GROMACS: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(→‎2. Mempersiapkan file input dan menjalankan interaktif GROMACS: mengubah konten file input menjadi parameter input)
(revert - ubah manual head job composer)
 
(48 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 1: Baris 1:
[[Berkas:GROMACS.png|nirbing|450x450px]]


[https://www.gromacs.org/ '''GROMACS'''] adalah package berkecepatan tinggi untuk komputasi dinamika molekular baik untuk biokimia (seperti protein, lipids) maupun non-biokimia (seperti polimer).
[[Berkas:Logo GROMACS ALELEON tp.png|nirbing|500x500px]]


== '''Versi yang Tersedia''' ==
'''[[https://www.gromacs.org/ GROMACS]]''' adalah package berkecepatan tinggi untuk komputasi dinamika molekular baik untuk biokimia (seperti protein, lipids) maupun non-biokimia (seperti polimer).
 
== '''''Modul GROMACS''''' ==
Berikut adalah detail versi GROMACS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
{| class="wikitable"
|+Modul GROMACS versi CPU
! rowspan="2" |Versi
! rowspan="2" |Nama modul software
! colspan="4" | Dukungan hardware
|-
![[Berkas:GMB CPU icon.png|nirbing|50x50px]]
![[Berkas:GMB GPU icon.png|nirbing|80x80px]]
!OMP
Threading
!MPI
multi-node
|-
|2021.1
|<code>'''gromacs/2021.1-GCC10-MKL'''</code>
|V
| -
| -
|V
|}
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Versi
|+Modul GROMACS versi CPU dan GPU
!Dukungan MPI
! rowspan="2" | Versi
!Dukungan Hardware
! rowspan="2" |Nama modul software
! colspan="4" |Dukungan hardware
|-
![[Berkas:GMB CPU icon.png|nirbing|50x50px]]
![[Berkas:GMB GPU icon.png|nirbing|80x80px]]
!OMP
Threading
!MPI
multi-node
|-
|-
|2021.1 (CPU)
|2022.4
|Pure MPI
|<code>'''gromacs/2022.4-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA11.8'''</code>
|CPU, multi-node
|V
|V
| V
|V
|-
|-
|2021.1 (GPU)
|2024.4
|Hybrid MPI/OMP
|<code>'''gromacs/2024.4-GCC12.3-AOCL5.0-CUDA12.5'''</code>
|CPU-GPU, single-node
|V
|V
|V
|V
|}
|}
Hubungi tim admin melalui email '''support@efisonlt.com''' untuk permintaan instalasi versi lain.


== '''Menjalankan GROMACS''' ==
== '''''Info Menjalankan GROMACS dengan Akselerasi GPU''''' ==
User menjalankan GROMACS pada '''Job Composer''' EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer:
ALELEON Supercomputer menyediakan GROMACS yang dapat berjalan dengan akselerasi GPU. Beberapa hal perlu menjadi pertimbangan user:  


[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|400x400px]]
* Akselerasi GPU bukan jaminan peningkatan performa pada semua jenis input dan parameter.
=== 1. Memilih template GROMACS ===
** Tim admin menyarankan user untuk menguji hal ini di perangkat komputer pribadi.


* Klik '''New Jobs > From Template'''  
* Biasanya GROMACS mdrun tidak memerlukan parameter tambahan untuk akselerasi GPU.
* Pilih template GROMACS yang dibutuhkan
** Dalam beberapa kasus, optimasi parameter tambahan dapat meningkatkan kecepatan komputasi.
* Isi '''Job Name''' sesuai keinginan user kemudian klik '''Create New Job'''.
* Referensi lanjutan parameter akselerasi GPU (-nb, -bonded, -pme) dapat dipelajari pada tautan berikut:
** '''[[https://manual.gromacs.org/current/user-guide/mdrun-performance.html Getting good performance from mdrun — GROMACS 2021.1 documentation]]'''
** '''[[https://developer.nvidia.com/blog/creating-faster-molecular-dynamics-simulations-with-gromacs-2020 Creating Faster Molecular Dynamics Simulations with GROMACS 2020 | NVIDIA Developer Blog]]'''
=='''''Pilihan Menjalankan Komputasi'''''==
User dapat menjalankan GROMACS dengan pilihan metode:


[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|200x200px]]
# '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/GROMACS#Batch_Job Batch Job]]''' -> menjalankan komputasi melalui manajemen Slurm di '''[<nowiki/>[[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]]].'''
''<small><code>(klik expand / kembangkan)</code></small>''


