Katalog Software ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(reformat part 1)
 
(10 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 1: Baris 1:
Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus.  
Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan info penggunaan untuk beberapa set software spesifik.
== '''Layanan Gratis Instalasi Software''' ==
{| class="wikitable"
Admin EFISON memberikan '''layanan instalasi software gratis beserta optimasinya''' kepada user yang membutuhkan.  
|'''''Note:'''''
* ''User dapat menggunakan katalog software yang dijabarkan pada halaman ini dengan '''[[Module Environment]]'''.''
** ''Perhatikan kolom '''nama modul'''.''
*''Update terakhir 14 Februari 2023''
|}
 
== '''Layanan Gratis Instalasi Software dengan Optimasi''' ==
Admin EFISON memberikan '''layanan instalasi software gratis beserta optimasinya''' kepada user yang membutuhkan. Kembangkan tabel di bawah ini untuk info lebih lanjut.  
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Daftar layanan instalasi gratis, persyaratan, dan langkah mengajukan layanan
!Daftar layanan instalasi gratis, persyaratan, dan langkah mengajukan layanan
Baris 18: Baris 25:
|}
|}


=='''Daftar Software Komputasi''' ==
=='''Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan''' ==
Software komputasi berikut dapat digunakan melalui [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Tutorial_Menggunakan_ALELEON_Supercomputer#Job_Composer_dan_Interactive_Apps '''Job Composer atau Interactive Apps'''] EFIRO.
SIlahkan klik gambar dibawah ini untuk melihat daftar software komputasi dan tutorial penggunaan di ALELEON Supercomputer. Tutorial penggunaan mencakup template untuk SLURM Submit Script dan memilih alokasi komputasi yang sesuai untuk menjalankan program dengan performa terbaik.
 
[[Berkas:Wiki-15.jpg|1000x1000px |link=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan |alt=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan]]
=='''Daftar Compiler C/C++/Fortran'''  ==
ALELEON Supercomputer menyediakan compiler C/C++/Fortran dari GNU. AOCC, dan NVIDIA.
{| class="wikitable"
|'''''Note:'''''  
* ''Untuk memaksimalkan penggunaan compiler pada ALELEON Supercomputer dengan menyesuaikan arsitektur prosesor AMD EPYC Zen 2 pelajari: '''[[Compiler AMD ALELEON Supercomputer]]''' .''
|}


{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
=== GCC Default OS ===
!Bidang
ALELEON Supercomputer menggunakan '''GCC 8.5.0 (Red Hat 8.5.0-15)''' sebagai default GCC.
!Software
!Versi
!Dukungan
Job Composer
!Dukungan
Interactive Apps
|-
|Kimia Komputasi
|'''GROMACS''' (CPU)
|2021.1
|v
| -
|-
|Kimia Komputasi
|'''GROMACS''' (GPU)
|2021.1
|v
| -
|-
|Kimia Komputasi
|'''NWChem'''
|7.0.2
|v
| -
|-
|Kimia Komputasi
|'''Quantum ESPRESSO'''
|6.7


6.8
=== Modul GNU GCC ===
|v
Nama compiler untuk GCC:
| -
|-
|Statistika
|'''R'''
|4.0.4,


4.1.0,
* C -> '''''gcc'''''
* C++ -> '''''g++'''''
* Fortran -> '''''gfortran'''''


4.1.2
{| class="wikitable sortable"
|v
!Nama dan Versi
|Jupyter Notebook
!Nama Modul
|-
|-
|Kimia Komputasi
|GCC 8.3.0
|'''GAMESS'''
|GCC/8.3.0
|2020.2
|v
| -
|-
|-
|Kimia Komputasi
|GCC 8.4.0
|'''NAMD (CPU)'''
|GCC/8.4.0
|2.14
|v
| -
|-
|-
|Kimia Komputasi
|GCC 10.2.0 '''''[DEFAULT]'''''
|'''NAMD (GPU)'''
|GCC/10.2.0
|2.14
|v
| -
|-
|-
|Kimia Komputasi
|GCC 10.3.0
|'''ORCA'''
|GCC/10.3.0
|4.2.1
|v
| -
|-
|-
|Machine Learning
|GCC 11.2.0
|'''TensorFlow'''
|GCC/11.2.0
|  -
|v
|Jupyter Notebook
|-
|-
|Pemodelan Tsunami
|GCC 11.3.0
|'''COMCOT''' (GPU)
|GCC/11.3.0
|1.7
|v
| -
|-
|-
|Pemodelan Tsunami
|GCC 12.2.0
|'''COMCOT''' (CPU)
|GCC/12.2.0
|1.7
|}
|v
 
| -
=== Modul AMD Optimizing C/C++ and Fortran Compilers (AOCC) ===
|-
Nama compiler untuk AOCC:
|Fisika Komputasi
 
|'''PHASE/0'''
* C dan C++ -> '''''clang'''''
|2021.01
* Fortran -> '''''flang'''''
|v
 
| -
{| class="wikitable sortable"
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|-
|MPI
|AOCC 3.1.0
|'''Program MPI umum'''
|aocc/3.1.0
|
|v
| -
|-
|-
|Python
|AOCC 4.0 '''''[DEFAULT]'''''
|'''Program Python umum'''
|aocc/4.0
|
|v
|Jupyter Notebook
|}
|}
'''Note:'''


