ATEST: Perbedaan antara revisi
Dari ALELEON by EFISON
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Job Submission Terminal: test) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Job Submission Terminal: test) |
||
Baris 247: | Baris 247: | ||
| | | | ||
| | | | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | ||
|+ | |+ | ||
!Panduan nilai maksimal alokasi komputasi SBATCH | !Panduan nilai maksimal alokasi komputasi SBATCH | ||
Baris 265: | Baris 265: | ||
User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi melalui [https://efisonlt.com/pelaporan-kendala-aleleon-supercomputer/ '''form ini''']. | User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi melalui [https://efisonlt.com/pelaporan-kendala-aleleon-supercomputer/ '''form ini''']. | ||
|- | |- | ||
|'''Versi CPU''' | |'''Versi CPU''' | ||
{| class="wikitable" | |||
!Node | |||
!ntasks | |||
!mem | |||
!gpus | |||
!time | |||
|- | |||
|normal | |||
| rowspan="2" |128 | |||
|240GB | |||
| rowspan="2" | - | |||
| rowspan="2" |72:00:00 | |||
|- | |||
|high-mem* | |||
|500GB | |||
|} | |||
Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code> | |||
|- | |- | ||
| | |'''Versi GPU''' | ||
{| class="wikitable" | |||
!ntasks | |||
!mem | |||
!gpus | |||
!time | |||
|- | |||
|32 | |||
|120GB | |||
|2 | |||
|72:00:00 | |||
|} | |||
|- | |||
|'''Versi MPI (dengan MPI4PY)''' | |||
{| class="wikitable" | |||
!ntasks | |||
!mem | |||
!gpus | |||
!time | |||
|- | |||
|384 | |||
|240GB | |||
| - | |||
|72:00:00 | |||
|} | |||
Ketika ntasks lebih dari 128: | |||
* SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node. | |||
* Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node. | |||
* Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']]. | |||
|} | |} | ||
|- | |- |
Revisi per 4 April 2024 07.01
Halaman ini menjelaskan menjalankan komputasi Python dengan environment Anaconda di ALELEON Supercomputer.
Langkah Menjalankan Komputasi
Terdapat dua langkah utama:
- Membuat dan menyiapkan conda environment untuk komputasi user.
- Memilih metode menjalankan komputasi.
Membuat Conda Environment
Kegiatan ini dilakukan pada terminal:
- Diakses melalui login SSH, atau
- Pada web EFIRO, buka menu Clusters -> Aleleon Shell Access
Membuat Conda Environment | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | Pilih dan aktifkan modul Anaconda yang akan digunakan.
| |||||||||||
| ||||||||||||
2 | Buat conda env di direktori HOME dan aktifkan dengan perintah:
$ conda create --name [nama-conda-env] pip Contoh nama 'skripsi' $ conda create --name skripsi pip |
Mengaktifkan Conda Environment dan Instalasi Package | |
---|---|
0 | Aktifkan modul Anaconda yang digunakan untuk membuat conda env user. |
1 | Aktifkan conda env dengan perintah:
$ source activate [nama-conda-env] Contoh mengaktifkan conda env 'skripsi' $ source activate skripsi |
User dapat melihat daftar conda env yang dibuat sebelumnya dengan:
| |
2 | Lakukan instalasi package Python yang dibutuhkan dengan pip
|
3 | Untuk menonaktifkan conda env jalankan perintah:
|
Manajemen Conda Environment | |
---|---|
1 | Deactivate conda env untuk melakukan manajemen dibawah ini. |
2 | Untuk mengubah nama conda env:
$ conda rename -n [nama-saat-ini] [nama-baru] Contoh mengubah nama env skripsi ke tesis $ conda rename -n skripsi tesis |
Untuk menghapus conda env:
|
Metode Menjalankan Komputasi
User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan:
- Job submission di terminal
- Job submission di web EFIRO
- Interactive job Jupyter Lab / Notebook
Job Submission Terminal
Ketentuan:
- Menjalankan file Python di terminal dengan scheduler SLURM.
- File ipynb harus dikonversi ke file Python.
- Berjalan di Compute Node.
- Tutorial ini mengasumsikan user familiar dengan terminal Linux.
Langkah Job Submission Terminal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | Login SSH ke ALELEON Supercomputer. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | Siapkan conda env dan file komputasi yang dibutuhkan.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 | Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | Jalankan job komputasi dengan perintah:
$ sbatch [nama-submit-script] Contoh: $ sbatch submit.sh | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 | User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
|
Job Submission Web EFIRO
Ketentuan:
- Menjalankan file Python di web EFIRO Job Composer dengan scheduler SLURM.
- File ipynb harus dikonversi ke file Python.
- Berjalan di Compute Node.
Langkah Job Submission Web EFIRO | |
---|---|
Interactive Job Jupyter
Ketentuan:
- Menjalankan sesi interaktif Jupyter Lab atau Notebook.
- Berjalan di Interactive Node.
Langkah Interactive Job Sesi Jupyter | |
---|---|