PHASE/0: Perbedaan antara revisi

Revisi per 12 Januari 2024 09.12

PHASE/0 adalah program untuk menghitung struktur elektronik yang berbasis DFT (density functional theory) dan skema pseudopotensial. Program ini dapat memperkirakan ciri fisik dari material yang tidak ditemukan dalam percobaan apapun dengan ketepatan tinggi.

Modul PHASE/0

Berikut adalah detail versi PHASE/0 yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul PHASE/0 untuk phase
Versi	Nama modul software	Dukungan hardware
Versi	Nama modul software	CPU	GPU	OMP Threading	MPI multi-node
2021.01	phase0/2021.01-3D-GCC10-MKL-FFTW3-LibM	V	-	-	V
2021.02	phase0/2021.02-3D-GCC11-MKL-FFTW3-LibM	V	-	-	V

Modul PHASE/0 untuk ekcal
Versi	Nama modul software	Dukungan hardware
Versi	Nama modul software	CPU	GPU	OMP Threading	MPI multi-node
2021.02	phase0/2021.02-3D-GCC11-MKL-FFTW3-LibM	V	-	-	V

Menjalankan PHASE/0

User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO (klik expand atau kembangkan).

Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)

Langkah Menjalankan PHASE/0 di Terminal

0

=====Login SSH=====

Tatacara login SSH lihat laman Login SSH ALELEON Supercomputer.

1

Menyiapkan File Komputasi

Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:

File input dan data komputasi.
- User dapat upload / download file ke ALELEON dengan software FTP.
Membuat SLURM Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
- Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh my_job_submission.sh

$ mkdir kerjaanskripsi
$ cd kerjaanskripsi
$ nano my_job_submission.sh

... upload / menyiapkan / edit input dan data komputasi ...

2

Template SLURM Submit Script PHASE/0

Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.

Template SLURM Submit Script untuk PHASE/0 versi phase

#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# PHASE/0 | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Memuat modul software PHASE/0
# Daftar modul lihat subbab "Modul PHASE/0" di atas 
module load phase0////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan PHASE/0
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} phase

Template SLURM Submit Script untuk PHASE/0 versi ekcal

#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# PHASE/0 ekcal | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Memuat modul software PHASE/0
# Daftar modul lihat subbab "Modul PHASE/0" di atas 
module load phase0////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan PHASE/0
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} ekcal

Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk PHASE/0

Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
Skenario Komputasi	ntasks (CPU)	mem (RAM)	gpus (GPU)	time (time limit)
Fair policy usage untuk akumulasi semua job¹	128	128GB	2	3-00:00:00 atau 72:00:00
PHASE/0 versi CPU²	384	240GB²	0
PHASE/0 versi CPU di high-mem node Tambahkan `#SBATCH --nodelist=epyc001`	128	500GB	0
Keterangan: Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer. User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih. Info detail buka laman Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer PHASE/0 mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128: SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node. Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node. Info detail buka laman MPI ALELEON Supercomputer.
Keterangan tambahan
Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour: SLURM akan menahan job apabila: ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user. gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user. Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah: $ sausage Info SBATCH lebih detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer

3

Menjalankan Job Komputasi

Jalankan job dengan perintah sbatch.

$ sbatch <nama-SLURM-Submit-script>

Contoh menjalankan nama script my_job_submission.sh.

$ sbatch my_job_submission.sh

4A

User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.

Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.

$ squeue -ul $USER

Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:

Daftar STATE squeue SLURM
STATE	Kepanjangan	Penjelasan
R	RUN	Job berjalan
PD	PENDING	Job tertahan, lihat keterangan NODELIST(REASON)
CG	COMPLETING	Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
CA	CANCELED	Job dibatalkan oleh user
PR	PREEMPETED	Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
S	SUSPENDED	Job ditahan oleh admin EFISON

4B

Menghentikan Job Komputasi

Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.

Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.

$ scancel <job-ID-submission-user>

Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.

$ scancel 231

Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)

Langkah Menjalankan PHASE/0 di Web EFIRO

0

Login Web EFIRO

User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer.
Buka alamat web http://aleleon.ood lalu masukkan username dan password user.
- Bagi user Linux, buka alamat http://10.192.50.11

1

Membuka Job Composer dan Memilih Template Job

Buka menu Jobs > Jobs Composer pada dashboard EFIRO.
Pilih New Job > From Template

Menu Jobs > Jobs Composer

Menu New Jobs > From Template

2

PIlih template PHASE/0 yang diinginkan.
Isi atau ganti kolom Job Name sesuai keinginan user.
Apabila sudah selesai, klik Create New Job.