Secara umum, user dapat menggunakan Interactive Apps '''Aleleon Desktop''' untuk menjalankan semua software diatas karena pada dasarnya adalah virtual desktop environment yang berjalan di Interactive Node. Akan tetapi admin EFISON tidak merekomendasikan hal tersebut karena:  
=== Modul NVIDIA HPC Compilers (via NVIDIA HPC SDK Toolkit - ''Experimental'') ===
{| class="wikitable"
|'''''Note:'''''
* ''Saat ini tim engineering ALELEON Supercomputer sedang mengadakan pengujian kompabilitas sistem untuk NVIDIA HPC Compilers ini.''
|}
Nama compiler untuk NVIDIA HPC Compilers:  


* Template job pada Job Composer telah dirancang untuk menjalankan software komputasi dengan mudah dan pada performa maksimal.
* C -> '''''nvc'''''
* Interactive Node mempunyai spesifikasi terbatas.
* C++ -> '''''nvc++'''''
* Fortran -> '''''nvfortran'''''


=='''Daftar Compiler'''  ==
{| class="wikitable sortable"
User dapat mengaktifkan compiler yang akan digunakan melalui [[Module Environment|'''Module Environment''']]. Perhatikan nama modul pada semua tabel.
 
* Optimasi penggunaan compiler pada ALELEON Supercomputer silahkan baca [[Compiler AMD ALELEON Supercomputer|'''Compiler AMD ALELEON Supercomputer''']].
 
=== Compiler GNU GCC (C/C++/Fortran) ===
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Nama dan Versi
!Nama dan Versi
!Nama Modul
!Nama Modul
|-
|-
|'''GCC 8.4.0'''
|NVIDIA Compilers 23.1-0
|GCC/8.4.0
|nvhpc-nompi/23.1
|-
|'''GCC 10.2.0 (DEFAULT)'''
|GCC/10.2.0  
|-
|'''GCC 11.2.0'''
|GCC/11.2.0
|}
|}


=== Compiler MPI ===
== '''Daftar Compiler MPI''' ==
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
Compiler MPI digunakan untuk compiling program paralel yang ditulis dengan library MPI.
 
=== Modul Open MPI ===
ALELEON Supercomputer memilih Open MPI sebagai MPI utama dengan menyesuaikan arsitektur prosesor AMD EPYC Zen 2 dan protokol network UCX untuk menjalankan komputasi paralel antar-node. Nama compiler untuk Open MPI: 
 
* C -> '''''mpicc'''''
* C++ -> '''''mpic++'''''
* Fortran -> '''''mpifort'''''
 
{| class="wikitable"
|'''''Note:'''''
* ''Untuk memaksimalkan penggunaan dan performa Open MPI pada ALELEON Supercomputer pelajari: '''[[MPI ALELEON Supercomputer]]''' .''
|}
{| class="wikitable sortable"
!Nama dan Versi
!Nama dan Versi
!Nama Modul
!Nama Modul
|-
|-
|'''Open MPI 4.0.5 (GCC 9.3.0)'''
|Open MPI 4.0.5 (dicompile dengan GCC 9.3.0)  
|OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0
|OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0
|-
|-
|'''Open MPI 4.0.5 (GCC 10.2.0)'''
|Open MPI 4.0.5 (dicompile dengan GCC 10.2.0)
|OpenMPI/4.0.5-GCC-10.2.0
|OpenMPI/4.0.5-GCC-10.2.0
|-
|-
|'''Open MPI 4.1.0 (GCC 10.2.0)'''
|Open MPI 4.1.0 (dicompile dengan GCC 10.2.0)
|OpenMPI/4.1.0-GCC-10.2.0
|OpenMPI/4.1.0-GCC-10.2.0
|-
|-
|'''Open MPI 4.1.1 (GCC 11.2.0)'''
|Open MPI 4.1.1 (dicompile dengan GCC 10.3.0)
|OpenMPI/4.1.1-GCC-10.3.0
|-
|Open MPI 4.1.1 (dicompile dengan GCC 11.2.0)
|OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0
|OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0
|-
|Open MPI 4.1.3 (dicompile dengan GCC 11.2.0 dan CUDA 11.6)
|OpenMPI/4.1.3-GCC-11.2.0-CUDA-11.6
|-
|Open MPI 4.1.4 (dicompile dengan GCC 11.3.0)
|OpenMPI/4.1.4-GCC-11.3.0
|-
|Open MPI 4.1.4 (dicompile dengan GCC 12.2.0) '''''[DEFAULT]'''''
|OpenMPI/4.1.4-GCC-12.2.0
|}
|}