---
=== Apakah Bisa Menjalankan Job? ===
Bagi akun yang berjalan dengan '''kredit Core Hour''' seperti akun perseorangan, ada baiknya untuk memantau sisa Core Hour sebelum menjalankan job:
{| class="wikitable"
!Memantau Sisa Core Hour
|-
!<big>0</big>
|-
|[[Berkas:EOD Apps Shell full.png|kiri|nirbing|114x114px]]Menggunakan terminal!
*User web EFIRO buka app '''<big><code>Aleleon Shell Access</code></big>'''
*''atau'' menu <code>'''<big>Apps > Aleleon Shell Access</big>'''</code>
|-
!<big>1A</big>
|-
|Untuk akun perseorangan, jalankan perintah:
$ '''sausage'''
''Untuk akun institusi dengan kredit Core Hour, ikuti petunjuk admin.''
|-
!<big>1B</big>
|-
|Untuk mengetahui limit alokasi komputasi job user:


[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nirbing|600x600px]]
* Langkah batch job terminal, lihat step '''2B.'''
{| class="wikitable"
* Langkah batch job EFIRO Job Composer, lihat step '''5B.'''
|+Template GROMACS yang tersedia
!Nama Template
!Penjelasan
|-
|-
|GROMACS 2021.1 (CPU)
!'''<big>2</big>'''
|GROMACS 2020.01 versi CPU
|-
|-
|GROMACS 2021.1 dengan 1 GPU
|Apabila butuh beli kredit Core Hour, lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Core_Hour#Penggunaan_Kredit_Core_Hour top up Kredit Core Hour]]'''
|Jalan dengan akselerasi 1 GPU
|-
|-
|GROMACS 2021.1 dengan 2 GPU
!---
|Jalan dengan akselerasi 2 GPU
|}
|}
---


=== 2. Mempersiapkan parameter input dan menjalankan interaktif GROMACS ===
===Batch Job===
[[Berkas:Jcjoboption2.png|al=|nirbing|600x600px]]
Tersedia dua pilihan tampilan yaitu terminal dan web EFIRO melalui app Job Composer. Pilih sesuai keinginan.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!- Langkah Batch Job di Terminal -
[[Berkas:Sbatch terminal display rev2.png|tepi|400x400px]]
|-
!''Tutorial ini mengasumsikan user familiar dengan terminal Linux''
|-
!<big>0</big>
|-
|[[Berkas:EOD Apps Shell full.png|kiri|nirbing|101x101px]]'''Menggunakan terminal!'''
*User EFIRO klik app '''<code>Aleleon Shell Access</code>'''
*''atau'' menu '''<code>Apps > Aleleon Shell Access</code>'''
|-
!<big>1</big>
|-
!Lakukan persiapan:
|-
|
* Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
**Upload / download file lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Manajemen_File_di_ALELEON_Supercomputer#Upload_dan_Download_File Upload / Dow]<nowiki/>[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Manajemen_File_di_ALELEON_Supercomputer#Upload_dan_Download_File nload File HOME]]'''
*Pre-processing input dan parameter GROMACS'''<nowiki/>''' lihat subbab:
** '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/GROMACS#Pre-processing_Input_dan_Parameter Pre-processing Input dan Parameter]]''' '''<nowiki/>'''
|-
!<big>2A</big>
|-
|Buat '''Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi:
*Nama file bebas dengan format .sh, contoh '''<code>submit.sh</code>'''   
*''Biasanya submit script berada satu folder dengan file komputasi.''
$ '''nano submit.sh'''
''<small>atau vim</small>''
|-
!
|-
|Contoh template Submit Script:
 
* Ikuti petunjuk '''NOTES dan alur script''' di dalamnya.


* User dapat melakukan '''upload, editing, dan rename file GROMACS yang dibutuhkan''' melalui menu '''Edit Files.'''
''<small><code>Klik expand / kembangkan</code></small>''
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!- Template Submit Script GROMACS versi CPU -
[[Berkas:GMB CPU icon.png|nirbing|80x80px]]
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash
 
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# GROMACS (versi CPU) | rev.201224
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------


* Beberapa perintah GROMACS bekerja secara interaktif dan membutuhkan input dari user (contoh: '''pdb2gmx, grompp''') sehingga harus dijalankan via terminal melalui menu '''Open Terminal.'''
# -----------------------------------------------------
** Muat modul GROMACS untuk mengaktifkan software GROMACS:
# Alokasi komputasi SBATCH dan file input
** Lanjutkan dengan melakukan perintah interaktif GROMACS (contoh: pdb2gmx):
# -----------------------------------------------------


