GAMESS: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(reformat)
(overhaul wiki gamess 120124)
Baris 2: Baris 2:


[https://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/ '''GAMESS'''] (General Atomic and Molecular Electronic Structure System) adalah package ''ab-inito'' kimia kuantum untuk komputasi SCF Wavefunctions.
[https://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/ '''GAMESS'''] (General Atomic and Molecular Electronic Structure System) adalah package ''ab-inito'' kimia kuantum untuk komputasi SCF Wavefunctions.
 
=='''Modul GAMESS'''==
== '''Versi yang Tersedia''' ==
Berikut adalah detail versi GAMESS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Versi
! rowspan="2" |Versi
!Dukungan MPI
! rowspan="2" |Nama modul software
!Dukungan Hardware
! colspan="4" |Dukungan hardware
|-
!CPU
!GPU
!OMP
Threading
!MPI
multi-node
|-
|-
|2020.2
|2020.2
|Pure MPI
|gamess/2020.2-GCC10-MKL
|CPU, multi-node
|V
| -
| -
|V
|}
|}
=='''Menjalankan GAMESS di Job Composer'''==
== '''Menjalankan GAMESS''' ==
{| class="wikitable"
User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO ''(klik expand atau kembangkan)''.
 
===Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan GAMESS di Terminal
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]
|-
|'''0'''
|
===== Login SSH=====
Tatacara login SSH lihat laman [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_|_Login_SSH '''Login SSH ALELEON Supercomputer'''].
|-
|'''1'''
|'''1'''
|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>'''
|
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
===== Menyiapkan File Komputasi =====
Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:*File input dan data komputasi.
**User dapat upload / download file ke ALELEON dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
*Membuat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
**Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
$ mkdir kerjaanskripsi
$ cd kerjaanskripsi
$ nano my_job_submission.sh
''... upload / menyiapkan / edit input dan data komputasi ...''
|-
| rowspan="2" |'''2'''
|
=====Template SLURM Submit Script GAMESS=====
Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script untuk GAMESS versi CPU
|-
|-
|'''2'''
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>'''
#!/bin/bash
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]
 
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# GAMESS | rev.080124
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------
 
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------
 
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
 
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
 
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
 
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
 
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
 
# Nama input file GAMESS yang dijalankan
INPUT_FILE="////.inp"
 
# Memuat modul software GAMESS
# Daftar modul lihat subbab "Modul GAMESS" di atas
module load gamess////
 
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
 
# Perintah menjakankan GAMESS
rungms ${INPUT_FILE} 00 ${SLURM_NTASKS}
</syntaxhighlight>
|}
|-
|
=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk GAMESS=====
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
|-
!Skenario Komputasi
!ntasks
(CPU)
!mem
(RAM)
!gpus
(GPU)
!time
(time limit)
|-
|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
|128
|128GB
|2
| rowspan="3" |3-00:00:00
atau
 
72:00:00
|-
|GAMESS''<sup>2</sup>''
|384
|240GB''<sup>2</sup>''
|0
|-
|GAMESS di high-mem node
*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
|128
|500GB
|0
|-
| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
#GAMESS mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
|-
! colspan="5" |Keterangan tambahan
|-
| colspan="5" |
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
**SLURM akan menahan job apabila:
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah:
$ '''sausage'''
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
|}
|-
|-
|'''3'''
|'''3'''
|
|
==='''Memilih Template GAMESS'''===
=====Menjalankan Job Komputasi=====
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template GAMESS yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
Jalankan job dengan perintah sbatch.
$ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
$ sbatch my_job_submission.sh
|-
|'''4A'''
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
*Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ '''squeue -ul $USER'''
Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Template GAMESS
|+Daftar STATE squeue SLURM
!STATE
!Kepanjangan
!Penjelasan
|-
|R
|RUN
|Job berjalan
|-
|PD
|PENDING
|Job tertahan, lihat keterangan [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|-
|CG
|COMPLETING
|Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
|-
|CA
|CANCELED
|Job dibatalkan oleh user
|-
|PR
|PREEMPETED
|Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
|-
|S
|SUSPENDED
|Job ditahan oleh admin EFISON
|}
|-
|'''4B'''
|
=====Menghentikan Job Komputasi=====
Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
*User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
$ '''scancel <''job-ID-submission-user''>'''
Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.
$ scancel 231
|}
===Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan GAMESS di Web EFIRO
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|500x500px]]
|-
|'''0'''
|
=====Login Web EFIRO=====
*[[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
*Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>'''  lalu masukkan username dan password user.
**Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
|-
|'''1'''
|
=====Membuka Job Composer dan Memilih Template Job=====
*Buka menu '''<code>Jobs</code>''' > '''<code>Jobs Composer</code>''' pada dashboard EFIRO.
*Pilih '''<code>New Job</code>''' > '''<code>From Template</code>'''
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|Menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''']][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|220x220px|Menu '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''']]
|-
|'''2'''
|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|nirbing|600x600px]]
*PIlih template GAMESS yang diinginkan.
*Isi atau ganti kolom '''<code>Job Name</code>''' sesuai keinginan user.
*Apabila sudah selesai, klik '''<code>Create New Job</code>'''.
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Template GAMESS yang tersedia
|-
!Nama Template
!Nama Template
!Penjelasan
!Penjelasan
Baris 35: Baris 248:
|Menjalankan GAMESS versi 2020.2
|Menjalankan GAMESS versi 2020.2
|}
|}
|-
|'''3'''
|
=====Menyiapkan File Komputasi=====
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]
Gunakan menu <code>'''Edit Files'''</code> untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.
*Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
*Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas '''2GB per file'''.
**Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] untuk upload file tunggal diatas 2GB.
|-
|-
| rowspan="2" |'''4'''
| rowspan="2" |'''4'''
|
|
==='''Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job'''===
=====Melengkapi Submit Script=====
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.
*Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.'''
*Lengkapi Submit Script melalui menu '''<code>Open Editor</code>'''.
**Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
*Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
*Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px]]
|-
|-
|''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.''
|
=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH=====
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
|-
|-
|'''5A'''
!Skenario Komputasi
|
!ntasks
==='''Melengkapi Submit Script Template'''===
(CPU)
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
!mem
(RAM)
!gpus
(GPU)
!time
(time limit)
|-
|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
|128
|128GB
|2
| rowspan="3" |3-00:00:00
atau


Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).
72:00:00
*'''''Jangan lupa klik <code>Save</code> setiap sekali mengubah script.'''''
|-
|GAMESS''<sup>2</sup>''
|384
|240GB''<sup>2</sup>''
|0
|-
|GAMESS di high-mem node
*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
|128
|500GB
|0
|-
|-
| rowspan="2" |'''5B'''
| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
|
#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
==='''Panduan lengkap mengisi Submit Script:'''===
#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
[[Berkas:Wiki-14edit.jpg|al=SLURM Script ALELEON Supercomputer|1000x1000px |link=Submit Script ALELEON Supercomputer ]]
#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
#GAMESS mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
|-
! colspan="5" |Keterangan tambahan
|-
|-
|
| colspan="5" |
==='''Fitur MPI pada GAMESS'''===
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
GAMESS menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
**SLURM akan menahan job apabila:
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node''']
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
**User dapat menjalankan PHASE/0 hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu '''<code>Open Terminal</code>''' dan jalankan perintah:
$ '''sausage'''
[[Berkas:Jcjoboption4.png|nirbing|600x600px]]
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
|}
|-
|-
| rowspan="3" |'''6'''
|'''5'''
|
|
==='''Menjalankan Job'''===
=====Menjalankan Job Komputasi=====
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.


[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
|-
|Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':'''
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+''Penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''
!Status
!Status
!Arti
!Arti
Baris 83: Baris 342:
|Job berjalan.
|Job berjalan.
|-
|-
| Queue
|Queue
|Job mengantri dan belum berjalan.
|Job mengantri dan belum berjalan.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Langkah melihat status job ketika queue
|-
|Buka <code>'''Jobs > Active Jobs'''</code> pada dashboard EFIRO.
*Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini
[[Berkas:Efiroqueueedit.png|al=|jmpl|''Halaman Active Jobs. Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status  job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].'''''|kiri]]
|}
|-
|-
|Completed
|Completed
| Job selesai berjalan.
|Job selesai berjalan.
|-
|-
|Failed
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan,
|Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|}
|}
|-
=====Menghentikan Job Komputasi=====
|
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''<code>Stop</code>'''.
=== Stop atau Cancel Job===
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''.


[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Stop.png]]
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]
|-
|-
|'''7A'''
|'''6A'''
|
|
==='''Melihat hasil job yang selesai'''===
=====Melihat Output Komputasi=====
Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
User dapat melihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
*Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>'''
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]]
|-
|-
|'''7B'''
|'''6B'''
|
|User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' dengan mengklik kembali tombol '''<code>Submit</code>'''.
==='''Submit Ulang Job'''===
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan '''mengklik kembali tombol <code>Submit</code>'''.
|}
|}
=='''Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email'''==
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:<syntaxhighlight lang="bash">
#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL
</syntaxhighlight>SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:
*BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
*END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
*FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
*TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
*TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.
=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]
---
Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:
'''support@efisonlt.com'''

Revisi per 12 Januari 2024 05.19

GAMESS.png

GAMESS (General Atomic and Molecular Electronic Structure System) adalah package ab-inito kimia kuantum untuk komputasi SCF Wavefunctions.

Modul GAMESS

Berikut adalah detail versi GAMESS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Versi Nama modul software Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

2020.2 gamess/2020.2-GCC10-MKL V - - V

Menjalankan GAMESS

User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO (klik expand atau kembangkan).

Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)

Langkah Menjalankan GAMESS di Terminal

Sbatch Terminal.png

0
Login SSH

Tatacara login SSH lihat laman Login SSH ALELEON Supercomputer.

