Anaconda Python (depreciated): Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (menambah info sistem menghitung CH) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (overhaul wiki) |
||
Baris 37: | Baris 37: | ||
|3.9.12 | |3.9.12 | ||
|} | |} | ||
Keterangan: | '''''Keterangan:''''' | ||
# Melalui package Python yang mendukung OpenMP seperti [https://cython.org/ '''Cython'''], [https://numba.pydata.org/ '''Numba'''], [https://pythran.readthedocs.io/en/latest/ '''Pythran'''], [https://www.pypy.org/ '''PyPy'''], dll. | # Melalui package Python yang mendukung OpenMP seperti [https://cython.org/ '''Cython'''], [https://numba.pydata.org/ '''Numba'''], [https://pythran.readthedocs.io/en/latest/ '''Pythran'''], [https://www.pypy.org/ '''PyPy'''], dll. | ||
Baris 43: | Baris 43: | ||
== '''Modul NVIDIA CUDA Toolkit''' == | == '''Modul NVIDIA CUDA Toolkit''' == | ||
User membutuhkan modul NVIDIA CUDA Toolkit untuk menjalankan Python dengan akselerasi GPU NVIDIA | User membutuhkan modul NVIDIA CUDA Toolkit untuk menjalankan Python dengan akselerasi GPU NVIDIA. Berikut adalah detail versi NVIDIA CUDA Toolkit yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer. | ||
{| class="wikitable sortable" | {| class="wikitable sortable" | ||
|+Modul NVIDIA CUDA Toolkit | |+Modul NVIDIA CUDA Toolkit | ||
Baris 64: | Baris 64: | ||
|cuda/12.1-cuDNN8.8.1 | |cuda/12.1-cuDNN8.8.1 | ||
''atau'' cuda | ''atau'' cuda | ||
|}Apabila user membutuhkan CUDA versi spesifik yang belum ada | |}Apabila user membutuhkan CUDA versi spesifik yang belum ada di atas, hubungi tim admin melalui '''support@efisonlt.com''' untuk permintaan instalasi. Layanan ini bebas biaya dan akan dilakukan pada hari dan jam kerja EFISON. | ||
=='''Membuat Conda Environment dan Instalasi Package Python'''== | =='''Membuat Conda Environment dan Instalasi Package Python'''== | ||
ALELEON Supercomputer mensyaratkan user membuat '''Conda Environment''' untuk menjalankan komputasi Python via Anaconda. | ALELEON Supercomputer mensyaratkan user membuat '''Conda Environment''' untuk menjalankan komputasi Python via Anaconda. | ||
Baris 96: | Baris 72: | ||
* Kegiatan membuat Conda Env dan instalasi dilakukan pada Login Node sehingga tidak mengurangi Kredit Core Hour user. | * Kegiatan membuat Conda Env dan instalasi dilakukan pada Login Node sehingga tidak mengurangi Kredit Core Hour user. | ||
Berikut adalah langkah membuat Conda Environment di ALELEON Supercomputer: | Berikut adalah langkah membuat Conda Environment di ALELEON Supercomputer ''(klik expand atau kembangkan)'': | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | ||
! colspan="2" | | ! colspan="2" |Membuat Conda Environment | ||
|- | |- | ||
|'''0''' | |'''0''' | ||
Baris 108: | Baris 83: | ||
|- | |- | ||
|'''1''' | |'''1''' | ||
|Aktifkan modul Anaconda, | |Aktifkan modul Anaconda, disarankan menggunakan Anaconda terbaru: | ||
$ module load '''Anaconda3''' | $ module load '''Anaconda3''' | ||
Apabila ingin menggunakan versi Anaconda lainnya, lihat '''[[Python#Modul Anaconda|subbab Modul Anaconda]]'''. | Apabila ingin menggunakan versi Anaconda lainnya, lihat '''[[Python#Modul Anaconda|subbab Modul Anaconda]]'''. | ||
Baris 114: | Baris 89: | ||
|'''2''' | |'''2''' | ||
| | | | ||
=== Membuat Conda Environment === | |||
Buat Conda Environment secara default di direktori HOME dengan format perintah: | Buat Conda Environment secara default di direktori HOME dengan format perintah: | ||
$ conda create --name '''''<nama-conda-environment>''''' pip | $ conda create --name '''''<nama-conda-environment>''''' pip | ||
Baris 123: | Baris 98: | ||
|'''3''' | |'''3''' | ||
| | | | ||
=== Mengaktifkan Conda Environment dan Instalasi Package Python === | |||
Aktifkan Conda Environment dengan format | Aktifkan Conda Environment dengan format berikut: | ||
$ source activate $CONDA/'''''<nama-conda-environment''''' | $ source activate $CONDA/'''''<nama-conda-environment''''' | ||
Baris 131: | Baris 106: | ||
Conda Environment aktif ditandai dengan tulisan nama env pada bash terminal seperti ini: | Conda Environment aktif ditandai dengan tulisan nama env pada bash terminal seperti ini: | ||
''(kerjaanskripsi)'' [wololo@login ~]$ | ''(kerjaanskripsi)'' [wololo@login ~]$ | ||
Lakukan instalasi package Python (contoh Tensorflow, PyTorch) yang dibutuhkan dengan '''<code>pip</code>''' | |||
''(kerjaanskripsi)'' $ pip install '''''<nama-package-Python>''''' | |||
Instal package jupyter bagi user yang ingin menggunakan sesi interaktif Jupyter | |||
''(kerjaanskripsi)'' $ pip install jupyter | |||
''(kerjaanskripsi)'' $ pip install jupyterlab | |||
|- | |- | ||
| | | colspan="2" | | ||
=== Menonaktifkan Conda Environment === | |||
= | |||
| | |||
User dapat menonaktifkan Conda Environment yang sedang aktif dengan perintah: | User dapat menonaktifkan Conda Environment yang sedang aktif dengan perintah: | ||
$ conda deactivate | $ conda deactivate | ||
=== '''Mengaktifkan Kembali Conda Environment User''' === | |||
