Katalog Software ALELEON Supercomputer

Dari ALELEON by EFISON

Revisi per 15 Maret 2022 05.41 oleh WilsonLisan (bicara | kontrib) (→‎Daftar Software Komputasi: membuat tabel dukungan hardware)
(beda) ← Revisi sebelumnya | Revisi terkini (beda) | Revisi selanjutnya → (beda)

Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus.

Layanan Gratis Instalasi Software dengan Optimasi

Admin EFISON memberikan layanan instalasi software gratis beserta optimasinya kepada user yang membutuhkan.

Daftar layanan instalasi gratis, persyaratan, dan langkah mengajukan layanan
Layanan mencakup:
  • Instalasi software beserta optimasinya untuk ALELEON Supercomputer.
  • Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut.
  • Pembuatan halaman tutorial pada wiki untuk menjalankan software tersebut di ALELEON Supercomputer.
Persyaratan layanan:
  • Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di ALELEON Supercomputer.
  • Software diinstal secara global dimana dapat diakses oleh semua user.
User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email support@efisonlt.com.

Daftar Software Komputasi

Software komputasi berikut dapat digunakan melalui Job Composer atau Interactive Apps EFIRO.

  • Untuk info tutorial penggunaan masing-masing software lihat:

Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan

Bidang Software Versi Dukungan Hardware
Kimia Komputasi GROMACS (CPU) 2021.1 multi-node CPU
Kimia Komputasi GROMACS (GPU) 2021.1 single-node GPU
Kimia Komputasi NWChem 7.0.2 multi-node CPU
Kimia Komputasi Quantum ESPRESSO 6.7

6.8

multi-node CPU
Statistika R 4.0.4,

4.1.0,

4.1.2

default: single-node CPU

multi-node CPU dengan coding RMPI

Kimia Komputasi GAMESS 2020.2 multi-node CPU
Kimia Komputasi NAMD (CPU) 2.14 multi-node CPU
Kimia Komputasi NAMD (GPU) 2.14 single-node GPU
Kimia Komputasi ORCA 4.2.1 multi-node CPU
Machine Learning TensorFlow - multi-node GPU & CPU

*dengan coding yang tepat

Pemodelan Tsunami COMCOT (CPU) 1.7 single-node CPU
Pemodelan Tsunami COMCOT (GPU) 1.7 single-node GPU
Fisika Komputasi PHASE/0 2021.01 multi-node CPU
MPI Program MPI umum - multi-node CPU & GPU
Python Program Python umum - default: single-node CPU & GPU

multi-node CPU & GPU dengan coding mpi4py

Daftar Compiler

User dapat mengaktifkan compiler yang akan digunakan melalui Module Environment. Perhatikan nama modul pada semua tabel.

Compiler GNU GCC (C/C++/Fortran)

Nama dan Versi Nama Modul
GCC 8.4.0 GCC/8.4.0
GCC 10.2.0 (DEFAULT) GCC/10.2.0
GCC 11.2.0 GCC/11.2.0

Compiler MPI (C/C++/Fortran)

Nama dan Versi Nama Modul
Open MPI 4.0.5 (GCC 9.3.0) OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0
Open MPI 4.0.5 (GCC 10.2.0) OpenMPI/4.0.5-GCC-10.2.0
Open MPI 4.1.0 (GCC 10.2.0) OpenMPI/4.1.0-GCC-10.2.0
Open MPI 4.1.1 (GCC 11.2.0) OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0

Compiler CUDA C/C++

Nama dan Versi Nama Modul
CUDA 11.2 cuda/11.2-cuDNN8.1.1

Daftar Library CPU Matematika

User dapat mengaktifkan library CPU matematika yang akan digunakan melalui Module Environment. Perhatikan nama modul pada semua tabel.

Library AMD Optimizing CPU Libraries (AOCL)

Kategori Nama dan Versi Nama Modul
Accelerated math library AOCL LibM 3.6
  • dari AOCL 2.2
LibM/3.6-AOCL2.2-GCC
Accelerated math library AOCL LibM 3.7 LibM/3.7-GCC11
BLAS AOCL BLIS 3.0 blis/3.0-AOCL-GCC10
BLAS AOCL BLIS 3.0.1 blis/3.0.1-AOCL-GCC11
FFTW3 AOCL FFTW 3.0 fftw/3.0-AOCL-GCC10
FFTW3 AOCL FFTW 3.0.1 fftw/3.0.1-AOCL-GCC11
LAPACK AOCL libFLAME 3.0 libflame/3.0-AOCL-GCC10
LAPACK AOCL libFLAME 3.0.1 libflame/3.0.1-AOCL-GCC11
scaLAPACK AMD ScaLAPACK 3.0, linked:
  • AOCL BLIS 3.0.1
  • AOCL libFLAME 3.0.1
scalapack/3.0-AOCL-BLIS-Libflame-GCC10
scaLAPACK AMD ScaLAPACK 3.0, linked:
  • AOCL BLIS 3.0.1
  • Netlib LAPACK 3.10
scalapack/3.0-AOCL-BLIS-LAPACK-GCC10

Library CPU Intel OneAPI MKL

Intel OneAPI MKL mengandung BLAS, LAPACK, scaLAPACK, dan FFTW3.

Nama dan Versi Nama Modul
OneAPI MKL 2021.1.0.2659 oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly
OneAPI MKL 2021.3.0.3219 oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly

Library CPU lainnya

Kategori Nama dan Versi Nama Modul
BLAS OpenBLAS 0.3.12 OpenBLAS/0.3.12-GCC-10.2.0
BLAS OpenBLAS 0.3.13 openblas/0.3.13-GCC10
LAPACK Netlib LAPACK 3.9, linked:
  • AMD BLIS 3.0
lapack/3.9-BLIS-GCC10
LAPACK Netlib LAPACK 3.10, linked:
  • AMD BLIS 3.0.1
lapack/3.10-BLIS-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • AOCL BLIS 3.0
  • AOCL libFLAME 3.0
scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • AOCL BLIS 3.0
  • Netlib LAPACK 3.9
scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10

Eigenvalue Solvers

Nama dan Versi Nama Modul
ELPA 2020.11, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2018.11, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11

Daftar Software NVIDIA

Nama dan Versi Nama Modul
CUDA Toolkit 11.2
  • dan cuDNN 8.1.1
cuda/11.2-cuDNN8.1.1

Note:

CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung GPU NVIDIA yang terpasang di Compute Node dan Interactive Node GPU (Partisi gpu_ampere dan tilla).

Daftar Software Python dan Anaconda

Nama dan Versi Nama Modul
Python 2.7.5 - (default OS)
Python 3.6 - (default OS)
Python 3.8.6 Python/3.8.6-GCCcore-10.2.0
Anaconda 3 2020.11
  • Python default 3.8.5
Anaconda3/2020.11
Anaconda 3 2021.05
  • Python default 3.8.8
Anaconda3/2021.05

User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat Versi dan Instalasi Python.