GROMACS: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(italic deskripsi gambar)
 
(28 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 1: Baris 1:
== '''Deskripsi''' ==
 
 
[[Berkas:GROMACS.png|nirbing|450x450px]]
 
[https://www.gromacs.org/ '''GROMACS'''] adalah package berkecepatan tinggi untuk komputasi dinamika molekular baik untuk biokimia (seperti protein, lipids) maupun non-biokimia (seperti polimer).
[https://www.gromacs.org/ '''GROMACS'''] adalah package berkecepatan tinggi untuk komputasi dinamika molekular baik untuk biokimia (seperti protein, lipids) maupun non-biokimia (seperti polimer).


== '''Versi yang Tersedia''' ==
== '''Modul GROMACS''' ==
Berikut adalah detail versi GROMACS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Versi
|+Modul GROMACS versi CPU
!Nama Modul
! rowspan="2" |Versi
!Dukungan MPI
! rowspan="2" |Nama modul software
!Dukungan Hardware
! colspan="4" | Dukungan hardware
!Partisi
|-
!CPU
!GPU
!OMP
Threading
!MPI
multi-node
|-
|-
|2021.1
|2021.1
|gromacs
|gromacs/2021.1-GCC10-MKL
|Hybrid MPI/OMP
|V
|CPU-GPU, parallel multi-node
| -
|epyc, gpu_ampere
| -
|V
|}
{| class="wikitable"
|+Modul GROMACS versi GPU
! rowspan="2" | Versi
! rowspan="2" |Nama modul software
! colspan="4" |Dukungan hardware
|-
!CPU
!GPU
!OMP
Threading
!MPI
multi-node
|-
|2022.4
|gromacs/2022.4-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA11.8
|V
|V
| V
|V
|}
 
== '''Info Menjalankan GROMACS dengan Akselerasi GPU''' ==
ALELEON Supercomputer menyediakan GROMACS yang dapat berjalan dengan akselerasi GPU. Beberapa hal yang perlu diketahui dan menjadi pertimbangan user: 
 
* '''Tidak semua input dan parameter berjalan kencang dengan akselerasi GPU'''.
** Harap user dapat menguji terlebih dahulu dengan nsteps kecil untuk mengetahui peningkatan performa yang bisa diperoleh melalui akselerasi GPU.
** Perhatikan bahwa pengujian tersebut menggunakan kredit CPU Core Hour dan GPU Hour user.
 
* Biasanya, GROMACS mdrun '''tidak memerlukan parameter tambahan''' untuk menjalankan akselerasi GPU. Namun dalam beberapa kasus, optimasi menggunakan parameter tambahan bisa berpengaruh positif ke kecepatan komputasi.
* Referensi mengenai parameter akselerasi GPU lanjutan (-nb, -bonded, -pme) dapat dibaca di laman:
** [https://manual.gromacs.org/current/user-guide/mdrun-performance.html '''Getting good performance from mdrun — GROMACS 2021.1 documentation''']
** '''[https://developer.nvidia.com/blog/creating-faster-molecular-dynamics-simulations-with-gromacs-2020 Creating Faster Molecular Dynamics Simulations with GROMACS 2020 | NVIDIA Developer Blog].'''
=='''Menjalankan GROMACS'''==
User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO ''(klik expand atau kembangkan)''.
===Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan GROMACS di Terminal
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]
|-
|'''0'''
|
=====Login SSH=====
Tatacara login SSH lihat laman [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_|_Login_SSH '''Login SSH ALELEON Supercomputer'''].
|-
|'''1'''
|
=====Menyiapkan File Komputasi=====
Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:
*File input dan data komputasi.
**User dapat upload / download file ke ALELEON dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
==== Menyiapkan Input Parameter GROMACS ====
User harus membuat input parameter GROMACS supaya komputasi dapat berjalan:
 
* Beberapa perintah bersifat interaktif sehingga harus dilakukan sebelum submit job.
* Berikut adalah langkah membuat input parameter GROMACS:
 
