Katalog Software ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
 
(33 revisi perantara oleh 2 pengguna tidak ditampilkan)
Baris 1: Baris 1:
Halaman ini memuat daftar software esensial di HPC Aleleon Mk.II dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus.  
Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan info penggunaan untuk beberapa set software spesifik.
{| class="wikitable"
|'''''Note:'''''
* ''User dapat menggunakan katalog software yang dijabarkan pada halaman ini dengan '''[[Module Environment]]'''.''
** ''Perhatikan kolom '''nama modul'''.''
*''Update terakhir 14 Februari 2023''
|}


== '''Layanan Gratis Instalasi Software''' ==
== '''Layanan Gratis Instalasi Software dengan Optimasi''' ==
Admin EFISON memberikan '''layanan instalasi software gratis beserta optimasinya''' kepada user yang membutuhkan. '''Layanan instalasi tersebut mencakup:'''
Admin EFISON memberikan '''layanan instalasi software gratis beserta optimasinya''' kepada user yang membutuhkan. Kembangkan tabel di bawah ini untuk info lebih lanjut.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Daftar layanan instalasi gratis, persyaratan, dan langkah mengajukan layanan
|-
|Layanan mencakup:


* Instalasi software beserta optimasinya untuk HPC Aleleon Mk.II.
* Instalasi software beserta optimasinya untuk ALELEON Supercomputer.
* Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut.
* Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut.
* Membuat [[Module Environment|'''module environment''']] untuk software tersebut.
* Pembuatan halaman tutorial pada wiki untuk menjalankan software tersebut di ALELEON Supercomputer.
* Untuk instalasi software komputasi diikuti dengan pembuatan tutorial untuk menjalankan software tersebut di HPC Aleleon Mk.II.
|-
|Persyaratan layanan:
* Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di ALELEON Supercomputer.
* Software diinstal secara global dimana dapat diakses oleh semua user.
|-
|User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email '''support@efisonlt.com'''.
|}
 
=='''Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan''' ==
SIlahkan klik gambar dibawah ini untuk melihat daftar software komputasi dan tutorial penggunaan di ALELEON Supercomputer. Tutorial penggunaan mencakup template untuk SLURM Submit Script dan memilih alokasi komputasi yang sesuai untuk menjalankan program dengan performa terbaik.
 
[[Berkas:Wiki-15.jpg|1000x1000px |link=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan |alt=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan]]
=='''Daftar Compiler C/C++/Fortran'''  ==
ALELEON Supercomputer menyediakan compiler C/C++/Fortran dari GNU. AOCC, dan NVIDIA.
{| class="wikitable"
|'''''Note:'''''
* ''Untuk memaksimalkan penggunaan compiler pada ALELEON Supercomputer dengan menyesuaikan arsitektur prosesor AMD EPYC Zen 2 pelajari: '''[[Compiler AMD ALELEON Supercomputer]]''' .''
|}
 
=== GCC Default OS ===
ALELEON Supercomputer menggunakan '''GCC 8.5.0 (Red Hat 8.5.0-15)''' sebagai default GCC.
 
=== Modul GNU GCC ===
Nama compiler untuk GCC:
 
* C -> '''''gcc'''''
* C++ -> '''''g++'''''
* Fortran -> '''''gfortran'''''
 
{| class="wikitable sortable"
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|GCC 8.3.0
|GCC/8.3.0
|-
|GCC 8.4.0
|GCC/8.4.0
|-
|GCC 10.2.0 '''''[DEFAULT]'''''
|GCC/10.2.0
|-
|GCC 10.3.0
|GCC/10.3.0
|-
|GCC 11.2.0
|GCC/11.2.0
|-
|GCC 11.3.0
|GCC/11.3.0
|-
|GCC 12.2.0
|GCC/12.2.0
|}
 
=== Modul AMD Optimizing C/C++ and Fortran Compilers (AOCC) ===
Nama compiler untuk AOCC:
 
* C dan C++ -> '''''clang'''''
* Fortran -> '''''flang'''''
 
{| class="wikitable sortable"
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|AOCC 3.1.0
|aocc/3.1.0
|-
|AOCC 4.0 '''''[DEFAULT]'''''
|aocc/4.0
|}


'''Adapun persyaratan untuk layanan gratis instalasi software adalah:'''
=== Modul NVIDIA HPC Compilers (via NVIDIA HPC SDK Toolkit - ''Experimental'') ===
{| class="wikitable"
|'''''Note:'''''
* ''Saat ini tim engineering ALELEON Supercomputer sedang mengadakan pengujian kompabilitas sistem untuk NVIDIA HPC Compilers ini.''
|}
Nama compiler untuk NVIDIA HPC Compilers:


* Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di HPC Aleleon Mk.II.
* C -> '''''nvc'''''
* Tidak terdapat lisensi berbayar.
* C++ -> '''''nvc++'''''
* Software diinstal secara '''global''' dimana '''dapat diakses oleh semua user.'''
* Fortran -> '''''nvfortran'''''
User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email:
'''support@efisonlt.com'''


== '''Menggunakan Software di HPC Aleleon Mk.II''' ==
{| class="wikitable sortable"
User dapat menggunakan software global (dapat diakses oleh semua user) yang tercatat pada halaman ini melalui [[Module Environment|'''Module Environment''']]. Perhatikan kolom '''Nama Modul''' untuk menggunakan software tersebut melalui perintah module load.
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|NVIDIA Compilers 23.1-0
|nvhpc-nompi/23.1
|}


== '''Instalasi Software Mandiri''' ==
== '''Daftar Compiler MPI''' ==
User dapat melakukan instalasi software secara mandiri di Login Node dimana dapat digunakan untuk melakukan komputasi di Compute Node melalui manajemen SLURM.  
Compiler MPI digunakan untuk compiling program paralel yang ditulis dengan library MPI.
 
=== Modul Open MPI ===
ALELEON Supercomputer memilih Open MPI sebagai MPI utama dengan menyesuaikan arsitektur prosesor AMD EPYC Zen 2 dan protokol network UCX untuk menjalankan komputasi paralel antar-node. Nama compiler untuk Open MPI: 
 
* C -> '''''mpicc'''''
* C++ -> '''''mpic++'''''
* Fortran -> '''''mpifort'''''


Terdapat dua metode bagi user untuk melakukan instalasi mandiri di Login Node:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Metode dan Tutorial
|'''''Note:'''''
!Penjelasan
* ''Untuk memaksimalkan penggunaan dan performa Open MPI pada ALELEON Supercomputer pelajari: '''[[MPI ALELEON Supercomputer]]''' .''
!Dukungan Module Environment
|}
{| class="wikitable sortable"
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|Open MPI 4.0.5 (dicompile dengan GCC 9.3.0)
|OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0
|-
|Open MPI 4.0.5 (dicompile dengan GCC 10.2.0)
|OpenMPI/4.0.5-GCC-10.2.0
|-
|Open MPI 4.1.0 (dicompile dengan GCC 10.2.0)
|OpenMPI/4.1.0-GCC-10.2.0
|-
|Open MPI 4.1.1 (dicompile dengan GCC 10.3.0)
|OpenMPI/4.1.1-GCC-10.3.0
|-
|Open MPI 4.1.1 (dicompile dengan GCC 11.2.0)
|OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0
|-
|Open MPI 4.1.3 (dicompile dengan GCC 11.2.0 dan CUDA 11.6)
|OpenMPI/4.1.3-GCC-11.2.0-CUDA-11.6
|-
|-
|[[EasyBuild|'''Menggunakan Easybuild''']]
|Open MPI 4.1.4 (dicompile dengan GCC 11.3.0)
|Easybuild adalah software framework untuk melakukan instalasi software HPC secara otomatis dan efisien.
|OpenMPI/4.1.4-GCC-11.3.0
|Ya, melalui bawaan Easybuild.
|-
|-
|Instalasi manual di HOME
|Open MPI 4.1.4 (dicompile dengan GCC 12.2.0) '''''[DEFAULT]'''''
|Instalasi manual dari user sendiri.
|OpenMPI/4.1.4-GCC-12.2.0
|Tidak ada secara default, user harus inisiasi PATH atau LIB sendiri.
|}
|}


=='''Daftar Software Komputasi (Global)'''==
== '''Daftar Library CPU Matematika''' ==
Tutorial mencakup dual hal: menjalankan software komputasi melalui SLURM dan parameter optimasi supaya software dapat berjalan dengan performa terbaik.
Library CPU matematika mencakup BLAS, LAPACK, scaLAPACK, FFTW, dan Eigensolver untuk menjalankan program dengan algoritma numerik. ALELEON Supercomputer menyediakan library CPU matematika dari berbagai pembuat yang telah disesuaikan untuk bekerja dengan CPU AMD EPYC Zen 2.
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable"
!Bidang
|'''''Note:'''''
!Software dan
* ''Untuk memaksimalkan penggunaan library CPU pada ALELEON Supercomputer dengan menyesuaikan arsitektur prosesor AMD EPYC Zen 2 pelajari: '''[[Compiler AMD ALELEON Supercomputer]]''' .''
Tutorial Penggunaan
|}
!Versi
 
