Komputasi Python dengan Conda Environment (Mandiri): Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(memisah instalasi package dengan manajemen lainnya)
(melengkapi hyperlink)
Baris 41: Baris 41:
|-
|-
!2
!2
!'''<big><nowiki>[ 3 ]</nowiki></big>'''
!'''<big>[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Komputasi_Python_dengan_Conda_Environment_(Mandiri)#3._Aktivasi_Conda_Env_dan_Instalasi_Package <nowiki>[ 3 ]</nowiki>]</big>'''
|Mengaktifkan conda env dan melakukan instalasi package di dalamnya.
|Mengaktifkan conda env dan melakukan instalasi package di dalamnya.
|-
|-
!3A
!3A
!<big><nowiki>[ 4 ]</nowiki></big>
!<big>[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Komputasi_Python_dengan_Conda_Environment_(Mandiri)#4._Instalasi_Package_Python_versi_CUDA? <nowiki>[ 4 ]</nowiki>]</big>
|Pengecekan bagi yang menginstal package Python versi CUDA.
|Pengecekan bagi yang menginstal package Python versi CUDA.
|-
|-
!3B
!3B
!<big>[ 5 ]</big>
!<big>[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Komputasi_Python_dengan_Conda_Environment_(Mandiri)#5._(Opsional)_Manajemen_Conda_Env <nowiki>[ 5 ]</nowiki>]</big>
|''Opsional, manajemen conda env yang sekiranya berguna.''
|''Opsional, manajemen conda env yang sekiranya berguna.''
|-
|-
!4
!4
!'''<big>[ 6 ]</big>'''
!'''<big>[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Komputasi_Python_dengan_Conda_Environment_(Mandiri)#6._Pilihan_Menjalankan_Komputasi <nowiki>[ 6 ]</nowiki>]</big>'''
|Menjalankan komputasi dengan pilihan:  
|Menjalankan komputasi dengan pilihan:  


* '''<big>[ 6.1 ]</big>''' batch job
* '''<big>[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Komputasi_Python_dengan_Conda_Environment_(Mandiri)#6.1._Batch_Job <nowiki>[ 6.1 ]</nowiki>]</big>''' batch job
* '''<big>[ 6.2 ]</big>''' sesi Jupyter Notebook / Lab
* '''<big>[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Komputasi_Python_dengan_Conda_Environment_(Mandiri)#6.2._Sesi_Jupyter <nowiki>[ 6.2 ]</nowiki>]</big>''' sesi Jupyter Notebook / Lab
|-
|-
!5
!5
!<big>[ 7 ]</big>
!<big>[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Komputasi_Python_dengan_Conda_Environment_(Mandiri)#7._Pelaporan_Kendala_dan_Support <nowiki>[ 7 ]</nowiki>]</big>
|Support apabila menemui masalah.
|Support apabila menemui masalah.
|}
|}
Baris 227: Baris 227:
|-
|-
|'''Apabila melakukan instalasi package versi CUDA:'''  
|'''Apabila melakukan instalasi package versi CUDA:'''  
* Lihat subbab [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Komputasi_Python_dengan_Conda_Environment#4._Instalasi_Package_Python_versi_GPU_/_CUDA? '''<big><nowiki>[ 4 ]</nowiki></big>''']
* Lihat subbab '''<big>[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Komputasi_Python_dengan_Conda_Environment_(Mandiri)#4._Instalasi_Package_Python_versi_CUDA? <nowiki>[ 4 ]</nowiki>]</big>'''
|-
|-
!<big><code>-/ 6 /-</code></big>
!<big><code>-/ 6 /-</code></big>
Baris 266: Baris 266:


== '''''5. <small>(Opsional)</small> Manajemen Conda Env''''' ==
== '''''5. <small>(Opsional)</small> Manajemen Conda Env''''' ==
Berikut adalah daftar manajemen conda env yang sekiranya berguna, mencakup:  
Berikut adalah daftar manajemen conda env yang sekiranya berguna:  
 
* '''<big>[ 5.1 ]</big>''' - Menghapus cache conda dan package
* '''<big>[ 5.2 ]</big>''' - Menghapus conda environment
* '''<big>[ 5.3 ]</big>''' - Manajemen lainnya


