GROMACS: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(revert - ubah manual head job composer)
(→‎Pilihan Menjalankan Komputasi: menambah info partisi ampere)
 
(1 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 6: Baris 6:
== '''''Modul GROMACS''''' ==
== '''''Modul GROMACS''''' ==
Berikut adalah detail versi GROMACS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
Berikut adalah detail versi GROMACS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
* Hubungi tim admin melalui email '''support@efisonlt.com''' untuk permintaan instalasi versi lain.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Modul GROMACS versi CPU
|+Modul GROMACS
! rowspan="2" |Versi
! rowspan="3" | Versi
! rowspan="2" |Nama modul software
! rowspan="3" |Nama modul
! colspan="4" | Dukungan hardware
! colspan="5" |Dukungan hardware
|-
|-
![[Berkas:GMB CPU icon.png|nirbing|50x50px]]
! rowspan="2" |[[Berkas:GMB CPU icon.png|nirbing|50x50px]]
![[Berkas:GMB GPU icon.png|nirbing|80x80px]]
! rowspan="2" |[[Berkas:GMB GPU icon.png|nirbing|80x80px]]
!OMP
! colspan="3" |Parallel run
Threading
|-
!MPI
!OMP<sup>''1''</sup>
multi-node
!MPI<sup>''2''</sup>
!Hybrid''<sup>3</sup>''
|-
|-
|2021.1
|2021.1
|<code>'''gromacs/2021.1-GCC10-MKL'''</code>
|<code>'''gromacs/2021.1-GCC10-MKL'''</code>
|V
!V
| -
!-
| -
!-
|V
!V
|}
!-
{| class="wikitable"
|+Modul GROMACS versi CPU dan GPU
! rowspan="2" | Versi
! rowspan="2" |Nama modul software
! colspan="4" |Dukungan hardware
|-
![[Berkas:GMB CPU icon.png|nirbing|50x50px]]
![[Berkas:GMB GPU icon.png|nirbing|80x80px]]
!OMP
Threading
!MPI
multi-node
|-
|-
|2022.4
|2022.4
|<code>'''gromacs/2022.4-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA11.8'''</code>
|<code>'''gromacs/2022.4-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA11.8'''</code>
|V
!V
|V
!V
| V
! V
|V
!V
!V (GPU)
|-
|-
|2024.4
|2024.4
|<code>'''gromacs/2024.4-GCC12.3-AOCL5.0-CUDA12.5'''</code>
|<code>'''gromacs/2024.4-GCC12.3-AOCL5.0-CUDA12.5'''</code>
|V
!V
|V
!V
|V
!V
|V
!V
!V (GPU)
|}
|}
Hubungi tim admin melalui email '''support@efisonlt.com''' untuk permintaan instalasi versi lain.
'''Note:'''
 
#'''OMP''' -> komputasi berjalan multi-core CPU melalui API OpenMP.
#'''MPI''' -> komputasi berjalan multi-core CPU dan multi-node melalui protokol MPI (Message Passing Interface).
#'''Hybrid''' -> komputasi berjalan multi-core CPU dan multi-node melalui kombinasi OpenMP dan MPI.
== '''''Info Menjalankan GROMACS dengan Akselerasi GPU''''' ==
== '''''Info Menjalankan GROMACS dengan Akselerasi GPU''''' ==
ALELEON Supercomputer menyediakan GROMACS yang dapat berjalan dengan akselerasi GPU. Beberapa hal perlu menjadi pertimbangan user:   
ALELEON Supercomputer menyediakan GROMACS yang dapat berjalan dengan akselerasi GPU. Beberapa hal perlu menjadi pertimbangan user:   
Baris 67: Baris 63:
** '''[[https://developer.nvidia.com/blog/creating-faster-molecular-dynamics-simulations-with-gromacs-2020 Creating Faster Molecular Dynamics Simulations with GROMACS 2020 | NVIDIA Developer Blog]]'''
** '''[[https://developer.nvidia.com/blog/creating-faster-molecular-dynamics-simulations-with-gromacs-2020 Creating Faster Molecular Dynamics Simulations with GROMACS 2020 | NVIDIA Developer Blog]]'''
=='''''Pilihan Menjalankan Komputasi'''''==
=='''''Pilihan Menjalankan Komputasi'''''==
User dapat menjalankan GROMACS dengan pilihan metode:
Berikut opsi menjalankan GROMACS, pilih sesuai kebutuhan:  
 
