Katalog Software ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(Melengkapi list software semua bidang)
(→‎Daftar Software Python dan Anaconda: mengganti ke intepreter dan menambah R - Julia)
 
(76 revisi perantara oleh 2 pengguna tidak ditampilkan)
Baris 1: Baris 1:
Halaman ini memuat daftar software esensial di HPC Aleleon Mk.II untuk user termasuk tautan tutorial untuk software komputasi. Pengguna dapat menggunakan semua katalog software di HPC Aleleon Mk.II dengan [[Module Environment]].
Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan info penggunaan untuk beberapa set software spesifik.  
== '''Layanan Gratis Instalasi Software''' ==
Admin EFISON memberikan '''layanan instalasi software gratis beserta optimasinya''' di ALELEON Supercomputer baik untuk user maupun calon user. User dapat melayangkan permohonan instalasi software dengan menghubungi admin EFISON melalui '''support@efisonlt.com'''.
{| class="wikitable"
|-
|'''Layanan mencakup:'''
* Instalasi software beserta optimasinya.
* Memastikan software bekerja dengan baik''<sup>'''1'''</sup>''.
* Pembuatan halaman tutorial wiki untuk menjalankan software tersebut.
|-
|'''Persyaratan layanan:'''
* Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di ALELEON Supercomputer.
* Apabila software yang diinstal mempunyai '''lisensi ''open-source:'''''
** Software diinstal secara '''global''' dimana dapat diakses oleh semua user.
* Apabila software yang diinstal mempunyai '''lisensi berbayar''' atau '''non-komersial:'''
** Source code / package dan lisensi disediakan oleh dan atas nama user.
** Membutuhkan kolaborasi dengan user terkait alur instalasi, lisensi, dan akses software.
|}
'''Note:'''


== '''Permohonan Instalasi Software''' ==
# Apabila dibutuhkan, tim admin akan memohon kolaborasi dengan user bersangkutan untuk menguji instalasi software seperti dengan akun testing (gratis) atau membantu menyediakan file input / pengujian. Kami dapat menyediakan akun testing untuk pengujian ini dan bersifat gratis / tidak berbayar.
User dapat mengajukan permohonan ke admin EFISON apabila membutuhkan set software yang belum terinstal di HPC Aleleon Mk.II melalui email '''support@efisonlt.com.''' '''Tidak terdapat biaya untuk permohonan instalasi software beserta optimasinya'''. Adapun persyaratan untuk bantuan instalasi software adalah:


* Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di HPC Aleleon Mk.II dan [[Scheduler SLURM Aleleon|scheduler SLURM]].
=='''Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan''' ==
* Tidak terdapat lisensi berbayar.
SIlahkan klik gambar dibawah ini untuk melihat daftar software komputasi dan tutorial penggunaan di ALELEON Supercomputer:


Admin EFISON akan memastikan semua software untuk berjalan dengan efisien dan optimal di sistem HPC Aleleon Mk.II dengan pedoman:  
[[Berkas:Wiki-15.jpg|1000x1000px |link=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan |alt=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan]]
=='''Daftar Compiler C/C++/Fortran'''  ==
ALELEON Supercomputer menyediakan compiler C/C++/Fortran dari:


* Optimasi berdasarkan spesifikasi Compute Node (AMD EPYC untuk CPU node / NVIDIA Ampere untuk GPU node).
* Bawaan OS yaitu '''GNU GCC 8.5.0-20 Red Hat.'''
* Software komputasi paralel akan diatur menggunakan protokol network RoCE / UCX untuk performa skalabilitas yang lebih baik.
* GNU ('''GCC''').
User juga dapat menginstal atau membangun software di direktori $HOME masing-masing dimana dapat dijalankan di Compute Node via scheduler SLURM.
* AMD ('''AOCC''' atau AMD Optimizing C/C++ and Fortran Compilers).
* NVIDIA ('''NVIDIA HPC Compilers''' via NVIDIA HPC SDK Toolkit).
* Intel oneAPI (tidak menyediakan compiler Fortran)


== '''Daftar Software Komputasi''' ==
{| class="wikitable"
Tutorial mencakup dual hal: menjalankan software komputasi melalui SLURM dan parameter optimasi supaya software dapat berjalan dengan performa terbaik.
|+Wrapper Compiler C/C++/Fortran
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Compiler
!Software
!C
!Versi
!C++
!Bidang
!Fortran
|-
|GCC
|<code>gcc</code>
|<code>g++</code>
|<code>gfortran</code>
|-
|AOCC
| colspan="2" |<code>clang</code>
|<code>flang</code>
|-
|NVIDIA
|<code>nvc</code>
|<code>nvc++</code>
|<code>nvfortran</code>
|-
|Intel oneAPI
|<code>icx</code>
|<code>icpx</code>
| -
|}
{| class="wikitable sortable"
|+Modul GCC
|-
!Nama dan Versi
!Nama Modul
!Nama Modul
!Tutorial
!Dukungan Hardware
|-
|-
|GROMACS
|GCC 8.3.0
|2021.1
|<code>GCC/8.3.0</code>
|Kimia Komputasi
|-
|gromacs
|GCC 8.4.0
|[link]
|<code>GCC/8.4.0</code>
|CPU - GPU, parallel multi-node
|-
| rowspan="2" |GCC 10.2.0
|<code>GCC/10.2.0</code>
|-
|''atau'' <code>'''GCC'''</code>
|-
|GCC 10.3.0
|<code>GCC/10.3.0</code>
|-
|GCC 11.2.0
|<code>GCC/11.2.0</code>
|-
|-
|NWChem
|GCC 11.3.0
|7.0.2
|<code>GCC/11.3.0</code>
|Kimia Komputasi
|nwchem
|[link]
|CPU - GPU, parallel multi-node
|-
|-
|Quantum Espresso
|GCC 12.2.0
|6.7
|<code>GCC/12.2.0</code>
|Kimia Komputasi
|qe
|[link]
|CPU, parallel multi-node
|-
|-
|R
|GCC 12.3.0
|4.0.4
|<code>GCC/12.3.0</code>
|Statistika
|R
|[link]
|CPU, parallel single-node
|-
|-
|GAMESS
|GCC 13.2.0
|2020.2
|<code>GCC/13.2.0</code>
|Kimia Komputasi
|gamess
|[link]
|CPU, parallel multi-node
|}
|}


