supercomputer&oldid=1559"