# '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/GROMACS#Batch_Job Batch Job]]''' -> menjalankan komputasi melalui manajemen Slurm di '''[<nowiki/>[[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]]].'''
''<small><code>(klik expand / kembangkan)</code></small>''
 
=== Apakah Bisa Menjalankan Job? ===
Bagi akun yang berjalan dengan '''kredit Core Hour''' seperti akun perseorangan, ada baiknya untuk memantau sisa Core Hour sebelum menjalankan job:  
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Memantau Sisa Core Hour
!Jenis Komputasi
!Berjalan di
|-
|-
!<big>0</big>
|'''<big>[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/GROMACS#Batch_Job Batch Job]]</big>'''
|-
*Menjalankan komputasi siap jalan melalui manajemen Slurm.
|[[Berkas:EOD Apps Shell full.png|kiri|nirbing|114x114px]]Menggunakan terminal!
|'''[<nowiki/>[[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|Compute node]]]:'''
*User web EFIRO buka app '''<big><code>Aleleon Shell Access</code></big>'''
* Partisi epyc [[Berkas:GMB CPU icon.png|nirbing|50x50px]]
*''atau'' menu <code>'''<big>Apps > Aleleon Shell Access</big>'''</code>
* Partisi ampere [[Berkas:GMB GPU icon.png|nirbing|70x70px]]
|-
!<big>1A</big>
|-
|Untuk akun perseorangan, jalankan perintah:
$ '''sausage'''
''Untuk akun institusi dengan kredit Core Hour, ikuti petunjuk admin.''
|-
!<big>1B</big>
|-
|Untuk mengetahui limit alokasi komputasi job user:
 
* Langkah batch job terminal, lihat step '''2B.'''
* Langkah batch job EFIRO Job Composer, lihat step '''5B.'''
|-
!'''<big>2</big>'''
|-
|Apabila butuh beli kredit Core Hour, lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Core_Hour#Penggunaan_Kredit_Core_Hour top up Kredit Core Hour]]'''
|-
!---
|}
|}
===Batch Job===
===Batch Job===
Tersedia dua pilihan tampilan yaitu terminal dan web EFIRO melalui app Job Composer. Pilih sesuai keinginan.
Tersedia dua pilihan tampilan yaitu terminal dan web EFIRO melalui app Job Composer. Pilih sesuai keinginan.
''<small><code>(klik expand / kembangkan)</code></small>''
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!- Langkah Batch Job di Terminal -
!- Langkah Batch Job di Terminal -
Baris 110: Baris 83:
|-
|-
!''Tutorial ini mengasumsikan user familiar dengan terminal Linux''
!''Tutorial ini mengasumsikan user familiar dengan terminal Linux''
|-
|[[Berkas:EOD Apps Shell full.png|kiri|nirbing|101x101px]]'''''Menggunakan terminal!'''''
*''User EFIRO klik app '''<code>Aleleon Shell Access</code>'''''
*''atau menu '''<code>Apps > Aleleon Shell Access</code>'''''
|-
|-
!<big>0</big>
!<big>0</big>
|-
|-
|[[Berkas:EOD Apps Shell full.png|kiri|nirbing|101x101px]]'''Menggunakan terminal!'''
!Apakah bisa menjalankan job?
*User EFIRO klik app '''<code>Aleleon Shell Access</code>'''
|-
*''atau'' menu '''<code>Apps > Aleleon Shell Access</code>'''
|User dengan '''Kredit Core Hour''' disarankan cek kuota terlebih dulu:
$ '''sausage'''
*'''''Untuk akun institusi ikuti petunjuk support EFISON.'''''
*Detail limit alokasi komputasi job lihat langkah '''<big>2B</big>'''.
*Bila butuh tambah kuota, lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Core_Hour#Penggunaan_Kredit_Core_Hour top up Kredit Core Hour]]'''  
|-
|-
!<big>1</big>
!<big>1</big>
Baris 283: Baris 264:
</syntaxhighlight>
</syntaxhighlight>
|}
|}
|-
!
|-
|-
|
|
* ''<small>Info script lebih detail lihat '''[<nowiki/>[[Submit Script ALELEON Supercomputer]]]'''</small>''
* ''Detail Submit Script lihat '''[<nowiki/>[[Submit Script ALELEON Supercomputer|Subm]][[Submit Script ALELEON Supercomputer|it Script ALELEON Supercomputer]]]'''''