''<small><code>(klik expand / kembangkan)</code></small>''
''<small><code>(klik expand / kembangkan)</code></small>''
Baris 333: Baris 329:
Berikut opsi menjalankan komputasi Python dengan conda env, pilih sesuai kebutuhan:  
Berikut opsi menjalankan komputasi Python dengan conda env, pilih sesuai kebutuhan:  


* '''<big>[ 6.1 - Batch Job ]</big>'''
* '''<big>[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Komputasi_Python_dengan_Conda_Environment_(Mandiri)#6.1._Batch_Job <nowiki>[ 6.1 - Batch Job ]</nowiki>]</big>'''
** '''Menjalankan script Python siap jalan tanpa interaksi user di [<nowiki/>[[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|Compute node]]].'''
** '''Menjalankan script Python siap jalan tanpa interaksi user di [<nowiki/>[[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|Compute node]]].'''
*** [[Berkas:GMB warning wololo.png|nirbing|40x40px]] ''Perhatikan '''file <code>.ipynb</code>''' harus dikonversi ke '''file <code>.py</code>'''.''
*** [[Berkas:GMB warning wololo.png|nirbing|40x40px]] ''Perhatikan '''file <code>.ipynb</code>''' harus dikonversi ke '''file <code>.py</code>'''.''
Baris 344: Baris 340:
***''Job tidak akan berhenti ketika koneksi user terputus, atau''
***''Job tidak akan berhenti ketika koneksi user terputus, atau''
***''user keluar (log out) dari ALELEON.''
***''user keluar (log out) dari ALELEON.''
* '''<big>[ 6.2 - Sesi Jupyter ]</big>'''
* '''<big>[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Komputasi_Python_dengan_Conda_Environment_(Mandiri)#6.2._Sesi_Jupyter <nowiki>[ 6.2 - Sesi Jupyter ]</nowiki>]</big>'''
** '''Menjalankan sesi interaktif Jupyter Lab atau Notebook di [<nowiki/>[[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Interactive%20Node|interactive node]]].'''
** '''Menjalankan sesi interaktif Jupyter Lab atau Notebook di [<nowiki/>[[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Interactive%20Node|interactive node]]].'''
** '''Sesi Jupyter akan berhenti ketika:'''
** '''Sesi Jupyter akan berhenti ketika:'''
Baris 485: Baris 481:
[[Berkas:GMB GPU icon.png|nirbing|100x100px]]
[[Berkas:GMB GPU icon.png|nirbing|100x100px]]
|-
|-
|[[Berkas:GMB warning wololo.png|nirbing|40x40px]]'''Apakah perlu memuat modul CUDA <big><nowiki>[ Subbab 4 ]</nowiki></big>?'''
|[[Berkas:GMB warning wololo.png|nirbing|40x40px]]'''Apakah perlu memuat modul CUDA <big>[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Komputasi_Python_dengan_Conda_Environment_(Mandiri)#4._Instalasi_Package_Python_versi_CUDA? <nowiki>[ Subbab 4 ]</nowiki>]</big>?'''
*'''''Apabila butuh''''', isi nama modul CUDA pada script sebagai berikut:
*'''''Apabila butuh''''', isi nama modul CUDA pada script sebagai berikut:
  ...
  ...
Baris 753: Baris 749:
|-
|-
|[[Berkas:GMB warning wololo.png|nirbing|40x40px]] '''Bagi yang memilih template GPU:'''
|[[Berkas:GMB warning wololo.png|nirbing|40x40px]] '''Bagi yang memilih template GPU:'''
* Apakah perlu memuat modul CUDA '''<big><nowiki>[ Subbab 4 ]</nowiki></big>?'''
* Apakah perlu memuat modul CUDA '''<big>[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Komputasi_Python_dengan_Conda_Environment_(Mandiri)#4._Instalasi_Package_Python_versi_CUDA? <nowiki>[ Subbab 4 ]</nowiki>]</big>?'''
*'''''Apabila butuh''''', isi nama modul CUDA pada script sebagai berikut:
*'''''Apabila butuh''''', isi nama modul CUDA pada script sebagai berikut:


Baris 988: Baris 984:
|[[Berkas:GMB warning wololo.png|nirbing|40x40px]] Bagi user yang memilih '''partition tilla''':
|[[Berkas:GMB warning wololo.png|nirbing|40x40px]] Bagi user yang memilih '''partition tilla''':


