Katalog Software ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Daftar Software Komputasi (Global): mengganti info R) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Instalasi Software Mandiri: menambah section Easybuild dan major paraphrasing) |
||
Baris 13: | Baris 13: | ||
* Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di HPC Aleleon Mk.II. | * Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di HPC Aleleon Mk.II. | ||
* Tidak terdapat lisensi berbayar. | * Tidak terdapat lisensi berbayar. | ||
* Software diinstal secara global | * Software diinstal secara '''global''' dimana '''dapat diakses oleh semua user.''' | ||
User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email: | User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email: | ||
'''support@efisonlt.com''' | '''support@efisonlt.com''' | ||
== '''Menggunakan Software di HPC Aleleon Mk.II''' == | |||
User dapat menggunakan software global (dapat diakses oleh semua user) yang tercatat pada halaman ini melalui [[Module Environment|'''Module Environment''']]. Perhatikan kolom '''Nama Modul''' untuk menggunakan software tersebut melalui perintah module load. | |||
== '''Instalasi Software Mandiri''' == | == '''Instalasi Software Mandiri''' == | ||
User | User dapat melakukan instalasi software secara mandiri di Login Node dimana dapat digunakan untuk melakukan komputasi di Compute Node melalui manajemen SLURM. | ||
Terdapat dua metode bagi user untuk melakukan instalasi mandiri di Login Node: | |||
{| class="wikitable" | |||
!Metode dan Tutorial | |||
!Penjelasan | |||
!Dukungan Module Environment | |||
|- | |||
|[[EasyBuild|'''Menggunakan Easybuild''']] | |||
|Easybuild adalah software framework untuk melakukan instalasi software HPC secara otomatis dan efisien. | |||
|Ya melalui bawaan Easybuild. | |||
|- | |||
|Instalasi manual di HOME | |||
|Instalasi manual dari user sendiri. | |||
|Tidak ada secara default, user harus inisiasi PATH atau LIB sendiri. | |||
|} | |||
=='''Daftar Software Komputasi (Global)'''== | =='''Daftar Software Komputasi (Global)'''== | ||
Baris 39: | Baris 52: | ||
|'''[[GROMACS]]''' | |'''[[GROMACS]]''' | ||
|2021.1 | |2021.1 | ||
|gromacs | |'''gromacs''' | ||
|CPU - GPU, parallel multi-node | |CPU - GPU, parallel multi-node | ||
|Hybrid MPI/OMP | |Hybrid MPI/OMP | ||
Baris 46: | Baris 59: | ||
|'''[[NWChem]]''' | |'''[[NWChem]]''' | ||
|7.0.2 | |7.0.2 | ||
|nwchem | |'''nwchem''' | ||
|CPU - GPU, parallel multi-node | |CPU - GPU, parallel multi-node | ||
|Pure MPI | |Pure MPI | ||
Baris 53: | Baris 66: | ||
|'''[[Quantum ESPRESSO]]''' | |'''[[Quantum ESPRESSO]]''' | ||
|6.7 | |6.7 | ||
|qe | |'''qe''' | ||
|CPU, parallel multi-node | |CPU, parallel multi-node | ||
|Pure MPI | |Pure MPI | ||
Baris 60: | Baris 73: | ||
|'''[[R]]''' | |'''[[R]]''' | ||
|4.0.4 | |4.0.4 | ||
|R | |'''R''' | ||
|CPU, single-node (default). RMPI CPU, parallel multi-node | |CPU, single-node (default). RMPI CPU, parallel multi-node | ||