$ module load gromacs
# Alokasi jumlah core thread CPU
$ gmx_mpi pdb2gmx <parameter_input_dan_output>
#SBATCH --ntasks=////
---


=== 3. Melengkapi Submit Script Template ===
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px]]
#SBATCH --mem=////GB


* Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program GROMACS dapat berjalan:
# Alokasi limit waktu menjalankan job
**Parameter SBATCH.
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
**Parameter input GROMACS sesuai setup user.
#SBATCH --time=////
*Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:


[[Berkas:Wiki-14.jpg|1000x1000px|link=SLURM Script ALELEON Supercomputer |alt=SLURM Script ALELEON Supercomputer ]]
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt


[[Berkas:Jcsaveedit.png|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsaveedit.png|al=]]
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt


---
# Parameter input dan output untuk gmx_mpi mdrun
GROMACS_PARAMETER="////"


=== 3B. Menjalankan GROMACS CPU Multi-Node (>128 core thread CPU) ===
# ----------------------------------------------------
GROMACS versi CPU menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga dapat berjalan multi-node atau lebih dari 128 core thread CPU. User dapat mempelajari teknis menjalankan MPI multi-node pada:
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
 
# Memuat modul software GROMACS
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas
module load gromacs////
 
# Perintah menjakankan GROMACS
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
</syntaxhighlight>
|}
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!- Template Submit Script GROMACS versi GPU -
[[Berkas:GMB GPU icon.png|nirbing|100x100px]]
|-
|[[Berkas:GMB warning wololo.png|nirbing|50x50px]] '''Note:'''
* GROMACS versi GPU menggunakan '''threading OMP per task MPI:'''
** '''Task MPI''' diwakili oleh '''jumlah GPU (<code>SBATCH gpus</code>)'''
** '''Thread OMP''' diwakili oleh '''<code>SBATCH cpus-per-task</code>'''
** Perhatikan '''total CPU''' = ntasks * cpus-per-task
* Jumlah thread OMP disarankan '''2 atau 4.'''
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash
 
# --------------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# GROMACS (versi GPU) | rev.201224
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. GROMACS GPU menggunakan threading OMP per task MPI
#    Perhatikan usage CPU = ntasks * cpus-per-task
# --------------------------------------------------------
 
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH dan file input
# -----------------------------------------------------
 
# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere
 
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
 
# Alokasi jumlah GPU, menjadi jumlah task MPI
#SBATCH --gpus=////
 
# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
# Disarankan 2 atau 4
#SBATCH --cpus-per-task=////
 
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
 
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
 
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
 
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
 
# Parameter input dan output untuk gmx_mpi mdrun
GROMACS_PARAMETER="////"
 
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
 
# Memuat modul software GROMACS yang dapat menggunakan GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas
module load gromacs////
 
# Threading OMP
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}
 
# Perintah menjalankan GROMACS 1 GPU dan multiple GPU
if [ $SLURM_GPUS -eq 1 ]
then
        echo "Terdeteksi running GROMACS dengan 1 GPU"
        gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
 
elif [ $SLURM_GPUS -gt 1 ]
then
        echo "Terdeteksi running GROMACS dengan $SLURM_GPUS GPU"
 
        # Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
        unset UCX_TLS
        unset UCX_NET_DEVICES
 
        mpirun -np $SLURM_GPUS gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
fi
</syntaxhighlight>
|}
|-
|
* ''<small>Info script lebih detail lihat '''[<nowiki/>[[Submit Script ALELEON Supercomputer]]]'''</small>''
 
* ''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM Slurm Jojo]]'''</small>''
|-
!<big>2B</big>
|-
!Berapa alokasi komputasi yang bisa digunakan?
|-
|SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) '''punya limit''' berdasarkan:
*Sisa Core Hour user dan '''[<nowiki/>[[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|Fair Usage Limit]]]'''
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:
 
$ '''slimit-gromacs'''
[[Berkas:GMB warning wololo.png|nirbing|50x50px]] '''Note untuk saat ini:'''
 
