OpenMX: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (overhaul dengan info manajemen file dan formatting baru) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Batch Job: menambah karakter batch job) |
||
(3 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan) | |||
Baris 46: | Baris 46: | ||
|<code>/comp/openmx/3.9.9-GCC11.3-AOCL4.0/DFT_DATA19</code> | |<code>/comp/openmx/3.9.9-GCC11.3-AOCL4.0/DFT_DATA19</code> | ||
|} | |} | ||
=='''''Pilihan Menjalankan Komputasi'''''== | =='''''Pilihan Menjalankan Komputasi'''''== | ||
Berikut opsi menjalankan OpenMX, pilih sesuai kebutuhan: | Berikut opsi menjalankan OpenMX, pilih sesuai kebutuhan: | ||
Baris 73: | Baris 53: | ||
|- | |- | ||
|'''<big>[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/ORCA#Batch_Job Batch Job]]</big>''' | |'''<big>[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/ORCA#Batch_Job Batch Job]]</big>''' | ||
*Menjalankan komputasi siap jalan melalui manajemen Slurm. | *Menjalankan komputasi siap jalan melalui '''manajemen Slurm'''. | ||
**''Job dijalankan oleh Slurm, user menunggu hingga selesai.'' | |||
* Koneksi user tidak mempengaruhi jalannya job, contoh: | |||
** ''Job tidak akan berhenti ketika koneksi user terputus, atau'' | |||
** ''User keluar (log out) dari ALELEON.'' | |||
* Job akan berhenti ketika: | |||
** ''Program komputasi selesai berjalan.'' | |||
** ''Program menjumpai error sehingga selesai prematur.'' | |||
|'''[<nowiki/>[[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|Compute node]]]:''' | |'''[<nowiki/>[[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|Compute node]]]:''' | ||
*Partisi epyc [[Berkas:GMB CPU icon.png|nirbing|50x50px]] | *Partisi epyc [[Berkas:GMB CPU icon.png|nirbing|50x50px]] | ||
Baris 91: | Baris 79: | ||
*''atau menu '''<code>Apps > Aleleon Shell Access</code>''''' | *''atau menu '''<code>Apps > Aleleon Shell Access</code>''''' | ||
|- | |- | ||
!<big>0</big> | !<big><nowiki>---| 0 |---</nowiki></big> | ||
|- | |- | ||
!Apakah bisa menjalankan job? | !Apakah bisa menjalankan job? | ||
Baris 101: | Baris 89: | ||
*Bila butuh tambah kuota, lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Core_Hour#Penggunaan_Kredit_Core_Hour top up Kredit Core Hour]]''' | *Bila butuh tambah kuota, lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Core_Hour#Penggunaan_Kredit_Core_Hour top up Kredit Core Hour]]''' | ||
|- | |- | ||
!<big>1</big> | !<big><nowiki>---| 1 |---</nowiki></big> | ||
|- | |- | ||
!Lakukan persiapan: | !Lakukan persiapan: | ||
|- | |- | ||
| | |'''Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:''' | ||
*'''Perhatikan [nilai | * Upload / download file lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Manajemen_File_di_ALELEON_Supercomputer#Upload_dan_Download_File Upload / Dow][https://wiki.efisonlt.com/wiki/Manajemen_File_di_ALELEON_Supercomputer#Upload_dan_Download_File nload File HOME]]''' | ||
*'''Perhatikan [[https://wiki.efisonlt.com/wiki/OpenMX#DATA.PATH_pada_File_Input nilai DATA.PATH]] pada file input.''' | |||
|- | |- | ||
!<big>2A</big> | !<big><nowiki>---| 2A |---</nowiki></big> | ||
|- | |- | ||
|Buat '''Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi: | |Buat '''Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi: | ||