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Langkah Menyiapkan Input Parameter
|-
|'''1'''
|Aktifkan GROMACS dengan memuat modul versi GROMACS yang akan digunakan.
$ module load '''''<nama-modul-software-GROMACS>'''''
Nama modul lihat subbab Modul GROMACS di atas.
|-
|'''2'''
|Buat parameter GROMACS dengan perintah '''<code>gmx_mpi</code>'''. Contoh menggunakan pdb2gmx:
$ gmx_mpi pdb2gmx ''<parameter_input_dan_output>''
|}
|-
|'''2'''
|Berikutnya buat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
*Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
$ nano my_job_submission.sh
|-
| rowspan="2" |'''3'''
|
=====Template SLURM Submit Script GROMACS=====
Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script untuk GROMACS versi CPU
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash
 
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# GROMACS (versi CPU) | rev.080124
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------
 
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------
 
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
 
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
 
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
 
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
 
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
 
# Parameter input dan output untuk GROMACS
GROMACS_PARAMETER="////"
 
# Memuat modul software GROMACS versi CPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas
module load gromacs////
 
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
 
# Perintah menjakankan GROMACS
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
</syntaxhighlight>
|}
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script untuk GROMACS dengan 1 GPU
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash
 
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# GROMACS (dengan akselerasi 1 GPU) | rev.080124
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Disarankan untuk tidak mengubah jumlah parameter
#    ntasks, gpus, mem, dan OMP untuk hasil optimal.
#
#    Template ini menggunakan rate komputasi
#    64 CCH/jam dan 1 GH/jam.
# -----------------------------------------------------
 
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------
 
# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere
 
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=8
 
# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=8
 
# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=1
 
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=16GB
 
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
 
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
 
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
 
# Parameter input dan output untuk GROMACS
GROMACS_PARAMETER="////"
 
# Memuat modul software GROMACS versi GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas
module load gromacs////
 
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
 
# Threading OMP
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}
 
# Perintah menjalankan GROMACS
gmx_mdi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
</syntaxhighlight>
|}
|}
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script untuk GROMACS dengan 2 GPU
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# GROMACS (dengan akselerasi 2 GPU) | rev.080124
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Disarankan untuk tidak mengubah jumlah parameter
#    ntasks, gpus, mem, dan OMP untuk hasil optimal.
#
#    Template ini menggunakan rate komputasi
#    32 CCH/jam dan 2 GH/jam.
# -----------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------
# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=8
# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=4
# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=2
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=16GB
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
# Parameter input dan output untuk GROMACS
GROMACS_PARAMETER="////"
# Memuat modul software GROMACS versi GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas
module load gromacs////
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
# Threading OMP
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}


== '''Menjalankan Perintah GROMACS di Login Node''' ==
# Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
Beberapa perintah GROMACS bekerja secara interaktif dan membutuhkan input dari user (contoh: pdb2gmx, grompp) sehingga tidak dapat dijalankan melalui manajemen SLURM. Beberapa perintah tersebut hanya membutuhkan resource yang kecil dan dapat dilakukan langsung di login node melalui terminal.
unset UCX_TLS
unset UCX_NET_DEVICES


Sebelum melakukan perintah-perintah interaktif GROMACS, load module GROMACS:
# Perintah menjalankan GROMACS
$ module load gromacs
mpirun -np 2 gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
Lanjutkan dengan melakukan perintah interaktif GROMACS (contoh: pdb2gmx):
</syntaxhighlight>
$ gmx_mpi pdb2gmx <parameter_input_dan_output>
|}
Perintah-perintah GROMACS yang membutuhkan resource komputasi berat (contoh: mdrun), harus dijalankan melalui manajemen SLURM.
|-
|
=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk GROMACS=====
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
|-
!Skenario Komputasi
!ntasks
(CPU)
!mem
(RAM)
!gpus
(GPU)
!time
(time limit)
|-
|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
|128
|128GB
|2
| rowspan="4" |3-00:00:00
atau


