Katalog Software ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(→‎Daftar Software Python (Global): menambah anaconda 2021.05)
Baris 1: Baris 1:
Halaman ini memuat daftar software esensial di HPC Aleleon Mk.II dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus.  
Halaman ini memuat daftar software esensial di HPC Aleleon Mk.II dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus.  
== '''Layanan Gratis Instalasi Software''' ==
== '''Layanan Gratis Instalasi Software''' ==
Admin EFISON memberikan '''layanan instalasi software gratis beserta optimasinya''' kepada user yang membutuhkan. '''Layanan instalasi tersebut mencakup:'''  
Admin EFISON memberikan '''layanan instalasi software gratis beserta optimasinya''' kepada user yang membutuhkan. '''Layanan instalasi tersebut mencakup:'''
 
* Instalasi software beserta optimasinya untuk HPC Aleleon Mk.II.
* Instalasi software beserta optimasinya untuk HPC Aleleon Mk.II.
* Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut.
* Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut.
* Membuat [[Module Environment|'''module environment''']] untuk software tersebut.
* Membuat [[Module Environment|'''module environment''']] untuk software tersebut.
* Untuk instalasi software komputasi diikuti dengan pembuatan tutorial untuk menjalankan software tersebut di HPC Aleleon Mk.II.
* Untuk instalasi software komputasi diikuti dengan pembuatan tutorial untuk menjalankan software tersebut di HPC Aleleon Mk.II.
'''Adapun persyaratan untuk layanan gratis instalasi software adalah:'''
'''Adapun persyaratan untuk layanan gratis instalasi software adalah:'''
* Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di HPC Aleleon Mk.II.
* Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di HPC Aleleon Mk.II.
* Tidak terdapat lisensi berbayar.
* Tidak terdapat lisensi berbayar.
* Software diinstal secara '''global''' dimana '''dapat diakses oleh semua user.'''
* Software diinstal secara '''global''' dimana '''dapat diakses oleh semua user.'''
User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email:
User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email:
  '''support@efisonlt.com'''
  '''[[/cdn-cgi/l/email-protection|[email protected]]]'''
 