=== Compiler CUDA C/C++ ===
== '''Daftar Library CPU Matematika''' ==
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
Library CPU matematika mencakup BLAS, LAPACK, scaLAPACK, FFTW, dan Eigensolver untuk menjalankan program dengan algoritma numerik. ALELEON Supercomputer menyediakan library CPU matematika dari berbagai pembuat yang telah disesuaikan untuk bekerja dengan CPU AMD EPYC Zen 2.
!Nama dan Versi
{| class="wikitable"
!Nama Modul
|'''''Note:'''''  
|-
* ''Untuk memaksimalkan penggunaan library CPU pada ALELEON Supercomputer dengan menyesuaikan arsitektur prosesor AMD EPYC Zen 2 pelajari: '''[[Compiler AMD ALELEON Supercomputer]]''' .''
|'''CUDA 11.2'''
|cuda/11.2-cuDNN8.1.1
|}
|}
=='''Daftar Library CPU Matematika'''  ==
User dapat mengaktifkan library CPU matematika yang akan digunakan melalui [[Module Environment|'''Module Environment''']]. Perhatikan nama modul pada semua tabel.


* Optimasi penggunaan library CPU pada ALELEON Supercomputer silahkan baca [[Compiler AMD ALELEON Supercomputer|'''Compiler AMD ALELEON Supercomputer''']].
=== Modul AMD Optimizing CPU Libraries (AOCL) ===
 
{| class="wikitable sortable"
=== Suite HPC AMD Optimizing CPU Libraries (AOCL) ===
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Kategori
!Kategori
!Nama dan Versi
!Nama dan Versi
![[Module Environment|Nama Modul]]
!Nama Modul
|-
|-
|Accelerated math library
|Accelerated math library
|'''AOCL LibM 3.6'''
|AOCL LibM 3.6 (dari AOCL 2.2)
* dari AOCL 2.2
|LibM/3.6-AOCL2.2-GCC
|LibM/3.6-AOCL2.2-GCC
|-
|-
|Accelerated math library
|Accelerated math library
|'''AOCL LibM 3.7'''
|AOCL LibM 3.8 (dari AOCL 3.1)
|LibM/3.7-GCC11
|LibM/3.8-AOCL3.1-GCC11
|-
|-
|BLAS
|BLAS
|'''AOCL BLIS 3.0'''
|AOCL BLIS 3.0
|blis/3.0-AOCL-GCC10
|blis/3.0-AOCL-GCC10
|-
|-
|BLAS
|BLAS
|'''AOCL BLIS 3.0.1'''
|AOCL BLIS 3.0.1
|blis/3.0.1-AOCL-GCC11
|blis/3.0.1-AOCL-GCC11
|-
|BLAS
|AOCL BLIS 4.0
|blis/4.0-AOCL-GCC11.3
|-
|-
|FFTW3
|FFTW3
|'''AOCL FFTW 3.0'''
|AOCL FFTW 3.0
|fftw/3.0-AOCL-GCC10
|fftw/3.0-AOCL-GCC10
|-
|-
|FFTW3
|FFTW3
|'''AOCL FFTW 3.0.1'''
|AOCL FFTW 3.0.1
|fftw/3.0.1-AOCL-GCC11
|fftw/3.0.1-AOCL-GCC11
|-
|FFTW3
|AOCL FFTW 3.1
|fftw/3.1-AOCL-GCC11
|-
|FFTW3
|AOCL FFTW 4.0
|fftw/4.0-AOCL-GCC11.3
|-
|-
|LAPACK
|LAPACK
|'''AOCL libFLAME 3.0'''
|AOCL libFLAME 3.0
|libflame/3.0-AOCL-GCC10
|libflame/3.0-AOCL-GCC10
|-
|-
|LAPACK
|LAPACK
|'''AOCL libFLAME 3.0.1'''
|AOCL libFLAME 3.0.1
|libflame/3.0.1-AOCL-GCC11
|libflame/3.0.1-AOCL-GCC11
|-
|LAPACK
|AOCL libFLAME 4.0
|libflame/4.0-AOCL-GCC11.3
|-
|-
|scaLAPACK
|scaLAPACK
Baris 236: Baris 225:
|}
|}


