ORCA: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(→‎3A. Melengkapi Submit Script Template: penjelasan MPI lebih singkat)
(→‎Pilihan Menjalankan Komputasi: desain baru head job composer dan aleleon shell access)
 
(45 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 1: Baris 1:
[[Berkas:Orca logo.png|nirbing|350x350px]]
[[Berkas:Logo ORCA ALELEON tp.png|nirbing|350x350px]]


[https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal '''ORCA'''] adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode ''electronic structure'' seperti ''density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories'', dll.
'''[[https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal ORCA]]''' adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode ''electronic structure'' seperti ''density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories'', dll.


== '''Versi yang Tersedia''' ==
== '''''Modul ORCA''''' ==
Berikut adalah detail versi ORCA yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Versi
|+Modul ORCA
!Dukungan MPI
! rowspan="2" |Versi
!Dukungan Hardware
! rowspan="2" | Nama modul
! colspan="4" |Dukungan hardware
|-
![[Berkas:GMB CPU icon.png|nirbing|50x50px]]
![[Berkas:GMB GPU icon.png|nirbing|80x80px]]
!OMP
Threading
! MPI  
multi-node
|-
|-
|4.2.1
|4.2.1
|Pure MPI
|'''<code>orca/4.2.1-OMPI3.1.4</code>'''
|CPU, multi-node
| V
| -
| -
|V
|-
|5.0.3
|'''<code>orca/5.0.3-OpenMPI4.1.1</code>'''
|V
| -
| -
|V
|}
|}
Hubungi tim admin melalui email '''support@efisonlt.com''' untuk permintaan instalasi versi lain.


== '''Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core''' ==
== '''''Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core''''' ==
Secara default, ORCA berjalan hanya dengan satu core - sesuatu yang tentunya menghambat kecepatan komputasi user. ORCA dapat berjalan secara paralel (multi core CPU) dengan parameter tambahan pada '''''main-input''''' di '''file input''':
Secara default, ORCA berjalan dengan '''satu core (single core CPU)'''. ORCA dapat berjalan '''paralel (multi-core CPU)''' untuk menambah kecepatan komputasi dengan parameter tambahan pada '''''main-input''''' di '''file input''':
 
---


=== '''Maksimal 8 Core: !PAL''' ===
=== '''!PAL untuk 8 Core CPU Maksimal''' ===
Main-input !PAL berfungsi untuk menjalankan ORCA pada maksimal 8 core. Contoh main-input PAL untuk menjalankan ORCA dengan 4 core CPU:  
Main-input !PAL berfungsi untuk menjalankan ORCA pada maksimal 8 core. Contoh main-input PAL untuk menjalankan ORCA dengan 4 core CPU:  
  ! B3LYP 6-31G(D) OPT '''PAL4'''
  ! B3LYP 6-31G(D) OPT '''PAL4'''
Dimana angka 4 setelah PAL adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 8 core, ubah menjadi PAL8.
Dimana angka 4 setelah PAL adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 8 core, ubah menjadi PAL8.