*''Jalankan ketika tidak ada job user yang berjalan atau antri.''
* ''Sementara berlaku untuk akun perseorangan saja.''
|-
!<big>3</big>
|-
| Jalankan job dengan perintah:
$ '''sbatch ''[nama-submit-script]'''''
''Contoh:''
$ sbatch submit.sh
|-
!<big>4</big>
|-
| User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
$ '''squeue -ul $USER'''
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
![[MPI ALELEON Supercomputer]]
|+Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job:
|-
!STATE
!Penjelasan
|-
|<code>R (RUN)</code>
|Job berjalan
|-
|<code>PD (PENDING)</code>
|Job tertahan, lihat '''[<nowiki/>[[Daftar Job Reason ALELEON Supercomputer|Daftar Job Reason]]]'''
|-
|<code>CG (COMPLETING)</code>
| Job selesai dan dalam proses clean-up
|-
| <code>CA (CANCELED)</code>
| Job dibatalkan user
|-
|<code>PR (PREEMPETED)</code>
|Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
|-
|<code>S (SUSPENDED)</code>
|Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
|}
|-
!<big>5</big>
|-
|User dapat memantau file output dengan perintah Unix seperti:
*'''<code>ls</code>''', '''<code>cat</code>''', '''<code>more</code>''', '''<code>tail</code>''', dll
|-
!<big>6</big>
|-
| Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
$ '''scancel ''[job-ID]'''''
''Job ID ada pada squeue diatas.''
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231
|-
!---
|}
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!- Langkah Batch Job di EFIRO Job Composer -
[[Berkas:Efiro jobcomposer display.png|nirbing|400x400px]]
|-
!<big>1</big>
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]]''' ALELEON Supercomputer.
|-
! <big>2</big>
|-
|-
|
|
* [[MPI ALELEON Supercomputer#MPI%20Satu%20Node%20vs%20Multi%20Node|'''MPI Satu Node vs Multi Node''']]
{| class="wikitable"
*
|+
|[[Berkas:EOD Apps Job Composer full.png|nirbing|126x126px]]
|Klik app '''<code><big>Job Composer</big></code>''' di homepage EFIRO.
*''atau'' menu '''<big><code>Apps > Job Composer</code></big>'''
|}
|}
---
|-
|[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nirbing|170x170px]]Pilih menu <big>'''<code>New Job > From Template</code>'''</big>
|-
!<big>3</big>
|-
!Buat ruang job untuk menjalankan komputasi:
|-
|
{| class="wikitable"
|+Pillih template GROMACS yang diinginkan:
|-
!Nama Template
!Penjelasan
|-
|GROMACS 2021.1 (CPU)
|Menjalankan GROMACS 2021.1 pada CPU
|-
|GROMACS 2022.4 (CPU)
|Menjalankan GROMACS 2022.4 pada CPU
|-
|GROMACS 2022.4 (GPU)
|Menjalankan GROMACS 2022.4 pada GPU
|-
|GROMACS 2024.4 (CPU)
|Menjalankan GROMACS 2022.4 pada CPU
|-
|GROMACS 2024.4 (GPU)
|Menjalankan GROMACS 2022.4 pada GPU
|}Kemudian isi '''Job Name''' dan klik '''<code><big>Create New Job</big></code>'''


=== 4. Menjalankan Job ===
[[Berkas:Jctemplate-2.png|nirbing]]
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job tersebut dengan menekan tombol '''Submit'''.
|-
!<big>4</big>
|-
!Lakukan persiapan:
|-
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan di ruang job:
*''Pastikan ruang job yang dipilih adalah yang akan digunakan.''


[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|700x700px]]
* Upload / download / edit file via menu <code>'''<big>Edit Files</big>'''</code>
*Perhatikan status jalannya job pada kolom '''Status.'''
*Upload / download file tunggal diatas 2GB gunakan '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Manajemen_File_di_ALELEON_Supercomputer#Upload_/_Download_Ruang_Job_Composer software FTP]]'''
Pre-processing input dan parameter via menu '''<code><big>Open Terminal</big></code>'''
 
*Lihat subbab '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/GROMACS#Pre-processing_Input_dan_Parameter Pre-processing Input dan Par]<nowiki/>[https://wiki.efisonlt.com/wiki/GROMACS#Pre-processing_Input_dan_Parameter ameter]]'''
 
[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|400x400px]]
|-
!<big>5A</big>
|-
| Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code><big>Open Editor</big></code>'''
*Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
*Ikuti petunjuk '''NOTES dan alur script''' di dalamnya.
* Klik '''<code><big>Save</big></code>''' setiap kali mengubah script.
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
|-
|[[Berkas:GMB warning wololo.png|nirbing|50x50px]] '''Bagi yang memilih template GROMACS versi GPU:'''
*GROMACS versi GPU menggunakan '''threading OMP per task MPI:'''
** '''Task MPI''' diwakili oleh '''jumlah GPU (<code>SBATCH gpus</code>)'''
** '''Thread OMP''' diwakili oleh '''<code>SBATCH cpus-per-task</code>'''
** Perhatikan '''total CPU''' = ntasks * cpus-per-task
* Jumlah thread OMP disarankan '''2 atau 4.'''
|-
!
|-
|
* ''<small>Info script lebih detail lihat '''[<nowiki/>[[Submit Script ALELEON Supercomputer]]]'''</small>''
 
