R: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(menambah info sistem menghitung CH)
(overhaul wiki R 110124)
Baris 28: Baris 28:


# RMPI dapat dicapai dengan pemrograman R dari pihak user menggunakan wrapper Rmpi.
# RMPI dapat dicapai dengan pemrograman R dari pihak user menggunakan wrapper Rmpi.
== '''Instalasi Library Package R''' ==
Instalasi library R pada ALELEON Supercomputer dapat dilakukan dengan dua alternatif cara: 
# Melayangkan permintaan instalasi package ke admin melalui email '''support@efisonlt.com;''' atau
# Melakukan instalasi mandiri di Login Node dengan langkah berikut ''(klik expand atau kembangkan)'':
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah instalasi mandiri Library Package R di Login Node
''*tidak menggunakan Kredit Core Hour''
|-
|'''0'''
|Instalasi package dilakukan melalui '''terminal'''.
* Bagi user yang login ke web EFIRO, buka menu '''<code>Clusters</code> > <code>Aleleon Shell Access</code>'''.
[[Berkas:Shellaccess.png|nirbing|200x200px]]
|-
|'''1'''
|Aktifkan R dengan memuat modul versi R yang akan digunakan.
{| class="wikitable"
!Versi
!Perintah Terminal
|-
|4.3.0
|<code>$ module load R/4.3.0-GCC11.3-MKL</code>
|}
|-
| rowspan="2" |'''2'''
|Jalankan R dan lakukan instalasi package dengan format perintah standar:
$ R
> install.packages(''''''nama-package-yang-akan-diinstal'''''<nowiki/>')
Package akan terinstal di direktori '''HOME user'''.
|-
|'''''Bagi user yang pertama kali melakukan instalasi package R:'''''
Akan terdapat prompt untuk mengarahkan instalasi ke personal library, jawab '''yes'''.
Warning in install.packages("benchmarkme") :
  'lib = "/comp/R/4.1.2-GCC10-MKL/lib64/R/library"' is not writable
Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) '''yes'''
Kemudian R akan meminta izin untuk membuat personal library di HOME user. Jawab '''yes'''.
Would you like to create a personal library
‘~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1’
to install packages into? (yes/No/cancel) '''yes'''
|}


== '''Alternatif Menjalankan R di ALELEON Supercomputer''' ==
== '''Alternatif Menjalankan R di ALELEON Supercomputer''' ==
Baris 38: Baris 83:
|
|
*Menjalankan file R siap jalan melalui scheduler SLURM.
*Menjalankan file R siap jalan melalui scheduler SLURM.
* Berjalan di Compute Node CPU epyc dengan spesifikasi hingga CPU 128 core dan RAM 500GB  
* Berjalan di [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Spesifikasi_ALELEON_Supercomputer#Spesifikasi_Compute_Node '''Compute Node''']:
** Dengan alokasi hingga CPU 128 core dan RAM 500GB
** R versi MPI (RMPI) dapat berjalan paralel hingga CPU 384 core.
** R versi MPI (RMPI) dapat berjalan paralel hingga CPU 384 core.
|-
|-
![[Berkas:Rjupyterlab.png|pus|nirbing|225x225px]]---
![[Berkas:Efirojupyterlab.png|nirbing|400x400px]]
'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/R#Menjalankan_R_dengan_Sesi_Interaktif_Jupyter Menjalankan R dengan sesi interaktif Jupyter]'''  
'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/R#Menjalankan_R_dengan_Sesi_Interaktif_Jupyter Menjalankan R dengan sesi interaktif Jupyter]'''  
|-
|-
|
|
*Menjalankan R melalui sesi interaktif via Jupyter Notebook atau Lab.
*Menjalankan R melalui sesi interaktif via Jupyter Notebook atau Lab.
* Berjalan di Interactive Node Torti dengan spesifikasi CPU 32 core dan RAM 64GB.
* Berjalan di [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Spesifikasi_ALELEON_Supercomputer#Spesifikasi_Interactive_Node '''Interactive Node''']:**Torti dengan spesifikasi CPU 32 core dan RAM 64GB.
|}
|}
=='''Instalasi Library Package R'''==
=='''Instalasi Library Package R'''==
Baris 94: Baris 140:


== '''Menjalankan R Melalui Job Submission''' ==
== '''Menjalankan R Melalui Job Submission''' ==
User dapat menjalankan R melalui job submission dengan pilihan cara melalui tampilan terminal atau GUI web EFIRO.
User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui tampilan terminal atau website EFIRO ''(klik expand atau kembangkan)''.
 
