ORCA: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Pilihan Menjalankan Komputasi: desain baru head job composer dan aleleon shell access) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (mengembalikan history salah hapus info) Tag: Pengembalian manual VisualEditor |
||
(4 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan) | |||
Baris 5: | Baris 5: | ||
== '''''Modul ORCA''''' == | == '''''Modul ORCA''''' == | ||
Berikut adalah detail versi ORCA yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer: | Berikut adalah detail versi ORCA yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer: | ||
* Hubungi tim admin melalui email '''support@efisonlt.com''' untuk permintaan instalasi versi lain. | |||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
|+Modul ORCA | |+Modul ORCA | ||
! rowspan=" | ! rowspan="3" |Versi | ||
! rowspan=" | ! rowspan="3" | Nama modul | ||
! colspan=" | ! colspan="5" |Dukungan hardware | ||
|- | |||
! rowspan="2" |[[Berkas:GMB CPU icon.png|nirbing|50x50px]] | |||
! rowspan="2" |[[Berkas:GMB GPU icon.png|nirbing|80x80px]] | |||
! colspan="3" |Parallel run | |||
|- | |- | ||
!OMP<sup>''1''</sup> | |||
! MPI<sup>''2''</sup> | |||
!OMP | !Hybrid''<sup>3</sup>'' | ||
! MPI | |||
|- | |- | ||
|4.2.1 | |4.2.1 | ||
|'''<code>orca/4.2.1-OMPI3.1.4</code>''' | |'''<code>orca/4.2.1-OMPI3.1.4</code>''' | ||
! V | |||
! - | |||
! - | |||
!V | |||
! - | |||
|- | |- | ||
|5.0.3 | |5.0.3 | ||
|'''<code>orca/5.0.3-OpenMPI4.1.1</code>''' | |'''<code>orca/5.0.3-OpenMPI4.1.1</code>''' | ||
!V | |||
! - | |||
! - | |||
!V | |||
! - | |||
|} | |} | ||
'''Note:''' | |||
# '''OMP''' -> komputasi berjalan multi-core CPU melalui API OpenMP. | |||
# '''MPI''' -> komputasi berjalan multi-core CPU dan multi-node melalui protokol MPI (Message Passing Interface). | |||
# '''Hybrid''' -> komputasi berjalan multi-core CPU dan multi-node melalui kombinasi OpenMP dan MPI. | |||
== '''''Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core''''' == | == '''''Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core''''' == | ||
Baris 48: | Baris 58: | ||
Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END. | Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END. | ||
=='''''Pilihan Menjalankan Komputasi'''''== | =='''''Pilihan Menjalankan Komputasi'''''== | ||
Berikut opsi menjalankan ORCA, pilih sesuai kebutuhan: | |||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
! | !Jenis Komputasi | ||
!Berjalan di | |||
|- | |- | ||
|'''<big>[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/ORCA#Batch_Job Batch Job]]</big>''' | |||
*Menjalankan komputasi siap jalan melalui manajemen Slurm. | |||
| | |'''[<nowiki/>[[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|Compute node]]]:''' | ||
| | * Partisi epyc [[Berkas:GMB CPU icon.png|nirbing|50x50px]] | ||
|} | |} | ||
===Batch Job=== | ===Batch Job=== | ||
Tersedia dua pilihan tampilan yaitu terminal dan web EFIRO melalui app Job Composer. Pilih sesuai keinginan. | Tersedia dua pilihan tampilan yaitu terminal dan web EFIRO melalui app Job Composer. Pilih sesuai keinginan. | ||
''<small><code>(klik expand / kembangkan)</code></small>'' | |||
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | ||
Baris 91: | Baris 78: | ||
|- | |- | ||
!''Tutorial ini mengasumsikan user familiar dengan terminal Linux'' | !''Tutorial ini mengasumsikan user familiar dengan terminal Linux'' | ||
|- | |||