![[Module Environment|Nama Modul]]
=== Modul AMD Optimizing CPU Libraries (AOCL) ===
!Dukungan Hardware
{| class="wikitable sortable"
!Dukungan MPI
!Kategori
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Accelerated math library
|'''[[GROMACS]]'''
|AOCL LibM 3.6 (dari AOCL 2.2)
|2021.1
|LibM/3.6-AOCL2.2-GCC
|'''gromacs'''
|CPU - GPU, parallel multi-node
|Hybrid MPI/OMP
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Accelerated math library
|'''[[NWChem]]'''
|AOCL LibM 3.8 (dari AOCL 3.1)
|7.0.2
|LibM/3.8-AOCL3.1-GCC11
|'''nwchem'''
|CPU - GPU, parallel multi-node
|Pure MPI
|-
|-
|Kimia Komputasi
|BLAS
|'''[[Quantum ESPRESSO]]'''
|AOCL BLIS 3.0
|6.7
|blis/3.0-AOCL-GCC10
|'''qe'''
|CPU, parallel multi-node
|Pure MPI
|-
|-
|Statistika
|BLAS
|'''[[R]]'''
|AOCL BLIS 3.0.1
|4.0.4
|blis/3.0.1-AOCL-GCC11
|'''R'''
|CPU, single-node (default). RMPI CPU, parallel multi-node
| Ya melalui [https://cran.r-project.org/web/packages/Rmpi/Rmpi.pdf '''RMPI'''].
|-
|-
|Kimia Komputasi
|BLAS
|'''[[GAMESS]]'''
|AOCL BLIS 4.0
|2020.2
|blis/4.0-AOCL-GCC11.3
|'''gamess'''
|CPU, parallel multi-node
|Pure MPI
|-
|-
|Kimia Komputasi
|FFTW3
|[[NAMD|'''NAMD (CPU)''']]
|AOCL FFTW 3.0
|2.14
|fftw/3.0-AOCL-GCC10
|'''namd/2.14-GCC10-FFTW3F-UCX'''
|CPU, parallel multi-node
|Pure MPI
|-
|-
|Kimia Komputasi
|FFTW3
|[[NAMD|'''NAMD (GPU)''']]
|AOCL FFTW 3.0.1
|2.14
|fftw/3.0.1-AOCL-GCC11
|'''namd/2.14-GCC10-FFTW3F-CUDA11'''
|CPU - GPU, single-node
|Pure MPI
|-
|-
|Kimia Komputasi
|FFTW3
|'''[[ORCA]]'''
|AOCL FFTW 3.1
|4.2.1
|fftw/3.1-AOCL-GCC11
|'''orca'''
|CPU, parallel multi-node
|Pure MPI
|-
|-
|Machine Learning
|FFTW3
|[[Tensorflow (dengan Anaconda)|'''Tensorflow dengan Anaconda''']]
|AOCL FFTW 4.0
| -
|fftw/4.0-AOCL-GCC11.3
| '''-'''
|CPU & GPU
| -
|-
|-
|IDE
|LAPACK
|'''Jupyter Notebook'''
|AOCL libFLAME 3.0
| -
|libflame/3.0-AOCL-GCC10
| '''-'''
|CPU & GPU
| -
|-
|-
|Pemodelan Tsunami
|LAPACK
|'''[[COMCOT]]''' (GPU)
|AOCL libFLAME 3.0.1
|1.7
|libflame/3.0.1-AOCL-GCC11
|'''comcot/1.7gpu'''
|-
|CPU - GPU, single-node
|LAPACK
| -
|AOCL libFLAME 4.0
|libflame/4.0-AOCL-GCC11.3
|-
|-
|Pemodelan Tsunami
|scaLAPACK
|'''[[COMCOT]]''' (CPU)
|'''AMD ScaLAPACK 3.0, linked:'''
|1.7
* AOCL BLIS 3.0.1
|'''comcot/1.7cpu'''
* AOCL libFLAME 3.0.1
|CPU, single-node
|scalapack/3.0-AOCL-BLIS-Libflame-GCC10
| -
|-
|-
|Fisika Komputasi
|scaLAPACK
|'''[[PHASE/0]]'''
|'''AMD ScaLAPACK 3.0, linked:'''
|2020.01
* AOCL BLIS 3.0.1
|'''phase0'''
* Netlib LAPACK 3.10
|CPU, parallel multi-node
|scalapack/3.0-AOCL-BLIS-LAPACK-GCC10
|Pure MPI
|}
|}