===Opsi menggunakan terminal (SLURM sbatch)===
---
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
===Mengecek Kredit Core Hour bagi Akun Perseorangan===
! colspan="2" |Langkah Menjalankan R di Terminal
User dengan akun perseorangan disarankan untuk selalu mengecek sisa Kredit Core Hour sebelum melakukan job submission dengan menjalankan perintah pada terminal:
$ '''sausage'''
Bagi yang login ke web EFIRO, buka terminal pada menu '''<code>Clusters</code> > <code>Aleleon Shell Access</code>'''
 
---
===Opsi menggunakan terminal - SLURM sbatch===
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]
Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch ''(klik expand atau kembangkan)''.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan R via SLURM sbatch
|-
|-
| rowspan="2" |'''0'''
|'''0'''
|Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
|
|-
=====Login SSH=====
|Login dengan SSH:
Tatacara login SSH lihat laman [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_|_Login_SSH '''Login SSH ALELEON Supercomputer'''].
*User OS Windows dan MacOS -> <code>'''$ ssh <''username''>@aleleon.hpc'''</code>
*User OS Linux -> <code>'''$ ssh <''username''>@10.192.50.10'''</code>
|-
|-
|'''1'''
|'''1'''
|Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user.
|
*[[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''User dapat melakukan upload / download file dengan bantuan aplikasi FTP''']]
=====Menyiapkan File Komputasi dan Library Package R=====
Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:
*File input dan data komputasi.
**User dapat upload / download file ke ALELEON dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
*Membuat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
**Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
*Lakukan instalasi library package R yang dibutuhkan job komputasi user
**Langkah lihat subbab Instalasi Library Package R di atas.
$ mkdir kerjaanskripsi
$ cd kerjaanskripsi
$ touch my_job_submission.sh
''... upload / menyiapkan data input komputasi dll ...''
|-
|-
| rowspan="2" |'''2'''
| rowspan="2" |'''2'''
| Buat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi dengan panduan berikut:
|
*Nama script dibebaskan dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
=====Template SLURM Submit Script R=====
*Buat script pada direktori yang sama dengan file komputasi yang akan dijalankan.
Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.
*Ikuti panduan template berikut dan petunjuk pada NOTES di dalamnya ''(klik expand atau kembangkan)''.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script untuk R
!Template SLURM Submit Script untuk R  
|-
|-
|<syntaxhighlight lang="bash">
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash
#!/bin/bash


# -------------------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------
# | Template SLURM Submit Script
# Template SLURM Submit Script
# | Software        : R
# R | rev.080124
# | Update script  : 06/10/2023
#  
# |
# NOTES:  
# | NOTES:  
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
# | 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# |   User dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
# -----------------------------------------------------
# | 3. Panduan menjalankan R di ALELEON lihat:
# |    https://wiki.efisonlt.com/wiki/R
# -------------------------------------------------------------


# --------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# --------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------


# Alokasi jumlah core thread CPU
# Alokasi jumlah core thread CPU
Baris 155: Baris 197:
#SBATCH --mem=////GB
#SBATCH --mem=////GB


# Alokasi limit waktu menjalankan job.
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
#SBATCH --time=////


# Definisi file untuk menampung output terminal
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
#SBATCH --output=result-%j.txt


Baris 165: Baris 207:
#SBATCH --error=error-%j.txt  
#SBATCH --error=error-%j.txt  


# Nama input file R dengan format file-nya
# Nama input file R yang dijalankan
INPUT_FILE='////.R'
INPUT_FILE="////.R"


# Memuat modul software R yang akan digunakan user
# Memuat modul software R
# Daftar modul R lihat subbab "Modul R" pada
# Daftar modul lihat subbab "Modul R" di atas
# https://wiki.efisonlt.com/wiki/R
module load R////
module load R////


# -------------------------------------------------
# ----------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# Script jalannya program
# -------------------------------------------------
# ----------------------------------------------------


# Perintah menjakankan R
# Perintah menjakankan R
Baris 184: Baris 225:
!Template SLURM Submit Script untuk R versi MPI (RMPI)
!Template SLURM Submit Script untuk R versi MPI (RMPI)
|-
|-
|<syntaxhighlight lang="bash">
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash
#!/bin/bash


# -------------------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------
# | Template SLURM Submit Script
# Template SLURM Submit Script
# | Software        : R versi MPI (RMPI)
# R versi MPI (RMPI) | rev.080124
# | Update script  : 06/10/2023
#  
# |
# NOTES:  
# | NOTES:  
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
# | 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# |   User dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
# -----------------------------------------------------
# | 3. Panduan menjalankan R di ALELEON lihat:
# |    https://wiki.efisonlt.com/wiki/R
# -------------------------------------------------------------


