Katalog Software ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(mengubah desain tabel software komputasi)
Baris 12: Baris 12:
  '''support@efisonlt.com'''
  '''support@efisonlt.com'''
== '''Menggunakan Software di ALELEON Supercomputer''' ==
== '''Menggunakan Software di ALELEON Supercomputer''' ==
User dapat menggunakan software global (dapat diakses oleh semua user) yang tercatat pada halaman ini melalui [[Module Environment|'''Module Environment''']]. '''Perhatikan kolom Nama Modul untuk menggunakan software tersebut melalui perintah module load.'''
User dapat menggunakan software global (dapat diakses oleh semua user) yang tercatat pada halaman ini melalui:
== '''Instalasi Software Mandiri''' ==
 
User dapat melakukan instalasi software secara mandiri di HOME masing-masing dimana dapat digunakan untuk melakukan komputasi di Compute Node melalui manajemen SLURM. Terdapat dua metode bagi user untuk melakukan instalasi mandiri di Login Node:
* Template menjalankan software di Job Composer EFIRO.
{| class="wikitable"
* [[Module Environment|'''Module Environment''']]. '''Perhatikan kolom Nama Modul untuk menggunakan software tersebut melalui perintah module load.'''
!Metode dan Tutorial
 
!Penjelasan
!Dukungan Module Environment
|-
|[[EasyBuild|'''Menggunakan EasyBuild''']]
|EasyBuild adalah software framework untuk melakukan instalasi software HPC secara otomatis dan efisien.
|Ya, melalui bawaan EasyBuild.
|-
|Instalasi manual di HOME
|Instalasi manual dari user sendiri. Prefix $HOME di ALELEON Supercomputer adalah:
'''/work/<nama-user>'''
|Tidak ada secara default, user harus inisiasi PATH atau LIB sendiri.
|}
=='''Daftar Software Komputasi (Global)'''==
=='''Daftar Software Komputasi (Global)'''==
Tutorial mencakup dual hal: menjalankan software komputasi melalui SLURM dan parameter optimasi supaya software dapat berjalan dengan performa terbaik.
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Bidang
!Bidang
Baris 36: Baris 23:
Tutorial Penggunaan
Tutorial Penggunaan
!Versi
!Versi
![[Module Environment|Nama Modul]]
!Dukungan Hardware
!Dukungan Hardware
!Dukungan MPI
!Dukungan MPI
Baris 43: Baris 29:
|'''[[GROMACS]]'''
|'''[[GROMACS]]'''
|2021.1
|2021.1
|'''gromacs'''
|CPU - GPU
|CPU - GPU, parallel multi-node
multi-node
|Hybrid MPI/OMP
|Hybrid MPI/OMP
|-
|-
Baris 50: Baris 36:
|'''[[NWChem]]'''
|'''[[NWChem]]'''
|7.0.2
|7.0.2
|'''nwchem'''
|CPU - GPU
|CPU - GPU, parallel multi-node
multi-node
|Pure MPI
|Pure MPI
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Kimia Komputasi
|'''[[Quantum ESPRESSO]]'''
|'''[[Quantum ESPRESSO]]'''
|6.7
|
|'''qe'''
* 6.7
|CPU, parallel multi-node
 
* 6.8
|CPU
multi-node
|Pure MPI
|Pure MPI
|-
|-
|Statistika
|Statistika
|'''[[R]]'''
|'''[[R]]'''
|4.0.4
|
|'''R/4.0.4-GCC10-MKL'''
* 4.0.4
|CPU, single-node (default). RMPI CPU, parallel multi-node
 
* 4.1.0
 
* 4.1.2
|CPU
single-node (default)
 
