Katalog Software ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(mengubah desain tabel software komputasi)
 
(12 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 1: Baris 1:
Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus.  
Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan info penggunaan untuk beberapa set software spesifik.
== '''Layanan Gratis Instalasi Software''' ==
{| class="wikitable"
Admin EFISON memberikan '''layanan instalasi software gratis beserta optimasinya''' kepada user yang membutuhkan. '''Layanan instalasi tersebut mencakup:'''
|'''''Note:'''''
* ''User dapat menggunakan katalog software yang dijabarkan pada halaman ini dengan '''[[Module Environment]]'''.''
** ''Perhatikan kolom '''nama modul'''.''
*''Update terakhir 14 Februari 2023''
|}
 
== '''Layanan Gratis Instalasi Software dengan Optimasi''' ==
Admin EFISON memberikan '''layanan instalasi software gratis beserta optimasinya''' kepada user yang membutuhkan. Kembangkan tabel di bawah ini untuk info lebih lanjut.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Daftar layanan instalasi gratis, persyaratan, dan langkah mengajukan layanan
|-
|Layanan mencakup:
 
* Instalasi software beserta optimasinya untuk ALELEON Supercomputer.
* Instalasi software beserta optimasinya untuk ALELEON Supercomputer.
* Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut.
* Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut.
* Membuat [[Module Environment|'''module environment''']] untuk software tersebut.
* Pembuatan halaman tutorial pada wiki untuk menjalankan software tersebut di ALELEON Supercomputer.
* Untuk instalasi software komputasi diikuti dengan pembuatan tutorial untuk menjalankan software tersebut di ALELEON Supercomputer.
|-
'''Adapun persyaratan untuk layanan gratis instalasi software adalah:'''
|Persyaratan layanan:
* Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di ALELEON Supercomputer.
* Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di ALELEON Supercomputer.
* Software diinstal secara '''global''' dimana '''dapat diakses oleh semua user.'''
* Software diinstal secara global dimana dapat diakses oleh semua user.
User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email:
|-
'''support@efisonlt.com'''
|User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email '''support@efisonlt.com'''.
== '''Menggunakan Software di ALELEON Supercomputer''' ==
|}
User dapat menggunakan software global (dapat diakses oleh semua user) yang tercatat pada halaman ini melalui:
 
=='''Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan''' ==
SIlahkan klik gambar dibawah ini untuk melihat daftar software komputasi dan tutorial penggunaan di ALELEON Supercomputer. Tutorial penggunaan mencakup template untuk SLURM Submit Script dan memilih alokasi komputasi yang sesuai untuk menjalankan program dengan performa terbaik.
 
[[Berkas:Wiki-15.jpg|1000x1000px |link=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan |alt=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan]]
=='''Daftar Compiler C/C++/Fortran'''  ==
ALELEON Supercomputer menyediakan compiler C/C++/Fortran dari GNU. AOCC, dan NVIDIA.
{| class="wikitable"
|'''''Note:'''''
* ''Untuk memaksimalkan penggunaan compiler pada ALELEON Supercomputer dengan menyesuaikan arsitektur prosesor AMD EPYC Zen 2 pelajari: '''[[Compiler AMD ALELEON Supercomputer]]''' .''
|}
 
=== GCC Default OS ===
ALELEON Supercomputer menggunakan '''GCC 8.5.0 (Red Hat 8.5.0-15)''' sebagai default GCC.
 
=== Modul GNU GCC ===
Nama compiler untuk GCC:  


* Template menjalankan software di Job Composer EFIRO.
* C -> '''''gcc'''''
* [[Module Environment|'''Module Environment''']]. '''Perhatikan kolom Nama Modul untuk menggunakan software tersebut melalui perintah module load.'''
* C++ -> '''''g++'''''
* Fortran -> '''''gfortran'''''


=='''Daftar Software Komputasi (Global)'''==
{| class="wikitable sortable"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Nama dan Versi
!Bidang
!Nama Modul
!Software dan
|-
Tutorial Penggunaan
|GCC 8.3.0
!Versi
|GCC/8.3.0
!Dukungan Hardware
|-
!Dukungan MPI
|GCC 8.4.0
|GCC/8.4.0
|-
|GCC 10.2.0 '''''[DEFAULT]'''''
|GCC/10.2.0
|-
|GCC 10.3.0
|GCC/10.3.0
|-
|-
|Kimia Komputasi
|GCC 11.2.0
|'''[[GROMACS]]'''
|GCC/11.2.0
|2021.1
|CPU - GPU
multi-node
|Hybrid MPI/OMP
|-
|-
|Kimia Komputasi
|GCC 11.3.0
|'''[[NWChem]]'''
|GCC/11.3.0
|7.0.2
|CPU - GPU
multi-node
|Pure MPI
|-
|-
|Kimia Komputasi
|GCC 12.2.0
|'''[[Quantum ESPRESSO]]'''
|GCC/12.2.0
|
|}
* 6.7
 