1
Menyiapkan File Komputasi

Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:*File input dan data komputasi.

    • User dapat upload / download file ke ALELEON dengan software FTP.
  • Membuat SLURM Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
    • Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh my_job_submission.sh
$ mkdir kerjaanskripsi
$ cd kerjaanskripsi
$ nano my_job_submission.sh

... upload / menyiapkan / edit input dan data komputasi ...
2
Template SLURM Submit Script GAMESS

Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.

Template SLURM Submit Script untuk GAMESS versi CPU 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# GAMESS | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file GAMESS yang dijalankan
INPUT_FILE="////.inp"

# Memuat modul software GAMESS
# Daftar modul lihat subbab "Modul GAMESS" di atas 
module load gamess////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan GAMESS
rungms ${INPUT_FILE} 00 ${SLURM_NTASKS}
Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk GAMESS
Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
Skenario Komputasi ntasks

(CPU)

mem

(RAM)

gpus

(GPU)

time

(time limit)

Fair policy usage untuk akumulasi semua job1 128 128GB 2 3-00:00:00

atau

72:00:00

GAMESS2 384 240GB2 0
GAMESS di high-mem node
  • Tambahkan #SBATCH --nodelist=epyc001
 128 500GB 0
Keterangan:
  1. Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
  2. GAMESS mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
    • SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
    • Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
    • Info detail buka laman MPI ALELEON Supercomputer.
Keterangan tambahan
  • Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:
    • SLURM akan menahan job apabila:
      • ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
      • gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
    • Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah:
$ sausage
3
Menjalankan Job Komputasi

Jalankan job dengan perintah sbatch. 

$ sbatch <nama-SLURM-Submit-script>

Contoh menjalankan nama script my_job_submission.sh. 

$ sbatch my_job_submission.sh
4A User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
  • Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ squeue -ul $USER

Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:

Daftar STATE squeue SLURM
STATE Kepanjangan Penjelasan
R RUN Job berjalan
PD PENDING Job tertahan, lihat keterangan NODELIST(REASON)
CG COMPLETING Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
CA CANCELED Job dibatalkan oleh user
PR PREEMPETED Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
S SUSPENDED Job ditahan oleh admin EFISON
4B
Menghentikan Job Komputasi

Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.

  • Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
  • User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
$ scancel <job-ID-submission-user>

Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. 

$ scancel 231

Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)

Langkah Menjalankan GAMESS di Web EFIRO

Efirojobcomposer3.png

0
Login Web EFIRO
1
Membuka Job Composer dan Memilih Template Job
  • Buka menu Jobs > Jobs Composer pada dashboard EFIRO.
  • Pilih New Job > From Template
Menu Jobs > Jobs Composer
Menu New Jobs > From Template
2 Jcselecttemplate3.png
  • PIlih template GAMESS yang diinginkan.
  • Isi atau ganti kolom Job Name sesuai keinginan user.
  • Apabila sudah selesai, klik Create New Job.
Template GAMESS yang tersedia
Nama Template Penjelasan
GAMESS 2020.2 Menjalankan GAMESS versi 2020.2
3
Menyiapkan File Komputasi

Jcjoboption3.png

Gunakan menu Edit Files untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.

  • Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
  • Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas 2GB per file.
4
Melengkapi Submit Script

Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.

  • Lengkapi Submit Script melalui menu Open Editor.
  • Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
  • Jangan lupa klik Save setiap sekali mengubah script.

Panduan Nilai Maksimal SBATCH
Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
Skenario Komputasi ntasks

(CPU)

mem

(RAM)

gpus

(GPU)

time

(time limit)

Fair policy usage untuk akumulasi semua job1 128 128GB 2 3-00:00:00

atau

72:00:00

GAMESS2 384 240GB2 0
GAMESS di high-mem node
  • Tambahkan #SBATCH --nodelist=epyc001
 128 500GB 0
Keterangan:
  1. Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
  2. GAMESS mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
    • SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
    • Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
    • Info detail buka laman MPI ALELEON Supercomputer.
Keterangan tambahan
  • Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:
    • SLURM akan menahan job apabila:
      • ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
      • gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
    • Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu Open Terminal dan jalankan perintah:
$ sausage

Jcjoboption4.png

5
Menjalankan Job Komputasi

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Penjelasan kolom Status, pantau dengan refresh halaman job
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Langkah melihat status job ketika queue
Buka Jobs > Active Jobs pada dashboard EFIRO.
  • Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini
Halaman Active Jobs. Ubah opsi Your jobs untuk melihat status job user saja. Klik simbol > untuk melihat status job pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
Menghentikan Job Komputasi

Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop.

Stop.png

6A
Melihat Output Komputasi

User dapat melihat output file komputasi pada kolom Folder Contents

  • Atau dengan membuka Edit Files
Kolom Folder Contents.
6B User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama dengan mengklik kembali tombol Submit.

Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email

SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:

#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user> 
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL

SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:

  • BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
  • END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
  • FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
  • TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
  • TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=GAMESS&oldid=1326"