GROMACS: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(Menambah info proses maintenance)
(→‎ACPYPE (AnteChamber PYthon Parser InterfacE): menambah step mengaktifkan conda env)
 
(21 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 4: Baris 4:


[https://www.gromacs.org/ '''GROMACS'''] adalah package berkecepatan tinggi untuk komputasi dinamika molekular baik untuk biokimia (seperti protein, lipids) maupun non-biokimia (seperti polimer).
[https://www.gromacs.org/ '''GROMACS'''] adalah package berkecepatan tinggi untuk komputasi dinamika molekular baik untuk biokimia (seperti protein, lipids) maupun non-biokimia (seperti polimer).
== '''NOTE: Halaman ini dalam tahap maintenance!''' ==
Tim admin sedang melakukan proses maintenance perubahan info pada laman ini. Proses maintenance selesai apabila pesan ini hilang.


== '''Modul GROMACS''' ==
== '''Modul GROMACS''' ==
Baris 48: Baris 45:
|V
|V
| V
| V
|V
|-
|2024.4
|gromacs/2024.4-GCC12.3-AOCL5.0-CUDA12.5
|V
|V
|V
|V
|V
|}
|}
Baris 53: Baris 57:


== '''Info Menjalankan GROMACS dengan Akselerasi GPU''' ==
== '''Info Menjalankan GROMACS dengan Akselerasi GPU''' ==
ALELEON Supercomputer menyediakan GROMACS yang dapat berjalan dengan akselerasi GPU. Beberapa hal yang perlu diketahui dan menjadi pertimbangan user:   
ALELEON Supercomputer menyediakan GROMACS yang dapat berjalan dengan akselerasi GPU. Beberapa hal perlu menjadi pertimbangan user:   


* '''Tidak semua input dan parameter berjalan kencang dengan akselerasi GPU'''.
* Akselerasi GPU bukan jaminan peningkatan performa pada semua jenis input dan parameter.
** User harap menguji dahulu dengan nsteps kecil untuk mengetahui peningkatan performa yang diperoleh melalui akselerasi GPU.
** Tim admin menyarankan user untuk menguji hal ini di perangkat komputer pribadi.
** Perhatikan bahwa pengujian tersebut mengurangi kredit Core Hour user.


* Biasanya, GROMACS mdrun tidak memerlukan parameter tambahan untuk menggunakan akselerasi GPU. Namun dalam beberapa kasus, optimasi menggunakan parameter tambahan bisa berpengaruh positif ke kecepatan komputasi.
* Biasanya GROMACS mdrun tidak memerlukan parameter tambahan untuk akselerasi GPU.  
* Referensi lanjutan parameter akselerasi GPU (-nb, -bonded, -pme) dapat dibaca pada tautan berikut:
** Dalam beberapa kasus, optimasi parameter tambahan dapat meningkatkan kecepatan komputasi.
* Referensi lanjutan parameter akselerasi GPU (-nb, -bonded, -pme) dapat dipelajari pada tautan berikut:
** [https://manual.gromacs.org/current/user-guide/mdrun-performance.html '''Getting good performance from mdrun — GROMACS 2021.1 documentation''']  
** [https://manual.gromacs.org/current/user-guide/mdrun-performance.html '''Getting good performance from mdrun — GROMACS 2021.1 documentation''']  
** '''[https://developer.nvidia.com/blog/creating-faster-molecular-dynamics-simulations-with-gromacs-2020 Creating Faster Molecular Dynamics Simulations with GROMACS 2020 | NVIDIA Developer Blog].'''
** '''[https://developer.nvidia.com/blog/creating-faster-molecular-dynamics-simulations-with-gromacs-2020 Creating Faster Molecular Dynamics Simulations with GROMACS 2020 | NVIDIA Developer Blog].'''
=='''Menjalankan GROMACS'''==
 
User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO ''(klik expand atau kembangkan)''.
== '''''Pre-processing''''' '''Input dan Parameter''' ==
===Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)===
GROMACS membutuhkan pengolahan file input dan parameter sebelum menjalankan komputasi.
 