== '''Daftar Compiler (Global)''' ==
=== Modul Intel OneAPI MKL (Math Kernel Library) ===
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
Intel OneAPI MKL mengandung BLAS, LAPACK, scaLAPACK, dan FFTW3.
!Kategori
{| class="wikitable sortable"
!Compiler
!Nama dan Versi
!Versi dan optimasi
!Nama Modul
![[Module Environment|Nama Modul]]
|-
|-
|C/C++/Fortran
|OneAPI MKL 2021.1.0.2659
|GNU GCC (default OS)
|oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly
|9.3.1 RHEL
| - (default OS)
|-
|-
|C/C++/Fortran
|OneAPI MKL 2021.3.0.3219
|GNU GCC
|oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly
|10.2.0
|'''GCC/10.2.0'''
|-
|-
|C/C++/Fortran
|OneAPI MKL 2022.2.1.16993 '''''[DEFAULT]'''''
|GNU GCC
|oneapi/2022.2.1.16993-MKLOnly
|8.4.0
|'''GCC/8.4.0'''
|-
|MPI
|OpenMPI
|4.1.0, optimized for HPC Aleleon Mk.II
|'''openmpi'''
|-
|CUDA C/C++
|NVIDIA CUDA Compiler
|11.2
|'''cuda'''
|}
|}


== '''Daftar Library Matematika (Global)''' ==
=== Modul Library CPU lainnya ===
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable"
!Kategori
!Kategori
!Library
!Nama dan Versi
!Versi dan optimasi
!Nama Modul
![[Module Environment|Nama Modul]]
|-
|Accelerated math library
|LibM 3.7
|LibM/3.7-GCC11
|-
|Accelerated math library
|LibM 4.0
|LibM/4.0-GCC11.3
|-
|-
|BLAS
|BLAS
|OpenBLAS  
|OpenBLAS 0.3.7
|0.3.13, TARGET=ZEN
|OpenBLAS/0.3.7-GCC-8.3.0
|'''openblas'''
|-
|-
|BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3
|BLAS
|Intel MKL
|OpenBLAS 0.3.12
|2021.1.0.2659
|OpenBLAS/0.3.12-GCC-10.2.0
|'''oneapi'''
|-
|-
|Accelerator math library
|BLAS
|AMD LibM
|OpenBLAS 0.3.13
|3.6 AOCL 2.2
|openblas/0.3.13-GCC10
|'''LibM'''
|-
|-
|BLAS
|BLAS
|AMD BLIS
|OpenBLAS 0.3.15
|3.0 AOCL
|OpenBLAS/0.3.15-GCC-10.3.0
|'''blis'''
|-
|-
|FFTW3
|LAPACK
|AMD FFTW
|'''Netlib LAPACK 3.9, linked:'''
|3.0 AOCL
* AMD BLIS 3.0
|'''fftw'''
|lapack/3.9-BLIS-GCC10
|-
|-
|LAPACK
|LAPACK
|AMD libFLAME
|'''Netlib LAPACK 3.10, linked:'''
|3.0 AOCL
* AMD BLIS 3.0.1
|'''libflame'''
|lapack/3.10-BLIS-GCC10
|-
|scaLAPACK
|'''Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:'''
* AOCL BLIS 3.0
* AOCL libFLAME 3.0
|scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10
|-
|-
|LAPACK
|scaLAPACK
|Netlib LAPACK  
|'''Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:'''
|3.9, LibFLAME optimized
* AOCL BLIS 3.0
|'''lapack'''
* Netlib LAPACK 3.9
|scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10
|-
|-
|scaLAPACK
|scaLAPACK
|Netlib ScaLAPACK  
|'''Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:'''
|2.1, LibFLAME optimized
* GOMPI 2020b
|'''scalapack'''
|ScaLAPACK/2.1.0-gompi-2020b
|-
|-
|scaLAPACK
|scaLAPACK
|Netlib ScaLAPACK
|'''Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:'''
|2.1, LAPACK optimized
* GOMPI 2021a-fb
|'''scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10'''
|ScaLAPACK/2.1.0-gompi-2021a-fb
|}
 