---
=== '''%PAL NPROCS untuk lebih dari 8 Core CPU''' ===
 
=== '''Lebih dari 8 Core: %PAL NPROCS''' ===
Opsi tambahan %PAL NPROCS berfungsi untuk menjalankan ORCA dengan lebih dari 8 core. Contoh main-input %PAL NPROCS menjalankan ORCA dengan 32 core CPU:  
Opsi tambahan %PAL NPROCS berfungsi untuk menjalankan ORCA dengan lebih dari 8 core. Contoh main-input %PAL NPROCS menjalankan ORCA dengan 32 core CPU:  
  ! B3LYP 6-31(D) OPT  
  ! B3LYP 6-31(D) OPT  
  '''%PAL NPROCS 32 END'''
  '''%PAL NPROCS 32 END'''
Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.
Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.
=='''''Pilihan Menjalankan Komputasi'''''==
User dapat menjalankan GROMACS dengan pilihan metode:
#'''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/ORCA#Batch_Job Batch Job]]''' -> menjalankan komputasi melalui manajemen Slurm di '''[<nowiki/>[[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]]].'''
''<small><code>(klik expand / kembangkan)</code></small>''
=== Apakah Bisa Menjalankan Job? ===
Bagi akun yang berjalan dengan '''kredit Core Hour''' seperti akun perseorangan, ada baiknya untuk memantau sisa Core Hour sebelum menjalankan job:
{| class="wikitable"
!Memantau Sisa Core Hour
|-
!<big>0</big>
|-
|[[Berkas:EOD Apps Shell full.png|kiri|nirbing|101x101px]]'''Menggunakan terminal!'''
*User EFIRO klik app '''<code>Aleleon Shell Access</code>'''
*''atau'' menu '''<code>Apps > Aleleon Shell Access</code>'''
|-
!<big>1A</big>
|-
|Untuk akun perseorangan, jalankan perintah:
$ '''sausage'''
''Untuk akun institusi dengan kredit Core Hour, ikuti petunjuk admin.''
|-
!<big>1B</big>
|-
|Untuk mengetahui limit alokasi komputasi job user:
* Langkah batch job terminal, lihat step '''2B.'''
* Langkah batch job EFIRO Job Composer, lihat step '''5B.'''
|-
!'''<big>2</big>'''
|-
|Apabila butuh beli kredit Core Hour, lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Core_Hour#Penggunaan_Kredit_Core_Hour top up Kredit Core Hour]]'''
|-
!---
|}
===Batch Job===
Tersedia dua pilihan tampilan yaitu terminal dan web EFIRO melalui app Job Composer. Pilih sesuai keinginan.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!- Langkah Batch Job di Terminal -
[[Berkas:Sbatch terminal display rev2.png|tepi|400x400px]]
|-
!''Tutorial ini mengasumsikan user familiar dengan terminal Linux''
|-
!<big>0</big>
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |[[Berkas:EOD Apps Shell full.png|kiri|nirbing|101x101px]]'''Menggunakan terminal!'''
*User EFIRO klik app '''<code>Aleleon Shell Access</code>'''
*''atau'' menu '''<code>Apps > Aleleon Shell Access</code>'''
|-
!<big>1</big>
|-
!Lakukan persiapan:
|-
|
*'''Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:'''
**Upload / download file lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Manajemen_File_di_ALELEON_Supercomputer#Upload_dan_Download_File Upload / Dow][https://wiki.efisonlt.com/wiki/Manajemen_File_di_ALELEON_Supercomputer#Upload_dan_Download_File nload File HOME]]'''
*'''Perhatikan file input untuk menjalankan ORCA multi-core CPU.'''
|-
!<big>2A</big>
|-
|Buat '''Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi:
*Nama file bebas dengan format .sh, contoh '''<code>submit.sh</code>'''
*''Biasanya submit script berada satu folder dengan file komputasi.''
$ '''nano submit.sh'''
''<small>atau vim</small>''
|-
!
|-
|Contoh template Submit Script:
*Ikuti petunjuk '''NOTES dan alur script''' di dalamnya.
''<small><code>Klik expand / kembangkan</code></small>''
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!- Template SLURM Submit Script ORCA -
[[Berkas:GMB CPU icon.png|nirbing|80x80px]]
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash


== '''Menjalankan ORCA''' ==
# -----------------------------------------------------
User menjalankan ORCA pada '''Job Composer''' EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer
# Template SLURM Submit Script
# ORCA | rev.080124
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Perhatikan jumlah ntasks mengikuti besar core
#    yang didefinisikan pada input file.
# -----------------------------------------------------


[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|400x400px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------


---
# Alokasi jumlah core thread CPU
----
#SBATCH --ntasks=////


=== 1. Memilih template ORCA ===
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB


* Klik '''New Jobs > From Template.'''
# Alokasi limit waktu menjalankan job
* Pilih template ORCA yang dibutuhkan.
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
* isi '''Job Name''' sesuai keinginan user kemudian klik '''Create New Job'''.
#SBATCH --time=////


[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|200x200px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
 
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
 
# Nama input file ORCA yang dijalankan
INPUT_FILE="////.inp"
 
# Memuat modul software ORCA
# Daftar modul lihat subbab "Modul ORCA" di atas
module load orca////
 
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
 
# Menyimpan full PATH orca dengan which
WHICH_ORCA=$(which orca)
 
# Perintah menjakankan ORCA
${WHICH_ORCA} ${INPUT_FILE}
</syntaxhighlight>
|}
|-
|
*''<small>Info script lebih detail lihat '''[<nowiki/>[[Submit Script ALELEON Supercomputer]]]'''</small>''


---
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM Slurm Jojo]]'''</small>''
|-
!<big>2B</big>
|-
!Berapa alokasi komputasi yang bisa digunakan?
|-
|SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) '''punya limit''' berdasarkan:
*Sisa Core Hour user dan '''[<nowiki/>[[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|Fair Usage Limit]]]'''
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:
$ '''slimit-mpi'''
[[Berkas:GMB warning wololo.png|nirbing|50x50px]] '''Note untuk saat ini:'''


