DFTB+: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(→‎Terminal - SLURM sbatch: membuat script non-collapsible)
(overhaul wiki dftb 120124)
Baris 28: Baris 28:
|}
|}


== '''Pilihan MPI atau Threading OpenMP pada DFTB+ versi CPU''' ==
== '''Pilihan MPI atau Threading OpenMP untuk Menjalankan DFTB+''' ==
DFTB+ secara default berjalan dengan paralelisasi OpenMP (OMP). Sementara itu DFTB+ pada ALELEON Supercomputer dicompile dengan MPI sehingga dapat berjalan dengan paralelisasi hybrid MPI/OMP. ALELEON Supercomputer menyerahkan keputusan kepada user untuk memilih metode paralelisasi tersebut melalui konfigurasi pada SLURM Submit Script ''(lihat subbab Menjalankan DFTB+ di Compute Node)'':
DFTB+ secara default berjalan dengan paralelisasi OpenMP (OMP). Sementara itu DFTB+ pada ALELEON Supercomputer dicompile dengan MPI sehingga dapat berjalan dengan paralelisasi hybrid MPI/OMP. ALELEON Supercomputer menyerahkan keputusan kepada user untuk memilih metode paralelisasi tersebut melalui konfigurasi pada SLURM Submit Script ''(lihat subbab Menjalankan DFTB+ di Compute Node)'':
* SBATCH ntasks mewakili jumlah task MPI sedangkan SBATCH cpus-per-task mewakili jumlah thread OMP.
* SBATCH ntasks mewakili jumlah task MPI sedangkan SBATCH cpus-per-task mewakili jumlah thread OMP.
Baris 53: Baris 53:
  '''#SBATCH --cpus-per-task='''''<isi-sesuai-keinginan>''
  '''#SBATCH --cpus-per-task='''''<isi-sesuai-keinginan>''


== '''Menjalankan DFTB+ di Compute Node''' ==
== '''Menyiapkan File Slaster-Koster (SK)''' ==
User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui tampilan terminal atau GUI web EFIRO.
File input DFTB+ membutuhkan file '''Slater-Koster (SK)''' pada bagian Hamiltonian yang bisa didapatkan pada tautan berikut. File dalam format .tar sehingga perlu di ekstrak.
===Mengecek Kredit Core Hour bagi Akun Perseorangan===
* [https://dftb.org/parameters/download '''Halaman utama Download File SK''']
User dengan akun perseorangan disarankan untuk selalu mengecek sisa Kredit Core Hour sebelum melakukan job submission dengan menjalankan perintah pada terminal:
* [https://dftb.org/parameters/download/all-sk-files '''File SK dalam satu archive''']
$ '''sausage'''
Bagi yang login ke web EFIRO, buka terminal pada menu '''<code>Clusters</code> > <code>Aleleon Shell Access</code>'''
===Terminal - SLURM sbatch===
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]


Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch.
Admin menyarankan menaruh / upload folder SK pada direktori HOME supaya dapat diakses oleh banyak job.
'''$HOME'''''/<folder-file-SK-yang-dibutuhkan>''
Pastikan file input dftb_in.hsd pada bagian Hamiltonian menunjuk direktori file SK spesifik pada HOME tersebut.
== '''Menjalankan DFTB+''' ==
User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO ''(klik expand atau kembangkan)''.
===Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan CP2K via SLURM sbatch
! colspan="2" |Langkah Menjalankan DFTB+ di Terminal
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]
|-
|-
| rowspan="2" |'''0'''
|'''0'''
|Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
|
|-
=====Login SSH=====
|Login dengan SSH:
Tatacara login SSH lihat laman [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_|_Login_SSH '''Login SSH ALELEON Supercomputer'''].  
*User OS Windows dan MacOS -> <code>'''$ ssh <''username''>@aleleon.hpc'''</code>
*User OS Linux -> <code>'''$ ssh <''username''>@10.192.50.10'''</code> 
|-
|-
|'''1'''
|'''1'''
|Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user.
|
*[[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''User dapat melakukan upload / download file dengan bantuan aplikasi FTP''']]  
=====Menyiapkan File Komputasi=====
*Untuk kerapian data, disarankan untuk menaruh satu job pada satu folder tersendiri.  
Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:
*'''File input DFTB+ dftb_in.hsd'''
**Buat / upload file input DFTB+ dengan nama dan format '''<code>dftb_in.hsd</code>'''
**Pastikan bagian Hamiltonian di file input menunjuk direktori file SK yang tepat.
**User dapat upload / download file ke ALELEON dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
*Membuat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
**Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
$ mkdir kerjaanskripsi
$ cd kerjaanskripsi
$ nano my_job_submission.sh
$ nano dftb_in.hsd
''... upload / menyiapkan / edit data input komputasi dll ...''
|-
|-
|'''2'''
| rowspan="2" |'''2'''
|
|
==== File Input dftb_in.hsd ====
=====Template SLURM Submit Script DFTB+=====
Buat / upload file input DFTB+ dengan nama dan format '''dftb_in.hsd.'''
Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.
* File input ini harus ditaruh pada satu direktori dengan SLURM Submit Script ''(langkah 4).''
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script untuk DFTB+
|-
|-
|'''3A'''
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|
#!/bin/bash
==== File Slaster-Koster (SK) ====
 
File input DFTB+ membutuhkan file '''Slater-Koster (SK)''' pada bagian Hamiltonian yang bisa didapatkan pada:
# -----------------------------------------------------
* [https://dftb.org/parameters/download '''Halaman utama Download File SK''']
# Template SLURM Submit Script
* [https://dftb.org/parameters/download/all-sk-files '''File SK dalam satu archive''']
# DFTB+ | rev.080124
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------
 
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------
 
# Alokasi jumlah core thread CPU. mewakili jumlah task MPI
#SBATCH --ntasks=////
 
# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=////
 
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
 
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
 
# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt
 
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
 
# Memuat modul software DFTB+
# Daftar modul lihat subbab "Modul DFTB+" di atas
module load dftbplus////
 
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
 
# Definisi threading OMP
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}


File dalam format .tar sehingga perlu di ekstrak.
# Perintah menjakankan DFTB+
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} dftb+
</syntaxhighlight>
|}
|-
|-
|'''3B'''
|
|Admin menyarankan menaruh / upload folder SK pada direktori HOME supaya dapat diakses oleh banyak job.
=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH =====
'''$HOME'''''/<folder-file-SK-yang-dibutuhkan>''
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
Pastikan file input pada bagian Hamiltonian menunjuk direktori file SK spesifik pada HOME tersebut.
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
|-
|-
|'''4'''
! Skenario Komputasi
|
!(CPU)''<sup>1</sup>''
==== Menjalankan DFTB+ ====
!mem
Buat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job dengan panduan berikut:
(RAM)
* Nama script dibebaskan dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
!gpus
*Buat script pada direktori yang sama dengan file komputasi yang akan dijalankan.
(GPU)
*Ikuti panduan template berikut dan petunjuk pada NOTES di dalamnya.
!time
{| class="wikitable"
(time limit)
! colspan="4" |Panduan nilai maks SBATCH untuk DFTB+''<sup>1</sup>''
|-
|-
!Parameter SBATCH
|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''2''</sup>
!Fair policy usage''<sup>2</sup>''
| 128
!Multi-node MPI<sup>''3''</sup>
| 128GB
!High-mem node
|2
epyc001'''<sup>''4''</sup>'''
| rowspan="3" |3-00:00:00
atau
 