Template PHASE/0 yang tersedia
Nama Template	Penjelasan
PHASE/0 2021.01	Menjalankan PHASE/0 2021.01
PHASE/0 2021.02	Menjalankan PHASE/0 2021.02
PHASE/0 2021.02 ekcal	Menjalankan PHASE/0 2021.02 dengan ekcal

3

Menyiapkan File Komputasi

Gunakan menu Edit Files untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.

Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas 2GB per file.
- Gunakan aplikasi FTP untuk upload file tunggal diatas 2GB.

4

Melengkapi Submit Script

Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.

Lengkapi Submit Script melalui menu Open Editor.
Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
Jangan lupa klik Save setiap sekali mengubah script.

Panduan Nilai Maksimal SBATCH

Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
Skenario Komputasi	ntasks (CPU)	mem (RAM)	gpus (GPU)	time (time limit)
Fair policy usage untuk akumulasi semua job¹	128	128GB	2	3-00:00:00 atau 72:00:00
PHASE/0 versi CPU²	384	240GB²	0
PHASE/0 versi CPU di high-mem node Tambahkan `#SBATCH --nodelist=epyc001`	128	500GB	0
Keterangan: Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer. User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih. Info detail buka laman Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer PHASE/0 mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128: SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node. Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node. Info detail buka laman MPI ALELEON Supercomputer.
Keterangan: Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer. User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih. Info detail buka laman Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer PHASE/0 mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128: SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node. Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node. Info detail buka laman MPI ALELEON Supercomputer. Berdasarkan rekomendasi dokumentasi PHASE/0.
Keterangan tambahan
Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour: SLURM akan menahan job apabila: ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user. gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user. Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu `Open Terminal` dan jalankan perintah: $ sausage Info SBATCH lebih detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer

5

Menjalankan Job Komputasi

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Status Arti

Not Submitted Job belum pernah dijalankan.

Running Job berjalan.

Queue

Job mengantri dan belum berjalan.

Langkah melihat status job ketika queue
Buka `Jobs > Active Jobs` pada dashboard EFIRO. Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini Halaman Active Jobs. Ubah opsi `Your jobs` untuk melihat status job user saja. Klik simbol > untuk melihat status job pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.

Completed Job selesai berjalan.

Failed Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

Menghentikan Job Komputasi

Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop.

6A

Melihat Output Komputasi

User dapat melihat output file komputasi pada kolom Folder Contents

Atau dengan membuka Edit Files

Kolom Folder Contents.

6B User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama dengan mengklik kembali tombol Submit.

Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email

SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:

#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user> 
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL

SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:

BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:

support@efisonlt.com

Article tools

Perkakas pribadi

Navigasi

Perkakas

PHASE/0: Perbedaan antara revisi

Revisi per 12 Januari 2024 09.12

Daftar isi

Modul PHASE/0

Menjalankan PHASE/0

Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)

Menyiapkan File Komputasi

Template SLURM Submit Script PHASE/0

Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk PHASE/0

Menjalankan Job Komputasi

Menghentikan Job Komputasi

Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)