[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
*''Jalankan ketika tidak ada job user yang berjalan atau antri.''
*''Sementara berlaku untuk akun perseorangan saja.''
|-
!<big>3</big>
|-
| Jalankan job dengan perintah:
$ '''sbatch ''[nama-submit-script]'''''
''Contoh:''
$ sbatch submit.sh
|-
!<big>4</big>
|-
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
$ '''squeue -ul $USER'''
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Template ORCA yang tersedia
|+Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job:
!Nama Template
|-
!STATE
!Penjelasan
|-
|<code>R (RUN)</code>
|Job berjalan
|-
|<code>PD (PENDING)</code>
|Job tertahan, lihat '''[<nowiki/>[[Daftar Job Reason ALELEON Supercomputer|Daftar Job Reason]]]'''
|-
|<code>CG (COMPLETING)</code>
| Job selesai dan dalam proses clean-up
|-
|<code>CA (CANCELED)</code>
|Job dibatalkan user
|-
|<code>PR (PREEMPETED)</code>
|Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
|-
|<code>S (SUSPENDED)</code>
|Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
|}
|-
!<big>5</big>
|-
|User dapat memantau file output dengan perintah Unix seperti:
*'''<code>ls</code>''', '''<code>cat</code>''', '''<code>more</code>''', '''<code>tail</code>''', dll
|-
!<big>6</big>
|-
|Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
'''$ scancel ''[job-ID]'''''
''Job ID ada pada squeue diatas.''
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231
|-
!---
|}
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!- Langkah Batch Job di EFIRO Job Composer -
[[Berkas:Efiro jobcomposer display.png|nirbing|400x400px]]
|-
! <big>1</big>
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]]''' ALELEON Supercomputer.
|-
!<big>2</big>
|-
|
{| class="wikitable"
|[[Berkas:EOD Apps Job Composer full.png|nirbing|126x126px]]
|Klik app '''<code><big>Job Composer</big></code>'''  di homepage EFIRO.
*''atau'' menu '''<big><code>Apps > Job Composer</code></big>'''
|}
|-
|[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nirbing|170x170px]]Pilih menu <big>'''<code>New Job > From Template</code>'''</big>
|-
!<big>3</big>
|-
!Buat ruang job untuk menjalankan komputasi:
|-
|
{| class="wikitable"
|+Pilih template ORCA yang diinginkan:
|-
! Nama Template
!Penjelasan
!Penjelasan
|-
|-
|ORCA 4.2.1
|ORCA 4.2.1
|Template standar ORCA versi 4.2.1
|Menjalankan ORCA versi 4.2.1
|-
|ORCA 5.0.3
|Menjalankan ORCA versi 5.0.3
|}
|}
---
Kemudian isi '''Job Name''' dan klik '''<code><big>Create New Job</big></code>'''
----


=== 2. Mempersiapkan file input ORCA ===
[[Berkas:Jctemplate-2.png|nirbing]]
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]
|-
!<big>4</big>
|-
!Lakukan persiapan:
|-
|'''Siapkan file komputasi yang dibutuhkan di ruang job:'''
*''Pastikan ruang job yang dipilih adalah yang akan digunakan.''


* User dapat melakukan '''upload, editing, dan rename file input ORCA''' melalui menu '''Edit Files.'''
* Upload / download / edit file via menu <code>'''<big>Edit Files</big>'''</code>
* Taruh input file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-orca.sh.'''


---
*Upload / download file tunggal diatas 2GB gunakan '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Manajemen_File_di_ALELEON_Supercomputer#Upload_/_Download_Ruang_Job_Composer software FTP]]'''
----
'''Perhatikan file input untuk menjalankan ORCA multi-core CPU.'''


=== 3A. Melengkapi Submit Script Template ===
[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|400x400px]]
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
|-
* Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program ORCA dapat berjalan:
!<big>5A</big>
**Parameter SBATCH.
|-
**Nama file input ORCA.
|Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code><big>Open Editor</big></code>'''
*Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:
*Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
[[Berkas:Wiki-14.jpg|1000x1000px|link=SLURM Script ALELEON Supercomputer |alt=SLURM Script ALELEON Supercomputer ]]
*Ikuti petunjuk '''NOTES dan alur script''' di dalamnya.
 