| Ya melalui [https://cran.r-project.org/web/packages/Rmpi/Rmpi.pdf '''RMPI''']. | | Ya melalui [https://cran.r-project.org/web/packages/Rmpi/Rmpi.pdf '''RMPI''']. | ||
Baris 67: | Baris 80: | ||
|'''[[GAMESS]]''' | |'''[[GAMESS]]''' | ||
|2020.2 | |2020.2 | ||
|gamess | |'''gamess''' | ||
|CPU, parallel multi-node | |CPU, parallel multi-node | ||
|Pure MPI | |Pure MPI | ||
Baris 74: | Baris 87: | ||
|[[NAMD|'''NAMD (CPU)''']] | |[[NAMD|'''NAMD (CPU)''']] | ||
|2.14 | |2.14 | ||
|namd/2.14-GCC10-FFTW3F-UCX | |'''namd/2.14-GCC10-FFTW3F-UCX''' | ||
|CPU, parallel multi-node | |CPU, parallel multi-node | ||
|Pure MPI | |Pure MPI | ||
Baris 81: | Baris 94: | ||
|[[NAMD|'''NAMD (GPU)''']] | |[[NAMD|'''NAMD (GPU)''']] | ||
|2.14 | |2.14 | ||
|namd/2.14-GCC10-FFTW3F-CUDA11 | |'''namd/2.14-GCC10-FFTW3F-CUDA11''' | ||
|CPU - GPU, single-node | |CPU - GPU, single-node | ||
|Pure MPI | |Pure MPI | ||
Baris 88: | Baris 101: | ||
|'''[[ORCA]]''' | |'''[[ORCA]]''' | ||
|4.2.1 | |4.2.1 | ||
|orca | |'''orca''' | ||
|CPU, parallel multi-node | |CPU, parallel multi-node | ||
|Pure MPI | |Pure MPI | ||
Baris 95: | Baris 108: | ||
|[[Tensorflow (dengan Anaconda)|'''Tensorflow dengan Anaconda''']] | |[[Tensorflow (dengan Anaconda)|'''Tensorflow dengan Anaconda''']] | ||
| - | | - | ||
| - | | '''-''' | ||
|CPU & GPU | |CPU & GPU | ||
| - | | - | ||
Baris 102: | Baris 115: | ||
|'''Jupyter Notebook''' | |'''Jupyter Notebook''' | ||
| - | | - | ||
| - | | '''-''' | ||
|CPU & GPU | |CPU & GPU | ||
| - | | - | ||
Baris 109: | Baris 122: | ||
|'''[[COMCOT]]''' (GPU) | |'''[[COMCOT]]''' (GPU) | ||
|1.7 | |1.7 | ||
|comcot/1.7gpu | |'''comcot/1.7gpu''' | ||
|CPU - GPU, single-node | |CPU - GPU, single-node | ||
| - | | - | ||
Baris 116: | Baris 129: | ||
|'''[[COMCOT]]''' (CPU) | |'''[[COMCOT]]''' (CPU) | ||
|1.7 | |1.7 | ||
|comcot/1.7cpu | |'''comcot/1.7cpu''' | ||
|CPU, single-node | |CPU, single-node | ||
| - | | - | ||
Baris 123: | Baris 136: | ||
|'''[[PHASE/0]]''' | |'''[[PHASE/0]]''' | ||
|2020.01 | |2020.01 | ||
|phase0 | |'''phase0''' | ||
|CPU, parallel multi-node | |CPU, parallel multi-node | ||
|Pure MPI | |Pure MPI | ||
|} | |} | ||
== '''Daftar Compiler''' == | == '''Daftar Compiler (Global)''' == | ||
{| class="wikitable sortable mw-collapsible" | {| class="wikitable sortable mw-collapsible" | ||
!Kategori | !Kategori | ||
Baris 143: | Baris 156: | ||
|GNU GCC | |GNU GCC | ||
|10.2.0 | |10.2.0 | ||
|GCC/10.2.0 | |'''GCC/10.2.0''' | ||
|- | |- | ||
|C/C++/Fortran | |C/C++/Fortran | ||
|GNU GCC | |GNU GCC | ||
|8.4.0 | |8.4.0 | ||
|GCC/8.4.0 | |'''GCC/8.4.0''' | ||
|- | |- | ||
|MPI | |MPI | ||
|OpenMPI | |OpenMPI | ||
|4.1.0, optimized for HPC Aleleon Mk.II | |4.1.0, optimized for HPC Aleleon Mk.II | ||
|openmpi | |'''openmpi''' | ||
|- | |- | ||
|CUDA C/C++ | |CUDA C/C++ | ||
|NVIDIA CUDA Compiler | |NVIDIA CUDA Compiler | ||
|11.2 | |11.2 | ||
|cuda | |'''cuda''' | ||
|} | |} | ||
