ATEST: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Job Submission Web EFIRO: test) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Job Submission Web EFIRO: test) |
||
Baris 376: | Baris 376: | ||
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|400x400px]] | [[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|400x400px]] | ||
|- | |- | ||
|1 | |'''1''' | ||
|[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#1_|'''Login ke web EFIRO''' ALELEON Supercomputer. | |[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#1_|'''Login ke web EFIRO''' ALELEON Supercomputer. | ||
|- | |- | ||
|2 | |'''2''' | ||
|Buka app '''<code>Job Composer</code>''' di Pinned Apps.[[Berkas:Pinnedapps jc.png|nir|jmpl|143x143px]]Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>'''[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nir|jmpl|180x180px | |Buka app '''<code>Job Composer</code>''' di Pinned Apps.[[Berkas:Pinnedapps jc.png|nir|jmpl|143x143px]]Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>'''[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nir|jmpl|180x180px]] | ||
|- | |- | ||
|3 | |'''3''' | ||
|Pilih template Anaconda Python yang diinginkan. | |Pilih template Anaconda Python yang diinginkan. | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
! colspan="2" | | ! colspan="2" |Daftar template Anaconda Python | ||
|- | |- | ||
!Nama Template | !Nama Template | ||
Baris 399: | Baris 398: | ||
Isi '''<code>Job Name</code>''' kemudian klik '''<code>Create New Job</code>'''[[Berkas:Jctemplate-2.png|nir|jmpl]] | Isi '''<code>Job Name</code>''' kemudian klik '''<code>Create New Job</code>'''[[Berkas:Jctemplate-2.png|nir|jmpl]] | ||
|- | |- | ||
|4 | |'''4''' | ||
|Upload dan edit file untuk menjalankan komputasi pada '''<code>Edit Files</code>'''[[Berkas: | |Upload dan edit file untuk menjalankan komputasi pada '''<code>Edit Files</code>'''[[Berkas:Jcjoboption.png|nir|jmpl|Tombol '''<code>Edit Files</code>''' dan '''<code>Open Terminal</code>''']] | ||
* Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']]. | * Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']]. | ||
* Apabila butuh akses terminal untuk edit conda env buka <code>'''Open Terminal'''</code>. | * Apabila butuh akses terminal untuk edit conda env buka <code>'''Open Terminal'''</code>. | ||
|- | |- | ||
| rowspan="2" |5 | | rowspan="2" |'''5''' | ||
|Lengkapi '''Submit Script''' melalui | |Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code>Open Editor</code>'''.[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nir|jmpl|400x400px|Tombol '''<code>Open Editor</code>''']] | ||
* Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi. | * Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi. | ||
Baris 488: | Baris 486: | ||
|} | |} | ||
|- | |- | ||
|6 | |'''6''' | ||
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nir|jmpl]] | |Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nir|jmpl|Tombol '''<code>Submit</code>''' dan '''<code>Stop</code>''' disebelahnya.]] | ||
* Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job. | |||
* Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''. | |||
* User dapat menjalankan kembali job yang completed dengan '''<code>Submit</code>'''. | |||
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | ||
! colspan="2" | | ! colspan="2" |Daftar status job | ||
|- | |- | ||
!Status | !Status | ||
Baris 511: | Baris 514: | ||
|Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user | |Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user | ||
|- | |- | ||
| colspan="2" |Untuk melihat alasan queue: | | colspan="2" |'''Untuk melihat alasan queue:''' | ||
# Buka app '''<code>Active Jobs</code>''' pada homepage EFIRO. | # Buka app '''<code>Active Jobs</code>''' pada homepage EFIRO. | ||
# [[Berkas:Efiroqueueedit.png|nir|jmpl|''Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].''''']] | # [[Berkas:Efiroqueueedit.png|nir|jmpl|''Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].''''']] | ||
|} | |} | ||
|- | |- | ||
| | |'''7''' | ||
| | |User dapat melihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' | ||
*Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>''' | |||
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']] | |||
|} | |} | ||
Revisi per 4 April 2024 08.50
Halaman ini menjelaskan menjalankan komputasi Python dengan environment Anaconda di ALELEON Supercomputer.
Langkah Menjalankan Komputasi
Terdapat dua langkah utama:
- Membuat dan menyiapkan conda environment untuk komputasi user.
- Memilih metode menjalankan komputasi.
Membuat Conda Environment
Kegiatan ini dilakukan pada terminal:
- Diakses melalui login SSH, atau
- Pada web EFIRO, buka menu Clusters -> Aleleon Shell Access
Membuat Conda Environment | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | Pilih dan aktifkan modul Anaconda yang akan digunakan.
| |||||||||||
| ||||||||||||
2 | Buat conda env di direktori HOME dan aktifkan dengan perintah:
$ conda create --name [nama-conda-env] pip Contoh nama 'skripsi' $ conda create --name skripsi pip |
Mengaktifkan Conda Environment dan Instalasi Package | |
---|---|
0 | Aktifkan modul Anaconda yang digunakan untuk membuat conda env user. |
1 | Aktifkan conda env dengan perintah:
$ source activate [nama-conda-env] Contoh mengaktifkan conda env 'skripsi' $ source activate skripsi |
User dapat melihat daftar conda env yang dibuat sebelumnya dengan:
| |
2 | Lakukan instalasi package Python yang dibutuhkan dengan pip
|
3 | Untuk menonaktifkan conda env jalankan perintah:
|
Manajemen Conda Environment | |
---|---|
1 | Deactivate conda env untuk melakukan manajemen dibawah ini. |
2 | Untuk mengubah nama conda env:
$ conda rename -n [nama-saat-ini] [nama-baru] Contoh mengubah nama env skripsi ke tesis $ conda rename -n skripsi tesis |
Untuk menghapus conda env:
|
Metode Menjalankan Komputasi
User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan:
- Job submission di terminal
- Job submission di web EFIRO
- Interactive job Jupyter Lab / Notebook
Job Submission Terminal
Ketentuan:
- Menjalankan file Python di terminal dengan scheduler SLURM.
- File ipynb harus dikonversi ke file Python.
- Berjalan di Compute Node.
- Tutorial ini mengasumsikan user familiar dengan terminal Linux.
Langkah Job Submission Terminal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | Login SSH ke ALELEON Supercomputer. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | Siapkan conda env dan file komputasi yang dibutuhkan.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 | Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | Jalankan job komputasi dengan perintah:
$ sbatch [nama-submit-script] Contoh: $ sbatch submit.sh | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 | User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6 | Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
$ scancel [job-ID] Job ID ada pada squeue diatas. contoh membatalkan job ID 231: $ scancel 231 |
Job Submission Web EFIRO
Ketentuan:
- Menjalankan file Python di web EFIRO Job Composer dengan scheduler SLURM.
- File ipynb harus dikonversi ke file Python.
- Berjalan di Compute Node.
Langkah Job Submission Web EFIRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | Buka app Job Composer di Pinned Apps.Pilih menu New Job -> From Template
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 | Pilih template Anaconda Python yang diinginkan.
Job Name kemudian klik Create New Job
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | Upload dan edit file untuk menjalankan komputasi pada Edit Files
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 | Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor .
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6 | Jalankan job dengan klik tombol Submit .
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
7 | User dapat melihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
|
Interactive Job Jupyter
Ketentuan:
- Menjalankan sesi interaktif Jupyter Lab atau Notebook.
- Berjalan di Interactive Node.
Langkah Interactive Job Sesi Jupyter | |
---|---|