ATEST: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
Baris 20: Baris 20:
| rowspan="2" |1
| rowspan="2" |1
|Pilih dan aktifkan modul Anaconda yang akan digunakan.
|Pilih dan aktifkan modul Anaconda yang akan digunakan.
<code>'''$ module load ''[nama-modul-anaconda]'''''</code>
<code>$ '''module load ''[nama-modul-anaconda]'''''</code>
|-
|-
|
|
Baris 44: Baris 44:
|2
|2
|Buat conda env di direktori HOME dan aktifkan dengan perintah:
|Buat conda env di direktori HOME dan aktifkan dengan perintah:
  '''$ conda create --name ''[nama-conda-env]'' pip'''
  $ '''conda create --name ''[nama-conda-env]'' pip'''
   
   
  ''Contoh nama 'skripsi'''
  ''Contoh nama 'skripsi'''
Baris 58: Baris 58:
| rowspan="2" |1
| rowspan="2" |1
|Aktifkan conda env dengan perintah:  
|Aktifkan conda env dengan perintah:  
  '''$ source activate ''[nama-conda-env]'''''
  $ '''source activate ''[nama-conda-env]'''''
   
   
  ''Contoh mengaktifkan conda env 'skripsi'''
  ''Contoh mengaktifkan conda env 'skripsi'''
Baris 64: Baris 64:
|-
|-
|User dapat melihat daftar conda env yang dibuat sebelumnya dengan:
|User dapat melihat daftar conda env yang dibuat sebelumnya dengan:
'''<code>$ conda env list</code>'''
<code>$ '''conda env list'''</code>
|-
|-
|2
|2
Baris 73: Baris 73:
|3
|3
|Untuk menonaktifkan conda env jalankan perintah:
|Untuk menonaktifkan conda env jalankan perintah:
'''<code>$ conda deactivate</code>'''
<code>$ '''conda deactivate'''</code>
|}
|}
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
Baris 83: Baris 83:
| rowspan="2" |2
| rowspan="2" |2
|Untuk mengubah nama conda env:
|Untuk mengubah nama conda env:
  '''$ conda rename -n ''[nama-saat-ini]'' ''[nama-baru]'''''
  $ '''conda rename -n ''[nama-saat-ini]'' ''[nama-baru]'''''
   
   
  ''Contoh mengubah nama env skripsi ke tesis''
  ''Contoh mengubah nama env skripsi ke tesis''
Baris 89: Baris 89:
|-
|-
|Untuk menghapus conda env:  
|Untuk menghapus conda env:  
'''<code>$ conda remove -n ''<nama-conda-env>'' --all</code>'''
<code>$ '''conda remove -n ''<nama-conda-env>'' --all'''</code>
|}
|}


Baris 249: Baris 249:
!Panduan nilai maksimal alokasi komputasi SBATCH
!Panduan nilai maksimal alokasi komputasi SBATCH
|-
|-
|'''Limitasi sisa Core Hour:'''Pada akun perseorangan, SLURM akan menahan job apabila:  
|Pada akun perseorangan, SLURM akan menahan job apabila:  


* ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user
* ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user
Baris 317: Baris 317:


* SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
* SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
* Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
* Mem mengalokasikan memori RAM per-node.
* Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
* Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
|}
|}
Baris 323: Baris 323:
|4
|4
|Jalankan job komputasi dengan perintah:  
|Jalankan job komputasi dengan perintah:  
  '''$ sbatch ''[nama-submit-script]'''''
  $ '''sbatch ''[nama-submit-script]'''''
   
   
  ''Contoh:''
  ''Contoh:''
Baris 331: Baris 331:
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:  
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:  
'''<code>$ squeue -ul $USER</code>'''
'''<code>$ squeue -ul $USER</code>'''
Berikut daftar ST (STATE) yang menunjukkan status jalannya job:
{| class="wikitable"
|+
!STATE
!Penjelasan
|-
|R (RUN)
|Job berjalan
|-
|PD (PENDING)
|Job tertahan, lihat [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|-
|CG (COMPLETING)
|Job selesai dan dalam proses clean-up
|-
|CA (CANCELED)
|Job dibatalkan user
|-
|PR (PREEMPETED)
|Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
|-
|S (SUSPENDED)
|Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
|}
|-
|6
|Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
'''$ scancel ''[job-ID]'''''
''Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:''
$ scancel 231
|}
|}


Revisi per 4 April 2024 07.23

Halaman ini menjelaskan menjalankan komputasi Python dengan environment Anaconda di ALELEON Supercomputer.

Pythonanaconda.png

Langkah Menjalankan Komputasi

Terdapat dua langkah utama:

  1. Membuat dan menyiapkan conda environment untuk komputasi user.
  2. Memilih metode menjalankan komputasi.

Membuat Conda Environment

Kegiatan ini dilakukan pada terminal:

  • Diakses melalui login SSH, atau
  • Pada web EFIRO, buka menu Clusters -> Aleleon Shell Access
Membuat Conda Environment
1 Pilih dan aktifkan modul Anaconda yang akan digunakan.