=== Modul AMD Optimizing C/C++ and Fortran Compilers (AOCC) ===
Nama compiler untuk AOCC:
 
* C dan C++ -> '''''clang'''''
* Fortran -> '''''flang'''''


* 6.8
{| class="wikitable sortable"
|CPU
!Nama dan Versi
multi-node
!Nama Modul
|Pure MPI
|-
|-
|Statistika
|AOCC 3.1.0
|'''[[R]]'''
|aocc/3.1.0
|
|-
* 4.0.4
|AOCC 4.0 '''''[DEFAULT]'''''
|aocc/4.0
|}


* 4.1.0
=== Modul NVIDIA HPC Compilers (via NVIDIA HPC SDK Toolkit - ''Experimental'') ===
{| class="wikitable"
|'''''Note:'''''
* ''Saat ini tim engineering ALELEON Supercomputer sedang mengadakan pengujian kompabilitas sistem untuk NVIDIA HPC Compilers ini.''
|}
Nama compiler untuk NVIDIA HPC Compilers:


* 4.1.2
* C -> '''''nvc'''''
|CPU
* C++ -> '''''nvc++'''''
single-node (default)
* Fortran -> '''''nvfortran'''''


multi-node melalui RMPI.
{| class="wikitable sortable"
| Ya melalui [https://cran.r-project.org/web/packages/Rmpi/Rmpi.pdf '''RMPI'''].
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|-
|Kimia Komputasi
|NVIDIA Compilers 23.1-0
|'''[[GAMESS]]'''
|nvhpc-nompi/23.1
|2020.2
|}
|CPU
 
multi-node
== '''Daftar Compiler MPI''' ==
|Pure MPI
Compiler MPI digunakan untuk compiling program paralel yang ditulis dengan library MPI.
 
=== Modul Open MPI ===
ALELEON Supercomputer memilih Open MPI sebagai MPI utama dengan menyesuaikan arsitektur prosesor AMD EPYC Zen 2 dan protokol network UCX untuk menjalankan komputasi paralel antar-node. Nama compiler untuk Open MPI: 
 
* C -> '''''mpicc'''''
* C++ -> '''''mpic++'''''
* Fortran -> '''''mpifort'''''
 
{| class="wikitable"
|'''''Note:'''''
* ''Untuk memaksimalkan penggunaan dan performa Open MPI pada ALELEON Supercomputer pelajari: '''[[MPI ALELEON Supercomputer]]''' .''
|}
{| class="wikitable sortable"
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Open MPI 4.0.5 (dicompile dengan GCC 9.3.0)  
|[[NAMD|'''NAMD (CPU)''']]
|OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0
|2.14
|CPU
multi-node
|Pure MPI
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Open MPI 4.0.5 (dicompile dengan GCC 10.2.0)
|[[NAMD|'''NAMD (GPU)''']]
|OpenMPI/4.0.5-GCC-10.2.0
|2.14
|CPU - GPU
single-node
|Pure MPI
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Open MPI 4.1.0 (dicompile dengan GCC 10.2.0)
|'''[[ORCA]]'''
|OpenMPI/4.1.0-GCC-10.2.0
|4.2.1
|CPU
multi-node
|Pure MPI
|-
|-
|Machine Learning
|Open MPI 4.1.1 (dicompile dengan GCC 10.3.0)
|'''[[TensorFlow (dengan Anaconda)|TensorFlow dengan Anaconda]]'''
|OpenMPI/4.1.1-GCC-10.3.0
| -
|CPU & GPU
|  -
|-
|-
|IDE
|Open MPI 4.1.1 (dicompile dengan GCC 11.2.0)
|'''[[Jupyter Notebook]]'''
|OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0
|  -
|CPU & GPU
|  -
|-
|-
|Pemodelan Tsunami
|Open MPI 4.1.3 (dicompile dengan GCC 11.2.0 dan CUDA 11.6)
|'''[[COMCOT]]''' (GPU)
|OpenMPI/4.1.3-GCC-11.2.0-CUDA-11.6
|1.7
|CPU - GPU
single-node
|  -
|-
|-
|Pemodelan Tsunami
|Open MPI 4.1.4 (dicompile dengan GCC 11.3.0)
|'''[[COMCOT]]''' (CPU)
|OpenMPI/4.1.4-GCC-11.3.0
|1.7
|CPU
single-node
|  -
|-
|-
|Fisika Komputasi
|Open MPI 4.1.4 (dicompile dengan GCC 12.2.0) '''''[DEFAULT]'''''
|'''[[PHASE/0]]'''
|OpenMPI/4.1.4-GCC-12.2.0
|2021.01
|}
|CPU
 