* Apakah perlu memuat modul CUDA '''<big><nowiki>[ Subbab 4 ]</nowiki></big>?'''
* Apakah perlu memuat modul CUDA '''<big>[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Komputasi_Python_dengan_Conda_Environment_(Mandiri)#4._Instalasi_Package_Python_versi_CUDA? <nowiki>[ Subbab 4 ]</nowiki>]</big>?'''
* '''''Apabila butuh''''', isi form ini dengan nama modul CUDA.
* '''''Apabila butuh''''', isi form ini dengan nama modul CUDA.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"

Revisi per 3 Juli 2025 14.31

Logo Python Anaconda Mamba ALELEON tp.png

Halaman ini menjelaskan menjalankan komputasi / aplikasi Python dengan conda environment (conda env) di ALELEON Supercomputer yang dibuat secara mandiri oleh user termasuk instalasi package di dalamnya.

Laman ini merupakan bagian laman [Komputasi Python]

0. Standar Kompetensi dan Spesifikasi

Tutorial ini mengasumsikan user:

  1. Berpengalaman dalam instalasi environment dan package Python.
  2. Memahami konteks instalasi mandiri untuk kebebasan kostumisasi tersendiri.

Spesifikasi

  • Tutorial ini memandu membuat conda environment dengan site-packages yang terisolasi di dalamnya.
  • Pembuatan conda env dan instalasi package mengkonsumsi storage HOME user.
    • Pantau konsumsi storage HOME dengan perintah $ ncdu $HOME
  • Tutorial ini menggunakan keterangan simbol perintah terminal:
$ Perintah ketika conda env tidak aktif
(env)$ Perintah ketika conda env aktif

1. Langkah Menjalankan Komputasi

No Subbab Langkah
1 [ 2 ] Buat conda env untuk menampung instalasi package.
2 [ 3 ] Mengaktifkan conda env dan melakukan instalasi package di dalamnya.
3A [ 4 ] Pengecekan bagi yang menginstal package Python versi CUDA.
3B [ 5 ] Opsional, manajemen conda env yang sekiranya berguna.
4 [ 6 ] Menjalankan komputasi dengan pilihan:
5 [ 7 ] Support apabila menemui masalah.

2. Membuat Conda Environment

ALELEON Supercomputer menyediakan pilihan Python Package Manager (PPM) berikut untuk membuat conda env. Pilih sesuai preferensi user:

  • Anaconda: PPM Python paling banyak digunakan dan saat ini menjadi standar industri.
  • Mamba: PPM Python alternatif Anaconda versi open-source komunitas.

(klik expand / kembangkan)

- Langkah Membuat conda env -
EOD Apps Shell full.png
Menggunakan terminal!
  • User EFIRO klik app Aleleon Shell Access
  • atau menu Apps > Aleleon Shell Access
-/ 1 /-
Pilih dan aktifkan modul PPM untuk membuat conda env:
  • Ingat atau catat modul PPM yang dipakai.
  • Kedepannya digunakan untuk mengaktifkan conda env ini.
$ module load [nama-modul-anaconda-atau-mamba]
- Nama modul Anaconda3 -

Anaconda transparent logo.png

Versi Nama Modul Versi Py default
2024-02-1 Anaconda3/2024.02-1 3.11.7
2023.07-2 Anaconda3/2023.07-2 3.11.4
2022.05 Anaconda3/2022.05 3.9.12
2021.05 Anaconda3/2021.05 3.8.8
2020.11 Anaconda3/2020.11 3.8.5
- Nama modul Mamba -

Mamba transparent logo.png

23.11.0-0 Mamba/23.11.0-0 3.10.13
Saran sebelum langkah 2 ...
Pilih nama conda env yang mengandung unsur nama modul:
  • Untuk mengingat modul yang digunakan.
  • Contoh user memilih modul Anaconda3/2024-02-1
    • Gunakan nama conda env seperti A2024-skripsi
-/ 2 /-
Buat conda env dengan opsi:
2A - Conda env kosong dengan Python versi tertentu, apabila:
  • Hendak melakukan instalasi salah satu package berikut:
Package Python dengan kebutuhan versi Python spesifik
Package Versi Python
TensorFlow Lihat [TensorFlow Tested Build Configurations]
PyTorch 3.9 - 3.12
AutoGluon 3.9 - 3.12 
- Anaconda
$ conda create -n [nama-conda-env] python=[versi]