# --------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# --------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------


# Alokasi jumlah core thread CPU
# Alokasi jumlah core thread CPU
Baris 210: Baris 248:
#SBATCH --mem=////GB
#SBATCH --mem=////GB


# Alokasi limit waktu menjalankan job.
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
#SBATCH --time=////


# Definisi file untuk menampung output terminal
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
#SBATCH --output=result-%j.txt


Baris 220: Baris 258:
#SBATCH --error=error-%j.txt  
#SBATCH --error=error-%j.txt  


# Nama input file R dengan format file-nya
# Nama input file R yang dijalankan
INPUT_FILE='////.R'
INPUT_FILE="////.R"


# Memuat modul software R yang akan digunakan user
# Memuat modul software R
# Daftar modul R lihat subbab "Modul R" pada
# Daftar modul lihat subbab "Modul R" di atas
# https://wiki.efisonlt.com/wiki/R
module load R////
module load R////


# Memuat modul software Open MPI untuk menjalankan RMPI
# ----------------------------------------------------
module load openmpi
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------


# -------------------------------------------------
# Memuat modul OpenMPI default
# RUN SCRIPT
module load OpenMPI
# -------------------------------------------------


# Perintah menjakankan R
# Perintah menjakankan R
mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx Rscript ${INPUT_FILE}
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} Rscript ${INPUT_FILE}
</syntaxhighlight>
</syntaxhighlight>
|}
|}
|-
|-
|
|
{| class="wikitable"
=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH=====
! colspan="6" |Panduan nilai maksimal SBATCH''<sup>1</sup>'' untuk R
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="5" | Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
|-
|-
! rowspan="2" | Skenario Menjalankan R
!Skenario Komputasi
! rowspan="2" |Berjalan di
! ntasks
Compute Node
! colspan="4" |Nilai maksimal SBATCH
|-
!ntasks
(CPU)
(CPU)
!mem
!mem
(RAM)
(RAM)  
!gpus
!gpus
(GPU)
(GPU)  
!time
!time
(time limit)
(time limit)  
|-
|-
| colspan="2" |''Fair policy usage untuk total akumulasi job<sup>2</sup>''
|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
|''128''
|128
|''128GB''
|128GB  
|''2''
|2
| rowspan="4" |3-00:00:00
| rowspan="4" |3-00:00:00
atau 72:00:00  
atau
 
72:00:00
|-
|-
| R biasa
|R biasa
|epyc (CPU)
|128
|128
|240GB
|240GB
|0
|0
|-
|-
|R versi MPI (RMPI)''<sup>3</sup>''
|R biasa di high-mem node
|epyc (CPU)
*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
|128
|500GB
|0
|-
|R versi MPI (RMPI)''<sup>2</sup>''
|384
|384
|240GB
|240GB''<sup>2</sup>''
|0
| 0
|-
| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
#RMPI mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
#* SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
|-
! colspan="5" |Keterangan tambahan
|-
|-
|R biasa dan RMPI di high-mem node''<sup>4</sup>''
| colspan="5" |
| epyc (CPU)
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
| 128
**SLURM akan menahan job apabila:
|500GB
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
|0
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah:
$ '''sausage'''
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
|}
|}
'''''Keterangan:'''''
# Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
# Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
#*User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi apabila job membutuhkan alokasi lebih.
#*Info lebih detail lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
#R versi MPI (RMPI) mendukung komputasi paralel MPI untuk berjalan ''multi-node'' :
#*Pada jumlah ntasks >128, SLURM otomatis menjalankan job secara multi-node.
#*Dalam kaitan ini, parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info lebih detail lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
#User dapat mengalokasikan RAM hingga 500GB di high-mem node epyc.
#*Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
|-
|-
|'''3A'''
|'''3'''
|Sebelum menjalankan job, user dapat melakukan instalasi package R yang dibutuhkan oleh script R user.
|
 
=====Menjalankan Job Komputasi=====
* Lihat subbab '''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/R#Instalasi_Library_Package_R Instalasi Package Library R]'''
Jalankan job dengan perintah sbatch.
Apabila program R gagal berjalan karena ada package R yang belum terinstal:
 