* ''<small>Kegiatan ini dilakukan di login node sehingga tidak mengkonsumsi Kredit Core Hour.</small>''
* ''<small>Hubungi tim admin apabila user membutuhkan panduan atau tambahan software package tertentu.</small>''
* ''<small>Kegiatan ini dilakukan '''di terminal'''. Bagi user portal web EFIRO buka apps '''<code>Aleleon Shell Access</code>'''.</small>''
 
ALELEON Supercomputer menyediakan variasi berikut:
 
=== gmx_mpi ===
GROMACS ALELEON Supercomputer diinstal dengan dukungan MPI sehingga user menggunakan <code>'''gmx_mpi'''</code>, bukan <code>'''gmx'''</code>.
{| class="wikitable"
!1
|-
|Aktifkan modul GROMACS yang akan dipakai.
'''$ ml ''[nama-modul-GROMACS]'''''
''Nama modul lihat subbab 'Modul GROMACS' diatas.''
|-
!2
|-
|Gunakan perintah '''<code>gmx_mpi</code>''' untuk pre-processing input.
Contoh dengan pdb2gmx:
$ gmx_mpi pdb2gmx ''[parameter-input-output]''
|}
 
=== ACPYPE (AnteChamber PYthon Parser InterfacE) ===
ACPYPE adalah wrapper Python berdasarkan software ANTECHAMBER untuk membantu pengolahan file input dan parameter software MD (Molecular Dynamic) seperti GROMACS ini. Tim admin menyediakan 2 opsi untuk menjalankan ACPYPE: ''<small>(klik expand / kembangkan)</small>''
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan GROMACS di Terminal
!Container ACPYPE siap pakai
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]
|-
|-
|'''0'''
!1
|
|-
=====Login SSH=====
|Aktifkan container Apptainer:
Tatacara login SSH lihat laman [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_|_Login_SSH '''Login SSH ALELEON Supercomputer'''].
'''$ ml apptainer'''
|-
!2
|-
|Aktifkan container ACPYPE, tersedia versi 2023.10.27:
'''$ apptainer run $SCONT/acpype-2023.10.27.sif'''
Shell masuk ke container tersebut dan user dapat menggunakan ACPYPE:
'''Apptainer>''' ''[jalankan perintah ACPYPE ...]''
|-
!3
|-
|Untuk keluar dari container, jalankan perintah:
Apptainer> '''exit'''
|}
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!User Membuat Conda Environment* ACPYPE
|-
!1
|-
|Aktifkan Mamba:  
'''$ ml Mamba/23.11.0-0'''
|-
!2
|-
|Buat conda env dengan environment ACPYPE yang disediakan:
'''$ mamba env create -f $CONDAYML/acpype.yml'''
 
* Perintah ini membuat conda env bernama '''acpype''' di HOME user.
* Conda env ini membutuhkan kapasitas storage '''901MB'''.
|-
!3
|-
|Aktifkan conda env acpype:
'''$ source activate acpype'''
Shell masuk ke conda env tersebut dan user dapat menggunakan ACPYPE:
'''(acpype) $''' ''[jalankan perintah ACPYPE ...]''
|-
!4
|-
|Untuk keluar dari conda env, jalankan perintah:
(acpype) $ '''conda deactivate'''
|-
!5
|-
|-
|'''1'''  
|Untuk mengaktifkan kembali conda env lakukan langkah '''1 dan 3'''.
|
|}
=====Menyiapkan File Komputasi=====
''<small>* Note:</small>''
Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:
*File input dan data komputasi.
**User dapat upload / download file ke ALELEON dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
==== Menyiapkan Input Parameter GROMACS ====
User harus membuat input parameter GROMACS supaya komputasi dapat berjalan:


* Beberapa perintah bersifat interaktif sehingga harus dilakukan sebelum submit job.
# ''<small>'''Conda environment''' adalah ruang isolasi untuk instalasi library Python. Conda env ada karena karakteristik umum setiap komputasi Python (biasanya) membutuhkan instalasi library spesifik sehingga membutuhkan ruang isolasi untuk menghindari konflik library. Analogikan seperti anak sekolah mempunyai buku catatan tersendiri (conda environment) untuk setiap pelajaran (komputasi Python).</small>''
* Berikut adalah langkah membuat input parameter GROMACS:
# ''<small>Opsi conda environment mempunyai kelebihan yaitu user dapat mengendalikan instalasi versi ACPYPE dan depedencies-nya apabila dibutuhkan.</small>''