== '''Menggunakan Software di HPC Aleleon Mk.II''' ==
== '''Menggunakan Software di HPC Aleleon Mk.II''' ==
User dapat menggunakan software global (dapat diakses oleh semua user) yang tercatat pada halaman ini melalui [[Module Environment|'''Module Environment''']]. Perhatikan kolom '''Nama Modul''' untuk menggunakan software tersebut melalui perintah module load.
User dapat menggunakan software global (dapat diakses oleh semua user) yang tercatat pada halaman ini melalui [[Module Environment|'''Module Environment''']]. Perhatikan kolom '''Nama Modul''' untuk menggunakan software tersebut melalui perintah module load.
== '''Instalasi Software Mandiri''' ==
== '''Instalasi Software Mandiri''' ==
User dapat melakukan instalasi software secara mandiri di Login Node dimana dapat digunakan untuk melakukan komputasi di Compute Node melalui manajemen SLURM.  
User dapat melakukan instalasi software secara mandiri di Login Node dimana dapat digunakan untuk melakukan komputasi di Compute Node melalui manajemen SLURM.  
Baris 37: Baris 31:
|Tidak ada secara default, user harus inisiasi PATH atau LIB sendiri.
|Tidak ada secara default, user harus inisiasi PATH atau LIB sendiri.
|}
|}
=='''Daftar Software Komputasi (Global)'''==
=='''Daftar Software Komputasi (Global)'''==
Tutorial mencakup dual hal: menjalankan software komputasi melalui SLURM dan parameter optimasi supaya software dapat berjalan dengan performa terbaik.
Tutorial mencakup dual hal: menjalankan software komputasi melalui SLURM dan parameter optimasi supaya software dapat berjalan dengan performa terbaik.
Baris 140: Baris 133:
|Pure MPI
|Pure MPI
|}
|}
== '''Daftar Compiler (Global)''' ==
== '''Daftar Compiler (Global)''' ==
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
Baris 173: Baris 165:
|'''cuda'''
|'''cuda'''
|}
|}
== '''Daftar Library Matematika (Global)''' ==
== '''Daftar Library Matematika (Global)''' ==
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
Baris 237: Baris 228:
|}
|}
Penjelasan lebih lanjut untuk menggunakan AMD AOCL silahkan lihat [[Software HPC AMD|'''Software HPC AMD''']].
Penjelasan lebih lanjut untuk menggunakan AMD AOCL silahkan lihat [[Software HPC AMD|'''Software HPC AMD''']].
== '''Daftar Software NVIDIA (Global)''' ==
== '''Daftar Software NVIDIA (Global)''' ==
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
Baris 251: Baris 241:
|}
|}
Perlu diketahui bahwa CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung NVIDIA Ampere yang terpasang di GPU Node.
Perlu diketahui bahwa CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung NVIDIA Ampere yang terpasang di GPU Node.
== '''Daftar Software Python (Global)''' ==
== '''Daftar Software Python (Global)''' ==
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
Baris 274: Baris 263:
|'''Python'''
|'''Python'''
|-
|-
|Python & R distribution
|Anaconda
|Anaconda 3
|Anaconda 3
|2020.11 (Python default 3.8.5)
|2020.11 (Python default 3.8.5)
|'''Anaconda3/2020.11'''
|'''Anaconda3/2020.11'''
|-
|Anaconda
|Anaconda 3
|2021.05 (Python default 3.8.8)
|'''Anaconda3/2021.05'''
|}
|}
User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat [[Versi dan Instalasi Python|'''Versi dan Instalasi Python''']].
User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat [[Versi dan Instalasi Python|'''Versi dan Instalasi Python''']].

Revisi per 4 Oktober 2021 08.31

Halaman ini memuat daftar software esensial di HPC Aleleon Mk.II dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus.

Layanan Gratis Instalasi Software

Admin EFISON memberikan layanan instalasi software gratis beserta optimasinya kepada user yang membutuhkan. Layanan instalasi tersebut mencakup:

  • Instalasi software beserta optimasinya untuk HPC Aleleon Mk.II.
  • Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut.
  • Membuat module environment untuk software tersebut.
  • Untuk instalasi software komputasi diikuti dengan pembuatan tutorial untuk menjalankan software tersebut di HPC Aleleon Mk.II.

Adapun persyaratan untuk layanan gratis instalasi software adalah:

  • Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di HPC Aleleon Mk.II.
  • Tidak terdapat lisensi berbayar.
  • Software diinstal secara global dimana dapat diakses oleh semua user.

User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email: 

[email protected]

Menggunakan Software di HPC Aleleon Mk.II

User dapat menggunakan software global (dapat diakses oleh semua user) yang tercatat pada halaman ini melalui Module Environment. Perhatikan kolom Nama Modul untuk menggunakan software tersebut melalui perintah module load.

Instalasi Software Mandiri

User dapat melakukan instalasi software secara mandiri di Login Node dimana dapat digunakan untuk melakukan komputasi di Compute Node melalui manajemen SLURM.

Terdapat dua metode bagi user untuk melakukan instalasi mandiri di Login Node:

Metode dan Tutorial Penjelasan Dukungan Module Environment
Menggunakan Easybuild Easybuild adalah software framework untuk melakukan instalasi software HPC secara otomatis dan efisien. Ya, melalui bawaan Easybuild.
Instalasi manual di HOME Instalasi manual dari user sendiri. Tidak ada secara default, user harus inisiasi PATH atau LIB sendiri.

Daftar Software Komputasi (Global)

Tutorial mencakup dual hal: menjalankan software komputasi melalui SLURM dan parameter optimasi supaya software dapat berjalan dengan performa terbaik.