* File output dari SBATCH error dapat merekap package R apa saja yang belum terinstal.
* Berdasarkan info tersebut, lakukan instalasi package R.
|-
|'''3B'''
|Jalankan job dengan perintah sbatch.
  $ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
  $ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
  $ sbatch my_job_submission.sh
  $ sbatch my_job_submission.sh  
|-
|-
|'''4A'''
|'''4A'''
Baris 317: Baris 353:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Daftar STATE squeue SLURM
|+Daftar STATE squeue SLURM
! STATE
!STATE
! Kepanjangan
!Kepanjangan
!Penjelasan
!Penjelasan
|-
|-
|R
|R
|RUN
|RUN
|Job berjalan<sup>''1''</sup>
|Job berjalan
|-
|-
|PD
|PD
|PENDING
|PENDING
|Job tertahan, lihat keterangan NODELIST(REASON)''<sup>2</sup>''
|Job tertahan, lihat keterangan [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|-
|-
|CG
|CG
Baris 339: Baris 375:
|PR
|PR
|PREEMPETED
|PREEMPETED
|Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
| Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
|-
|-
| S
|S
|SUSPENDED
|SUSPENDED
| Job ditahan oleh admin EFISON
|Job ditahan oleh admin EFISON
|}
|}
'''''Keterangan:'''''
# Sistem mulai menghitung Core Hour saat job komputasi user berjalan.
# Kunjungi laman [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer''']].
|-
|-
|'''4B'''
|'''4B'''
|Apabila user ingin membatalkan job yang sedang berjalan, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
|
* Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
=====Menghentikan Job Komputasi=====
* User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
*User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
  $ '''scancel <''job-ID-submission-user''>'''
  $ '''scancel <''job-ID-submission-user''>'''
Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.
Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.
  $ scancel 231
  $ scancel 231
|-
|'''4C'''
|'''''Tips:''''' Apabila program R gagal berjalan karena ada package R yang belum terinstal:
* File output dari SBATCH error dapat merekap package R apa saja yang belum terinstal.
* Berdasarkan info tersebut, lakukan instalasi package R.
|}
|}
---
===Opsi menggunakan GUI Web - EFIRO Job Composer===
===Opsi menggunakan GUI Web - EFIRO Job Composer===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan R di Web EFIRO
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|500x500px]]
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|500x500px]]
Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer ''(klik expand atau kembangkan)''.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan R via EFIRO Job Composer
|-
|-
| rowspan="2" |'''0'''  
|'''0'''
|Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].  
|
|-
=====Login Web EFIRO=====
|Buka alamat web '''<code>http://aleleon.ood</code>''' kemudian masukkan username dan password user.
*[[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
*Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
*Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>''' lalu masukkan username dan password user.
**Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
|-
|-
|'''1'''
|'''1'''
|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>'''
|
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=]]
=====Membuka Job Composer dan Memilih Template Job=====
*Buka menu '''<code>Jobs</code>''' > '''<code>Jobs Composer</code>''' pada dashboard EFIRO.
*Pilih '''<code>New Job</code>''' > '''<code>From Template</code>'''
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|Menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''']][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|220x220px|Menu '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''']]
|-
|-
|'''2'''
|'''2'''
|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>'''
|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|nirbing|600x600px]]*PIlih template R yang diinginkan.
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px]]
*Isi atau ganti kolom '''<code>Job Name</code>''' sesuai keinginan user.
|-
*Apabila sudah selesai, klik '''<code>Create New Job</code>'''.
|'''3'''
|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|''Pilih template R yang diinginkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.''|400x400px]]
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Template R yang tersedia
! colspan="2" |Template R yang tersedia
Baris 396: Baris 432:
|}
|}
|-
|-
|'''4'''
|'''3'''
|[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]
|
Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.'''
=====Menyiapkan File Komputasi dan Library Package R =====
*Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]
*''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''.''
 
**''Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.''
Gunakan menu <code>'''Edit Files'''</code> untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.
Gunakan menu '''<code>Open Terminal</code>''' untuk melakukan instalasi package R yang dibutuhkan  
*Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
*Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas '''2GB per file'''.**Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] untuk upload file tunggal diatas 2GB.
Gunakan menu Open Terminal untuk melakukan instalasi library package R yang dibutuhkan.


* Detail lihat subbab '''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/R#Instalasi_Library_Package_R Instalasi Package Library R]'''
* Langkah lihat subbab Instalasi Library Package R di atas.
|-
|-
| rowspan="2" |'''5'''
| rowspan="2" |'''4'''
|[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px]]
|
Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).
=====Melengkapi Submit Script=====
*Submit Script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi user.
Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.
*''Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.''
* Lengkapi Submit Script melalui menu '''<code>Open Editor</code>'''.
*Template ini bersifat referensi, user dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
*Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
*Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px]]
|-
|-
|
|
{| class="wikitable"
=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH=====
! colspan="6" |Panduan nilai maksimal SBATCH''<sup>1</sup>'' untuk R
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
|-
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
! rowspan="2" | Skenario Menjalankan R
! rowspan="2" |Berjalan di
Compute Node
! colspan="4" |Nilai maksimal SBATCH
|-
|-
!Skenario Komputasi
!ntasks
!ntasks
(CPU)
(CPU)  
!mem
!mem
(RAM)
(RAM)
Baris 429: Baris 466:
(GPU)
(GPU)
!time
!time
(time limit)
(time limit)  
|-
|-
| colspan="2" |''Fair policy usage untuk total akumulasi job<sup>2</sup>''
|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
|''128''
|128
|''128GB''
|128GB  
|''2''
|2
| rowspan="4" |3-00:00:00
| rowspan="4" |3-00:00:00
atau 72:00:00  
atau
 