* ''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM Slurm Jojo]]'''</small>''
*''Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM Slurm Jojo]]'''''
*''Detail menjalankan program MPI lihat '''[<nowiki/>[[MPI ALELEON Supercomputer]]]'''''
|-
|-
!<big>2B</big>
!<big>2B</big>
Baris 316: Baris 300:
| User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
| User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
  $ '''squeue -ul $USER'''
  $ '''squeue -ul $USER'''
*''Apabila tidak ada di squeue artinya job bersangkutan telah berakhir.''
*''Waktu jalan job bergantung pada software komputasi itu sendiri.''
*''Apabila komputasi selesai sebelum limit waktu maka job juga selesai.''
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job:
|+Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job:
Baris 322: Baris 309:
!Penjelasan
!Penjelasan
|-
|-
|<code>R (RUN)</code>
|<code>'''R (RUN)'''</code>
|Job berjalan
|Job berjalan
|-
|-
|<code>PD (PENDING)</code>
|<code>'''PD (PENDING)'''</code>  
|Job tertahan, lihat '''[<nowiki/>[[Daftar Job Reason ALELEON Supercomputer|Daftar Job Reason]]]'''
|Job tertahan, lihat '''[<nowiki/>[[Daftar Job Reason ALELEON Supercomputer|Daftar Job Reason]]]'''
|-
|-
|<code>CG (COMPLETING)</code>
|<code>'''CG (COMPLETING)'''</code>
| Job selesai dan dalam proses clean-up
|Job selesai dan dalam proses clean-up  
|-
|-
| <code>CA (CANCELED)</code>
|<code>'''CA (CANCELED)'''</code>
| Job dibatalkan user
|Job dibatalkan user  
|-
|-
|<code>PR (PREEMPETED)</code>
|<code>'''PR (PREEMPETED)'''</code>
|Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
| Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
|-
|-
|<code>S (SUSPENDED)</code>
|<code>'''S (SUSPENDED)'''</code>
|Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
| Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
|}
|}
|-
|-
Baris 353: Baris 340:
  ''Job ID ada pada squeue diatas.''
  ''Job ID ada pada squeue diatas.''
  contoh membatalkan job ID 231:
  contoh membatalkan job ID 231:
  $ scancel 231
  $ '''scancel 231'''
|-
|-
!---
!---
Baris 360: Baris 347:
!- Langkah Batch Job di EFIRO Job Composer -
!- Langkah Batch Job di EFIRO Job Composer -
[[Berkas:Efiro jobcomposer display.png|nirbing|400x400px]]
[[Berkas:Efiro jobcomposer display.png|nirbing|400x400px]]
|-
!<big>0</big>
|-
!Apakah bisa menjalankan job?
|-
|User dengan '''Kredit Core Hour''' disarankan cek kuota terlebih dulu:
#Buka menu '''<big><code>Apps > Aleleon Shell Access</code></big>'''
#Jalankan:
$ '''sausage'''
*'''''Untuk akun institusi ikuti petunjuk support EFISON.'''''
*Detail limit alokasi komputasi job lihat langkah '''<big>5B</big>'''.
*Bila butuh tambah kuota, lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Core_Hour#Penggunaan_Kredit_Core_Hour top up Kredit Core Hour]]'''
|-
|-
!<big>1</big>
!<big>1</big>
Baris 439: Baris 438:
|-
|-
|
|
* ''<small>Info script lebih detail lihat '''[<nowiki/>[[Submit Script ALELEON Supercomputer]]]'''</small>''
* ''Detail Submit Script lihat '''[<nowiki/>[[Submit Script ALELEON Supercomputer|Subm]][[Submit Script ALELEON Supercomputer|it Script ALELEON Supercomputer]]]'''''