User dapat kembali mengaktifkan Conda Environment yang dibuat dengan langkah 1 dan 3 diatas: | User dapat kembali mengaktifkan Conda Environment yang dibuat dengan langkah 1 dan 3 diatas: | ||
$ module load Anaconda3 | $ module load Anaconda3 | ||
Baris 156: | Baris 124: | ||
$ conda-env list | $ conda-env list | ||
=== Menghapus Conda Environment === | |||
User dapat menghapus Conda Environment dengan format perintah: | User dapat menghapus Conda Environment dengan format perintah: | ||
$ conda remove -n '''''<nama-conda-environment>''''' --all | $ conda remove -n '''''<nama-conda-environment>''''' --all | ||
|} | |} | ||
=='''Alternatif Menjalankan Anaconda Python di ALELEON Supercomputer'''== | |||
ALELEON Supercomputer menawarkan user untuk menjalankan Anaconda Python dengan pilihan skema: | |||
{| class="wikitable" | |||
|- | |||
![[Berkas:Efirojobcomposer3.png|pus|nirbing|300x300px]]--- | |||
'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Anaconda_Python#Menjalankan_Anaconda_Python_Melalui_Job_Submission Menjalankan Anaconda Python melalui Job Submission]''' | |||
|- | |||
| | |||
*Menjalankan file Python siap jalan melalui scheduler SLURM. | |||
*Tidak dapat menjalankan file ipynb dimana harus dikonversi ke file Python. | |||
*Berjalan di [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Spesifikasi_ALELEON_Supercomputer#Spesifikasi_Compute_Node '''Compute Node''']: | |||
**CPU epyc dengan spesifikasi hingga CPU 128 core dan RAM 500GB | |||
***Python versi MPI (MPI4PY) dapat berjalan paralel hingga CPU 384 core. | |||
**GPU ampere dengan spesifikasi CPU 32 core, RAM 120GB, dan 2 GPU. | |||
|- | |||
![[Berkas:Rjupyterlab.png|pus|nirbing|225x225px]]--- | |||
'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Anaconda_Python#Menjalankan_Anaconda_Python_dengan_Sesi_Interaktif_Jupyter Menjalankan Anaconda Python dengan sesi interaktif Jupyter]''' | |||
|- | |||
| | |||
*Menjalankan Anaconda Python melalui sesi interaktif via Jupyter Notebook / Lab. | |||
*Berjalan di [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Spesifikasi_ALELEON_Supercomputer#Spesifikasi_Interactive_Node '''Interactive Node''']: | |||
**Torti dengan spesifikasi CPU 32 core dan RAM 64GB. | |||
**Tilla dengan spesifikasi CPU 32 core, RAM 64GB, dan 1 GPU. | |||
|} | |||
== '''Menjalankan Anaconda Python Melalui Job Submission''' == | == '''Menjalankan Anaconda Python Melalui Job Submission''' == | ||
User dapat menjalankan | User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui tampilan terminal atau GUI web EFIRO ''(klik expand atau kembangkan)''. | ||
===Menggunakan terminal - SLURM sbatch=== | |||
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | |||
=== | ! colspan="2" | Langkah Menjalankan Anaconda Python di Terminal melalui SLURM sbatch | ||
= | |||
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]] | [[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]] | ||
|- | |- | ||
|'''0''' | |||
| | | | ||
=====Login SSH===== | |||
Tatacara login SSH lihat laman [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_|_Login_SSH '''Login SSH ALELEON Supercomputer''']. | |||
|- | |- | ||
|'''1''' | |'''1''' | ||
|Siapkan | | | ||
=====Menyiapkan File Komputasi===== | |||
* | Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job: | ||
*File input dan data komputasi. | |||
**User dapat upload / download file ke ALELEON dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']]. | |||
*Membuat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.**Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>'' | |||
$ mkdir kerjaanskripsi | |||
$ cd kerjaanskripsi | |||
$ touch my_job_submission.sh | |||
''... upload / menyiapkan data input komputasi dll ...'' | |||
|- | |- | ||
| rowspan="2" |'''2''' | |||
| | |||
=====Template SLURM Submit Script Anaconda Python===== | |||
Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya. | |||
| rowspan="2" |''' | |||
| | |||
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | ||
!Template SLURM Submit Script untuk Anaconda Python versi CPU | !Template SLURM Submit Script untuk Anaconda Python versi CPU | ||
Baris 206: | Baris 187: | ||
#!/bin/bash | #!/bin/bash | ||
# | # ----------------------------------------------------- | ||
# | # Template SLURM Submit Script | ||
# | # Anaconda Python (CPU) | ||
# | # | ||
# NOTES: | |||
# | # 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////). | ||
# | # 2. Template ini bersifat referensi. | ||
# | # User dapat mengubah bagian yang perlu diubah. | ||
# | # 3. Pastikan user sudah membuat Conda Environment. | ||
# | # ----------------------------------------------------- | ||
# | |||
# -------------------------------------------------- | # ----------------------------------------------------- | ||
# Alokasi komputasi | # Alokasi komputasi SBATCH dan file input | ||
# -------------------------------------------------- | # ----------------------------------------------------- | ||
# Alokasi jumlah core thread CPU | # Alokasi jumlah core thread CPU | ||
Baris 229: | Baris 208: | ||