=== Modul Eigenvalue Solvers ===
{| class="wikitable sortable"
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|-
|Eigenvalue Solvers
|'''ELPA 2018.11, linked:'''
|ELPA  
* OneAPI MKL 2021.1
|2020.11, Intel MKL + CUDA supported
* CUDA 11.2
|'''elpa'''
|elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11
|-
|-
|Eigenvalue Solvers
|'''ELPA 2020.11, linked:'''
|ELPA
* OneAPI MKL 2021.1
|2018.11, Intel MKL + CUDA supported
* CUDA 11.2
|'''elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11'''
|elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11
|-
|'''ELPA 2021.05, linked:'''
* OneAPI MKL 2021.1
* CUDA 11.2
|elpa/2021.05-GCC10-MKL-CUDA11
|-
|'''ELPA 2021.05, linked:'''
* OneAPI MKL 2021.1
|elpa/2021.05-GCC10-MKL
|-
|'''ELPA 2021.11 ''[DEFAULT]'', linked:'''
* OneAPI MKL 2021.1
* CUDA 11.2
|elpa/2021.11-GCC10-MKL-CUDA11
|}
|}
Penjelasan lebih lanjut untuk menggunakan AMD AOCL silahkan lihat [[Software HPC AMD|'''Software HPC AMD''']].
== '''Daftar Software NVIDIA''' ==
ALELEON Supercomputer menyediakan software NVIDIA untuk CUDA Toolkit dan aplikasi HPC (NVIDIA HPC SDK) yang telah disesuaikan untuk arsitektur NVIDIA Ampere.


== '''Daftar Software NVIDIA (Global)''' ==
=== Modul NVIDIA CUDA Toolkit (Standalone) ===
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable"
!Kategori
|'''''Note:'''''
!Software
* ''CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung GPU NVIDIA yang terpasang di Compute Node GPU (Partisi ampere) dan Interactive Node GPU Tilla.''
!Versi
|}
![[Module Environment|Nama Modul]]
{| class="wikitable sortable"
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|CUDA 11.2 dengan cuDNN 8.1.1
|cuda/11.2-cuDNN8.1.1
|-
|CUDA 11.6 dengan cuDNN 8.3.3
|cuda/11.6-cuDNN8.3.3
|-
|CUDA 11.8 dengan cuDNN 8.6.0
|cuda/11.8-cuDNN8.6.0
|-
|CUDA 12.0 dengan cuDNN 8.7.0
|cuda/12.0-cuDNN8.7.0
|-
| rowspan="2" |CUDA 12.1 dengan cuDNN 8.8.1 '''''[DEFAULT]'''''
|cuda/12.1-cuDNN8.8.1
|-
|cuda
|}
 
=== Modul NVIDIA HPC SDK ''(Experimental)'' ===
{| class="wikitable"
|'''''Note:'''''
* ''Saat ini tim engineering ALELEON Supercomputer sedang mengadakan pengujian kompabilitas sistem untuk NVIDIA HPC SDK ini.''
|}
NVIDIA HPC SDK berisikan modul NVIDIA:
 
* NVIDIA HPC Compilers (C, C++, Fortran)
* NVIDIA CUDA Toolkit (11.0, 11.8, 12.0)
* NVIDIA MPI (Open MPI dengan CUDA aware)
* NVIDIA Collective Communication Library (NCCL)
* NVIDIA SHMEM (NVSHMEM)
 
Terdapat beberapa modul untuk NVIDIA HPC SDK dengan pembagian komponen:
{| class="wikitable sortable"
!Nama dan Versi
!Nama Modul
!Kelengkapan Komponen
|-
| rowspan="3" |NVIDIA HPC SDK 23.1
|nvhpc/23.1
|NV HPC compilers, CUDA, MPI, NCCL, SHMEM
|-
|nvhpc-nompi/23.1
|NV HPC compilers, CUDA, NCCL, SHMEM
|-
|-
|CUDA Toolkit
|nvhpc-byo-compiler/23.1
|NVIDIA CUDA & cuDNN
|CUDA, NCCL, SHMEM
|11.2 & 8.1.1
|}
|'''cuda'''
 
=='''Daftar Software Python dan Anaconda'''==
ALELEON Supercomputer menyediakan intepreter Python baik Python ''standalone'' dan ''suite'' Anaconda.
 
=== Python Default OS ===
ALELEON Supercomputer menggunakan '''Python 3.9.13''' sebagai default OS.  
{| class="wikitable"
|'''''Note:'''''
* ''ALELEON Supercomputer '''tidak menyediakan Python 2 pada default OS''' karena ketidakcocokan dengan sistem OS. Apabila user membutuhkan Python 2, gunakan modul Python yang dijabarkan pada subbab berikutnya.''
|}
|}
Perlu diketahui bahwa CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung NVIDIA Ampere yang terpasang di GPU Node.