72:00:00
|-
|-
| R biasa
|R biasa
|epyc (CPU)
|128
|128
|240GB
|240GB
|0
|0
|-
|-
|R versi MPI (RMPI)''<sup>3</sup>''
|R biasa di high-mem node
|epyc (CPU)
*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
|128
|500GB
|0
|-
|R versi MPI (RMPI)''<sup>2</sup>''
|384
|384
|240GB
|240GB''<sup>2</sup>''
|0
|0
|-
|-
|R biasa dan RMPI di high-mem node''<sup>4</sup>''
| colspan="5" | '''''Keterangan:'''''
| epyc (CPU)
#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
| 128
#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
|500GB
#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
|0
#RMPI mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
#* SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
|-
| colspan="5" |
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
**SLURM akan menahan job apabila:
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu '''<code>Open Terminal</code>''' dan jalankan perintah:
$ '''sausage'''
[[Berkas:Jcjoboption4.png|nirbing|600x600px]]
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
|}
|}
'''''Keterangan:'''''
# Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
# Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
#*User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi apabila job membutuhkan alokasi lebih.
#*Info lebih detail lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
#R versi MPI (RMPI) mendukung komputasi paralel MPI untuk berjalan ''multi-node'' :
#*Pada jumlah ntasks >128, SLURM otomatis menjalankan job secara multi-node.
#*Dalam kaitan ini, parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info lebih detail lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
#User dapat mengalokasikan RAM hingga 500GB di high-mem node epyc.
#*Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
|-
|-
|'''6A'''
|'''5'''
| Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
|
==== Menjalankan Job Komputasi ====
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
 
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':'''
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! Status
|+''Arti kolom <code>Status</code>, pantau perubahan dengan refresh halaman web''
!Arti  
!Status
!Arti
|-
|-
|Not Submitted
|Not Submitted
Baris 481: Baris 528:
|-
|-
|Running
|Running
|Job berjalan.
| Job berjalan.
 
|-
* Sistem mulai menghitung Core Hour saat job komputasi user berjalan.
|Queue
|Job mengantri dan belum berjalan.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Langkah melihat status job ketika queue
|-
|-
| Queue
|Buka <code>'''Jobs > Active Jobs'''</code> pada dashboard EFIRO.
|Job mengantri dan belum berjalan. Untuk melihat detail status antrian:
* Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini


* Buka <code>'''Jobs > Active Jobs'''</code> pada dashboard EFIRO.
[[Berkas:Efiroqueueedit.png|al=|jmpl|''Halaman Active Jobs. Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status  job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].'''''|kiri]]
* Ubah opsi ke <code>'''Your Jobs'''</code> sesuai gambar dibawah ini.
|}
* Klik simbol '''>''' untuk melihat detail job submission.
* Lihat isi kolom '''Reason'''.
** Arti Reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].'''
 
[[Berkas:Efiroqueueedit.png|al=|jmpl|''Halaman Active Jobs. Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat detail job submission.''|kiri]]
|-
|-
|Completed
|Completed
Baris 502: Baris 547:
|Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|}
|}
=====Menghentikan Job Komputasi=====
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''<code>Stop</code>'''.