- Mamba
$ mamba create -n [nama-conda-env] python=[versi]

Contoh dengan Python 3.10 
$ conda create -n skripsi python=3.10
2B - Conda env kosong dengan Python versi 3.12.
  • Rekomendasi admin untuk versi Python terstabil saat ini.
- Anaconda
$ conda create -n [nama-conda-env] python=3.12

- Mamba
$ mamba create -n [nama-conda-env] python=3.12
2C - Conda env dengan file "resep" konfigurasi yml
  • File yml disediakan user sendiri.
- Anaconda
$ conda create -f [nama-file-yml].yml

- Mamba
$ mamba create -f [nama-file-yml].yml
---

3. Aktivasi Conda Env dan Instalasi Package

GMB warning wololo.png Ada baiknya user melengkapi instalasi package sebelum menjalankan komputasi karena:

  1. Batch job -> supaya script Python berjalan tanpa error missing package.
  2. Sesi Jupyter -> untuk efisiensi penggunaan karena terkadang ada package yang membutuhkan waktu lama untuk instalasi.

Langkah berikut berjalan di login node dan tidak mengkonsumsi Core Hour.

- Mengaktifkan dan Instalasi Package Conda Env -
EOD Apps Shell full.png
Menggunakan terminal!
  • User EFIRO klik app Aleleon Shell Access
  • atau menu Apps > Aleleon Shell Access
-/ 1 /-
Muat modul PPM yang digunakan untuk membuat conda env: 
$ module load [nama-modul-anaconda-atau-mamba]
-/ 2 /-
Aktifkan conda env dengan perintah source: 
$ source activate [nama-conda-env]

- Apabila lupa nama conda env, cari dengan:
$ conda env list
-/ 3 /-
Lakukan instalasi package Python yang dibutuhkan:
-/ 4 /-
Untuk user yang hendak menggunakan sesi Jupyter

EOD Apps Jupyter icon.png

Instal package: 
(env)$ pip install jupyter jupyterlab
-/ 5 /-
Apabila melakukan instalasi package versi CUDA:
-/ 6 /-
Apabila hendak menonaktfkan conda env: 
(env)$ conda deactivate

4. Instalasi Package Python versi CUDA?

Perhatikan hal berikut apabila user menginstal package Python versi CUDA dan hendak menggunakan compute / interactive node GPU:

  1. Package membutuhkan jenis dan versi library NVIDIA sesuai seperti CUDA, cuDNN untuk dapat berjalan di GPU NVIDIA.
  2. Umumnya (walau tidak semua) package Python CUDA saat ini juga menginstal package NVIDIA yang dibutuhkan.
  3. Berikut metode mengecek dan melengkapi library NVIDIA yang dibutuhkan package:
- Melanjutkan langkah 5 di atas -
-/ 5A /-
Cek ketersediaan library CUDA di conda env: 
- Apabila instal package dengan pip
(env)$ pip list | awk /cuda/

- Apabila instal package dengan conda
(env)$ conda list | awk /cuda/
Ada output
Conda env siap digunakan.
  • User tidak perlu memuat modul CUDA.
Tidak ada output
User harus memuat modul CUDA ketika menjalankan job:
  • Perhatikan versi CUDA yang dibutuhkan package.
  • Langkah ada pada tutorial menjalankan komputasi.

5. (Opsional) Manajemen Conda Env

Berikut adalah daftar manajemen conda env yang sekiranya berguna:

(klik expand / kembangkan)

5.1. Menghapus Cache Conda dan Package

Pembuatan conda env dan instalasi package Python juga mengeluarkan file cache yang apabila dibiarkan akan menumpuk dan menghabiskan ruang storage HOME. User dapat berkala membersihkan cache ini.

- Menghapus cache conda dan package -
-/ 1 /-
Muat modul PPM yang digunakan untuk membuat conda env: 
$ module load [nama-modul-anaconda-atau-mamba]
-/ 2 /-
Pilih opsi: 
- Menghapus index dan cache package conda.
- Tidak mempengaruhi conda env dan package 
- di dalamnya.
$ conda clean --all

- Menghapus semua cache pip
$ pip cache purge

5.2. Menghapus Conda Environment

Apabila merasa tidak dibutuhkan, user dapat menghapus conda environment dimana juga meluangkan storage HOME.