== '''Daftar Software Python (Global)''' ==
=== Modul Python ===
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable"
!Kategori
!Nama dan Versi
!Software
!Nama Modul
!Versi
|-
![[Module Environment|Nama Modul]]
|Python 2.7.16
|  Python/2.7.16-GCCcore-8.3.0
|-
|Python 2.7.18
|  Python/2.7.18-GCCcore-11.2.0
|-
|Python 3.8.6
|Python/3.8.6-GCCcore-10.2.0
|-
|Python 3.9.5
|Python/3.9.5-GCCcore-10.3.0
|-
|-
|Python intepreter
|Python 3.10.4 '''''[DEFAULT]'''''
|Python2
|Python/3.10.4-GCCcore-11.3.0
|2.7.5
|}
| - (default OS)
 
=== Modul Suite Anaconda ===
{| class="wikitable sortable"
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|-
|Python intepreter
|Anaconda 3 2020.11
|Python3
* Python default 3.8.5
|3.6
|Anaconda3/2020.11
| - (default OS)
|-
|-
|Python intepreter
|Anaconda 3 2021.05
|Python3
* Python default 3.8.8
|3.8.6
|Anaconda3/2021.05
|'''Python'''
|-
|-
|Python & R distribution
|Anaconda 3 2022.05 '''''[DEFAULT]'''''
|Anaconda 3
* Python default 3.9.12
|2020.11 (Python default 3.8.5)
|Anaconda3/2022.05
|'''Anaconda3/2020.11'''
|}
|}
User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat [[Versi dan Instalasi Python|'''Versi dan Instalasi Python''']].
User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat [[Versi dan Instalasi Python|'''Versi dan Instalasi Python''']].

Revisi terkini sejak 17 Mei 2023 16.23

Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan info penggunaan untuk beberapa set software spesifik.

Note:
  • User dapat menggunakan katalog software yang dijabarkan pada halaman ini dengan Module Environment.
    • Perhatikan kolom nama modul.
  • Update terakhir 14 Februari 2023

Layanan Gratis Instalasi Software dengan Optimasi

Admin EFISON memberikan layanan instalasi software gratis beserta optimasinya kepada user yang membutuhkan. Kembangkan tabel di bawah ini untuk info lebih lanjut.

Daftar layanan instalasi gratis, persyaratan, dan langkah mengajukan layanan
Layanan mencakup:
  • Instalasi software beserta optimasinya untuk ALELEON Supercomputer.
  • Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut.
  • Pembuatan halaman tutorial pada wiki untuk menjalankan software tersebut di ALELEON Supercomputer.
Persyaratan layanan:
  • Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di ALELEON Supercomputer.
  • Software diinstal secara global dimana dapat diakses oleh semua user.
User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email support@efisonlt.com.

Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan

SIlahkan klik gambar dibawah ini untuk melihat daftar software komputasi dan tutorial penggunaan di ALELEON Supercomputer. Tutorial penggunaan mencakup template untuk SLURM Submit Script dan memilih alokasi komputasi yang sesuai untuk menjalankan program dengan performa terbaik.

Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan

Daftar Compiler C/C++/Fortran

ALELEON Supercomputer menyediakan compiler C/C++/Fortran dari GNU. AOCC, dan NVIDIA.

Note:

GCC Default OS

ALELEON Supercomputer menggunakan GCC 8.5.0 (Red Hat 8.5.0-15) sebagai default GCC.

Modul GNU GCC

Nama compiler untuk GCC:

  • C -> gcc
  • C++ -> g++
  • Fortran -> gfortran
Nama dan Versi Nama Modul
GCC 8.3.0 GCC/8.3.0
GCC 8.4.0 GCC/8.4.0
GCC 10.2.0 [DEFAULT] GCC/10.2.0
GCC 10.3.0 GCC/10.3.0
GCC 11.2.0 GCC/11.2.0
GCC 11.3.0 GCC/11.3.0
GCC 12.2.0 GCC/12.2.0

Modul AMD Optimizing C/C++ and Fortran Compilers (AOCC)

Nama compiler untuk AOCC:

  • C dan C++ -> clang
  • Fortran -> flang
Nama dan Versi Nama Modul
AOCC 3.1.0 aocc/3.1.0
AOCC 4.0 [DEFAULT] aocc/4.0

Modul NVIDIA HPC Compilers (via NVIDIA HPC SDK Toolkit - Experimental)

Note:
  • Saat ini tim engineering ALELEON Supercomputer sedang mengadakan pengujian kompabilitas sistem untuk NVIDIA HPC Compilers ini.

Nama compiler untuk NVIDIA HPC Compilers:

  • C -> nvc
  • C++ -> nvc++
  • Fortran -> nvfortran
Nama dan Versi Nama Modul
NVIDIA Compilers 23.1-0 nvhpc-nompi/23.1

Daftar Compiler MPI

Compiler MPI digunakan untuk compiling program paralel yang ditulis dengan library MPI.