72:00:00
|-
|-
|ntasks (CPU) * cpus-per-task (OMP)
|DFTB+''<sup>3</sup>''
|128
|384
|384
|240GB''<sup>3</sup>''
|0
|-
|DFTB+ di high-mem node
*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
|128
|128
|-
| mem (RAM)
|128GB
|240GB
|500GB
|500GB
|0
|-
|-
|time (time limit)
| colspan="5" | '''''Keterangan:'''''#Adalah nilai '''ntasks * cpus-per-task'''
| colspan="3" |3-00:00:00 atau 72:00:00
#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
#DFTB+ mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
|-
|-
| gpus (GPU)
! colspan="5" |Keterangan tambahan
|2
|0
|0
|}'''Note:'''
#Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
#Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
#*User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi apabila job membutuhkan alokasi lebih.
#*Info lebih detail lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
#DFTB+ mendukung komputasi paralel MPI untuk berjalan ''multi-node'' lebih dari 128 core thread.
#*Info lebih detail lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
#User dapat menggunakan memori RAM hingga '''500GB''' pada node epyc001 saja.
#*Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
{| class="wikitable"
!Template SLURM Submit Script DFTB+
|-
|-
|
| colspan="5" |
#!/bin/bash
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''**SLURM akan menahan job apabila:***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
# -------------------------------------------------------------
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah:
# | Template SLURM Submit Script
  $ '''sausage'''
# | Software        : DFTB+
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]  
# | Update script  r: 06/10/2023
# |
# | NOTES:
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 2. Template ini bersifat referensi.
# |    User dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
# | 3. Panduan menjalankan CP2K di ALELEON lihat:
# |    wiki.efisonlt.com/wiki/DFTB%2B
# -------------------------------------------------------------
# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------
# Alokasi jumlah core thread CPU. mewakili jumlah task MPI
#SBATCH --ntasks=////
# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=////
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
# Alokasi limit waktu menjalankan job.
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
  #SBATCH --time=////
# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
# Memuat modul software DFTB+
# Daftar modul DFTB+ lihat subbab "Modul DFTB+" pada
# wiki.efisonlt.com/wiki/DFTB%2B
  module load dftbplus////
# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------
# Definisi threading OMP
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
# Perintah menjakankan DFTB+
mpirun -np $SLURM_NTASKS dftb+
|}
|}
|-
|-
|'''5'''
|'''3'''
|Jalankan job dengan perintah sbatch.
|
===== Menjalankan Job Komputasi=====
Jalankan job dengan perintah sbatch.
  $ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
  $ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
  $ sbatch my_job_submission.sh
  $ sbatch my_job_submission.sh
|-
|-
|'''6A'''
|'''4A'''
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
*Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
*Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
Baris 225: Baris 231:
|CG
|CG
|COMPLETING
|COMPLETING
|Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
| Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
|-
|-
|CA
|CA
Baris 238: Baris 244:
|SUSPENDED
|SUSPENDED
|Job ditahan oleh admin EFISON
|Job ditahan oleh admin EFISON
|}
|}  
|-
|-
|'''6B'''
|'''4B'''
|Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
|=====Menghentikan Job Komputasi=====
Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
*User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
*User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
Baris 248: Baris 255:
  $ scancel 231
  $ scancel 231
|}
|}
===GUI Web - EFIRO Job Composer===
===Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan DFTB+ di Web EFIRO
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|500x500px]]
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|500x500px]]
Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan CP2K via EFIRO Job Composer
|-
|-
| rowspan="2" |'''0'''
|'''0'''  
|Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
|
|-
=====Login Web EFIRO=====
|Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>''' kemudian masukkan username dan password user.
*[[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
*Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
*Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>''' lalu masukkan username dan password user.
**Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
|-
|-
|'''1'''
|'''1'''
|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>'''
|
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=]]
=====Membuka Job Composer dan Memilih Template Job=====
*Buka menu '''<code>Jobs</code>''' > '''<code>Jobs Composer</code>''' pada dashboard EFIRO.
*Pilih '''<code>New Job</code>''' > '''<code>From Template</code>'''
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|Menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''']][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|220x220px|Menu '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''']]
|-
|-
|'''2'''
|'''2'''
|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>'''
|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|nirbing|600x600px]]
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px]]
*PIlih template DFTB+ yang diinginkan.
|-
* Isi atau ganti kolom '''<code>Job Name</code>''' sesuai keinginan user.
|'''3'''
*Apabila sudah selesai, klik '''<code>Create New Job</code>'''.
|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template DFTB+ yang diinginkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.|400x400px]]
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Template DFTB+ yang tersedia
! colspan="2" |Template DFTB+ yang tersedia
|-
|-
!Nama Template
!Nama Template
!Penjelasan
!Penjelasan  
|-
|-
|DFTB+ 22.2 (CPU)
|DFTB+ 22.2  
|Menjalankan DFTB+ 22.2 versi CPU
|Menjalankan DFTB+ 22.2  
|}
|}
|-
|-
|'''4'''
|'''3'''
|[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]
|
=====Menyiapkan File Komputasi =====
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]