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |[[Berkas:EOD Apps Shell full.png|kiri|nirbing|101x101px]]'''''Menggunakan terminal!''''' | |||
*''User EFIRO klik app '''<code>Aleleon Shell Access</code>''''' | |||
*''atau menu '''<code>Apps > Aleleon Shell Access</code>''''' | |||
|- | |- | ||
!<big>0</big> | !<big>0</big> | ||
|- | |- | ||
| | !Apakah bisa menjalankan job? | ||
* | |- | ||
|User dengan '''Kredit Core Hour''' disarankan cek kuota terlebih dulu: | |||
$ '''sausage''' | |||
*'''''Untuk akun institusi ikuti petunjuk support EFISON.''''' | |||
*Detail limit alokasi komputasi job lihat langkah '''<big>2B</big>'''. | |||
*Bila butuh tambah kuota, lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Core_Hour#Penggunaan_Kredit_Core_Hour top up Kredit Core Hour]]''' | |||
|- | |- | ||
!<big>1</big> | !<big>1</big> | ||
Baris 177: | Baris 172: | ||
</syntaxhighlight> | </syntaxhighlight> | ||
|} | |} | ||
|- | |||
! | |||
|- | |- | ||
| | | | ||
*'' | *''Detail Submit Script lihat '''[<nowiki/>[[Submit Script ALELEON Supercomputer|Subm]][[Submit Script ALELEON Supercomputer|it Script ALELEON Supercomputer]]]''''' | ||
*'' | *''Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM Slurm Jojo]]''''' | ||
*''Detail menjalankan program MPI lihat '''[<nowiki/>[[MPI ALELEON Supercomputer]]]''''' | |||
|- | |- | ||
!<big>2B</big> | !<big>2B</big> | ||
Baris 209: | Baris 207: | ||
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah: | |User dapat melihat status jalannya job dengan perintah: | ||
$ '''squeue -ul $USER''' | $ '''squeue -ul $USER''' | ||
*''Apabila tidak ada di squeue artinya job bersangkutan telah berakhir.'' | |||
*''Waktu jalan job tidak bergantung oleh alokasi limit waktu di script.'' | |||
*''Job berakhir ketika komputasi selesai atau ada error.'' | |||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
|+Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job: | |+Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job: | ||
|- | |- | ||
!STATE | !STATE | ||
!Penjelasan | !Penjelasan | ||
|- | |- | ||
|<code>R (RUN)</code> | |<code>'''R (RUN)'''</code> | ||
|Job berjalan | |Job berjalan | ||
|- | |- | ||
|<code>PD (PENDING)</code> | |<code>'''PD (PENDING)'''</code> | ||
|Job tertahan, lihat '''[<nowiki/>[[Daftar Job Reason ALELEON Supercomputer|Daftar Job Reason]]]''' | |Job tertahan, lihat '''[<nowiki/>[[Daftar Job Reason ALELEON Supercomputer|Daftar Job Reason]]]''' | ||
|- | |- | ||
|<code>CG (COMPLETING)</code> | |<code>'''CG (COMPLETING)'''</code> | ||
| Job selesai dan dalam proses clean-up | |Job selesai dan dalam proses clean-up | ||
|- | |- | ||
|<code>CA (CANCELED)</code> | |<code>'''CA (CANCELED)'''</code> | ||
|Job dibatalkan user | |Job dibatalkan user | ||
|- | |- | ||
|<code>PR (PREEMPETED)</code> | |<code>'''PR (PREEMPETED)'''</code> | ||
|Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email | |Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email | ||
|- | |- | ||
|<code>S (SUSPENDED)</code> | |<code>'''S (SUSPENDED)'''</code> | ||
|Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email | |Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email | ||
|} | |} | ||
Baris 246: | Baris 247: | ||
''Job ID ada pada squeue diatas.'' | ''Job ID ada pada squeue diatas.'' | ||
contoh membatalkan job ID 231: | contoh membatalkan job ID 231: | ||
$ scancel 231 | $ '''scancel 231''' | ||
|- | |- | ||
!--- | !--- | ||
Baris 253: | Baris 254: | ||