Modul Open MPI

ALELEON Supercomputer memilih Open MPI sebagai MPI utama dengan menyesuaikan arsitektur prosesor AMD EPYC Zen 2 dan protokol network UCX untuk menjalankan komputasi paralel antar-node. Nama compiler untuk Open MPI:

  • C -> mpicc
  • C++ -> mpic++
  • Fortran -> mpifort
Note:
Nama dan Versi Nama Modul
Open MPI 4.0.5 (dicompile dengan GCC 9.3.0) OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0
Open MPI 4.0.5 (dicompile dengan GCC 10.2.0) OpenMPI/4.0.5-GCC-10.2.0
Open MPI 4.1.0 (dicompile dengan GCC 10.2.0) OpenMPI/4.1.0-GCC-10.2.0
Open MPI 4.1.1 (dicompile dengan GCC 10.3.0) OpenMPI/4.1.1-GCC-10.3.0
Open MPI 4.1.1 (dicompile dengan GCC 11.2.0) OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0
Open MPI 4.1.3 (dicompile dengan GCC 11.2.0 dan CUDA 11.6) OpenMPI/4.1.3-GCC-11.2.0-CUDA-11.6
Open MPI 4.1.4 (dicompile dengan GCC 11.3.0) OpenMPI/4.1.4-GCC-11.3.0
Open MPI 4.1.4 (dicompile dengan GCC 12.2.0) [DEFAULT] OpenMPI/4.1.4-GCC-12.2.0

Daftar Library CPU Matematika

Library CPU matematika mencakup BLAS, LAPACK, scaLAPACK, FFTW, dan Eigensolver untuk menjalankan program dengan algoritma numerik. ALELEON Supercomputer menyediakan library CPU matematika dari berbagai pembuat yang telah disesuaikan untuk bekerja dengan CPU AMD EPYC Zen 2.

Note:
  • Untuk memaksimalkan penggunaan library CPU pada ALELEON Supercomputer dengan menyesuaikan arsitektur prosesor AMD EPYC Zen 2 pelajari: Compiler AMD ALELEON Supercomputer .

Modul AMD Optimizing CPU Libraries (AOCL)

Kategori Nama dan Versi Nama Modul
Accelerated math library AOCL LibM 3.6 (dari AOCL 2.2) LibM/3.6-AOCL2.2-GCC
Accelerated math library AOCL LibM 3.8 (dari AOCL 3.1) LibM/3.8-AOCL3.1-GCC11
BLAS AOCL BLIS 3.0 blis/3.0-AOCL-GCC10
BLAS AOCL BLIS 3.0.1 blis/3.0.1-AOCL-GCC11
BLAS AOCL BLIS 4.0 blis/4.0-AOCL-GCC11.3
FFTW3 AOCL FFTW 3.0 fftw/3.0-AOCL-GCC10
FFTW3 AOCL FFTW 3.0.1 fftw/3.0.1-AOCL-GCC11
FFTW3 AOCL FFTW 3.1 fftw/3.1-AOCL-GCC11
FFTW3 AOCL FFTW 4.0 fftw/4.0-AOCL-GCC11.3
LAPACK AOCL libFLAME 3.0 libflame/3.0-AOCL-GCC10
LAPACK AOCL libFLAME 3.0.1 libflame/3.0.1-AOCL-GCC11
LAPACK AOCL libFLAME 4.0 libflame/4.0-AOCL-GCC11.3
scaLAPACK AMD ScaLAPACK 3.0, linked:
  • AOCL BLIS 3.0.1
  • AOCL libFLAME 3.0.1
 scalapack/3.0-AOCL-BLIS-Libflame-GCC10
scaLAPACK AMD ScaLAPACK 3.0, linked:
  • AOCL BLIS 3.0.1
  • Netlib LAPACK 3.10
 scalapack/3.0-AOCL-BLIS-LAPACK-GCC10

Modul Intel OneAPI MKL (Math Kernel Library)

Intel OneAPI MKL mengandung BLAS, LAPACK, scaLAPACK, dan FFTW3.

Nama dan Versi Nama Modul
OneAPI MKL 2021.1.0.2659 oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly
OneAPI MKL 2021.3.0.3219 oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly
OneAPI MKL 2022.2.1.16993 [DEFAULT] oneapi/2022.2.1.16993-MKLOnly