#SBATCH --mem=////GB | #SBATCH --mem=////GB | ||
# Alokasi limit waktu menjalankan job | # Alokasi limit waktu menjalankan job | ||
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS | # Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS | ||
#SBATCH --time=//// | #SBATCH --time=//// | ||
# Definisi file untuk menampung output terminal | # Definisi file untuk menampung output terminal program | ||
#SBATCH --output=result-%j.txt | #SBATCH --output=result-%j.txt | ||
Baris 239: | Baris 218: | ||
#SBATCH --error=error-%j.txt | #SBATCH --error=error-%j.txt | ||
# Nama Conda Environment yang digunakan | # Nama Conda Environment yang digunakan | ||
CONDA_NAME=//// | |||
# Nama | # Nama program Python yang dijalankan | ||
INPUT_FILE= | INPUT_FILE=////.py | ||
# ------------------------------------------------- | # ---------------------------------------------------- | ||
# | # Script jalannya program | ||
# ------------------------------------------------- | # ---------------------------------------------------- | ||
# Mengaktifkan Conda Environment | # Mengaktifkan Conda Environment | ||
module load Anaconda3 | module load Anaconda3 | ||
source activate $CONDA/$ | source activate ${CONDA}/${CONDA_NAME} | ||
# | # Menjalankan file Python | ||
python3 ${INPUT_FILE} | |||
</syntaxhighlight> | </syntaxhighlight> | ||
|} | |} | ||
Baris 263: | Baris 242: | ||
#!/bin/bash | #!/bin/bash | ||
# | # ----------------------------------------------------- | ||
# | # Template SLURM Submit Script | ||
# | # Anaconda Python (GPU) | ||
# | # | ||
# NOTES: | |||
# | # 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////). | ||
# | # 2. Template ini bersifat referensi. | ||
# | # User dapat mengubah bagian yang perlu diubah. | ||
# | # 3. Pastikan user sudah membuat Conda Environment. | ||
# | # ----------------------------------------------------- | ||
# | |||
# -------------------------------------------------- | # ----------------------------------------------------- | ||
# Alokasi komputasi | # Alokasi komputasi SBATCH dan file input | ||
# -------------------------------------------------- | # ----------------------------------------------------- | ||
# | # Menggunakan partisi compute node GPU | ||
#SBATCH --partition=ampere | #SBATCH --partition=ampere | ||
Baris 292: | Baris 269: | ||
#SBATCH --mem=////GB | #SBATCH --mem=////GB | ||
# Alokasi limit waktu menjalankan job | # Alokasi limit waktu menjalankan job | ||
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS | # Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS | ||
#SBATCH --time=//// | #SBATCH --time=//// | ||
# Definisi file untuk menampung output terminal | # Definisi file untuk menampung output terminal program | ||
#SBATCH --output=result-%j.txt | #SBATCH --output=result-%j.txt | ||
Baris 302: | Baris 279: | ||
#SBATCH --error=error-%j.txt | #SBATCH --error=error-%j.txt | ||
# | # Nama Conda Environment yang digunakan | ||
CONDA_NAME=//// | |||
# Nama | # Nama program Python yang dijalankan | ||
INPUT_FILE=////.py | |||
# | # ---------------------------------------------------- | ||
# Script jalannya program | |||
# ---------------------------------------------------- | |||
# | # Memuat modul NVIDIA CUDA default | ||
module load cuda | |||
# Mengaktifkan Conda Environment | # Mengaktifkan Conda Environment | ||
module load Anaconda3 | module load Anaconda3 | ||
source activate $CONDA/$ | source activate ${CONDA}/${CONDA_NAME} | ||
# | # Menjalankan file Python | ||
python3 ${INPUT_FILE} | |||
</syntaxhighlight> | </syntaxhighlight> | ||
|} | |} | ||
|- | |- | ||
| | |=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH===== | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | ||
! colspan=" | ! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time | ||
|- | |- | ||
!Skenario Komputasi | |||
!ntasks | !ntasks | ||
(CPU) | (CPU) | ||
!mem | !mem | ||
(RAM) | (RAM) | ||
! gpus | !gpus | ||
(GPU) | (GPU) | ||
!time | !time | ||
(time limit) | (time limit) | ||
|- | |- | ||
| | |Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup> | ||
| | |128 | ||
| | |128GB | ||
| | |2 | ||
| rowspan="5" | 3-00:00:00 | | rowspan="5" | 3-00:00:00 | ||
atau 72:00:00 | atau | ||
72:00:00 | |||
|- | |- | ||
|Python versi CPU | |Python versi CPU | ||
|128 | |128 | ||
| 240GB | |240GB | ||
| 0 | |0 | ||
|- | |||
|Python versi CPU di high-mem node | |||
*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code> | |||
|128 | |||
|500GB | |||
|0 | |||
|- | |- | ||
|Python versi GPU | |Python versi GPU | ||
|32 | |32 | ||
|120GB | |120GB | ||
|2 | | 2 | ||
|- | |||
|Python versi MPI (MPI4PY)''<sup>2</sup>'' | |||
|384 | |||
|240GB''<sup>2</sup>'' | |||
|0 | |||
|- | |||
| colspan="5" | '''''Keterangan:''''' | |||
#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer. | |||
#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih. | |||
#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']] | |||
#MPI4PY mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128: | |||
#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node. | |||