Login Web EFIRO

Membuka Job Composer dan Memilih Template Job

Menyiapkan File Komputasi

Melengkapi Submit Script

Panduan Nilai Maksimal SBATCH

Menjalankan Job Komputasi

Menghentikan Job Komputasi

Melihat Output Komputasi

Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email

Pelaporan Kendala dan Support

@@ Baris 2: / Baris 2: @@
 '''[https://azuma.nims.go.jp/ PHASE/0]''' adalah program untuk menghitung struktur elektronik yang berbasis DFT (density functional theory) dan skema pseudopotensial. Program ini dapat memperkirakan ciri fisik dari material yang tidak ditemukan dalam percobaan apapun dengan ketepatan tinggi.
-=='''Versi yang Tersedia'''==
+=='''Modul PHASE/0'''==
+Berikut adalah detail versi PHASE/0 yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
 {| class="wikitable"
-!Versi
+|+Modul PHASE/0 untuk phase
-!Dukungan MPI
+! rowspan="2" |Versi
-!Dukungan Hardware
+! rowspan="2" |Nama modul software
+! colspan="4" |Dukungan hardware
 |-
-|2020.01
+!CPU
-|Pure MPI
+!GPU
-|CPU, multi-node
+!OMP
+Threading
+!MPI
+multi-node
+|-
+|2021.01
+|phase0/2021.01-3D-GCC10-MKL-FFTW3-LibM
+|V
+| -
+| -
+|V
+|-
+|2021.02
+|phase0/2021.02-3D-GCC11-MKL-FFTW3-LibM
+|V
+| -
+| -
+|V
 |}
-== '''Menjalankan PHASE/0 di Job Composer''' ==
 {| class="wikitable"
+|+Modul PHASE/0 untuk ekcal
+! rowspan="2" |Versi
+! rowspan="2" |Nama modul software
+! colspan="4" |Dukungan hardware
+|-
+!CPU
+!GPU
+!OMP
+Threading
+!MPI
+multi-node
+|-
+|2021.02
+|phase0/2021.02-3D-GCC11-MKL-FFTW3-LibM
+|V
+| -
+| -
+|V
+|}
+=='''Menjalankan PHASE/0'''==
+User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO ''(klik expand atau kembangkan)''.
+===Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)===
+{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
+! colspan="2" |Langkah Menjalankan PHASE/0 di Terminal
+[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]
+|-
+|'''0'''
+|=====Login SSH=====
+Tatacara login SSH lihat laman [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_|_Login_SSH '''Login SSH ALELEON Supercomputer'''].
+|-
 |'''1'''
-|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>'''
+|
+=====Menyiapkan File Komputasi=====
+Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:
+*File input dan data komputasi.
+**User dapat upload / download file ke ALELEON dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
+*Membuat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
+**Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
+ $ mkdir kerjaanskripsi
+ $ cd kerjaanskripsi
+ $ nano my_job_submission.sh
+ ''... upload / menyiapkan / edit input dan data komputasi ...''
+|-
+| rowspan="2" |'''2'''
+|
+=====Template SLURM Submit Script PHASE/0=====
+Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.
+{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
+!Template SLURM Submit Script untuk PHASE/0 versi phase
+|-
+|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
+#!/bin/bash
+# -----------------------------------------------------
+# Template SLURM Submit Script
+# PHASE/0 | rev.080124
+#
+# NOTES:
+# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
+# 2. Template ini bersifat referensi.
+#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
+# -----------------------------------------------------
+# -----------------------------------------------------
+# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
+# -----------------------------------------------------
+# Alokasi jumlah core thread CPU
+#SBATCH --ntasks=////
-[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
+# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
+#SBATCH --mem=////GB
+# Alokasi limit waktu menjalankan job
+# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
+#SBATCH --time=////
+# Definisi file untuk menampung output terminal program
+#SBATCH --output=result-%j.txt
+# Definisi file untuk menampung output error log
+#SBATCH --error=error-%j.txt
+# Memuat modul software PHASE/0
+# Daftar modul lihat subbab "Modul PHASE/0" di atas
+module load phase0////
+# ----------------------------------------------------
+# Script jalannya program
+# ----------------------------------------------------
+# Perintah menjakankan PHASE/0
+mpirun -np ${SLURM_NTASKS} phase
+</syntaxhighlight>
+|}
+{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
+!Template SLURM Submit Script untuk PHASE/0 versi ekcal
 |-
-|'''2'''
+|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
-|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>'''
+#!/bin/bash
+# -----------------------------------------------------
+# Template SLURM Submit Script
+# PHASE/0 ekcal | rev.080124
+#
+# NOTES:
+# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
+# 2. Template ini bersifat referensi.
+#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
+# -----------------------------------------------------
+# -----------------------------------------------------
+# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
+# -----------------------------------------------------
+# Alokasi jumlah core thread CPU
+#SBATCH --ntasks=////
+# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
+#SBATCH --mem=////GB
+# Alokasi limit waktu menjalankan job
+# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
+#SBATCH --time=////
+# Definisi file untuk menampung output terminal program
+#SBATCH --output=result-%j.txt
+# Definisi file untuk menampung output error log
+#SBATCH --error=error-%j.txt
+# Memuat modul software PHASE/0
+# Daftar modul lihat subbab "Modul PHASE/0" di atas
+module load phase0////
+# ----------------------------------------------------
+# Script jalannya program
+# ----------------------------------------------------
+# Perintah menjakankan PHASE/0
+mpirun -np ${SLURM_NTASKS} ekcal
+</syntaxhighlight>
+|}
+|-