{| class="wikitable"
=='''Pilihan Menjalankan Komputasi'''==
! colspan="2" |Langkah Menyiapkan Input Parameter
User dapat menjalankan GROMACS dengan pilihan metode:
===Batch Job===
Menjalankan komputasi di [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm kemudian user menunggu hingga selesai. Terdapat dua opsi tampilan yang dapat dipilih sesuai preferensi user: ''<small>(klik expand atau kembangkan)</small>''
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Menggunakan Terminal
[[Berkas:Sbatch terminal display rev2.png|tepi|400x400px]]
|-
!1
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#Login_SSH Login SSH]''' ke ALELEON Supercomputer.
|-
!2
|-
|Siapkan file komputasi dan ''pre-processing'' input yang dibutuhkan.
*User dapat upload / download file dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
|-
|-
|'''1'''
!3A
|Aktifkan GROMACS dengan memuat modul versi GROMACS yang akan digunakan.
$ module load '''''<nama-modul-software-GROMACS>'''''
Nama modul lihat subbab Modul GROMACS di atas.
|-
|-
|'''2'''
|Buat '''Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
|Buat parameter GROMACS dengan perintah '''<code>gmx_mpi</code>'''. Contoh menggunakan pdb2gmx:
*Nama file bebas dengan format .sh, contoh '''<code>submit.sh</code>'''  
$ gmx_mpi pdb2gmx ''<parameter_input_dan_output>''
|}
|-
|-
|'''2'''
!
|Berikutnya buat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
*Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
$ nano my_job_submission.sh
|-
|-
| rowspan="2" |'''3'''
|Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
|
*''<small>Klik expand / kembangkan</small>''
=====Template SLURM Submit Script GROMACS=====
Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script untuk GROMACS versi CPU  
!Template Submit Script GROMACS versi CPU
|-
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash
#!/bin/bash
 
 
# -----------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# Template SLURM Submit Script
# GROMACS (versi CPU) | rev.080124
# GROMACS (versi CPU) | rev.201224
#  
#  
# NOTES:  
# NOTES:  
Baris 126: Baris 195:


# -----------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# Alokasi komputasi SBATCH dan file input
# -----------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------


Baris 145: Baris 214:
#SBATCH --error=error-%j.txt  
#SBATCH --error=error-%j.txt  


# Parameter input dan output untuk GROMACS
# Parameter input dan output untuk gmx_mpi mdrun
GROMACS_PARAMETER="////"
GROMACS_PARAMETER="////"
# Memuat modul software GROMACS versi CPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas
module load gromacs////


# ----------------------------------------------------
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
# ----------------------------------------------------
# Memuat modul software GROMACS
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas
module load gromacs////


# Perintah menjakankan GROMACS
# Perintah menjakankan GROMACS
Baris 160: Baris 229:
</syntaxhighlight>
</syntaxhighlight>
|}
|}
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script untuk GROMACS dengan 1 GPU
!Template Submit Script GROMACS versi GPU
|-
|'''Note:'''
* GROMACS versi GPU menggunakan threading OMP per task MPI
** Task MPI diwakili oleh jumlah GPU (SBATCH gpus)
** Thread OMP diwakili oleh SBATCH cpus-per-task.
* Jumlah thread OMP disarankan 2 atau 4.
* Perhatikan total CPU = ntasks * cpus-per-task
|-
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash
#!/bin/bash


# -----------------------------------------------------
# --------------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# Template SLURM Submit Script
# GROMACS (dengan akselerasi 1 GPU) | rev.080124
# GROMACS (versi GPU) | rev.201224
#  
#  
# NOTES:  
# NOTES:  
Baris 174: Baris 251:
# 2. Template ini bersifat referensi.
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Disarankan untuk tidak mengubah jumlah parameter
# 3. GROMACS GPU menggunakan threading OMP per task MPI
#    ntasks, gpus, mem, dan OMP untuk hasil optimal.
#    Perhatikan usage CPU = ntasks * cpus-per-task
#
# --------------------------------------------------------
#    Template ini menggunakan rate komputasi
#    64 CCH/jam dan 1 GH/jam.
# -----------------------------------------------------


# -----------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# Alokasi komputasi SBATCH dan file input
# -----------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------


Baris 189: Baris 263:


# Alokasi jumlah core thread CPU
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=8
#SBATCH --ntasks=////
 
# Alokasi jumlah GPU, menjadi jumlah task MPI
#SBATCH --gpus=////


# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=8
# Disarankan 2 atau 4
 
#SBATCH --cpus-per-task=////
# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=1


# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=16GB
#SBATCH --mem=////GB


# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Alokasi limit waktu menjalankan job
Baris 210: Baris 285:
#SBATCH --error=error-%j.txt  
#SBATCH --error=error-%j.txt  


