CP2K: Perbedaan antara revisi

Revisi terkini sejak 15 Januari 2024 10.25

CP2K adalah package untuk quantum chemistry dan solid state physics yang dapat melakukan simulasi liquid, molekolar, periodik, material, kristal, dan sistem biologis. CP2K menggunakan pemodelan DFT dengan pendekatan Gaussian and plane waves GPW dan GAPW.

Modul CP2K

Berikut adalah detail versi CP2K yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul CP2K versi CPU
Versi	Nama modul software	Dukungan hardware
Versi	Nama modul software	CPU	GPU	OMP Threading	MPI multi-node
9.1	cp2k/9.1-GCC10-MKL	V	-	-	V

Modul CP2K versi GPU (*Modul ini sedang dalam tahap pengujian)*
Versi	Nama modul software	Dukungan hardware
Versi	Nama modul software	CPU	GPU	OMP Threading	MPI multi-node
9.1	cp2k/9.1-GCC10-MKL-CUDA	V	V	-	V

Menjalankan CP2K

User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO (klik expand atau kembangkan).

Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)

Langkah Menjalankan CP2K di Terminal

0

Login SSH

Tatacara login SSH lihat laman Login SSH ALELEON Supercomputer.

1

Menyiapkan File Komputasi

Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:

File input dan data komputasi.
- User dapat upload / download file ke ALELEON dengan software FTP.
Membuat SLURM Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
- Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh my_job_submission.sh

2

Template SLURM Submit Script CP2K

Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.

Template SLURM Submit Script untuk CP2K versi CPU

#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# CP2K (versi CPU) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file CP2K yang dijalankan
INPUT_FILE="////.inp"

# Memuat modul software CP2K versi CPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul CP2K" di atas 
module load cp2k////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan CP2K
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} cp2k.zen2 ${INPUT_FILE}

Template SLURM Submit Script untuk CP2K versi GPU

#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# CP2K (versi GPU) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Jumlah ntasks dan gpu berdasarkan doc CP2K
#    Menggunakan rate komputasi 9 CCH/jam & 1 GH/jam
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=9

# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=1

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=64GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file CP2K yang dijalankan
INPUT_FILE="////.inp"

# Memuat modul software CP2K versi GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul CP2K" di atas 
module load cp2k////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
unset UCX_TLS
unset UCX_NET_DEVICES

# Perintah menjakankan CP2K
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} cp2k.zen2 ${INPUT_FILE}

Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk CP2K

Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
Skenario Komputasi	ntasks (CPU)	mem (RAM)	gpus (GPU)	time (time limit)
Fair policy usage untuk akumulasi semua job¹	128	128GB	2	3-00:00:00 atau 72:00:00
CP2K versi CPU²	384	240GB²	0
CP2K versi CPU di high-mem node Tambahkan `#SBATCH --nodelist=epyc001`	128	500GB	0
CP2K versi GPU³	9	64GB	1
Keterangan: Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer. User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih. Info detail buka laman Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer CP2K mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128: SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node. Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node. Info detail buka laman MPI ALELEON Supercomputer. Berdasarkan rekomendasi dokumentasi CP2K.
Keterangan tambahan
Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour: SLURM akan menahan job apabila: ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user. gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user. Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah: $ sausage Info SBATCH lebih detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer

3

Menjalankan Job Komputasi

Jalankan job dengan perintah sbatch.

$ sbatch <nama-SLURM-Submit-script>

Contoh menjalankan nama script my_job_submission.sh.

$ sbatch my_job_submission.sh

4A

User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.

Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.

$ squeue -ul $USER

Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:

Daftar STATE squeue SLURM
STATE	Kepanjangan	Penjelasan
R	RUN	Job berjalan
PD	PENDING	Job tertahan, lihat keterangan NODELIST(REASON)
CG	COMPLETING	Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
CA	CANCELED	Job dibatalkan oleh user
PR	PREEMPETED	Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
S	SUSPENDED	Job ditahan oleh admin EFISON

4B

Menghentikan Job Komputasi

Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.

Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.

$ scancel <job-ID-submission-user>

Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.

$ scancel 231

Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)

Langkah Menjalankan CP2K di Web EFIRO

0

Login Web EFIRO

User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer.
Buka alamat web http://aleleon.ood lalu masukkan username dan password user.
- Bagi user Linux, buka alamat http://10.192.50.11

1

Membuka Job Composer dan Memilih Template Job

Buka menu Jobs > Jobs Composer pada dashboard EFIRO.
Pilih New Job > From Template

Menu Jobs > Jobs Composer

Menu New Jobs > From Template

2

PIlih template CP2K yang diinginkan.
Isi atau ganti kolom Job Name sesuai keinginan user.
Apabila sudah selesai, klik Create New Job.

Template CP2K yang tersedia
Nama Template	Penjelasan
CP2K 9.1 (CPU)	Menjalankan CP2K 9.1 pada CPU
CP2K 9.1 (GPU)	Menjalankan CP2K 9.1 dengan akselerasi GPU.

3

Menyiapkan File Komputasi

Gunakan menu Edit Files untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.

Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas 2GB per file.
- Gunakan aplikasi FTP untuk upload file tunggal diatas 2GB.

4

Melengkapi Submit Script

Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.

Lengkapi Submit Script melalui menu Open Editor.
Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
Jangan lupa klik Save setiap sekali mengubah script.

Panduan Nilai Maksimal SBATCH

Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
Skenario Komputasi	ntasks (CPU)	mem (RAM)	gpus (GPU)	time (time limit)
Fair policy usage untuk akumulasi semua job¹	128	128GB	2	3-00:00:00 atau 72:00:00
CP2K versi CPU²	384	240GB²	0
CP2K versi CPU di high-mem node Tambahkan `#SBATCH --nodelist=epyc001`	128	500GB	0
CP2K versi GPU³	9	64GB	1
Keterangan: Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer. User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih. Info detail buka laman Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer CP2K mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128: SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node. Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node. Info detail buka laman MPI ALELEON Supercomputer. Berdasarkan rekomendasi dokumentasi CP2K.
Keterangan tambahan
Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour: SLURM akan menahan job apabila: ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user. gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user. Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu `Open Terminal` dan jalankan perintah: $ sausage Info SBATCH lebih detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer

5

Menjalankan Job Komputasi

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Status Arti

Not Submitted Job belum pernah dijalankan.

Running Job berjalan.

Queue

Job mengantri dan belum berjalan.

Langkah melihat status job ketika queue
Buka `Jobs > Active Jobs` pada dashboard EFIRO. Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini Halaman Active Jobs. Ubah opsi `Your jobs` untuk melihat status job user saja. Klik simbol > untuk melihat status job pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.

Completed Job selesai berjalan.

Failed Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

Menghentikan Job Komputasi

Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop.

6A

Melihat Output Komputasi

User dapat melihat output file komputasi pada kolom Folder Contents

Atau dengan membuka Edit Files

Kolom Folder Contents.

6B User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama dengan mengklik kembali tombol Submit.

Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email

SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:

#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user> 
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL

SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:

BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:

support@efisonlt.com

Article tools

Perkakas pribadi

Navigasi

Perkakas

CP2K: Perbedaan antara revisi

Revisi terkini sejak 15 Januari 2024 10.25

Daftar isi

Modul CP2K

Menjalankan CP2K

Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)

Login SSH

Menyiapkan File Komputasi

Template SLURM Submit Script CP2K

Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk CP2K

Menjalankan Job Komputasi

Menghentikan Job Komputasi

Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)