* ''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM Slurm Jojo]]'''</small>''
|-
!<big>5B</big>
|-
| SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) '''punya limit''' berdasarkan:
*Sisa Core Hour user dan '''[<nowiki/>[[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|Fair Usage Limit]]]'''
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:
 
$ '''slimit-gromacs'''
[[Berkas:GMB warning wololo.png|nirbing|50x50px]] '''Note untuk saat ini:'''
 
*''Jalankan ketika tidak ada job user yang berjalan atau antri.''
* ''Sementara berlaku untuk akun perseorangan saja.''
|-
!<big>6</big>
|-
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code><big>Submit</big></code>'''
[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|400x400px]]
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Status
|+Kolom Status menunjukkan status jalannya job:
|-
! Status
!Arti
!Arti
|-
|-
Baris 99: Baris 469:
|Job belum pernah dijalankan.
|Job belum pernah dijalankan.
|-
|-
|Running
| Running
|Job berjalan.
|Job berjalan.
|-
|-
|Queue
| Queue
|Job mengantri dan belum berjalan.
|Job mengantri dan belum berjalan.
|-
|-
Baris 109: Baris 479:
|-
|-
|Failed
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan,
|Job berhenti karena error atau di stop user.
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|-
! colspan="2" |'''Melihat alasan job yang queue:'''
|-
| colspan="2" |[[Berkas:Active Jobs detail.png|nir|jmpl|300x300px|''Buka menu '''Apps >''' '''Active Jobs''' di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke '''Your Jobs'''. Klik simbol '''>''' untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Job Reason ALELEON Supercomputer]]''''']]
|}
|-
!<big>7</big>
|-
|Lihat output file komputasi pada kolom '''Folder Contents'''
*Atau dengan membuka menu '''<code><big>Edit Files</big></code>'''
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>''''']]
|-
!<big>8</big>
|-
|Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, klik '''<code><big>Stop</big></code>'''
|-
!<big>9</big>
|-
|'''''<nowiki/>'''''Untuk menghapus ruang job dan datanya:
* Pilih ruang job yang akan dihapus.
* Perhatikan opsi ini juga '''menghapus data di ruang job tersebut.'''
*Klik menu '''<code><big>Delete</big></code>'''
[[Berkas:JC delete menu.png|nirbing|400x400px]]
|-
!---
|}
|}
*User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
*Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit.
---


=== 5. Melihat hasil job yang selesai ===
== '''''Pre-processing''' '''Input dan Parameter''''' ==
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''
GROMACS membutuhkan pengolahan file input dan parameter sebelum menjalankan komputasi.


[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nirbing|399x399px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png]]
* ''Kegiatan ini dilakukan di login node sehingga tidak mengkonsumsi Kredit Core Hour.''
* ''Hubungi tim admin apabila user membutuhkan panduan atau tambahan software package tertentu.''


---
ALELEON Supercomputer menyediakan variasi berikut:


=== 6. Submit ulang job ===
# '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/GROMACS#gmx_mpi gmx_mpi]]'''
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.
# '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/GROMACS#ACPYPE_(AnteChamber_PYthon_Parser_InterfacE) ACPYPE]]'''


=='''Akselerasi GPU di GROMACS'''==
=== gmx_mpi ===
User dapat menjalankan GROMACS dengan bantuan akselerasi GPU di Compute Node GPU. Perlu diketahui '''tidak semua input dan parameter berjalan kencang dengan akselerasi GPU'''.
GROMACS ALELEON Supercomputer diinstal dengan dukungan MPI sehingga user menggunakan <code>'''gmx_mpi'''</code>, bukan <code>'''gmx'''</code>.
{| class="wikitable"
!Menjalankan gmx_mpi
|-
!<big>0</big>
|-
|[[Berkas:Icon apps terminal cropped.png|kiri|nirbing|80x80px]]'''Menggunakan terminal!'''
*User Job Composer buka menu '''<code><big>Open Terminal</big></code>''' di ruang job-nya
|-
!<big>1</big>
|-
|Aktifkan modul GROMACS yang akan dipakai.
$ '''ml ''[nama-modul-GROMACS]'''''
''Nama modul lihat subbab 'Modul GROMACS' diatas.''
|-
!<big>2</big>
|-
|Gunakan perintah '''<code>gmx_mpi</code>''' untuk pre-processing input.
Contoh dengan pdb2gmx:
$ gmx_mpi pdb2gmx ''[parameter-input-output]''
|-
!---
|}
''Kembali ke subbab '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/GROMACS#Batch_Job Batch Job]]'''''


* Harap user dapat menguji terlebih dahulu mdrun-nya dengan nsteps kecil untuk mengetahui peningkatan performa yang bisa diperoleh melalui akselerasi GPU.  
=== ACPYPE (AnteChamber PYthon Parser InterfacE) ===
* Perhatikan bahwa pengujian tersebut menggunakan kredit CPU Core Hour dan GPU Hour user.  
ACPYPE adalah wrapper Python berdasarkan software ANTECHAMBER untuk membantu pengolahan file input dan parameter software MD (Molecular Dynamic) seperti GROMACS ini.
 