multi-node
== '''Daftar Library CPU Matematika''' ==
|Pure MPI
Library CPU matematika mencakup BLAS, LAPACK, scaLAPACK, FFTW, dan Eigensolver untuk menjalankan program dengan algoritma numerik. ALELEON Supercomputer menyediakan library CPU matematika dari berbagai pembuat yang telah disesuaikan untuk bekerja dengan CPU AMD EPYC Zen 2.
{| class="wikitable"
|'''''Note:'''''
* ''Untuk memaksimalkan penggunaan library CPU pada ALELEON Supercomputer dengan menyesuaikan arsitektur prosesor AMD EPYC Zen 2 pelajari: '''[[Compiler AMD ALELEON Supercomputer]]''' .''
|}
|}
== '''Daftar Compiler (Global)''' ==
 
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
=== Modul AMD Optimizing CPU Libraries (AOCL) ===
{| class="wikitable sortable"
!Kategori
!Kategori
!Compiler
!Nama dan Versi
!Versi dan optimasi
!Nama Modul
![[Module Environment|Nama Modul]]
|-
|Accelerated math library
|AOCL LibM 3.6 (dari AOCL 2.2)
|LibM/3.6-AOCL2.2-GCC
|-
|Accelerated math library
|AOCL LibM 3.8 (dari AOCL 3.1)
|LibM/3.8-AOCL3.1-GCC11
|-
|BLAS
|AOCL BLIS 3.0
|blis/3.0-AOCL-GCC10
|-
|BLAS
|AOCL BLIS 3.0.1
|blis/3.0.1-AOCL-GCC11
|-
|BLAS
|AOCL BLIS 4.0
|blis/4.0-AOCL-GCC11.3
|-
|-
|C/C++/Fortran
|FFTW3
|GNU GCC (default OS)
|AOCL FFTW 3.0
|9.3.1 RHEL
|fftw/3.0-AOCL-GCC10
| - (default OS)
|-
|-
|C/C++/Fortran
|FFTW3
|GNU GCC
|AOCL FFTW 3.0.1
|8.4.0
|fftw/3.0.1-AOCL-GCC11
|'''GCC/8.4.0'''
|-
|-
|C/C++/Fortran
|FFTW3
|GNU GCC
|AOCL FFTW 3.1
|10.2.0
|fftw/3.1-AOCL-GCC11
|'''GCC/10.2.0'''
|-
|-
|C/C++/Fortran
|FFTW3
|GNU GCC
|AOCL FFTW 4.0
|11.2.0
|fftw/4.0-AOCL-GCC11.3
|'''GCC/11.2.0'''
|-
|-
|MPI
|LAPACK
|OpenMPI
|AOCL libFLAME 3.0
|4.0.5 built with GCC 9.3.0
|libflame/3.0-AOCL-GCC10
|'''OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0'''
|-
|-
|MPI
|LAPACK
|OpenMPI
|AOCL libFLAME 3.0.1
|4.1.0 built with GCC 10.2.0
|libflame/3.0.1-AOCL-GCC11
|'''openmpi'''
|-
|-
|MPI
|LAPACK
|OpenMPI
|AOCL libFLAME 4.0
|4.1.1 built with GCC 11.2.0
|libflame/4.0-AOCL-GCC11.3
|'''OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0'''
|-
|-
|CUDA C/C++
|scaLAPACK
|NVIDIA CUDA Compiler
|'''AMD ScaLAPACK 3.0, linked:'''
|11.2
* AOCL BLIS 3.0.1
|'''cuda'''
* AOCL libFLAME 3.0.1
|scalapack/3.0-AOCL-BLIS-Libflame-GCC10
|-
|scaLAPACK
|'''AMD ScaLAPACK 3.0, linked:'''
* AOCL BLIS 3.0.1
* Netlib LAPACK 3.10
|scalapack/3.0-AOCL-BLIS-LAPACK-GCC10
|}
|}
== '''Daftar Library Matematika (Global)''' ==
 
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
=== Modul Intel OneAPI MKL (Math Kernel Library) ===
!Kategori
Intel OneAPI MKL mengandung BLAS, LAPACK, scaLAPACK, dan FFTW3.
!Library
{| class="wikitable sortable"
!Versi dan optimasi
!Nama dan Versi
![[Module Environment|Nama Modul]]
!Nama Modul
|-
|-
|BLAS
|OneAPI MKL 2021.1.0.2659
|OpenBLAS
|oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly
|0.3.13, TARGET=ZEN
|'''openblas'''
|-
|-
|BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3
|OneAPI MKL 2021.3.0.3219
|OneAPI MKL
|oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly
|2021.1.0.2659
|'''oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly'''
|-
|-
|BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3
|OneAPI MKL 2022.2.1.16993 '''''[DEFAULT]'''''
|OneAPI MKL
|oneapi/2022.2.1.16993-MKLOnly
|2021.3.0.3219
|}
|'''oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly'''
 
