Katalog Software ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(reformat part 1)
(reformat part 2)
Baris 1: Baris 1:
Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus.  
Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus.  
== '''Layanan Gratis Instalasi Software''' ==
== '''Layanan Gratis Instalasi Software dengan Optimasi''' ==
Admin EFISON memberikan '''layanan instalasi software gratis beserta optimasinya''' kepada user yang membutuhkan.  
Admin EFISON memberikan '''layanan instalasi software gratis beserta optimasinya''' kepada user yang membutuhkan.  
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
Baris 21: Baris 21:
Software komputasi berikut dapat digunakan melalui [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Tutorial_Menggunakan_ALELEON_Supercomputer#Job_Composer_dan_Interactive_Apps '''Job Composer atau Interactive Apps'''] EFIRO.
Software komputasi berikut dapat digunakan melalui [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Tutorial_Menggunakan_ALELEON_Supercomputer#Job_Composer_dan_Interactive_Apps '''Job Composer atau Interactive Apps'''] EFIRO.


* Untuk info tutorial penggunaan masing-masing software lihat:
[[Berkas:Wiki-15.jpg|1000x1000px |link=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan |alt=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan]]
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Bidang
!Bidang
Baris 126: Baris 129:
|Jupyter Notebook
|Jupyter Notebook
|}
|}
'''Note:'''
Secara umum, user dapat menggunakan Interactive Apps '''Aleleon Desktop''' untuk menjalankan semua software diatas karena pada dasarnya adalah virtual desktop environment yang berjalan di Interactive Node. Akan tetapi admin EFISON tidak merekomendasikan hal tersebut karena:
* Template job pada Job Composer telah dirancang untuk menjalankan software komputasi dengan mudah dan pada performa maksimal.
* Interactive Node mempunyai spesifikasi terbatas.
=='''Daftar Compiler'''  ==
=='''Daftar Compiler'''  ==
User dapat mengaktifkan compiler yang akan digunakan melalui [[Module Environment|'''Module Environment''']]. Perhatikan nama modul pada semua tabel.
User dapat mengaktifkan compiler yang akan digunakan melalui [[Module Environment|'''Module Environment''']]. Perhatikan nama modul pada semua tabel.
Baris 153: Baris 149:
|}
|}


=== Compiler MPI ===
=== Compiler MPI (C/C++/Fortran) ===
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Nama dan Versi
!Nama dan Versi
Baris 184: Baris 180:
* Optimasi penggunaan library CPU pada ALELEON Supercomputer silahkan baca [[Compiler AMD ALELEON Supercomputer|'''Compiler AMD ALELEON Supercomputer''']].
* Optimasi penggunaan library CPU pada ALELEON Supercomputer silahkan baca [[Compiler AMD ALELEON Supercomputer|'''Compiler AMD ALELEON Supercomputer''']].


=== Suite HPC AMD Optimizing CPU Libraries (AOCL) ===
=== Library AMD Optimizing CPU Libraries (AOCL) ===
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Kategori
!Kategori
!Nama dan Versi
!Nama dan Versi
![[Module Environment|Nama Modul]]
!Nama Modul
|-
|-
|Accelerated math library
|Accelerated math library
Baris 240: Baris 236:
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Nama dan Versi
!Nama dan Versi
![[Module Environment|Nama Modul]]
!Nama Modul
|-
|-
|'''OneAPI MKL 2021.1.0.2659'''
|'''OneAPI MKL 2021.1.0.2659'''
Baris 253: Baris 249:
!Kategori
!Kategori
!Nama dan Versi
!Nama dan Versi
![[Module Environment|Nama Modul]]
!Nama Modul
|-
|BLAS
|'''OpenBLAS 0.3.12'''
|OpenBLAS/0.3.12-GCC-10.2.0
|-
|-
|BLAS
|BLAS
|'''OpenBLAS 0.3.13'''
|'''OpenBLAS 0.3.13'''
|'''openblas'''
|openblas/0.3.13-GCC10
|-
|-
|LAPACK
|LAPACK
|'''Netlib LAPACK 3.9, linked:'''
|'''Netlib LAPACK 3.9, linked:'''
* AMD BLIS 3.0
* AMD BLIS 3.0
|'''lapack/3.9-BLIS-GCC10'''
|lapack/3.9-BLIS-GCC10
|-
|-
|LAPACK
|LAPACK
|'''Netlib LAPACK 3.10, linked:'''
|'''Netlib LAPACK 3.10, linked:'''
* AMD BLIS 3.0.1
* AMD BLIS 3.0.1
|'''lapack/3.10-BLIS-GCC10'''
|lapack/3.10-BLIS-GCC10
|-
|-
|scaLAPACK
|scaLAPACK
Baris 273: Baris 273:
* AOCL BLIS 3.0
* AOCL BLIS 3.0
* AOCL libFLAME 3.0
* AOCL libFLAME 3.0
|'''scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10'''
|scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10
|-
|-
|scaLAPACK
|scaLAPACK
Baris 279: Baris 279:
* AOCL BLIS 3.0
* AOCL BLIS 3.0
* Netlib LAPACK 3.9
* Netlib LAPACK 3.9
|'''scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10'''
|scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10
|}
|}


