CP2K: Perbedaan antara revisi

Revisi per 10 Januari 2024 06.43

CP2K adalah package untuk quantum chemistry dan solid state physics yang dapat melakukan simulasi liquid, molekolar, periodik, material, kristal, dan sistem biologis. CP2K menggunakan pemodelan DFT dengan pendekatan Gaussian and plane waves GPW dan GAPW.

Modul CP2K

Berikut adalah detail versi CP2K yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul CP2K versi CPU
Versi	Nama modul software	Dukungan hardware
Versi	Nama modul software	CPU	GPU	OMP Threading	MPI multi-node
9.1	cp2k/9.1-GCC10-MKL	V	-	-	V

Modul CP2K versi GPU (*Modul ini sedang dalam tahap pengujian)*
Versi	Nama modul software	Dukungan hardware
Versi	Nama modul software	CPU	GPU	OMP Threading	MPI multi-node
9.1	cp2k/9.1-GCC10-MKL-CUDA	V	V	-	V

Menjalankan CP2K di Compute Node

User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui tampilan terminal atau GUI web EFIRO (klik expand atau kembangkan).

Menggunakan terminal - SLURM sbatch

Langkah Menjalankan CP2K di Terminal melalui SLURM sbatch

0

Login SSH

Tatacara login SSH lihat laman Login SSH ALELEON Supercomputer.

1

Menyiapkan File Komputasi

Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, direkomendasikan dalam satu folder per job:

File input dan data komputasi.
- User dapat upload / download file ke ALELEON dengan software FTP.
Membuat SLURM Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
- Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh my_job_submission.sh

$ mkdir kerjaanskripsi
$ cd kerjaanskripsi
$ touch my_job_submission.sh

... upload / menyiapkan data input komputasi dll ...

2

Template SLURM Submit Script CP2K

Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.

Template SLURM Submit Script untuk CP2K versi CPU

#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# CP2K (versi CPU) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file CP2K yang dijalankan
INPUT_FILE="////.inp"

# Memuat modul software CP2K versi CPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul CP2K" di atas 
module load cp2k////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan CP2K
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} --mca pml ucx --mca osc ucx cp2k.zen2 ${INPUT_FILE}

Template SLURM Submit Script untuk CP2K versi GPU

#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# CP2K (versi GPU) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Jumlah ntasks dan gpu berdasarkan doc CP2K
#    Menggunakan rate komputasi 9 CCH/jam & 1 GH/jam
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=9

# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=1

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=64GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file CP2K yang dijalankan
INPUT_FILE="////.inp"

# Memuat modul software CP2K versi GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul CP2K" di atas 
module load cp2k////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
unset UCX_TLS
unset UCX_NET_DEVICES

# Perintah menjakankan CP2K
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} --mca pml ucx --mca osc ucx cp2k.zen2 ${INPUT_FILE}

Panduan Nilai Maksimal SBATCH

Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
Skenario Komputasi	Nilai maksimal SBATCH
Skenario Komputasi	ntasks (CPU)	mem (RAM)	gpus (GPU)	time (time limit)
Fair policy usage untuk akumulasi semua job¹	128	128GB	2	3-00:00:00 atau 72:00:00
CP2K versi CPU²	384	240GB²	0
CP2K versi CPU di high-mem node³	128	500GB	0
CP2K versi GPU⁴	9	64GB	1
Keterangan: Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer. User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi apabila membutuhkan alokasi lebih. Info lebih detail lihat laman Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer CP2K mendukung komputasi paralel MPI (multi-node): Pada jumlah ntasks >128, SLURM otomatis menjalankan job multi-node. Dalam kaitan ini, parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node. Info lebih detail lihat laman MPI ALELEON Supercomputer. User dapat mengalokasikan RAM hingga 500GB pada high-mem node. Tambahkan parameter `#SBATCH --nodelist=epyc001` Nilai maks versi GPU berdasarkan rekomendasi dokumentasi CP2K.
Keterangan tambahan
Sisa Core Hour pada akun perseorangan menentukan besar ntasks, gpus, dan time: SLURM akan menahan job apabila: ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user. gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user. Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah sausage: $ sausage Info SBATCH lebih detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer

3

Menjalankan Job Komputasi

Jalankan job dengan perintah sbatch.