=== Modul Library CPU lainnya ===
{| class="wikitable sortable"
!Kategori
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|-
|Accelerated math library
|Accelerated math library
|AMD LibM
|LibM 3.7
|3.6 AOCL 2.2
|LibM/3.7-GCC11
|'''LibM/3.6-AOCL2.2-GCC'''
|-
|-
|Accelerated math library
|Accelerated math library
|AMD LibM
|LibM 4.0
|3.7
|LibM/4.0-GCC11.3
|'''LibM/3.7-GCC11'''
|-
|-
|BLAS
|BLAS
|AMD BLIS
|OpenBLAS 0.3.7
|3.0 AOCL
|OpenBLAS/0.3.7-GCC-8.3.0
|'''blis/3.0-AOCL-GCC10'''
|-
|-
|BLAS
|BLAS
|AMD BLIS
|OpenBLAS 0.3.12
|3.0.1 AOCL
|OpenBLAS/0.3.12-GCC-10.2.0
|'''blis/3.0.1-AOCL-GCC11'''
|-
|-
|FFTW3
|BLAS
|AMD FFTW
|OpenBLAS 0.3.13
|3.0 AOCL
|openblas/0.3.13-GCC10
|'''fftw/3.0-AOCL-GCC10'''
|-
|-
|FFTW3
|BLAS
|AMD FFTW
|OpenBLAS 0.3.15
|3.0.1 AOCL
|OpenBLAS/0.3.15-GCC-10.3.0
|'''fftw/3.0.1-AOCL-GCC11'''
|-
|-
|LAPACK
|LAPACK
|AMD libFLAME
|'''Netlib LAPACK 3.9, linked:'''
|3.0 AOCL
* AMD BLIS 3.0
|'''libflame/3.0-AOCL-GCC10'''
|lapack/3.9-BLIS-GCC10
|-
|-
|LAPACK
|LAPACK
|AMD libFLAME
|'''Netlib LAPACK 3.10, linked:'''
|3.0.1 AOCL
* AMD BLIS 3.0.1
|'''libflame/3.0.1-AOCL-GCC11'''
|lapack/3.10-BLIS-GCC10
|-
|-
|LAPACK
|scaLAPACK
|Netlib LAPACK
|'''Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:'''
|3.9, linked with BLIS 3.0 AOCL
* AOCL BLIS 3.0
|'''lapack/3.9-BLIS-GCC10'''
* AOCL libFLAME 3.0
|scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10
|-
|-
|LAPACK
|scaLAPACK
|Netlib LAPACK
|'''Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:'''
|3.10, linked with BLIS 3.0.1 AOCL
* AOCL BLIS 3.0
|'''lapack/3.10-BLIS-GCC10'''
* Netlib LAPACK 3.9
|scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10
|-
|-
|scaLAPACK
|scaLAPACK
|AMD ScaLAPACK
|'''Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:'''
|3.0, linked with BLIS 3.0.1 AOCL and LibFLAME 3.0.1 AOCL
* GOMPI 2020b
|'''scalapack/3.0-AOCL-BLIS-Libflame-GCC10'''
|ScaLAPACK/2.1.0-gompi-2020b
|-
|-
|scaLAPACK
|scaLAPACK
|AMD ScaLAPACK
|'''Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:'''
|3.0, linked with BLIS 3.0.1 AOCL and LAPACK 3.10
* GOMPI 2021a-fb
|'''scalapack/3.0-AOCL-BLIS-LAPACK-GCC10'''
|ScaLAPACK/2.1.0-gompi-2021a-fb
|}
 
=== Modul Eigenvalue Solvers ===
{| class="wikitable sortable"
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|'''ELPA 2018.11, linked:'''
* OneAPI MKL 2021.1
* CUDA 11.2
|elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11
|-
|'''ELPA 2020.11, linked:'''
* OneAPI MKL 2021.1
* CUDA 11.2
|elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11
|-
|'''ELPA 2021.05, linked:'''
* OneAPI MKL 2021.1
* CUDA 11.2
|elpa/2021.05-GCC10-MKL-CUDA11
|-
|'''ELPA 2021.05, linked:'''
* OneAPI MKL 2021.1
|elpa/2021.05-GCC10-MKL
|-
|-
|scaLAPACK
|'''ELPA 2021.11 ''[DEFAULT]'', linked:'''
|Netlib ScaLAPACK
* OneAPI MKL 2021.1
|2.1, linked with BLIS 3.0 AOCL and LibFLAME 3.0 AOCL
* CUDA 11.2
|'''scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10'''
|elpa/2021.11-GCC10-MKL-CUDA11
|}
== '''Daftar Software NVIDIA'''  ==
ALELEON Supercomputer menyediakan software NVIDIA untuk CUDA Toolkit dan aplikasi HPC (NVIDIA HPC SDK) yang telah disesuaikan untuk arsitektur NVIDIA Ampere.
 