+|
+=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk PHASE/0=====
+{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
+! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
+|-
+!Skenario Komputasi
+!ntasks
+(CPU)
+!mem
+(RAM)
+!gpus
+(GPU)
+!time
+(time limit)
+|-
+|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
+|128
+|128GB
+|2
+| rowspan="3" |3-00:00:00
+atau
-[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]
+:00:00
+|-
+|PHASE/0 versi CPU''<sup>2</sup>''
+|384
+|240GB''<sup>2</sup>''
+|0
+|-
+|PHASE/0 versi CPU di high-mem node
+*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
+|128
+|500GB
+|0
+|-
+| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
+#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
+#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
+#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
+#PHASE/0 mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
+#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
+#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
+#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
+|-
+! colspan="5" |Keterangan tambahan
+|-
+| colspan="5" |
+*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
+**SLURM akan menahan job apabila:
+***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
+***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
+**Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah:
+ $ '''sausage'''
+*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
+|}
 |-
 |'''3'''
 |
-=== '''Memilih Template PHASE/0''' ===
+=====Menjalankan Job Komputasi=====
-[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template PHASE/0 yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>. |pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
+Jalankan job dengan perintah sbatch.
+ $ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
+Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
+ $ sbatch my_job_submission.sh
+|-
+|'''4A'''
+|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
+*Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
+ $ '''squeue -ul $USER'''
+Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
 {| class="wikitable"
-|+Template PHASE/0
+|+Daftar STATE squeue SLURM
-! Nama Template
+!STATE
+!Kepanjangan
 !Penjelasan
 |-
-|PHASE/0 2020.01
+|R
-|Menjalankan PHASE/0 versi 2020.01
+|RUN
+|Job berjalan
+|-
+|PD
+|PENDING
+|Job tertahan, lihat keterangan [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
+|-
+|CG
+|COMPLETING
+|Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
+|-
+|CA
+|CANCELED
+|Job dibatalkan oleh user
+|-
+|PR
+|PREEMPETED
+|Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
+|-
+|S
+|SUSPENDED
+|Job ditahan oleh admin EFISON
 |}
 |-
-| rowspan="2" |'''4'''
+|'''4B'''
+|
+=====Menghentikan Job Komputasi=====
+Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
+*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
+*User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
+ $ '''scancel <''job-ID-submission-user''>'''
+Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.
+ $ scancel 231
+|}
+===Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)===
+{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
+! colspan="2" |Langkah Menjalankan PHASE/0 di Web EFIRO
+[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|500x500px]]
+|-
+|'''0'''
+|
+=====Login Web EFIRO=====
+*[[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
+*Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>'''  lalu masukkan username dan password user.
+**Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
+|-
+|'''1'''
 |
-=== '''Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job''' ===
+=====Membuka Job Composer dan Memilih Template Job=====
-[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
+*Buka menu '''<code>Jobs</code>''' > '''<code>Jobs Composer</code>''' pada dashboard EFIRO.
-*Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.'''
+*Pilih '''<code>New Job</code>''' > '''<code>From Template</code>'''
-**Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
+[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|Menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''']][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|220x220px|Menu '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''']]
+|-
+|'''2'''
+|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|nirbing|600x600px]]
+*PIlih template PHASE/0 yang diinginkan.
+*Isi atau ganti kolom '''<code>Job Name</code>''' sesuai keinginan user.
+*Apabila sudah selesai, klik '''<code>Create New Job</code>'''.
+{| class="wikitable"
+! colspan="2" |Template PHASE/0 yang tersedia
+|-
+!Nama Template
+!Penjelasan
+|-
+|PHASE/0 2021.01
+|Menjalankan PHASE/0 2021.01
+|-
+|PHASE/0 2021.02
+|Menjalankan PHASE/0 2021.02
 |-
-|''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.''
+|PHASE/0 2021.02 ekcal
+|Menjalankan PHASE/0 2021.02 dengan ekcal
+|}
 |-
-|'''5A'''
+|'''3'''
 |
-==='''Melengkapi Submit Script Template'''===
+=====Menyiapkan File Komputasi=====
-[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
+[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]
-Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).
+Gunakan menu <code>'''Edit Files'''</code> untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.
-*'''''Jangan lupa klik <code>Save</code> setiap sekali mengubah script.'''''
+*Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
+*Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas '''2GB per file'''.
+**Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] untuk upload file tunggal diatas 2GB.
 |-
-| rowspan="2" |'''5B'''
+| rowspan="2" |'''4'''
 |
-=== '''Panduan lengkap mengisi Submit Script:''' ===
+=====Melengkapi Submit Script=====
