Quantum ESPRESSO: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(major paraphrasing)
Baris 6: Baris 6:
!Versi
!Versi
!Nama Modul
!Nama Modul
!Dukungan MPI
!Dukungan Hardware
!Dukungan Hardware
!Partisi
!Partisi
Baris 11: Baris 12:
|6.7
|6.7
|qe
|qe
|Pure MPI
|CPU, parallel multi-node
|CPU, parallel multi-node
|epyc
|epyc
Baris 16: Baris 18:


== '''SLURM Submission Script''' ==
== '''SLURM Submission Script''' ==
User harus menggunakan Scheduler SLURM untuk menjalankan komputasi Quantum ESPRESSO di Compute Node. User dapat menjalankan Quantum ESPRESSO dengan satu node atau paralel (lebih dari satu node) untuk performa lebih kencang.
User harus menggunakan [[Manajemen SLURM Aleleon|'''manajemen SLURM''']] untuk menjalankan komputasi Quantum ESPRESSO di Compute Node. User dapat menjalankan Quantum ESPRESSO dengan satu node atau paralel (lebih dari satu node) untuk performa lebih kencang.


=== Satu Node ===
=== '''Satu Node CPU''' ===
Contoh menggunakan 64 core CPU dan RAM 128GB.
Contoh berikut untuk menjalankan Quantum ESPRESSO pada satu node CPU.
  #!/bin/bash
  #!/bin/bash
   
   
  #SBATCH --ntasks=64
  #SBATCH --ntasks=64               # Contoh menggunakan 64 core CPU
  #SBATCH --mem=128GB
  #SBATCH --mem=128GB              # Contoh menggunakan RAM 128GB
  #SBATCH --time=10:00:00
  #SBATCH --time=10:00:00           # Contoh menetapkan walltime maks 10 jam
  #SBATCH --output=result-%j.out
  #SBATCH --output=result-%j.out   # Output terminal program
  #SBATCH --error=result-%j.err
  #SBATCH --error=result-%j.err     # Output verbose program
   
   
  # MODULE
  # Memuat modul Quantum ESPRESSO
  module load qe
  module load qe
   
   
  # RUN COMMAND
  # RUN COMMAND
  # mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
  # mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
  mpirun -np 64 --mca pml ucx --mca osc ucx pw.x -input <file_input>
   
'''mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx pw.x -input''' <file_input>


=== Banyak Node ===
=== '''Multi Node CPU''' ===
Contoh menggunakan 2 node, masing-masing 64 core CPU dan RAM 128GB.
Contoh berikut untuk menjalankan Quantum ESPRESSO pada lebih dari satu node CPU.
  #!/bin/bash
  #!/bin/bash
   
   
  #SBATCH --nodes=2
  #SBATCH --nodes=2               # Contoh menggunakan 2 node ...
  #SBATCH --ntasks-per-node=64
  #SBATCH --ntasks-per-node=128    # dengan 128 core per node.
  #SBATCH --mem=128GB
                                  # Maka dari itu total menggunakan 256 core CPU
  #SBATCH --time=10:00:00
  #SBATCH --mem=128GB             # Contoh menggunakan RAM 128GB per node
  #SBATCH --output=result-%j.out
  #SBATCH --time=10:00:00         # Contoh menggunakan walltime maks 10 jam
  #SBATCH --error=result-%j.err
  #SBATCH --output=result-%j.out   # Output terminal program
  #SBATCH --error=result-%j.err   # Output verbose program
   
   
  # MODULE
  # Memuat modul Quantum ESPRESSO
  module load qe
  module load qe
   
   
  # RUN COMMAND
  # RUN COMMAND
  # mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
  # mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
  # Total proses MPI = ntasks per node X nodes
  # $SLURM_NTASKS menangkap total proses MPI (nodes * ntasks-per-node)
  mpirun -np 128 --mca pml ucx --mca osc ucx pw.x -input <file_input>
  '''mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx pw.x -input''' <file_input>

Revisi per 13 September 2021 08.44

Software Quantum ESPRESSO

Quantum ESPRESSO adalah framework suite untuk kalkulasi electronic-structure dan modeling material berdasarkan density-functional theory, plane waves, dan pseudopotentials.

Versi yang Tersedia

Versi Nama Modul Dukungan MPI Dukungan Hardware Partisi
6.7 qe Pure MPI CPU, parallel multi-node epyc

SLURM Submission Script

User harus menggunakan manajemen SLURM untuk menjalankan komputasi Quantum ESPRESSO di Compute Node. User dapat menjalankan Quantum ESPRESSO dengan satu node atau paralel (lebih dari satu node) untuk performa lebih kencang.

Satu Node CPU

Contoh berikut untuk menjalankan Quantum ESPRESSO pada satu node CPU. 

#!/bin/bash

#SBATCH --ntasks=64               # Contoh menggunakan 64 core CPU
#SBATCH --mem=128GB               # Contoh menggunakan RAM 128GB
#SBATCH --time=10:00:00           # Contoh menetapkan walltime maks 10 jam
#SBATCH --output=result-%j.out    # Output terminal program
#SBATCH --error=result-%j.err     # Output verbose program

# Memuat modul Quantum ESPRESSO
module load qe

# RUN COMMAND
# mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX

mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx pw.x -input <file_input>

Multi Node CPU

Contoh berikut untuk menjalankan Quantum ESPRESSO pada lebih dari satu node CPU. 

#!/bin/bash

#SBATCH --nodes=2                # Contoh menggunakan 2 node ...
#SBATCH --ntasks-per-node=128    # dengan 128 core per node.
                                 # Maka dari itu total menggunakan 256 core CPU
#SBATCH --mem=128GB              # Contoh menggunakan RAM 128GB per node
#SBATCH --time=10:00:00          # Contoh menggunakan walltime maks 10 jam
#SBATCH --output=result-%j.out   # Output terminal program
#SBATCH --error=result-%j.err    # Output verbose program

# Memuat modul Quantum ESPRESSO
module load qe

# RUN COMMAND
# mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
# $SLURM_NTASKS menangkap total proses MPI (nodes * ntasks-per-node)

mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx pw.x -input <file_input>
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Quantum_ESPRESSO&oldid=231"