Baris 127: | Baris 116: | ||
|'''[[Berkas:GMB warning wololo.png|nirbing|50x50px]] OpenMX dapat dijalankan dengan opsi paralelisasi:''' | |'''[[Berkas:GMB warning wololo.png|nirbing|50x50px]] OpenMX dapat dijalankan dengan opsi paralelisasi:''' | ||
* MPI, OpenMP, atau hybid MPI / OMP. | * MPI, OpenMP, atau hybid MPI / OMP. | ||
* Detail lihat subbab '''[Pilihan MPI atau Threading OpenMP | * Detail lihat subbab '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/OpenMX#Pilihan_MPI_atau_Threading_OpenMP_untuk_Menjalankan_OpenMX Pilihan MPI atau Threading OpenMP di OpenMX]]''' | ||
|- | |- | ||
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1"> | |<syntaxhighlight lang="bash" line="1"> | ||
Baris 193: | Baris 182: | ||
*''Detail menjalankan program MPI lihat '''[<nowiki/>[[MPI ALELEON Supercomputer]]]''''' | *''Detail menjalankan program MPI lihat '''[<nowiki/>[[MPI ALELEON Supercomputer]]]''''' | ||
|- | |- | ||
!<big>2B</big> | !<big><nowiki>---| 2B |---</nowiki></big> | ||
|- | |- | ||
!Berapa alokasi komputasi yang bisa digunakan? | !Berapa alokasi komputasi yang bisa digunakan? | ||
Baris 206: | Baris 195: | ||
*''Sementara berlaku untuk akun perseorangan saja.'' | *''Sementara berlaku untuk akun perseorangan saja.'' | ||
|- | |- | ||
!<big>3</big> | !<big><nowiki>---| 3 |---</nowiki></big> | ||
|- | |- | ||
|Jalankan job dengan perintah: | |Jalankan job dengan perintah: | ||
Baris 214: | Baris 203: | ||
$ sbatch submit.sh | $ sbatch submit.sh | ||
|- | |- | ||
!<big>4</big> | !<big><nowiki>---| 4 |---</nowiki></big> | ||
|- | |- | ||
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah: | |User dapat melihat status jalannya job dengan perintah: | ||
Baris 246: | Baris 235: | ||
|} | |} | ||
|- | |- | ||
! <big>5</big> | ! <big><nowiki>---| 5 |---</nowiki></big> | ||
|- | |- | ||
|User dapat memantau file output dengan perintah Unix seperti: | |User dapat memantau file output dengan perintah Unix seperti: | ||
*'''<code>ls</code>''', '''<code>cat</code>''', '''<code>more</code>''', '''<code>tail</code>''', dll | *'''<code>ls</code>''', '''<code>cat</code>''', '''<code>more</code>''', '''<code>tail</code>''', dll | ||
|- | |- | ||
!<big>6</big> | !<big><nowiki>---| 6 |---</nowiki></big> | ||
|- | |- | ||
|Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: | |Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: | ||
Baris 266: | Baris 255: | ||
[[Berkas:Efiro jobcomposer display.png|nirbing|400x400px]] | [[Berkas:Efiro jobcomposer display.png|nirbing|400x400px]] | ||
|- | |- | ||
!<big>0</big> | !<big><nowiki>---| 0 |---</nowiki></big> | ||
|- | |- | ||
!Apakah bisa menjalankan job? | !Apakah bisa menjalankan job? | ||
Baris 278: | Baris 267: | ||
*Bila butuh tambah kuota, lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Core_Hour#Penggunaan_Kredit_Core_Hour top up Kredit Core Hour]]''' | *Bila butuh tambah kuota, lihat '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Core_Hour#Penggunaan_Kredit_Core_Hour top up Kredit Core Hour]]''' | ||
|- | |- | ||
!<big>1</big> | !<big><nowiki>---| 1 |---</nowiki></big> | ||
|- | |- | ||
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]]''' ALELEON Supercomputer. | | Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]]''' ALELEON Supercomputer. | ||