$ sbatch <nama-SLURM-Submit-script>

Contoh menjalankan nama script my_job_submission.sh.

$ sbatch my_job_submission.sh

4A

User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.

Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.

$ squeue -ul $USER

Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:

Daftar STATE squeue SLURM
STATE	Kepanjangan	Penjelasan
R	RUN	Job berjalan
PD	PENDING	Job tertahan, lihat keterangan NODELIST(REASON)
CG	COMPLETING	Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
CA	CANCELED	Job dibatalkan oleh user
PR	PREEMPETED	Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
S	SUSPENDED	Job ditahan oleh admin EFISON

4B

Menghentikan Job Komputasi

Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.

Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.

$ scancel <job-ID-submission-user>

Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.

$ scancel 231

Menggunakan Web EFIRO - EFIRO Job Composer

Langkah Menjalankan CP2K via EFIRO Job Composer

0

Login Web EFIRO

User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer.
Buka alamat web http://aleleon.ood lalu masukkan username dan password user.
- Bagi user Linux, buka alamat http://10.192.50.11

1

Membuka Job Composer dan Memilih Template Job

Buka menu Jobs > Jobs Composer pada dashboard EFIRO.

Pilih New Jobs > From Template

Pilih template yang diinginkan. Isi atau ganti Job Name sesuai keinginan user, kemudian klik Create New Job.

Template CP2K yang tersedia
Nama Template	Penjelasan
CP2K 9.1 (CPU)	Menjalankan CP2K 9.1 pada CPU
CP2K 9.1 (GPU)	Menjalankan CP2K 9.1 dengan akselerasi GPU.

2

Menyiapkan File Komputasi

Gunakan menui Edit Files untuk upload file komputasi yang dibutuhkan. Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.

Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas 2GB per file.

Gunakan aplikasi FTP untuk upload file tunggal diatas 2GB.

3

Melengkapi Submit Script

Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.

Lengkapi Submit Script melalui menu Open Editor.
Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
Jangan lupa klik Save setiap sekali mengubah script.

Panduan Nilai Maksimal SBATCH

Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
Skenario Komputasi	Nilai maksimal SBATCH
Skenario Komputasi	ntasks (CPU)	mem (RAM)	gpus (GPU)	time (time limit)
Fair policy usage untuk akumulasi semua job¹	128	128GB	2	3-00:00:00 atau 72:00:00
CP2K versi CPU²	384	240GB²	0
CP2K versi CPU di high-mem node³	128	500GB	0
CP2K versi GPU⁴	9	64GB	1
Keterangan: Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer. User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi apabila membutuhkan alokasi lebih. Info lebih detail lihat laman Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer CP2K mendukung komputasi paralel MPI (multi-node): Pada jumlah ntasks >128, SLURM otomatis menjalankan job multi-node. Dalam kaitan ini, parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node. Info lebih detail lihat laman MPI ALELEON Supercomputer. User dapat mengalokasikan RAM hingga 500GB pada high-mem node. Tambahkan parameter `#SBATCH --nodelist=epyc001` Nilai maks versi GPU berdasarkan rekomendasi dokumentasi CP2K.
Keterangan tambahan
Sisa Core Hour pada akun perseorangan menentukan besar ntasks, gpus, dan time: SLURM akan menahan job apabila: ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user. gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user. Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu `Open Terminal` dan jalankan perintah: $ sausage Info SBATCH lebih detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer

4

Menjalankan Job Komputasi

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

*Penjelasan kolom **`Status`,** pantau dengan refresh halaman job*
Status	Arti
Not Submitted	Job belum pernah dijalankan.
Running	Job berjalan.
Queue	Job mengantri dan belum berjalan.
Completed	Job selesai berjalan.
Failed	Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

Menghentikan Job Komputasi

Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop.

