ATEST: Perbedaan antara revisi
Dari ALELEON by EFISON
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Job Submission Web EFIRO: test) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Job Submission Web EFIRO: test) |
||
Baris 380: | Baris 380: | ||
|- | |- | ||
|2 | |2 | ||
|[[Berkas:Pinnedapps jc.png|nir|jmpl|143x143px|Buka app '''Job Composer''' di pinned apps]] | |[[Berkas:Pinnedapps jc.png|nir|jmpl|143x143px|Buka app '''<code>Job Composer</code>''' di pinned apps]] | ||
|- | |- | ||
|3 | |3 | ||
|[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nir|jmpl|180x180px|Pilih menu '''New Job''' -> '''From Template''']] | |[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nir|jmpl|180x180px|Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>''']] | ||
|- | |- | ||
|4 | |4 | ||
|[[Berkas:Jctemplate-1.png|nir|jmpl | |[[Berkas:Jctemplate-1.png|nir|jmpl|Pilih template '''Anaconda Python''' yang diinginkan]] | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
! colspan="2" |Template yang tersedia | ! colspan="2" |Template yang tersedia | ||
Baris 399: | Baris 399: | ||
|Menjalankan Anaconda Python versi GPU | |Menjalankan Anaconda Python versi GPU | ||
|} | |} | ||
[[Berkas:Jctemplate-2.png|nir|jmpl|Isi '''Job Name''' kemudian klik '''Create New Job''']] | [[Berkas:Jctemplate-2.png|nir|jmpl|Isi '''<code>Job Name</code>''' kemudian klik '''<code>Create New Job</code>''']] | ||
|- | |- | ||
| | |5 | ||
| | |[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]Upload dan edit file untuk menjalankan komputasi pada '''<code>Edit Files</code>'''. | ||
* Apabila butuh akses terminal untuk edit conda env buka <code>'''Open Terminal'''</code>. | |||
* Upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']]. | |||
|- | |- | ||
| | |6 | ||
| | |[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px]]Lengkapi | ||
|- | |- | ||
| | | |
Revisi per 4 April 2024 08.09
Halaman ini menjelaskan menjalankan komputasi Python dengan environment Anaconda di ALELEON Supercomputer.
Langkah Menjalankan Komputasi
Terdapat dua langkah utama:
- Membuat dan menyiapkan conda environment untuk komputasi user.
- Memilih metode menjalankan komputasi.
Membuat Conda Environment
Kegiatan ini dilakukan pada terminal:
- Diakses melalui login SSH, atau
- Pada web EFIRO, buka menu Clusters -> Aleleon Shell Access
Membuat Conda Environment | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | Pilih dan aktifkan modul Anaconda yang akan digunakan.
| |||||||||||
| ||||||||||||
2 | Buat conda env di direktori HOME dan aktifkan dengan perintah:
$ conda create --name [nama-conda-env] pip Contoh nama 'skripsi' $ conda create --name skripsi pip |
Mengaktifkan Conda Environment dan Instalasi Package | |
---|---|
0 | Aktifkan modul Anaconda yang digunakan untuk membuat conda env user. |
1 | Aktifkan conda env dengan perintah:
$ source activate [nama-conda-env] Contoh mengaktifkan conda env 'skripsi' $ source activate skripsi |
User dapat melihat daftar conda env yang dibuat sebelumnya dengan:
| |
2 | Lakukan instalasi package Python yang dibutuhkan dengan pip
|
3 | Untuk menonaktifkan conda env jalankan perintah:
|
Manajemen Conda Environment | |
---|---|
1 | Deactivate conda env untuk melakukan manajemen dibawah ini. |
2 | Untuk mengubah nama conda env:
$ conda rename -n [nama-saat-ini] [nama-baru] Contoh mengubah nama env skripsi ke tesis $ conda rename -n skripsi tesis |
Untuk menghapus conda env:
|
Metode Menjalankan Komputasi
User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan:
- Job submission di terminal
- Job submission di web EFIRO
- Interactive job Jupyter Lab / Notebook
Job Submission Terminal
Ketentuan:
- Menjalankan file Python di terminal dengan scheduler SLURM.
- File ipynb harus dikonversi ke file Python.
- Berjalan di Compute Node.
- Tutorial ini mengasumsikan user familiar dengan terminal Linux.
Langkah Job Submission Terminal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | Login SSH ke ALELEON Supercomputer. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | Siapkan conda env dan file komputasi yang dibutuhkan.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 | Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | Jalankan job komputasi dengan perintah:
$ sbatch [nama-submit-script] Contoh: $ sbatch submit.sh | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 | User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
Berikut daftar ST (STATE) yang menunjukkan status jalannya job:
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6 | Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
$ scancel [job-ID] Job ID ada pada squeue diatas. contoh membatalkan job ID 231: $ scancel 231 |
Job Submission Web EFIRO
Ketentuan:
- Menjalankan file Python di web EFIRO Job Composer dengan scheduler SLURM.
- File ipynb harus dikonversi ke file Python.
- Berjalan di Compute Node.
Langkah Job Submission Web EFIRO | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer. | ||||||||
2 | |||||||||
3 | |||||||||
4 |
| ||||||||
5 | Upload dan edit file untuk menjalankan komputasi pada Edit Files .
| ||||||||
6 | Lengkapi | ||||||||
Interactive Job Jupyter
Ketentuan:
- Menjalankan sesi interaktif Jupyter Lab atau Notebook.
- Berjalan di Interactive Node.
Langkah Interactive Job Sesi Jupyter | |
---|---|