$ module load [nama-modul-anaconda]

Daftar nama modul Anaconda
Nama Modul Versi
Anaconda3/2023.07-2 Anaconda 3 2023.07-2
Anaconda3/2022.05 Anaconda 3 2022.05
Anaconda3/2021.05 Anaconda 3 2021.05
Anaconda3/2020.11 Anaconda 3 2020.11
2 Buat conda env di direktori HOME dan aktifkan dengan perintah: 
$ conda create --name [nama-conda-env] pip

Contoh nama 'skripsi'
$ conda create --name skripsi pip
Mengaktifkan Conda Environment dan Instalasi Package
0 Aktifkan modul Anaconda yang digunakan untuk membuat conda env user.
1 Aktifkan conda env dengan perintah: 
$ source activate [nama-conda-env]

Contoh mengaktifkan conda env 'skripsi'
$ source activate skripsi
User dapat melihat daftar conda env yang dibuat sebelumnya dengan:

$ conda env list

2 Lakukan instalasi package Python yang dibutuhkan dengan pip
3 Untuk menonaktifkan conda env jalankan perintah:

$ conda deactivate

Manajemen Conda Environment
1 Deactivate conda env untuk melakukan manajemen dibawah ini.
2 Untuk mengubah nama conda env: 
$ conda rename -n [nama-saat-ini] [nama-baru]

Contoh mengubah nama env skripsi ke tesis
$ conda rename -n skripsi tesis
Untuk menghapus conda env:

$ conda remove -n <nama-conda-env> --all

Metode Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan:

  • Job submission di terminal
  • Job submission di web EFIRO
  • Interactive job Jupyter Lab / Notebook

Job Submission Terminal

Ketentuan:

  1. Menjalankan file Python di terminal dengan scheduler SLURM.
    • File ipynb harus dikonversi ke file Python.
  2. Berjalan di Compute Node.
  3. Tutorial ini mengasumsikan user familiar dengan terminal Linux.
Langkah Job Submission Terminal

Sbatch Terminal.png

1 Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
2 Siapkan conda env dan file komputasi yang dibutuhkan.
3 Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
Anaconda Python di CPU 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# Anaconda Python (CPU)
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Pastikan user sudah membuat Conda Environment.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH dan file input
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama Conda Environment yang digunakan
CONDA_NAME=////

# Nama program Python yang dijalankan
INPUT_FILE=////.py

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Mengaktifkan Conda Environment 
module load Anaconda3
source activate ${CONDA}/${CONDA_NAME}

# Menjalankan file Python
python3 ${INPUT_FILE}
Anaconda Python di GPU 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# Anaconda Python (GPU)
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Pastikan user sudah membuat Conda Environment.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH dan file input
# -----------------------------------------------------

# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job 
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama Conda Environment yang digunakan
CONDA_NAME=////

# Nama program Python yang dijalankan
INPUT_FILE=////.py

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Memuat modul NVIDIA CUDA default 
module load cuda

# Mengaktifkan Conda Environment 
module load Anaconda3
source activate ${CONDA}/${CONDA_NAME}

# Menjalankan file Python
python3 ${INPUT_FILE}

Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer.

Panduan nilai maksimal alokasi komputasi SBATCH
Pada akun perseorangan, SLURM akan menahan job apabila:
  • ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user
  • gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user

Cek sisa kredit dengan perintah sausage

Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan:
ntasks mem gpus time
128 128GB 2 72:00:00

User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi melalui form ini.

Versi CPU:
Node ntasks mem gpus time
normal 128 240GB - 72:00:00
high-mem* 500GB

*Tambahkan parameter #SBATCH --nodelist=epyc001

Versi GPU:
ntasks mem gpus time
32 120GB 2 72:00:00
Versi MPI (dengan MPI4PY):
ntasks mem gpus time
384 240GB - 72:00:00

Ketika ntasks lebih dari 128:

  • SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
  • Mem mengalokasikan memori RAM per-node.
  • Info detail buka laman MPI ALELEON Supercomputer.
4 Jalankan job komputasi dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
5 User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Berikut daftar ST (STATE) yang menunjukkan status jalannya job:

STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
6 Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Ketentuan:

  1. Menjalankan file Python di web EFIRO Job Composer dengan scheduler SLURM.
    • File ipynb harus dikonversi ke file Python.
  2. Berjalan di Compute Node.
Langkah Job Submission Web EFIRO

Efirojobcomposer3.png

Interactive Job Jupyter

Ketentuan:

  1. Menjalankan sesi interaktif Jupyter Lab atau Notebook.
  2. Berjalan di Interactive Node.
Langkah Interactive Job Sesi Jupyter

Efirojupyterlab.png

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=ATEST&oldid=1407"