# Parameter input dan output untuk GROMACS
# Parameter input dan output untuk gmx_mpi mdrun
GROMACS_PARAMETER="////"
GROMACS_PARAMETER="////"
# Memuat modul software GROMACS versi GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas
module load gromacs////


# ----------------------------------------------------
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
# ----------------------------------------------------
# Memuat modul software GROMACS yang dapat menggunakan GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas
module load gromacs////


# Threading OMP
# Threading OMP
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}


# Perintah menjalankan GROMACS
# Perintah menjalankan GROMACS 1 GPU dan multiple GPU
gmx_mdi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
if [ $SLURM_GPUS -eq 1 ]
</syntaxhighlight>
then
|}
        echo "Terdeteksi running GROMACS dengan 1 GPU"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
        gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
!Template SLURM Submit Script untuk GROMACS dengan 2 GPU
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash


# -----------------------------------------------------
elif [ $SLURM_GPUS -gt 1 ]
# Template SLURM Submit Script
then
# GROMACS (dengan akselerasi 2 GPU) | rev.080124
        echo "Terdeteksi running GROMACS dengan $SLURM_GPUS GPU"
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Disarankan untuk tidak mengubah jumlah parameter
#    ntasks, gpus, mem, dan OMP untuk hasil optimal.
#
#    Template ini menggunakan rate komputasi
#    32 CCH/jam dan 2 GH/jam.
# -----------------------------------------------------


# -----------------------------------------------------
        # Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
        unset UCX_TLS
# -----------------------------------------------------
        unset UCX_NET_DEVICES


# Menggunakan partisi compute node GPU
        mpirun -np $SLURM_GPUS gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
#SBATCH --partition=ampere
fi
 
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=8
 
# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=4
 
# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=2
 
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=16GB
 
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
 
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
 
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
 
# Parameter input dan output untuk GROMACS
GROMACS_PARAMETER="////"
 
# Memuat modul software GROMACS versi GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas
module load gromacs////
 
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
 
# Threading OMP
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}
 
# Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
unset UCX_TLS
unset UCX_NET_DEVICES
 
# Perintah menjalankan GROMACS
mpirun -np 2 gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
</syntaxhighlight>
</syntaxhighlight>
|}
|}
|-
|-
|
|
=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk GROMACS=====
* ''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
|-
!Skenario Komputasi
!ntasks
(CPU)
!mem
(RAM)
!gpus
(GPU)
!time
(time limit)
|-
|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
|128
|128GB
|2
| rowspan="4" |3-00:00:00
atau


72:00:00
* ''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
|-
|-
|GROMACS versi CPU''<sup>2</sup>''
!3B
|384
|240GB''<sup>2</sup>''
|0
|-
|-
|GROMACS versi CPU di high-mem node
|'''SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit''' berdasarkan:
*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
|128
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
|500GB
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:
|0
'''$ slimit-gromacs'''
|-
|-
| GROMACS versi GPU
!4
| colspan="3" |''Ikuti template''
|-
|-
| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
| Jalankan job komputasi dengan perintah:
#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
$ '''sbatch ''[nama-submit-script]'''''
#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
''Contoh:''
#GROMACS mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
$ sbatch submit.sh
#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
|-
|-
! colspan="5" |Keterangan tambahan
!6
|-
|-
| colspan="5" |
| User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
'''<code>$ squeue -ul $USER</code>'''
**SLURM akan menahan job apabila:
{| class="wikitable"
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
! colspan="2" |''Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.''
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah:
$ '''sausage'''
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
|}
|-
|-
|'''4'''
|
=====Menjalankan Job Komputasi=====
Jalankan job dengan perintah sbatch.
$ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
$ sbatch my_job_submission.sh
|-
|'''5A'''
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
*Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ '''squeue -ul $USER'''
Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
{| class="wikitable"
|+Daftar STATE squeue SLURM
!STATE
!STATE
!Kepanjangan
!Penjelasan
!Penjelasan
|-
|-
|R
|R (RUN)
|RUN
|Job berjalan
|Job berjalan
|-
|-
|PD
|PD (PENDING)
|PENDING
|Job tertahan, lihat [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]  
|Job tertahan, lihat keterangan [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|-
|-
|CG
|CG (COMPLETING)
|COMPLETING
| Job selesai dan dalam proses clean-up
|Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
|-
|-
|CA
| CA (CANCELED)
|CANCELED
| Job dibatalkan user
|Job dibatalkan oleh user
|-
|-
|PR
|PR (PREEMPETED)
|PREEMPETED
|Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
|Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
|-
|-
|S
|S (SUSPENDED)
|SUSPENDED
|Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
|Job ditahan oleh admin EFISON
|}
|}
|-
|-
|'''5B'''
!
|
|-
=====Menghentikan Job Komputasi=====
| Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
  '''$ scancel ''[job-ID]'''''
*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
*User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
''Job ID ada pada squeue diatas.''
  $ '''scancel <''job-ID-submission-user''>'''
contoh membatalkan job ID 231:
Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.
  $ scancel 231
  $ scancel 231
|}
|}
===Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan GROMACS di Web EFIRO
!Menggunakan Portal Web EFIRO
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|500x500px]]
[[Berkas:Efiro jobcomposer display.png|nirbing|400x400px]]
|-
!1
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]''' ALELEON Supercomputer.
|-
! 2
|-
| [[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]]Buka pinned apps '''Job Composer'''  di homepage EFIRO.
Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>'''
 