*Klik '''<code><big>Save</big></code>''' setiap kali mengubah script.
[[Berkas:Jcsaveedit.png|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsaveedit.png|al=]]
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
 
|-
---
!
===3B. MPI pada ORCA===
ORCA menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
{| class="wikitable"
![[MPI ALELEON Supercomputer]]
|-
|-
|
|
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node''']
*''<small>Info script lebih detail lihat '''[<nowiki/>[[Submit Script ALELEON Supercomputer]]]'''</small>''
**User dapat menjalankan ORCA hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
|}---
----


===4. Menjalankan Job===
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM Slurm Jojo]]'''</small>''
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''.
|-
!<big>5B</big>
|-
|SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) '''punya limit''' berdasarkan:
*Sisa Core Hour user dan '''[<nowiki/>[[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|Fair Usage Limit]]]'''
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:
$ '''slimit-mpi'''
[[Berkas:GMB warning wololo.png|nirbing|50x50px]] '''Note untuk saat ini:'''


[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
*''Jalankan ketika tidak ada job user yang berjalan atau antri.''
*Perhatikan status jalannya job pada kolom '''Status.'''
*''Sementara berlaku untuk akun perseorangan saja.''
|-
!<big>6</big>
|-
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code><big>Submit</big></code>'''
[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|400x400px]]
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Kolom Status menunjukkan status jalannya job:
|-
!Status
!Status
!Arti
!Arti
Baris 116: Baris 354:
|-
|-
|Failed
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan,
|Job berhenti karena error atau di stop user.
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|-
! colspan="2" |'''Melihat alasan job yang queue:'''
|-
| colspan="2" |[[Berkas:Active Jobs detail.png|nir|jmpl|300x300px|''Buka menu '''Apps >''' '''Active Jobs''' di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke '''Your Jobs'''. Klik simbol '''>''' untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Job Reason ALELEON Supercomputer]]''''']]
|}
|-
!<big>7</big>
|-
|Lihat output file komputasi pada kolom '''Folder Contents'''
*Atau dengan membuka menu '''<code><big>Edit Files</big></code>'''
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>''''']]
|-
!<big>8</big>
|-
|Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, klik '''<code><big>Stop</big></code>'''
|-
!<big>9</big>
|-
|Untuk menghapus ruang job dan datanya:
*Pilih ruang job yang akan dihapus.
*Perhatikan opsi ini juga '''menghapus data di ruang job tersebut.'''
*Klik menu '''<code><big>Delete</big></code>'''
[[Berkas:JC delete menu.png|nirbing|400x400px]]
|-
!---
|}
|}
*User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
=='''''Pelaporan Kendala dan Support'''''==
*Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit.
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
---
----
 
===5. Melihat hasil job yang selesai===
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''
 
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nirbing|399x399px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png]]


---
[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]
----


===6. Submit ulang job===
Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.
'''support@efisonlt.com'''

Revisi terkini sejak 4 Mei 2025 16.02

Logo ORCA ALELEON tp.png

[ORCA] adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode electronic structure seperti density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories, dll.

Modul ORCA

Berikut adalah detail versi ORCA yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul ORCA
Versi Nama modul Dukungan hardware
GMB CPU icon.png GMB GPU icon.png OMP

Threading

MPI

multi-node

4.2.1 orca/4.2.1-OMPI3.1.4 V - - V
5.0.3 orca/5.0.3-OpenMPI4.1.1 V - - V

Hubungi tim admin melalui email support@efisonlt.com untuk permintaan instalasi versi lain.

Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core

Secara default, ORCA berjalan dengan satu core (single core CPU). ORCA dapat berjalan paralel (multi-core CPU) untuk menambah kecepatan komputasi dengan parameter tambahan pada main-input di file input:

!PAL untuk 8 Core CPU Maksimal

Main-input !PAL berfungsi untuk menjalankan ORCA pada maksimal 8 core. Contoh main-input PAL untuk menjalankan ORCA dengan 4 core CPU: 

! B3LYP 6-31G(D) OPT PAL4

Dimana angka 4 setelah PAL adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 8 core, ubah menjadi PAL8.

%PAL NPROCS untuk lebih dari 8 Core CPU

Opsi tambahan %PAL NPROCS berfungsi untuk menjalankan ORCA dengan lebih dari 8 core. Contoh main-input %PAL NPROCS menjalankan ORCA dengan 32 core CPU: 

! B3LYP 6-31(D) OPT 
%PAL NPROCS 32 END

Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat menjalankan GROMACS dengan pilihan metode:

  1. [Batch Job] -> menjalankan komputasi melalui manajemen Slurm di [compute node].

(klik expand / kembangkan)

Apakah Bisa Menjalankan Job?

Bagi akun yang berjalan dengan kredit Core Hour seperti akun perseorangan, ada baiknya untuk memantau sisa Core Hour sebelum menjalankan job:

Memantau Sisa Core Hour
0
EOD Apps Shell full.png
Menggunakan terminal!
  • User EFIRO klik app Aleleon Shell Access
  • atau menu Apps > Aleleon Shell Access
1A
Untuk akun perseorangan, jalankan perintah: 
$ sausage

Untuk akun institusi dengan kredit Core Hour, ikuti petunjuk admin.