Bidang Software dan

Tutorial Penggunaan

Versi Nama Modul Dukungan Hardware Dukungan MPI
Kimia Komputasi GROMACS 2021.1 gromacs CPU - GPU, parallel multi-node Hybrid MPI/OMP
Kimia Komputasi NWChem 7.0.2 nwchem CPU - GPU, parallel multi-node Pure MPI
Kimia Komputasi Quantum ESPRESSO 6.7 qe CPU, parallel multi-node Pure MPI
Statistika R 4.0.4 R CPU, single-node (default). RMPI CPU, parallel multi-node Ya melalui RMPI.
Kimia Komputasi GAMESS 2020.2 gamess CPU, parallel multi-node Pure MPI
Kimia Komputasi NAMD (CPU) 2.14 namd/2.14-GCC10-FFTW3F-UCX CPU, parallel multi-node Pure MPI
Kimia Komputasi NAMD (GPU) 2.14 namd/2.14-GCC10-FFTW3F-CUDA11 CPU - GPU, single-node Pure MPI
Kimia Komputasi ORCA 4.2.1 orca CPU, parallel multi-node Pure MPI
Machine Learning Tensorflow dengan Anaconda - - CPU & GPU -
IDE Jupyter Notebook - - CPU & GPU -
Pemodelan Tsunami COMCOT (GPU) 1.7 comcot/1.7gpu CPU - GPU, single-node -
Pemodelan Tsunami COMCOT (CPU) 1.7 comcot/1.7cpu CPU, single-node -
Fisika Komputasi PHASE/0 2020.01 phase0 CPU, parallel multi-node Pure MPI

Daftar Compiler (Global)

Kategori Compiler Versi dan optimasi Nama Modul
C/C++/Fortran GNU GCC (default OS) 9.3.1 RHEL - (default OS)
C/C++/Fortran GNU GCC 10.2.0 GCC/10.2.0
C/C++/Fortran GNU GCC 8.4.0 GCC/8.4.0
MPI OpenMPI 4.1.0, optimized for HPC Aleleon Mk.II openmpi
CUDA C/C++ NVIDIA CUDA Compiler 11.2 cuda

Daftar Library Matematika (Global)

Kategori Library Versi dan optimasi Nama Modul
BLAS OpenBLAS 0.3.13, TARGET=ZEN openblas
BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3 Intel MKL 2021.1.0.2659 oneapi
Accelerator math library AMD LibM 3.6 AOCL 2.2 LibM
BLAS AMD BLIS 3.0 AOCL blis
FFTW3 AMD FFTW 3.0 AOCL fftw
LAPACK AMD libFLAME 3.0 AOCL libflame
LAPACK Netlib LAPACK 3.9, LibFLAME optimized lapack
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, LibFLAME optimized scalapack
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, LAPACK optimized scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10
Eigenvalue Solvers ELPA 2020.11, Intel MKL + CUDA supported elpa
Eigenvalue Solvers ELPA 2018.11, Intel MKL + CUDA supported elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11

Penjelasan lebih lanjut untuk menggunakan AMD AOCL silahkan lihat Software HPC AMD.

Daftar Software NVIDIA (Global)

Kategori Software Versi Nama Modul
CUDA Toolkit NVIDIA CUDA & cuDNN 11.2 & 8.1.1 cuda

Perlu diketahui bahwa CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung NVIDIA Ampere yang terpasang di GPU Node.

Daftar Software Python (Global)

Kategori Software Versi Nama Modul
Python intepreter Python2 2.7.5 - (default OS)
Python intepreter Python3 3.6 - (default OS)
Python intepreter Python3 3.8.6 Python
Anaconda Anaconda 3 2020.11 (Python default 3.8.5) Anaconda3/2020.11
Anaconda Anaconda 3 2021.05 (Python default 3.8.8) Anaconda3/2021.05

User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat Versi dan Instalasi Python.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Katalog_Software_ALELEON_Supercomputer&oldid=255"