Login Web EFIRO

Membuka Job Composer dan Memilih Template Job

Menyiapkan File Komputasi

Melengkapi Submit Script

Panduan Nilai Maksimal SBATCH

Menjalankan Job Komputasi

Menghentikan Job Komputasi

Melihat Output Komputasi

Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email

Pelaporan Kendala dan Support

@@ Baris 8: / Baris 8: @@
 |+Modul CP2K versi CPU
 ! rowspan="2" |Versi
-! rowspan="2" |Nama modul
+! rowspan="2" |Nama modul software
-! rowspan="2" |Modul
-DEFAULT
 ! colspan="4" |Dukungan hardware
 |-
@@ Baris 22: / Baris 20: @@
 |9.1
 |cp2k/9.1-GCC10-MKL
-|V
 |V
 | -
@@ Baris 29: / Baris 26: @@
 |}
 {| class="wikitable"
-|+Modul CP2K dengan akselerasi GPU (''Modul ini sedang dalam tahap pengujian)''
+|+Modul CP2K versi GPU (''Modul ini sedang dalam tahap pengujian)''
 ! rowspan="2" |Versi
-! rowspan="2" |Nama modul
+! rowspan="2" |Nama modul software
-! rowspan="2" |Modul
-DEFAULT
 ! colspan="4" |Dukungan hardware
 |-
@@ Baris 45: / Baris 40: @@
 |9.1
 |cp2k/9.1-GCC10-MKL-CUDA
-|V
 |V
 | V
@@ Baris 52: / Baris 46: @@
 |}
-== '''Menjalankan CP2K di Compute Node''' ==
+== '''Menjalankan CP2K''' ==
-User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui tampilan terminal atau GUI web EFIRO.
+User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO ''(klik expand atau kembangkan)''.
-===Mengecek Kredit Core Hour bagi Akun Perseorangan===
+===Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)===
-User dengan akun perseorangan disarankan untuk selalu mengecek sisa Kredit Core Hour sebelum melakukan job submission dengan menjalankan perintah pada terminal:
+{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
- $ '''sausage'''
+! colspan="2" |Langkah Menjalankan CP2K di Terminal
-Bagi yang login ke web EFIRO, buka terminal pada menu '''<code>Clusters</code> > <code>Aleleon Shell Access</code>'''
-===Terminal - SLURM sbatch===
 [[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]
-Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch.
-{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
-! colspan="2" |Langkah Menjalankan CP2K via SLURM sbatch
 |-
-| rowspan="2" |'''0'''
+|'''0'''
-|Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
+|
+===== Login SSH =====
+Tatacara login SSH lihat laman [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_|_Login_SSH '''Login SSH ALELEON Supercomputer'''].
 |-
-|Login dengan SSH:
+|'''1'''
-*User OS Windows dan MacOS -> <code>'''$ ssh <''username''>@aleleon.hpc'''</code>
+|
-*User OS Linux -> <code>'''$ ssh <''username''>@10.192.50.10'''</code>
+===== Menyiapkan File Komputasi =====
+Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:
+*File input dan data komputasi.
+**User dapat upload / download file ke ALELEON dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
+*Membuat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
+**Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
+|-
+| rowspan="2" |'''2'''
+|
+===== Template SLURM Submit Script CP2K =====
+Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.
+{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
+!Template SLURM Submit Script untuk CP2K versi CPU
 |-
-|'''1'''
+|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
-|Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user.
+#!/bin/bash
-*[[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''User dapat melakukan upload / download file dengan bantuan aplikasi FTP''']]
-*Untuk kerapian data, disarankan untuk menaruh satu job pada satu folder tersendiri.
+# -----------------------------------------------------
+# Template SLURM Submit Script
+# CP2K (versi CPU) | rev.080124
+#
+# NOTES:
+# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
+# 2. Template ini bersifat referensi.
+#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
+# -----------------------------------------------------
+# -----------------------------------------------------
+# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
+# -----------------------------------------------------
+# Alokasi jumlah core thread CPU
+#SBATCH --ntasks=////
+# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
+#SBATCH --mem=////GB
+# Alokasi limit waktu menjalankan job
+# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
+#SBATCH --time=////
+# Definisi file untuk menampung output terminal program
+#SBATCH --output=result-%j.txt
+# Definisi file untuk menampung output error log
+#SBATCH --error=error-%j.txt
+# Nama input file CP2K yang dijalankan
+INPUT_FILE="////.inp"
+# Memuat modul software CP2K versi CPU
+# Daftar modul lihat subbab "Modul CP2K" di atas
+module load cp2k////
+# ----------------------------------------------------
+# Script jalannya program
