ATEST: Perbedaan antara revisi
Dari ALELEON by EFISON
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Job Submission Terminal: test) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Metode Menjalankan Komputasi: test) |
||
Baris 118: | Baris 118: | ||
* User dapat upload / download file dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']]. | * User dapat upload / download file dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']]. | ||
|- | |- | ||
|3 | | rowspan="3" |3 | ||
|Buat '''Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi. | |Buat '''Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi. | ||
* Nama file bebas dengan format .sh, contoh '''<code>submit.sh</code>''' | * Nama file bebas dengan format .sh, contoh '''<code>submit.sh</code>''' | ||
|- | |- | ||
|Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya. | |Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya. | ||
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | ||
Baris 244: | Baris 243: | ||
</syntaxhighlight> | </syntaxhighlight> | ||
|} | |} | ||
Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]. | |||
|- | |- | ||
| | | | ||
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | ||
!Panduan nilai maksimal alokasi komputasi SBATCH | !Panduan nilai maksimal alokasi komputasi SBATCH | ||
|- | |||
|'''Limitasi sisa Core Hour:'''Pada akun perseorangan, SLURM akan menahan job apabila: | |||
* ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user | |||
* gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user | |||
Cek sisa kredit dengan perintah: | |||
'''<code>$ sausage</code>''' | |||
|- | |- | ||
|'''Limitasi [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|fair policy usage]] untuk menjaga kualitas layanan:''' | |'''Limitasi [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|fair policy usage]] untuk menjaga kualitas layanan:''' | ||
Baris 265: | Baris 272: | ||
User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi melalui [https://efisonlt.com/pelaporan-kendala-aleleon-supercomputer/ '''form ini''']. | User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi melalui [https://efisonlt.com/pelaporan-kendala-aleleon-supercomputer/ '''form ini''']. | ||
|- | |- | ||
|'''Versi CPU''' | |'''Versi CPU:''' | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
!Node | !Node | ||
Baris 282: | Baris 289: | ||
|500GB | |500GB | ||
|} | |} | ||
Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code> | <nowiki>*</nowiki>Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code> | ||
|- | |- | ||
|'''Versi GPU''' | |'''Versi GPU:''' | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
!ntasks | !ntasks | ||
Baris 297: | Baris 304: | ||
|} | |} | ||
|- | |- | ||
|'''Versi MPI (dengan MPI4PY)''' | |'''Versi MPI (dengan MPI4PY):''' | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
!ntasks | !ntasks |
Revisi per 4 April 2024 07.10
Halaman ini menjelaskan menjalankan komputasi Python dengan environment Anaconda di ALELEON Supercomputer.
Langkah Menjalankan Komputasi
Terdapat dua langkah utama:
- Membuat dan menyiapkan conda environment untuk komputasi user.
- Memilih metode menjalankan komputasi.
Membuat Conda Environment
Kegiatan ini dilakukan pada terminal:
- Diakses melalui login SSH, atau
- Pada web EFIRO, buka menu Clusters -> Aleleon Shell Access
Membuat Conda Environment | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | Pilih dan aktifkan modul Anaconda yang akan digunakan.
| |||||||||||
| ||||||||||||
2 | Buat conda env di direktori HOME dan aktifkan dengan perintah:
$ conda create --name [nama-conda-env] pip Contoh nama 'skripsi' $ conda create --name skripsi pip |
Mengaktifkan Conda Environment dan Instalasi Package | |
---|---|
0 | Aktifkan modul Anaconda yang digunakan untuk membuat conda env user. |
1 | Aktifkan conda env dengan perintah:
$ source activate [nama-conda-env] Contoh mengaktifkan conda env 'skripsi' $ source activate skripsi |
User dapat melihat daftar conda env yang dibuat sebelumnya dengan:
| |
2 | Lakukan instalasi package Python yang dibutuhkan dengan pip
|
3 | Untuk menonaktifkan conda env jalankan perintah:
|
Manajemen Conda Environment | |
---|---|
1 | Deactivate conda env untuk melakukan manajemen dibawah ini. |
2 | Untuk mengubah nama conda env:
$ conda rename -n [nama-saat-ini] [nama-baru] Contoh mengubah nama env skripsi ke tesis $ conda rename -n skripsi tesis |
Untuk menghapus conda env:
|
Metode Menjalankan Komputasi
User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan:
- Job submission di terminal
- Job submission di web EFIRO
- Interactive job Jupyter Lab / Notebook
Job Submission Terminal
Ketentuan:
- Menjalankan file Python di terminal dengan scheduler SLURM.
- File ipynb harus dikonversi ke file Python.
- Berjalan di Compute Node.
- Tutorial ini mengasumsikan user familiar dengan terminal Linux.
Langkah Job Submission Terminal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | Login SSH ke ALELEON Supercomputer. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | Siapkan conda env dan file komputasi yang dibutuhkan.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 | Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | Jalankan job komputasi dengan perintah:
$ sbatch [nama-submit-script] Contoh: $ sbatch submit.sh | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 | User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
|
Job Submission Web EFIRO
Ketentuan:
- Menjalankan file Python di web EFIRO Job Composer dengan scheduler SLURM.
- File ipynb harus dikonversi ke file Python.
- Berjalan di Compute Node.
Langkah Job Submission Web EFIRO | |
---|---|
Interactive Job Jupyter
Ketentuan:
- Menjalankan sesi interaktif Jupyter Lab atau Notebook.
- Berjalan di Interactive Node.
Langkah Interactive Job Sesi Jupyter | |
---|---|