GROMACS: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(italic deskripsi gambar)
(revert - ubah manual head job composer)
 
(36 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 1: Baris 1:


[[Berkas:Logo GROMACS ALELEON tp.png|nirbing|500x500px]]


[[Berkas:GROMACS.png|nirbing|450x450px]]
'''[[https://www.gromacs.org/ GROMACS]]''' adalah package berkecepatan tinggi untuk komputasi dinamika molekular baik untuk biokimia (seperti protein, lipids) maupun non-biokimia (seperti polimer).


[https://www.gromacs.org/ '''GROMACS'''] adalah package berkecepatan tinggi untuk komputasi dinamika molekular baik untuk biokimia (seperti protein, lipids) maupun non-biokimia (seperti polimer).
== '''''Modul GROMACS''''' ==
 
== '''Modul GROMACS''' ==
Berikut adalah detail versi GROMACS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
Berikut adalah detail versi GROMACS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
Baris 13: Baris 12:
! colspan="4" | Dukungan hardware
! colspan="4" | Dukungan hardware
|-
|-
!CPU
![[Berkas:GMB CPU icon.png|nirbing|50x50px]]
!GPU
![[Berkas:GMB GPU icon.png|nirbing|80x80px]]
!OMP
!OMP
Threading
Threading
Baris 21: Baris 20:
|-
|-
|2021.1
|2021.1
|gromacs/2021.1-GCC10-MKL
|<code>'''gromacs/2021.1-GCC10-MKL'''</code>
|V
|V
| -
| -
Baris 28: Baris 27:
|}
|}
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Modul GROMACS versi GPU
|+Modul GROMACS versi CPU dan GPU
! rowspan="2" | Versi
! rowspan="2" | Versi
! rowspan="2" |Nama modul software
! rowspan="2" |Nama modul software
! colspan="4" |Dukungan hardware
! colspan="4" |Dukungan hardware
|-
|-
!CPU
![[Berkas:GMB CPU icon.png|nirbing|50x50px]]
!GPU
![[Berkas:GMB GPU icon.png|nirbing|80x80px]]
!OMP
!OMP
Threading
Threading
Baris 41: Baris 40:
|-
|-
|2022.4
|2022.4
|gromacs/2022.4-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA11.8
|<code>'''gromacs/2022.4-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA11.8'''</code>
|V
|V
|V
|V
| V
| V
|V
|-
|2024.4
|<code>'''gromacs/2024.4-GCC12.3-AOCL5.0-CUDA12.5'''</code>
|V
|V
|V
|V
|V
|}
|}
Hubungi tim admin melalui email '''support@efisonlt.com''' untuk permintaan instalasi versi lain.
== '''''Info Menjalankan GROMACS dengan Akselerasi GPU''''' ==
ALELEON Supercomputer menyediakan GROMACS yang dapat berjalan dengan akselerasi GPU. Beberapa hal perlu menjadi pertimbangan user: 


== '''Info Menjalankan GROMACS dengan Akselerasi GPU''' ==
* Akselerasi GPU bukan jaminan peningkatan performa pada semua jenis input dan parameter.
ALELEON Supercomputer menyediakan GROMACS yang dapat berjalan dengan akselerasi GPU. Beberapa hal yang perlu diketahui dan menjadi pertimbangan user: 
** Tim admin menyarankan user untuk menguji hal ini di perangkat komputer pribadi.


* '''Tidak semua input dan parameter berjalan kencang dengan akselerasi GPU'''.
* Biasanya GROMACS mdrun tidak memerlukan parameter tambahan untuk akselerasi GPU.  
** Harap user dapat menguji terlebih dahulu dengan nsteps kecil untuk mengetahui peningkatan performa yang bisa diperoleh melalui akselerasi GPU.
** Dalam beberapa kasus, optimasi parameter tambahan dapat meningkatkan kecepatan komputasi.
** Perhatikan bahwa pengujian tersebut menggunakan kredit CPU Core Hour dan GPU Hour user.
* Referensi lanjutan parameter akselerasi GPU (-nb, -bonded, -pme) dapat dipelajari pada tautan berikut:
** '''[[https://manual.gromacs.org/current/user-guide/mdrun-performance.html Getting good performance from mdrun — GROMACS 2021.1 documentation]]'''
** '''[[https://developer.nvidia.com/blog/creating-faster-molecular-dynamics-simulations-with-gromacs-2020 Creating Faster Molecular Dynamics Simulations with GROMACS 2020 | NVIDIA Developer Blog]]'''
=='''''Pilihan Menjalankan Komputasi'''''==
User dapat menjalankan GROMACS dengan pilihan metode:


* Biasanya, GROMACS mdrun '''tidak memerlukan parameter tambahan''' untuk menjalankan akselerasi GPU. Namun dalam beberapa kasus, optimasi menggunakan parameter tambahan bisa berpengaruh positif ke kecepatan komputasi.
# '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/GROMACS#Batch_Job Batch Job]]''' -> menjalankan komputasi melalui manajemen Slurm di '''[<nowiki/>[[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]]].'''
* Referensi mengenai parameter akselerasi GPU lanjutan (-nb, -bonded, -pme) dapat dibaca di laman:
''<small><code>(klik expand / kembangkan)</code></small>''
** [https://manual.gromacs.org/current/user-guide/mdrun-performance.html '''Getting good performance from mdrun — GROMACS 2021.1 documentation''']
 
