Katalog Software ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Layanan Gratis Instalasi Software: penamaan ALELEON Supercomputer) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) |
||
Baris 11: | Baris 11: | ||
User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email: | User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email: | ||
'''support@efisonlt.com''' | '''support@efisonlt.com''' | ||
== '''Menggunakan Software di | == '''Menggunakan Software di ALELEON Supercomputer''' == | ||
User dapat menggunakan software global (dapat diakses oleh semua user) yang tercatat pada halaman ini melalui [[Module Environment|'''Module Environment''']]. '''Perhatikan kolom Nama Modul untuk menggunakan software tersebut melalui perintah module load.''' | User dapat menggunakan software global (dapat diakses oleh semua user) yang tercatat pada halaman ini melalui [[Module Environment|'''Module Environment''']]. '''Perhatikan kolom Nama Modul untuk menggunakan software tersebut melalui perintah module load.''' | ||
== '''Instalasi Software Mandiri''' == | == '''Instalasi Software Mandiri''' == |
Revisi per 20 Januari 2022 04.08
Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus.
Layanan Gratis Instalasi Software
Admin EFISON memberikan layanan instalasi software gratis beserta optimasinya kepada user yang membutuhkan. Layanan instalasi tersebut mencakup:
- Instalasi software beserta optimasinya untuk ALELEON Supercomputer.
- Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut.
- Membuat module environment untuk software tersebut.
- Untuk instalasi software komputasi diikuti dengan pembuatan tutorial untuk menjalankan software tersebut di ALELEON Supercomputer.
Adapun persyaratan untuk layanan gratis instalasi software adalah:
- Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di ALELEON Supercomputer.
- Software diinstal secara global dimana dapat diakses oleh semua user.
User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email:
support@efisonlt.com
Menggunakan Software di ALELEON Supercomputer
User dapat menggunakan software global (dapat diakses oleh semua user) yang tercatat pada halaman ini melalui Module Environment. Perhatikan kolom Nama Modul untuk menggunakan software tersebut melalui perintah module load.
Instalasi Software Mandiri
User dapat melakukan instalasi software secara mandiri di HOME masing-masing dimana dapat digunakan untuk melakukan komputasi di Compute Node melalui manajemen SLURM. Terdapat dua metode bagi user untuk melakukan instalasi mandiri di Login Node:
Metode dan Tutorial | Penjelasan | Dukungan Module Environment |
---|---|---|
Menggunakan EasyBuild | EasyBuild adalah software framework untuk melakukan instalasi software HPC secara otomatis dan efisien. | Ya, melalui bawaan EasyBuild. |
Instalasi manual di HOME | Instalasi manual dari user sendiri. Prefix $HOME di ALELEON Supercomputer adalah:
/work/<nama-user> |
Tidak ada secara default, user harus inisiasi PATH atau LIB sendiri. |
Daftar Software Komputasi (Global)
Tutorial mencakup dual hal: menjalankan software komputasi melalui SLURM dan parameter optimasi supaya software dapat berjalan dengan performa terbaik.
Bidang | Software dan
Tutorial Penggunaan |
Versi | Nama Modul | Dukungan Hardware | Dukungan MPI |
---|---|---|---|---|---|
Kimia Komputasi | GROMACS | 2021.1 | gromacs | CPU - GPU, parallel multi-node | Hybrid MPI/OMP |
Kimia Komputasi | NWChem | 7.0.2 | nwchem | CPU - GPU, parallel multi-node | Pure MPI |
Kimia Komputasi | Quantum ESPRESSO | 6.7 | qe | CPU, parallel multi-node | Pure MPI |
Statistika | R | 4.0.4 | R/4.0.4-GCC10-MKL | CPU, single-node (default). RMPI CPU, parallel multi-node | Ya melalui RMPI. |
Statistika | R | 4.1.0 | R/4.1.0-GCC10-MKL | CPU, single-node (default). RMPI CPU, parallel multi-node | Ya melalui RMPI. |
Kimia Komputasi | GAMESS | 2020.2 | gamess | CPU, parallel multi-node | Pure MPI |
Kimia Komputasi | NAMD (CPU) | 2.14 | namd/2.14-GCC10-FFTW3F-UCX | CPU, parallel multi-node | Pure MPI |