== '''Contoh SLURM Script''' ==
72:00:00
User harus menggunakan [[Manajemen SLURM Aleleon|'''manajemen SLURM''']] untuk menjalankan komputasi GROMACS di Compute Node. User dapat menjalankan GROMACS dengan satu node atau paralel (lebih dari satu node) untuk performa lebih kencang.
|-
|GROMACS versi CPU''<sup>2</sup>''
|384
|240GB''<sup>2</sup>''
|0
|-
|GROMACS versi CPU di high-mem node
*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
|128
|500GB
|0
|-
| GROMACS versi GPU
| colspan="3" |''Ikuti template''
|-
| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
#GROMACS mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
|-
! colspan="5" |Keterangan tambahan
|-
| colspan="5" |
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
**SLURM akan menahan job apabila:
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah:
$ '''sausage'''
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
|}
|-
|'''4'''
|
=====Menjalankan Job Komputasi=====
Jalankan job dengan perintah sbatch.
$ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
$ sbatch my_job_submission.sh
|-
|'''5A'''
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
*Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ '''squeue -ul $USER'''
Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
{| class="wikitable"
|+Daftar STATE squeue SLURM
!STATE
!Kepanjangan
!Penjelasan
|-
|R
|RUN
|Job berjalan
|-
|PD
|PENDING
|Job tertahan, lihat keterangan [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|-
|CG
|COMPLETING
|Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
|-
|CA
|CANCELED
|Job dibatalkan oleh user
|-
|PR
|PREEMPETED
|Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
|-
|S
|SUSPENDED
|Job ditahan oleh admin EFISON
|}
|-
|'''5B'''
|
=====Menghentikan Job Komputasi=====
Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
*User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
$ '''scancel <''job-ID-submission-user''>'''
Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.
$ scancel 231
|}
===Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan GROMACS di Web EFIRO
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|500x500px]]
|-
|'''0'''
|
=====Login Web EFIRO=====
*[[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
*Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>'''  lalu masukkan username dan password user.
**Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
|-
|'''1'''
|
=====Membuka Job Composer dan Memilih Template Job=====
*Buka menu '''<code>Jobs</code>''' > '''<code>Jobs Composer</code>''' pada dashboard EFIRO.
*Pilih '''<code>New Job</code>''' > '''<code>From Template</code>'''
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|''Menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''''']][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|220x220px|''Menu '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''''']]
|-
|'''2'''
|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|nirbing|600x600px]]
*PIlih template GROMACS yang diinginkan.
*Isi atau ganti kolom '''<code>Job Name</code>''' sesuai keinginan user.
*Apabila sudah selesai, klik '''<code>Create New Job</code>'''.
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Template GROMACS yang tersedia
|-
!Nama Template
!Penjelasan
|-
|GROMACS 2021.1 (CPU)
|Menjalankan GROMACS 2021.1 CPU
|-
|GROMACS 2022.4 dengan 1 GPU
|GROMACS 2022.4 dengan akselerasi 1 GPU
|-
|GROMACS 2022.4 dengan 2 GPU
|GROMACS 2022.4 dengan akselerasi 2 GPU
|}
|-
|'''3'''
|
=====Menyiapkan File Komputasi=====
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]


=== '''Satu Node CPU''' ===
Gunakan menu <code>'''Edit Files'''</code> untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.
Contoh berikut untuk menjalankan GROMACS pada satu node CPU.
*Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
#!/bin/bash
*Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas '''2GB per file'''.
**Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] untuk upload file tunggal diatas 2GB.
#SBATCH --ntasks=64              # Contoh menggunakan 64 core CPU
#SBATCH --mem=128GB              # Contoh menggunakan RAM 128GB
#SBATCH --time=10:00:00          # Contoh menetapkan walltime maks 10 jam
#SBATCH --output=result-%j.out    # Output terminal program
#SBATCH --error=result-%j.err    # Output verbose program
# Memuat modul GROMACS
module load gromacs
# RUN COMMAND
# mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
'''mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx gmx_mpi mdrun''' <parameter_input_dan_output>


=== '''Multi Node CPU''' ===
==== Menyiapkan Input Parameter GROMACS ====
Contoh berikut untuk menjalankan GROMACS pada lebih dari satu node CPU.
User harus membuat input parameter GROMACS supaya komputasi dapat berjalan:
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=2                # Contoh menggunakan 2 node ...
#SBATCH --ntasks-per-node=64      # dengan 64 core per node.
                                  # Maka dari itu total menggunakan 128 core CPU
#SBATCH --mem=128GB              # Contoh menggunakan RAM 128GB per node
#SBATCH --time=10:00:00          # Contoh menggunakan walltime maks 10 jam
#SBATCH --output=result-%j.out    # Output terminal program
#SBATCH --error=result-%j.err    # Output verbose program
# Memuat modul GROMACS
module load gromacs
# RUN COMMAND
# mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
# $SLURM_NTASKS menangkap total proses MPI (nodes * ntasks-per-node)
'''mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx gmx_mpi mdrun''' <parameter_input_dan_output>