** '''[https://developer.nvidia.com/blog/creating-faster-molecular-dynamics-simulations-with-gromacs-2020 Creating Faster Molecular Dynamics Simulations with GROMACS 2020 | NVIDIA Developer Blog].'''
=== Apakah Bisa Menjalankan Job? ===
=='''Menjalankan GROMACS'''==
Bagi akun yang berjalan dengan '''kredit Core Hour''' seperti akun perseorangan, ada baiknya untuk memantau sisa Core Hour sebelum menjalankan job:
User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO ''(klik expand atau kembangkan)''.
{| class="wikitable"
===Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)===
!Memantau Sisa Core Hour
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
|-
! colspan="2" |Langkah Menjalankan GROMACS di Terminal
!<big>0</big>
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]
|-
|[[Berkas:EOD Apps Shell full.png|kiri|nirbing|114x114px]]Menggunakan terminal!
*User web EFIRO buka app '''<big><code>Aleleon Shell Access</code></big>'''
*''atau'' menu <code>'''<big>Apps > Aleleon Shell Access</big>'''</code>
|-
!<big>1A</big>
|-
|Untuk akun perseorangan, jalankan perintah:
$ '''sausage'''
''Untuk akun institusi dengan kredit Core Hour, ikuti petunjuk admin.''
|-
|-
|'''0'''
!<big>1B</big>
|
=====Login SSH=====
Tatacara login SSH lihat laman [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_|_Login_SSH '''Login SSH ALELEON Supercomputer'''].
|-
|-
|'''1'''
|Untuk mengetahui limit alokasi komputasi job user:
|
=====Menyiapkan File Komputasi=====
Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:
*File input dan data komputasi.
**User dapat upload / download file ke ALELEON dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
==== Menyiapkan Input Parameter GROMACS ====
User harus membuat input parameter GROMACS supaya komputasi dapat berjalan:


* Beberapa perintah bersifat interaktif sehingga harus dilakukan sebelum submit job.
* Langkah batch job terminal, lihat step '''2B.'''
* Berikut adalah langkah membuat input parameter GROMACS:  
* Langkah batch job EFIRO Job Composer, lihat step '''5B.'''
|-
!'''<big>2</big>'''
|-
|Apabila butuh beli kredit Core Hour, lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Core_Hour#Penggunaan_Kredit_Core_Hour top up Kredit Core Hour]]'''
|-
!---
|}


{| class="wikitable"
===Batch Job===
! colspan="2" |Langkah Menyiapkan Input Parameter
Tersedia dua pilihan tampilan yaitu terminal dan web EFIRO melalui app Job Composer. Pilih sesuai keinginan.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!- Langkah Batch Job di Terminal -
[[Berkas:Sbatch terminal display rev2.png|tepi|400x400px]]
|-
!''Tutorial ini mengasumsikan user familiar dengan terminal Linux''
|-
!<big>0</big>
|-
|-
|'''1'''
|[[Berkas:EOD Apps Shell full.png|kiri|nirbing|101x101px]]'''Menggunakan terminal!'''
|Aktifkan GROMACS dengan memuat modul versi GROMACS yang akan digunakan.
*User EFIRO klik app '''<code>Aleleon Shell Access</code>'''
$ module load '''''<nama-modul-software-GROMACS>'''''
*''atau'' menu '''<code>Apps > Aleleon Shell Access</code>'''
Nama modul lihat subbab Modul GROMACS di atas.
|-
|-
|'''2'''
!<big>1</big>
|Buat parameter GROMACS dengan perintah '''<code>gmx_mpi</code>'''. Contoh menggunakan pdb2gmx:
$ gmx_mpi pdb2gmx ''<parameter_input_dan_output>''
|}
|-
|-
|'''2'''
!Lakukan persiapan:
|Berikutnya buat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
*Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
$ nano my_job_submission.sh
|-
|-
| rowspan="2" |'''3'''
|
|
=====Template SLURM Submit Script GROMACS=====
* Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.
**Upload / download file lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Manajemen_File_di_ALELEON_Supercomputer#Upload_dan_Download_File Upload / Dow]<nowiki/>[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Manajemen_File_di_ALELEON_Supercomputer#Upload_dan_Download_File nload File HOME]]'''
*Pre-processing input dan parameter GROMACS'''<nowiki/>''' lihat subbab:
** '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/GROMACS#Pre-processing_Input_dan_Parameter Pre-processing Input dan Parameter]]''' '''<nowiki/>'''
|-
!<big>2A</big>
|-
|Buat '''Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi:
*Nama file bebas dengan format .sh, contoh '''<code>submit.sh</code>'''   
*''Biasanya submit script berada satu folder dengan file komputasi.''
$ '''nano submit.sh'''
''<small>atau vim</small>''
|-
!
|-
|Contoh template Submit Script:
 
* Ikuti petunjuk '''NOTES dan alur script''' di dalamnya.
 