+# ----------------------------------------------------
+# Perintah menjakankan CP2K
+mpirun -np ${SLURM_NTASKS} cp2k.zen2 ${INPUT_FILE}
+</syntaxhighlight>
+|}
+{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
+!Template SLURM Submit Script untuk CP2K versi GPU
 |-
-|'''2'''
+|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
-|Buat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job dengan panduan berikut:
+#!/bin/bash
-*Nama script dibebaskan dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
-*Buat script pada direktori yang sama dengan file komputasi yang akan dijalankan.
+# -----------------------------------------------------
-*Ikuti panduan template berikut dan petunjuk pada NOTES di dalamnya.
+# Template SLURM Submit Script
-{| class="wikitable"
+# CP2K (versi GPU) | rev.080124
-! colspan="5" |Panduan nilai maks SBATCH untuk CP2K''<sup>1</sup>''
+#
+# NOTES:
+# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
+# 2. Template ini bersifat referensi.
+#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
+# 3. Jumlah ntasks dan gpu berdasarkan doc CP2K
+#    Menggunakan rate komputasi 9 CCH/jam & 1 GH/jam
+# -----------------------------------------------------
+# -----------------------------------------------------
+# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
+# -----------------------------------------------------
+# Menggunakan partisi compute node GPU
+#SBATCH --partition=ampere
+# Alokasi jumlah core thread CPU
+#SBATCH --ntasks=9
+# Alokasi jumlah GPU
+#SBATCH --gpus=1
+# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
+#SBATCH --mem=64GB
+# Alokasi limit waktu menjalankan job
+# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
+#SBATCH --time=////
+# Definisi file untuk menampung output terminal program
+#SBATCH --output=result-%j.txt
+# Definisi file untuk menampung output error log
+#SBATCH --error=error-%j.txt
+# Nama input file CP2K yang dijalankan
+INPUT_FILE="////.inp"
+# Memuat modul software CP2K versi GPU
+# Daftar modul lihat subbab "Modul CP2K" di atas
+module load cp2k////
+# ----------------------------------------------------
+# Script jalannya program
+# ----------------------------------------------------
+# Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
+unset UCX_TLS
+unset UCX_NET_DEVICES
+# Perintah menjakankan CP2K
+mpirun -np ${SLURM_NTASKS} cp2k.zen2 ${INPUT_FILE}
+</syntaxhighlight>
+|}
 |-
-! rowspan="2" |Parameter
+|
-! rowspan="2" |Fair policy usage''<sup>2</sup>''
+===== Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk CP2K =====
-! colspan="3" |CP2K
+{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
+! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
 |-
-!Multi-node MPI<sup>''3''</sup>
+!Skenario Komputasi
-!High-mem node
+!ntasks
-epyc001
+(CPU)
-!Versi GPU''<sup>5</sup>''
+!mem
+(RAM)
+!gpus
+(GPU)
+!time
+(time limit)
 |-
-| ntasks (CPU)
+| Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
 |128
+|128GB
+|2
+| rowspan="4" |3-00:00:00
+atau
+:00:00
+|-
+|CP2K versi CPU''<sup>2</sup>''
 |384
+|240GB''<sup>2</sup>''
+|0
+|-
+|CP2K versi CPU di high-mem node
+* Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
 |128
+|500GB
+|0
+|-
+|CP2K versi GPU''<sup>3</sup>''
 |9
+|64GB
+|1
 |-
-|mem (RAM)
+| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
-|128GB
+# Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
-|240GB
+#* User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
-|500GB'''<sup>''4''</sup>'''
+#* Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
-|64GB
+# CP2K mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
+#* SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
+#* Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
+#* Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
+#Berdasarkan rekomendasi dokumentasi CP2K.
 |-
-|time (time limit)
+! colspan="5" |Keterangan tambahan
-| colspan="4" |3-00:00:00 atau 72:00:00
 |-
-|gpus (GPU)
+| colspan="5" |
-|2
+* '''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
-|0
+** SLURM akan menahan job apabila:
-|0
+*** ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
-|1
+*** gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
-|}'''Note:'''
+** Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah:
-#Info semua SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
-# Info limitasi fair policy usage lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
+  $ '''sausage'''
-# CP2K mendukung komputasi paralel MPI untuk berjalan ''multi-node'' lebih dari 128 core thread.
-#* Info lebih detail lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
+* Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