#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node. | |||
#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']]. | |||
|- | |- | ||
| | ! colspan="5" |Keterangan tambahan | ||
|- | |- | ||
| | | colspan="5" | | ||
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:''' | |||
| | **SLURM akan menahan job apabila: | ||
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user. | |||
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user. | |||
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah: | |||
$ '''sausage''' | |||
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']] | |||
|} | |||
|- | |- | ||
|''' | |'''3''' | ||
|Jalankan job dengan perintah sbatch. | | | ||
=====Menjalankan Job Komputasi===== | |||
Jalankan job dengan perintah sbatch. | |||
$ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>''''' | $ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>''''' | ||
Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>. | Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>. | ||
$ sbatch my_job_submission.sh | $ sbatch my_job_submission.sh | ||
|- | |- | ||
|''' | |'''4A''' | ||
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut. | |User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut. | ||
*Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu. | *Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu. | ||
Baris 406: | Baris 387: | ||
|R | |R | ||
|RUN | |RUN | ||
|Job berjalan | |Job berjalan | ||
|- | |- | ||
|PD | |PD | ||
|PENDING | |PENDING | ||
|Job tertahan, lihat keterangan NODELIST(REASON)' | |Job tertahan, lihat keterangan [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']] | ||
|- | |- | ||
|CG | |CG | ||
Baris 416: | Baris 397: | ||
|Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM | |Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM | ||
|- | |- | ||
|CA | | CA | ||
|CANCELED | |CANCELED | ||
|Job dibatalkan oleh user | |Job dibatalkan oleh user | ||
|- | |- | ||
|PR | |PR | ||
| PREEMPETED | | PREEMPETED | ||
|Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email | |Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email | ||
|- | |- | ||
Baris 427: | Baris 408: | ||
|SUSPENDED | |SUSPENDED | ||
| Job ditahan oleh admin EFISON | | Job ditahan oleh admin EFISON | ||
|} | |} | ||
|- | |- | ||
|''' | |'''4B''' | ||
|Apabila user ingin membatalkan job | | | ||
=====Menghentikan Job Komputasi===== | |||
Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID. | |||
*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID. | *Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID. | ||
*User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri. | *User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri. | ||
Baris 438: | Baris 419: | ||
Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. | Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. | ||
$ scancel 231 | $ scancel 231 | ||
|} | |} | ||
=== | ===Menggunakan Web EFIRO - EFIRO Job Composer=== | ||
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | ||
! colspan="2" |Langkah Menjalankan Anaconda Python via EFIRO Job Composer | ! colspan="2" |Langkah Menjalankan Anaconda Python via EFIRO Job Composer | ||
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|500x500px]] | |||
|- | |- | ||
|'''0''' | |||
| | | | ||
===== Login Web EFIRO===== | |||
*[[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']]. | |||
*Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code> | *Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>''' lalu masukkan username dan password user.**Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code> | ||
|- | |- | ||
|'''1''' | |'''1''' | ||
| | | | ||
=====Membuka Job Composer dan Memilih Template Job===== | |||
* | *Buka menu '''<code>Jobs</code>''' > '''<code>Jobs Composer</code>''' pada dashboard EFIRO. | ||
*Pilih '''<code>New Job</code>''' > '''<code>From Template</code>''' | |||
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|Menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''']][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|220x220px|Menu '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''']] | |||
|- | |- | ||
| '''2''' | |'''2''' | ||
| | |[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|nirbing|600x600px]] | ||
[[Berkas: | *PIlih template Anaconda Python yang diinginkan. | ||
*Isi atau ganti kolom '''<code>Job Name</code>''' sesuai keinginan user. | |||
*Apabila sudah selesai, klik '''<code>Create New Job</code>'''. | |||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
! colspan="2" |Template Anaconda Python yang tersedia | ! colspan="2" |Template Anaconda Python yang tersedia | ||
Baris 474: | Baris 450: | ||
|- | |- | ||
|Anaconda Python (CPU) | |Anaconda Python (CPU) | ||
|Menjalankan Python versi CPU | |Menjalankan Anaconda Python versi CPU | ||
|- | |- | ||
|Anaconda Python (GPU) | |Anaconda Python (GPU) | ||
|Menjalankan Python versi GPU | |Menjalankan Anaconda Python versi GPU | ||
|} | |} | ||