1B
Untuk mengetahui limit alokasi komputasi job user:
  • Langkah batch job terminal, lihat step 2B.
  • Langkah batch job EFIRO Job Composer, lihat step 5B.
2
Apabila butuh beli kredit Core Hour, lihat [top up Kredit Core Hour]
---

Batch Job

Tersedia dua pilihan tampilan yaitu terminal dan web EFIRO melalui app Job Composer. Pilih sesuai keinginan.

- Langkah Batch Job di Terminal -

Sbatch terminal display rev2.png

Tutorial ini mengasumsikan user familiar dengan terminal Linux
0
EOD Apps Shell full.png
Menggunakan terminal!
  • User EFIRO klik app Aleleon Shell Access
  • atau menu Apps > Aleleon Shell Access
1
Lakukan persiapan:
  • Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
  • Perhatikan file input untuk menjalankan ORCA multi-core CPU.
2A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi:
  • Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
  • Biasanya submit script berada satu folder dengan file komputasi.
$ nano submit.sh
atau vim
Contoh template Submit Script:
  • Ikuti petunjuk NOTES dan alur script di dalamnya.

Klik expand / kembangkan

- Template SLURM Submit Script ORCA -

GMB CPU icon.png 

#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# ORCA | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Perhatikan jumlah ntasks mengikuti besar core
#    yang didefinisikan pada input file.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file ORCA yang dijalankan
INPUT_FILE="////.inp"

# Memuat modul software ORCA
# Daftar modul lihat subbab "Modul ORCA" di atas 
module load orca////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Menyimpan full PATH orca dengan which
WHICH_ORCA=$(which orca)

# Perintah menjakankan ORCA
${WHICH_ORCA} ${INPUT_FILE}
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [Slurm Jojo]
2B
Berapa alokasi komputasi yang bisa digunakan?
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) punya limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan [Fair Usage Limit]
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-mpi

GMB warning wololo.png Note untuk saat ini:

  • Jalankan ketika tidak ada job user yang berjalan atau antri.
  • Sementara berlaku untuk akun perseorangan saja.
3
Jalankan job dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
4
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah: 
$ squeue -ul $USER
Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job:
STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat [Daftar Job Reason]
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
5
User dapat memantau file output dengan perintah Unix seperti:
  • ls, cat, more, tail, dll
6
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231
---
- Langkah Batch Job di EFIRO Job Composer -

Efiro jobcomposer display.png

1
[Login ke web EFIRO] ALELEON Supercomputer.
2
EOD Apps Job Composer full.png Klik app Job Composer di homepage EFIRO.
  • atau menu Apps > Job Composer
Jcnewjobmarked.pngPilih menu New Job > From Template
3
Buat ruang job untuk menjalankan komputasi:
Pilih template ORCA yang diinginkan:
Nama Template Penjelasan
ORCA 4.2.1 Menjalankan ORCA versi 4.2.1
ORCA 5.0.3 Menjalankan ORCA versi 5.0.3

Kemudian isi Job Name dan klik Create New Job

Jctemplate-2.png

4
Lakukan persiapan:
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan di ruang job:
  • Pastikan ruang job yang dipilih adalah yang akan digunakan.
  • Upload / download / edit file via menu Edit Files
  • Upload / download file tunggal diatas 2GB gunakan [software FTP]

Perhatikan file input untuk menjalankan ORCA multi-core CPU.

JC job menu.png

5A
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor
  • Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Ikuti petunjuk NOTES dan alur script di dalamnya.
  • Klik Save setiap kali mengubah script.

  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [Slurm Jojo]
5B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) punya limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan [Fair Usage Limit]
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-mpi

GMB warning wololo.png Note untuk saat ini:

  • Jalankan ketika tidak ada job user yang berjalan atau antri.
  • Sementara berlaku untuk akun perseorangan saja.
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit

Kolom Status menunjukkan status jalannya job:
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti karena error atau di stop user.
Melihat alasan job yang queue:
Buka menu Apps > Active Jobs di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke Your Jobs. Klik simbol > untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Job Reason ALELEON Supercomputer
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
  • Atau dengan membuka menu Edit Files
Kolom Folder Contents
8
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, klik Stop
9
Untuk menghapus ruang job dan datanya:
  • Pilih ruang job yang akan dihapus.
  • Perhatikan opsi ini juga menghapus data di ruang job tersebut.
  • Klik menu Delete

JC delete menu.png

---

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=ORCA&oldid=1955"