- Menghapus conda environment -
-/ 1 /-
Muat modul PPM yang digunakan untuk membuat conda env: 
$ module load [nama-modul-anaconda-atau-mamba]
-/ 2 /-
Hapus conda env dengan: 
$ conda remove -n [nama-conda-env] --all

5.3. Manajemen Conda Environment Lainnya

Berikut manajemen conda yang sekiranya berguna:

- Manajemen conda environment lainnya - 
- Mengganti nama conda env
$ conda rename -n [nama-conda-env-saat-ini] [nama-conda-env-baru]

- Menduplikat conda env yang ada
$ conda create -n [nama-conda-duplikat] --clone [nama-conda-env-yang-ada]

- Membuat file konfigurasi yml dari conda env yang aktif
(env)$ conda env create -f [nama-file-yml].yml

6. Pilihan Menjalankan Komputasi

Berikut opsi menjalankan komputasi Python dengan conda env, pilih sesuai kebutuhan:

  • [ 6.1 - Batch Job ]
    • Menjalankan script Python siap jalan tanpa interaksi user di [Compute node].
      • GMB warning wololo.png Perhatikan file .ipynb harus dikonversi ke file .py.
      • Job dijalankan oleh manajemen Slurm, user menunggu hingga selesai.
    • Batch job akan berhenti ketika:
      • Program komputasi selesai berjalan.
      • Program komputasi menyentuh limit waktu yang ditentukan user.
      • Program menjumpai error sehingga selesai prematur.
    • Koneksi user tidak mempengaruhi jalannya batch job:
      • Job tidak akan berhenti ketika koneksi user terputus, atau
      • user keluar (log out) dari ALELEON.
  • [ 6.2 - Sesi Jupyter ]
    • Menjalankan sesi interaktif Jupyter Lab atau Notebook di [interactive node].
    • Sesi Jupyter akan berhenti ketika:
      • Waktu sesi habis.
      • Sesi dihentikan secara manual oleh user.
      • Sesi menjumpai error sehingga selesai prematur.
    • Koneksi user tidak mempengaruhi jalannya sesi Jupyter, contoh:
      • Sesi tidak akan berhenti ketika koneksi user terputus, atau
      • user keluar (log out) dari ALELEON.
    • Ketika user keluar dari sesi Jupyter saat cell berjalan dan kembali masuk:
      • Bisa jadi cell tsb. tidak menampilkan proses jalannya komputasi.
      • Lihat cell berikutnya apakah belum / sedang / sudah selesai berjalan.

---

6.1. Batch Job

Menjalankan script Python siap jalan tanpa interaksi user di [Compute node]..

  • GMB warning wololo.png Perhatikan file .ipynb harus dikonversi ke file .py.
  • Job dijalankan oleh manajemen Slurm, user menunggu hingga selesai.

(klik expand / kembangkan)

- Langkah Batch Job di Terminal -

Sbatch terminal display rev2.png

Tutorial ini mengasumsikan user familiar dengan terminal Linux
EOD Apps Shell full.png
Menggunakan terminal!
  • User EFIRO klik app Aleleon Shell Access
  • atau menu Apps > Aleleon Shell Access
-/ 0 /-
Apakah bisa menjalankan job?
User dengan Kredit Core Hour disarankan cek kuota terlebih dulu: 
$ sausage
-/ 1 /-
Lakukan persiapan:
1A - Pastikan package lengkap pada conda env yang akan digunakan:
  • Package tidak lengkap akan menyebabkan job gagal berjalan.

1B - Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:

1C -GMB warning wololo.png Memastikan batch job memuat conda env dengan benar: 

1 - Nonaktifkan conda env di terminal apabila aktif:
(env)$ conda deactivate
 
2 - Nonaktifkan modul Package Python:
$ ml unload Anaconda Mamba

Apabila ada pesan ini, abaikan:
 the module ... cannot be unloaded because it was not loaded
-/ 2A /-
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi:
  • Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
  • Biasanya submit script berada satu folder dengan file komputasi.
$ nano submit.sh
atau vim
Contoh template Submit Script:
  • Ikuti petunjuk NOTES dan alur script di dalamnya.