''<small><code>Klik expand / kembangkan</code></small>''
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script untuk GROMACS versi CPU  
!- Template Submit Script GROMACS versi CPU -
[[Berkas:GMB CPU icon.png|nirbing|80x80px]]
|-
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash
#!/bin/bash
 
 
# -----------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# Template SLURM Submit Script
# GROMACS (versi CPU) | rev.080124
# GROMACS (versi CPU) | rev.201224
#  
#  
# NOTES:  
# NOTES:  
Baris 122: Baris 160:


# -----------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# Alokasi komputasi SBATCH dan file input
# -----------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------


Baris 141: Baris 179:
#SBATCH --error=error-%j.txt  
#SBATCH --error=error-%j.txt  


# Parameter input dan output untuk GROMACS
# Parameter input dan output untuk gmx_mpi mdrun
GROMACS_PARAMETER="////"
GROMACS_PARAMETER="////"
# Memuat modul software GROMACS versi CPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas
module load gromacs////


# ----------------------------------------------------
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
# ----------------------------------------------------
# Memuat modul software GROMACS
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas
module load gromacs////


# Perintah menjakankan GROMACS
# Perintah menjakankan GROMACS
Baris 156: Baris 194:
</syntaxhighlight>
</syntaxhighlight>
|}
|}
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script untuk GROMACS dengan 1 GPU
!- Template Submit Script GROMACS versi GPU -
[[Berkas:GMB GPU icon.png|nirbing|100x100px]]
|-
|[[Berkas:GMB warning wololo.png|nirbing|50x50px]] '''Note:'''
* GROMACS versi GPU menggunakan '''threading OMP per task MPI:'''
** '''Task MPI''' diwakili oleh '''jumlah GPU (<code>SBATCH gpus</code>)'''
** '''Thread OMP''' diwakili oleh '''<code>SBATCH cpus-per-task</code>'''
** Perhatikan '''total CPU''' = ntasks * cpus-per-task
* Jumlah thread OMP disarankan '''2 atau 4.'''
|-
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash
#!/bin/bash


# -----------------------------------------------------
# --------------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# Template SLURM Submit Script
# GROMACS (dengan akselerasi 1 GPU) | rev.080124
# GROMACS (versi GPU) | rev.201224
#  
#  
# NOTES:  
# NOTES:  
Baris 170: Baris 217:
# 2. Template ini bersifat referensi.
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Disarankan untuk tidak mengubah jumlah parameter
# 3. GROMACS GPU menggunakan threading OMP per task MPI
#    ntasks, gpus, mem, dan OMP untuk hasil optimal.
#    Perhatikan usage CPU = ntasks * cpus-per-task
#
# --------------------------------------------------------
#    Template ini menggunakan rate komputasi
#    64 CCH/jam dan 1 GH/jam.
# -----------------------------------------------------


# -----------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# Alokasi komputasi SBATCH dan file input
# -----------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------


Baris 185: Baris 229:


# Alokasi jumlah core thread CPU
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=8
#SBATCH --ntasks=////
 
# Alokasi jumlah GPU, menjadi jumlah task MPI
#SBATCH --gpus=////


# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=8
# Disarankan 2 atau 4
 
#SBATCH --cpus-per-task=////
# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=1


# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=16GB
#SBATCH --mem=////GB


# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Alokasi limit waktu menjalankan job
Baris 206: Baris 251:
#SBATCH --error=error-%j.txt  
#SBATCH --error=error-%j.txt  


# Parameter input dan output untuk GROMACS
# Parameter input dan output untuk gmx_mpi mdrun
GROMACS_PARAMETER="////"
GROMACS_PARAMETER="////"
# Memuat modul software GROMACS versi GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas
module load gromacs////


# ----------------------------------------------------
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
# ----------------------------------------------------
# Memuat modul software GROMACS yang dapat menggunakan GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas
module load gromacs////


# Threading OMP
# Threading OMP
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}


# Perintah menjalankan GROMACS
# Perintah menjalankan GROMACS 1 GPU dan multiple GPU
gmx_mdi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
if [ $SLURM_GPUS -eq 1 ]
</syntaxhighlight>
then
|}
        echo "Terdeteksi running GROMACS dengan 1 GPU"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
        gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
!Template SLURM Submit Script untuk GROMACS dengan 2 GPU
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash
 
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# GROMACS (dengan akselerasi 2 GPU) | rev.080124
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Disarankan untuk tidak mengubah jumlah parameter
#    ntasks, gpus, mem, dan OMP untuk hasil optimal.
#
#    Template ini menggunakan rate komputasi
#    32 CCH/jam dan 2 GH/jam.
# -----------------------------------------------------
 
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------
 
# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere
 
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=8
 
# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=4
 
# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=2
 
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=16GB
 
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
 
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
 
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
 
# Parameter input dan output untuk GROMACS
GROMACS_PARAMETER="////"
 
# Memuat modul software GROMACS versi GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas
module load gromacs////
 
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------


# Threading OMP
elif [ $SLURM_GPUS -gt 1 ]
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}
then
        echo "Terdeteksi running GROMACS dengan $SLURM_GPUS GPU"


# Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
        # Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
unset UCX_TLS
        unset UCX_TLS
unset UCX_NET_DEVICES
        unset UCX_NET_DEVICES


# Perintah menjalankan GROMACS
        mpirun -np $SLURM_GPUS gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
mpirun -np 2 gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
fi
</syntaxhighlight>
</syntaxhighlight>
|}
|}
|-
|-
|
|
=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk GROMACS=====
* ''<small>Info script lebih detail lihat '''[<nowiki/>[[Submit Script ALELEON Supercomputer]]]'''</small>''
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
|-
!Skenario Komputasi
!ntasks
(CPU)
!mem
(RAM)
!gpus
(GPU)
!time
(time limit)
|-
|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
|128
|128GB
|2
| rowspan="4" |3-00:00:00
atau


72:00:00
* ''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM Slurm Jojo]]'''</small>''
|-
|-
|GROMACS versi CPU''<sup>2</sup>''
!<big>2B</big>
|384
|240GB''<sup>2</sup>''
|0
|-
|-
|GROMACS versi CPU di high-mem node
!Berapa alokasi komputasi yang bisa digunakan?
*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
|128
|500GB
|0
|-
|-
| GROMACS versi GPU
|SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) '''punya limit''' berdasarkan:
| colspan="3" |''Ikuti template''
*Sisa Core Hour user dan '''[<nowiki/>[[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|Fair Usage Limit]]]'''
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:
 