==== File Input dftb_in.hsd ====
Gunakan menu <code>'''Edit Files'''</code> untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.
Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload / membuat file yang dibutuhkan termasuk file input'''.'''
*Buat / upload file input DFTB+ dengan nama dan format '''<code>dftb_in.hsd</code>.'''
*Buat / upload file input DFTB+ dengan nama dan format '''dftb_in.hsd.'''  
**Pastikan bagian Hamiltonian di file input menunjuk direktori file SK yang tepat.
*Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
*Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
*''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''.''
*Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas '''2GB per file'''.
**''Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.''
**Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] untuk upload file tunggal diatas 2GB.
|-
| rowspan="2" |'''4'''
|
===== Melengkapi Submit Script=====
Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.
* Lengkapi Submit Script melalui menu '''<code>Open Editor</code>'''.
* Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
*Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px]]
|-
|-
|'''5A'''
|
|
==== File Slaster-Koster (SK) ====
=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH=====
File input DFTB+ membutuhkan file '''Slater-Koster (SK)''' pada bagian Hamiltonian yang bisa didapatkan pada:
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
* [https://dftb.org/parameters/download '''Halaman utama Download File SK''']
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
* [https://dftb.org/parameters/download/all-sk-files '''File SK dalam satu archive''']
 
File dalam format .tar sehingga perlu di ekstrak.
|-
|-
|'''5B'''
!Skenario Komputasi
|Admin menyarankan untuk upload file SK pada direktori HOME melalui menu '''<code>Files > Home Directory</code>'''
!(CPU)''<sup>1</sup>''
[[Berkas:Homedirefiro.png|nirbing|200x200px]]
! mem
 
(RAM)
Pastikan file input pada bagian Hamiltonian menunjuk direktori file SK spesifik pada HOME tersebut:
!gpus
'''$HOME'''''/<folder-file-SK-yang-dibutuhkan>''
(GPU)
!time
(time limit)
|-
|-
|'''6'''
|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''2''</sup>
|[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px]]
|128
|128GB
|2
| rowspan="3" |3-00:00:00
atau