 
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]
|-
|'''6A'''
|
=====Melihat Output Komputasi=====
User dapat melihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
*Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>'''
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]]
|-
|-
|'''6B'''
|'''6B'''
|Apabila ingin menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''<code>Stop</code>'''.
|'''''Tips:''''' Apabila program R gagal berjalan karena ada package R yang belum terinstal:
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]
* File output dari SBATCH error dapat merekap package R apa saja yang belum terinstal.
* Berdasarkan info tersebut, lakukan instalasi package R.
|-
|-
|'''7A'''
|'''6C'''
|Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Files</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|''atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.'']]
|-
|'''7B'''
|User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' dengan mengklik kembali tombol '''<code>Submit</code>'''.
|User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' dengan mengklik kembali tombol '''<code>Submit</code>'''.
|}
|}
---
=== '''Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email''' ===
=== '''Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email''' ===
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:<syntaxhighlight lang="bash">
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:<syntaxhighlight lang="bash">
Baris 579: Baris 629:
Berikut adalah langkah untuk memulai sesi Jupyter dengan kernel R:  
Berikut adalah langkah untuk memulai sesi Jupyter dengan kernel R:  
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Memulai sesi Jupyter untuk R
! colspan="2" |Langkah Memulai Sesi Interaktif Jupyter
[[Berkas:Efirojupyterlab.png|nirbing|400x400px]]
|-
|-
| rowspan="2" |'''0'''
|'''0'''
|Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
|
|-
=====Login Web EFIRO=====
|Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>''' kemudian masukkan username dan password user.
*[[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
*Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
*Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>''' lalu masukkan username dan password user.
**Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
|-
|-
|'''1'''
|'''1'''
|Bagi akun perseorangan, disarankan untuk mengecek sisa CPU Core Hour sebelum memulai sesi Jupyter ini.
[[Berkas:Shellaccess.png|nirbing|200x200px]]
*Buka terminal melalui menu '''<code>Clusters</code> > <code>Aleleon Shell Access</code>'''.
*Jalankan perintah
$ '''sausage'''
|-
|'''2'''
|Buka menu '''<code>Interactive Apps</code>'''  
|Buka menu '''<code>Interactive Apps</code>'''  
* Silahkan pilih Jupyter Notebook atau Lab sesuai referensi pribadi user.
* Silahkan pilih Jupyter Notebook atau Lab sesuai referensi pribadi user.
Baris 601: Baris 645:
[[Berkas:Efirojupyternotebooklab.png|nirbing|238x238px]]
[[Berkas:Efirojupyternotebooklab.png|nirbing|238x238px]]
|-
|-
|'''3'''
|'''2'''
|Isi formulir sesi Jupyter dengan panduan berikut:
|
* '''Partition'''
==== Mengisi Formulir Sesi Interaktif Jupyter ====
** Pilih '''torti'''
Isi formulir untuk memulai sesi Jupyter dengan panduan berikut:
*'''Number of CPU Cores'''
{| class="wikitable"
** Alokasi jumlah CPU core yang akan digunakan
!Panduan Formulir Menggunakan Torti (Interactive Node CPU)
**Minimal: '''1''', maksimal: '''32'''
|-
*'''Number of GPU'''
|
**''kosongkan''
*'''Partition''' -> '''torti'''
* '''Number of hours'''
*'''Number of CPU Cores''' -> Min: '''1''', maks: '''32'''
**Durasi sesi Jupyter dalam satuan jam
*'''Number of GPUs''' -> ''kosongkan''
** Minimal: '''1,''' maksimal: '''72'''
*'''Number of hours''' ''(Durasi sesi interaktif)'' -> Min: '''1''', maks: '''72'''
*'''Anaconda Selection'''
*'''Anaconda Selection''' -> ''Pilih versi terbaru''
**''Pilih versi terbaru''
*'''Conda Environment Directory''' -> ''kosongkan''
*'''Conda Environment Directory'''
 
**''kosongkan''
*'''Software Modules'''
*'''Software Modules'''
**''Isi dengan versi R yang akan digunakan''
**Isi dengan versi R yang akan digunakan
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! Versi
! Versi
Baris 626: Baris 669:
|<code>R/4.3.0-GCC11.3-MKL</code>  
|<code>R/4.3.0-GCC11.3-MKL</code>  
|}
|}
*'''Environment Setup'''
*'''Environment Setup''' -> ''kosongkan''
**''kosongkan''
*'''Email Address'''
*'''Email Address'''
**Sistem akan mengirim notifikasi ke email user saat sesi Jupyter sudah siap diakses.
**Sistem mengirim notifikasi ke email user ketika sesi Jupyter siap diakses.
**Apabila membutuhkan, ''isi dengan email user''
**Apabila butuh, ''isi dengan email user''
|}
{| class="wikitable"
| '''''Perhatian:''''' Sesi Jupyter tidak akan berjalan apabila:
*Number of CPU cores * Number of Hour lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
*Number of GPUs * Number of Hour lebih besar dari sisa GPU Hour user.
Cek sisa Kredit Core Hour user dengan langkah:
*Buka '''<code>Clusters</code>''' > '''<code>Aleleon Shell Access</code>''' pada dasboard EFIRO.
 