== '''Daftar Compiler''' ==
{| class="wikitable sortable"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
|+Modul AOCC
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|AOCC 3.1.0
|<code>aocc/3.1.0</code>
|-
| rowspan="2" |AOCC 4.2.0
|<code>aocc/4.2.0</code>
|-
|''atau'' <code>'''aocc'''</code>
|}
 
{| class="wikitable sortable"
|+Modul NVIDIA HPC Compilers
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|NVIDIA Compilers 23.1-0
|<code>nvhpc-nompi/23.1</code>
|}
{| class="wikitable"
|+Modul Intel oneAPI compiler
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|oneAPI 2021.3.0.3219
|<code>oneapi/2021.3.0.3219-BaseToolkit</code>
|-
|oneAPI 2023.2.0
|<code>oneapi/2023.2.0-CompilerOnly</code>
|}
 
== '''Daftar Compiler MPI (Message Passing Interface)''' ==
Compiler MPI digunakan untuk compiling program paralel yang ditulis dengan library MPI. ALELEON Supercomputer memilih '''Open MPI''' sebagai MPI utama dengan optimasi sesuai arsitektur AMD Zen2 dan protokol network UCX. 
* ''Untuk memaksimalkan penggunaan dan performa Open MPI pada ALELEON Supercomputer, lihat laman: '''[[MPI ALELEON Supercomputer]]''' .''
{| class="wikitable"
|+Wrapper Compiler MPI
!Compiler
!Compiler
!Versi dan optimasi
!C
!Kategori
!C++
!Fortran
|-
|Open MPI
|mpicc
|''mpic++''
|''mpifort''
|}
 
{| class="wikitable sortable"
|+Modul Open MPI
!Nama dan Versi
!Nama Modul
!Nama Modul
|-
|-
|GNU GCC (default OS)
|Open MPI 4.0.5 (GCC 9.3.0)  
|9.3.1 RHEL
|<code>OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0</code>
|C/C++/Fortran
|(default OS)
|-
|-
|GNU GCC  
|Open MPI 4.0.5 (GCC 10.2.0)
|10.2.0
|<code>OpenMPI/4.0.5-GCC-10.2.0</code>
|C/C++/Fortran
|GCC/10.2.0
|-
|-
|OpenMPI
|Open MPI 4.1.0 (GCC 10.2.0)
|4.1.0, optimized for HPC Aleleon Mk.II
|<code>openmpi/4.1.0-GCC-10.2.0</code>
|MPI
|openmpi
|-
|-
|NVIDIA CUDA Compiler
|Open MPI 4.1.1 (GCC 10.3.0)
|11.2
|<code>OpenMPI/4.1.1-GCC-10.3.0</code>
|CUDA C/C++
|-
|cuda
|Open MPI 4.1.1 (GCC 11.2.0)
|<code>OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0</code>
|-
|Open MPI 4.1.3 (GCC 11.2.0 + CUDA 11.6)
|<code>openmpi/4.1.3-GCC-11.2.0-CUDA-11.6</code>
|-
|Open MPI 4.1.4 (GCC 11.3.0)
|<code>OpenMPI/4.1.4-GCC-11.3.0</code>
|-
|Open MPI 4.1.4 (GCC 12.2.0)
|<code>OpenMPI/4.1.4-GCC-12.2.0</code>
|-
|Open MPI 4.1.5 (GCC 12.3.0)
|<code>OpenMPI/4.1.5-GCC-12.3.0</code>
|-
| rowspan="2" |Open MPI 4.1.6 (GCC 13.2.0)
|<code>OpenMPI/4.1.6-GCC-13.2.0</code>
|-
|<code>''atau'' '''OpenMPI'''</code>
|}
|}