=== Library CPU Intel OneAPI MKL ===
=== Modul Intel OneAPI MKL (Math Kernel Library) ===
Intel OneAPI MKL mengandung BLAS, LAPACK, scaLAPACK, dan FFTW3.
Intel OneAPI MKL mengandung BLAS, LAPACK, scaLAPACK, dan FFTW3.
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable"
!Nama dan Versi
!Nama dan Versi
![[Module Environment|Nama Modul]]
!Nama Modul
|-
|-
|'''OneAPI MKL 2021.1.0.2659'''
|OneAPI MKL 2021.1.0.2659
|oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly
|oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly
|-
|-
|'''OneAPI MKL 2021.3.0.3219'''
|OneAPI MKL 2021.3.0.3219
|oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly
|oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly
|-
|OneAPI MKL 2022.2.1.16993 '''''[DEFAULT]'''''
|oneapi/2022.2.1.16993-MKLOnly
|}
|}


=== Library CPU lainnya ===
=== Modul Library CPU lainnya ===
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable"
!Kategori
!Kategori
!Nama dan Versi
!Nama dan Versi
![[Module Environment|Nama Modul]]
!Nama Modul
|-
|Accelerated math library
|LibM 3.7
|LibM/3.7-GCC11
|-
|Accelerated math library
|LibM 4.0
|LibM/4.0-GCC11.3
|-
|-
|BLAS
|BLAS
|'''OpenBLAS 0.3.13'''
|OpenBLAS 0.3.7
|'''openblas'''
|OpenBLAS/0.3.7-GCC-8.3.0
|-
|BLAS
|OpenBLAS 0.3.12
|OpenBLAS/0.3.12-GCC-10.2.0
|-
|BLAS
|OpenBLAS 0.3.13
|openblas/0.3.13-GCC10
|-
|BLAS
|OpenBLAS 0.3.15
|OpenBLAS/0.3.15-GCC-10.3.0
|-
|-
|LAPACK
|LAPACK
|'''Netlib LAPACK 3.9, linked:'''
|'''Netlib LAPACK 3.9, linked:'''
* AMD BLIS 3.0
* AMD BLIS 3.0
|'''lapack/3.9-BLIS-GCC10'''
|lapack/3.9-BLIS-GCC10
|-
|-
|LAPACK
|LAPACK
|'''Netlib LAPACK 3.10, linked:'''
|'''Netlib LAPACK 3.10, linked:'''
* AMD BLIS 3.0.1
* AMD BLIS 3.0.1
|'''lapack/3.10-BLIS-GCC10'''
|lapack/3.10-BLIS-GCC10
|-
|-
|scaLAPACK
|scaLAPACK
Baris 273: Baris 285:
* AOCL BLIS 3.0
* AOCL BLIS 3.0
* AOCL libFLAME 3.0
* AOCL libFLAME 3.0
|'''scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10'''
|scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10
|-
|-
|scaLAPACK
|scaLAPACK
Baris 279: Baris 291:
* AOCL BLIS 3.0
* AOCL BLIS 3.0
* Netlib LAPACK 3.9
* Netlib LAPACK 3.9
|'''scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10'''
|scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10
|-
|scaLAPACK
|'''Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:'''
* GOMPI 2020b
|ScaLAPACK/2.1.0-gompi-2020b
|-
|scaLAPACK
|'''Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:'''
* GOMPI 2021a-fb
|ScaLAPACK/2.1.0-gompi-2021a-fb
|}
|}


=== Eigenvalue Solvers ===
=== Modul Eigenvalue Solvers ===
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable"
!Nama dan Versi
!Nama dan Versi
![[Module Environment|Nama Modul]]
!Nama Modul
|-
|'''ELPA 2018.11, linked:'''
* OneAPI MKL 2021.1
* CUDA 11.2
|elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11
|-
|-
|'''ELPA 2020.11, linked:'''
|'''ELPA 2020.11, linked:'''
* OneAPI MKL 2021.1
* OneAPI MKL 2021.1
* CUDA 11.2
* CUDA 11.2
|'''elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11'''
|elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11
|-
|'''ELPA 2021.05, linked:'''
* OneAPI MKL 2021.1
* CUDA 11.2
|elpa/2021.05-GCC10-MKL-CUDA11
|-
|'''ELPA 2021.05, linked:'''
* OneAPI MKL 2021.1
|elpa/2021.05-GCC10-MKL
|-
|-
|'''ELPA 2018.11, linked:'''
|'''ELPA 2021.11 ''[DEFAULT]'', linked:'''
* OneAPI MKL 2021.1
* OneAPI MKL 2021.1
* CUDA 11.2
* CUDA 11.2
|'''elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11'''
|elpa/2021.11-GCC10-MKL-CUDA11
|}
|}
Penjelasan lebih lanjut untuk menggunakan AMD AOCL silahkan lihat [[Software HPC AMD|'''Software HPC AMD''']].
== '''Daftar Software NVIDIA'''  ==
== '''Daftar Software NVIDIA'''  ==
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
ALELEON Supercomputer menyediakan software NVIDIA untuk CUDA Toolkit dan aplikasi HPC (NVIDIA HPC SDK) yang telah disesuaikan untuk arsitektur NVIDIA Ampere.
!Kategori
 