Kimia Komputasi | NAMD (GPU) | 2.14 | namd/2.14-GCC10-FFTW3F-CUDA11 | CPU - GPU, single-node | Pure MPI |
Kimia Komputasi | ORCA | 4.2.1 | orca | CPU, parallel multi-node | Pure MPI |
Machine Learning | TensorFlow dengan Anaconda | - | - | CPU & GPU | - |
IDE | Jupyter Notebook | - | - | CPU & GPU | - |
Pemodelan Tsunami | COMCOT (GPU) | 1.7 | comcot/1.7gpu | CPU - GPU, single-node | - |
Pemodelan Tsunami | COMCOT (CPU) | 1.7 | comcot/1.7cpu | CPU, single-node | - |
Fisika Komputasi | PHASE/0 | 2021.01 | phase0 | CPU, parallel multi-node | Pure MPI |
Daftar Compiler (Global)
Kategori | Compiler | Versi dan optimasi | Nama Modul |
---|---|---|---|
C/C++/Fortran | GNU GCC (default OS) | 9.3.1 RHEL | - (default OS) |
C/C++/Fortran | GNU GCC | 8.4.0 | GCC/8.4.0 |
C/C++/Fortran | GNU GCC | 10.2.0 | GCC/10.2.0 |
C/C++/Fortran | GNU GCC | 11.2.0 | GCC/11.2.0 |
MPI | OpenMPI | 4.0.5 built with GCC 9.3.0 | OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0 |
MPI | OpenMPI | 4.1.0 built with GCC 10.2.0 | openmpi |
MPI | OpenMPI | 4.1.1 built with GCC 11.2.0 | OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0 |
CUDA C/C++ | NVIDIA CUDA Compiler | 11.2 | cuda |
Daftar Library Matematika (Global)
Kategori | Library | Versi dan optimasi | Nama Modul |
---|---|---|---|
BLAS | OpenBLAS | 0.3.13, TARGET=ZEN | openblas |
BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3 | OneAPI MKL | 2021.1.0.2659 | oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly |
BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3 | OneAPI MKL | 2021.3.0.3219 | oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly |
Accelerated math library | AMD LibM | 3.6 AOCL 2.2 | LibM/3.6-AOCL2.2-GCC |
Accelerated math library | AMD LibM | 3.7 | LibM/3.7-GCC11 |
BLAS | AMD BLIS | 3.0 AOCL | blis/3.0-AOCL-GCC10 |
BLAS | AMD BLIS | 3.0.1 AOCL | blis/3.0.1-AOCL-GCC11 |
FFTW3 | AMD FFTW | 3.0 AOCL | fftw/3.0-AOCL-GCC10 |
FFTW3 | AMD FFTW | 3.0.1 AOCL | fftw/3.0.1-AOCL-GCC11 |
LAPACK | AMD libFLAME | 3.0 AOCL | libflame/3.0-AOCL-GCC10 |
LAPACK | AMD libFLAME | 3.0.1 AOCL | libflame/3.0.1-AOCL-GCC11 |
LAPACK | Netlib LAPACK | 3.9, linked with BLIS 3.0 AOCL | lapack/3.9-BLIS-GCC10 |
LAPACK | Netlib LAPACK | 3.10, linked with BLIS 3.0.1 AOCL | lapack/3.10-BLIS-GCC10 |
scaLAPACK | AMD ScaLAPACK | 3.0, linked with BLIS 3.0.1 AOCL and LibFLAME 3.0.1 AOCL | scalapack/3.0-AOCL-BLIS-Libflame-GCC10 |
scaLAPACK | AMD ScaLAPACK | 3.0, linked with BLIS 3.0.1 AOCL and LAPACK 3.10 | scalapack/3.0-AOCL-BLIS-LAPACK-GCC10 |
scaLAPACK | Netlib ScaLAPACK | 2.1, linked with BLIS 3.0 AOCL and LibFLAME 3.0 AOCL | scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10 |
scaLAPACK | Netlib ScaLAPACK | 2.1, linked with BLIS 3.0 AOCL and LAPACK 3.9 | scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10 |
Eigenvalue Solvers | ELPA | 2020.11, linked with OneAPI MKL 2021.1 and CUDA 11.2 | elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11 |
Eigenvalue Solvers | ELPA | 2018.11, linked with OneAPI MKL 2021.1 and CUDA 11.2 | elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11 |
Penjelasan lebih lanjut untuk menggunakan AMD AOCL silahkan lihat Software HPC AMD.
Daftar Software NVIDIA (Global)
Kategori | Software | Versi | Nama Modul |
---|---|---|---|
CUDA Toolkit | NVIDIA CUDA & cuDNN | 11.2 & 8.1.1 | cuda |
Perlu diketahui bahwa CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung NVIDIA Ampere yang terpasang di GPU Node.
Daftar Software Python (Global)
Kategori | Software | Versi | Nama Modul |
---|---|---|---|
Python intepreter | Python2 | 2.7.5 | - (default OS) |
Python intepreter | Python3 | 3.6 | - (default OS) |
Python intepreter | Python3 | 3.8.6 | Python |
Anaconda | Anaconda 3 | 2020.11 (Python default 3.8.5) | Anaconda3/2020.11 |
Anaconda | Anaconda 3 | 2021.05 (Python default 3.8.8) | Anaconda3/2021.05 |
User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat Versi dan Instalasi Python.