Baris 285: Baris 285:
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Nama dan Versi
!Nama dan Versi
![[Module Environment|Nama Modul]]
!Nama Modul
|-
|-
|'''ELPA 2020.11, linked:'''
|'''ELPA 2020.11, linked:'''
* OneAPI MKL 2021.1
* OneAPI MKL 2021.1
* CUDA 11.2
* CUDA 11.2
|'''elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11'''
|elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11
|-
|-
|'''ELPA 2018.11, linked:'''
|'''ELPA 2018.11, linked:'''
* OneAPI MKL 2021.1
* OneAPI MKL 2021.1
* CUDA 11.2
* CUDA 11.2
|'''elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11'''
|elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11
|}
|}
Penjelasan lebih lanjut untuk menggunakan AMD AOCL silahkan lihat [[Software HPC AMD|'''Software HPC AMD''']].
== '''Daftar Software NVIDIA'''  ==
== '''Daftar Software NVIDIA'''  ==
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Kategori
!Nama dan Versi
!Software
!Nama Modul
!Versi
![[Module Environment|Nama Modul]]
|-
|-
|CUDA Toolkit
|'''CUDA Toolkit 11.2'''
|NVIDIA CUDA & cuDNN
* dan '''cuDNN 8.1.1'''
|11.2 & 8.1.1
|cuda/11.2-cuDNN8.1.1
|'''cuda'''
|}
|}
Perlu diketahui bahwa CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung NVIDIA Ampere yang terpasang di GPU Node.
'''Note:'''
== '''Daftar Software Python (Global)''' ==
 
CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung GPU NVIDIA yang terpasang di Compute Node dan Interactive Node GPU (Partisi gpu_ampere dan tilla).
=='''Daftar Software Python dan Anaconda'''==
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Kategori
!Nama dan Versi
!Software
!Versi
![[Module Environment|Nama Modul]]
![[Module Environment|Nama Modul]]
|-
|-
|Python intepreter
|'''Python 2.7.5'''
|Python2
| - (default OS)
|2.7.5
| - (default OS)
|-
|-
|Python intepreter
|'''Python 3.6'''
|Python3
| - (default OS)
|3.6
| - (default OS)
|-
|-
|Python intepreter
|'''Python 3.8.6'''
|Python3
|Python/3.8.6-GCCcore-10.2.0
|3.8.6
|'''Python'''
|-
|-
|Anaconda
|'''Anaconda 3 2020.11'''
|Anaconda 3
* Python default 3.8.5
|2020.11 (Python default 3.8.5)
|Anaconda3/2020.11
|'''Anaconda3/2020.11'''
|-
|-
|Anaconda
|'''Anaconda 3 2021.05'''
|Anaconda 3
* Python default 3.8.8
|2021.05 (Python default 3.8.8)
|Anaconda3/2021.05
|'''Anaconda3/2021.05'''
|}
|}
User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat [[Versi dan Instalasi Python|'''Versi dan Instalasi Python''']].
User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat [[Versi dan Instalasi Python|'''Versi dan Instalasi Python''']].

Revisi per 10 Maret 2022 08.35

Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus.

Layanan Gratis Instalasi Software dengan Optimasi

Admin EFISON memberikan layanan instalasi software gratis beserta optimasinya kepada user yang membutuhkan.

Daftar layanan instalasi gratis, persyaratan, dan langkah mengajukan layanan
Layanan mencakup:
  • Instalasi software beserta optimasinya untuk ALELEON Supercomputer.
  • Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut.
  • Pembuatan halaman tutorial pada wiki untuk menjalankan software tersebut di ALELEON Supercomputer.
Persyaratan layanan:
  • Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di ALELEON Supercomputer.
  • Software diinstal secara global dimana dapat diakses oleh semua user.
User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email support@efisonlt.com.

Daftar Software Komputasi

Software komputasi berikut dapat digunakan melalui Job Composer atau Interactive Apps EFIRO.

  • Untuk info tutorial penggunaan masing-masing software lihat:

Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan

Bidang Software Versi Dukungan

Job Composer

Dukungan

Interactive Apps

Kimia Komputasi GROMACS (CPU) 2021.1 v -
Kimia Komputasi GROMACS (GPU) 2021.1 v -
Kimia Komputasi NWChem 7.0.2 v -
Kimia Komputasi Quantum ESPRESSO 6.7

6.8

v -
Statistika R 4.0.4,

4.1.0,

4.1.2

v Jupyter Notebook
Kimia Komputasi GAMESS 2020.2 v -
Kimia Komputasi NAMD (CPU) 2.14 v -
Kimia Komputasi NAMD (GPU) 2.14 v -
Kimia Komputasi ORCA 4.2.1 v -
Machine Learning TensorFlow - v Jupyter Notebook
Pemodelan Tsunami COMCOT (GPU) 1.7 v -
Pemodelan Tsunami COMCOT (CPU) 1.7 v -
Fisika Komputasi PHASE/0 2021.01 v -
MPI Program MPI umum v -
Python Program Python umum v Jupyter Notebook

Daftar Compiler

User dapat mengaktifkan compiler yang akan digunakan melalui Module Environment. Perhatikan nama modul pada semua tabel.

