ORCA

[ORCA] adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode electronic structure seperti density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories, dll.

Modul ORCA

Berikut adalah detail versi ORCA yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul ORCA

Versi	Nama modul	Dukungan hardware
				OMP Threading	MPI multi-node
4.2.1	orca/4.2.1-OMPI3.1.4	V	-	-	V
5.0.3	orca/5.0.3-OpenMPI4.1.1	V	-	-	V

Hubungi tim admin melalui email support@efisonlt.com untuk permintaan instalasi versi lain.

Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core

Secara default, ORCA berjalan dengan satu core (single core CPU). ORCA dapat berjalan paralel (multi-core CPU) untuk menambah kecepatan komputasi dengan parameter tambahan pada main-input di file input:

!PAL untuk 8 Core CPU Maksimal

Main-input !PAL berfungsi untuk menjalankan ORCA pada maksimal 8 core. Contoh main-input PAL untuk menjalankan ORCA dengan 4 core CPU:

! B3LYP 6-31G(D) OPT PAL4

Dimana angka 4 setelah PAL adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 8 core, ubah menjadi PAL8.

%PAL NPROCS untuk lebih dari 8 Core CPU

Opsi tambahan %PAL NPROCS berfungsi untuk menjalankan ORCA dengan lebih dari 8 core. Contoh main-input %PAL NPROCS menjalankan ORCA dengan 32 core CPU:

! B3LYP 6-31(D) OPT 
%PAL NPROCS 32 END

Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat menjalankan GROMACS dengan pilihan metode:

1. [Batch Job] -> menjalankan komputasi melalui manajemen Slurm di [compute node].

(klik expand / kembangkan)

Apakah Bisa Menjalankan Job?

Bagi akun yang berjalan dengan kredit Core Hour seperti akun perseorangan, ada baiknya untuk memantau sisa Core Hour sebelum menjalankan job:

Memantau Sisa Core Hour
0
Menggunakan terminal! User EFIRO klik app Aleleon Shell Access atau menu Apps > Aleleon Shell Access
1A
Untuk akun perseorangan, jalankan perintah: $ sausage Untuk akun institusi dengan kredit Core Hour, ikuti petunjuk admin.
1B
Untuk mengetahui limit alokasi komputasi job user: Langkah batch job terminal, lihat step 2B. Langkah batch job EFIRO Job Composer, lihat step 5B.
2
Apabila butuh beli kredit Core Hour, lihat [top up Kredit Core Hour]
---

Batch Job

Tersedia dua pilihan tampilan yaitu terminal dan web EFIRO melalui app Job Composer. Pilih sesuai keinginan.