!Software
=== Modul NVIDIA CUDA Toolkit (Standalone) ===
!Versi
{| class="wikitable"
![[Module Environment|Nama Modul]]
|'''''Note:'''''
* ''CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung GPU NVIDIA yang terpasang di Compute Node GPU (Partisi ampere) dan Interactive Node GPU Tilla.''
|}
{| class="wikitable sortable"
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|CUDA 11.2 dengan cuDNN 8.1.1
|cuda/11.2-cuDNN8.1.1
|-
|CUDA 11.6 dengan cuDNN 8.3.3
|cuda/11.6-cuDNN8.3.3
|-
|CUDA 11.8 dengan cuDNN 8.6.0
|cuda/11.8-cuDNN8.6.0
|-
|CUDA 12.0 dengan cuDNN 8.7.0
|cuda/12.0-cuDNN8.7.0
|-
| rowspan="2" |CUDA 12.1 dengan cuDNN 8.8.1 '''''[DEFAULT]'''''
|cuda/12.1-cuDNN8.8.1
|-
|cuda
|}
 
=== Modul NVIDIA HPC SDK ''(Experimental)'' ===
{| class="wikitable"
|'''''Note:'''''
* ''Saat ini tim engineering ALELEON Supercomputer sedang mengadakan pengujian kompabilitas sistem untuk NVIDIA HPC SDK ini.''
|}
NVIDIA HPC SDK berisikan modul NVIDIA:
 
* NVIDIA HPC Compilers (C, C++, Fortran)
* NVIDIA CUDA Toolkit (11.0, 11.8, 12.0)
* NVIDIA MPI (Open MPI dengan CUDA aware)
* NVIDIA Collective Communication Library (NCCL)
* NVIDIA SHMEM (NVSHMEM)
 
Terdapat beberapa modul untuk NVIDIA HPC SDK dengan pembagian komponen:
{| class="wikitable sortable"
!Nama dan Versi
!Nama Modul
!Kelengkapan Komponen
|-
| rowspan="3" |NVIDIA HPC SDK 23.1
|nvhpc/23.1
|NV HPC compilers, CUDA, MPI, NCCL, SHMEM
|-
|nvhpc-nompi/23.1
|NV HPC compilers, CUDA, NCCL, SHMEM
|-
|-
|CUDA Toolkit
|nvhpc-byo-compiler/23.1
|NVIDIA CUDA & cuDNN
|CUDA, NCCL, SHMEM
|11.2 & 8.1.1
|'''cuda'''
|}
|}
Perlu diketahui bahwa CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung NVIDIA Ampere yang terpasang di GPU Node.
 
== '''Daftar Software Python (Global)''' ==
=='''Daftar Software Python dan Anaconda'''==
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
ALELEON Supercomputer menyediakan intepreter Python baik Python ''standalone'' dan ''suite'' Anaconda.
!Kategori
 
!Software
=== Python Default OS ===
!Versi
ALELEON Supercomputer menggunakan '''Python 3.9.13''' sebagai default OS.
![[Module Environment|Nama Modul]]
{| class="wikitable"
|'''''Note:'''''
* ''ALELEON Supercomputer '''tidak menyediakan Python 2 pada default OS''' karena ketidakcocokan dengan sistem OS. Apabila user membutuhkan Python 2, gunakan modul Python yang dijabarkan pada subbab berikutnya.''
|}
 
=== Modul Python ===
{| class="wikitable sortable"
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|Python 2.7.16
|  Python/2.7.16-GCCcore-8.3.0
|-
|Python 2.7.18
|  Python/2.7.18-GCCcore-11.2.0
|-
|Python 3.8.6
|Python/3.8.6-GCCcore-10.2.0
|-
|-
|Python intepreter
|Python 3.9.5
|Python2
|Python/3.9.5-GCCcore-10.3.0
|2.7.5
| - (default OS)
|-
|-
|Python intepreter
|Python 3.10.4 '''''[DEFAULT]'''''
|Python3
|Python/3.10.4-GCCcore-11.3.0
|3.6
|}
| - (default OS)
 
