Quantum ESPRESSO: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(mengubah separator dan penomoran step)
(menyesuaikan format penulisan baru)
Baris 18: Baris 18:
|}
|}


== '''Menjalankan Quantum ESPRESSO''' ==
== '''Menjalankan Quantum ESPRESSO di Job Composer''' ==
User menjalankan Quantum ESPRESSO pada '''Job Composer''' EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer
User menjalankan Quantum ESPRESSO pada '''Job Composer''' EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer


[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|400x400px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|400x400px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]


---
== '''Memilih template Quantum ESPRESSO'''==
 
=== 1. Memilih template Quantum ESPRESSO===
*Klik '''New Jobs > From Template.'''
* Pilih template Quantum ESPRESSO yang dibutuhkan.
*isi '''Job Name''' sesuai keinginan user kemudian klik '''Create New Job'''.
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|200x200px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]
 
---
 
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Template Quantum ESPRESSO yang tersedia
|+Template Quantum ESPRESSO yang tersedia
Baris 45: Baris 35:
|Template standar QE versi 6.8
|Template standar QE versi 6.8
|}
|}
*Klik '''New Jobs > From Template.'''
* Pilih template Quantum ESPRESSO yang dibutuhkan.
*isi '''Job Name''' sesuai keinginan user kemudian klik '''Create New Job'''.
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|200x200px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]
---
---
===2. Mempersiapkan file input Quantum ESPRESSO===
 
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
=='''Mempersiapkan file input Quantum ESPRESSO'''==
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
*User dapat melakukan '''upload, editing, dan rename file input Quantum ESPRESSO''' melalui menu '''Edit Files.'''
*User dapat melakukan '''upload, editing, dan rename file input Quantum ESPRESSO''' melalui menu '''Edit Files.'''
*Taruh input file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-qe.sh.'''
*Taruh input file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-qe.sh.'''
---
=='''Melengkapi Submit Script Template'''==
===3. Melengkapi Submit Script Template===
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]


Baris 57: Baris 54:
** Parameter SBATCH.
** Parameter SBATCH.
** Nama file input Quantum ESPRESSO.
** Nama file input Quantum ESPRESSO.
* Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:


* Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script.
[[Berkas:Save.png|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Save.png]]
---
===Panduan lengkap mengisi Submit Script===
[[Berkas:Wiki-14.jpg|1000x1000px|link=SLURM Script ALELEON Supercomputer |alt=SLURM Script ALELEON Supercomputer ]]
[[Berkas:Wiki-14.jpg|1000x1000px|link=SLURM Script ALELEON Supercomputer |alt=SLURM Script ALELEON Supercomputer ]]


[[Berkas:Jcsaveedit.png|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsaveedit.png|al=]]
'''Note:''' Submit Script pada dasarnya adalah '''SLURM Script''' karena ALELEON Supercomputer menggunakan manajemen SLURM untuk menjalankan job di Compute Node.
 
=='''MPI pada Quantum ESPRESSO'''==
---
===4. MPI pada Quantum ESPRESSO===
Quantum ESPRESSO menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
Quantum ESPRESSO menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
Baris 74: Baris 73:
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
|}
|}
---
=='''Menjalankan Job'''==
===5. Menjalankan Job===
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''.
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''.


[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
 
*Perhatikan status jalannya job pada kolom '''Status.'''
* Perhatikan status jalannya job pada kolom '''Status.'''
 
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Status
!Status
Baris 102: Baris 98:
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|}
|}
 
*User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
* User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
*Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit.
* Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit.
=='''Melihat hasil job yang selesai'''==
---
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|'''Kolom Folder Contents melihat isi dari ruang direktori job. User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom ini.''']][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|'''atau dengan membuka menu Edit Files. Melalui halaman ini user juga dapat melakukan revisi file input misalnya apabila hasil output tidak sesuai yang diharapkan.'''|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
===6. Melihat hasil job yang selesai===
=='''Submit ulang job'''==
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''
 
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nirbing|399x399px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png]]
 
---
===7. Submit ulang job===
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Revisi per 25 Februari 2022 11.04

Quantum ogo ok.png

Quantum ESPRESSO adalah framework suite untuk kalkulasi electronic-structure dan modeling material berdasarkan density-functional theory, plane waves, dan pseudopotentials.

Versi yang Tersedia

Versi Dukungan MPI Dukungan Hardware
6.7 Pure MPI CPU, multi-node
6.8 Pure MPI CPU, multi-node

Menjalankan Quantum ESPRESSO di Job Composer

User menjalankan Quantum ESPRESSO pada Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer

Efirojobcomposermenu.png

Memilih template Quantum ESPRESSO

Template Quantum ESPRESSO yang tersedia
Nama Template Penjelasan
Quantum ESPRESSO 6.7 Template standar QE versi 6.7
Quantum ESPRESSO 6.8 Template standar QE versi 6.8
  • Klik New Jobs > From Template.
  • Pilih template Quantum ESPRESSO yang dibutuhkan.
  • isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.

---

Mempersiapkan file input Quantum ESPRESSO

Jcjoboption3.png

  • User dapat melakukan upload, editing, dan rename file input Quantum ESPRESSO melalui menu Edit Files.
  • Taruh input file pada direktori yang sama dengan file slurm-qe.sh.

Melengkapi Submit Script Template

  • Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya program Quantum ESPRESSO dapat berjalan:
    • Parameter SBATCH.
    • Nama file input Quantum ESPRESSO.
  • Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script.

Save.png

---

Panduan lengkap mengisi Submit Script

SLURM Script ALELEON Supercomputer

Note: Submit Script pada dasarnya adalah SLURM Script karena ALELEON Supercomputer menggunakan manajemen SLURM untuk menjalankan job di Compute Node.

MPI pada Quantum ESPRESSO

Quantum ESPRESSO menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:

MPI ALELEON Supercomputer
  • MPI Satu Node vs Multi Node
    • User dapat menjalankan Quantum ESPRESSO hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
    • Atau menggunakan multi-node alias lebih dari 128 core thread CPU.

Menjalankan Job

Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol Submit.

  • Perhatikan status jalannya job pada kolom Status.
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan,

Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

  • User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
  • Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.

Melihat hasil job yang selesai

Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.

Kolom Folder Contents melihat isi dari ruang direktori job. User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom ini.
atau dengan membuka menu Edit Files. Melalui halaman ini user juga dapat melakukan revisi file input misalnya apabila hasil output tidak sesuai yang diharapkan.

Submit ulang job

User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Quantum_ESPRESSO&oldid=667"