=== '''Akselerasi Satu GPU di GPU Node''' ===
* Beberapa perintah bersifat interaktif sehingga harus dilakukan di terminal.
User juga dapat menjalankan pekerjaan di GPU node menggunakan resource GPU. Perlu diketahui '''tidak semua input dan parameter berjalan kencang dengan akselerasi GPU'''. Harap user dapat menguji terlebih dahulu mdrun-nya dengan nsteps kecil untuk mengetahui peningkatan performa yang bisa diperoleh melalui akselerasi GPU. Perlu diketahui pula akselerasi GPU umumnya hanya bisa berjalan dengan '''hybrid OpenMP'''.
* Berikut adalah langkah membuat input parameter GROMACS:


Biasanya, GROMACS mdrun '''tidak memerlukan parameter tambahan''' untuk menjalankan akselerasi GPU. Namun dalam beberapa kasus, optimasi menggunakan parameter tambahan bisa berpengaruh positif ke kecepatan komputasi. Referensi mengenai parameter akselerasi GPU lanjutan (-nb, -bonded, -pme) dapat dibaca di laman [https://manual.gromacs.org/current/user-guide/mdrun-performance.html '''Getting good performance from mdrun — GROMACS 2021.1 documentation'''] dan '''[https://developer.nvidia.com/blog/creating-faster-molecular-dynamics-simulations-with-gromacs-2020 Creating Faster Molecular Dynamics Simulations with GROMACS 2020 | NVIDIA Developer Blog].'''
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Langkah Menyiapkan Input Parameter
|-
|'''1'''
|Buka terminal melalui menu '''<code>Open Terminal</code>'''.
|-
|'''2'''
|Aktifkan GROMACS dengan memuat modul versi GROMACS yang akan digunakan.
$ module load ''<nama-modul-software-GROMACS>''
Nama modul lihat subbab Modul GROMACS di atas.
|-
|'''3'''
|Buat parameter GROMACS dengan perintah '''<code>gmx_mpi</code>'''. Contoh menggunakan pdb2gmx:
$ gmx_mpi pdb2gmx ''<parameter_input_dan_output>''
|}
|-
| rowspan="2" |'''4'''
|
=====Melengkapi Submit Script=====
Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.
*Lengkapi Submit Script melalui menu '''<code>Open Editor</code>'''.
*Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
*Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px]]
|-
|
=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH=====
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
|-
!Skenario Komputasi
!ntasks
(CPU)
!mem
(RAM)
!gpus
(GPU)
!time
(time limit)
|-
|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
|128
|128GB
|2
| rowspan="4" |3-00:00:00
atau


Berikut adalah contoh SLURM script dengan penggunaan 1 GPU.
72:00:00
#!/bin/bash
|-
|GROMACS versi CPU''<sup>2</sup>''
#SBATCH --partition=gpu_ampere    # Menggunakan Compute Node GPU.
|384
#SBATCH --ntasks=32              # Contoh menggunakan 32 core CPU ...
|240GB''<sup>2</sup>''
#SBATCH --gres=gpu:1              # dengan 1 GPU.
|0
#SBATCH --mem=48GB                # Contoh menggunakan RAM 48GB.
|-
#SBATCH --time=10:00:00          # Contoh menetapkan walltime maks 10 jam.
|GROMACS versi CPU di high-mem node
#SBATCH --output=result-%j.out    # Output terminal program.
*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
#SBATCH --error=result-%j.err    # Output verbose program.
|128
   
|500GB
# Memuat modul GROMACS
|0
module load gromacs
|-
|GROMACS versi GPU
# RUN COMMAND
| colspan="3" |''Ikuti template''
'''# Definisikan jumlah thread OpenMP menyesuaikan ntasks'''
|-
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_NTASKS}
| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
gmx_mpi mdrun <parameter_input_dan_output>
#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
#GROMACS mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
|-
! colspan="5" |Keterangan tambahan
|-
| colspan="5" |
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
**SLURM akan menahan job apabila:
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu '''<code>Open Terminal</code>''' dan jalankan perintah:
  $ '''sausage'''
[[Berkas:Jcjoboption4.png|nirbing|600x600px]]
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
|}
|-
|'''5'''
|
=====Menjalankan Job Komputasi=====
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.