$ '''slimit-gromacs'''
[[Berkas:GMB warning wololo.png|nirbing|50x50px]] '''Note untuk saat ini:'''
 
*''Jalankan ketika tidak ada job user yang berjalan atau antri.''
* ''Sementara berlaku untuk akun perseorangan saja.''
|-
|-
| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
!<big>3</big>
#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
#GROMACS mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
|-
|-
! colspan="5" |Keterangan tambahan
| Jalankan job dengan perintah:
$ '''sbatch ''[nama-submit-script]'''''
''Contoh:''
$ sbatch submit.sh
|-
|-
| colspan="5" |
!<big>4</big>
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
**SLURM akan menahan job apabila:
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah:
$ '''sausage'''
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
|}
|-
|'''4'''
|
=====Menjalankan Job Komputasi=====
Jalankan job dengan perintah sbatch.
$ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
$ sbatch my_job_submission.sh
|-
|-
|'''5A'''
| User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
*Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
  $ '''squeue -ul $USER'''
  $ '''squeue -ul $USER'''
Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Daftar STATE squeue SLURM
|+Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job:
|-
!STATE
!STATE
!Kepanjangan
!Penjelasan
!Penjelasan
|-
|-
|R
|<code>R (RUN)</code>
|RUN
|Job berjalan
|Job berjalan
|-
|-
|PD
|<code>PD (PENDING)</code>
|PENDING
|Job tertahan, lihat '''[<nowiki/>[[Daftar Job Reason ALELEON Supercomputer|Daftar Job Reason]]]'''
|Job tertahan, lihat keterangan [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|-
|-
|CG
|<code>CG (COMPLETING)</code>
|COMPLETING
| Job selesai dan dalam proses clean-up
|Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
|-
|-
|CA
| <code>CA (CANCELED)</code>
|CANCELED
| Job dibatalkan user
|Job dibatalkan oleh user
|-
|-
|PR
|<code>PR (PREEMPETED)</code>
|PREEMPETED
|Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
|Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
|-
|-
|S
|<code>S (SUSPENDED)</code>
|SUSPENDED
|Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
|Job ditahan oleh admin EFISON
|}
|}
|-
|-
|'''5B'''
!<big>5</big>
|
|-
=====Menghentikan Job Komputasi=====
|User dapat memantau file output dengan perintah Unix seperti:
Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
*'''<code>ls</code>''', '''<code>cat</code>''', '''<code>more</code>''', '''<code>tail</code>''', dll
*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
|-
*User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
!<big>6</big>
  $ '''scancel <''job-ID-submission-user''>'''
|-
Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.
| Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
  $ '''scancel ''[job-ID]'''''
''Job ID ada pada squeue diatas.''
contoh membatalkan job ID 231:
  $ scancel 231
  $ scancel 231
|-
!---
|}
|}
===Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan GROMACS di Web EFIRO
!- Langkah Batch Job di EFIRO Job Composer -
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|500x500px]]
[[Berkas:Efiro jobcomposer display.png|nirbing|400x400px]]
|-
!<big>1</big>
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]]''' ALELEON Supercomputer.
|-
! <big>2</big>
|-
|-
|'''0'''
|
|
=====Login Web EFIRO=====
{| class="wikitable"
*[[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
|+
*Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>''' lalu masukkan username dan password user.
|[[Berkas:EOD Apps Job Composer full.png|nirbing|126x126px]]
**Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
|Klik app '''<code><big>Job Composer</big></code>''' di homepage EFIRO.
*''atau'' menu '''<big><code>Apps > Job Composer</code></big>'''
|}
|-
|[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nirbing|170x170px]]Pilih menu <big>'''<code>New Job > From Template</code>'''</big>
|-
!<big>3</big>
|-
!Buat ruang job untuk menjalankan komputasi:
|-
|-
|'''1'''
|
|
=====Membuka Job Composer dan Memilih Template Job=====
*Buka menu '''<code>Jobs</code>''' > '''<code>Jobs Composer</code>''' pada dashboard EFIRO.
*Pilih '''<code>New Job</code>''' > '''<code>From Template</code>'''
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|''Menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''''']][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|220x220px|''Menu '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''''']]
|-
|'''2'''
|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|nirbing|600x600px]]
*PIlih template GROMACS yang diinginkan.
*Isi atau ganti kolom '''<code>Job Name</code>''' sesuai keinginan user.
*Apabila sudah selesai, klik '''<code>Create New Job</code>'''.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Template GROMACS yang tersedia
|+Pillih template GROMACS yang diinginkan:
|-
|-
!Nama Template
!Nama Template
Baris 441: Baris 389:
|-
|-
|GROMACS 2021.1 (CPU)
|GROMACS 2021.1 (CPU)
|Menjalankan GROMACS 2021.1 CPU
|Menjalankan GROMACS 2021.1 pada CPU
|-
|-
|GROMACS 2022.4 dengan 1 GPU
|GROMACS 2022.4 (CPU)
|GROMACS 2022.4 dengan akselerasi 1 GPU
|Menjalankan GROMACS 2022.4 pada CPU
|-
|-
|GROMACS 2022.4 dengan 2 GPU
|GROMACS 2022.4 (GPU)
|GROMACS 2022.4 dengan akselerasi 2 GPU
|Menjalankan GROMACS 2022.4 pada GPU
|}
|-
|GROMACS 2024.4 (CPU)
|Menjalankan GROMACS 2022.4 pada CPU
|-
|-
|'''3'''
|GROMACS 2024.4 (GPU)
|
|Menjalankan GROMACS 2022.4 pada GPU
=====Menyiapkan File Komputasi=====
|}Kemudian isi '''Job Name''' dan klik '''<code><big>Create New Job</big></code>'''
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]