multi-node melalui RMPI.
| Ya melalui [https://cran.r-project.org/web/packages/Rmpi/Rmpi.pdf '''RMPI'''].
| Ya melalui [https://cran.r-project.org/web/packages/Rmpi/Rmpi.pdf '''RMPI'''].
|-
|Statistika
|'''[[R]]'''
|4.1.0
|'''R/4.1.0-GCC10-MKL'''
|CPU, single-node (default). RMPI CPU, parallel multi-node
|Ya melalui [https://cran.r-project.org/web/packages/Rmpi/Rmpi.pdf '''RMPI'''].
|-
|Statistika
|'''[[R]]'''
|4.1.2
|'''R'''
|CPU, single-node (default). RMPI CPU, parallel multi-node
|Ya melalui [https://cran.r-project.org/web/packages/Rmpi/Rmpi.pdf '''RMPI'''].
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Kimia Komputasi
|'''[[GAMESS]]'''
|'''[[GAMESS]]'''
|2020.2
|2020.2
|'''gamess'''
|CPU
|CPU, parallel multi-node
multi-node
|Pure MPI
|Pure MPI
|-
|-
Baris 92: Baris 74:
|[[NAMD|'''NAMD (CPU)''']]
|[[NAMD|'''NAMD (CPU)''']]
|2.14
|2.14
|'''namd/2.14-GCC10-FFTW3F-UCX'''
|CPU
|CPU, parallel multi-node
multi-node
|Pure MPI
|Pure MPI
|-
|-
Baris 99: Baris 81:
|[[NAMD|'''NAMD (GPU)''']]
|[[NAMD|'''NAMD (GPU)''']]
|2.14
|2.14
|'''namd/2.14-GCC10-FFTW3F-CUDA11'''
|CPU - GPU
|CPU - GPU, single-node
single-node
|Pure MPI
|Pure MPI
|-
|-
Baris 106: Baris 88:
|'''[[ORCA]]'''
|'''[[ORCA]]'''
|4.2.1
|4.2.1
|'''orca'''
|CPU
|CPU, parallel multi-node
multi-node
|Pure MPI
|Pure MPI
|-
|-
|Machine Learning
|Machine Learning
|'''[[TensorFlow (dengan Anaconda)|TensorFlow dengan Anaconda]]'''
|'''[[TensorFlow (dengan Anaconda)|TensorFlow dengan Anaconda]]'''
| -
| -
| '''-'''
|CPU & GPU
|CPU & GPU  
| -
| -
|-
|-
|IDE
|IDE
|'''[[Jupyter Notebook]]'''
|'''[[Jupyter Notebook]]'''
| -
| -
| '''-'''
|CPU & GPU
|CPU & GPU
| -
| -
|-
|-
|Pemodelan Tsunami
|Pemodelan Tsunami
|'''[[COMCOT]]''' (GPU)
|'''[[COMCOT]]''' (GPU)
|1.7
|1.7
|'''comcot/1.7gpu'''
|CPU - GPU
|CPU - GPU, single-node
single-node
| -
| -
|-
|-
|Pemodelan Tsunami
|Pemodelan Tsunami
|'''[[COMCOT]]''' (CPU)
|'''[[COMCOT]]''' (CPU)
|1.7
|1.7
|'''comcot/1.7cpu'''
|CPU
|CPU, single-node
single-node
| -
| -
|-
|-
|Fisika Komputasi
|Fisika Komputasi
|'''[[PHASE/0]]'''
|'''[[PHASE/0]]'''
|2021.01
|2021.01
|'''phase0'''
|CPU
|CPU, parallel multi-node
multi-node
|Pure MPI
|Pure MPI
|}
|}

Revisi per 17 Februari 2022 09.41

Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus.

Layanan Gratis Instalasi Software

Admin EFISON memberikan layanan instalasi software gratis beserta optimasinya kepada user yang membutuhkan. Layanan instalasi tersebut mencakup:

  • Instalasi software beserta optimasinya untuk ALELEON Supercomputer.
  • Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut.
  • Membuat module environment untuk software tersebut.
  • Untuk instalasi software komputasi diikuti dengan pembuatan tutorial untuk menjalankan software tersebut di ALELEON Supercomputer.

Adapun persyaratan untuk layanan gratis instalasi software adalah:

  • Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di ALELEON Supercomputer.
  • Software diinstal secara global dimana dapat diakses oleh semua user.

User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com

Menggunakan Software di ALELEON Supercomputer

User dapat menggunakan software global (dapat diakses oleh semua user) yang tercatat pada halaman ini melalui:

  • Template menjalankan software di Job Composer EFIRO.
  • Module Environment. Perhatikan kolom Nama Modul untuk menggunakan software tersebut melalui perintah module load.

Daftar Software Komputasi (Global)

Bidang Software dan

Tutorial Penggunaan

Versi Dukungan Hardware Dukungan MPI
Kimia Komputasi GROMACS 2021.1 CPU - GPU

multi-node

Hybrid MPI/OMP
Kimia Komputasi NWChem 7.0.2 CPU - GPU

multi-node

Pure MPI
Kimia Komputasi Quantum ESPRESSO
  • 6.7
  • 6.8
 CPU

multi-node

Pure MPI
Statistika R
  • 4.0.4
  • 4.1.0
  • 4.1.2
 CPU

single-node (default)

multi-node melalui RMPI.