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nirbing|180x180px]]
|-
|-
|'''0'''
!3
|
=====Login Web EFIRO=====
*[[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
*Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>'''  lalu masukkan username dan password user.
**Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
|-
|-
|'''1'''
|
|
=====Membuka Job Composer dan Memilih Template Job=====
*Buka menu '''<code>Jobs</code>''' > '''<code>Jobs Composer</code>''' pada dashboard EFIRO.
*Pilih '''<code>New Job</code>''' > '''<code>From Template</code>'''
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|''Menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''''']][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|220x220px|''Menu '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''''']]
|-
|'''2'''
|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|nirbing|600x600px]]
*PIlih template GROMACS yang diinginkan.
*Isi atau ganti kolom '''<code>Job Name</code>''' sesuai keinginan user.
*Apabila sudah selesai, klik '''<code>Create New Job</code>'''.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Template GROMACS yang tersedia
! colspan="2" |Pilih template GROMACS yang diinginkan:
|-
|-
!Nama Template
!Nama Template
Baris 445: Baris 402:
|-
|-
|GROMACS 2021.1 (CPU)
|GROMACS 2021.1 (CPU)
|Menjalankan GROMACS 2021.1 CPU
|Menjalankan GROMACS 2021.1 pada CPU
|-
|-
|GROMACS 2022.4 dengan 1 GPU
|GROMACS 2022.4 (CPU)
|GROMACS 2022.4 dengan akselerasi 1 GPU
|Menjalankan GROMACS 2022.4 pada CPU
|-
|-
|GROMACS 2022.4 dengan 2 GPU
|GROMACS 2022.4 (GPU)
|GROMACS 2022.4 dengan akselerasi 2 GPU
|Menjalankan GROMACS 2022.4 pada GPU
|}
|-
|GROMACS 2024.4 (CPU)
|Menjalankan GROMACS 2022.4 pada CPU
|-
|-
|'''3'''
|GROMACS 2024.4 (GPU)
|
|Menjalankan GROMACS 2022.4 pada GPU
=====Menyiapkan File Komputasi=====
|}Kemudian Isi '''<code>Job Name</code>''' dan klik '''<code>Create New Job</code>'''
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]


Gunakan menu <code>'''Edit Files'''</code> untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.
[[Berkas:Jctemplate-2.png|nirbing]]
*Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
|-
*Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas '''2GB per file'''.
!4
**Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] untuk upload file tunggal diatas 2GB.
 
==== Menyiapkan Input Parameter GROMACS ====
User harus membuat input parameter GROMACS supaya komputasi dapat berjalan:
 
* Beberapa perintah bersifat interaktif sehingga harus dilakukan di terminal.
* Berikut adalah langkah membuat input parameter GROMACS:
 