5A

Melihat Output Komputasi

User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom Folder Contents.

atau dengan membuka menu Edit Files.

5B User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama dengan mengklik kembali tombol Submit.

Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email

SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:

#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user> 
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL

SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:

BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi CP2K, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:

support@efisonlt.com

@@ Baris 319: / Baris 319: @@
 ===== Login Web EFIRO =====
-* [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
+* [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
 * Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>'''  lalu masukkan username dan password user.
 **Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
 |-
 |'''1'''
-|[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|al=|nir|jmpl|300x300px|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''']]
-|-
-|'''2'''
 |
-===== Memilih Template Job =====
+===== Membuka Job Composer dan Memilih Template Job =====
-[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|180x180px|Pilih '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''']][[Berkas:Jcselecttemplate2.png|nir|jmpl|400x400px|Pilih template yang diinginkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.]]
+[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|Buka menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''' pada dashboard EFIRO.]][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|180x180px|Pilih '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''']][[Berkas:Jcselecttemplate2.png|nir|jmpl|400x400px|Pilih template yang diinginkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.]]
 {| class="wikitable"
 ! colspan="2" |Template CP2K yang tersedia
@@ Baris 343: / Baris 340: @@
 |}
 |-
-|'''3'''
+| rowspan="2" |'''2'''
 |
 ===== Menyiapkan File Komputasi =====
-[[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|600x600px|Gunakan menui <code>'''Edit Fles'''</code> untuk upload file komputasi yang dibutuhkan. Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.]]''Perlu diketahui upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''.''
+[[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|600x600px|Gunakan menui <code>'''Edit Files'''</code> untuk upload file komputasi yang dibutuhkan. Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.]]
-*''Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.''
+|-
+|''Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas '''2GB per file'''.''
+*''Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] untuk upload file tunggal diatas 2GB.''
 |-
-| rowspan="2" |'''4'''
+| rowspan="2" |'''3'''
 |
 ===== Melengkapi Submit Script =====
-Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi '''Submit Script''' dengan mengikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
+Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.
-*''Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.''
+* Lengkapi Submit Script melalui menu '''<code>Open Editor</code>'''.
+* Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
+* Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.
 [[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px]]
 |-
@@ Baris 414: / Baris 417: @@
 *** ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
 *** gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
-** Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu '''<code>Open Terminal</code>''' dan jalankan perintah sausage.
+** Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu '''<code>Open Terminal</code>''' dan jalankan perintah:
   $ '''sausage'''
 [[Berkas:Jcjoboption4.png|nirbing|600x600px]]
@@ Baris 420: / Baris 423: @@
 |}
 |-
-|'''5'''
+|'''4'''
 |
 ===== Menjalankan Job Komputasi =====
@@ Baris 451: / Baris 454: @@
 [[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]
 |-
-|'''6A'''
+|'''5A'''
 |
 ===== Melihat Output Komputasi =====
 [[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.]]
 |-
-|'''6B'''
+|'''5B'''
 |User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' dengan mengklik kembali tombol '''<code>Submit</code>'''.
 |}

Article tools

Perkakas pribadi

Navigasi

Perkakas

CP2K: Perbedaan antara revisi

Revisi per 10 Januari 2024 06.43

Daftar isi

Modul CP2K

Menjalankan CP2K di Compute Node

Menggunakan terminal - SLURM sbatch

Login SSH

Menyiapkan File Komputasi

Template SLURM Submit Script CP2K

Panduan Nilai Maksimal SBATCH

Menjalankan Job Komputasi

Menghentikan Job Komputasi

Menggunakan Web EFIRO - EFIRO Job Composer

Login Web EFIRO

Membuka Job Composer dan Memilih Template Job

Menyiapkan File Komputasi

Melengkapi Submit Script

Panduan Nilai Maksimal SBATCH

Menjalankan Job Komputasi

Menghentikan Job Komputasi

Melihat Output Komputasi

Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email

Pelaporan Kendala dan Support