{| class="wikitable"
Biasanya, GROMACS mdrun '''tidak memerlukan parameter tambahan''' untuk menjalankan akselerasi GPU. Namun dalam beberapa kasus, optimasi menggunakan parameter tambahan bisa berpengaruh positif ke kecepatan komputasi. Referensi mengenai parameter akselerasi GPU lanjutan (-nb, -bonded, -pme) dapat dibaca di laman:
!- Menggunakan container ACPYPE -
|-
!<big>0</big>
|-
|[[Berkas:Icon apps terminal cropped.png|kiri|nirbing|80x80px]]'''Menggunakan terminal!'''
*User Job Composer buka menu '''<code><big>Open Terminal</big></code>''' di ruang job-nya
|-
!<big>1</big>
|-
|Aktifkan container Apptainer:
$ '''ml apptainer'''
|-
!<big>2</big>
|-
|Aktifkan container ACPYPE, tersedia versi 2023.10.27:
$ '''apptainer run $SCONT/acpype-2023.10.27.sif'''
Kemudian user dapat menggunakan ACPYPE:
Apptainer> '''''[jalankan perintah ACPYPE ...]'''''
|-
!<big>3</big>
|-
|Untuk keluar dari container, jalankan perintah:
Apptainer> '''exit'''
|-
!---
|}
''Kembali ke subbab '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/GROMACS#Batch_Job Batch Job]]'''''


* [https://manual.gromacs.org/current/user-guide/mdrun-performance.html '''Getting good performance from mdrun — GROMACS 2021.1 documentation''']
=='''''Pelaporan Kendala dan Support''''' ==
* '''[https://developer.nvidia.com/blog/creating-faster-molecular-dynamics-simulations-with-gromacs-2020 Creating Faster Molecular Dynamics Simulations with GROMACS 2020 | NVIDIA Developer Blog].'''
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.


---
[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]


=== Ikuti Arahan Template ===
Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:
User disarankan untuk '''tidak mengubah parameter CPU, GPU, RAM, OMP, dan perintah mdrun pada template''' karena telah dirancang untuk berjalan optimal di Compute Node GPU ALELEON Supercomputer.
'''support@efisonlt.com'''

Revisi terkini sejak 4 Mei 2025 16.15

Logo GROMACS ALELEON tp.png

[GROMACS] adalah package berkecepatan tinggi untuk komputasi dinamika molekular baik untuk biokimia (seperti protein, lipids) maupun non-biokimia (seperti polimer).

Modul GROMACS

Berikut adalah detail versi GROMACS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul GROMACS versi CPU
Versi Nama modul software Dukungan hardware
GMB CPU icon.png GMB GPU icon.png OMP

Threading

MPI

multi-node

2021.1 gromacs/2021.1-GCC10-MKL V - - V
Modul GROMACS versi CPU dan GPU
Versi Nama modul software Dukungan hardware
GMB CPU icon.png GMB GPU icon.png OMP

Threading

MPI

multi-node

2022.4 gromacs/2022.4-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA11.8 V V V V
2024.4 gromacs/2024.4-GCC12.3-AOCL5.0-CUDA12.5 V V V V

Hubungi tim admin melalui email support@efisonlt.com untuk permintaan instalasi versi lain.

Info Menjalankan GROMACS dengan Akselerasi GPU

ALELEON Supercomputer menyediakan GROMACS yang dapat berjalan dengan akselerasi GPU. Beberapa hal perlu menjadi pertimbangan user:

  • Akselerasi GPU bukan jaminan peningkatan performa pada semua jenis input dan parameter.
    • Tim admin menyarankan user untuk menguji hal ini di perangkat komputer pribadi.

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat menjalankan GROMACS dengan pilihan metode:

  1. [Batch Job] -> menjalankan komputasi melalui manajemen Slurm di [compute node].

(klik expand / kembangkan)

Apakah Bisa Menjalankan Job?