=== Modul NVIDIA CUDA Toolkit (Standalone) ===
{| class="wikitable"
|'''''Note:'''''
* ''CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung GPU NVIDIA yang terpasang di Compute Node GPU (Partisi ampere) dan Interactive Node GPU Tilla.''
|}
{| class="wikitable sortable"
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|CUDA 11.2 dengan cuDNN 8.1.1
|cuda/11.2-cuDNN8.1.1
|-
|CUDA 11.6 dengan cuDNN 8.3.3
|cuda/11.6-cuDNN8.3.3
|-
|CUDA 11.8 dengan cuDNN 8.6.0
|cuda/11.8-cuDNN8.6.0
|-
|-
|scaLAPACK
|CUDA 12.0 dengan cuDNN 8.7.0  
|Netlib ScaLAPACK
|cuda/12.0-cuDNN8.7.0
|2.1, linked with BLIS 3.0 AOCL and LAPACK 3.9
|'''scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10'''
|-
|-
|Eigenvalue Solvers
| rowspan="2" |CUDA 12.1 dengan cuDNN 8.8.1 '''''[DEFAULT]'''''
|ELPA
|cuda/12.1-cuDNN8.8.1
|2020.11, linked with OneAPI MKL 2021.1 and CUDA 11.2
|'''elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11'''
|-
|-
|Eigenvalue Solvers
|cuda
|ELPA
|}
|2018.11, linked with OneAPI MKL 2021.1 and CUDA 11.2
 
|'''elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11'''
=== Modul NVIDIA HPC SDK ''(Experimental)'' ===
{| class="wikitable"
|'''''Note:'''''
* ''Saat ini tim engineering ALELEON Supercomputer sedang mengadakan pengujian kompabilitas sistem untuk NVIDIA HPC SDK ini.''
|}
|}
Penjelasan lebih lanjut untuk menggunakan AMD AOCL silahkan lihat [[Software HPC AMD|'''Software HPC AMD''']].
NVIDIA HPC SDK berisikan modul NVIDIA:
== '''Daftar Software NVIDIA (Global)''' ==
 
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
* NVIDIA HPC Compilers (C, C++, Fortran)
!Kategori
* NVIDIA CUDA Toolkit (11.0, 11.8, 12.0)
!Software
* NVIDIA MPI (Open MPI dengan CUDA aware)
!Versi
* NVIDIA Collective Communication Library (NCCL)
![[Module Environment|Nama Modul]]
* NVIDIA SHMEM (NVSHMEM)
 
Terdapat beberapa modul untuk NVIDIA HPC SDK dengan pembagian komponen:
{| class="wikitable sortable"
!Nama dan Versi
!Nama Modul
!Kelengkapan Komponen
|-
| rowspan="3" |NVIDIA HPC SDK 23.1
|nvhpc/23.1
|NV HPC compilers, CUDA, MPI, NCCL, SHMEM
|-
|nvhpc-nompi/23.1
|NV HPC compilers, CUDA, NCCL, SHMEM
|-
|-
|CUDA Toolkit
|nvhpc-byo-compiler/23.1
|NVIDIA CUDA & cuDNN
|CUDA, NCCL, SHMEM
|11.2 & 8.1.1
|}
|'''cuda'''
 
=='''Daftar Software Python dan Anaconda'''==
ALELEON Supercomputer menyediakan intepreter Python baik Python ''standalone'' dan ''suite'' Anaconda.
 
=== Python Default OS ===
ALELEON Supercomputer menggunakan '''Python 3.9.13''' sebagai default OS.  
{| class="wikitable"
|'''''Note:'''''
* ''ALELEON Supercomputer '''tidak menyediakan Python 2 pada default OS''' karena ketidakcocokan dengan sistem OS. Apabila user membutuhkan Python 2, gunakan modul Python yang dijabarkan pada subbab berikutnya.''
|}
|}
Perlu diketahui bahwa CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung NVIDIA Ampere yang terpasang di GPU Node.
 