*Jalankan perintah:
$ '''sausage'''
[[Berkas:Shellaccess.png|nirbing|200x200px]]
|}
|-
|-
|'''4'''
|'''4'''
|Apabila formulir sudah terisi, klik tombol '''<code>Launch</code>''' untuk memulai sesi Jupyter.  
|
 
====Memulai Sesi Interaktif Jupyter====
* User akan diarahkan ke halaman '''<code>My Interactive Sessions</code>'''.  
Apabila formulir sudah terisi, klik tombol '''<code>Launch</code>''' untuk memulai sesi Jupyter.
* Tunggu hingga sesi Jupyter siap diakses.
* User akan diarahkan ke halaman '''<code>My Interactive Sessions</code>'''.
 
*Tunggu hingga sesi Jupyter siap diakses.
[[Berkas:JNqueue.png|nir|jmpl|''Status sesi Jupyter mengantri menunggu alokasi hardware'']]
[[Berkas:JNqueue.png|nir|jmpl|''Status sesi Jupyter mengantri menunggu alokasi hardware'']]
{| class="wikitable"
|'''Perhatian:''' Sesi akan tertahan di antrian apabila:
* Number of CPU cores * Number of Hour yang dialokasikan lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
|}
|-
|-
|'''5'''
|'''5'''
|Apabila status menunjukkan '''Running''' atau kolom berwarna hijau, klik <code>'''Connect to Jupyter'''</code>.[[Berkas:JNrun.png|nir|jmpl|''Sesi Jupyter siap diakses.'' ]]
|Apabila status menunjukkan '''Running''' atau kolom berwarna hijau, klik <code>'''Connect to Jupyter'''</code>.
{| class="wikitable"
*''Sistem mulai menghitung Core Hour saat status sesi Jupyter menunjukkan running.''
|'''''Perhatian:'''''
[[Berkas:JNrun.png|nir|jmpl|''Sesi Jupyter siap diakses.'']]
* Sistem mulai menghitung CPU Core Hour saat status sesi Jupyter menunjukkan running.
|}
|-
|-
|'''6'''
|'''6'''
Baris 655: Baris 703:
|-
|-
|'''7A'''
|'''7A'''
|User dapat menghentikan sesi Jupyter yang sedang berjalan dengan klik tombol '''<code>Delete</code>'''[[Berkas:JNrun.png|nir|jmpl|''Klik tombol '''<code>Delete</code>''' untuk menghentikan sesi Jupyter yang sedang berjalan'']]
|
====Mengakses Kembali Sesi Interaktif Jupyter yang Berjalan====
User dapat mengunjungi sesi Jupyter yang sedang berjalan di '''<code>My Interactive Sessions</code>'''
 
[[Berkas:Interactivesession.png|nirbing|500x500px]]
|-
|-
|'''7B'''
|'''7B'''
|User dapat kembali mengunjungi halaman  '''<code>My Interactive Sessions</code>''' melalui dasboard EFIRO.
|
[[Berkas:Interactivesession.png|nirbing|500x500px]]
====Menghentikan Sesi Interaktif Jupyter====
User dapat menghentikan sesi Jupyter yang sedang berjalan dengan klik tombol '''<code>Delete</code>'''[[Berkas:JNrun.png|nir|jmpl|''Klik tombol '''<code>Delete</code>''' untuk menghentikan sesi Jupyter yang sedang berjalan'']]
|}
|}
=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==

Revisi per 11 Januari 2024 11.38

R.png

R adalah bahasa interpreter yang didesain untuk mengerjakan komputasi statistika. Pada perkembangannya, bahasa R digunakan untuk pengolahan data di bidang data science. Software R didukung oleh The R Foundation for Statistical Computing.

Modul R

Berikut adalah detail versi R yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul R
Versi Nama modul Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

4.3.0 "Already Tomorrow" R/4.3.0-GCC11.3-MKL V - - V melalui RMPI1

Keterangan:

  1. RMPI dapat dicapai dengan pemrograman R dari pihak user menggunakan wrapper Rmpi.

Instalasi Library Package R

Instalasi library R pada ALELEON Supercomputer dapat dilakukan dengan dua alternatif cara:

  1. Melayangkan permintaan instalasi package ke admin melalui email support@efisonlt.com; atau
  2. Melakukan instalasi mandiri di Login Node dengan langkah berikut (klik expand atau kembangkan):
Langkah instalasi mandiri Library Package R di Login Node

*tidak menggunakan Kredit Core Hour

0 Instalasi package dilakukan melalui terminal.
  • Bagi user yang login ke web EFIRO, buka menu Clusters > Aleleon Shell Access.

Shellaccess.png

1 Aktifkan R dengan memuat modul versi R yang akan digunakan.
Versi Perintah Terminal
4.3.0 $ module load R/4.3.0-GCC11.3-MKL
2 Jalankan R dan lakukan instalasi package dengan format perintah standar: 
$ R 
> install.packages('nama-package-yang-akan-diinstal')

Package akan terinstal di direktori HOME user.