Gunakan menu <code>'''Edit Files'''</code> untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.
[[Berkas:Jctemplate-2.png|nirbing]]
*Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
|-
*Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas '''2GB per file'''.
!<big>4</big>
**Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] untuk upload file tunggal diatas 2GB.
|-
!Lakukan persiapan:
|-
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan di ruang job:
*''Pastikan ruang job yang dipilih adalah yang akan digunakan.''


==== Menyiapkan Input Parameter GROMACS ====
* Upload / download / edit file via menu <code>'''<big>Edit Files</big>'''</code>
User harus membuat input parameter GROMACS supaya komputasi dapat berjalan:
*Upload / download file tunggal diatas 2GB gunakan '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Manajemen_File_di_ALELEON_Supercomputer#Upload_/_Download_Ruang_Job_Composer software FTP]]'''
Pre-processing input dan parameter via menu '''<code><big>Open Terminal</big></code>'''


* Beberapa perintah bersifat interaktif sehingga harus dilakukan di terminal.
*Lihat subbab '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/GROMACS#Pre-processing_Input_dan_Parameter Pre-processing Input dan Par]<nowiki/>[https://wiki.efisonlt.com/wiki/GROMACS#Pre-processing_Input_dan_Parameter ameter]]'''
* Berikut adalah langkah membuat input parameter GROMACS:  


{| class="wikitable"
[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|400x400px]]
! colspan="2" |Langkah Menyiapkan Input Parameter
|-
|-
|'''1'''
!<big>5A</big>
|Buka terminal melalui menu '''<code>Open Terminal</code>'''.
|-
|-
|'''2'''
| Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code><big>Open Editor</big></code>'''
|Aktifkan GROMACS dengan memuat modul versi GROMACS yang akan digunakan.
*Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
$ module load ''<nama-modul-software-GROMACS>''
*Ikuti petunjuk '''NOTES dan alur script''' di dalamnya.
Nama modul lihat subbab Modul GROMACS di atas.
* Klik '''<code><big>Save</big></code>''' setiap kali mengubah script.
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
|-
|-
|'''3'''
|[[Berkas:GMB warning wololo.png|nirbing|50x50px]] '''Bagi yang memilih template GROMACS versi GPU:'''
|Buat parameter GROMACS dengan perintah '''<code>gmx_mpi</code>'''. Contoh menggunakan pdb2gmx:
*GROMACS versi GPU menggunakan '''threading OMP per task MPI:'''
$ gmx_mpi pdb2gmx ''<parameter_input_dan_output>''
** '''Task MPI''' diwakili oleh '''jumlah GPU (<code>SBATCH gpus</code>)'''
|}
** '''Thread OMP''' diwakili oleh '''<code>SBATCH cpus-per-task</code>'''
** Perhatikan '''total CPU''' = ntasks * cpus-per-task
* Jumlah thread OMP disarankan '''2 atau 4.'''
|-
|-
| rowspan="2" |'''4'''
!
|
=====Melengkapi Submit Script=====
Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.
*Lengkapi Submit Script melalui menu '''<code>Open Editor</code>'''.
*Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
*Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px]]
|-
|-
|
|
=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH=====
* ''<small>Info script lebih detail lihat '''[<nowiki/>[[Submit Script ALELEON Supercomputer]]]'''</small>''
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
 
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
* ''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM Slurm Jojo]]'''</small>''
|-
|-
!Skenario Komputasi
!<big>5B</big>
!ntasks
(CPU)
!mem
(RAM)
!gpus
(GPU)
!time
(time limit)
|-
|-
|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
| SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) '''punya limit''' berdasarkan:
|128
*Sisa Core Hour user dan '''[<nowiki/>[[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|Fair Usage Limit]]]'''
|128GB
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
|2
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:
| rowspan="4" |3-00:00:00
atau


72:00:00
$ '''slimit-gromacs'''
[[Berkas:GMB warning wololo.png|nirbing|50x50px]] '''Note untuk saat ini:'''
 