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Langkah Menyiapkan Input Parameter
|-
|-
|'''1'''
|Siapkan file komputasi  dan ''pre-processing'' input yang dibutuhkan.
|Buka terminal melalui menu '''<code>Open Terminal</code>'''.
[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|400x400px]]
*Upload / download / edit file via menu <code>'''Edit Files'''</code>
**Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
*''Pre-processing'' input dan parameter via menu <code>'''Open Terminal'''</code>.
|-
|-
|'''2'''
!5A
|Aktifkan GROMACS dengan memuat modul versi GROMACS yang akan digunakan.
$ module load ''<nama-modul-software-GROMACS>''
Nama modul lihat subbab Modul GROMACS di atas.
|-
|-
|'''3'''
| Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code>Open Editor</code>'''.
|Buat parameter GROMACS dengan perintah '''<code>gmx_mpi</code>'''. Contoh menggunakan pdb2gmx:
*Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
$ gmx_mpi pdb2gmx ''<parameter_input_dan_output>''
**Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
* Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
{| class="wikitable"
|'''Note untuk GROMACS versi GPU:'''
* GROMACS versi GPU menggunakan threading OMP per task MPI
** Task MPI diwakili oleh jumlah GPU (SBATCH gpus)
** Thread OMP diwakili oleh SBATCH cpus-per-task.
* Jumlah thread OMP disarankan 2 atau 4.
* Perhatikan total CPU = ntasks * cpus-per-task
|}
|}
|-
| rowspan="2" |'''4'''
|
=====Melengkapi Submit Script=====
Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.
*Lengkapi Submit Script melalui menu '''<code>Open Editor</code>'''.
*Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
*Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px]]
|-
|-
|
|
=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH=====
*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
|-
|-
!Skenario Komputasi
!5B
!ntasks
(CPU)
!mem
(RAM)
!gpus
(GPU)
!time
(time limit)
|-
|-
|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
| SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) '''mempunyai limit''' berdasarkan:
|128
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
|128GB
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
|2
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut melalui '''<code>Open Terminal</code>''':
| rowspan="4" |3-00:00:00
'''$ slimit-gromacs'''
atau
 
72:00:00
|-
|-
|GROMACS versi CPU''<sup>2</sup>''
!6
|384
|240GB''<sup>2</sup>''
|0
|-
|-
|GROMACS versi CPU di high-mem node
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
*Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
|128
*Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
|500GB
[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|400x400px]]
|0
{| class="wikitable"
|-
! colspan="2" |Daftar Status Job
|GROMACS versi GPU
| colspan="3" |''Ikuti template''
|-
| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
#GROMACS mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
|-
! colspan="5" |Keterangan tambahan
|-
|-
| colspan="5" |
! Status
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
**SLURM akan menahan job apabila:
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu '''<code>Open Terminal</code>''' dan jalankan perintah:
$ '''sausage'''
[[Berkas:Jcjoboption4.png|nirbing|600x600px]]
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
|}
|-
|'''5'''
|
=====Menjalankan Job Komputasi=====
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
 
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
{| class="wikitable"
|+''Penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''
!Status
!Arti
!Arti
|-
|-
Baris 569: Baris 470:
|Job belum pernah dijalankan.
|Job belum pernah dijalankan.
|-
|-
|Running
| Running
|Job berjalan.
|Job berjalan.
|-
|-
|Queue
| Queue
|Job mengantri dan belum berjalan.
|Job mengantri dan belum berjalan.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Langkah melihat status job ketika queue
|-
|Buka <code>'''Jobs > Active Jobs'''</code> pada dashboard EFIRO.
*Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini
[[Berkas:Efiroqueueedit.png|al=|jmpl|''Halaman Active Jobs. Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status  job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].'''''|kiri]]
|}
|-
|-
|Completed
|Completed
Baris 586: Baris 480:
|-
|-
|Failed
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user
|-
| colspan="2" |'''''Untuk melihat alasan job yang queue:'''''[[Berkas:Active Jobs detail.png|nir|jmpl|300x300px|''Buka pinned apps '''Active Jobs''' di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke '''Your Jobs'''. Klik simbol '''>''' untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer''']].'']]
|}
|}
=====Menghentikan Job Komputasi=====
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''<code>Stop</code>'''.
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]
|-
|-
|'''6A'''
!7
|
|-
=====Melihat Output Komputasi=====
|Lihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
User dapat melihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
*Atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''
*Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>'''
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
|-
|-
|'''6B'''
!8
|User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' dengan mengklik kembali tombol '''<code>Submit</code>'''.
|-
|Untuk menghapus ruang job dan datanya:
* Pilih ruang job yang akan dihapus.
*Klik menu '''<code>Delete</code>'''
[[Berkas:JC delete menu.png|nirbing|400x400px]]
|}
|}
=='''Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email'''==
=='''Pelaporan Kendala dan Support''' ==
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:<syntaxhighlight lang="bash">
#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL
</syntaxhighlight>SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:
*BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
*END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
*FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
*TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
*TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.
=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.


Revisi terkini sejak 20 Desember 2024 05.03


GROMACS.png

GROMACS adalah package berkecepatan tinggi untuk komputasi dinamika molekular baik untuk biokimia (seperti protein, lipids) maupun non-biokimia (seperti polimer).