Compiler GNU GCC (C/C++/Fortran)

Nama dan Versi Nama Modul
GCC 8.4.0 GCC/8.4.0
GCC 10.2.0 (DEFAULT) GCC/10.2.0
GCC 11.2.0 GCC/11.2.0

Compiler MPI (C/C++/Fortran)

Nama dan Versi Nama Modul
Open MPI 4.0.5 (GCC 9.3.0) OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0
Open MPI 4.0.5 (GCC 10.2.0) OpenMPI/4.0.5-GCC-10.2.0
Open MPI 4.1.0 (GCC 10.2.0) OpenMPI/4.1.0-GCC-10.2.0
Open MPI 4.1.1 (GCC 11.2.0) OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0

Compiler CUDA C/C++

Nama dan Versi Nama Modul
CUDA 11.2 cuda/11.2-cuDNN8.1.1

Daftar Library CPU Matematika

User dapat mengaktifkan library CPU matematika yang akan digunakan melalui Module Environment. Perhatikan nama modul pada semua tabel.

Library AMD Optimizing CPU Libraries (AOCL)

Kategori Nama dan Versi Nama Modul
Accelerated math library AOCL LibM 3.6
  • dari AOCL 2.2
 LibM/3.6-AOCL2.2-GCC
Accelerated math library AOCL LibM 3.7 LibM/3.7-GCC11
BLAS AOCL BLIS 3.0 blis/3.0-AOCL-GCC10
BLAS AOCL BLIS 3.0.1 blis/3.0.1-AOCL-GCC11
FFTW3 AOCL FFTW 3.0 fftw/3.0-AOCL-GCC10
FFTW3 AOCL FFTW 3.0.1 fftw/3.0.1-AOCL-GCC11
LAPACK AOCL libFLAME 3.0 libflame/3.0-AOCL-GCC10
LAPACK AOCL libFLAME 3.0.1 libflame/3.0.1-AOCL-GCC11
scaLAPACK AMD ScaLAPACK 3.0, linked:
  • AOCL BLIS 3.0.1
  • AOCL libFLAME 3.0.1
 scalapack/3.0-AOCL-BLIS-Libflame-GCC10
scaLAPACK AMD ScaLAPACK 3.0, linked:
  • AOCL BLIS 3.0.1
  • Netlib LAPACK 3.10
 scalapack/3.0-AOCL-BLIS-LAPACK-GCC10

Library CPU Intel OneAPI MKL

Intel OneAPI MKL mengandung BLAS, LAPACK, scaLAPACK, dan FFTW3.

Nama dan Versi Nama Modul
OneAPI MKL 2021.1.0.2659 oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly
OneAPI MKL 2021.3.0.3219 oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly

Library CPU lainnya

Kategori Nama dan Versi Nama Modul
BLAS OpenBLAS 0.3.12 OpenBLAS/0.3.12-GCC-10.2.0
BLAS OpenBLAS 0.3.13 openblas/0.3.13-GCC10
LAPACK Netlib LAPACK 3.9, linked:
  • AMD BLIS 3.0
 lapack/3.9-BLIS-GCC10
LAPACK Netlib LAPACK 3.10, linked:
  • AMD BLIS 3.0.1
 lapack/3.10-BLIS-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • AOCL BLIS 3.0
  • AOCL libFLAME 3.0
 scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • AOCL BLIS 3.0
  • Netlib LAPACK 3.9
 scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10

Eigenvalue Solvers

Nama dan Versi Nama Modul
ELPA 2020.11, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2018.11, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11

Daftar Software NVIDIA

Nama dan Versi Nama Modul
CUDA Toolkit 11.2
  • dan cuDNN 8.1.1
 cuda/11.2-cuDNN8.1.1

Note:

CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung GPU NVIDIA yang terpasang di Compute Node dan Interactive Node GPU (Partisi gpu_ampere dan tilla).

Daftar Software Python dan Anaconda

Nama dan Versi Nama Modul
Python 2.7.5 - (default OS)
Python 3.6 - (default OS)
Python 3.8.6 Python/3.8.6-GCCcore-10.2.0
Anaconda 3 2020.11
  • Python default 3.8.5
 Anaconda3/2020.11
Anaconda 3 2021.05
  • Python default 3.8.8
 Anaconda3/2021.05

User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat Versi dan Instalasi Python.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Katalog_Software_ALELEON_Supercomputer&oldid=749"