|- | |- | ||
!<big>2</big> | !<big><nowiki>---| 2 |---</nowiki></big> | ||
|- | |- | ||
| | | | ||
Baris 293: | Baris 282: | ||
|[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nirbing|170x170px]]Pilih menu <big>'''<code>New Job > From Template</code>'''</big> | |[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nirbing|170x170px]]Pilih menu <big>'''<code>New Job > From Template</code>'''</big> | ||
|- | |- | ||
! <big>3</big> | ! <big><nowiki>---| 3 |---</nowiki></big> | ||
|- | |- | ||
!Buat ruang job untuk menjalankan komputasi: | !Buat ruang job untuk menjalankan komputasi: | ||
Baris 310: | Baris 299: | ||
[[Berkas:Jctemplate-2.png|nirbing]] | [[Berkas:Jctemplate-2.png|nirbing]] | ||
|- | |- | ||
! <big>4</big> | ! <big><nowiki>---| 4 |---</nowiki></big> | ||
|- | |- | ||
!Lakukan persiapan: | !Lakukan persiapan: | ||
Baris 320: | Baris 309: | ||
*Upload / download file tunggal diatas 2GB gunakan '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Manajemen_File_di_ALELEON_Supercomputer#Upload_/_Download_Ruang_Job_Composer software FTP]]''' | *Upload / download file tunggal diatas 2GB gunakan '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Manajemen_File_di_ALELEON_Supercomputer#Upload_/_Download_Ruang_Job_Composer software FTP]]''' | ||
'''Perhatikan | '''Perhatikan [[https://wiki.efisonlt.com/wiki/OpenMX#DATA.PATH_pada_File_Input nilai DATA.PATH]] pada file input.''' | ||
[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|400x400px]] | [[Berkas:JC job menu.png|nirbing|400x400px]] | ||
|- | |- | ||
!<big>5A</big> | !<big><nowiki>---| 5A |---</nowiki></big> | ||
|- | |- | ||
|Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code><big>Open Editor</big></code>''' | |Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code><big>Open Editor</big></code>''' | ||
Baris 334: | Baris 323: | ||
|[[Berkas:GMB warning wololo.png|nirbing|50x50px]] '''OpenMX dapat dijalankan dengan opsi paralelisasi:''' | |[[Berkas:GMB warning wololo.png|nirbing|50x50px]] '''OpenMX dapat dijalankan dengan opsi paralelisasi:''' | ||
* MPI, OpenMP, atau hybid MPI / OMP. | * MPI, OpenMP, atau hybid MPI / OMP. | ||
* Detail lihat subbab '''[Pilihan MPI atau Threading OpenMP di OpenMX]''' | * Detail lihat subbab '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/OpenMX#Pilihan_MPI_atau_Threading_OpenMP_untuk_Menjalankan_OpenMX Pilihan MPI atau Threading OpenMP di OpenMX]]''' | ||
|- | |- | ||
! | ! | ||
Baris 344: | Baris 333: | ||
*''Detail menjalankan program MPI lihat '''[<nowiki/>[[MPI ALELEON Supercomputer]]]''''' | *''Detail menjalankan program MPI lihat '''[<nowiki/>[[MPI ALELEON Supercomputer]]]''''' | ||
|- | |- | ||
!<big>5B</big> | !<big><nowiki>---| 5B |---</nowiki></big> | ||
|- | |- | ||
|SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) '''punya limit''' berdasarkan: | |SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) '''punya limit''' berdasarkan: | ||
Baris 355: | Baris 344: | ||
*''Sementara berlaku untuk akun perseorangan saja.'' | *''Sementara berlaku untuk akun perseorangan saja.'' | ||
|- | |- | ||
!<big>6</big> | !<big><nowiki>---| 6 |---</nowiki></big> | ||
|- | |- | ||