== '''Daftar Library Matematika''' ==
== '''Daftar Library CPU Matematika''' ==
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
Library CPU matematika mencakup BLAS, LAPACK, scaLAPACK, FFTW, dan Eigensolver untuk menjalankan program dengan algoritma numerik. ALELEON Supercomputer menyediakan library CPU matematika dari berbagai pembuat yang telah disesuaikan untuk bekerja dengan CPU AMD EPYC Zen 2.
!Library
=== Modul AMD Optimizing CPU Libraries (AOCL) ===
!Versi dan optimasi
{| class="wikitable sortable"
|+Modul AOCL
!Kategori
!Kategori
!Nama dan Versi
!Nama Modul
!Nama Modul
|-
|-
|OpenBLAS
|Math library
|0.3.13, TARGET=ZEN
|AOCL LibM 3.6 (GCC)
|<code>LibM/3.6-AOCL2.2-GCC</code>
|-
|Math library
|AOCL LibM 3.7 (GCC 11)
|<code>LibM/3.7-GCC11</code>
|-
|Math library
|AOCL LibM 3.8 (GCC 11)
|<code>LibM/3.8-AOCL3.1-GCC11</code>
|-
|Math library
|AOCL LibM 4.0 (GCC 11.3)
|<code>LibM/4.0-GCC11.3</code>
|-
|Math library
|AOCL LibM 4.2 (AOCC 4.2)
|<code>LibM/4.2-AOCL-AOCC4.2</code>
|-
| rowspan="2" |Math library
| rowspan="2" |AOCL LibM 4.2 (GCC 13.1)
|<code>LibM/4.2-AOCL-GCC13.1</code>
|-
|<code>''atau'' '''LibM'''</code>
|-
|BLAS
|BLAS
|openblas
|AOCL BLIS 3.0 (GCC 10)
|<code>blis/3.0-AOCL-GCC10</code>
|-
|-
|Intel MKL
|BLAS
|2021.1.0.2659
|AOCL BLIS 3.0.1 (GCC 11)
|BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3
|<code>blis/3.0.1-AOCL-GCC11</code>
|oneapi
|-
|-
|AMD LibM
|BLAS
|3.6 AOCL 2.2
|AOCL BLIS 4.0 (GCC 11.3)
|Accelerator math library
|<code>blis/4.0-AOCL-GCC11.3</code>
|LibM
|-
|-
|AMD BLIS
|3.0 AOCL
|BLAS
|BLAS
|blis
|AOCL BLIS 4.2 (AOCC 4.2)
|<code>blis/4.2-AOCL-AOCC4.2</code>
|-
| rowspan="2" |BLAS
| rowspan="2" |AOCL BLIS 4.2 (GCC 13.1)
|<code>blis/4.2-AOCL-GCC13.1</code>
|-
|<code>''atau'' '''blis'''</code>
|-
|FFTW3
|AOCL FFTW 3.0 (GCC 10)
|<code>fftw/3.0-AOCL-GCC10</code>
|-
|FFTW3
|AOCL FFTW 3.0.1 (GCC 11)
|<code>fftw/3.0.1-AOCL-GCC11</code>
|-
|FFTW3
|AOCL FFTW 3.1 (GCC 11)
|<code>fftw/3.1-AOCL-GCC11</code>
|-
|FFTW3
|AOCL FFTW 4.0 (GCC 11.3)
|<code>fftw/4.0-AOCL-GCC11.3</code>
|-
|-
|AMD FFTW
|3.0 AOCL
|FFTW3
|FFTW3
|fftw
|AOCL FFTW 4.2 (AOCC 4.2)
|<code>fftw/4.2-AOCL-AOCC4.2</code>
|-
| rowspan="2" |FFTW3
| rowspan="2" |AOCL FFTW 4.2 (GCC 13.1)
|<code>fftw/4.2-AOCL-GCC13.1</code>
|-
|<code>atau '''fftw'''</code>
|-
|LAPACK
|AOCL libFLAME 3.0 (GCC 10)
|<code>libflame/3.0-AOCL-GCC10</code>
|-
|LAPACK
|AOCL libFLAME 3.0.1 (GCC 11)
|<code>libflame/3.0.1-AOCL-GCC11</code>
|-
|-
|AMD libFLAME
|3.0 AOCL
|LAPACK
|LAPACK
|libflame
|AOCL libFLAME 4.0 (GCC 11.3)
|<code>libflame/4.0-AOCL-GCC11.3</code>
|-
|-
|Netlib LAPACK
|3.9, LibFLAME optimized
|LAPACK
|LAPACK
|lapack
|AOCL libFLAME 4.2 (AOCC 4.2)
|<code>libflame/4.2-AOCL-AOCC4.2</code>
|-
|-
|Netlib ScaLAPACK
| rowspan="2" |LAPACK
|2.1, LibFLAME optimized
| rowspan="2" |AOCL libFLAME 4.2 (GCC 13.1)
|scaLAPACK
|<code>libflame/4.2-AOCL-GCC13.1</code>
|scalapack
|-
|-
|Netlib ScaLAPACK
|<code>''atau'' '''libflame'''</code>
|2.1, LAPACK optimized
|scaLAPACK
|scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10
|-
|-
|ELPA
|ScaLAPACK
|2020.11, Intel MKL + CUDA supported
|'''AMD ScaLAPACK 3.0, linked:'''
|Eigenvalue Solvers
* AOCL BLIS 3.0.1
|elpa
* AOCL libFLAME 3.0.1
* GCC 10
|<code>scalapack/3.0-AOCL-BLIS-Libflame-GCC10</code>
|-
|-
|ELPA
|ScaLAPACK
|2018.11, Intel MKL + CUDA supported
|'''AMD ScaLAPACK 3.0, linked:'''
|Eigenvalue Solvers
* AOCL BLIS 3.0.1
|elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11
* Netlib LAPACK 3.10
* GCC 10
|<code>scalapack/3.0-AOCL-BLIS-LAPACK-GCC10</code>
|-
|ScaLAPACK
|AMD ScaLAPACK 4.0 (GCC 11.3)
|<code>scalapack/4.0-AOCL-GCC11.3</code>
|-
|ScaLAPACK
|AMD ScaLAPACK 4.2 (AOCC 4.2)
|<code>scalapack/4.2-AOCL-AOCC4.2</code>
|-
| rowspan="2" |ScaLAPACK
| rowspan="2" |AMD ScaLAPACK 4.2 (GCC 13.1)
|<code>scalapack/4.2-AOCL-GCC13.1</code>
|-
|<code>''atau'' '''scalapack'''</code>
|}
|}