Modul GROMACS

Berikut adalah detail versi GROMACS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul GROMACS versi CPU
Versi Nama modul software Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

2021.1 gromacs/2021.1-GCC10-MKL V - - V
Modul GROMACS versi CPU dan GPU
Versi Nama modul software Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

2022.4 gromacs/2022.4-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA11.8 V V V V
2024.4 gromacs/2024.4-GCC12.3-AOCL5.0-CUDA12.5 V V V V

Hubungi tim admin melalui email support@efisonlt.com untuk permintaan instalasi versi lain.

Info Menjalankan GROMACS dengan Akselerasi GPU

ALELEON Supercomputer menyediakan GROMACS yang dapat berjalan dengan akselerasi GPU. Beberapa hal perlu menjadi pertimbangan user:

  • Akselerasi GPU bukan jaminan peningkatan performa pada semua jenis input dan parameter.
    • Tim admin menyarankan user untuk menguji hal ini di perangkat komputer pribadi.

Pre-processing Input dan Parameter

GROMACS membutuhkan pengolahan file input dan parameter sebelum menjalankan komputasi.

  • Kegiatan ini dilakukan di login node sehingga tidak mengkonsumsi Kredit Core Hour.
  • Hubungi tim admin apabila user membutuhkan panduan atau tambahan software package tertentu.
  • Kegiatan ini dilakukan di terminal. Bagi user portal web EFIRO buka apps Aleleon Shell Access.

ALELEON Supercomputer menyediakan variasi berikut:

gmx_mpi

GROMACS ALELEON Supercomputer diinstal dengan dukungan MPI sehingga user menggunakan gmx_mpi, bukan gmx.

1
Aktifkan modul GROMACS yang akan dipakai. 
$ ml [nama-modul-GROMACS]
Nama modul lihat subbab 'Modul GROMACS' diatas.
2
Gunakan perintah gmx_mpi untuk pre-processing input. 
Contoh dengan pdb2gmx:
$ gmx_mpi pdb2gmx [parameter-input-output]

ACPYPE (AnteChamber PYthon Parser InterfacE)

ACPYPE adalah wrapper Python berdasarkan software ANTECHAMBER untuk membantu pengolahan file input dan parameter software MD (Molecular Dynamic) seperti GROMACS ini. Tim admin menyediakan 2 opsi untuk menjalankan ACPYPE: (klik expand / kembangkan)

Container ACPYPE siap pakai
1
Aktifkan container Apptainer: 
$ ml apptainer
2
Aktifkan container ACPYPE, tersedia versi 2023.10.27: 
$ apptainer run $SCONT/acpype-2023.10.27.sif

Shell masuk ke container tersebut dan user dapat menggunakan ACPYPE: 

Apptainer> [jalankan perintah ACPYPE ...]
3
Untuk keluar dari container, jalankan perintah: 
Apptainer> exit
User Membuat Conda Environment* ACPYPE
1
Aktifkan Mamba: 
$ ml Mamba/23.11.0-0
2
Buat conda env dengan environment ACPYPE yang disediakan: 
$ mamba env create -f $CONDAYML/acpype.yml
  • Perintah ini membuat conda env bernama acpype di HOME user.
  • Conda env ini membutuhkan kapasitas storage 901MB.
3
Aktifkan conda env acpype: 
$ source activate acpype

Shell masuk ke conda env tersebut dan user dapat menggunakan ACPYPE: 

(acpype) $ [jalankan perintah ACPYPE ...]
4
Untuk keluar dari conda env, jalankan perintah: 
(acpype) $ conda deactivate
5
Untuk mengaktifkan kembali conda env lakukan langkah 1 dan 3.

* Note:

  1. Conda environment adalah ruang isolasi untuk instalasi library Python. Conda env ada karena karakteristik umum setiap komputasi Python (biasanya) membutuhkan instalasi library spesifik sehingga membutuhkan ruang isolasi untuk menghindari konflik library. Analogikan seperti anak sekolah mempunyai buku catatan tersendiri (conda environment) untuk setiap pelajaran (komputasi Python).
  2. Opsi conda environment mempunyai kelebihan yaitu user dapat mengendalikan instalasi versi ACPYPE dan depedencies-nya apabila dibutuhkan.

