Halaman ini menjelaskan menjalankan komputasi Python dengan environment Anaconda di ALELEON Supercomputer.
Langkah Menjalankan Komputasi
Terdapat dua langkah utama:
- Membuat dan menyiapkan conda environment untuk komputasi user.
- Memilih metode menjalankan komputasi.
Membuat Conda Environment
Kegiatan ini dilakukan pada terminal:
- Diakses melalui login SSH, atau
- Pada web EFIRO, buka menu Clusters -> Aleleon Shell Access
| Membuat Conda Environment
|
| 1
|
Pilih dan aktifkan modul Anaconda yang akan digunakan.
$ module load [nama-modul-anaconda]
|
| Daftar nama modul Anaconda
|
| Nama Modul
|
Versi
|
| Anaconda3/2023.07-2
|
Anaconda 3 2023.07-2
|
| Anaconda3/2022.05
|
Anaconda 3 2022.05
|
| Anaconda3/2021.05
|
Anaconda 3 2021.05
|
| Anaconda3/2020.11
|
Anaconda 3 2020.11
|
|
| 2
|
Buat conda env di direktori HOME dan aktifkan dengan perintah:
$ conda create --name [nama-conda-env] pip
Contoh nama 'skripsi'
$ conda create --name skripsi pip
|
| Mengaktifkan Conda Environment dan Instalasi Package
|
| 0
|
Aktifkan modul Anaconda yang digunakan untuk membuat conda env user.
|
| 1
|
Aktifkan conda env dengan perintah:
$ source activate [nama-conda-env]
Contoh mengaktifkan conda env 'skripsi'
$ source activate skripsi
|
| User dapat melihat daftar conda env yang dibuat sebelumnya dengan:
$ conda env list
|
| 2
|
Lakukan instalasi package Python yang dibutuhkan dengan pip
|
| 3
|
Untuk menonaktifkan conda env jalankan perintah:
$ conda deactivate
|
| Manajemen Conda Environment
|
| 1
|
Deactivate conda env untuk melakukan manajemen dibawah ini.
|
| 2
|
Untuk mengubah nama conda env:
$ conda rename -n [nama-saat-ini] [nama-baru]
Contoh mengubah nama env skripsi ke tesis
$ conda rename -n skripsi tesis
|
| Untuk menghapus conda env:
$ conda remove -n <nama-conda-env> --all
|
Metode Menjalankan Komputasi
User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan:
- Job submission di terminal
- Job submission di web EFIRO
- Interactive job Jupyter Lab / Notebook
Job Submission Terminal
Ketentuan:
- Menjalankan file Python di terminal dengan scheduler SLURM.
- File ipynb harus dikonversi ke file Python.
- Berjalan di Compute Node.
- Tutorial ini mengasumsikan user familiar dengan terminal Linux.
| Langkah Job Submission Terminal
|
| 1
|
Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
|
| 2
|
Siapkan conda env dan file komputasi yang dibutuhkan.
|
| 3
|
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
- Nama file bebas dengan format .sh, contoh
submit.sh
|
|
|
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
| Anaconda Python di CPU
|
#!/bin/bash
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# Anaconda Python (CPU)
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
# User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Pastikan user sudah membuat Conda Environment.
# -----------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH dan file input
# -----------------------------------------------------
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
# Definisi file untuk menampung output error log
#SBATCH --error=error-%j.txt
# Nama Conda Environment yang digunakan
CONDA_NAME=////
# Nama program Python yang dijalankan
INPUT_FILE=////.py
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
# Mengaktifkan Conda Environment
module load Anaconda3
source activate ${CONDA}/${CONDA_NAME}
# Menjalankan file Python
python3 ${INPUT_FILE}
|
| Anaconda Python di GPU
|
#!/bin/bash
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# Anaconda Python (GPU)
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
# User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Pastikan user sudah membuat Conda Environment.
# -----------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH dan file input
# -----------------------------------------------------
# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=////
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
# Definisi file untuk menampung output error log
#SBATCH --error=error-%j.txt
# Nama Conda Environment yang digunakan
CONDA_NAME=////
# Nama program Python yang dijalankan
INPUT_FILE=////.py
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
# Memuat modul NVIDIA CUDA default
module load cuda
# Mengaktifkan Conda Environment
module load Anaconda3
source activate ${CONDA}/${CONDA_NAME}
# Menjalankan file Python
python3 ${INPUT_FILE}
|
|
|
|
| Panduan nilai maksimal alokasi komputasi SBATCH
|
| Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan:
#SBATCH --ntasks=128
#SBATCH --mem=128GB#SBATCH --gpus=2#SBATCH --time=72:00:00User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi melalui form ini.
|
| Versi CPU
#SBATCH --ntasks=128
#SBATCH --mem=128GB#SBATCH --time=72:00:00
|
|
|
|
| 4
|
Jalankan job komputasi dengan perintah:
$ sbatch [nama-submit-script]
Contoh:
$ sbatch submit.sh
|
| 5
|
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
$ squeue -ul $USER
|
Job Submission Web EFIRO
Ketentuan:
- Menjalankan file Python di web EFIRO Job Composer dengan scheduler SLURM.
- File ipynb harus dikonversi ke file Python.
- Berjalan di Compute Node.
| Langkah Job Submission Web EFIRO
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Interactive Job Jupyter
Ketentuan:
- Menjalankan sesi interaktif Jupyter Lab atau Notebook.
- Berjalan di Interactive Node.
| Langkah Interactive Job Sesi Jupyter
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