|- | |- | ||
|''' | |'''3''' | ||
|[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]] | | | ||
Gunakan menu ''' | =====Menyiapkan File Komputasi===== | ||
*Laman Edit Files juga dapat melakukan | [[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]] | ||
* | |||
** | Gunakan menu <code>'''Edit Files'''</code> untuk upload file komputasi yang dibutuhkan. | ||
*Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file. | |||
*Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas '''2GB per file'''. | |||
**Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] untuk upload file tunggal diatas 2GB. | |||
|- | |- | ||
| rowspan="2" |''' | | rowspan="2" |'''4''' | ||
| | | | ||
=====Melengkapi Submit Script===== | |||
* | Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user. | ||
* | *Lengkapi Submit Script melalui menu '''<code>Open Editor</code>'''. | ||
*Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya. | |||
*Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script. | |||
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px]] | |||
|- | |- | ||
| | | | ||
=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH===== | |||
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | |||
| | ! colspan="5" | Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time | ||
! colspan=" | |||
|- | |- | ||
!Skenario Komputasi | |||
!ntasks | !ntasks | ||
(CPU) | (CPU) | ||
!mem | !mem | ||
(RAM) | (RAM) | ||
! gpus | !gpus | ||
(GPU) | (GPU) | ||
!time | !time | ||
(time limit) | (time limit) | ||
|- | |- | ||
| | |Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup> | ||
| | |128 | ||
| | |128GB | ||
| | |2 | ||
| rowspan="5" | 3-00:00:00 | | rowspan="5" |3-00:00:00 | ||
atau 72:00:00 | atau | ||
72:00:00 | |||
|- | |- | ||
|Python versi CPU | |Python versi CPU | ||
|128 | |128 | ||
| 240GB | |240GB | ||
| 0 | |0 | ||
|- | |||
|Python versi CPU di high-mem node | |||
*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code> | |||
|128 | |||
|500GB | |||
|0 | |||
|- | |- | ||
|Python versi GPU | |Python versi GPU | ||
|32 | |32 | ||
|120GB | |120GB | ||
|2 | |2 | ||
|- | |- | ||
|Python versi MPI (MPI4PY)''<sup> | |Python versi MPI (MPI4PY)''<sup>2</sup>'' | ||
|384 | |||
|384 | |240GB''<sup>2</sup>'' | ||
|240GB | |0 | ||
| 0 | |- | ||
| colspan="5" |'''''Keterangan:''''' | |||
#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer. | |||
#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih. | |||
#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']] | |||
#MPI4PY mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128: | |||
#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node. | |||
#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node. | |||
#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']]. | |||
|- | |- | ||
| | | colspan="5" | | ||
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:''' | |||
| | **SLURM akan menahan job apabila:***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user. | ||
| | ***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user. | ||
| | **Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu '''<code>Open Terminal</code>''' dan jalankan perintah: | ||
$ '''sausage''' | |||
[[Berkas:Jcjoboption4.png|nirbing|600x600px]] | |||
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']] | |||
|} | |} | ||
|- | |- | ||
|''' | |'''5''' | ||
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''. | |===== Menjalankan Job Komputasi ===== | ||
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''. | |||
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]] | [[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]] | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
!Status | |+''Penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job'' | ||
! Status | |||
!Arti | !Arti | ||
|- | |- | ||
|Not Submitted | |Not Submitted | ||
|Job belum pernah dijalankan. | | Job belum pernah dijalankan. | ||
|- | |- | ||
|Running | |Running | ||
|Job berjalan. | |Job berjalan. | ||
|- | |- | ||
|Queue | |Queue | ||
|Job mengantri dan belum berjalan. | |Job mengantri dan belum berjalan. | ||
|- | |- | ||
|Completed | |Completed | ||
|Job selesai berjalan. | | Job selesai berjalan. | ||
|- | |- | ||
|Failed | |Failed | ||
|Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user. | |Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user. | ||
|} | |} | ||
=====Menghentikan Job Komputasi===== | |||
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''<code>Stop</code>'''. | |||
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]] | [[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]] | ||
|- | |- | ||
|''' | |'''6A''' | ||
| | | | ||
=====Melihat Output Komputasi===== | |||
User dapat melihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' | |||
*Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>''' | |||
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]] | |||
|- | |- | ||
|''' | |'''6B''' | ||