== '''Daftar Software NVIDIA''' ==
=== Modul Intel oneAPI MKL (Math Kernel Library) ===
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
Intel oneAPI MKL mengandung BLAS, LAPACK, ScaLAPACK, dan FFTW3.
!Software
{| class="wikitable sortable"
!Versi
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|oneAPI MKL 2021.1.0.2659
|<code>oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly</code>
|-
|oneAPI MKL 2021.3.0.3219
|<code>oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly</code>
|-
|oneAPI MKL 2022.2.1.16993
|<code>oneapi/2022.2.1.16993-MKLOnly</code>
|-
| rowspan="2" |oneAPI MKL 2024.1.0.695
|<code>oneapi/2024.1.0.695-MKLOnly</code>
|-
|''atau'' <code>'''oneapi'''</code>
|}
 
=== Modul Library CPU lainnya ===
{| class="wikitable sortable"
!Kategori
!Kategori
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|Math library
|LibM 3.7
|<code>LibM/3.7-GCC11</code>
|-
|Math library
|LibM 4.0
|<code>LibM/4.0-GCC11.3</code>
|-
|BLAS
|OpenBLAS 0.3.7 (GCC 8.3.0)
|<code>OpenBLAS/0.3.7-GCC-8.3.0</code>
|-
|BLAS
|OpenBLAS 0.3.12 (GCC 10.2.0)
|<code>OpenBLAS/0.3.12-GCC-10.2.0</code>
|-
|BLAS
|OpenBLAS 0.3.15 (GCC 10.3.0)
|<code>OpenBLAS/0.3.15-GCC-10.3.0</code>
|-
| rowspan="2" |BLAS
| rowspan="2" |OpenBLAS 0.3.23 (GCC 12.3.0)
|<code>OpenBLAS/0.3.23-GCC-12.3.0</code>
|-
|''atau'' <code>'''OpenBLAS'''</code>
|-
|LAPACK
|'''Netlib LAPACK 3.9, linked:'''
* GCC 10
* AMD BLIS 3.0
|<code>lapack/3.9-BLIS-GCC10</code>
|-
|LAPACK
|'''Netlib LAPACK 3.10, linked:'''
* GCC 10
* AMD BLIS 3.0.1
|<code>lapack/3.10-BLIS-GCC10</code>
|-
| rowspan="2" |LAPACK
| rowspan="2" |'''Netlib LAPACK 3.11, linked:'''
* GCC 11.3
* AMD BLIS 4.0
|<code>lapack/3.11-GCC11.3-BLIS4.0</code>
|-
|''atau'' <code>'''lapack'''</code>
|-
|ScaLAPACK
|'''Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:'''
* AOCL BLIS 3.0
* AOCL libFLAME 3.0
|<code>scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10</code>
|-
|ScaLAPACK
|'''Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:'''
* AOCL BLIS 3.0
* Netlib LAPACK 3.9
|<code>scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10</code>
|-
|ScaLAPACK
|'''Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:'''
* GoMPI 2020b
|<code>ScaLAPACK/2.1.0-gompi-2020b</code>
|-
|ScaLAPACK
|'''Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:'''
* GoMPI 2021a-fb
|<code>ScaLAPACK/2.1.0-gompi-2021a-fb</code>
|-
| rowspan="2" |ScaLAPACK
| rowspan="2" |'''Netlib ScaLAPACK 2.2.0, linked:'''
* GoMPI 2023a-fb
|<code>ScaLAPACK/2.2.0-gompi-2023a-fb (D)</code>
|-
|''atau'' <code>'''ScaLAPACK'''</code>
|}
=== Modul Eigenvalue Solvers ===
{| class="wikitable sortable"
!Nama dan Versi
!Nama Modul
!Nama Modul
|-
|-
|NVIDIA CUDA & cuDNN
|'''ELPA 2018.11, linked:'''
|11.2 & 8.1.1
* GCC 10
|CUDA Toolkit
* OneAPI MKL 2021.1
|cuda
* CUDA 11.2
|<code>elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11</code>
|-
|'''ELPA 2020.11, linked:'''
* GCC 10
* OneAPI MKL 2021.1
* CUDA 11.2
|<code>elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11</code>
|-
|'''ELPA 2021.05, linked:'''
* GCC 10
* OneAPI MKL 2021.1
* CUDA 11.2
|<code>elpa/2021.05-GCC10-MKL-CUDA11</code>
|-
|'''ELPA 2021.05, linked:'''
* GCC 10
* OneAPI MKL 2021.1
|<code>elpa/2021.05-GCC10-MKL</code>
|-
|'''ELPA 2021.11, linked:'''
* GCC 10
* OneAPI MKL 2021.1
* CUDA 11.2
|<code>elpa/2021.11-GCC10-MKL-CUDA11</code>
|-
|'''ELPA 2022.05.001, linked:'''
* GCC 11.3
* AOCL 4.0
* CUDA 12.0
|<code>elpa/2022.05.001-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA12.0</code>
|-
| rowspan="2" |'''ELPA 2022.05.001, linked:'''
* GCC 11.3
* AOCL 4.0
|<code>elpa/2022.05.001-GCC11.3-AOCL4.0</code>
|-
|''atau'' <code>'''elpa'''</code>
|}
|}
== '''Daftar Software NVIDIA'''  ==
ALELEON Supercomputer menyediakan software NVIDIA untuk CUDA Toolkit dan aplikasi HPC (NVIDIA HPC SDK) yang telah disesuaikan untuk arsitektur NVIDIA Ampere.