== '''Daftar Software Python (Global)''' ==
=== Modul Python ===
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable"
!Kategori
!Nama dan Versi
!Software
!Nama Modul
!Versi
|-
![[Module Environment|Nama Modul]]
|Python 2.7.16
|  Python/2.7.16-GCCcore-8.3.0
|-
|Python 2.7.18
|  Python/2.7.18-GCCcore-11.2.0
|-
|Python 3.8.6
|Python/3.8.6-GCCcore-10.2.0
|-
|-
|Python intepreter
|Python 3.9.5
|Python2
|Python/3.9.5-GCCcore-10.3.0
|2.7.5
| - (default OS)
|-
|-
|Python intepreter
|Python 3.10.4 '''''[DEFAULT]'''''
|Python3
|Python/3.10.4-GCCcore-11.3.0
|3.6
|}
| - (default OS)
 
=== Modul Suite Anaconda ===
{| class="wikitable sortable"
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|-
|Python intepreter
|Anaconda 3 2020.11
|Python3
* Python default 3.8.5
|3.8.6
|Anaconda3/2020.11
|'''Python'''
|-
|-
|Anaconda
|Anaconda 3 2021.05
|Anaconda 3
* Python default 3.8.8
|2020.11 (Python default 3.8.5)
|Anaconda3/2021.05
|'''Anaconda3/2020.11'''
|-
|-
|Anaconda
|Anaconda 3 2022.05 '''''[DEFAULT]'''''
|Anaconda 3
* Python default 3.9.12
|2021.05 (Python default 3.8.8)
|Anaconda3/2022.05
|'''Anaconda3/2021.05'''
|}
|}
User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat [[Versi dan Instalasi Python|'''Versi dan Instalasi Python''']].
User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat [[Versi dan Instalasi Python|'''Versi dan Instalasi Python''']].

Revisi terkini sejak 17 Mei 2023 16.23

Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan info penggunaan untuk beberapa set software spesifik.

Note:
  • User dapat menggunakan katalog software yang dijabarkan pada halaman ini dengan Module Environment.
    • Perhatikan kolom nama modul.
  • Update terakhir 14 Februari 2023

Layanan Gratis Instalasi Software dengan Optimasi

Admin EFISON memberikan layanan instalasi software gratis beserta optimasinya kepada user yang membutuhkan. Kembangkan tabel di bawah ini untuk info lebih lanjut.

Daftar layanan instalasi gratis, persyaratan, dan langkah mengajukan layanan
Layanan mencakup:
  • Instalasi software beserta optimasinya untuk ALELEON Supercomputer.
  • Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut.
  • Pembuatan halaman tutorial pada wiki untuk menjalankan software tersebut di ALELEON Supercomputer.
Persyaratan layanan:
  • Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di ALELEON Supercomputer.
  • Software diinstal secara global dimana dapat diakses oleh semua user.
User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email support@efisonlt.com.

Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan

SIlahkan klik gambar dibawah ini untuk melihat daftar software komputasi dan tutorial penggunaan di ALELEON Supercomputer. Tutorial penggunaan mencakup template untuk SLURM Submit Script dan memilih alokasi komputasi yang sesuai untuk menjalankan program dengan performa terbaik.

Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan

Daftar Compiler C/C++/Fortran

ALELEON Supercomputer menyediakan compiler C/C++/Fortran dari GNU. AOCC, dan NVIDIA.

Note:

GCC Default OS

ALELEON Supercomputer menggunakan GCC 8.5.0 (Red Hat 8.5.0-15) sebagai default GCC.

Modul GNU GCC

Nama compiler untuk GCC:

  • C -> gcc
  • C++ -> g++
  • Fortran -> gfortran
Nama dan Versi Nama Modul
GCC 8.3.0 GCC/8.3.0
GCC 8.4.0 GCC/8.4.0
GCC 10.2.0 [DEFAULT] GCC/10.2.0
GCC 10.3.0 GCC/10.3.0
GCC 11.2.0 GCC/11.2.0
GCC 11.3.0 GCC/11.3.0
GCC 12.2.0 GCC/12.2.0

Modul AMD Optimizing C/C++ and Fortran Compilers (AOCC)

Nama compiler untuk AOCC:

  • C dan C++ -> clang
  • Fortran -> flang
Nama dan Versi Nama Modul
AOCC 3.1.0 aocc/3.1.0
AOCC 4.0 [DEFAULT] aocc/4.0

Modul NVIDIA HPC Compilers (via NVIDIA HPC SDK Toolkit - Experimental)

Note:
  • Saat ini tim engineering ALELEON Supercomputer sedang mengadakan pengujian kompabilitas sistem untuk NVIDIA HPC Compilers ini.

Nama compiler untuk NVIDIA HPC Compilers:

  • C -> nvc
  • C++ -> nvc++
  • Fortran -> nvfortran
Nama dan Versi Nama Modul
NVIDIA Compilers 23.1-0 nvhpc-nompi/23.1

Daftar Compiler MPI

Compiler MPI digunakan untuk compiling program paralel yang ditulis dengan library MPI.