*''Jalankan ketika tidak ada job user yang berjalan atau antri.''
* ''Sementara berlaku untuk akun perseorangan saja.''
|-
!<big>6</big>
|-
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code><big>Submit</big></code>'''
[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|400x400px]]
{| class="wikitable"
|+Kolom Status menunjukkan status jalannya job:
|-
! Status
!Arti
|-
|Not Submitted
|Job belum pernah dijalankan.
|-
|-
|GROMACS versi CPU''<sup>2</sup>''
| Running
|384
|Job berjalan.
|240GB''<sup>2</sup>''
|0
|-
|-
|GROMACS versi CPU di high-mem node
| Queue
*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
|Job mengantri dan belum berjalan.
|128
|500GB
|0
|-
|-
|GROMACS versi GPU
|Completed
| colspan="3" |''Ikuti template''
|Job selesai berjalan.
|-
|-
| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
|Failed
#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
|Job berhenti karena error atau di stop user.
#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
#GROMACS mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
|-
|-
! colspan="5" |Keterangan tambahan
! colspan="2" |'''Melihat alasan job yang queue:'''
|-
|-
| colspan="5" |
| colspan="2" |[[Berkas:Active Jobs detail.png|nir|jmpl|300x300px|''Buka menu '''Apps >''' '''Active Jobs''' di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke '''Your Jobs'''. Klik simbol '''>''' untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Job Reason ALELEON Supercomputer]]''''']]
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
**SLURM akan menahan job apabila:
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu '''<code>Open Terminal</code>''' dan jalankan perintah:
$ '''sausage'''
[[Berkas:Jcjoboption4.png|nirbing|600x600px]]
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
|}
|}
|-
|-
|'''5'''
!<big>7</big>
|
|-
=====Menjalankan Job Komputasi=====
|Lihat output file komputasi pada kolom '''Folder Contents'''
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
*Atau dengan membuka menu '''<code><big>Edit Files</big></code>'''
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>''''']]
|-
!<big>8</big>
|-
|Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, klik '''<code><big>Stop</big></code>'''
|-
!<big>9</big>
|-
|'''''<nowiki/>'''''Untuk menghapus ruang job dan datanya:
* Pilih ruang job yang akan dihapus.
* Perhatikan opsi ini juga '''menghapus data di ruang job tersebut.'''
*Klik menu '''<code><big>Delete</big></code>'''
[[Berkas:JC delete menu.png|nirbing|400x400px]]
|-
!---
|}
 
== '''''Pre-processing''' '''Input dan Parameter''''' ==
GROMACS membutuhkan pengolahan file input dan parameter sebelum menjalankan komputasi.
 
* ''Kegiatan ini dilakukan di login node sehingga tidak mengkonsumsi Kredit Core Hour.''
* ''Hubungi tim admin apabila user membutuhkan panduan atau tambahan software package tertentu.''
 
ALELEON Supercomputer menyediakan variasi berikut:
 
# '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/GROMACS#gmx_mpi gmx_mpi]]'''
# '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/GROMACS#ACPYPE_(AnteChamber_PYthon_Parser_InterfacE) ACPYPE]]'''


[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
=== gmx_mpi ===
GROMACS ALELEON Supercomputer diinstal dengan dukungan MPI sehingga user menggunakan <code>'''gmx_mpi'''</code>, bukan <code>'''gmx'''</code>.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+''Penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''
!Menjalankan gmx_mpi
!Status
|-
!Arti
!<big>0</big>
|-
|-
|Not Submitted
|[[Berkas:Icon apps terminal cropped.png|kiri|nirbing|80x80px]]'''Menggunakan terminal!'''
|Job belum pernah dijalankan.
*User Job Composer buka menu '''<code><big>Open Terminal</big></code>''' di ruang job-nya
|-
|-
|Running
!<big>1</big>
|Job berjalan.
|-
|-
|Queue
|Aktifkan modul GROMACS yang akan dipakai.
|Job mengantri dan belum berjalan.
$ '''ml ''[nama-modul-GROMACS]'''''
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
''Nama modul lihat subbab 'Modul GROMACS' diatas.''
!Langkah melihat status job ketika queue
|-
|-
|Buka <code>'''Jobs > Active Jobs'''</code> pada dashboard EFIRO.
!<big>2</big>
*Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini
[[Berkas:Efiroqueueedit.png|al=|jmpl|''Halaman Active Jobs. Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status  job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].'''''|kiri]]
|}
|-
|-
|Completed
|Gunakan perintah '''<code>gmx_mpi</code>''' untuk pre-processing input.
|Job selesai berjalan.
Contoh dengan pdb2gmx:
$ gmx_mpi pdb2gmx ''[parameter-input-output]''
|-
|-
|Failed
!---
|Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|}
|}
=====Menghentikan Job Komputasi=====
''Kembali ke subbab '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/GROMACS#Batch_Job Batch Job]]'''''
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''<code>Stop</code>'''.


[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]
=== ACPYPE (AnteChamber PYthon Parser InterfacE) ===
ACPYPE adalah wrapper Python berdasarkan software ANTECHAMBER untuk membantu pengolahan file input dan parameter software MD (Molecular Dynamic) seperti GROMACS ini.
{| class="wikitable"
!- Menggunakan container ACPYPE -
|-
!<big>0</big>
|-
|[[Berkas:Icon apps terminal cropped.png|kiri|nirbing|80x80px]]'''Menggunakan terminal!'''
*User Job Composer buka menu '''<code><big>Open Terminal</big></code>''' di ruang job-nya
|-
!<big>1</big>
|-
|-
|'''6A'''
|Aktifkan container Apptainer:
|
$ '''ml apptainer'''
=====Melihat Output Komputasi=====
|-
User dapat melihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
!<big>2</big>
*Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>'''
|-
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
|Aktifkan container ACPYPE, tersedia versi 2023.10.27:
$ '''apptainer run $SCONT/acpype-2023.10.27.sif'''
Kemudian user dapat menggunakan ACPYPE:
Apptainer> '''''[jalankan perintah ACPYPE ...]'''''
|-
!<big>3</big>
|-
|Untuk keluar dari container, jalankan perintah:
Apptainer> '''exit'''
|-
|-
|'''6B'''
!---
|User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' dengan mengklik kembali tombol '''<code>Submit</code>'''.
|}
|}
=='''Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email'''==
''Kembali ke subbab '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/GROMACS#Batch_Job Batch Job]]'''''
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:<syntaxhighlight lang="bash">
 
#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
=='''''Pelaporan Kendala dan Support''''' ==
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL
</syntaxhighlight>SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:
*BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
*END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
*FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
*TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
*TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.
=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.