== '''Daftar Library Matematika''' == | == '''Daftar Library Matematika (Global)''' == | ||
{| class="wikitable sortable mw-collapsible" | {| class="wikitable sortable mw-collapsible" | ||
!Kategori | !Kategori | ||
Baris 171: | Baris 184: | ||
|OpenBLAS | |OpenBLAS | ||
|0.3.13, TARGET=ZEN | |0.3.13, TARGET=ZEN | ||
|openblas | |'''openblas''' | ||
|- | |- | ||
|BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3 | |BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3 | ||
|Intel MKL | |Intel MKL | ||
|2021.1.0.2659 | |2021.1.0.2659 | ||
|oneapi | |'''oneapi''' | ||
|- | |- | ||
|Accelerator math library | |Accelerator math library | ||
|AMD LibM | |AMD LibM | ||
|3.6 AOCL 2.2 | |3.6 AOCL 2.2 | ||
|LibM | |'''LibM''' | ||
|- | |- | ||
|BLAS | |BLAS | ||
|AMD BLIS | |AMD BLIS | ||
|3.0 AOCL | |3.0 AOCL | ||
|blis | |'''blis''' | ||
|- | |- | ||
|FFTW3 | |FFTW3 | ||
|AMD FFTW | |AMD FFTW | ||
|3.0 AOCL | |3.0 AOCL | ||
|fftw | |'''fftw''' | ||
|- | |- | ||
|LAPACK | |LAPACK | ||
|AMD libFLAME | |AMD libFLAME | ||
|3.0 AOCL | |3.0 AOCL | ||
|libflame | |'''libflame''' | ||
|- | |- | ||
|LAPACK | |LAPACK | ||
|Netlib LAPACK | |Netlib LAPACK | ||
|3.9, LibFLAME optimized | |3.9, LibFLAME optimized | ||
|lapack | |'''lapack''' | ||
|- | |- | ||
|scaLAPACK | |scaLAPACK | ||
|Netlib ScaLAPACK | |Netlib ScaLAPACK | ||
|2.1, LibFLAME optimized | |2.1, LibFLAME optimized | ||
|scalapack | |'''scalapack''' | ||
|- | |- | ||
|scaLAPACK | |scaLAPACK | ||
|Netlib ScaLAPACK | |Netlib ScaLAPACK | ||
|2.1, LAPACK optimized | |2.1, LAPACK optimized | ||
|scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10 | |'''scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10''' | ||
|- | |- | ||
|Eigenvalue Solvers | |Eigenvalue Solvers | ||
|ELPA | |ELPA | ||
|2020.11, Intel MKL + CUDA supported | |2020.11, Intel MKL + CUDA supported | ||
|elpa | |'''elpa''' | ||
|- | |- | ||
|Eigenvalue Solvers | |Eigenvalue Solvers | ||
|ELPA | |ELPA | ||
|2018.11, Intel MKL + CUDA supported | |2018.11, Intel MKL + CUDA supported | ||
|elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11 | |'''elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11''' | ||
|} | |} | ||
Penjelasan lebih lanjut untuk menggunakan AMD AOCL silahkan lihat [[Software HPC AMD|'''Software HPC AMD''']]. | Penjelasan lebih lanjut untuk menggunakan AMD AOCL silahkan lihat [[Software HPC AMD|'''Software HPC AMD''']]. | ||
== '''Daftar Software NVIDIA''' == | == '''Daftar Software NVIDIA (Global)''' == | ||
{| class="wikitable sortable mw-collapsible" | {| class="wikitable sortable mw-collapsible" | ||
!Kategori | !Kategori | ||
Baris 235: | Baris 248: | ||
|NVIDIA CUDA & cuDNN | |NVIDIA CUDA & cuDNN | ||
|11.2 & 8.1.1 | |11.2 & 8.1.1 | ||
|cuda | |'''cuda''' | ||
|} | |} | ||
Perlu diketahui bahwa CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung NVIDIA Ampere yang terpasang di GPU Node. | Perlu diketahui bahwa CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung NVIDIA Ampere yang terpasang di GPU Node. | ||
