Komputasi dengan Container Apptainer

Halaman ini menjelaskan komputasi Python dengan container Apptainer di ALELEON Supercomputer. Apptainer (dahulu Singularity) adalah container yang dirancang untuk sistem superkomputer / HPC.

Langkah Menjalankan Komputasi dan Limitasi

Terdapat 3 langkah utama:

1. Memilih atau menyiapkan image container yang digunakan.
2. Melengkapi image container dengan Python package apabila dibutuhkan.
3. Saat ini container hanya dapat dijalankan dengan app Jupyter pada interactive node.

Pilihan Image Container

ALELEON Supercomputer menyediakan tiga pilihan:

Image Global

Adalah image container yang disediakan oleh ALELEON Supercomputer dan siap pakai untuk sesi interaktif Jupyter:

Daftar Image Global yang tersedia
Nama	Keterangan
pytorch_23.08-py3	Pytorch dari NVIDIA NGC Catalog
pytorch_jupyter_cuda117
tensorflow2.13_jupyter_cuda	TensorFlow dari NVIDIA NGC Catalog

Melakukan Pull Image

User dapat melakukan pull image dari container registry manapun. Kegiatan ini dilakukan pada terminal:

• Diakses melalui login SSH, atau
• Pada web EFIRO, buka app Aleleon Shell Access

Langkah Melakukan Pull Image dengan Apptainer
1
Muat modul Apptainer: $ module load apptainer
2
Lakukan pull dengan rumus: $ apptainer pull docker://[image-tag] Contoh pull TensorFlow 24.01-tf2-py3 dari NVIDIA NGC Catalog: $ apptainer pull docker://nvcr.io/nvidia/tensorflow:24.04-tf2-py3

Membuat Image Sendiri

User juga dapat membuat image sendiri melalui sandbox Apptainer di ALELEON Supercomputer. Kegiatan ini dilakukan pada terminal:

Langkah Membuat Image Container dengan Apptainer
1
Muat modul Apptainer: $ module load apptainer
2
Buat sandbox dengan image sif: $ apptainer build --sandbox [sandbox_dir] [image_name].sif
3
Jalankan sanbox dengan memperbolehkan modifikasi $ apptainer run --fakeroot --writeable [sandbox_dir]
4
Lakukan modifikasi sesuai keinginan user Apptainer> [command-untuk-modifikasi...] Apptainer> exit
5
Bangun image baru dari sandbox tersebut: $ apptainer build [image_name].sif [sandbox_dir]