Module Environment

User dapat menggunakan software (compiler / library / framework) yang terinstal di HPC Aleleon Mk.II melalui Module Environment. Module Environment adalah set modul yang berisikan alur PATH atau LIB untuk mengaktifkan software tertentu.

Perintah Module Environment

Berikut adalah daftar perintah esensial untuk menggunakan Module Environment:

Perintah	Penjelasan
$ module load <x>	Memuat modul <x>. User dapat memuat banyak modul sekaligus dengan: $ module load <x> <y> <z>
$ module unload <x>	Melepas modul <x>. User juga dapat melepas banyak modul sekaligus seperti contoh diatas.
$ module list	Melihat modul yang aktif pada saat itu.
$ module purge	Melepas semua modul yang aktif.
$ module av	Melihat semua module yang tersedia di HPC Aleleon Mk.II
$ module av <keyword>	Mencari modul melalui nama / keyword. Contoh: mencari module yang mengandung kata 'intel' $ module av intel
$ module switch <x> <y>	Mengganti modul <x> menjadi <y>. Contoh: user ingin mengganti module 'intelmpi' yang sedang aktif dengan modul 'openmpi': $ module switch intelmpi openmpi

Daftar Module Environment

Selain perintah module av, user dapat melihat daftar modul yang sudah dirangkum oleh admin EFISON pada Software di HPC Aleleon Mk.II.

Contoh Penggunaan Module Environment

Pada contoh dibawah ini, user ingin menggunakan OpenMPI dan Intel MKL.

• Secara default, sistem tidak memuat OpenMPI dan Intel MKL:

[ale01@login ~]$ which mpicc
/usr/bin/which: no mpicc in (/usr/local/bin:/opt/rh/devtoolset-9/root/usr/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/home/ale01/.local/bin:/home/ale01/bin)
[ale01@login ~]$ echo $MKLROOT

• User memuat modul OpenMPI dan Intel MKL (dengan nama modul 'openmpi' dan 'oneapi') dengan perintah module load:

[ale01@login ~]$ module load openmpi oneapi

• Sekarang software OpenMPI dan Intel MKL sudah aktif dan siap digunakan.

[ale01@login ~]$ which mpicc
/comp/intel/oneapi/mpi/2021.1.1/bin/mpicc
[ale01@login ~]$ echo $MKLROOT
/comp/intel/oneapi/mkl/latest

• User dapat melakukan konfirmasi dengan perintah module list untuk melihat modul apa saja yang aktif. Pada contoh ini terlihat banyak modul yang aktif karena modul openmpi memuat modul pendukung lainnya supaya OpenMPI berjalan dengan baik.

[ale01@login ~]$ module list

Currently Loaded Modules:
  1) GCCcore/10.2.0                  6) XZ/5.2.5-GCCcore-10.2.0           11) UCX/1.9.0-GCCcore-10.2.0
  2) zlib/1.2.11-GCCcore-10.2.0      7) libxml2/2.9.10-GCCcore-10.2.0     12) libfabric/1.11.0-GCCcore-10.2.0
  3) binutils/2.35-GCCcore-10.2.0    8) libpciaccess/0.16-GCCcore-10.2.0  13) PMIx/3.1.5-GCCcore-10.2.0
  4) GCC/10.2.0                      9) hwloc/2.2.0-GCCcore-10.2.0        14) openmpi/4.1.0-GCC-10.2.0
  5) numactl/2.0.13-GCCcore-10.2.0  10) libevent/2.1.12-GCCcore-10.2.0    15) oneapi/2021.1.0.2659-BaseKit

• Untuk melepas semua modul yang aktif, gunakan perintah module purge kemudian lihat dengan module list bahwa tidak ada lagi modul yang aktif.

[ale01@login ~]$ module purge
[ale01@login ~]$ module list
No modules loaded

Module Environment di SLURM Submission Script

User dapat memuat modul di SLURM Submission Script untuk menjalankan komputasi di Compute Node. Module load pada SLURM Submission Script bertujuan supaya Compute Node dapat menjalankan software yang dibutuhkan oleh komputasi user. Berikut adalah contoh SLURM Submission Script yang mengandung perintah module load.

#!/bin/bash

#SBATCH --ntasks=64
#SBATCH --mem=8GB
#SBATCH --time=1:00:00
#SBATCH --output=result-%j.out
#SBATCH --error=result-%j.err

# MODULE
module load openmpi

# RUN COMMAND
mpirun -np 16 --mca pml ucx --mca osc ucx ./hellompi