==== Menjalankan DFTB+ ====
72:00:00
Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).
*''Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.''
*Template ini bersifat referensi, user dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
{| class="wikitable"
! colspan="4" |Panduan nilai maks SBATCH untuk DFTB+''<sup>1</sup>''
|-
|-
!Parameter SBATCH
| DFTB+''<sup>3</sup>''
!Fair policy usage''<sup>2</sup>''
|384
!Multi-node MPI<sup>''3''</sup>
|240GB''<sup>3</sup>''  
!High-mem node
|0
epyc001'''<sup>''4''</sup>'''
|-
|-
|ntasks (CPU) * cpus-per-task (OMP)
|DFTB+ di high-mem node
|128
*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
|384
|128
|128
|500GB
|0
|-
|-
| mem (RAM)
| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''#Adalah nilai '''ntasks * cpus-per-task'''
|128GB
#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
|240GB
#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
|500GB
#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
#DFTB+ mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
|-
|-
|time (time limit)
! colspan="5" |Keterangan tambahan
| colspan="3" |3-00:00:00 atau 72:00:00
|-
|-
| gpus (GPU)
| colspan="5" |
|2
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
|0
**SLURM akan menahan job apabila:
|0
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
|}'''Note:'''
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
#Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu '''<code>Open Terminal</code>''' dan jalankan perintah:
#Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
$ '''sausage'''
#*User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi apabila job membutuhkan alokasi lebih.
[[Berkas:Jcjoboption4.png|nirbing|600x600px]]
#*Info lebih detail lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
#DFTB+ mendukung komputasi paralel MPI untuk berjalan ''multi-node'' lebih dari 128 core thread.
|}
#*Info lebih detail lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
#User dapat menggunakan memori RAM hingga '''500GB''' pada node epyc001 saja.
#*Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
|-
|-
|'''7A'''
|'''5'''
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
|
=====Menjalankan Job Komputasi=====
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
 
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':'''
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+''Penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''
!Status
!Status
!Arti
! Arti
|-
|-
|Not Submitted
|Not Submitted
Baris 367: Baris 385:
|Queue
|Queue
|Job mengantri dan belum berjalan.
|Job mengantri dan belum berjalan.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Langkah melihat status job ketika queue
|-
|Buka <code>'''Jobs > Active Jobs'''</code> pada dashboard EFIRO.
* Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini
[[Berkas:Efiroqueueedit.png|al=|jmpl|''Halaman Active Jobs. Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status  job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].'''''|kiri]]
|}
|-
|-
|Completed
|Completed
Baris 372: Baris 397:
|-
|-
|Failed
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.  
|}
|}
=====Menghentikan Job Komputasi=====
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''<code>Stop</code>'''.
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]
|-
|-
|'''7B'''
|'''6A'''
|Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''.
|
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]
===== Melihat Output Komputasi=====
User dapat melihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
*Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>'''
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]]
|-
|-
|'''8A'''
|'''6B'''
|Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.]]
|User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' dengan mengklik kembali tombol '''<code>Submit</code>'''.  
|-
|'''8B'''
|User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' dengan mengklik kembali tombol '''<code>Submit</code>'''.
|}
|}
=='''Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email'''==
=='''Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email'''==
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada SLURM Submit Script (dapat ditambahkan setelah SBATCH error) apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:<syntaxhighlight lang="bash">
#SBATCH --mail-user='''<''alamat-email-user''>'''
#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>  
#SBATCH --mail-type=begin
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL
#SBATCH --mail-type=end
</syntaxhighlight>SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:
Keterangan:
*BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
*'''mail-user'''
*END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
**Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
*FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
*'''mail-type=begin'''**Notifikasi email yang menginfokan job sudah berjalan.
* TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
*'''mail-type=end'''
*TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.
**Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
**Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari file output SBATCH output dan error job user.
=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi DFTB+, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.


[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]
[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]

Revisi per 12 Januari 2024 04.19

DFTB logo.png

DFTB+ adalah software package yang versatil untuk simulasi mechanical quantum. DFTB+ merupakan software tidak berbayar dengan lisensi GNU Lesser General Public License.