-#User dapat menggunakan memori RAM hingga '''500GB''' pada node epyc001 saja.
-#*Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
-#Nilai maks versi GPU berdasarkan rekomendasi dokumentasi CP2K.
-{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
-!Template SLURM Submit Script CP2K versi CPU
-|-
-|
- #!/bin/bash
- # -------------------------------------------------------------
- # | Template SLURM Submit Script
- # | Software        : CP2K (CPU)
- # | Update script  r: 06/10/2023
- # |
- # | NOTES:
- # | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
- # | 2. Template ini bersifat referensi.
- # |    User dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
- # | 3. Panduan menjalankan CP2K di ALELEON lihat:
- # |    [[COMCOT|https://wiki.efisonlt.com/wiki/CP2K]]
- # -------------------------------------------------------------
- # --------------------------------------------------
- # Alokasi komputasi, modul software, dan file input
- # --------------------------------------------------
- # Alokasi jumlah core thread CPU
- #SBATCH --ntasks=////
- # Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
- #SBATCH --mem=////GB
- # Alokasi limit waktu menjalankan job.
- # Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
- #SBATCH --time=////
-  # Definisi file untuk menampung output terminal
- #SBATCH --output=result-%j.txt
- # Definisi file untuk menampung output error log
- #SBATCH --error=error-%j.txt
- # Nama input file CP2K dengan format file-nya
- INPUT_FILE='////.inp'
- # Memuat modul software CP2K versi CPU
- # Daftar modul CP2K lihat subbab "Modul CP2K" pada
- # [[COMCOT|https://wiki.efisonlt.com/wiki/CP2K]]
- module load cp2k////
- # -------------------------------------------------
- # RUN SCRIPT
- # -------------------------------------------------
- # Perintah menjalankan CP2K
- mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx cp2k.zen2 $INPUT_FILE
-|}
-{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
-!Template SLURM Submit Script CP2K versi GPU
-|-
-|
- #!/bin/bash
- # -------------------------------------------------------------
- # | Template SLURM Submit Script
- # | Software        : CP2K (GPU) - EKSPERIMENTAL
- # | Update script  r: 06/10/2023
- # |
- # | NOTES:
- # | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
- # | 2. Template ini bersifat referensi.
- # |    User dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
- # | 3. Panduan menjalankan CP2K di ALELEON lihat:
- # |    [[COMCOT|https://wiki.efisonlt.com/wiki/CP2K]]
- # -------------------------------------------------------------
- # --------------------------------------------------
- # Alokasi komputasi, modul software, dan file input
- # --------------------------------------------------
- #SBATCH --partition=ampere
- # Alokasi jumlah core thread CPU 9 menurut dokumentasi CP2K
- #SBATCH --ntasks=9
- # Alokasi jumlah GPU 1 menurut dokumentasi CP2K
- #SBATCH --gpus=1
- # Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
- #SBATCH --mem=////GB
- # Alokasi limit waktu menjalankan job.
- # Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
- #SBATCH --time=////
- # Definisi file untuk menampung output terminal
- #SBATCH --output=result-%j.txt
- # Definisi file untuk menampung output error log
- #SBATCH --error=error-%j.txt
- # Nama input file CP2K dengan format file-nya
- INPUT_FILE='////.inp'
- # Memuat modul software CP2K versi GPU
- module load cp2k/9.1-GCC10-MKL-CUDA
- # -------------------------------------------------
- # RUN SCRIPT
- # -------------------------------------------------
- # Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
- unset UCX_TLS
- unset UCX_NET_DEVICES
- # Perintah menjalankan CP2K
- mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx cp2k.zen2 $INPUT_FILE
 |}
 |-
 | '''3'''
-|Jalankan job dengan perintah sbatch.
+|
+===== Menjalankan Job Komputasi =====
+Jalankan job dengan perintah sbatch.
   $ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
 Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
@@ Baris 281: / Baris 296: @@
 |-
 |'''4B'''
-|Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
+|
+===== Menghentikan Job Komputasi =====
+Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
 *Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
 * User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
@@ Baris 288: / Baris 305: @@
   $ scancel 231
 |}
-===GUI Web - EFIRO Job Composer===
+===Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)===
+{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
+! colspan="2" | Langkah Menjalankan CP2K di Web EFIRO
 [[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|500x500px]]
+|-
+|'''0'''
+|
+===== Login Web EFIRO =====
-Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer.
+* [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
-{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
+* Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>'''  lalu masukkan username dan password user.
-! colspan="2" | Langkah Menjalankan CP2K via EFIRO Job Composer
+**Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
-|-
-| rowspan="2" |'''0'''
-|Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
-|-
-|Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>''' kemudian masukkan username dan password user.
-*Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
 |-
 |'''1'''
-|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>'''
+|
-[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=]]
+===== Membuka Job Composer dan Memilih Template Job =====
+* Buka menu '''<code>Jobs</code>''' > '''<code>Jobs Composer</code>''' pada dashboard EFIRO.
+* Pilih '''<code>New Job</code>''' > '''<code>From Template</code>'''
+[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|''Menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''''' ]][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|220x220px|''Menu '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''''']]
 |-
 |'''2'''
-|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>'''
+|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|nirbing|600x600px]]
-[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px]]
-|-
+* PIlih template CP2K yang diinginkan.
-|'''3'''
+* Isi atau ganti kolom '''<code>Job Name</code>''' sesuai keinginan user.
-|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template CP2K yang diinginkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.|400x400px]]
+* Apabila sudah selesai, klik '''<code>Create New Job</code>'''.
 {| class="wikitable"
 ! colspan="2" |Template CP2K yang tersedia
@@ Baris 318: / Baris 341: @@
 |-
 |CP2K 9.1 (CPU)
-|Menjalankan CP2K versi 9.1 di CPU
+|Menjalankan CP2K 9.1 pada CPU
 |-
-|CP2K 9.1 (GPU) Eksperimental
+|CP2K 9.1 (GPU)
-|Menjalankan CP2K versi 9.1 di GPU. Dalam fase pengujian
+|Menjalankan CP2K 9.1 dengan akselerasi GPU.
 |}
 |-
-|'''4'''
+|'''3'''
-|[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]
+|
-Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.'''
+===== Menyiapkan File Komputasi =====
-*Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
+[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]
-*''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''.''
-**''Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.''
+Gunakan menu <code>'''Edit Files'''</code> untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.
+* Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
+* Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas '''2GB per file'''.
+** Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] untuk upload file tunggal diatas 2GB.
 |-
-|'''5'''
+| rowspan="2" |'''4'''
-|[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px]]
+|
+===== Melengkapi Submit Script =====
+Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.
+* Lengkapi Submit Script melalui menu '''<code>Open Editor</code>'''.
+* Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
+* Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.
-Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).
+[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px]]
-*''Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.''
-*Template ini bersifat referensi, user dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
-{| class="wikitable"
-! colspan="5" |Panduan nilai maks SBATCH untuk CP2K''<sup>1</sup>''
 |-
-! rowspan="2" |Parameter
+|
-! rowspan="2" |Fair policy usage''<sup>2</sup>''
+===== Panduan Nilai Maksimal SBATCH =====
-! colspan="3" |CP2K
+{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
+! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
 |-
-!Multi-node MPI<sup>''3''</sup>
+!Skenario Komputasi
-!High-mem node
+!ntasks
-!Versi GPU''<sup>5</sup>''
+(CPU)
+!mem
+(RAM)
+!gpus
+(GPU)
+!time
+(time limit)
 |-
-| ntasks (CPU)
+| Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
 |128
+|128GB
+|2
+| rowspan="4" |3-00:00:00
+atau
+:00:00
+|-
+|CP2K versi CPU''<sup>2</sup>''
 |384
+|240GB''<sup>2</sup>''
+|0
+|-
+|CP2K versi CPU di high-mem node
+* Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
 |128
+|500GB
+|0
+|-
+|CP2K versi GPU''<sup>3</sup>''
 |9
+|64GB
+|1
 |-
-|mem (RAM)
+| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
-|128GB
+# Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
-|240GB
+#* User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
-|500GB'''<sup>''4''</sup>'''
+#* Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