== '''Daftar Software Python''' == | == '''Daftar Software Python (Global)''' == | ||
{| class="wikitable sortable mw-collapsible" | {| class="wikitable sortable mw-collapsible" | ||
!Kategori | !Kategori | ||
Baris 259: | Baris 272: | ||
|Python3 | |Python3 | ||
|3.8.6 | |3.8.6 | ||
|Python | |'''Python''' | ||
|- | |- | ||
|Python & R distribution | |Python & R distribution | ||
|Anaconda 3 | |Anaconda 3 | ||
|2020.11 (Python default 3.8.5) | |2020.11 (Python default 3.8.5) | ||
|Anaconda3/2020.11 | |'''Anaconda3/2020.11''' | ||
|} | |} | ||
User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat [[Versi dan Instalasi Python|'''Versi dan Instalasi Python''']]. | User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat [[Versi dan Instalasi Python|'''Versi dan Instalasi Python''']]. |
Revisi per 15 September 2021 11.52
Halaman ini memuat daftar software esensial di HPC Aleleon Mk.II dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus.
Layanan Gratis Instalasi Software
Admin EFISON memberikan layanan instalasi software gratis beserta optimasinya kepada user yang membutuhkan. Layanan instalasi tersebut mencakup:
- Instalasi software beserta optimasinya untuk HPC Aleleon Mk.II.
- Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut.
- Membuat module environment untuk software tersebut.
- Untuk instalasi software komputasi diikuti dengan pembuatan tutorial untuk menjalankan software tersebut di HPC Aleleon Mk.II.
Adapun persyaratan untuk layanan gratis instalasi software adalah:
- Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di HPC Aleleon Mk.II.
- Tidak terdapat lisensi berbayar.
- Software diinstal secara global dimana dapat diakses oleh semua user.
User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email:
support@efisonlt.com
Menggunakan Software di HPC Aleleon Mk.II
User dapat menggunakan software global (dapat diakses oleh semua user) yang tercatat pada halaman ini melalui Module Environment. Perhatikan kolom Nama Modul untuk menggunakan software tersebut melalui perintah module load.
Instalasi Software Mandiri
User dapat melakukan instalasi software secara mandiri di Login Node dimana dapat digunakan untuk melakukan komputasi di Compute Node melalui manajemen SLURM.
Terdapat dua metode bagi user untuk melakukan instalasi mandiri di Login Node:
Metode dan Tutorial | Penjelasan | Dukungan Module Environment |
---|---|---|
Menggunakan Easybuild | Easybuild adalah software framework untuk melakukan instalasi software HPC secara otomatis dan efisien. | Ya melalui bawaan Easybuild. |
Instalasi manual di HOME | Instalasi manual dari user sendiri. | Tidak ada secara default, user harus inisiasi PATH atau LIB sendiri. |
Daftar Software Komputasi (Global)
Tutorial mencakup dual hal: menjalankan software komputasi melalui SLURM dan parameter optimasi supaya software dapat berjalan dengan performa terbaik.