Modul Open MPI

ALELEON Supercomputer memilih Open MPI sebagai MPI utama dengan menyesuaikan arsitektur prosesor AMD EPYC Zen 2 dan protokol network UCX untuk menjalankan komputasi paralel antar-node. Nama compiler untuk Open MPI:

  • C -> mpicc
  • C++ -> mpic++
  • Fortran -> mpifort
Note:
Nama dan Versi Nama Modul
Open MPI 4.0.5 (dicompile dengan GCC 9.3.0) OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0
Open MPI 4.0.5 (dicompile dengan GCC 10.2.0) OpenMPI/4.0.5-GCC-10.2.0
Open MPI 4.1.0 (dicompile dengan GCC 10.2.0) OpenMPI/4.1.0-GCC-10.2.0
Open MPI 4.1.1 (dicompile dengan GCC 10.3.0) OpenMPI/4.1.1-GCC-10.3.0
Open MPI 4.1.1 (dicompile dengan GCC 11.2.0) OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0
Open MPI 4.1.3 (dicompile dengan GCC 11.2.0 dan CUDA 11.6) OpenMPI/4.1.3-GCC-11.2.0-CUDA-11.6
Open MPI 4.1.4 (dicompile dengan GCC 11.3.0) OpenMPI/4.1.4-GCC-11.3.0
Open MPI 4.1.4 (dicompile dengan GCC 12.2.0) [DEFAULT] OpenMPI/4.1.4-GCC-12.2.0

Daftar Library CPU Matematika

Library CPU matematika mencakup BLAS, LAPACK, scaLAPACK, FFTW, dan Eigensolver untuk menjalankan program dengan algoritma numerik. ALELEON Supercomputer menyediakan library CPU matematika dari berbagai pembuat yang telah disesuaikan untuk bekerja dengan CPU AMD EPYC Zen 2.

Note:
  • Untuk memaksimalkan penggunaan library CPU pada ALELEON Supercomputer dengan menyesuaikan arsitektur prosesor AMD EPYC Zen 2 pelajari: Compiler AMD ALELEON Supercomputer .

Modul AMD Optimizing CPU Libraries (AOCL)

Kategori Nama dan Versi Nama Modul
Accelerated math library AOCL LibM 3.6 (dari AOCL 2.2) LibM/3.6-AOCL2.2-GCC
Accelerated math library AOCL LibM 3.8 (dari AOCL 3.1) LibM/3.8-AOCL3.1-GCC11
BLAS AOCL BLIS 3.0 blis/3.0-AOCL-GCC10
BLAS AOCL BLIS 3.0.1 blis/3.0.1-AOCL-GCC11
BLAS AOCL BLIS 4.0 blis/4.0-AOCL-GCC11.3
FFTW3 AOCL FFTW 3.0 fftw/3.0-AOCL-GCC10
FFTW3 AOCL FFTW 3.0.1 fftw/3.0.1-AOCL-GCC11
FFTW3 AOCL FFTW 3.1 fftw/3.1-AOCL-GCC11
FFTW3 AOCL FFTW 4.0 fftw/4.0-AOCL-GCC11.3
LAPACK AOCL libFLAME 3.0 libflame/3.0-AOCL-GCC10
LAPACK AOCL libFLAME 3.0.1 libflame/3.0.1-AOCL-GCC11
LAPACK AOCL libFLAME 4.0 libflame/4.0-AOCL-GCC11.3
scaLAPACK AMD ScaLAPACK 3.0, linked:
  • AOCL BLIS 3.0.1
  • AOCL libFLAME 3.0.1
 scalapack/3.0-AOCL-BLIS-Libflame-GCC10
scaLAPACK AMD ScaLAPACK 3.0, linked:
  • AOCL BLIS 3.0.1
  • Netlib LAPACK 3.10
 scalapack/3.0-AOCL-BLIS-LAPACK-GCC10

Modul Intel OneAPI MKL (Math Kernel Library)

Intel OneAPI MKL mengandung BLAS, LAPACK, scaLAPACK, dan FFTW3.

Nama dan Versi Nama Modul
OneAPI MKL 2021.1.0.2659 oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly
OneAPI MKL 2021.3.0.3219 oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly
OneAPI MKL 2022.2.1.16993 [DEFAULT] oneapi/2022.2.1.16993-MKLOnly