- Langkah Batch Job di Terminal -
Tutorial ini mengasumsikan user familiar dengan terminal Linux
0
Menggunakan terminal! User EFIRO klik app Aleleon Shell Access atau menu Apps > Aleleon Shell Access
1
Lakukan persiapan:
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan: Upload / download file lihat [Upload / Download File HOME] Perhatikan file input untuk menjalankan ORCA multi-core CPU.
2A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi: Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh Biasanya submit script berada satu folder dengan file komputasi. $ nano submit.sh atau vim
Contoh template Submit Script: Ikuti petunjuk NOTES dan alur script di dalamnya. Klik expand / kembangkan - Template SLURM Submit Script ORCA - #!/bin/bash # ----------------------------------------------------- # Template SLURM Submit Script # ORCA | rev.080124 # # NOTES: # 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////). # 2. Template ini bersifat referensi. # User dapat mengubah bagian yang perlu diubah. # 3. Perhatikan jumlah ntasks mengikuti besar core # yang didefinisikan pada input file. # ----------------------------------------------------- # ----------------------------------------------------- # Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module # ----------------------------------------------------- # Alokasi jumlah core thread CPU #SBATCH --ntasks=//// # Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB) #SBATCH --mem=////GB # Alokasi limit waktu menjalankan job # Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS #SBATCH --time=//// # Definisi file untuk menampung output terminal program #SBATCH --output=result-%j.txt # Definisi file untuk menampung output error log #SBATCH --error=error-%j.txt # Nama input file ORCA yang dijalankan INPUT_FILE="////.inp" # Memuat modul software ORCA # Daftar modul lihat subbab "Modul ORCA" di atas module load orca//// # ---------------------------------------------------- # Script jalannya program # ---------------------------------------------------- # Menyimpan full PATH orca dengan which WHICH_ORCA=$(which orca) # Perintah menjakankan ORCA ${WHICH_ORCA} ${INPUT_FILE}
Info script lebih detail lihat [Submit Script ALELEON Supercomputer] Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [Slurm Jojo]
2B
Berapa alokasi komputasi yang bisa digunakan?
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) punya limit berdasarkan: Sisa Core Hour user dan [Fair Usage Limit] Spesifikasi sistem dan software komputasi. Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: $ slimit-mpi Note untuk saat ini: Jalankan ketika tidak ada job user yang berjalan atau antri. Sementara berlaku untuk akun perseorangan saja.
3
Jalankan job dengan perintah: $ sbatch [nama-submit-script] Contoh: $ sbatch submit.sh
4
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah: $ squeue -ul $USER Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job: STATE Penjelasan R (RUN) Job berjalan PD (PENDING) Job tertahan, lihat [Daftar Job Reason] CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up CA (CANCELED) Job dibatalkan user PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
5
User dapat memantau file output dengan perintah Unix seperti: ls, cat, more, tail, dll
6
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: $ scancel [job-ID] Job ID ada pada squeue diatas. contoh membatalkan job ID 231: $ scancel 231
---

- Langkah Batch Job di EFIRO Job Composer -
1
[Login ke web EFIRO] ALELEON Supercomputer.
2
Klik app Job Composer di homepage EFIRO. atau menu Apps > Job Composer
Pilih menu New Job > From Template
3
Buat ruang job untuk menjalankan komputasi:
Pilih template ORCA yang diinginkan: Nama Template Penjelasan ORCA 4.2.1 Menjalankan ORCA versi 4.2.1 ORCA 5.0.3 Menjalankan ORCA versi 5.0.3 Kemudian isi Job Name dan klik Create New Job
4
Lakukan persiapan:
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan di ruang job: Pastikan ruang job yang dipilih adalah yang akan digunakan. Upload / download / edit file via menu Edit Files Upload / download file tunggal diatas 2GB gunakan [software FTP] Perhatikan file input untuk menjalankan ORCA multi-core CPU.
5A
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi. Ikuti petunjuk NOTES dan alur script di dalamnya. Klik Save setiap kali mengubah script.
Info script lebih detail lihat [Submit Script ALELEON Supercomputer] Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [Slurm Jojo]
5B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) punya limit berdasarkan: Sisa Core Hour user dan [Fair Usage Limit] Spesifikasi sistem dan software komputasi. Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: $ slimit-mpi Note untuk saat ini: Jalankan ketika tidak ada job user yang berjalan atau antri. Sementara berlaku untuk akun perseorangan saja.
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit Kolom Status menunjukkan status jalannya job: Status Arti Not Submitted Job belum pernah dijalankan. Running Job berjalan. Queue Job mengantri dan belum berjalan. Completed Job selesai berjalan. Failed Job berhenti karena error atau di stop user. Melihat alasan job yang queue: Buka menu Apps > Active Jobs di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke Your Jobs. Klik simbol > untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Job Reason ALELEON Supercomputer
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents Atau dengan membuka menu Edit Files Kolom Folder Contents
8
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, klik Stop
9
Untuk menghapus ruang job dan datanya: Pilih ruang job yang akan dihapus. Perhatikan opsi ini juga menghapus data di ruang job tersebut. Klik menu Delete
---

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:

support@efisonlt.com