!- Langkah Batch Job di EFIRO Job Composer - | !- Langkah Batch Job di EFIRO Job Composer - | ||
[[Berkas:Efiro jobcomposer display.png|nirbing|400x400px]] | [[Berkas:Efiro jobcomposer display.png|nirbing|400x400px]] | ||
|- | |||
!<big>0</big> | |||
|- | |||
!Apakah bisa menjalankan job? | |||
|- | |||
|User dengan '''Kredit Core Hour''' disarankan cek kuota terlebih dulu: | |||
#Buka menu '''<big><code>Apps > Aleleon Shell Access</code></big>''' | |||
#Jalankan: | |||
$ '''sausage''' | |||
*'''''Untuk akun institusi ikuti petunjuk support EFISON.''''' | |||
*Detail limit alokasi komputasi job lihat langkah '''<big>5B</big>'''. | |||
*Bila butuh tambah kuota, lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Core_Hour#Penggunaan_Kredit_Core_Hour top up Kredit Core Hour]]''' | |||
|- | |- | ||
! <big>1</big> | ! <big>1</big> | ||
Baris 315: | Baris 328: | ||
|- | |- | ||
| | | | ||
*'' | *''Detail Submit Script lihat '''[<nowiki/>[[Submit Script ALELEON Supercomputer|Subm]][[Submit Script ALELEON Supercomputer|it Script ALELEON Supercomputer]]]''''' | ||
*'' | *''Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM Slurm Jojo]]''''' | ||
*''Detail menjalankan program MPI lihat '''[<nowiki/>[[MPI ALELEON Supercomputer]]]''''' | |||
|- | |- | ||
!<big>5B</big> | !<big>5B</big> | ||
Baris 335: | Baris 349: | ||
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code><big>Submit</big></code>''' | |Jalankan job dengan klik tombol '''<code><big>Submit</big></code>''' | ||
[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|400x400px]] | [[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|400x400px]] | ||
*''Waktu jalan job tidak bergantung oleh alokasi limit waktu di script.'' | |||
*''Job berakhir ketika komputasi selesai atau ada error.'' | |||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
|+Kolom Status menunjukkan status jalannya job: | |+Kolom Status menunjukkan status jalannya job: | ||
Baris 341: | Baris 357: | ||
!Arti | !Arti | ||
|- | |- | ||
|Not Submitted | |'''Not Submitted''' | ||
|Job belum pernah dijalankan. | |Job belum pernah dijalankan. | ||
|- | |- | ||
|Running | |'''Running''' | ||
|Job berjalan. | |Job berjalan. | ||
|- | |- | ||
|Queue | |'''Queue''' | ||
|Job mengantri dan belum berjalan. | |Job mengantri dan belum berjalan. | ||
|- | |- | ||
|Completed | |'''Completed''' | ||
|Job selesai berjalan. | |Job selesai berjalan. | ||
|- | |- | ||
|Failed | |'''Failed''' | ||
|Job berhenti karena error atau di stop user. | |Job berhenti karena error atau di stop user. | ||
|- | |- |
Revisi terkini sejak 11 Mei 2025 12.32
[ORCA] adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode electronic structure seperti density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories, dll.
Modul ORCA
Berikut adalah detail versi ORCA yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
- Hubungi tim admin melalui email support@efisonlt.com untuk permintaan instalasi versi lain.
Versi | Nama modul | Dukungan hardware | ||||
---|---|---|---|---|---|---|
![]() |
![]() |
Parallel run | ||||
OMP1 | MPI2 | Hybrid3 | ||||
4.2.1 | orca/4.2.1-OMPI3.1.4
|
V | - | - | V | - |
5.0.3 | orca/5.0.3-OpenMPI4.1.1
|
V | - | - | V | - |
Note:
- OMP -> komputasi berjalan multi-core CPU melalui API OpenMP.
- MPI -> komputasi berjalan multi-core CPU dan multi-node melalui protokol MPI (Message Passing Interface).
- Hybrid -> komputasi berjalan multi-core CPU dan multi-node melalui kombinasi OpenMP dan MPI.
Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core
Secara default, ORCA berjalan dengan satu core (single core CPU). ORCA dapat berjalan paralel (multi-core CPU) untuk menambah kecepatan komputasi dengan parameter tambahan pada main-input di file input:
!PAL untuk 8 Core CPU Maksimal
Main-input !PAL berfungsi untuk menjalankan ORCA pada maksimal 8 core. Contoh main-input PAL untuk menjalankan ORCA dengan 4 core CPU:
! B3LYP 6-31G(D) OPT PAL4
Dimana angka 4 setelah PAL adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 8 core, ubah menjadi PAL8.
%PAL NPROCS untuk lebih dari 8 Core CPU
Opsi tambahan %PAL NPROCS berfungsi untuk menjalankan ORCA dengan lebih dari 8 core. Contoh main-input %PAL NPROCS menjalankan ORCA dengan 32 core CPU:
! B3LYP 6-31(D) OPT %PAL NPROCS 32 END
Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.
Pilihan Menjalankan Komputasi
Berikut opsi menjalankan ORCA, pilih sesuai kebutuhan:
Jenis Komputasi | Berjalan di |
---|---|
[Batch Job]
|
[Compute node]: |
Batch Job
Tersedia dua pilihan tampilan yaitu terminal dan web EFIRO melalui app Job Composer. Pilih sesuai keinginan.
(klik expand / kembangkan)
- Langkah Batch Job di Terminal - | ||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Tutorial ini mengasumsikan user familiar dengan terminal Linux | ||||||||||||||
Menggunakan terminal!
| ||||||||||||||
0 | ||||||||||||||
Apakah bisa menjalankan job? | ||||||||||||||
User dengan Kredit Core Hour disarankan cek kuota terlebih dulu:
$ sausage
| ||||||||||||||
1 | ||||||||||||||
Lakukan persiapan: | ||||||||||||||
| ||||||||||||||
2A | ||||||||||||||
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi:
$ nano submit.sh atau vim | ||||||||||||||
Contoh template Submit Script:
| ||||||||||||||
| ||||||||||||||
2B | ||||||||||||||
Berapa alokasi komputasi yang bisa digunakan? | ||||||||||||||
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) punya limit berdasarkan:
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: $ slimit-mpi
| ||||||||||||||
3 | ||||||||||||||
Jalankan job dengan perintah:
$ sbatch [nama-submit-script] Contoh: $ sbatch submit.sh | ||||||||||||||
4 | ||||||||||||||
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
$ squeue -ul $USER
| ||||||||||||||
5 | ||||||||||||||
User dapat memantau file output dengan perintah Unix seperti:
| ||||||||||||||
6 | ||||||||||||||
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
$ scancel [job-ID] Job ID ada pada squeue diatas. contoh membatalkan job ID 231: $ scancel 231 | ||||||||||||||
--- |
- Langkah Batch Job di EFIRO Job Composer - | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 | ||||||||||||||||
Apakah bisa menjalankan job? | ||||||||||||||||
User dengan Kredit Core Hour disarankan cek kuota terlebih dulu:
$ sausage
| ||||||||||||||||
1 | ||||||||||||||||
[Login ke web EFIRO] ALELEON Supercomputer. | ||||||||||||||||
2 | ||||||||||||||||
| ||||||||||||||||
![]() New Job > From Template
| ||||||||||||||||
3 | ||||||||||||||||
Buat ruang job untuk menjalankan komputasi: | ||||||||||||||||
Kemudian isi Job Name dan klik | ||||||||||||||||
4 | ||||||||||||||||
Lakukan persiapan: | ||||||||||||||||
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan di ruang job:
Perhatikan file input untuk menjalankan ORCA multi-core CPU. | ||||||||||||||||
5A | ||||||||||||||||
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor
| ||||||||||||||||
| ||||||||||||||||
5B | ||||||||||||||||
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) punya limit berdasarkan:
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: $ slimit-mpi
| ||||||||||||||||
6 | ||||||||||||||||
Jalankan job dengan klik tombol Submit
| ||||||||||||||||
7 | ||||||||||||||||
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
| ||||||||||||||||
8 | ||||||||||||||||
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, klik Stop
| ||||||||||||||||
9 | ||||||||||||||||
Untuk menghapus ruang job dan datanya:
| ||||||||||||||||
--- |
Pelaporan Kendala dan Support
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:
support@efisonlt.com