ATEST: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
Baris 118: Baris 118:
* User dapat upload / download file dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
* User dapat upload / download file dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
|-
|-
|3
| rowspan="3" |3
|Buat '''Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
|Buat '''Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.


* Nama file bebas dengan format .sh, contoh '''<code>submit.sh</code>'''
* Nama file bebas dengan format .sh, contoh '''<code>submit.sh</code>'''
|-
|-
|
|Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
|Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
Baris 244: Baris 243:
</syntaxhighlight>
</syntaxhighlight>
|}
|}
Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].
|-
|-
|
|
|
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
|+
!Panduan nilai maksimal alokasi komputasi SBATCH
!Panduan nilai maksimal alokasi komputasi SBATCH
|-
|'''Limitasi sisa Core Hour:'''Pada akun perseorangan, SLURM akan menahan job apabila:
* ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user
* gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user
Cek sisa kredit dengan perintah:
'''<code>$ sausage</code>'''
|-
|-
|'''Limitasi [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|fair policy usage]] untuk menjaga kualitas layanan:'''
|'''Limitasi [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|fair policy usage]] untuk menjaga kualitas layanan:'''
Baris 265: Baris 272:
User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi melalui [https://efisonlt.com/pelaporan-kendala-aleleon-supercomputer/ '''form ini'''].
User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi melalui [https://efisonlt.com/pelaporan-kendala-aleleon-supercomputer/ '''form ini'''].
|-
|-
|'''Versi CPU'''
|'''Versi CPU:'''
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Node
!Node
Baris 282: Baris 289:
|500GB
|500GB
|}
|}
Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
<nowiki>*</nowiki>Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
|-
|-
|'''Versi GPU'''
|'''Versi GPU:'''
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!ntasks
!ntasks
Baris 297: Baris 304:
|}
|}
|-
|-
|'''Versi MPI (dengan MPI4PY)'''
|'''Versi MPI (dengan MPI4PY):'''
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!ntasks
!ntasks

Revisi per 4 April 2024 07.10

Halaman ini menjelaskan menjalankan komputasi Python dengan environment Anaconda di ALELEON Supercomputer.

Pythonanaconda.png

Langkah Menjalankan Komputasi

Terdapat dua langkah utama:

  1. Membuat dan menyiapkan conda environment untuk komputasi user.
  2. Memilih metode menjalankan komputasi.

Membuat Conda Environment

Kegiatan ini dilakukan pada terminal:

  • Diakses melalui login SSH, atau
  • Pada web EFIRO, buka menu Clusters -> Aleleon Shell Access
Membuat Conda Environment
1 Pilih dan aktifkan modul Anaconda yang akan digunakan.

$ module load [nama-modul-anaconda]

Daftar nama modul Anaconda
Nama Modul Versi
Anaconda3/2023.07-2 Anaconda 3 2023.07-2
Anaconda3/2022.05 Anaconda 3 2022.05
Anaconda3/2021.05 Anaconda 3 2021.05
Anaconda3/2020.11 Anaconda 3 2020.11
2 Buat conda env di direktori HOME dan aktifkan dengan perintah: 
$ conda create --name [nama-conda-env] pip

Contoh nama 'skripsi'
$ conda create --name skripsi pip
Mengaktifkan Conda Environment dan Instalasi Package
0 Aktifkan modul Anaconda yang digunakan untuk membuat conda env user.
1 Aktifkan conda env dengan perintah: 
$ source activate [nama-conda-env]

Contoh mengaktifkan conda env 'skripsi'
$ source activate skripsi
User dapat melihat daftar conda env yang dibuat sebelumnya dengan:

$ conda env list

2 Lakukan instalasi package Python yang dibutuhkan dengan pip
3 Untuk menonaktifkan conda env jalankan perintah:

$ conda deactivate

Manajemen Conda Environment
1 Deactivate conda env untuk melakukan manajemen dibawah ini.
2 Untuk mengubah nama conda env: 
$ conda rename -n [nama-saat-ini] [nama-baru]

Contoh mengubah nama env skripsi ke tesis
$ conda rename -n skripsi tesis
Untuk menghapus conda env:

$ conda remove -n <nama-conda-env> --all

Metode Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan:

  • Job submission di terminal
  • Job submission di web EFIRO
  • Interactive job Jupyter Lab / Notebook

Job Submission Terminal

Ketentuan:

  1. Menjalankan file Python di terminal dengan scheduler SLURM.
    • File ipynb harus dikonversi ke file Python.
  2. Berjalan di Compute Node.
  3. Tutorial ini mengasumsikan user familiar dengan terminal Linux.
Langkah Job Submission Terminal

Sbatch Terminal.png

1 Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
2 Siapkan conda env dan file komputasi yang dibutuhkan.
3 Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
Anaconda Python di CPU 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# Anaconda Python (CPU)
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Pastikan user sudah membuat Conda Environment.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH dan file input
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama Conda Environment yang digunakan
CONDA_NAME=////

# Nama program Python yang dijalankan
INPUT_FILE=////.py

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Mengaktifkan Conda Environment 
module load Anaconda3
source activate ${CONDA}/${CONDA_NAME}

# Menjalankan file Python
python3 ${INPUT_FILE}
Anaconda Python di GPU 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# Anaconda Python (GPU)
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Pastikan user sudah membuat Conda Environment.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH dan file input
# -----------------------------------------------------

# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job 
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama Conda Environment yang digunakan
CONDA_NAME=////

# Nama program Python yang dijalankan
INPUT_FILE=////.py

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Memuat modul NVIDIA CUDA default 
module load cuda

# Mengaktifkan Conda Environment 
module load Anaconda3
source activate ${CONDA}/${CONDA_NAME}

# Menjalankan file Python
python3 ${INPUT_FILE}

Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer.

Panduan nilai maksimal alokasi komputasi SBATCH
Limitasi sisa Core Hour:Pada akun perseorangan, SLURM akan menahan job apabila:
  • ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user
  • gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user

Cek sisa kredit dengan perintah:

$ sausage

Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan:
ntasks mem gpus time
128 128GB 2 72:00:00

User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi melalui form ini.

Versi CPU:
Node ntasks mem gpus time
normal 128 240GB - 72:00:00
high-mem* 500GB

*Tambahkan parameter #SBATCH --nodelist=epyc001

Versi GPU:
ntasks mem gpus time
32 120GB 2 72:00:00
Versi MPI (dengan MPI4PY):
ntasks mem gpus time
384 240GB - 72:00:00

Ketika ntasks lebih dari 128:

  • SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
  • Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
  • Info detail buka laman MPI ALELEON Supercomputer.
4 Jalankan job komputasi dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
5 User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Job Submission Web EFIRO

Ketentuan:

  1. Menjalankan file Python di web EFIRO Job Composer dengan scheduler SLURM.
    • File ipynb harus dikonversi ke file Python.
  2. Berjalan di Compute Node.
Langkah Job Submission Web EFIRO

Efirojobcomposer3.png

Interactive Job Jupyter

Ketentuan:

  1. Menjalankan sesi interaktif Jupyter Lab atau Notebook.
  2. Berjalan di Interactive Node.
Langkah Interactive Job Sesi Jupyter

Efirojupyterlab.png

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=ATEST&oldid=1405"