== '''Daftar Software Python''' ==
* Perhatikan bahwa CUDA 11 kebawah '''tidak mendukung''' GPU NVIDIA yang terpasang di ALELEON Supercomputer.
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
 
!Software
=== Modul NVIDIA CUDA Toolkit (Standalone) ===
!Versi
{| class="wikitable sortable"
!Kategori
|+Modul NVIDIA CUDA Toolkit
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|CUDA 11.2 + cuDNN 8.1.1
|<code>cuda/11.2-cuDNN8.1.1</code>
|-
|CUDA 11.6 + cuDNN 8.3.3
|<code>cuda/11.6-cuDNN8.3.3</code>
|-
|CUDA 11.8 + cuDNN 8.6.0
|<code>cuda/11.8-cuDNN8.6.0</code>
|-
|CUDA 12.0 + cuDNN 8.7.0
|<code>cuda/12.0-cuDNN8.7.0</code>
|-
|CUDA 12.1 + cuDNN 8.8.1
|<code>cuda/12.1-cuDNN8.8.1</code>
|-
|CUDA 12.3 + cuDNN 8.9.6
|<code>cuda/12.3-cuDNN8.9.6</code>
|-
|CUDA 12.4 + cuDNN 9.2.1
|<code>cuda/12.4-cuDNN9.2.1</code>
|-
| rowspan="2" |CUDA 12.5 + cuDNN 9.2.1
|<code>cuda/12.5-cuDNN9.2.1</code>
|-
|''atau'' <code>'''cuda'''</code>
|}
 
=== Modul NVIDIA HPC SDK ''(Experimental)'' ===
{| class="wikitable"
|'''''Note:'''''
* ''Saat ini tim engineering ALELEON Supercomputer sedang mengadakan pengujian kompabilitas sistem untuk NVIDIA HPC SDK ini.''
|}
NVIDIA HPC SDK berisikan modul NVIDIA:
 
* NVIDIA HPC Compilers (C, C++, Fortran)
* NVIDIA CUDA Toolkit (11.0, 11.8, 12.0)
* NVIDIA MPI (Open MPI dengan CUDA aware)
* NVIDIA Collective Communication Library (NCCL)
* NVIDIA SHMEM (NVSHMEM)
 
Terdapat beberapa modul untuk NVIDIA HPC SDK dengan pembagian komponen:
{| class="wikitable sortable"
|+Modul NVIDIA HPC SDK
!Nama dan Versi
!Nama Modul
!Kelengkapan Komponen
|-
| rowspan="3" |NVIDIA HPC SDK 23.1
|<code>nvhpc/23.1</code>
|NV HPC compilers, CUDA, MPI, NCCL, SHMEM
|-
|<code>nvhpc-nompi/23.1</code>
|NV HPC compilers, CUDA, NCCL, SHMEM
|-
|<code>nvhpc-byo-compiler/23.1</code>
|CUDA, NCCL, SHMEM
|}
 
=='''Daftar Intepreter'''==
ALELEON Supercomputer menyediakan set intepreter Python, R, dan Julia.
 
=== Modul Python dan Anaconda ===
ALELEON Supercomputer menggunakan environment Python 3 sebagai standar dan menyediakan Python dari:
* Default OS yaitu '''Python 3.9.18.'''
* Suite Anaconda 3.
* Modul terpisah.
Untuk menjalankan komputasi dengan Python lihat laman [[Komputasi Python|'''Komputasi Python''']].
{| class="wikitable sortable"
|+Modul Anaconda
!Nama dan Versi
!Python bawaan
!Nama Modul
|-
|Anaconda 3 2020.11
|3.8.5
|<code>Anaconda3/2020.11</code>
|-
|Anaconda 3 2021.05
|3.8.8
|<code>Anaconda3/2021.05</code>
|-
|Anaconda 3 2022.05
|3.9.12
|<code>Anaconda3/2022.05</code>
|-
| rowspan="2" |Anaconda 3 2023.07-2
| rowspan="2" |3.11.4
|<code>Anaconda3/2023.07-2</code>
|-
|''atau'' <code>'''Anaconda3'''</code>
|}
{| class="wikitable sortable"
|+Modul Python
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|Python 2.7.16
|  <code>Python/2.7.16-GCCcore-8.3.0</code>
|-
|Python 2.7.18
|  <code>Python/2.7.18-GCCcore-11.2.0</code>
|-
|Python 3.8.6
|<code>Python/3.8.6-GCCcore-10.2.0</code>
|-
|Python 3.9.5
|<code>Python/3.9.5-GCCcore-10.3.0</code>
|-
|Python 3.10.4
|<code>Python/3.10.4-GCCcore-11.3.0</code>
|-
| rowspan="2" |Python 3.11.3
|<code>Python/3.11.3-GCCcore-12.3.0</code>
|-
|''atau'' <code>'''Python'''</code>
|}
 
=== Modul R ===
ALELEON Supercomputer menyediakan interpreter R yang dicompile secara ''build from source'' beserta optimasinya.
 
* Untuk menjalankan komputasi dengan R lihat laman '''[[R]]'''.
 
{| class="wikitable"
|+Modul R
!Nama dan Versi
!Nama Modul
!Nama Modul
|-
|-
|Python
|R 4.3.0
|3.8.6
|<code>R/4.3.0-GCC11.3-MKL</code>
|Python intepreter
|}
|Python
 
=== Modul Julia ===
{| class="wikitable"
|+Modul Julia
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|-
|Anaconda 3
|Julia 1.8.2
|2020.11
|<code>julia/1.8.2</code>
|Python & R distribution
|Anaconda3/2020.11
|}
|}

Revisi terkini sejak 28 Juli 2024 05.19

Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan info penggunaan untuk beberapa set software spesifik.