Ya melalui RMPI.
Kimia Komputasi GAMESS 2020.2 CPU

multi-node

Pure MPI
Kimia Komputasi NAMD (CPU) 2.14 CPU

multi-node

Pure MPI
Kimia Komputasi NAMD (GPU) 2.14 CPU - GPU

single-node

Pure MPI
Kimia Komputasi ORCA 4.2.1 CPU

multi-node

Pure MPI
Machine Learning TensorFlow dengan Anaconda - CPU & GPU -
IDE Jupyter Notebook - CPU & GPU -
Pemodelan Tsunami COMCOT (GPU) 1.7 CPU - GPU

single-node

-
Pemodelan Tsunami COMCOT (CPU) 1.7 CPU

single-node

-
Fisika Komputasi PHASE/0 2021.01 CPU

multi-node

Pure MPI

Daftar Compiler (Global)

Kategori Compiler Versi dan optimasi Nama Modul
C/C++/Fortran GNU GCC (default OS) 9.3.1 RHEL - (default OS)
C/C++/Fortran GNU GCC 8.4.0 GCC/8.4.0
C/C++/Fortran GNU GCC 10.2.0 GCC/10.2.0
C/C++/Fortran GNU GCC 11.2.0 GCC/11.2.0
MPI OpenMPI 4.0.5 built with GCC 9.3.0 OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0
MPI OpenMPI 4.1.0 built with GCC 10.2.0 openmpi
MPI OpenMPI 4.1.1 built with GCC 11.2.0 OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0
CUDA C/C++ NVIDIA CUDA Compiler 11.2 cuda

Daftar Library Matematika (Global)

Kategori Library Versi dan optimasi Nama Modul
BLAS OpenBLAS 0.3.13, TARGET=ZEN openblas
BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3 OneAPI MKL 2021.1.0.2659 oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly
BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3 OneAPI MKL 2021.3.0.3219 oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly
Accelerated math library AMD LibM 3.6 AOCL 2.2 LibM/3.6-AOCL2.2-GCC
Accelerated math library AMD LibM 3.7 LibM/3.7-GCC11
BLAS AMD BLIS 3.0 AOCL blis/3.0-AOCL-GCC10
BLAS AMD BLIS 3.0.1 AOCL blis/3.0.1-AOCL-GCC11
FFTW3 AMD FFTW 3.0 AOCL fftw/3.0-AOCL-GCC10
FFTW3 AMD FFTW 3.0.1 AOCL fftw/3.0.1-AOCL-GCC11
LAPACK AMD libFLAME 3.0 AOCL libflame/3.0-AOCL-GCC10
LAPACK AMD libFLAME 3.0.1 AOCL libflame/3.0.1-AOCL-GCC11
LAPACK Netlib LAPACK 3.9, linked with BLIS 3.0 AOCL lapack/3.9-BLIS-GCC10
LAPACK Netlib LAPACK 3.10, linked with BLIS 3.0.1 AOCL lapack/3.10-BLIS-GCC10
scaLAPACK AMD ScaLAPACK 3.0, linked with BLIS 3.0.1 AOCL and LibFLAME 3.0.1 AOCL scalapack/3.0-AOCL-BLIS-Libflame-GCC10
scaLAPACK AMD ScaLAPACK 3.0, linked with BLIS 3.0.1 AOCL and LAPACK 3.10 scalapack/3.0-AOCL-BLIS-LAPACK-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked with BLIS 3.0 AOCL and LibFLAME 3.0 AOCL scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked with BLIS 3.0 AOCL and LAPACK 3.9 scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10
Eigenvalue Solvers ELPA 2020.11, linked with OneAPI MKL 2021.1 and CUDA 11.2 elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11
Eigenvalue Solvers ELPA 2018.11, linked with OneAPI MKL 2021.1 and CUDA 11.2 elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11

Penjelasan lebih lanjut untuk menggunakan AMD AOCL silahkan lihat Software HPC AMD.

Daftar Software NVIDIA (Global)

Kategori Software Versi Nama Modul
CUDA Toolkit NVIDIA CUDA & cuDNN 11.2 & 8.1.1 cuda

Perlu diketahui bahwa CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung NVIDIA Ampere yang terpasang di GPU Node.

Daftar Software Python (Global)

Kategori Software Versi Nama Modul
Python intepreter Python2 2.7.5 - (default OS)
Python intepreter Python3 3.6 - (default OS)
Python intepreter Python3 3.8.6 Python
Anaconda Anaconda 3 2020.11 (Python default 3.8.5) Anaconda3/2020.11
Anaconda Anaconda 3 2021.05 (Python default 3.8.8) Anaconda3/2021.05

User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat Versi dan Instalasi Python.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Katalog_Software_ALELEON_Supercomputer&oldid=553"