Modul DFTB+

Berikut adalah detail versi DFTB+ yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Versi Nama modul Modul

DEFAULT

Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

22.2 dftbplus/22.2-GCC11.3-AOCL4.0 V V - V V

Pilihan MPI atau Threading OpenMP untuk Menjalankan DFTB+

DFTB+ secara default berjalan dengan paralelisasi OpenMP (OMP). Sementara itu DFTB+ pada ALELEON Supercomputer dicompile dengan MPI sehingga dapat berjalan dengan paralelisasi hybrid MPI/OMP. ALELEON Supercomputer menyerahkan keputusan kepada user untuk memilih metode paralelisasi tersebut melalui konfigurasi pada SLURM Submit Script (lihat subbab Menjalankan DFTB+ di Compute Node):

  • SBATCH ntasks mewakili jumlah task MPI sedangkan SBATCH cpus-per-task mewakili jumlah thread OMP.
#SBATCH --ntasks -> mewakili jumlah task MPI
#SBATCH --cpus-per-task -> mewakili jumlah thread OpenMP
  • Apabila ingin Pure MPI maka isi jumlah SBATCH cpus-per-task dengan 1.
# Pure MPI 
#SBATCH --ntasks=<isi-sesuai-keinginan>
#SBATCH --cpus-per-task=1
  • Apabila ingin Hybrid MPI/OMP maka isi kedua parameter tersebut. Perlu diingat bahwa total core CPU yang digunakan adalah ntasks * cpus-per-task. Contoh berikut menggunakan 2 proses MPI dan 4 thread OMP per MPI sehingga total menggunakan 8 core CPU:
# Hybrid MPI/OMP, contoh dengan 2 proses MPI dan 4 thread OMP per MPI.
#SBATCH --ntasks=2
#SBATCH --cpus-per-task=4
  • Apabila ingin Pure OMP maka isi jumlah ntasks dengan 1.
# Pure OMP 
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=<isi-sesuai-keinginan>

Menyiapkan File Slaster-Koster (SK)

File input DFTB+ membutuhkan file Slater-Koster (SK) pada bagian Hamiltonian yang bisa didapatkan pada tautan berikut. File dalam format .tar sehingga perlu di ekstrak.

Admin menyarankan menaruh / upload folder SK pada direktori HOME supaya dapat diakses oleh banyak job. 

$HOME/<folder-file-SK-yang-dibutuhkan>

Pastikan file input dftb_in.hsd pada bagian Hamiltonian menunjuk direktori file SK spesifik pada HOME tersebut.

Menjalankan DFTB+

User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO (klik expand atau kembangkan).

Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)

Langkah Menjalankan DFTB+ di Terminal

Sbatch Terminal.png

0
Login SSH

Tatacara login SSH lihat laman Login SSH ALELEON Supercomputer.

1
Menyiapkan File Komputasi

Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:

  • File input DFTB+ dftb_in.hsd
    • Buat / upload file input DFTB+ dengan nama dan format dftb_in.hsd
    • Pastikan bagian Hamiltonian di file input menunjuk direktori file SK yang tepat.
    • User dapat upload / download file ke ALELEON dengan software FTP.
  • Membuat SLURM Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
    • Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh my_job_submission.sh
$ mkdir kerjaanskripsi
$ cd kerjaanskripsi
$ nano my_job_submission.sh
$ nano dftb_in.hsd

... upload / menyiapkan / edit data input komputasi dll ...
2
Template SLURM Submit Script DFTB+

Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.

Template SLURM Submit Script untuk DFTB+ 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# DFTB+ | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU. mewakili jumlah task MPI
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS 
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Memuat modul software DFTB+
# Daftar modul lihat subbab "Modul DFTB+" di atas 
module load dftbplus////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Definisi threading OMP 
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}

# Perintah menjakankan DFTB+
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} dftb+
Panduan Nilai Maksimal SBATCH
Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
Skenario Komputasi (CPU)1 mem

(RAM)

gpus

(GPU)

time

(time limit)

Fair policy usage untuk akumulasi semua job2 128 128GB 2 3-00:00:00

atau

72:00:00

DFTB+3 384 240GB3 0
DFTB+ di high-mem node
  • Tambahkan #SBATCH --nodelist=epyc001
 128 500GB 0
Keterangan:#Adalah nilai ntasks * cpus-per-task
  1. Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
  2. DFTB+ mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
    • SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
    • Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
    • Info detail buka laman MPI ALELEON Supercomputer.
Keterangan tambahan
  • Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:**SLURM akan menahan job apabila:***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
      • gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
    • Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah:
$ sausage
3
Menjalankan Job Komputasi

Jalankan job dengan perintah sbatch. 