=== '''Akselerasi Banyak GPU di GPU Node dan Hybrid MPI/OMP''' ===
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
User dapat menggunakan lebih dari satu GPU dengan paralelisme hybrid MPI dan OpenMP. Terdapat beberapa aturan mengenai hybrid MPI/OMP dari software GROMACS:
{| class="wikitable"
|+''Penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''
!Status
!Arti
|-
|Not Submitted
|Job belum pernah dijalankan.
|-
|Running
|Job berjalan.
|-
|Queue
|Job mengantri dan belum berjalan.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Langkah melihat status job ketika queue
|-
|Buka <code>'''Jobs > Active Jobs'''</code> pada dashboard EFIRO.
*Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini
[[Berkas:Efiroqueueedit.png|al=|jmpl|''Halaman Active Jobs. Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status  job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].'''''|kiri]]
|}
|-
|Completed
|Job selesai berjalan.
|-
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|}
=====Menghentikan Job Komputasi=====
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''<code>Stop</code>'''.


* '''Jumlah thread OMP maksimal adalah 6 thread OMP per MPI.'''
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]
* Jumlah core CPU yang dipakai (ntasks) mengikuti perumusan:
|-
|'''6A'''
|
=====Melihat Output Komputasi=====
User dapat melihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
*Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>'''
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
|-
|'''6B'''
|User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' dengan mengklik kembali tombol '''<code>Submit</code>'''.
|}
=='''Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email'''==
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:<syntaxhighlight lang="bash">
#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL
</syntaxhighlight>SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:
*BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
*END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
*FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
*TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
*TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.
=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.


'''ntasks''' = jumlah GPU yang dipakai * jumlah thread OMP per MPI yang dipilih user
[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]
Terdapat rekomendasi dari admin EFISON supaya dapat menghasilkan performa terbaik:


* Sangat dianjurkan untuk hanya menggunakan '''1 proses MPI per unit GPU''' untuk mencegah penurunan performa sehingga dapat dirumuskan:
---


'''Jumlah proses MPI''' = jumlah GPU yang digunakan
Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:
Berikut adalah contoh SLURM script dengan penggunaan 2 GPU dimana user memilih untuk menggunakan 4 thread OMP per MPI.
  '''support@efisonlt.com'''
#!/bin/bash
#SBATCH --partition=gpu_ampere    # Menggunakan Compute Node GPU.
#SBATCH --ntasks=8                # Pada contoh ini, user menggunakan 4 thread OMP per MPI ...
                                  # sehingga ntasks = 2 GPU * 4 OMP = 8
#SBATCH --gres=gpu:2              # Menggunakan 2 GPU.
#SBATCH --mem=48GB                # Contoh menggunakan RAM 48GB.
#SBATCH --time=10:00:00          # Contoh menetapkan walltime maks 10 jam.
#SBATCH --output=result-%j.out    # Output terminal program.
#SBATCH --error=result-%j.err    # Output verbose program.
# Memuat modul GROMACS
module load gromacs
# Set nilai OMP
export OMP_NUM_THREADS=4
  '''# PERINTAH SPESIFIK UNTUK OPENMPI DI PARTITION gpu_ampere
# Tanpa unset, proses MPI tidak akan berjalan di partition gpu_ampere'''
unset UCX_TLS
unset UCX_NET_DEVICES
# RUN COMMAND
'''# Jumlah mpirun = jumlah GPU yang dipakai'''
mpirun -np 2 --mca pml ucx --mca osc ucx gmx_mpi mdrun <parameter_input_dan_output>

Revisi terkini sejak 15 Januari 2024 10.29


GROMACS.png

GROMACS adalah package berkecepatan tinggi untuk komputasi dinamika molekular baik untuk biokimia (seperti protein, lipids) maupun non-biokimia (seperti polimer).

Modul GROMACS

Berikut adalah detail versi GROMACS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul GROMACS versi CPU
Versi Nama modul software Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

2021.1 gromacs/2021.1-GCC10-MKL V - - V
Modul GROMACS versi GPU
Versi Nama modul software Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

2022.4 gromacs/2022.4-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA11.8 V V V V

Info Menjalankan GROMACS dengan Akselerasi GPU

ALELEON Supercomputer menyediakan GROMACS yang dapat berjalan dengan akselerasi GPU. Beberapa hal yang perlu diketahui dan menjadi pertimbangan user:

  • Tidak semua input dan parameter berjalan kencang dengan akselerasi GPU.
    • Harap user dapat menguji terlebih dahulu dengan nsteps kecil untuk mengetahui peningkatan performa yang bisa diperoleh melalui akselerasi GPU.
    • Perhatikan bahwa pengujian tersebut menggunakan kredit CPU Core Hour dan GPU Hour user.