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat menjalankan GROMACS dengan pilihan metode:

Batch Job

Menjalankan komputasi di compute node melalui manajemen Slurm kemudian user menunggu hingga selesai. Terdapat dua opsi tampilan yang dapat dipilih sesuai preferensi user: (klik expand atau kembangkan)

Menggunakan Terminal

Sbatch terminal display rev2.png

1
Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
2
Siapkan file komputasi dan pre-processing input yang dibutuhkan.
3A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik expand / kembangkan
Template Submit Script GROMACS versi CPU 
#!/bin/bash
  
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# GROMACS (versi CPU) | rev.201224
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH dan file input
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Parameter input dan output untuk gmx_mpi mdrun
GROMACS_PARAMETER="////"

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Memuat modul software GROMACS 
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas
module load gromacs////

# Perintah menjakankan GROMACS
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
Template Submit Script GROMACS versi GPU
Note:
  • GROMACS versi GPU menggunakan threading OMP per task MPI
    • Task MPI diwakili oleh jumlah GPU (SBATCH gpus)
    • Thread OMP diwakili oleh SBATCH cpus-per-task.
  • Jumlah thread OMP disarankan 2 atau 4.
  • Perhatikan total CPU = ntasks * cpus-per-task
#!/bin/bash

# --------------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# GROMACS (versi GPU) | rev.201224
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. GROMACS GPU menggunakan threading OMP per task MPI
#    Perhatikan usage CPU = ntasks * cpus-per-task
# --------------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH dan file input
# -----------------------------------------------------

# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah GPU, menjadi jumlah task MPI
#SBATCH --gpus=////

# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
# Disarankan 2 atau 4 
#SBATCH --cpus-per-task=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Parameter input dan output untuk gmx_mpi mdrun
GROMACS_PARAMETER="////"

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Memuat modul software GROMACS yang dapat menggunakan GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas
module load gromacs////

# Threading OMP
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}

# Perintah menjalankan GROMACS 1 GPU dan multiple GPU
if [ $SLURM_GPUS -eq 1 ]
then
        echo "Terdeteksi running GROMACS dengan 1 GPU"
        gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}

elif [ $SLURM_GPUS -gt 1 ]
then
        echo "Terdeteksi running GROMACS dengan $SLURM_GPUS GPU"

        # Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
        unset UCX_TLS
        unset UCX_NET_DEVICES

        mpirun -np $SLURM_GPUS gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
fi
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.
3B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-gromacs
4
Jalankan job komputasi dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
6
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231
Menggunakan Portal Web EFIRO

Efiro jobcomposer display.png

1
Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
2
New Pinnedapps jc.pngBuka pinned apps Job Composer di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

Jcnewjobmarked.png

3
Pilih template GROMACS yang diinginkan:
Nama Template Penjelasan
GROMACS 2021.1 (CPU) Menjalankan GROMACS 2021.1 pada CPU
GROMACS 2022.4 (CPU) Menjalankan GROMACS 2022.4 pada CPU
GROMACS 2022.4 (GPU) Menjalankan GROMACS 2022.4 pada GPU
GROMACS 2024.4 (CPU) Menjalankan GROMACS 2022.4 pada CPU
GROMACS 2024.4 (GPU) Menjalankan GROMACS 2022.4 pada GPU
Kemudian Isi Job Name dan klik Create New Job

Jctemplate-2.png

4
Siapkan file komputasi dan pre-processing input yang dibutuhkan.

JC job menu.png

  • Upload / download / edit file via menu Edit Files
  • Pre-processing input dan parameter via menu Open Terminal.
5A
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor.
  • Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
    • Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik Save setiap kali mengubah script.

Note untuk GROMACS versi GPU:
  • GROMACS versi GPU menggunakan threading OMP per task MPI
    • Task MPI diwakili oleh jumlah GPU (SBATCH gpus)
    • Thread OMP diwakili oleh SBATCH cpus-per-task.
  • Jumlah thread OMP disarankan 2 atau 4.
  • Perhatikan total CPU = ntasks * cpus-per-task
5B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut melalui Open Terminal: 

$ slimit-gromacs
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit.
  • Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
  • Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.

Daftar Status Job
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user
Untuk melihat alasan job yang queue:
Buka pinned apps Active Jobs di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke Your Jobs. Klik simbol > untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
  • Atau dengan membuka menu Edit Files
Kolom Folder Contents.
8
Untuk menghapus ruang job dan datanya:
  • Pilih ruang job yang akan dihapus.
  • Klik menu Delete

JC delete menu.png

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=GROMACS&oldid=1748"