Bidang | Software dan
Tutorial Penggunaan |
Versi | Nama Modul | Dukungan Hardware | Dukungan MPI |
---|---|---|---|---|---|
Kimia Komputasi | GROMACS | 2021.1 | gromacs | CPU - GPU, parallel multi-node | Hybrid MPI/OMP |
Kimia Komputasi | NWChem | 7.0.2 | nwchem | CPU - GPU, parallel multi-node | Pure MPI |
Kimia Komputasi | Quantum ESPRESSO | 6.7 | qe | CPU, parallel multi-node | Pure MPI |
Statistika | R | 4.0.4 | R | CPU, single-node (default). RMPI CPU, parallel multi-node | Ya melalui RMPI. |
Kimia Komputasi | GAMESS | 2020.2 | gamess | CPU, parallel multi-node | Pure MPI |
Kimia Komputasi | NAMD (CPU) | 2.14 | namd/2.14-GCC10-FFTW3F-UCX | CPU, parallel multi-node | Pure MPI |
Kimia Komputasi | NAMD (GPU) | 2.14 | namd/2.14-GCC10-FFTW3F-CUDA11 | CPU - GPU, single-node | Pure MPI |
Kimia Komputasi | ORCA | 4.2.1 | orca | CPU, parallel multi-node | Pure MPI |
Machine Learning | Tensorflow dengan Anaconda | - | - | CPU & GPU | - |
IDE | Jupyter Notebook | - | - | CPU & GPU | - |
Pemodelan Tsunami | COMCOT (GPU) | 1.7 | comcot/1.7gpu | CPU - GPU, single-node | - |
Pemodelan Tsunami | COMCOT (CPU) | 1.7 | comcot/1.7cpu | CPU, single-node | - |
Fisika Komputasi | PHASE/0 | 2020.01 | phase0 | CPU, parallel multi-node | Pure MPI |
Daftar Compiler (Global)
Kategori | Compiler | Versi dan optimasi | Nama Modul |
---|---|---|---|
C/C++/Fortran | GNU GCC (default OS) | 9.3.1 RHEL | - (default OS) |
C/C++/Fortran | GNU GCC | 10.2.0 | GCC/10.2.0 |
C/C++/Fortran | GNU GCC | 8.4.0 | GCC/8.4.0 |
MPI | OpenMPI | 4.1.0, optimized for HPC Aleleon Mk.II | openmpi |
CUDA C/C++ | NVIDIA CUDA Compiler | 11.2 | cuda |
Daftar Library Matematika (Global)
Kategori | Library | Versi dan optimasi | Nama Modul |
---|---|---|---|
BLAS | OpenBLAS | 0.3.13, TARGET=ZEN | openblas |
BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3 | Intel MKL | 2021.1.0.2659 | oneapi |
Accelerator math library | AMD LibM | 3.6 AOCL 2.2 | LibM |
BLAS | AMD BLIS | 3.0 AOCL | blis |
FFTW3 | AMD FFTW | 3.0 AOCL | fftw |
LAPACK | AMD libFLAME | 3.0 AOCL | libflame |
LAPACK | Netlib LAPACK | 3.9, LibFLAME optimized | lapack |
scaLAPACK | Netlib ScaLAPACK | 2.1, LibFLAME optimized | scalapack |
scaLAPACK | Netlib ScaLAPACK | 2.1, LAPACK optimized | scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10 |
Eigenvalue Solvers | ELPA | 2020.11, Intel MKL + CUDA supported | elpa |
Eigenvalue Solvers | ELPA | 2018.11, Intel MKL + CUDA supported | elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11 |
Penjelasan lebih lanjut untuk menggunakan AMD AOCL silahkan lihat Software HPC AMD.
Daftar Software NVIDIA (Global)
Kategori | Software | Versi | Nama Modul |
---|---|---|---|
CUDA Toolkit | NVIDIA CUDA & cuDNN | 11.2 & 8.1.1 | cuda |
Perlu diketahui bahwa CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung NVIDIA Ampere yang terpasang di GPU Node.
Daftar Software Python (Global)
Kategori | Software | Versi | Nama Modul |
---|---|---|---|
Python intepreter | Python2 | 2.7.5 | - (default OS) |
Python intepreter | Python3 | 3.6 | - (default OS) |
Python intepreter | Python3 | 3.8.6 | Python |
Python & R distribution | Anaconda 3 | 2020.11 (Python default 3.8.5) | Anaconda3/2020.11 |
User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat Versi dan Instalasi Python.