Klik expand / kembangkan

- Template submit script Conda Environment versi CPU -

GMB CPU icon.png 

#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# Python dengan Conda Environment (CPU) | rev.210125
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Pastikan user sudah melengkapi conda environment.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH dan file input
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log
#SBATCH --error=error-%j.txt

# Input nama modul package manager yang digunakan untuk membuat
# conda env user. Daftar nama:
# Anaconda3/2020.11   || Anaconda3/2021.05   || Anaconda3/2022.05 ||
# Anaconda3/2023.07-2 || Anaconda3/2024.02-1 || Mamba/23.11.0-0   ||
PM="////"

# Nama conda environment yang digunakan
CONDA_NAME="////"

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Memuat modul
module load ${PM}

# Mengaktifkan Conda Environment
source activate ${CONDA_NAME}

# Tuliskan perintah menjalankan komputasi Python user
# contoh -> python3 [nama-file-python]
////
- Template submit script conda environment versi GPU -

GMB GPU icon.png

GMB warning wololo.pngApakah perlu memuat modul CUDA [ Subbab 4 ]?
  • Apabila butuh, isi nama modul CUDA pada script sebagai berikut:
...
module load ${PM}
module load [Nama-modul-CUDA]
...
- Daftar modul CUDA ALELEON -
Versi CUDA Nama modul CUDA
11.2 cuda/11.2-cuDNN8.1.1
11.6 cuda/11.6-cuDNN8.3.3
11.8 cuda/11.8-cuDNN8.6.0
12.0 cuda/12.0-cuDNN8.7.0
12.1 cuda/12.1-cuDNN8.8.1
12.3 cuda/12.3-cuDNN8.9.6
12.4 cuda/12.4-cuDNN9.2.1
12.5 cuda/12.5-cuDNN9.2.1
Permintaan instalasi CUDA versi lain:
  • Hubungi tim admin di support@efisonlt.com
--- 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# Python dengan Conda Environment (GPU) | rev.210125
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Pastikan user sudah melengkapi conda environment.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH dan file input
# -----------------------------------------------------

# Partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log
#SBATCH --error=error-%j.txt

# Input nama modul package manager yang digunakan untuk membuat
# conda env user. Daftar nama:
# Anaconda3/2020.11   || Anaconda3/2021.05   || Anaconda3/2022.05 ||
# Anaconda3/2023.07-2 || Anaconda3/2024.02-1 || Mamba/23.11.0-0   ||
PM="////"

# Nama conda environment yang digunakan
CONDA_NAME="////"

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Memuat modul
module load ${PM} 

# Mengaktifkan Conda Environment
source activate ${CONDA_NAME}

# Tuliskan perintah menjalankan komputasi Python user
# contoh -> python3 [nama-file-python]
////
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [Slurm Jojo]
-/ 2B /-
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) punya limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan [Fair Usage Limit]
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-python

GMB warning wololo.png Note untuk saat ini:

  • Jalankan ketika tidak ada job user yang berjalan atau antri.
  • Sementara berlaku untuk akun perseorangan saja.
-/ 3 /-
Jalankan job dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
-/ 4 /-
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah: 
$ squeue -ul $USER
  • Apabila tidak ada di squeue artinya job bersangkutan telah berakhir.
  • Job berakhir ketika:
    • Komputasi selesai atau ada error sehingga selesai prematur.
    • Job menyentuh walltime yang didefinisikan user di SBATCH time.
Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job:
STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat [Daftar Job Reason]
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
-/ 5 /-
User dapat memantau file output dengan perintah Unix seperti:
  • ls, cat, more, tail, dll
-/ 6 /-
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231
---
- Langkah Batch Job di web EFIRO -

Efiro jobcomposer display.png

-/ 0 /-
Apakah bisa menjalankan job?
User dengan Kredit Core Hour disarankan cek kuota terlebih dulu:
  1. Buka menu Apps > Aleleon Shell Access
  2. Jalankan:
$ sausage
-/ 1 /-
[Login ke web EFIRO] ALELEON Supercomputer.
-/ 2 /-
EOD Apps Job Composer full.png Klik app Job Composer di homepage EFIRO.
  • atau menu Apps > Job Composer
Jcnewjobmarked.pngPilih menu New Job > From Template
-/ 3 /-
Buat ruang job untuk menjalankan komputasi:
Pilih template Anaconda Python yang diinginkan:
Nama Template Penjelasan
Conda Environment Python (CPU) Menjalankan conda env pada CPU
Conda Environment Python (GPU) Menjalankan conda env pada GPU
Kemudian Isi Job Name dan klik Create New Job