|User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' dengan mengklik kembali tombol '''<code>Submit</code>'''. | |User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' dengan mengklik kembali tombol '''<code>Submit</code>'''. | ||
|} | |} | ||
==='''Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email'''=== | ==='''Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email'''=== | ||
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:<syntaxhighlight lang="bash"> | SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:<syntaxhighlight lang="bash"> | ||
Baris 624: | Baris 602: | ||
|'''0''' | |'''0''' | ||
|Instalasi package dilakukan melalui '''terminal'''. | |Instalasi package dilakukan melalui '''terminal'''. | ||
*Bagi user yang login ke web EFIRO, buka menu '''<code>Clusters</code> > <code>Aleleon Shell Access</code>'''. | |||
* Bagi user yang login ke web EFIRO, buka menu '''<code>Clusters</code> > <code>Aleleon Shell Access</code>'''. | |||
[[Berkas:Shellaccess.png|nirbing|200x200px]] | [[Berkas:Shellaccess.png|nirbing|200x200px]] | ||
|- | |- | ||
Baris 642: | Baris 621: | ||
Berikut adalah langkah untuk memulai sesi Jupyter dengan Conda Environment yang dibuat user: | Berikut adalah langkah untuk memulai sesi Jupyter dengan Conda Environment yang dibuat user: | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
! colspan="2" |Memulai Sesi Interaktif Jupyter | ! colspan="2" |Langkah Memulai Sesi Interaktif Jupyter | ||
|- | |- | ||
|'''0''' | |||
| | | | ||
===== Login Web EFIRO===== | |||
*[[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']]. | |||
*Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code> | *Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>''' lalu masukkan username dan password user.**Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code> | ||
|- | |- | ||
|'''1''' | |'''1''' | ||
|Buka menu '''<code>Interactive Apps</code>''' | |Buka menu '''<code>Interactive Apps</code>''' | ||
* Silahkan pilih Jupyter Notebook atau Lab sesuai referensi pribadi user. | * Silahkan pilih Jupyter Notebook atau Lab sesuai referensi pribadi user. | ||
Baris 664: | Baris 636: | ||
|- | |- | ||
|'''3''' | |'''3''' | ||
|Isi formulir untuk memulai sesi Jupyter | | | ||
==== Mengisi Formulir Sesi Interaktif Jupyter ==== | |||
Isi formulir untuk memulai sesi Jupyter dengan panduan berikut: | |||
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | ||
!Panduan Formulir Menggunakan Torti (Interactive Node CPU) | !Panduan Formulir Menggunakan Torti (Interactive Node CPU) | ||
|- | |- | ||
| | | | ||
*'''Partition''' | *'''Partition''' -> '''torti''' | ||
*'''Number of CPU Cores''' -> Min: '''1''', maks: '''32''' | |||
*'''Number of CPU Cores''' | *'''Number of GPUs''' -> ''kosongkan'' | ||
*'''Number of hours''' ''(Durasi sesi interaktif)'' -> Min: '''1''', maks: '''72''' | |||
*'''Anaconda Selection''' -> ''Pilih versi terbaru'' | |||
*'''Number of GPUs''' | |||
*'''Number of hours''' | |||
*'''Anaconda Selection''' | |||
*'''Conda Environment Directory''' | *'''Conda Environment Directory''' | ||
** | **Alamat direktori Conda Environment user, isi dengan format: | ||
<code>$CONDA/ | '''''<code>$CONDA/<nama-conda-environment></code>''''' | ||
*'''Software Modules''' | *'''Software Modules''' -> ''kosongkan'' | ||
*'''Environment Setup''' | *'''Environment Setup''' -> ''kosongkan'' | ||
*'''Email Address''' | *'''Email Address''' | ||
**Sistem | **Sistem mengirim notifikasi ke email user ketika sesi Jupyter siap diakses. | ||
**Apabila | **Apabila butuh, ''isi dengan email user'' | ||
|} | |} | ||
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | ||
Baris 696: | Baris 662: | ||
|- | |- | ||
| | | | ||
*'''Partition''' | *'''Partition''' -> '''tilla''' | ||
*'''Number of CPU Cores''' -> Min: '''1''', maks: '''32''' | |||
*'''Number of CPU Cores''' | *'''Number of GPUs''' -> '''1''' | ||
*'''Number of hours''' ''(Durasi sesi interaktif)'' -> Min: '''1''', maks: '''72''' | |||
*'''Anaconda Selection''' -> ''Pilih versi terbaru'' | |||
*'''Number of GPUs''' | *'''Conda Environment Directory''' | ||
**Alamat direktori Conda Environment user, isi dengan format: | |||
*'''Number of hours''' | |||
*'''Anaconda Selection''' | |||
*'''Conda Environment Directory''' | |||
** | |||
'''''<code>$CONDA/<nama-conda-environment></code>''''' | '''''<code>$CONDA/<nama-conda-environment></code>''''' | ||
*'''Software Modules''' | *'''Software Modules''' | ||
** | **Masukkan nama modul NVIDIA CUDA. Terdapat dua alternatif: | ||
*** | ***Menggunakan modul CUDA versi terbaru: '''<code>cuda</code>''' | ||
***Memilih modul CUDA | ***Memilih modul CUDA lainnya. lihat '''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Anaconda_Python#Modul_NVIDIA_CUDA_Toolkit Daftar Modul NVIDIA CUDA Toolkit]'''. | ||
*'''Environment Setup''' | *'''Environment Setup''' -> ''kosongkan'' | ||
*'''Email Address''' | *'''Email Address''' | ||
**Sistem | **Sistem mengirim notifikasi ke email user ketika sesi Jupyter siap diakses. | ||
**Apabila | **Apabila butuh, ''isi dengan email user'' | ||
| | |} | ||