* ''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM Slurm Jojo]]'''</small>''
*''Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM Slurm Jojo]]'''''
*''Detail menjalankan program MPI lihat '''[<nowiki/>[[MPI ALELEON Supercomputer]]]'''''
|-
|-
!<big>5B</big>
!<big>5B</big>
Baris 460: Baris 460:
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code><big>Submit</big></code>'''
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code><big>Submit</big></code>'''
[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|400x400px]]
[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|400x400px]]
*''Waktu jalan job bergantung pada software komputasi itu sendiri.''
*''Apabila komputasi selesai sebelum limit waktu maka job juga selesai.''
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Kolom Status menunjukkan status jalannya job:
|+Kolom Status menunjukkan status jalannya job:
|-
|-
! Status
!Status
!Arti
!Arti  
|-
|-
|Not Submitted
|'''Not Submitted'''
|Job belum pernah dijalankan.
|Job belum pernah dijalankan.
|-
|-
| Running
|'''Running'''
|Job berjalan.
|Job berjalan.
|-
|-
| Queue
|'''Queue'''
|Job mengantri dan belum berjalan.
|Job mengantri dan belum berjalan.
|-
|-
|Completed
|'''Completed'''
|Job selesai berjalan.
|Job selesai berjalan.
|-
|-
|Failed
|'''Failed'''
|Job berhenti karena error atau di stop user.
|Job berhenti karena error atau di stop user.  
|-
|-
! colspan="2" |'''Melihat alasan job yang queue:'''
! colspan="2" |'''Melihat alasan job yang queue:'''
|-
|-
| colspan="2" |[[Berkas:Active Jobs detail.png|nir|jmpl|300x300px|''Buka menu '''Apps >''' '''Active Jobs''' di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke '''Your Jobs'''. Klik simbol '''>''' untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Job Reason ALELEON Supercomputer]]''''']]
| colspan="2" | [[Berkas:Active Jobs detail.png|nir|jmpl|300x300px|''Buka menu '''Apps >''' '''Active Jobs''' di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke '''Your Jobs'''. Klik simbol '''>''' untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Job Reason ALELEON Supercomputer]]''''']]
|}
|}
|-
|-

Revisi terkini sejak 11 Mei 2025 11.42

Logo GROMACS ALELEON tp.png

[GROMACS] adalah package berkecepatan tinggi untuk komputasi dinamika molekular baik untuk biokimia (seperti protein, lipids) maupun non-biokimia (seperti polimer).

Modul GROMACS

Berikut adalah detail versi GROMACS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

  • Hubungi tim admin melalui email support@efisonlt.com untuk permintaan instalasi versi lain.
Modul GROMACS
Versi Nama modul Dukungan hardware
GMB CPU icon.png GMB GPU icon.png Parallel run
OMP1 MPI2 Hybrid3
2021.1 gromacs/2021.1-GCC10-MKL V - - V -
2022.4 gromacs/2022.4-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA11.8 V V V V V (GPU)
2024.4 gromacs/2024.4-GCC12.3-AOCL5.0-CUDA12.5 V V V V V (GPU)

Note:

  1. OMP -> komputasi berjalan multi-core CPU melalui API OpenMP.
  2. MPI -> komputasi berjalan multi-core CPU dan multi-node melalui protokol MPI (Message Passing Interface).
  3. Hybrid -> komputasi berjalan multi-core CPU dan multi-node melalui kombinasi OpenMP dan MPI.

Info Menjalankan GROMACS dengan Akselerasi GPU

ALELEON Supercomputer menyediakan GROMACS yang dapat berjalan dengan akselerasi GPU. Beberapa hal perlu menjadi pertimbangan user:

  • Akselerasi GPU bukan jaminan peningkatan performa pada semua jenis input dan parameter.
    • Tim admin menyarankan user untuk menguji hal ini di perangkat komputer pribadi.

Pilihan Menjalankan Komputasi

Berikut opsi menjalankan GROMACS, pilih sesuai kebutuhan:

Jenis Komputasi Berjalan di
[Batch Job]
  • Menjalankan komputasi siap jalan melalui manajemen Slurm.
 [Compute node]:
  • Partisi epyc GMB CPU icon.png
  • Partisi ampere GMB GPU icon.png

Batch Job

Tersedia dua pilihan tampilan yaitu terminal dan web EFIRO melalui app Job Composer. Pilih sesuai keinginan.

(klik expand / kembangkan)

- Langkah Batch Job di Terminal -

Sbatch terminal display rev2.png

Tutorial ini mengasumsikan user familiar dengan terminal Linux
EOD Apps Shell full.png
Menggunakan terminal!
  • User EFIRO klik app Aleleon Shell Access
  • atau menu Apps > Aleleon Shell Access
0
Apakah bisa menjalankan job?
User dengan Kredit Core Hour disarankan cek kuota terlebih dulu: 
$ sausage
  • Untuk akun institusi ikuti petunjuk support EFISON.
  • Detail limit alokasi komputasi job lihat langkah 2B.
  • Bila butuh tambah kuota, lihat [top up Kredit Core Hour]
1
Lakukan persiapan:
2A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi:
  • Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
  • Biasanya submit script berada satu folder dengan file komputasi.
$ nano submit.sh
atau vim
Contoh template Submit Script:
  • Ikuti petunjuk NOTES dan alur script di dalamnya.