[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]
[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]
---


Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:
Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:
  '''support@efisonlt.com'''
  '''support@efisonlt.com'''

Revisi terkini sejak 4 Mei 2025 16.15

Logo GROMACS ALELEON tp.png

[GROMACS] adalah package berkecepatan tinggi untuk komputasi dinamika molekular baik untuk biokimia (seperti protein, lipids) maupun non-biokimia (seperti polimer).

Modul GROMACS

Berikut adalah detail versi GROMACS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul GROMACS versi CPU
Versi Nama modul software Dukungan hardware
GMB CPU icon.png GMB GPU icon.png OMP

Threading

MPI

multi-node

2021.1 gromacs/2021.1-GCC10-MKL V - - V
Modul GROMACS versi CPU dan GPU
Versi Nama modul software Dukungan hardware
GMB CPU icon.png GMB GPU icon.png OMP

Threading

MPI

multi-node

2022.4 gromacs/2022.4-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA11.8 V V V V
2024.4 gromacs/2024.4-GCC12.3-AOCL5.0-CUDA12.5 V V V V

Hubungi tim admin melalui email support@efisonlt.com untuk permintaan instalasi versi lain.

Info Menjalankan GROMACS dengan Akselerasi GPU

ALELEON Supercomputer menyediakan GROMACS yang dapat berjalan dengan akselerasi GPU. Beberapa hal perlu menjadi pertimbangan user:

  • Akselerasi GPU bukan jaminan peningkatan performa pada semua jenis input dan parameter.
    • Tim admin menyarankan user untuk menguji hal ini di perangkat komputer pribadi.

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat menjalankan GROMACS dengan pilihan metode:

  1. [Batch Job] -> menjalankan komputasi melalui manajemen Slurm di [compute node].

(klik expand / kembangkan)

Apakah Bisa Menjalankan Job?

Bagi akun yang berjalan dengan kredit Core Hour seperti akun perseorangan, ada baiknya untuk memantau sisa Core Hour sebelum menjalankan job:

Memantau Sisa Core Hour
0
EOD Apps Shell full.png
Menggunakan terminal!
  • User web EFIRO buka app Aleleon Shell Access
  • atau menu Apps > Aleleon Shell Access
1A
Untuk akun perseorangan, jalankan perintah: 
$ sausage

Untuk akun institusi dengan kredit Core Hour, ikuti petunjuk admin.

1B
Untuk mengetahui limit alokasi komputasi job user:
  • Langkah batch job terminal, lihat step 2B.
  • Langkah batch job EFIRO Job Composer, lihat step 5B.
2
Apabila butuh beli kredit Core Hour, lihat [top up Kredit Core Hour]
---

Batch Job

Tersedia dua pilihan tampilan yaitu terminal dan web EFIRO melalui app Job Composer. Pilih sesuai keinginan.

- Langkah Batch Job di Terminal -

Sbatch terminal display rev2.png

Tutorial ini mengasumsikan user familiar dengan terminal Linux
0
EOD Apps Shell full.png
Menggunakan terminal!
  • User EFIRO klik app Aleleon Shell Access
  • atau menu Apps > Aleleon Shell Access
1
Lakukan persiapan:
2A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi:
  • Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
  • Biasanya submit script berada satu folder dengan file komputasi.
$ nano submit.sh
atau vim
Contoh template Submit Script:
  • Ikuti petunjuk NOTES dan alur script di dalamnya.

Klik expand / kembangkan

- Template Submit Script GROMACS versi CPU -

GMB CPU icon.png 

#!/bin/bash
  
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# GROMACS (versi CPU) | rev.201224
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH dan file input
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Parameter input dan output untuk gmx_mpi mdrun
GROMACS_PARAMETER="////"

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Memuat modul software GROMACS 
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas
module load gromacs////

# Perintah menjakankan GROMACS
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
- Template Submit Script GROMACS versi GPU -

GMB GPU icon.png

GMB warning wololo.png Note:
  • GROMACS versi GPU menggunakan threading OMP per task MPI:
    • Task MPI diwakili oleh jumlah GPU (SBATCH gpus)
    • Thread OMP diwakili oleh SBATCH cpus-per-task
    • Perhatikan total CPU = ntasks * cpus-per-task
  • Jumlah thread OMP disarankan 2 atau 4.
#!/bin/bash

# --------------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# GROMACS (versi GPU) | rev.201224
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. GROMACS GPU menggunakan threading OMP per task MPI
#    Perhatikan usage CPU = ntasks * cpus-per-task
# --------------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH dan file input
# -----------------------------------------------------

# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah GPU, menjadi jumlah task MPI
#SBATCH --gpus=////

# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
# Disarankan 2 atau 4 
#SBATCH --cpus-per-task=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Parameter input dan output untuk gmx_mpi mdrun
GROMACS_PARAMETER="////"

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Memuat modul software GROMACS yang dapat menggunakan GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas
module load gromacs////

# Threading OMP
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}

# Perintah menjalankan GROMACS 1 GPU dan multiple GPU
if [ $SLURM_GPUS -eq 1 ]
then
        echo "Terdeteksi running GROMACS dengan 1 GPU"
        gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}

elif [ $SLURM_GPUS -gt 1 ]
then
        echo "Terdeteksi running GROMACS dengan $SLURM_GPUS GPU"

        # Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
        unset UCX_TLS
        unset UCX_NET_DEVICES

        mpirun -np $SLURM_GPUS gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
fi
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [Slurm Jojo]
2B
Berapa alokasi komputasi yang bisa digunakan?
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) punya limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan [Fair Usage Limit]
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-gromacs