-[[Berkas:Wiki-14edit.jpg|al=SLURM Script ALELEON Supercomputer|1000x1000px |link=Submit Script ALELEON Supercomputer ]]
+Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.
+*Lengkapi Submit Script melalui menu '''<code>Open Editor</code>'''.
+*Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
+*Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.
+[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px]]
 |-
 |
-=== '''Fitur MPI pada PHASE/0''' ===
+=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH=====
-PHASE/0 menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
+{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
+! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
+|-
+!Skenario Komputasi
+!ntasks
+(CPU)
+!mem
+(RAM)
+!gpus
+(GPU)
+!time
+(time limit)
+|-
+|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
+|128
+|128GB
+|2
+| rowspan="3" |3-00:00:00
+atau
-* [https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node''']
+:00:00
-**User dapat menjalankan PHASE/0 hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
-**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
 |-
-| rowspan="3" |'''6'''
+|PHASE/0 versi CPU''<sup>2</sup>''
+|384
+|240GB''<sup>2</sup>''
+|0
+|-
+|PHASE/0 versi CPU di high-mem node
+*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
+|128
+|500GB
+|0
+|-
+| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
+#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
+#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
+#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
+#PHASE/0 mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
+#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
+#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
+#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
+|-
+| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
+#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
+#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
+#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
+#PHASE/0 mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
+#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
+#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
+#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
+#Berdasarkan rekomendasi dokumentasi PHASE/0.
+|-
+! colspan="5" |Keterangan tambahan
+|-
+| colspan="5" |
+*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
+**SLURM akan menahan job apabila:
+***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
+***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
+**Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu '''<code>Open Terminal</code>''' dan jalankan perintah:
+ $ '''sausage'''
+[[Berkas:Jcjoboption4.png|nirbing|600x600px]]
+*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
+|}
+|-
+|'''5'''
 |
-==='''Menjalankan Job''' ===
+=====Menjalankan Job Komputasi=====
 Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
-[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
+[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
-|-
-|Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':'''
 {| class="wikitable"
+|+''Penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''
 !Status
 !Arti
@@ Baris 88: / Baris 432: @@
 |Queue
 |Job mengantri dan belum berjalan.
+{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
+!Langkah melihat status job ketika queue
+|-
+|Buka <code>'''Jobs > Active Jobs'''</code> pada dashboard EFIRO.
+*Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini
+[[Berkas:Efiroqueueedit.png|al=|jmpl|''Halaman Active Jobs. Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status  job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].'''''|kiri]]
+|}
 |-
 |Completed
@@ Baris 93: / Baris 444: @@
 |-
 |Failed
-|Job berhenti di tengah jalan,
+|Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
-Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
 |}
-|-
+=====Menghentikan Job Komputasi=====
-|
+Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''<code>Stop</code>'''.
-=== Stop atau Cancel Job ===
-Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''.
 [[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]
 |-
-|'''7A'''
+|'''6A'''
 |
-==='''Melihat hasil job yang selesai'''===
+=====Melihat Output Komputasi=====
-Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''. |pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
+User dapat melihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
+*Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>'''
+[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]]
 |-
-|'''7B'''
+|'''6B'''
-|
+|User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' dengan mengklik kembali tombol '''<code>Submit</code>'''.
-=== '''Submit Ulang Job''' ===
-User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan '''mengklik kembali tombol <code>Submit</code>'''.
 |}
+=='''Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email'''==
+SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:<syntaxhighlight lang="bash">
+#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
+#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL
+</syntaxhighlight>SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:
+*BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
+*END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
+*FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
+*TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
+*TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.
+=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
+Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
+[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]
+---
+Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:
+ '''support@efisonlt.com'''