Modul Library CPU lainnya

Kategori Nama dan Versi Nama Modul
Accelerated math library LibM 3.7 LibM/3.7-GCC11
Accelerated math library LibM 4.0 LibM/4.0-GCC11.3
BLAS OpenBLAS 0.3.7 OpenBLAS/0.3.7-GCC-8.3.0
BLAS OpenBLAS 0.3.12 OpenBLAS/0.3.12-GCC-10.2.0
BLAS OpenBLAS 0.3.13 openblas/0.3.13-GCC10
BLAS OpenBLAS 0.3.15 OpenBLAS/0.3.15-GCC-10.3.0
LAPACK Netlib LAPACK 3.9, linked:
  • AMD BLIS 3.0
 lapack/3.9-BLIS-GCC10
LAPACK Netlib LAPACK 3.10, linked:
  • AMD BLIS 3.0.1
 lapack/3.10-BLIS-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • AOCL BLIS 3.0
  • AOCL libFLAME 3.0
 scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • AOCL BLIS 3.0
  • Netlib LAPACK 3.9
 scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • GOMPI 2020b
 ScaLAPACK/2.1.0-gompi-2020b
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • GOMPI 2021a-fb
 ScaLAPACK/2.1.0-gompi-2021a-fb

Modul Eigenvalue Solvers

Nama dan Versi Nama Modul
ELPA 2018.11, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2020.11, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2021.05, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2021.05-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2021.05, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
 elpa/2021.05-GCC10-MKL
ELPA 2021.11 [DEFAULT], linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2021.11-GCC10-MKL-CUDA11

Daftar Software NVIDIA

ALELEON Supercomputer menyediakan software NVIDIA untuk CUDA Toolkit dan aplikasi HPC (NVIDIA HPC SDK) yang telah disesuaikan untuk arsitektur NVIDIA Ampere.

Modul NVIDIA CUDA Toolkit (Standalone)

Note:
  • CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung GPU NVIDIA yang terpasang di Compute Node GPU (Partisi ampere) dan Interactive Node GPU Tilla.
Nama dan Versi Nama Modul
CUDA 11.2 dengan cuDNN 8.1.1 cuda/11.2-cuDNN8.1.1
CUDA 11.6 dengan cuDNN 8.3.3 cuda/11.6-cuDNN8.3.3
CUDA 11.8 dengan cuDNN 8.6.0 cuda/11.8-cuDNN8.6.0
CUDA 12.0 dengan cuDNN 8.7.0 cuda/12.0-cuDNN8.7.0
CUDA 12.1 dengan cuDNN 8.8.1 [DEFAULT] cuda/12.1-cuDNN8.8.1
cuda

Modul NVIDIA HPC SDK (Experimental)

Note:
  • Saat ini tim engineering ALELEON Supercomputer sedang mengadakan pengujian kompabilitas sistem untuk NVIDIA HPC SDK ini.

NVIDIA HPC SDK berisikan modul NVIDIA:

  • NVIDIA HPC Compilers (C, C++, Fortran)
  • NVIDIA CUDA Toolkit (11.0, 11.8, 12.0)
  • NVIDIA MPI (Open MPI dengan CUDA aware)
  • NVIDIA Collective Communication Library (NCCL)
  • NVIDIA SHMEM (NVSHMEM)

Terdapat beberapa modul untuk NVIDIA HPC SDK dengan pembagian komponen:

Nama dan Versi Nama Modul Kelengkapan Komponen
NVIDIA HPC SDK 23.1 nvhpc/23.1 NV HPC compilers, CUDA, MPI, NCCL, SHMEM
nvhpc-nompi/23.1 NV HPC compilers, CUDA, NCCL, SHMEM
nvhpc-byo-compiler/23.1 CUDA, NCCL, SHMEM

Daftar Software Python dan Anaconda

ALELEON Supercomputer menyediakan intepreter Python baik Python standalone dan suite Anaconda.

Python Default OS

ALELEON Supercomputer menggunakan Python 3.9.13 sebagai default OS.

Note:
  • ALELEON Supercomputer tidak menyediakan Python 2 pada default OS karena ketidakcocokan dengan sistem OS. Apabila user membutuhkan Python 2, gunakan modul Python yang dijabarkan pada subbab berikutnya.

Modul Python

Nama dan Versi Nama Modul
Python 2.7.16 Python/2.7.16-GCCcore-8.3.0
Python 2.7.18 Python/2.7.18-GCCcore-11.2.0
Python 3.8.6 Python/3.8.6-GCCcore-10.2.0
Python 3.9.5 Python/3.9.5-GCCcore-10.3.0
Python 3.10.4 [DEFAULT] Python/3.10.4-GCCcore-11.3.0

Modul Suite Anaconda

Nama dan Versi Nama Modul
Anaconda 3 2020.11
  • Python default 3.8.5
 Anaconda3/2020.11
Anaconda 3 2021.05
  • Python default 3.8.8
 Anaconda3/2021.05
Anaconda 3 2022.05 [DEFAULT]
  • Python default 3.9.12
 Anaconda3/2022.05

User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat Versi dan Instalasi Python.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Katalog_Software_ALELEON_Supercomputer&oldid=1086"