=== Modul Suite Anaconda ===
{| class="wikitable sortable"
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|-
|Python intepreter
|Anaconda 3 2020.11
|Python3
* Python default 3.8.5
|3.8.6
|Anaconda3/2020.11
|'''Python'''
|-
|-
|Anaconda
|Anaconda 3 2021.05
|Anaconda 3
* Python default 3.8.8
|2020.11 (Python default 3.8.5)
|Anaconda3/2021.05
|'''Anaconda3/2020.11'''
|-
|-
|Anaconda
|Anaconda 3 2022.05 '''''[DEFAULT]'''''
|Anaconda 3
* Python default 3.9.12
|2021.05 (Python default 3.8.8)
|Anaconda3/2022.05
|'''Anaconda3/2021.05'''
|}
|}
User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat [[Versi dan Instalasi Python|'''Versi dan Instalasi Python''']].
User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat [[Versi dan Instalasi Python|'''Versi dan Instalasi Python''']].

Revisi terkini sejak 17 Mei 2023 16.23

Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan info penggunaan untuk beberapa set software spesifik.

Note:
  • User dapat menggunakan katalog software yang dijabarkan pada halaman ini dengan Module Environment.
    • Perhatikan kolom nama modul.
  • Update terakhir 14 Februari 2023

Layanan Gratis Instalasi Software dengan Optimasi

Admin EFISON memberikan layanan instalasi software gratis beserta optimasinya kepada user yang membutuhkan. Kembangkan tabel di bawah ini untuk info lebih lanjut.

Daftar layanan instalasi gratis, persyaratan, dan langkah mengajukan layanan
Layanan mencakup:
  • Instalasi software beserta optimasinya untuk ALELEON Supercomputer.
  • Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut.
  • Pembuatan halaman tutorial pada wiki untuk menjalankan software tersebut di ALELEON Supercomputer.
Persyaratan layanan:
  • Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di ALELEON Supercomputer.
  • Software diinstal secara global dimana dapat diakses oleh semua user.
User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email support@efisonlt.com.

Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan

SIlahkan klik gambar dibawah ini untuk melihat daftar software komputasi dan tutorial penggunaan di ALELEON Supercomputer. Tutorial penggunaan mencakup template untuk SLURM Submit Script dan memilih alokasi komputasi yang sesuai untuk menjalankan program dengan performa terbaik.

Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan

Daftar Compiler C/C++/Fortran

ALELEON Supercomputer menyediakan compiler C/C++/Fortran dari GNU. AOCC, dan NVIDIA.

Note:

GCC Default OS

ALELEON Supercomputer menggunakan GCC 8.5.0 (Red Hat 8.5.0-15) sebagai default GCC.

Modul GNU GCC

Nama compiler untuk GCC:

  • C -> gcc
  • C++ -> g++
  • Fortran -> gfortran
Nama dan Versi Nama Modul
GCC 8.3.0 GCC/8.3.0
GCC 8.4.0 GCC/8.4.0
GCC 10.2.0 [DEFAULT] GCC/10.2.0
GCC 10.3.0 GCC/10.3.0
GCC 11.2.0 GCC/11.2.0
GCC 11.3.0 GCC/11.3.0
GCC 12.2.0 GCC/12.2.0

Modul AMD Optimizing C/C++ and Fortran Compilers (AOCC)

Nama compiler untuk AOCC:

  • C dan C++ -> clang
  • Fortran -> flang
Nama dan Versi Nama Modul
AOCC 3.1.0 aocc/3.1.0
AOCC 4.0 [DEFAULT] aocc/4.0

Modul NVIDIA HPC Compilers (via NVIDIA HPC SDK Toolkit - Experimental)

Note:
  • Saat ini tim engineering ALELEON Supercomputer sedang mengadakan pengujian kompabilitas sistem untuk NVIDIA HPC Compilers ini.

Nama compiler untuk NVIDIA HPC Compilers:

  • C -> nvc
  • C++ -> nvc++
  • Fortran -> nvfortran
Nama dan Versi Nama Modul
NVIDIA Compilers 23.1-0 nvhpc-nompi/23.1

Daftar Compiler MPI

Compiler MPI digunakan untuk compiling program paralel yang ditulis dengan library MPI.