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code><big>Submit</big></code>''' | |Jalankan job dengan klik tombol '''<code><big>Submit</big></code>''' | ||
Baris 387: | Baris 376: | ||
|} | |} | ||
|- | |- | ||
!<big>7</big> | !<big><nowiki>---| 7 |---</nowiki></big> | ||
|- | |- | ||
|Lihat output file komputasi pada kolom '''Folder Contents''' | |Lihat output file komputasi pada kolom '''Folder Contents''' | ||
Baris 393: | Baris 382: | ||
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>''''']] | [[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>''''']] | ||
|- | |- | ||
!<big>8</big> | !<big><nowiki>---| 8 |---</nowiki></big> | ||
|- | |- | ||
|Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, klik '''<code><big>Stop</big></code>''' | |Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, klik '''<code><big>Stop</big></code>''' | ||
|- | |- | ||
!<big>9</big> | !<big><nowiki>---| 9 |---</nowiki></big> | ||
|- | |- | ||
|Untuk menghapus ruang job dan datanya: | |Untuk menghapus ruang job dan datanya: | ||
Baris 427: | Baris 416: | ||
'''#SBATCH --ntasks=1''' | '''#SBATCH --ntasks=1''' | ||
'''#SBATCH --cpus-per-task='''''[isi-sesuai-keinginan]'' | '''#SBATCH --cpus-per-task='''''[isi-sesuai-keinginan]'' | ||
''Kembali ke subbab '''[[https://wiki.efisonlt.com/wiki/ORCA#Batch_Job Batch Job]]''''' | |||
=='''''Pelaporan Kendala dan Support'''''== | =='''''Pelaporan Kendala dan Support'''''== | ||
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini. | Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini. |
Revisi terkini sejak 13 Mei 2025 01.56
[OpenMX] adalah software package untuk simulasi material skala nano berdasarkan DFT (Density Functional Theories), norm-conserving pseudopotensials, dan pseudo-atomic localized basis functinons. OpenMX merupakan software tidak berbayar dengan lisensi GNU GPLv3.
Modul OpenMX
Berikut adalah detail versi OpenMX yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
- Hubungi tim admin melalui email support@efisonlt.com untuk permintaan instalasi versi lain.
Versi | Nama modul | Dukungan hardware | ||||
---|---|---|---|---|---|---|
![]() |
![]() |
Parallel run | ||||
OMP1 | MPI2 | Hybrid3 | ||||
3.9.9 | openmx/3.9.9-GCC11.3-AOCL4.0
|
V | - | V | V | V |
Note:
- OMP -> komputasi berjalan multi-core CPU melalui API OpenMP.
- MPI -> komputasi berjalan multi-core CPU dan multi-node melalui protokol MPI (Message Passing Interface).
- Hybrid -> komputasi berjalan multi-core CPU dan multi-node melalui kombinasi OpenMP dan MPI.
DATA.PATH pada File Input
User wajib mendefinisikan DATA.PATH
berikut pada file input supaya OpenMX dapat berjalan. Daftar DATA.PATH
per versi OpenMX lihat tabel di bawah.
DATA.PATH [data-path-OpenMX]
Versi | DATA.PATH
|
---|---|
3.9.9 | /comp/openmx/3.9.9-GCC11.3-AOCL4.0/DFT_DATA19
|
Pilihan Menjalankan Komputasi
Berikut opsi menjalankan OpenMX, pilih sesuai kebutuhan:
Jenis Komputasi | Berjalan di |
---|---|
[Batch Job]
|
[Compute node]: |
Batch Job
Tersedia dua pilihan tampilan yaitu terminal dan web EFIRO melalui app Job Composer. Pilih sesuai keinginan.
(klik expand / kembangkan)
- Langkah Batch Job di Terminal - | ||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Tutorial ini mengasumsikan user familiar dengan terminal Linux | ||||||||||||||
Menggunakan terminal!