Menjalankan GROMACS

User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO (klik expand atau kembangkan).

Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)

Langkah Menjalankan GROMACS di Terminal

Sbatch Terminal.png

0
Login SSH

Tatacara login SSH lihat laman Login SSH ALELEON Supercomputer.

1
Menyiapkan File Komputasi

Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:

  • File input dan data komputasi.
    • User dapat upload / download file ke ALELEON dengan software FTP.

Menyiapkan Input Parameter GROMACS

User harus membuat input parameter GROMACS supaya komputasi dapat berjalan:

  • Beberapa perintah bersifat interaktif sehingga harus dilakukan sebelum submit job.
  • Berikut adalah langkah membuat input parameter GROMACS:
Langkah Menyiapkan Input Parameter
1 Aktifkan GROMACS dengan memuat modul versi GROMACS yang akan digunakan. 
$ module load <nama-modul-software-GROMACS>

Nama modul lihat subbab Modul GROMACS di atas.

2 Buat parameter GROMACS dengan perintah gmx_mpi. Contoh menggunakan pdb2gmx: 
$ gmx_mpi pdb2gmx <parameter_input_dan_output>
2 Berikutnya buat SLURM Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh my_job_submission.sh
$ nano my_job_submission.sh
3
Template SLURM Submit Script GROMACS

Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.

Template SLURM Submit Script untuk GROMACS versi CPU 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# GROMACS (versi CPU) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Parameter input dan output untuk GROMACS
GROMACS_PARAMETER="////"

# Memuat modul software GROMACS versi CPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas 
module load gromacs////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan GROMACS
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
Template SLURM Submit Script untuk GROMACS dengan 1 GPU 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# GROMACS (dengan akselerasi 1 GPU) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Disarankan untuk tidak mengubah jumlah parameter
#    ntasks, gpus, mem, dan OMP untuk hasil optimal.
#
#    Template ini menggunakan rate komputasi 
#    64 CCH/jam dan 1 GH/jam.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=8

# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=8

# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=1

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=16GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Parameter input dan output untuk GROMACS
GROMACS_PARAMETER="////"

# Memuat modul software GROMACS versi GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas 
module load gromacs////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Threading OMP
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}

# Perintah menjalankan GROMACS
gmx_mdi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
Template SLURM Submit Script untuk GROMACS dengan 2 GPU 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# GROMACS (dengan akselerasi 2 GPU) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Disarankan untuk tidak mengubah jumlah parameter
#    ntasks, gpus, mem, dan OMP untuk hasil optimal.
#
#    Template ini menggunakan rate komputasi 
#    32 CCH/jam dan 2 GH/jam.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=8

# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=4

# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=2

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=16GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Parameter input dan output untuk GROMACS
GROMACS_PARAMETER="////"

# Memuat modul software GROMACS versi GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas 
module load gromacs////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Threading OMP
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}

# Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
unset UCX_TLS
unset UCX_NET_DEVICES

# Perintah menjalankan GROMACS
mpirun -np 2 gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk GROMACS
Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
Skenario Komputasi ntasks

(CPU)

mem

(RAM)

gpus

(GPU)

time

(time limit)

Fair policy usage untuk akumulasi semua job1 128 128GB 2 3-00:00:00

atau

72:00:00

GROMACS versi CPU2 384 240GB2 0
GROMACS versi CPU di high-mem node
  • Tambahkan #SBATCH --nodelist=epyc001
 128 500GB 0
GROMACS versi GPU Ikuti template
Keterangan:
  1. Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
  2. GROMACS mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
    • SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
    • Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
    • Info detail buka laman MPI ALELEON Supercomputer.
Keterangan tambahan
  • Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:
    • SLURM akan menahan job apabila:
      • ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
      • gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
    • Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah:
$ sausage
4
Menjalankan Job Komputasi

Jalankan job dengan perintah sbatch. 

$ sbatch <nama-SLURM-Submit-script>

Contoh menjalankan nama script my_job_submission.sh. 