Klik expand / kembangkan

- Template Submit Script GROMACS versi CPU -

GMB CPU icon.png 

#!/bin/bash
  
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# GROMACS (versi CPU) | rev.201224
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH dan file input
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Parameter input dan output untuk gmx_mpi mdrun
GROMACS_PARAMETER="////"

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Memuat modul software GROMACS 
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas
module load gromacs////

# Perintah menjakankan GROMACS
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
- Template Submit Script GROMACS versi GPU -

GMB GPU icon.png

GMB warning wololo.png Note:
  • GROMACS versi GPU menggunakan threading OMP per task MPI:
    • Task MPI diwakili oleh jumlah GPU (SBATCH gpus)
    • Thread OMP diwakili oleh SBATCH cpus-per-task
    • Perhatikan total CPU = ntasks * cpus-per-task
  • Jumlah thread OMP disarankan 2 atau 4.
#!/bin/bash

# --------------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# GROMACS (versi GPU) | rev.201224
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. GROMACS GPU menggunakan threading OMP per task MPI
#    Perhatikan usage CPU = ntasks * cpus-per-task
# --------------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH dan file input
# -----------------------------------------------------

# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah GPU, menjadi jumlah task MPI
#SBATCH --gpus=////

# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
# Disarankan 2 atau 4 
#SBATCH --cpus-per-task=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Parameter input dan output untuk gmx_mpi mdrun
GROMACS_PARAMETER="////"

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Memuat modul software GROMACS yang dapat menggunakan GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas
module load gromacs////

# Threading OMP
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}

# Perintah menjalankan GROMACS 1 GPU dan multiple GPU
if [ $SLURM_GPUS -eq 1 ]
then
        echo "Terdeteksi running GROMACS dengan 1 GPU"
        gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}

elif [ $SLURM_GPUS -gt 1 ]
then
        echo "Terdeteksi running GROMACS dengan $SLURM_GPUS GPU"

        # Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
        unset UCX_TLS
        unset UCX_NET_DEVICES

        mpirun -np $SLURM_GPUS gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
fi
2B
Berapa alokasi komputasi yang bisa digunakan?
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) punya limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan [Fair Usage Limit]
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-gromacs

GMB warning wololo.png Note untuk saat ini:

  • Jalankan ketika tidak ada job user yang berjalan atau antri.
  • Sementara berlaku untuk akun perseorangan saja.
3
Jalankan job dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
4
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah: 
$ squeue -ul $USER
  • Apabila tidak ada di squeue artinya job bersangkutan telah berakhir.
  • Waktu jalan job bergantung pada software komputasi itu sendiri.
  • Apabila komputasi selesai sebelum limit waktu maka job juga selesai.
Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job:
STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat [Daftar Job Reason]
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
5
User dapat memantau file output dengan perintah Unix seperti:
  • ls, cat, more, tail, dll
6
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231
---
- Langkah Batch Job di EFIRO Job Composer -

Efiro jobcomposer display.png

0
Apakah bisa menjalankan job?
User dengan Kredit Core Hour disarankan cek kuota terlebih dulu:
  1. Buka menu Apps > Aleleon Shell Access
  2. Jalankan:
$ sausage
  • Untuk akun institusi ikuti petunjuk support EFISON.
  • Detail limit alokasi komputasi job lihat langkah 5B.
  • Bila butuh tambah kuota, lihat [top up Kredit Core Hour]
1
[Login ke web EFIRO] ALELEON Supercomputer.
2
EOD Apps Job Composer full.png Klik app Job Composer di homepage EFIRO.
  • atau menu Apps > Job Composer
Jcnewjobmarked.pngPilih menu New Job > From Template
3
Buat ruang job untuk menjalankan komputasi:
Pillih template GROMACS yang diinginkan:
Nama Template Penjelasan
GROMACS 2021.1 (CPU) Menjalankan GROMACS 2021.1 pada CPU
GROMACS 2022.4 (CPU) Menjalankan GROMACS 2022.4 pada CPU
GROMACS 2022.4 (GPU) Menjalankan GROMACS 2022.4 pada GPU
GROMACS 2024.4 (CPU) Menjalankan GROMACS 2022.4 pada CPU
GROMACS 2024.4 (GPU) Menjalankan GROMACS 2022.4 pada GPU
Kemudian isi Job Name dan klik Create New Job