$ sbatch <nama-SLURM-Submit-script>

Contoh menjalankan nama script my_job_submission.sh. 

$ sbatch my_job_submission.sh
4A User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
  • Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ squeue -ul $USER

Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:

Daftar STATE squeue SLURM
STATE Kepanjangan Penjelasan
R RUN Job berjalan
PD PENDING Job tertahan, lihat keterangan NODELIST(REASON)
CG COMPLETING Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
CA CANCELED Job dibatalkan oleh user
PR PREEMPETED Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
S SUSPENDED Job ditahan oleh admin EFISON
4B =====Menghentikan Job Komputasi=====

Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.

  • Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
  • User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
$ scancel <job-ID-submission-user>

Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. 

$ scancel 231

Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)

Langkah Menjalankan DFTB+ di Web EFIRO

Efirojobcomposer3.png

0
Login Web EFIRO
1
Membuka Job Composer dan Memilih Template Job
  • Buka menu Jobs > Jobs Composer pada dashboard EFIRO.
  • Pilih New Job > From Template
Menu Jobs > Jobs Composer
Menu New Jobs > From Template
2 Jcselecttemplate3.png
  • PIlih template DFTB+ yang diinginkan.
  • Isi atau ganti kolom Job Name sesuai keinginan user.
  • Apabila sudah selesai, klik Create New Job.
Template DFTB+ yang tersedia
Nama Template Penjelasan
DFTB+ 22.2 Menjalankan DFTB+ 22.2
3
Menyiapkan File Komputasi

Jcjoboption3.png

Gunakan menu Edit Files untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.

  • Buat / upload file input DFTB+ dengan nama dan format dftb_in.hsd.
    • Pastikan bagian Hamiltonian di file input menunjuk direktori file SK yang tepat.
  • Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
  • Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas 2GB per file.
4
Melengkapi Submit Script

Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.

  • Lengkapi Submit Script melalui menu Open Editor.
  • Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
  • Jangan lupa klik Save setiap sekali mengubah script.

Panduan Nilai Maksimal SBATCH
Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
Skenario Komputasi (CPU)1 mem

(RAM)

gpus

(GPU)

time

(time limit)

Fair policy usage untuk akumulasi semua job2 128 128GB 2 3-00:00:00

atau

72:00:00

DFTB+3 384 240GB3 0
DFTB+ di high-mem node
  • Tambahkan #SBATCH --nodelist=epyc001
 128 500GB 0
Keterangan:#Adalah nilai ntasks * cpus-per-task
  1. Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
  2. DFTB+ mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
    • SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
    • Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
    • Info detail buka laman MPI ALELEON Supercomputer.
Keterangan tambahan
  • Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:
    • SLURM akan menahan job apabila:
      • ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
      • gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
    • Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu Open Terminal dan jalankan perintah:
$ sausage

Jcjoboption4.png

5
Menjalankan Job Komputasi

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Penjelasan kolom Status, pantau dengan refresh halaman job
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Langkah melihat status job ketika queue
Buka Jobs > Active Jobs pada dashboard EFIRO.
  • Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini
Halaman Active Jobs. Ubah opsi Your jobs untuk melihat status job user saja. Klik simbol > untuk melihat status job pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
Menghentikan Job Komputasi

Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop.

Stop.png

6A
Melihat Output Komputasi

User dapat melihat output file komputasi pada kolom Folder Contents

  • Atau dengan membuka Edit Files
Kolom Folder Contents.
6B User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama dengan mengklik kembali tombol Submit.

Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email

SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:

#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user> 
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL

SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:

  • BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
  • END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
  • FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
  • TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
  • TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=DFTB%2B&oldid=1314"