| | {| class="wikitable" | ||
|'''''Perhatian:''''' Sesi Jupyter tidak akan berjalan apabila: | |||
*Number of CPU cores * Number of Hour lebih besar dari sisa CPU Core Hour user. | |||
*Number of GPUs * Number of Hour lebih besar dari sisa GPU Hour user. | |||
Cek sisa Kredit Core Hour user dengan langkah: | |||
* Buka '''<code>Clusters</code>''' > '''<code>Aleleon Shell Access</code>''' pada dasboard EFIRO. | |||
* Jalankan perintah: | |||
$ '''sausage''' | |||
[[Berkas:Shellaccess.png|nirbing|200x200px]] | |||
|} | |} | ||
|- | |- | ||
|'''4''' | |'''4''' | ||
|Apabila formulir sudah terisi, klik tombol '''<code>Launch</code>''' untuk memulai sesi Jupyter. | | | ||
==== Memulai Sesi Interaktif Jupyter ==== | |||
Apabila formulir sudah terisi, klik tombol '''<code>Launch</code>''' untuk memulai sesi Jupyter. | |||
*User akan diarahkan ke halaman '''<code>My Interactive Sessions</code>'''. | *User akan diarahkan ke halaman '''<code>My Interactive Sessions</code>'''. | ||
*Tunggu hingga sesi Jupyter siap diakses. | *Tunggu hingga sesi Jupyter siap diakses. | ||
[[Berkas:JNqueue.png|nir|jmpl|''Status sesi Jupyter mengantri menunggu alokasi hardware'']] | [[Berkas:JNqueue.png|nir|jmpl|''Status sesi Jupyter mengantri menunggu alokasi hardware'']] | ||
|- | |- | ||
|'''5''' | |'''5''' | ||
|Apabila status menunjukkan '''Running''' atau kolom berwarna hijau, klik <code>'''Connect to Jupyter'''</code>.[[Berkas:JNrun.png|nir|jmpl|''Sesi Jupyter siap diakses.'']] | |Apabila status menunjukkan '''Running''' atau kolom berwarna hijau, klik <code>'''Connect to Jupyter'''</code>. | ||
* ''Sistem mulai menghitung Core Hour saat status sesi Jupyter menunjukkan running.'' | |||
[[Berkas:JNrun.png|nir|jmpl|''Sesi Jupyter siap diakses.'']] | |||
|- | |- | ||
|'''6''' | |'''6''' | ||
Baris 748: | Baris 713: | ||
|- | |- | ||
|'''7A''' | |'''7A''' | ||
|User dapat | | | ||
==== Mengakses Kembali Sesi Interaktif Jupyter yang Berjalan ==== | |||
User dapat mengunjungi sesi Jupyter yang sedang berjalan di '''<code>My Interactive Sessions</code>''' | |||
[[Berkas:Interactivesession.png|nirbing|500x500px]] | |||
|- | |- | ||
|'''7B''' | |'''7B''' | ||
|User dapat | | | ||
[[Berkas: | ==== Menghentikan Sesi Interaktif Jupyter ==== | ||
User dapat menghentikan sesi Jupyter yang sedang berjalan dengan klik tombol '''<code>Delete</code>'''[[Berkas:JNrun.png|nir|jmpl|''Klik tombol '''<code>Delete</code>''' untuk menghentikan sesi Jupyter yang sedang berjalan'']] | |||
|} | |} | ||
== '''Pelaporan Kendala dan Support'''== | == '''Pelaporan Kendala dan Support'''== | ||
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi | Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini. | ||
[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]] | [[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]] |
Revisi per 11 Januari 2024 05.11
Anaconda adalah suite katalog packages Python dan R untuk komputasi data science dan machine learning.
Modul Anaconda Python
Berikut adalah detail versi Anaconda yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer dimana menggunakan Python 3 sebagai standar.
Versi | Nama modul | Versi Python
default |
Dukungan hardware | |||
---|---|---|---|---|---|---|
CPU | GPU | OMP
Threading |
MPI
multi-node | |||
Anaconda 3 2020.11 | Anaconda3/2020.11 | 3.8.5 | V | V | V1 | V2 |
Anaconda 3 2021.05 | Anaconda3/2021.05 | 3.8.8 | ||||
Anaconda 3 2022.05 | Anaconda3/2022.05
atau Anaconda3 |
3.9.12 |
Keterangan:
- Melalui package Python yang mendukung OpenMP seperti Cython, Numba, Pythran, PyPy, dll.
- Melalui MPI for Python (MPI4PY)
Modul NVIDIA CUDA Toolkit
User membutuhkan modul NVIDIA CUDA Toolkit untuk menjalankan Python dengan akselerasi GPU NVIDIA. Berikut adalah detail versi NVIDIA CUDA Toolkit yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer.
Nama dan Versi | Nama Modul |
---|---|
CUDA 11.2 dengan cuDNN 8.1.1 | cuda/11.2-cuDNN8.1.1 |
CUDA 11.6 dengan cuDNN 8.3.3 | cuda/11.6-cuDNN8.3.3 |
CUDA 11.8 dengan cuDNN 8.6.0 | cuda/11.8-cuDNN8.6.0 |
CUDA 12.0 dengan cuDNN 8.7.0 | cuda/12.0-cuDNN8.7.0 |
CUDA 12.1 dengan cuDNN 8.8.1 | cuda/12.1-cuDNN8.8.1
atau cuda |
Apabila user membutuhkan CUDA versi spesifik yang belum ada di atas, hubungi tim admin melalui support@efisonlt.com untuk permintaan instalasi. Layanan ini bebas biaya dan akan dilakukan pada hari dan jam kerja EFISON.
Membuat Conda Environment dan Instalasi Package Python
ALELEON Supercomputer mensyaratkan user membuat Conda Environment untuk menjalankan komputasi Python via Anaconda.
- Conda Environment adalah 'ruang isolasi' untuk menampung instalasi package Python masing-masing user.
- User membuat Conda Environment dan melakukan instalasi package Python secara mandiri.
- Kegiatan membuat Conda Env dan instalasi dilakukan pada Login Node sehingga tidak mengurangi Kredit Core Hour user.
Berikut adalah langkah membuat Conda Environment di ALELEON Supercomputer (klik expand atau kembangkan):
Membuat Conda Environment | |
---|---|
0 | Instalasi package dilakukan melalui terminal.