GMB warning wololo.png Note untuk saat ini:

  • Jalankan ketika tidak ada job user yang berjalan atau antri.
  • Sementara berlaku untuk akun perseorangan saja.
3
Jalankan job dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
4
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah: 
$ squeue -ul $USER
Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job:
STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat [Daftar Job Reason]
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
5
User dapat memantau file output dengan perintah Unix seperti:
  • ls, cat, more, tail, dll
6
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231
---
- Langkah Batch Job di EFIRO Job Composer -

Efiro jobcomposer display.png

1
[Login ke web EFIRO] ALELEON Supercomputer.
2
EOD Apps Job Composer full.png Klik app Job Composer di homepage EFIRO.
  • atau menu Apps > Job Composer
Jcnewjobmarked.pngPilih menu New Job > From Template
3
Buat ruang job untuk menjalankan komputasi:
Pillih template GROMACS yang diinginkan:
Nama Template Penjelasan
GROMACS 2021.1 (CPU) Menjalankan GROMACS 2021.1 pada CPU
GROMACS 2022.4 (CPU) Menjalankan GROMACS 2022.4 pada CPU
GROMACS 2022.4 (GPU) Menjalankan GROMACS 2022.4 pada GPU
GROMACS 2024.4 (CPU) Menjalankan GROMACS 2022.4 pada CPU
GROMACS 2024.4 (GPU) Menjalankan GROMACS 2022.4 pada GPU
Kemudian isi Job Name dan klik Create New Job

Jctemplate-2.png

4
Lakukan persiapan:
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan di ruang job:
  • Pastikan ruang job yang dipilih adalah yang akan digunakan.
  • Upload / download / edit file via menu Edit Files
  • Upload / download file tunggal diatas 2GB gunakan [software FTP]

Pre-processing input dan parameter via menu Open Terminal

JC job menu.png

5A
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor
  • Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Ikuti petunjuk NOTES dan alur script di dalamnya.
  • Klik Save setiap kali mengubah script.

GMB warning wololo.png Bagi yang memilih template GROMACS versi GPU:
  • GROMACS versi GPU menggunakan threading OMP per task MPI:
    • Task MPI diwakili oleh jumlah GPU (SBATCH gpus)
    • Thread OMP diwakili oleh SBATCH cpus-per-task
    • Perhatikan total CPU = ntasks * cpus-per-task
  • Jumlah thread OMP disarankan 2 atau 4.
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [Slurm Jojo]
5B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) punya limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan [Fair Usage Limit]
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-gromacs

GMB warning wololo.png Note untuk saat ini:

  • Jalankan ketika tidak ada job user yang berjalan atau antri.
  • Sementara berlaku untuk akun perseorangan saja.
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit

Kolom Status menunjukkan status jalannya job:
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti karena error atau di stop user.
Melihat alasan job yang queue:
Buka menu Apps > Active Jobs di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke Your Jobs. Klik simbol > untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Job Reason ALELEON Supercomputer
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
  • Atau dengan membuka menu Edit Files
Kolom Folder Contents
8
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, klik Stop
9
Untuk menghapus ruang job dan datanya:
  • Pilih ruang job yang akan dihapus.
  • Perhatikan opsi ini juga menghapus data di ruang job tersebut.
  • Klik menu Delete

JC delete menu.png

---

Pre-processing Input dan Parameter

GROMACS membutuhkan pengolahan file input dan parameter sebelum menjalankan komputasi.

  • Kegiatan ini dilakukan di login node sehingga tidak mengkonsumsi Kredit Core Hour.
  • Hubungi tim admin apabila user membutuhkan panduan atau tambahan software package tertentu.

ALELEON Supercomputer menyediakan variasi berikut:

  1. [gmx_mpi]
  2. [ACPYPE]

gmx_mpi

GROMACS ALELEON Supercomputer diinstal dengan dukungan MPI sehingga user menggunakan gmx_mpi, bukan gmx.

Menjalankan gmx_mpi
0
Icon apps terminal cropped.png
Menggunakan terminal!
  • User Job Composer buka menu Open Terminal di ruang job-nya
1
Aktifkan modul GROMACS yang akan dipakai. 
$ ml [nama-modul-GROMACS]
Nama modul lihat subbab 'Modul GROMACS' diatas.
2
Gunakan perintah gmx_mpi untuk pre-processing input. 
Contoh dengan pdb2gmx:
$ gmx_mpi pdb2gmx [parameter-input-output]
---

Kembali ke subbab [Batch Job]

ACPYPE (AnteChamber PYthon Parser InterfacE)

ACPYPE adalah wrapper Python berdasarkan software ANTECHAMBER untuk membantu pengolahan file input dan parameter software MD (Molecular Dynamic) seperti GROMACS ini.

- Menggunakan container ACPYPE -
0
Icon apps terminal cropped.png
Menggunakan terminal!
  • User Job Composer buka menu Open Terminal di ruang job-nya
1
Aktifkan container Apptainer: 
$ ml apptainer
2
Aktifkan container ACPYPE, tersedia versi 2023.10.27: 
$ apptainer run $SCONT/acpype-2023.10.27.sif

Kemudian user dapat menggunakan ACPYPE: 

Apptainer> [jalankan perintah ACPYPE ...]
3
Untuk keluar dari container, jalankan perintah: 
Apptainer> exit
---

Kembali ke subbab [Batch Job]

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=GROMACS&oldid=1957"