Modul Library CPU lainnya

Kategori Nama dan Versi Nama Modul
Accelerated math library LibM 3.7 LibM/3.7-GCC11
Accelerated math library LibM 4.0 LibM/4.0-GCC11.3
BLAS OpenBLAS 0.3.7 OpenBLAS/0.3.7-GCC-8.3.0
BLAS OpenBLAS 0.3.12 OpenBLAS/0.3.12-GCC-10.2.0
BLAS OpenBLAS 0.3.13 openblas/0.3.13-GCC10
BLAS OpenBLAS 0.3.15 OpenBLAS/0.3.15-GCC-10.3.0
LAPACK Netlib LAPACK 3.9, linked:
  • AMD BLIS 3.0
 lapack/3.9-BLIS-GCC10
LAPACK Netlib LAPACK 3.10, linked:
  • AMD BLIS 3.0.1
 lapack/3.10-BLIS-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • AOCL BLIS 3.0
  • AOCL libFLAME 3.0
 scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • AOCL BLIS 3.0
  • Netlib LAPACK 3.9
 scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • GOMPI 2020b
 ScaLAPACK/2.1.0-gompi-2020b
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • GOMPI 2021a-fb
 ScaLAPACK/2.1.0-gompi-2021a-fb

Modul Eigenvalue Solvers

Nama dan Versi Nama Modul
ELPA 2018.11, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2020.11, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2021.05, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2021.05-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2021.05, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
 elpa/2021.05-GCC10-MKL
ELPA 2021.11 [DEFAULT], linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2021.11-GCC10-MKL-CUDA11

Daftar Software NVIDIA

ALELEON Supercomputer menyediakan software NVIDIA untuk CUDA Toolkit dan aplikasi HPC (NVIDIA HPC SDK) yang telah disesuaikan untuk arsitektur NVIDIA Ampere.

Modul NVIDIA CUDA Toolkit (Standalone)

Note:
  • CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung GPU NVIDIA yang terpasang di Compute Node GPU (Partisi ampere) dan Interactive Node GPU Tilla.
Nama dan Versi Nama Modul
CUDA 11.2 dengan cuDNN 8.1.1 cuda/11.2-cuDNN8.1.1
CUDA 11.6 dengan cuDNN 8.3.3 cuda/11.6-cuDNN8.3.3
CUDA 11.8 dengan cuDNN 8.6.0 cuda/11.8-cuDNN8.6.0
CUDA 12.0 dengan cuDNN 8.7.0 cuda/12.0-cuDNN8.7.0
CUDA 12.1 dengan cuDNN 8.8.1 [DEFAULT] cuda/12.1-cuDNN8.8.1
cuda

Modul NVIDIA HPC SDK (Experimental)

Note:
  • Saat ini tim engineering ALELEON Supercomputer sedang mengadakan pengujian kompabilitas sistem untuk NVIDIA HPC SDK ini.

NVIDIA HPC SDK berisikan modul NVIDIA:

  • NVIDIA HPC Compilers (C, C++, Fortran)
  • NVIDIA CUDA Toolkit (11.0, 11.8, 12.0)
  • NVIDIA MPI (Open MPI dengan CUDA aware)
  • NVIDIA Collective Communication Library (NCCL)
  • NVIDIA SHMEM (NVSHMEM)

Terdapat beberapa modul untuk NVIDIA HPC SDK dengan pembagian komponen:

Nama dan Versi Nama Modul Kelengkapan Komponen
NVIDIA HPC SDK 23.1 nvhpc/23.1 NV HPC compilers, CUDA, MPI, NCCL, SHMEM
nvhpc-nompi/23.1 NV HPC compilers, CUDA, NCCL, SHMEM
nvhpc-byo-compiler/23.1 CUDA, NCCL, SHMEM

Daftar Software Python dan Anaconda

ALELEON Supercomputer menyediakan intepreter Python baik Python standalone dan suite Anaconda.

Python Default OS

ALELEON Supercomputer menggunakan Python 3.9.13 sebagai default OS.

Note:
  • ALELEON Supercomputer tidak menyediakan Python 2 pada default OS karena ketidakcocokan dengan sistem OS. Apabila user membutuhkan Python 2, gunakan modul Python yang dijabarkan pada subbab berikutnya.

Modul Python

Nama dan Versi Nama Modul
Python 2.7.16 Python/2.7.16-GCCcore-8.3.0
Python 2.7.18 Python/2.7.18-GCCcore-11.2.0
Python 3.8.6 Python/3.8.6-GCCcore-10.2.0
Python 3.9.5 Python/3.9.5-GCCcore-10.3.0
Python 3.10.4 [DEFAULT] Python/3.10.4-GCCcore-11.3.0

Modul Suite Anaconda

Nama dan Versi Nama Modul
Anaconda 3 2020.11
  • Python default 3.8.5
 Anaconda3/2020.11
Anaconda 3 2021.05
  • Python default 3.8.8
 Anaconda3/2021.05
Anaconda 3 2022.05 [DEFAULT]
  • Python default 3.9.12
 Anaconda3/2022.05

User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat Versi dan Instalasi Python.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Katalog_Software_ALELEON_Supercomputer&oldid=1086"