CP2K: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Menjalankan CP2K: mengubah judul tabel) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (italic deskripsi gambar) |
||
(5 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan) | |||
Baris 48: | Baris 48: | ||
== '''Menjalankan CP2K''' == | == '''Menjalankan CP2K''' == | ||
User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO ''(klik expand atau kembangkan)''. | User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO ''(klik expand atau kembangkan)''. | ||
===Menggunakan terminal (SLURM sbatch)=== | ===Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)=== | ||
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | ||
! colspan="2" |Langkah Menjalankan CP2K di Terminal | ! colspan="2" |Langkah Menjalankan CP2K di Terminal | ||
Baris 66: | Baris 66: | ||
*Membuat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi. | *Membuat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi. | ||
**Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>'' | **Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>'' | ||
|- | |- | ||
| rowspan="2" |'''2''' | | rowspan="2" |'''2''' | ||
Baris 192: | Baris 187: | ||
|- | |- | ||
| | | | ||
===== Panduan Nilai Maksimal SBATCH ===== | ===== Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk CP2K ===== | ||
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | ||
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time | ! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time | ||
Baris 310: | Baris 305: | ||
$ scancel 231 | $ scancel 231 | ||
|} | |} | ||
===Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)=== | ===Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)=== | ||
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | ||
! colspan="2" | Langkah Menjalankan CP2K di Web EFIRO | ! colspan="2" | Langkah Menjalankan CP2K di Web EFIRO | ||
Baris 330: | Baris 325: | ||
* Pilih '''<code>New Job</code>''' > '''<code>From Template</code>''' | * Pilih '''<code>New Job</code>''' > '''<code>From Template</code>''' | ||
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|Menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''' ]][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|220x220px|Menu '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''']] | [[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|''Menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''''' ]][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|220x220px|''Menu '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''''']] | ||
|- | |- | ||
|'''2''' | |'''2''' | ||
Baris 457: | Baris 452: | ||
|Queue | |Queue | ||
|Job mengantri dan belum berjalan. | |Job mengantri dan belum berjalan. | ||
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | |||
!Langkah melihat status job ketika queue | |||
|- | |||
|Buka <code>'''Jobs > Active Jobs'''</code> pada dashboard EFIRO. | |||
*Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini | |||
[[Berkas:Efiroqueueedit.png|al=|jmpl|''Halaman Active Jobs. Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].'''''|kiri]] | |||
|} | |||
|- | |- | ||
|Completed | |Completed | ||
Baris 476: | Baris 478: | ||
* Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>''' | * Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>''' | ||
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]] | [[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']] | ||
|- | |- | ||
|'''6B''' | |'''6B''' |
Revisi terkini sejak 15 Januari 2024 10.25
CP2K adalah package untuk quantum chemistry dan solid state physics yang dapat melakukan simulasi liquid, molekolar, periodik, material, kristal, dan sistem biologis. CP2K menggunakan pemodelan DFT dengan pendekatan Gaussian and plane waves GPW dan GAPW.
Modul CP2K
Berikut adalah detail versi CP2K yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
Versi | Nama modul software | Dukungan hardware | |||
---|---|---|---|---|---|
CPU | GPU | OMP
Threading |
MPI
multi-node | ||
9.1 | cp2k/9.1-GCC10-MKL | V | - | - | V |
Versi | Nama modul software | Dukungan hardware | |||
---|---|---|---|---|---|
CPU | GPU | OMP
Threading |
MPI
multi-node | ||
9.1 | cp2k/9.1-GCC10-MKL-CUDA | V | V | - | V |
Menjalankan CP2K
User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO (klik expand atau kembangkan).
Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)
Langkah Menjalankan CP2K di Terminal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 |
Login SSHTatacara login SSH lihat laman Login SSH ALELEON Supercomputer. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1 |
Menyiapkan File KomputasiSiapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
Template SLURM Submit Script CP2KIkuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk CP2K
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
Menjalankan Job KomputasiJalankan job dengan perintah sbatch. $ sbatch <nama-SLURM-Submit-script> Contoh menjalankan nama script $ sbatch my_job_submission.sh | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4A | User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
$ squeue -ul $USER Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4B |
Menghentikan Job KomputasiApabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
$ scancel <job-ID-submission-user> Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. $ scancel 231 |
Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)
Langkah Menjalankan CP2K di Web EFIRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 |
Login Web EFIRO
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1 |
Membuka Job Composer dan Memilih Template Job
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
Menyiapkan File KomputasiGunakan menu
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
Melengkapi Submit ScriptSubmit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Panduan Nilai Maksimal SBATCH
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 |
Menjalankan Job KomputasiJalankan job dengan klik tombol
Menghentikan Job KomputasiUntuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6A |
Melihat Output KomputasiUser dapat melihat output file komputasi pada kolom
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6B | User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama dengan mengklik kembali tombol Submit .
|
Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:
#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL
SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:
- BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
- END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
- FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
- TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
- TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.
Pelaporan Kendala dan Support
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
---
Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:
support@efisonlt.com