-|64GB
+# CP2K mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
+#* SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
+#* Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
+#* Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
+#Berdasarkan rekomendasi dokumentasi CP2K.
 |-
-|time (time limit)
+! colspan="5" |Keterangan tambahan
-| colspan="4" |3-00:00:00 atau 72:00:00
 |-
-|gpus (GPU)
+| colspan="5" |
-|2
+*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
-|0
+** SLURM akan menahan job apabila:
-|0
+*** ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
-|1
+*** gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
+** Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu '''<code>Open Terminal</code>''' dan jalankan perintah:
+ $ '''sausage'''
+[[Berkas:Jcjoboption4.png|nirbing|600x600px]]
+* Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
 |}
-'''Note:'''
-#Info semua SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
-# Info limitasi fair policy usage lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
-# CP2K mendukung komputasi paralel MPI untuk berjalan ''multi-node'' lebih dari 128 core thread.
-#* Info lebih detail lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
-#User dapat menggunakan memori RAM hingga '''500GB''' pada node epyc001 saja.
-#*Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
-#Nilai maks versi GPU berdasarkan rekomendasi dokumentasi CP2K.
 |-
-|'''6A'''
+|'''5'''
-|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
+|
+===== Menjalankan Job Komputasi =====
+Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
 [[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
-Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':'''
 {| class="wikitable"
+|+''Penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''
 !Status
 !Arti
@@ Baris 396: / Baris 452: @@
 |Queue
 |Job mengantri dan belum berjalan.
+{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
+!Langkah melihat status job ketika queue
+|-
+|Buka <code>'''Jobs > Active Jobs'''</code> pada dashboard EFIRO.
+*Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini
+[[Berkas:Efiroqueueedit.png|al=|jmpl|''Halaman Active Jobs. Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status  job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].'''''|kiri]]
+|}
 |-
 |Completed
@@ Baris 403: / Baris 466: @@
 |Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
 |}
-|-
+===== Menghentikan Job Komputasi =====
-|'''6B'''
+Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''<code>Stop</code>'''.
-|Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''.
 [[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]
 |-
-|'''7A'''
+|'''6A'''
-|Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.]]
+|
+===== Melihat Output Komputasi =====
+User dapat melihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
+* Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>'''
+[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
 |-
-|'''7B'''
+|'''6B'''
 |User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' dengan mengklik kembali tombol '''<code>Submit</code>'''.
 |}
 =='''Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email'''==
-SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada SLURM Submit Script (dapat ditambahkan setelah SBATCH error) apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:
+SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:<syntaxhighlight lang="bash">
- #SBATCH --mail-user='''<''alamat-email-user''>'''
+#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
- #SBATCH --mail-type=begin
+#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL
- #SBATCH --mail-type=end
+</syntaxhighlight>SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:
-Keterangan:
+*BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
-*'''mail-user'''
+*END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
-** Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
+*FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
-*'''mail-type=begin'''**Notifikasi email yang menginfokan job sudah berjalan.
+*TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
-*'''mail-type=end'''
+*TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.
-**Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
-**Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari file output SBATCH output dan error job user.
 =='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
-Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi COMCOT, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
+Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
 [[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]