Layanan Gratis Instalasi Software

Admin EFISON memberikan layanan instalasi software gratis beserta optimasinya di ALELEON Supercomputer baik untuk user maupun calon user. User dapat melayangkan permohonan instalasi software dengan menghubungi admin EFISON melalui support@efisonlt.com.

Layanan mencakup:
  • Instalasi software beserta optimasinya.
  • Memastikan software bekerja dengan baik1.
  • Pembuatan halaman tutorial wiki untuk menjalankan software tersebut.
Persyaratan layanan:
  • Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di ALELEON Supercomputer.
  • Apabila software yang diinstal mempunyai lisensi open-source:
    • Software diinstal secara global dimana dapat diakses oleh semua user.
  • Apabila software yang diinstal mempunyai lisensi berbayar atau non-komersial:
    • Source code / package dan lisensi disediakan oleh dan atas nama user.
    • Membutuhkan kolaborasi dengan user terkait alur instalasi, lisensi, dan akses software.

Note:

  1. Apabila dibutuhkan, tim admin akan memohon kolaborasi dengan user bersangkutan untuk menguji instalasi software seperti dengan akun testing (gratis) atau membantu menyediakan file input / pengujian. Kami dapat menyediakan akun testing untuk pengujian ini dan bersifat gratis / tidak berbayar.

Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan

SIlahkan klik gambar dibawah ini untuk melihat daftar software komputasi dan tutorial penggunaan di ALELEON Supercomputer:

Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan

Daftar Compiler C/C++/Fortran

ALELEON Supercomputer menyediakan compiler C/C++/Fortran dari:

  • Bawaan OS yaitu GNU GCC 8.5.0-20 Red Hat.
  • GNU (GCC).
  • AMD (AOCC atau AMD Optimizing C/C++ and Fortran Compilers).
  • NVIDIA (NVIDIA HPC Compilers via NVIDIA HPC SDK Toolkit).
  • Intel oneAPI (tidak menyediakan compiler Fortran)
Wrapper Compiler C/C++/Fortran
Compiler C C++ Fortran
GCC gcc g++ gfortran
AOCC clang flang
NVIDIA nvc nvc++ nvfortran
Intel oneAPI icx icpx -
Modul GCC
Nama dan Versi Nama Modul
GCC 8.3.0 GCC/8.3.0
GCC 8.4.0 GCC/8.4.0
GCC 10.2.0 GCC/10.2.0
atau GCC
GCC 10.3.0 GCC/10.3.0
GCC 11.2.0 GCC/11.2.0
GCC 11.3.0 GCC/11.3.0
GCC 12.2.0 GCC/12.2.0
GCC 12.3.0 GCC/12.3.0
GCC 13.2.0 GCC/13.2.0
Modul AOCC
Nama dan Versi Nama Modul
AOCC 3.1.0 aocc/3.1.0
AOCC 4.2.0 aocc/4.2.0
atau aocc
Modul NVIDIA HPC Compilers
Nama dan Versi Nama Modul
NVIDIA Compilers 23.1-0 nvhpc-nompi/23.1
Modul Intel oneAPI compiler
Nama dan Versi Nama Modul
oneAPI 2021.3.0.3219 oneapi/2021.3.0.3219-BaseToolkit
oneAPI 2023.2.0 oneapi/2023.2.0-CompilerOnly

Daftar Compiler MPI (Message Passing Interface)

Compiler MPI digunakan untuk compiling program paralel yang ditulis dengan library MPI. ALELEON Supercomputer memilih Open MPI sebagai MPI utama dengan optimasi sesuai arsitektur AMD Zen2 dan protokol network UCX.

Wrapper Compiler MPI
Compiler C C++ Fortran
Open MPI mpicc mpic++ mpifort
Modul Open MPI
Nama dan Versi Nama Modul
Open MPI 4.0.5 (GCC 9.3.0) OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0
Open MPI 4.0.5 (GCC 10.2.0) OpenMPI/4.0.5-GCC-10.2.0
Open MPI 4.1.0 (GCC 10.2.0) openmpi/4.1.0-GCC-10.2.0
Open MPI 4.1.1 (GCC 10.3.0) OpenMPI/4.1.1-GCC-10.3.0
Open MPI 4.1.1 (GCC 11.2.0) OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0
Open MPI 4.1.3 (GCC 11.2.0 + CUDA 11.6) openmpi/4.1.3-GCC-11.2.0-CUDA-11.6
Open MPI 4.1.4 (GCC 11.3.0) OpenMPI/4.1.4-GCC-11.3.0
Open MPI 4.1.4 (GCC 12.2.0) OpenMPI/4.1.4-GCC-12.2.0
Open MPI 4.1.5 (GCC 12.3.0) OpenMPI/4.1.5-GCC-12.3.0
Open MPI 4.1.6 (GCC 13.2.0) OpenMPI/4.1.6-GCC-13.2.0
atau OpenMPI

Daftar Library CPU Matematika

Library CPU matematika mencakup BLAS, LAPACK, scaLAPACK, FFTW, dan Eigensolver untuk menjalankan program dengan algoritma numerik. ALELEON Supercomputer menyediakan library CPU matematika dari berbagai pembuat yang telah disesuaikan untuk bekerja dengan CPU AMD EPYC Zen 2.