Jctemplate-2.png

4
Lakukan persiapan:
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan di ruang job:
  • Pastikan ruang job yang dipilih adalah yang akan digunakan.
  • Upload / download / edit file via menu Edit Files
  • Upload / download file tunggal diatas 2GB gunakan [software FTP]

Pre-processing input dan parameter via menu Open Terminal

JC job menu.png

5A
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor
  • Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Ikuti petunjuk NOTES dan alur script di dalamnya.
  • Klik Save setiap kali mengubah script.

GMB warning wololo.png Bagi yang memilih template GROMACS versi GPU:
  • GROMACS versi GPU menggunakan threading OMP per task MPI:
    • Task MPI diwakili oleh jumlah GPU (SBATCH gpus)
    • Thread OMP diwakili oleh SBATCH cpus-per-task
    • Perhatikan total CPU = ntasks * cpus-per-task
  • Jumlah thread OMP disarankan 2 atau 4.
5B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) punya limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan [Fair Usage Limit]
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-gromacs

GMB warning wololo.png Note untuk saat ini:

  • Jalankan ketika tidak ada job user yang berjalan atau antri.
  • Sementara berlaku untuk akun perseorangan saja.
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit

  • Waktu jalan job bergantung pada software komputasi itu sendiri.
  • Apabila komputasi selesai sebelum limit waktu maka job juga selesai.
Kolom Status menunjukkan status jalannya job:
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti karena error atau di stop user.
Melihat alasan job yang queue:
Buka menu Apps > Active Jobs di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke Your Jobs. Klik simbol > untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Job Reason ALELEON Supercomputer
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
  • Atau dengan membuka menu Edit Files
Kolom Folder Contents
8
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, klik Stop
9
Untuk menghapus ruang job dan datanya:
  • Pilih ruang job yang akan dihapus.
  • Perhatikan opsi ini juga menghapus data di ruang job tersebut.
  • Klik menu Delete

JC delete menu.png

---

Pre-processing Input dan Parameter

GROMACS membutuhkan pengolahan file input dan parameter sebelum menjalankan komputasi.

  • Kegiatan ini dilakukan di login node sehingga tidak mengkonsumsi Kredit Core Hour.
  • Hubungi tim admin apabila user membutuhkan panduan atau tambahan software package tertentu.

ALELEON Supercomputer menyediakan variasi berikut:

  1. [gmx_mpi]
  2. [ACPYPE]

gmx_mpi

GROMACS ALELEON Supercomputer diinstal dengan dukungan MPI sehingga user menggunakan gmx_mpi, bukan gmx.

Menjalankan gmx_mpi
0
Icon apps terminal cropped.png
Menggunakan terminal!
  • User Job Composer buka menu Open Terminal di ruang job-nya
1
Aktifkan modul GROMACS yang akan dipakai. 
$ ml [nama-modul-GROMACS]
Nama modul lihat subbab 'Modul GROMACS' diatas.
2
Gunakan perintah gmx_mpi untuk pre-processing input. 
Contoh dengan pdb2gmx:
$ gmx_mpi pdb2gmx [parameter-input-output]
---

Kembali ke subbab [Batch Job]

ACPYPE (AnteChamber PYthon Parser InterfacE)

ACPYPE adalah wrapper Python berdasarkan software ANTECHAMBER untuk membantu pengolahan file input dan parameter software MD (Molecular Dynamic) seperti GROMACS ini.

- Menggunakan container ACPYPE -
0
Icon apps terminal cropped.png
Menggunakan terminal!
  • User Job Composer buka menu Open Terminal di ruang job-nya
1
Aktifkan container Apptainer: 
$ ml apptainer
2
Aktifkan container ACPYPE, tersedia versi 2023.10.27: 
$ apptainer run $SCONT/acpype-2023.10.27.sif

Kemudian user dapat menggunakan ACPYPE: 

Apptainer> [jalankan perintah ACPYPE ...]
3
Untuk keluar dari container, jalankan perintah: 
Apptainer> exit
---

Kembali ke subbab [Batch Job]

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=GROMACS&oldid=1977"