Jctemplate-2.png

-/ 4 /-
Lakukan persiapan:
4A - Pastikan package lengkap pada conda env yang akan digunakan:
  • Package tidak lengkap akan menyebabkan job gagal berjalan.
  • Akses terminal apabila butuh via menu Open Terminal

4B - Siapkan file komputasi yang dibutuhkan di ruang job:

  • Pastikan ruang job yang dipilih adalah yang akan digunakan.
  • Upload / download / edit file via menu Edit Files
  • Upload / download file tunggal diatas 2GB gunakan [software FTP]

JC job menu.png

-/ 5A /-
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor
  • Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Ikuti petunjuk NOTES dan alur script di dalamnya.
  • Klik Save setiap kali mengubah script.

GMB warning wololo.png Bagi yang memilih template GPU:
  • Apakah perlu memuat modul CUDA [ Subbab 4 ]?
  • Apabila butuh, isi nama modul CUDA pada script sebagai berikut:
...
module load ${PM}
module load [Nama-modul-CUDA]
...
- Daftar modul CUDA ALELEON -
Versi CUDA Nama modul CUDA
11.2 cuda/11.2-cuDNN8.1.1
11.6 cuda/11.6-cuDNN8.3.3
11.8 cuda/11.8-cuDNN8.6.0
12.0 cuda/12.0-cuDNN8.7.0
12.1 cuda/12.1-cuDNN8.8.1
12.3 cuda/12.3-cuDNN8.9.6
12.4 cuda/12.4-cuDNN9.2.1
12.5 cuda/12.5-cuDNN9.2.1
Permintaan instalasi CUDA versi lain:
  • Hubungi tim admin di support@efisonlt.com
---
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [Slurm Jojo]
-/ 5B /-
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) punya limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan [Fair Usage Limit]
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-python

GMB warning wololo.png Note untuk saat ini:

  • Jalankan ketika tidak ada job user yang berjalan atau antri.
  • Sementara berlaku untuk akun perseorangan saja.
-/ 6 /-
Jalankan job dengan klik tombol Submit

  • Job berakhir (Status completed) ketika:
    • Komputasi selesai atau ada error sehingga selesai prematur.
    • Job menyentuh walltime yang didefinisikan user di SBATCH time.
Kolom Status menunjukkan status jalannya job:
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti karena error atau di stop user.
Melihat alasan job yang queue:
Active Jobs detail.png
  • Buka menu Apps > Active Jobs
  • Ubah opsi All Jobs ke Your Jobs.
  • Klik simbol > pada job status pending dan lihat kolom Reason.
  • Arti reason lihat laman [Daftar Job Reason ALELEON]
-/ 7 /-
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
  • Atau dengan membuka menu Edit Files
Kolom Folder Contents
-/ 8 /-
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, klik Stop
-/ 9 /-
Untuk menghapus ruang job dan datanya:
  • Pilih ruang job yang akan dihapus.
  • Perhatikan opsi ini juga menghapus data di ruang job tersebut.
  • Klik menu Delete

JC delete menu.png

---

6.2. Sesi Jupyter

Menjalankan sesi interaktif Jupyter Lab atau Notebook di [interactive node].

(klik expand / kembangkan)