Modul AMD Optimizing CPU Libraries (AOCL)

Modul AOCL
Kategori Nama dan Versi Nama Modul
Math library AOCL LibM 3.6 (GCC) LibM/3.6-AOCL2.2-GCC
Math library AOCL LibM 3.7 (GCC 11) LibM/3.7-GCC11
Math library AOCL LibM 3.8 (GCC 11) LibM/3.8-AOCL3.1-GCC11
Math library AOCL LibM 4.0 (GCC 11.3) LibM/4.0-GCC11.3
Math library AOCL LibM 4.2 (AOCC 4.2) LibM/4.2-AOCL-AOCC4.2
Math library AOCL LibM 4.2 (GCC 13.1) LibM/4.2-AOCL-GCC13.1
atau LibM
BLAS AOCL BLIS 3.0 (GCC 10) blis/3.0-AOCL-GCC10
BLAS AOCL BLIS 3.0.1 (GCC 11) blis/3.0.1-AOCL-GCC11
BLAS AOCL BLIS 4.0 (GCC 11.3) blis/4.0-AOCL-GCC11.3
BLAS AOCL BLIS 4.2 (AOCC 4.2) blis/4.2-AOCL-AOCC4.2
BLAS AOCL BLIS 4.2 (GCC 13.1) blis/4.2-AOCL-GCC13.1
atau blis
FFTW3 AOCL FFTW 3.0 (GCC 10) fftw/3.0-AOCL-GCC10
FFTW3 AOCL FFTW 3.0.1 (GCC 11) fftw/3.0.1-AOCL-GCC11
FFTW3 AOCL FFTW 3.1 (GCC 11) fftw/3.1-AOCL-GCC11
FFTW3 AOCL FFTW 4.0 (GCC 11.3) fftw/4.0-AOCL-GCC11.3
FFTW3 AOCL FFTW 4.2 (AOCC 4.2) fftw/4.2-AOCL-AOCC4.2
FFTW3 AOCL FFTW 4.2 (GCC 13.1) fftw/4.2-AOCL-GCC13.1
atau fftw
LAPACK AOCL libFLAME 3.0 (GCC 10) libflame/3.0-AOCL-GCC10
LAPACK AOCL libFLAME 3.0.1 (GCC 11) libflame/3.0.1-AOCL-GCC11
LAPACK AOCL libFLAME 4.0 (GCC 11.3) libflame/4.0-AOCL-GCC11.3
LAPACK AOCL libFLAME 4.2 (AOCC 4.2) libflame/4.2-AOCL-AOCC4.2
LAPACK AOCL libFLAME 4.2 (GCC 13.1) libflame/4.2-AOCL-GCC13.1
atau libflame
ScaLAPACK AMD ScaLAPACK 3.0, linked:
  • AOCL BLIS 3.0.1
  • AOCL libFLAME 3.0.1
  • GCC 10
 scalapack/3.0-AOCL-BLIS-Libflame-GCC10
ScaLAPACK AMD ScaLAPACK 3.0, linked:
  • AOCL BLIS 3.0.1
  • Netlib LAPACK 3.10
  • GCC 10
 scalapack/3.0-AOCL-BLIS-LAPACK-GCC10
ScaLAPACK AMD ScaLAPACK 4.0 (GCC 11.3) scalapack/4.0-AOCL-GCC11.3
ScaLAPACK AMD ScaLAPACK 4.2 (AOCC 4.2) scalapack/4.2-AOCL-AOCC4.2
ScaLAPACK AMD ScaLAPACK 4.2 (GCC 13.1) scalapack/4.2-AOCL-GCC13.1
atau scalapack

Modul Intel oneAPI MKL (Math Kernel Library)

Intel oneAPI MKL mengandung BLAS, LAPACK, ScaLAPACK, dan FFTW3.

Nama dan Versi Nama Modul
oneAPI MKL 2021.1.0.2659 oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly
oneAPI MKL 2021.3.0.3219 oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly
oneAPI MKL 2022.2.1.16993 oneapi/2022.2.1.16993-MKLOnly
oneAPI MKL 2024.1.0.695 oneapi/2024.1.0.695-MKLOnly
atau oneapi

Modul Library CPU lainnya

Kategori Nama dan Versi Nama Modul
Math library LibM 3.7 LibM/3.7-GCC11
Math library LibM 4.0 LibM/4.0-GCC11.3
BLAS OpenBLAS 0.3.7 (GCC 8.3.0) OpenBLAS/0.3.7-GCC-8.3.0
BLAS OpenBLAS 0.3.12 (GCC 10.2.0) OpenBLAS/0.3.12-GCC-10.2.0
BLAS OpenBLAS 0.3.15 (GCC 10.3.0) OpenBLAS/0.3.15-GCC-10.3.0
BLAS OpenBLAS 0.3.23 (GCC 12.3.0) OpenBLAS/0.3.23-GCC-12.3.0
atau OpenBLAS
LAPACK Netlib LAPACK 3.9, linked:
  • GCC 10
  • AMD BLIS 3.0
 lapack/3.9-BLIS-GCC10
LAPACK Netlib LAPACK 3.10, linked:
  • GCC 10
  • AMD BLIS 3.0.1
 lapack/3.10-BLIS-GCC10
LAPACK Netlib LAPACK 3.11, linked:
  • GCC 11.3
  • AMD BLIS 4.0
 lapack/3.11-GCC11.3-BLIS4.0
atau lapack
ScaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • AOCL BLIS 3.0
  • AOCL libFLAME 3.0
 scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10
ScaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • AOCL BLIS 3.0
  • Netlib LAPACK 3.9
 scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10
ScaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • GoMPI 2020b
 ScaLAPACK/2.1.0-gompi-2020b
ScaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • GoMPI 2021a-fb
 ScaLAPACK/2.1.0-gompi-2021a-fb
ScaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.2.0, linked:
  • GoMPI 2023a-fb
 ScaLAPACK/2.2.0-gompi-2023a-fb (D)
atau ScaLAPACK