Bagi akun yang berjalan dengan kredit Core Hour seperti akun perseorangan, ada baiknya untuk memantau sisa Core Hour sebelum menjalankan job:

Memantau Sisa Core Hour
0
EOD Apps Shell full.png
Menggunakan terminal!
  • User web EFIRO buka app Aleleon Shell Access
  • atau menu Apps > Aleleon Shell Access
1A
Untuk akun perseorangan, jalankan perintah: 
$ sausage

Untuk akun institusi dengan kredit Core Hour, ikuti petunjuk admin.

1B
Untuk mengetahui limit alokasi komputasi job user:
  • Langkah batch job terminal, lihat step 2B.
  • Langkah batch job EFIRO Job Composer, lihat step 5B.
2
Apabila butuh beli kredit Core Hour, lihat [top up Kredit Core Hour]
---

Batch Job

Tersedia dua pilihan tampilan yaitu terminal dan web EFIRO melalui app Job Composer. Pilih sesuai keinginan.

- Langkah Batch Job di Terminal -

Sbatch terminal display rev2.png

Tutorial ini mengasumsikan user familiar dengan terminal Linux
0
EOD Apps Shell full.png
Menggunakan terminal!
  • User EFIRO klik app Aleleon Shell Access
  • atau menu Apps > Aleleon Shell Access
1
Lakukan persiapan:
2A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi:
  • Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
  • Biasanya submit script berada satu folder dengan file komputasi.
$ nano submit.sh
atau vim
Contoh template Submit Script:
  • Ikuti petunjuk NOTES dan alur script di dalamnya.

Klik expand / kembangkan

- Template Submit Script GROMACS versi CPU -

GMB CPU icon.png 

#!/bin/bash
  
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# GROMACS (versi CPU) | rev.201224
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH dan file input
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Parameter input dan output untuk gmx_mpi mdrun
GROMACS_PARAMETER="////"

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Memuat modul software GROMACS 
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas
module load gromacs////

# Perintah menjakankan GROMACS
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
- Template Submit Script GROMACS versi GPU -

GMB GPU icon.png

GMB warning wololo.png Note:
  • GROMACS versi GPU menggunakan threading OMP per task MPI:
    • Task MPI diwakili oleh jumlah GPU (SBATCH gpus)
    • Thread OMP diwakili oleh SBATCH cpus-per-task
    • Perhatikan total CPU = ntasks * cpus-per-task
  • Jumlah thread OMP disarankan 2 atau 4.
#!/bin/bash

# --------------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# GROMACS (versi GPU) | rev.201224
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. GROMACS GPU menggunakan threading OMP per task MPI
#    Perhatikan usage CPU = ntasks * cpus-per-task
# --------------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH dan file input
# -----------------------------------------------------

# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah GPU, menjadi jumlah task MPI
#SBATCH --gpus=////

# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
# Disarankan 2 atau 4 
#SBATCH --cpus-per-task=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Parameter input dan output untuk gmx_mpi mdrun
GROMACS_PARAMETER="////"

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Memuat modul software GROMACS yang dapat menggunakan GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas
module load gromacs////

# Threading OMP
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}

# Perintah menjalankan GROMACS 1 GPU dan multiple GPU
if [ $SLURM_GPUS -eq 1 ]
then
        echo "Terdeteksi running GROMACS dengan 1 GPU"
        gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}

elif [ $SLURM_GPUS -gt 1 ]
then
        echo "Terdeteksi running GROMACS dengan $SLURM_GPUS GPU"

        # Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
        unset UCX_TLS
        unset UCX_NET_DEVICES

        mpirun -np $SLURM_GPUS gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
fi
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [Slurm Jojo]
2B
Berapa alokasi komputasi yang bisa digunakan?
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) punya limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan [Fair Usage Limit]
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-gromacs

GMB warning wololo.png Note untuk saat ini:

  • Jalankan ketika tidak ada job user yang berjalan atau antri.
  • Sementara berlaku untuk akun perseorangan saja.
3
Jalankan job dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
4
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah: 
$ squeue -ul $USER
Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job:
STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat [Daftar Job Reason]
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
5
User dapat memantau file output dengan perintah Unix seperti:
  • ls, cat, more, tail, dll
6
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231
---
- Langkah Batch Job di EFIRO Job Composer -