|
1 | Aktifkan modul Anaconda, disarankan menggunakan Anaconda terbaru:
$ module load Anaconda3 Apabila ingin menggunakan versi Anaconda lainnya, lihat subbab Modul Anaconda. |
2 |
Membuat Conda EnvironmentBuat Conda Environment secara default di direktori HOME dengan format perintah: $ conda create --name <nama-conda-environment> pip Contoh: $ conda create --name kerjaanskripsi pip |
3 |
Mengaktifkan Conda Environment dan Instalasi Package PythonAktifkan Conda Environment dengan format berikut: $ source activate $CONDA/<nama-conda-environment Contoh: $ source activate $CONDA/kerjaanskripsi Conda Environment aktif ditandai dengan tulisan nama env pada bash terminal seperti ini: (kerjaanskripsi) [wololo@login ~]$ Lakukan instalasi package Python (contoh Tensorflow, PyTorch) yang dibutuhkan dengan (kerjaanskripsi) $ pip install <nama-package-Python> Instal package jupyter bagi user yang ingin menggunakan sesi interaktif Jupyter (kerjaanskripsi) $ pip install jupyter (kerjaanskripsi) $ pip install jupyterlab |
Menonaktifkan Conda EnvironmentUser dapat menonaktifkan Conda Environment yang sedang aktif dengan perintah: $ conda deactivate Mengaktifkan Kembali Conda Environment UserUser dapat kembali mengaktifkan Conda Environment yang dibuat dengan langkah 1 dan 3 diatas: $ module load Anaconda3 $ source activate $CONDA/<nama-conda-environment> User dapat melihat daftar nama Conda Environment yang sebelumnya dibuat dengan perintah $ conda-env list Menghapus Conda EnvironmentUser dapat menghapus Conda Environment dengan format perintah: $ conda remove -n <nama-conda-environment> --all |
Alternatif Menjalankan Anaconda Python di ALELEON Supercomputer
ALELEON Supercomputer menawarkan user untuk menjalankan Anaconda Python dengan pilihan skema:
--- |
---|
|
--- |
|
Menjalankan Anaconda Python Melalui Job Submission
User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui tampilan terminal atau GUI web EFIRO (klik expand atau kembangkan).
Menggunakan terminal - SLURM sbatch
Langkah Menjalankan Anaconda Python di Terminal melalui SLURM sbatch | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 |
Login SSHTatacara login SSH lihat laman Login SSH ALELEON Supercomputer. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1 |
Menyiapkan File KomputasiSiapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:
$ mkdir kerjaanskripsi $ cd kerjaanskripsi $ touch my_job_submission.sh ... upload / menyiapkan data input komputasi dll ... | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
Template SLURM Submit Script Anaconda PythonIkuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH=====
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
Menjalankan Job KomputasiJalankan job dengan perintah sbatch. $ sbatch <nama-SLURM-Submit-script> Contoh menjalankan nama script $ sbatch my_job_submission.sh | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4A | User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
$ squeue -ul $USER Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4B |
Menghentikan Job KomputasiApabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
$ scancel <job-ID-submission-user> Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. $ scancel 231 |
Menggunakan Web EFIRO - EFIRO Job Composer
Langkah Menjalankan Anaconda Python via EFIRO Job Composer | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 |
Login Web EFIRO
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1 |
Membuka Job Composer dan Memilih Template Job
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
Menyiapkan File KomputasiGunakan menu
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
Melengkapi Submit ScriptSubmit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Panduan Nilai Maksimal SBATCH
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 | ===== Menjalankan Job Komputasi =====
Jalankan job dengan klik tombol
Menghentikan Job KomputasiUntuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6A |
Melihat Output KomputasiUser dapat melihat output file komputasi pada kolom
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6B | User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama dengan mengklik kembali tombol Submit .
|
Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:
#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL
SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:
- BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
- END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
- FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
- TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
- TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.
Menjalankan Anaconda Python dengan Sesi Interaktif Jupyter
Terdapat 2 langkah untuk menjalankan sesi interaktif Jupyter dengan Conda Environment User yaitu:
- Melakukan instalasi pip Jupyter pada Conda Environment yang akan digunakan untuk sesi Jupyter.
- Memulai sesi interaktif Jupyter Notebook atau Lab pada web EFIRO.
---
Instalasi pip Jupyter pada Conda Environment
Berikut adalah langkah instalasi pip Jupyter pada Conda Environment user (klik expand atau kembangkan).
Langkah Instalasi pip Jupyter pada Conda Environment User | |
---|---|
0 | Instalasi package dilakukan melalui terminal.
|
1 | Aktifkan Conda Environment yang akan digunakan untuk sesi Jupyter
$ module load Anaconda3 $ source activate $CONDA/<nama-conda-environment> |
2 | Lakukan pip install jupyter dan jupyterlab
$ pip install jupyter $ pip install jupyterlab |
---
Memulai Sesi Jupyter
Berikut adalah langkah untuk memulai sesi Jupyter dengan Conda Environment yang dibuat user:
Langkah Memulai Sesi Interaktif Jupyter | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
0 |
Login Web EFIRO
| |||||
1 | Buka menu Interactive Apps
| |||||
3 |
Mengisi Formulir Sesi Interaktif JupyterIsi formulir untuk memulai sesi Jupyter dengan panduan berikut:
| |||||
4 |
Memulai Sesi Interaktif JupyterApabila formulir sudah terisi, klik tombol
| |||||
5 | Apabila status menunjukkan Running atau kolom berwarna hijau, klik Connect to Jupyter .
| |||||
6 | Pilih Notebook Python 3 untuk memulai sesi notebook Python 3 baik di Jupyter Notebook dan Lab. | |||||
7A |
Mengakses Kembali Sesi Interaktif Jupyter yang BerjalanUser dapat mengunjungi sesi Jupyter yang sedang berjalan di | |||||
7B |
Menghentikan Sesi Interaktif JupyterUser dapat menghentikan sesi Jupyter yang sedang berjalan dengan klik tombolDelete
|
Pelaporan Kendala dan Support
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
---
Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:
support@efisonlt.com