Modul Eigenvalue Solvers

Nama dan Versi Nama Modul
ELPA 2018.11, linked:
  • GCC 10
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2020.11, linked:
  • GCC 10
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2021.05, linked:
  • GCC 10
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2021.05-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2021.05, linked:
  • GCC 10
  • OneAPI MKL 2021.1
 elpa/2021.05-GCC10-MKL
ELPA 2021.11, linked:
  • GCC 10
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2021.11-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2022.05.001, linked:
  • GCC 11.3
  • AOCL 4.0
  • CUDA 12.0
 elpa/2022.05.001-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA12.0
ELPA 2022.05.001, linked:
  • GCC 11.3
  • AOCL 4.0
 elpa/2022.05.001-GCC11.3-AOCL4.0
atau elpa

Daftar Software NVIDIA

ALELEON Supercomputer menyediakan software NVIDIA untuk CUDA Toolkit dan aplikasi HPC (NVIDIA HPC SDK) yang telah disesuaikan untuk arsitektur NVIDIA Ampere.

  • Perhatikan bahwa CUDA 11 kebawah tidak mendukung GPU NVIDIA yang terpasang di ALELEON Supercomputer.

Modul NVIDIA CUDA Toolkit (Standalone)

Modul NVIDIA CUDA Toolkit
Nama dan Versi Nama Modul
CUDA 11.2 + cuDNN 8.1.1 cuda/11.2-cuDNN8.1.1
CUDA 11.6 + cuDNN 8.3.3 cuda/11.6-cuDNN8.3.3
CUDA 11.8 + cuDNN 8.6.0 cuda/11.8-cuDNN8.6.0
CUDA 12.0 + cuDNN 8.7.0 cuda/12.0-cuDNN8.7.0
CUDA 12.1 + cuDNN 8.8.1 cuda/12.1-cuDNN8.8.1
CUDA 12.3 + cuDNN 8.9.6 cuda/12.3-cuDNN8.9.6
CUDA 12.4 + cuDNN 9.2.1 cuda/12.4-cuDNN9.2.1
CUDA 12.5 + cuDNN 9.2.1 cuda/12.5-cuDNN9.2.1
atau cuda

Modul NVIDIA HPC SDK (Experimental)

Note:
  • Saat ini tim engineering ALELEON Supercomputer sedang mengadakan pengujian kompabilitas sistem untuk NVIDIA HPC SDK ini.

NVIDIA HPC SDK berisikan modul NVIDIA:

  • NVIDIA HPC Compilers (C, C++, Fortran)
  • NVIDIA CUDA Toolkit (11.0, 11.8, 12.0)
  • NVIDIA MPI (Open MPI dengan CUDA aware)
  • NVIDIA Collective Communication Library (NCCL)
  • NVIDIA SHMEM (NVSHMEM)

Terdapat beberapa modul untuk NVIDIA HPC SDK dengan pembagian komponen:

Modul NVIDIA HPC SDK
Nama dan Versi Nama Modul Kelengkapan Komponen
NVIDIA HPC SDK 23.1 nvhpc/23.1 NV HPC compilers, CUDA, MPI, NCCL, SHMEM
nvhpc-nompi/23.1 NV HPC compilers, CUDA, NCCL, SHMEM
nvhpc-byo-compiler/23.1 CUDA, NCCL, SHMEM

Daftar Intepreter

ALELEON Supercomputer menyediakan set intepreter Python, R, dan Julia.

Modul Python dan Anaconda

ALELEON Supercomputer menggunakan environment Python 3 sebagai standar dan menyediakan Python dari:

  • Default OS yaitu Python 3.9.18.
  • Suite Anaconda 3.
  • Modul terpisah.

Untuk menjalankan komputasi dengan Python lihat laman Komputasi Python.

Modul Anaconda
Nama dan Versi Python bawaan Nama Modul
Anaconda 3 2020.11 3.8.5 Anaconda3/2020.11
Anaconda 3 2021.05 3.8.8 Anaconda3/2021.05
Anaconda 3 2022.05 3.9.12 Anaconda3/2022.05
Anaconda 3 2023.07-2 3.11.4 Anaconda3/2023.07-2
atau Anaconda3
Modul Python
Nama dan Versi Nama Modul
Python 2.7.16 Python/2.7.16-GCCcore-8.3.0
Python 2.7.18 Python/2.7.18-GCCcore-11.2.0
Python 3.8.6 Python/3.8.6-GCCcore-10.2.0
Python 3.9.5 Python/3.9.5-GCCcore-10.3.0
Python 3.10.4 Python/3.10.4-GCCcore-11.3.0
Python 3.11.3 Python/3.11.3-GCCcore-12.3.0
atau Python

Modul R

ALELEON Supercomputer menyediakan interpreter R yang dicompile secara build from source beserta optimasinya.

  • Untuk menjalankan komputasi dengan R lihat laman R.
Modul R
Nama dan Versi Nama Modul
R 4.3.0 R/4.3.0-GCC11.3-MKL

Modul Julia

Modul Julia
Nama dan Versi Nama Modul
Julia 1.8.2 julia/1.8.2
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Katalog_Software_ALELEON_Supercomputer&oldid=1711"