Efiro jobcomposer display.png

1
[Login ke web EFIRO] ALELEON Supercomputer.
2
EOD Apps Job Composer full.png Klik app Job Composer di homepage EFIRO.
  • atau menu Apps > Job Composer
Jcnewjobmarked.pngPilih menu New Job > From Template
3
Buat ruang job untuk menjalankan komputasi:
Pillih template GROMACS yang diinginkan:
Nama Template Penjelasan
GROMACS 2021.1 (CPU) Menjalankan GROMACS 2021.1 pada CPU
GROMACS 2022.4 (CPU) Menjalankan GROMACS 2022.4 pada CPU
GROMACS 2022.4 (GPU) Menjalankan GROMACS 2022.4 pada GPU
GROMACS 2024.4 (CPU) Menjalankan GROMACS 2022.4 pada CPU
GROMACS 2024.4 (GPU) Menjalankan GROMACS 2022.4 pada GPU
Kemudian isi Job Name dan klik Create New Job

Jctemplate-2.png

4
Lakukan persiapan:
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan di ruang job:
  • Pastikan ruang job yang dipilih adalah yang akan digunakan.
  • Upload / download / edit file via menu Edit Files
  • Upload / download file tunggal diatas 2GB gunakan [software FTP]

Pre-processing input dan parameter via menu Open Terminal

JC job menu.png

5A
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor
  • Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Ikuti petunjuk NOTES dan alur script di dalamnya.
  • Klik Save setiap kali mengubah script.

GMB warning wololo.png Bagi yang memilih template GROMACS versi GPU:
  • GROMACS versi GPU menggunakan threading OMP per task MPI:
    • Task MPI diwakili oleh jumlah GPU (SBATCH gpus)
    • Thread OMP diwakili oleh SBATCH cpus-per-task
    • Perhatikan total CPU = ntasks * cpus-per-task
  • Jumlah thread OMP disarankan 2 atau 4.
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [Slurm Jojo]
5B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) punya limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan [Fair Usage Limit]
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-gromacs

GMB warning wololo.png Note untuk saat ini:

  • Jalankan ketika tidak ada job user yang berjalan atau antri.
  • Sementara berlaku untuk akun perseorangan saja.
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit

Kolom Status menunjukkan status jalannya job:
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti karena error atau di stop user.
Melihat alasan job yang queue:
Buka menu Apps > Active Jobs di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke Your Jobs. Klik simbol > untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Job Reason ALELEON Supercomputer
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
  • Atau dengan membuka menu Edit Files
Kolom Folder Contents
8
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, klik Stop
9
Untuk menghapus ruang job dan datanya:
  • Pilih ruang job yang akan dihapus.
  • Perhatikan opsi ini juga menghapus data di ruang job tersebut.
  • Klik menu Delete

JC delete menu.png

---

Pre-processing Input dan Parameter

GROMACS membutuhkan pengolahan file input dan parameter sebelum menjalankan komputasi.

  • Kegiatan ini dilakukan di login node sehingga tidak mengkonsumsi Kredit Core Hour.
  • Hubungi tim admin apabila user membutuhkan panduan atau tambahan software package tertentu.

ALELEON Supercomputer menyediakan variasi berikut:

  1. [gmx_mpi]
  2. [ACPYPE]

gmx_mpi

GROMACS ALELEON Supercomputer diinstal dengan dukungan MPI sehingga user menggunakan gmx_mpi, bukan gmx.

Menjalankan gmx_mpi
0
Icon apps terminal cropped.png
Menggunakan terminal!
  • User Job Composer buka menu Open Terminal di ruang job-nya
1
Aktifkan modul GROMACS yang akan dipakai. 
$ ml [nama-modul-GROMACS]
Nama modul lihat subbab 'Modul GROMACS' diatas.
2
Gunakan perintah gmx_mpi untuk pre-processing input. 
Contoh dengan pdb2gmx:
$ gmx_mpi pdb2gmx [parameter-input-output]
---

Kembali ke subbab [Batch Job]

ACPYPE (AnteChamber PYthon Parser InterfacE)

ACPYPE adalah wrapper Python berdasarkan software ANTECHAMBER untuk membantu pengolahan file input dan parameter software MD (Molecular Dynamic) seperti GROMACS ini.

- Menggunakan container ACPYPE -
0
Icon apps terminal cropped.png
Menggunakan terminal!
  • User Job Composer buka menu Open Terminal di ruang job-nya
1
Aktifkan container Apptainer: 
$ ml apptainer
2
Aktifkan container ACPYPE, tersedia versi 2023.10.27: 
$ apptainer run $SCONT/acpype-2023.10.27.sif

Kemudian user dapat menggunakan ACPYPE: 

Apptainer> [jalankan perintah ACPYPE ...]
3
Untuk keluar dari container, jalankan perintah: 
Apptainer> exit
---

Kembali ke subbab [Batch Job]

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=GROMACS&oldid=1957"