Modul Open MPI

ALELEON Supercomputer memilih Open MPI sebagai MPI utama dengan menyesuaikan arsitektur prosesor AMD EPYC Zen 2 dan protokol network UCX untuk menjalankan komputasi paralel antar-node. Nama compiler untuk Open MPI:

  • C -> mpicc
  • C++ -> mpic++
  • Fortran -> mpifort
Note:
Nama dan Versi Nama Modul
Open MPI 4.0.5 (dicompile dengan GCC 9.3.0) OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0
Open MPI 4.0.5 (dicompile dengan GCC 10.2.0) OpenMPI/4.0.5-GCC-10.2.0
Open MPI 4.1.0 (dicompile dengan GCC 10.2.0) OpenMPI/4.1.0-GCC-10.2.0
Open MPI 4.1.1 (dicompile dengan GCC 10.3.0) OpenMPI/4.1.1-GCC-10.3.0
Open MPI 4.1.1 (dicompile dengan GCC 11.2.0) OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0
Open MPI 4.1.3 (dicompile dengan GCC 11.2.0 dan CUDA 11.6) OpenMPI/4.1.3-GCC-11.2.0-CUDA-11.6
Open MPI 4.1.4 (dicompile dengan GCC 11.3.0) OpenMPI/4.1.4-GCC-11.3.0
Open MPI 4.1.4 (dicompile dengan GCC 12.2.0) [DEFAULT] OpenMPI/4.1.4-GCC-12.2.0

Daftar Library CPU Matematika

Library CPU matematika mencakup BLAS, LAPACK, scaLAPACK, FFTW, dan Eigensolver untuk menjalankan program dengan algoritma numerik. ALELEON Supercomputer menyediakan library CPU matematika dari berbagai pembuat yang telah disesuaikan untuk bekerja dengan CPU AMD EPYC Zen 2.

Note:
  • Untuk memaksimalkan penggunaan library CPU pada ALELEON Supercomputer dengan menyesuaikan arsitektur prosesor AMD EPYC Zen 2 pelajari: Compiler AMD ALELEON Supercomputer .

Modul AMD Optimizing CPU Libraries (AOCL)

Kategori Nama dan Versi Nama Modul
Accelerated math library AOCL LibM 3.6 (dari AOCL 2.2) LibM/3.6-AOCL2.2-GCC
Accelerated math library AOCL LibM 3.8 (dari AOCL 3.1) LibM/3.8-AOCL3.1-GCC11
BLAS AOCL BLIS 3.0 blis/3.0-AOCL-GCC10
BLAS AOCL BLIS 3.0.1 blis/3.0.1-AOCL-GCC11
BLAS AOCL BLIS 4.0 blis/4.0-AOCL-GCC11.3
FFTW3 AOCL FFTW 3.0 fftw/3.0-AOCL-GCC10
FFTW3 AOCL FFTW 3.0.1 fftw/3.0.1-AOCL-GCC11
FFTW3 AOCL FFTW 3.1 fftw/3.1-AOCL-GCC11
FFTW3 AOCL FFTW 4.0 fftw/4.0-AOCL-GCC11.3
LAPACK AOCL libFLAME 3.0 libflame/3.0-AOCL-GCC10
LAPACK AOCL libFLAME 3.0.1 libflame/3.0.1-AOCL-GCC11
LAPACK AOCL libFLAME 4.0 libflame/4.0-AOCL-GCC11.3
scaLAPACK AMD ScaLAPACK 3.0, linked:
  • AOCL BLIS 3.0.1
  • AOCL libFLAME 3.0.1
 scalapack/3.0-AOCL-BLIS-Libflame-GCC10
scaLAPACK AMD ScaLAPACK 3.0, linked:
  • AOCL BLIS 3.0.1
  • Netlib LAPACK 3.10
 scalapack/3.0-AOCL-BLIS-LAPACK-GCC10

Modul Intel OneAPI MKL (Math Kernel Library)

Intel OneAPI MKL mengandung BLAS, LAPACK, scaLAPACK, dan FFTW3.

Nama dan Versi Nama Modul
OneAPI MKL 2021.1.0.2659 oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly
OneAPI MKL 2021.3.0.3219 oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly
OneAPI MKL 2022.2.1.16993 [DEFAULT] oneapi/2022.2.1.16993-MKLOnly