| ||||||||||||||
---| 0 |--- | ||||||||||||||
Apakah bisa menjalankan job? | ||||||||||||||
User dengan Kredit Core Hour disarankan cek kuota terlebih dulu:
$ sausage
| ||||||||||||||
---| 1 |--- | ||||||||||||||
Lakukan persiapan: | ||||||||||||||
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
| ||||||||||||||
---| 2A |--- | ||||||||||||||
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi:
$ nano submit.sh atau vim | ||||||||||||||
Contoh template Submit Script:
| ||||||||||||||
| ||||||||||||||
---| 2B |--- | ||||||||||||||
Berapa alokasi komputasi yang bisa digunakan? | ||||||||||||||
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) punya limit berdasarkan:
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: $ slimit-mpi
| ||||||||||||||
---| 3 |--- | ||||||||||||||
Jalankan job dengan perintah:
$ sbatch [nama-submit-script] Contoh: $ sbatch submit.sh | ||||||||||||||
---| 4 |--- | ||||||||||||||
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
$ squeue -ul $USER
| ||||||||||||||
---| 5 |--- | ||||||||||||||
User dapat memantau file output dengan perintah Unix seperti:
| ||||||||||||||
---| 6 |--- | ||||||||||||||
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
$ scancel [job-ID] Job ID ada pada squeue diatas. contoh membatalkan job ID 231: $ scancel 231 | ||||||||||||||
--- |
- Langkah Batch Job di EFIRO Job Composer - | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
---| 0 |--- | ||||||||||||||||
Apakah bisa menjalankan job? | ||||||||||||||||
User dengan Kredit Core Hour disarankan cek kuota terlebih dulu:
$ sausage
| ||||||||||||||||
---| 1 |--- | ||||||||||||||||
[Login ke web EFIRO] ALELEON Supercomputer. | ||||||||||||||||
---| 2 |--- | ||||||||||||||||
| ||||||||||||||||
![]() New Job > From Template
| ||||||||||||||||
---| 3 |--- | ||||||||||||||||
Buat ruang job untuk menjalankan komputasi: | ||||||||||||||||
Create New Job
| ||||||||||||||||
---| 4 |--- | ||||||||||||||||
Lakukan persiapan: | ||||||||||||||||
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan di ruang job:
Perhatikan [nilai DATA.PATH] pada file input. | ||||||||||||||||
---| 5A |--- | ||||||||||||||||
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor
| ||||||||||||||||
![]()
| ||||||||||||||||
| ||||||||||||||||
---| 5B |--- | ||||||||||||||||
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) punya limit berdasarkan:
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: $ slimit-hympi
| ||||||||||||||||
---| 6 |--- | ||||||||||||||||
Jalankan job dengan klik tombol Submit
| ||||||||||||||||
---| 7 |--- | ||||||||||||||||
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
| ||||||||||||||||
---| 8 |--- | ||||||||||||||||
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, klik Stop
| ||||||||||||||||
---| 9 |--- | ||||||||||||||||
Untuk menghapus ruang job dan datanya:
| ||||||||||||||||
--- |
Pilihan MPI atau Threading OpenMP untuk Menjalankan OpenMX
OpenMX di ALELEON Supercomputer dapat berjalan melalui paralelisasi MPI, OpenMP (OMP), atau keduanya (hybrid MPI/OMP) untuk menggunakan multi-core CPU dan multi-node. Admin menyerahkan keputusan kepada user untuk memilih metode paralelisasi melalui parameter Submit Script berikut:
- SBATCH ntasks mewakili jumlah task MPI sedangkan SBATCH cpus-per-task mewakili jumlah thread OMP.
#SBATCH --ntasks -> mewakili jumlah task MPI #SBATCH --cpus-per-task -> mewakili jumlah thread OpenMP
- Apabila ingin MPI saja <Pure MPI>, isi jumlah SBATCH cpus-per-task dengan 1:
# Pure MPI #SBATCH --ntasks=[isi-sesuai-keinginan] #SBATCH --cpus-per-task=1
- Apabila ingin Hybrid MPI/OMP, isi kedua parameter tersebut:
- Total core CPU yang digunakan adalah ntasks * cpus-per-task.
- Contoh menggunakan 2 proses MPI dan 4 thread OMP per MPI sehingga total menggunakan 8 core CPU:
# Hybrid MPI/OMP, contoh dengan 2 proses MPI dan 4 thread OMP per MPI. #SBATCH --ntasks=2 #SBATCH --cpus-per-task=4
- Apabila ingin OMP saja <Pure OMP>, isi jumlah ntasks dengan 1:
# Pure OMP #SBATCH --ntasks=1 #SBATCH --cpus-per-task=[isi-sesuai-keinginan]
Kembali ke subbab [Batch Job]
Pelaporan Kendala dan Support
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
---
Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:
support@efisonlt.com