- Langkah Sesi Jupyter -

Efiro jupyter display.png

-/ 1 /-
[Login ke web EFIRO] ALELEON Supercomputer.
-/ 2 /-
Lakukan persiapan sebelum sesi Jupyter:
Untuk efisiensi sesi terkait batasan waktu dan konsumsi Core Hour:
  • Lengkapi instalasi package pada conda env yang akan dipakai.
    • GMB warning wololo.png Pastikan package jupyter dan jupyterlab telah terinstal.
  • Upload file besar lihat [Upload / Download File HOME]
    • Direktori standar sesi Jupyter adalah $HOME user.
-/ 3 /-
New Pinnedapps jupyter.png Klik app Jupyter di homepage EFIRO.
  • atau menu Apps > Jupyter
-/ 4 /-
Isi formulir untuk memulai sesi Jupyter dengan panduan berikut:
Choose Jupyter version
Pilih sesuai preferensi user, Jupyter Lab atau Notebook
Partition
Pilih sesuai kebutuhan:
  • torti -> interactive node CPU GMB CPU icon.png
  • tilla -> interactive node GPU GMB GPU icon.png
Number of CPU thread(s)
Alokasi core CPU, range 2 - 32
Amount of memory/RAM (GB)
Alokasi RAM dalam satuan GB, range 1 - 64
Number of GPUs (apabila pilih partition tilla)
Jumlah GPU, isi angka 1
Number of hours
Waktu maksimal sesi Jupyter, range 1 - 72
GMB warning wololo.png Apakah bisa menjalankan sesi Jupyter?
Form CPU, GPU, dan hours punya limit berdasarkan:

Untuk melihat limit:

  • Buka menu Apps > Aleleon Shell Access
  • Jalankan perintah:
$ sausage
  • Ketentuan sesi Jupyter dapat berjalan:
sisa CCH > number of CPU threads X number of hours
sisa GH > number of GPU X number of hours
Choose how to launch Jupyter
Pilih Anaconda/Mamba
Choose Anaconda/Mamba version
Pilih versi yang digunakan untuk membuat conda env user.
Conda/Mamba environment directory
Isi nama conda env user, contoh: skripsi
Software Modules
Memuat modul software diluar conda env user , isi apabila ada.
GMB warning wololo.png Bagi user yang memilih partition tilla:
  • Apakah perlu memuat modul CUDA [ Subbab 4 ]?
  • Apabila butuh, isi form ini dengan nama modul CUDA.
- Daftar modul CUDA ALELEON -
Versi CUDA Nama modul CUDA
11.2 cuda/11.2-cuDNN8.1.1
11.6 cuda/11.6-cuDNN8.3.3
11.8 cuda/11.8-cuDNN8.6.0
12.0 cuda/12.0-cuDNN8.7.0
12.1 cuda/12.1-cuDNN8.8.1
12.3 cuda/12.3-cuDNN8.9.6
12.4 cuda/12.4-cuDNN9.2.1
12.5 cuda/12.5-cuDNN9.2.1
Permintaan instalasi CUDA versi lain:
  • Hubungi tim admin di support@efisonlt.com
---
Environment setup
Memuat environment variable, isi apabila ada.
Additional Jupyter arguments
Memuat argumen tambahan Jupyter, isi apabila ada.
Email address
Notifikasi email untuk status mulai dan selesainya Jupyter.
  • Isi apabila berkenan.
-/ 5 /-
Klik tombol Launch untuk memulai sesi Jupyter:
  • User akan diarahkan ke halaman My Interactive Sessions
  • Tunggu hingga sesi Jupyter siap diakses.

Jupyternotebookqueue.png

-/ 6 /-
Apabila status Running, klik tombol Connect to Jupyter
  • GMB warning wololo.png Sistem mulai menghitung Core Hour!
  • Sesi akan terus berjalan selama waktu sesi masih ada.
  • Untuk menghentikan sesi yang running, klik tombol Cancel

Newjupyter120124.png

-/ 7 /-
Gunakan kernel Python 3 (ipykernel) untuk sesi Jupyter.
-/ 8 /-
Sesi Jupyter tidak terputus ketika:
  • Koneksi user terputus saat sesi Jupyter.
  • User keluar / log out dari sesi Jupyter dan web EFIRO.

User dapat mengunjungi sesi Jupyter yang sedang berjalan pada:

  • Menu My Interactive Sessions
  • Kolom Active interactive sessions di homepage EFIRO.

GMB warning wololo.png Ketika user keluar saat ada cell berjalan dan kembali masuk:

  • Bisa jadi cell tersebut tidak menampilkan proses jalannya komputasi.
  • Lihat cell berikutnya apakah belum / sedang / selesai berjalan.
---

7. Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com

Kontributor

EFISON turut mengucapakan terima kasih spesial kepada:

  1. [Sadasa Aacademy] untuk pengujian semua tutorial di laman ini.
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Komputasi_Python_dengan_Conda_Environment_(Mandiri)&oldid=2022"