Modul Library CPU lainnya

Kategori Nama dan Versi Nama Modul
Accelerated math library LibM 3.7 LibM/3.7-GCC11
Accelerated math library LibM 4.0 LibM/4.0-GCC11.3
BLAS OpenBLAS 0.3.7 OpenBLAS/0.3.7-GCC-8.3.0
BLAS OpenBLAS 0.3.12 OpenBLAS/0.3.12-GCC-10.2.0
BLAS OpenBLAS 0.3.13 openblas/0.3.13-GCC10
BLAS OpenBLAS 0.3.15 OpenBLAS/0.3.15-GCC-10.3.0
LAPACK Netlib LAPACK 3.9, linked:
  • AMD BLIS 3.0
 lapack/3.9-BLIS-GCC10
LAPACK Netlib LAPACK 3.10, linked:
  • AMD BLIS 3.0.1
 lapack/3.10-BLIS-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • AOCL BLIS 3.0
  • AOCL libFLAME 3.0
 scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • AOCL BLIS 3.0
  • Netlib LAPACK 3.9
 scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • GOMPI 2020b
 ScaLAPACK/2.1.0-gompi-2020b
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • GOMPI 2021a-fb
 ScaLAPACK/2.1.0-gompi-2021a-fb

Modul Eigenvalue Solvers

Nama dan Versi Nama Modul
ELPA 2018.11, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2020.11, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2021.05, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2021.05-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2021.05, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
 elpa/2021.05-GCC10-MKL
ELPA 2021.11 [DEFAULT], linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2021.11-GCC10-MKL-CUDA11

Daftar Software NVIDIA

ALELEON Supercomputer menyediakan software NVIDIA untuk CUDA Toolkit dan aplikasi HPC (NVIDIA HPC SDK) yang telah disesuaikan untuk arsitektur NVIDIA Ampere.

Modul NVIDIA CUDA Toolkit (Standalone)

Note:
  • CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung GPU NVIDIA yang terpasang di Compute Node GPU (Partisi ampere) dan Interactive Node GPU Tilla.
Nama dan Versi Nama Modul
CUDA 11.2 dengan cuDNN 8.1.1 cuda/11.2-cuDNN8.1.1
CUDA 11.6 dengan cuDNN 8.3.3 cuda/11.6-cuDNN8.3.3
CUDA 11.8 dengan cuDNN 8.6.0 cuda/11.8-cuDNN8.6.0
CUDA 12.0 dengan cuDNN 8.7.0 cuda/12.0-cuDNN8.7.0
CUDA 12.1 dengan cuDNN 8.8.1 [DEFAULT] cuda/12.1-cuDNN8.8.1
cuda

Modul NVIDIA HPC SDK (Experimental)

Note:
  • Saat ini tim engineering ALELEON Supercomputer sedang mengadakan pengujian kompabilitas sistem untuk NVIDIA HPC SDK ini.

NVIDIA HPC SDK berisikan modul NVIDIA:

  • NVIDIA HPC Compilers (C, C++, Fortran)
  • NVIDIA CUDA Toolkit (11.0, 11.8, 12.0)
  • NVIDIA MPI (Open MPI dengan CUDA aware)
  • NVIDIA Collective Communication Library (NCCL)
  • NVIDIA SHMEM (NVSHMEM)

Terdapat beberapa modul untuk NVIDIA HPC SDK dengan pembagian komponen:

Nama dan Versi Nama Modul Kelengkapan Komponen
NVIDIA HPC SDK 23.1 nvhpc/23.1 NV HPC compilers, CUDA, MPI, NCCL, SHMEM
nvhpc-nompi/23.1 NV HPC compilers, CUDA, NCCL, SHMEM
nvhpc-byo-compiler/23.1 CUDA, NCCL, SHMEM

Daftar Software Python dan Anaconda

ALELEON Supercomputer menyediakan intepreter Python baik Python standalone dan suite Anaconda.

Python Default OS

ALELEON Supercomputer menggunakan Python 3.9.13 sebagai default OS.

Note:
  • ALELEON Supercomputer tidak menyediakan Python 2 pada default OS karena ketidakcocokan dengan sistem OS. Apabila user membutuhkan Python 2, gunakan modul Python yang dijabarkan pada subbab berikutnya.

Modul Python

Nama dan Versi Nama Modul
Python 2.7.16 Python/2.7.16-GCCcore-8.3.0
Python 2.7.18 Python/2.7.18-GCCcore-11.2.0
Python 3.8.6 Python/3.8.6-GCCcore-10.2.0
Python 3.9.5 Python/3.9.5-GCCcore-10.3.0
Python 3.10.4 [DEFAULT] Python/3.10.4-GCCcore-11.3.0

Modul Suite Anaconda

Nama dan Versi Nama Modul
Anaconda 3 2020.11
  • Python default 3.8.5
 Anaconda3/2020.11
Anaconda 3 2021.05
  • Python default 3.8.8
 Anaconda3/2021.05
Anaconda 3 2022.05 [DEFAULT]
  • Python default 3.9.12
 Anaconda3/2022.05

User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat Versi dan Instalasi Python.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Katalog_Software_ALELEON_Supercomputer&oldid=1086"