$ sbatch my_job_submission.sh
5A User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
  • Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ squeue -ul $USER

Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:

Daftar STATE squeue SLURM
STATE Kepanjangan Penjelasan
R RUN Job berjalan
PD PENDING Job tertahan, lihat keterangan NODELIST(REASON)
CG COMPLETING Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
CA CANCELED Job dibatalkan oleh user
PR PREEMPETED Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
S SUSPENDED Job ditahan oleh admin EFISON
5B
Menghentikan Job Komputasi

Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.

  • Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
  • User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
$ scancel <job-ID-submission-user>

Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. 

$ scancel 231

Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)

Langkah Menjalankan GROMACS di Web EFIRO

Efirojobcomposer3.png

0
Login Web EFIRO
1
Membuka Job Composer dan Memilih Template Job
  • Buka menu Jobs > Jobs Composer pada dashboard EFIRO.
  • Pilih New Job > From Template
Menu Jobs > Jobs Composer
Menu New Jobs > From Template
2 Jcselecttemplate3.png
  • PIlih template GROMACS yang diinginkan.
  • Isi atau ganti kolom Job Name sesuai keinginan user.
  • Apabila sudah selesai, klik Create New Job.
Template GROMACS yang tersedia
Nama Template Penjelasan
GROMACS 2021.1 (CPU) Menjalankan GROMACS 2021.1 CPU
GROMACS 2022.4 dengan 1 GPU GROMACS 2022.4 dengan akselerasi 1 GPU
GROMACS 2022.4 dengan 2 GPU GROMACS 2022.4 dengan akselerasi 2 GPU
3
Menyiapkan File Komputasi

Jcjoboption3.png

Gunakan menu Edit Files untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.

  • Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
  • Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas 2GB per file.

Menyiapkan Input Parameter GROMACS

User harus membuat input parameter GROMACS supaya komputasi dapat berjalan:

  • Beberapa perintah bersifat interaktif sehingga harus dilakukan di terminal.
  • Berikut adalah langkah membuat input parameter GROMACS:
Langkah Menyiapkan Input Parameter
1 Buka terminal melalui menu Open Terminal.
2 Aktifkan GROMACS dengan memuat modul versi GROMACS yang akan digunakan. 
$ module load <nama-modul-software-GROMACS>

Nama modul lihat subbab Modul GROMACS di atas.

3 Buat parameter GROMACS dengan perintah gmx_mpi. Contoh menggunakan pdb2gmx: 
$ gmx_mpi pdb2gmx <parameter_input_dan_output>
4
Melengkapi Submit Script

Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.

  • Lengkapi Submit Script melalui menu Open Editor.
  • Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
  • Jangan lupa klik Save setiap sekali mengubah script.

Panduan Nilai Maksimal SBATCH
Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
Skenario Komputasi ntasks

(CPU)

mem

(RAM)

gpus

(GPU)

time

(time limit)

Fair policy usage untuk akumulasi semua job1 128 128GB 2 3-00:00:00

atau

72:00:00

GROMACS versi CPU2 384 240GB2 0
GROMACS versi CPU di high-mem node
  • Tambahkan #SBATCH --nodelist=epyc001
 128 500GB 0
GROMACS versi GPU Ikuti template
Keterangan:
  1. Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
  2. GROMACS mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
    • SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
    • Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
    • Info detail buka laman MPI ALELEON Supercomputer.
Keterangan tambahan
  • Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:
    • SLURM akan menahan job apabila:
      • ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
      • gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
    • Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu Open Terminal dan jalankan perintah:
$ sausage

Jcjoboption4.png

5
Menjalankan Job Komputasi

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Penjelasan kolom Status, pantau dengan refresh halaman job
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Langkah melihat status job ketika queue
Buka Jobs > Active Jobs pada dashboard EFIRO.
  • Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini
Halaman Active Jobs. Ubah opsi Your jobs untuk melihat status job user saja. Klik simbol > untuk melihat status job pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
Menghentikan Job Komputasi

Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop.

Stop.png

6A
Melihat Output Komputasi

User dapat melihat output file komputasi pada kolom Folder Contents

  • Atau dengan membuka Edit Files
Kolom Folder Contents.
6B User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama dengan mengklik kembali tombol Submit.

Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email

SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:

#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user> 
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL

SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:

  • BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
  • END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
  • FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
  • TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
  • TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=GROMACS&oldid=1376"