DFTB+: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) Tidak ada ringkasan suntingan |
||
Baris 83: | Baris 83: | ||
*Membuat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi. | *Membuat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi. | ||
**Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>'' | **Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>'' | ||
|- | |- | ||
| rowspan="2" |'''2''' | | rowspan="2" |'''2''' | ||
Baris 277: | Baris 271: | ||
*Buka menu '''<code>Jobs</code>''' > '''<code>Jobs Composer</code>''' pada dashboard EFIRO. | *Buka menu '''<code>Jobs</code>''' > '''<code>Jobs Composer</code>''' pada dashboard EFIRO. | ||
*Pilih '''<code>New Job</code>''' > '''<code>From Template</code>''' | *Pilih '''<code>New Job</code>''' > '''<code>From Template</code>''' | ||
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|Menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''']][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|220x220px|Menu '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''']] | [[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|''Menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''''']][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|220x220px|''Menu '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''''']] | ||
|- | |- | ||
|'''2''' | |'''2''' | ||
Baris 415: | Baris 409: | ||
User dapat melihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' | User dapat melihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' | ||
*Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>''' | *Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>''' | ||
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]] | [[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']] | ||
|- | |- | ||
|'''6B''' | |'''6B''' |
Revisi terkini sejak 15 Januari 2024 10.26
DFTB+ adalah software package yang versatil untuk simulasi mechanical quantum. DFTB+ merupakan software tidak berbayar dengan lisensi GNU Lesser General Public License.
Modul DFTB+
Berikut adalah detail versi DFTB+ yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
Versi | Nama modul | Modul
DEFAULT |
Dukungan hardware | |||
---|---|---|---|---|---|---|
CPU | GPU | OMP
Threading |
MPI
multi-node | |||
22.2 | dftbplus/22.2-GCC11.3-AOCL4.0 | V | V | - | V | V |
Pilihan MPI atau Threading OpenMP untuk Menjalankan DFTB+
DFTB+ secara default berjalan dengan paralelisasi OpenMP (OMP). Sementara itu DFTB+ pada ALELEON Supercomputer dicompile dengan MPI sehingga dapat berjalan dengan paralelisasi hybrid MPI/OMP. ALELEON Supercomputer menyerahkan keputusan kepada user untuk memilih metode paralelisasi tersebut melalui konfigurasi pada SLURM Submit Script (lihat subbab Menjalankan DFTB+):
- SBATCH ntasks mewakili jumlah task MPI sedangkan SBATCH cpus-per-task mewakili jumlah thread OMP.
#SBATCH --ntasks -> mewakili jumlah task MPI #SBATCH --cpus-per-task -> mewakili jumlah thread OpenMP
- Apabila ingin Pure MPI maka isi jumlah SBATCH cpus-per-task dengan 1.
# Pure MPI #SBATCH --ntasks=<isi-sesuai-keinginan> #SBATCH --cpus-per-task=1
- Apabila ingin Hybrid MPI/OMP maka isi kedua parameter tersebut. Perlu diingat bahwa total core CPU yang digunakan adalah ntasks * cpus-per-task. Contoh berikut menggunakan 2 proses MPI dan 4 thread OMP per MPI sehingga total menggunakan 8 core CPU:
# Hybrid MPI/OMP, contoh dengan 2 proses MPI dan 4 thread OMP per MPI. #SBATCH --ntasks=2 #SBATCH --cpus-per-task=4
- Apabila ingin Pure OMP maka isi jumlah ntasks dengan 1.
# Pure OMP #SBATCH --ntasks=1 #SBATCH --cpus-per-task=<isi-sesuai-keinginan>
Menyiapkan File Slaster-Koster (SK)
File input DFTB+ membutuhkan file Slater-Koster (SK) pada bagian Hamiltonian yang bisa didapatkan pada tautan berikut. File dalam format .tar sehingga perlu di ekstrak.
Admin menyarankan menaruh / upload folder SK pada direktori HOME supaya dapat diakses oleh banyak job.
$HOME/<folder-file-SK-yang-dibutuhkan>
Pastikan file input dftb_in.hsd pada bagian Hamiltonian menunjuk direktori file SK spesifik pada HOME tersebut.
Menjalankan DFTB+
User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO (klik expand atau kembangkan).
Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)
Langkah Menjalankan DFTB+ di Terminal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 |
Login SSHTatacara login SSH lihat laman Login SSH ALELEON Supercomputer. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1 |
Menyiapkan File KomputasiSiapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
Template SLURM Submit Script DFTB+Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk DFTB+
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
Menjalankan Job KomputasiJalankan job dengan perintah sbatch. $ sbatch <nama-SLURM-Submit-script> Contoh menjalankan nama script $ sbatch my_job_submission.sh | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4A | User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
$ squeue -ul $USER Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4B |
Menghentikan Job KomputasiApabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
$ scancel <job-ID-submission-user> Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. $ scancel 231 |
Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)
Langkah Menjalankan DFTB+ di Web EFIRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 |
Login Web EFIRO
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1 |
Membuka Job Composer dan Memilih Template Job
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
Menyiapkan File KomputasiGunakan menu
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
Melengkapi Submit ScriptSubmit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Panduan Nilai Maksimal SBATCH
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 |
Menjalankan Job KomputasiJalankan job dengan klik tombol
Menghentikan Job KomputasiUntuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6A |
Melihat Output KomputasiUser dapat melihat output file komputasi pada kolom
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6B | User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama dengan mengklik kembali tombol Submit .
|
Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:
#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL
SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:
- BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
- END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
- FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
- TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
- TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.
Pelaporan Kendala dan Support
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
---
Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:
support@efisonlt.com