Bagi user yang pertama kali melakukan instalasi package R:

Akan terdapat prompt untuk mengarahkan instalasi ke personal library, jawab yes. 

Warning in install.packages("benchmarkme") :
  'lib = "/comp/R/4.1.2-GCC10-MKL/lib64/R/library"' is not writable
Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) yes

Kemudian R akan meminta izin untuk membuat personal library di HOME user. Jawab yes. 

Would you like to create a personal library
‘~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1’
to install packages into? (yes/No/cancel) yes

Alternatif Menjalankan R di ALELEON Supercomputer

ALELEON Supercomputer menawarkan user untuk menjalankan R dengan pilihan skema:

Efirojobcomposer3.png
---

Menjalankan R melalui Job Submission

  • Menjalankan file R siap jalan melalui scheduler SLURM.
  • Berjalan di Compute Node:
    • Dengan alokasi hingga CPU 128 core dan RAM 500GB
    • R versi MPI (RMPI) dapat berjalan paralel hingga CPU 384 core.
Efirojupyterlab.png

Menjalankan R dengan sesi interaktif Jupyter

  • Menjalankan R melalui sesi interaktif via Jupyter Notebook atau Lab.
  • Berjalan di Interactive Node:**Torti dengan spesifikasi CPU 32 core dan RAM 64GB.

Instalasi Library Package R

Instalasi library R pada ALELEON Supercomputer dapat dilakukan dengan dua alternatif cara:

  1. Melayangkan permintaan instalasi package ke admin melalui email support@efisonlt.com; atau
  2. Melakukan instalasi mandiri di Login Node dengan langkah berikut:
Panduan instalasi mandiri Library Package R di Login Node

*Instalasi package R di Login Node tidak mengurangi Kredit Core Hour user.

0 Instalasi package dilakukan melalui terminal.
  • Bagi user yang login ke web EFIRO, buka menu Clusters > Aleleon Shell Access.

Shellaccess.png

1 Aktifkan R dengan memuat modul versi R yang akan digunakan.
Versi Perintah Terminal
4.3.0 $ module load R/4.3.0-GCC11.3-MKL
2 Jalankan R dan lakukan instalasi package dengan format perintah standar: 
$ R 
> install.packages('nama-package-yang-akan-diinstal')

Package akan terinstal di direktori HOME user.

Bagi user yang pertama kali melakukan instalasi package R:

Akan terdapat prompt untuk mengarahkan instalasi ke personal library, jawab yes. 

Warning in install.packages("benchmarkme") :
  'lib = "/comp/R/4.1.2-GCC10-MKL/lib64/R/library"' is not writable
Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) yes

Kemudian R akan meminta izin untuk membuat personal library di HOME user. Jawab yes. 

Would you like to create a personal library
‘~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1’
to install packages into? (yes/No/cancel) yes

Menjalankan R Melalui Job Submission

User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui tampilan terminal atau website EFIRO (klik expand atau kembangkan).

Opsi menggunakan terminal (SLURM sbatch)

Langkah Menjalankan R di Terminal

Sbatch Terminal.png

0
Login SSH

Tatacara login SSH lihat laman Login SSH ALELEON Supercomputer.

1
Menyiapkan File Komputasi dan Library Package R

Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:

  • File input dan data komputasi.
    • User dapat upload / download file ke ALELEON dengan software FTP.
  • Membuat SLURM Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
    • Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh my_job_submission.sh
  • Lakukan instalasi library package R yang dibutuhkan job komputasi user
    • Langkah lihat subbab Instalasi Library Package R di atas.
$ mkdir kerjaanskripsi
$ cd kerjaanskripsi
$ touch my_job_submission.sh

... upload / menyiapkan data input komputasi dll ...
2
Template SLURM Submit Script R

Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.

Template SLURM Submit Script untuk R 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# R | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file R yang dijalankan
INPUT_FILE="////.R"

# Memuat modul software R
# Daftar modul lihat subbab "Modul R" di atas 
module load R////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan R
Rscript ${INPUT_FILE}
Template SLURM Submit Script untuk R versi MPI (RMPI) 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# R versi MPI (RMPI) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file R yang dijalankan
INPUT_FILE="////.R"

# Memuat modul software R
# Daftar modul lihat subbab "Modul R" di atas 
module load R////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Memuat modul OpenMPI default
module load OpenMPI

# Perintah menjakankan R
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} Rscript ${INPUT_FILE}
Panduan Nilai Maksimal SBATCH
Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
Skenario Komputasi ntasks

(CPU)

mem

(RAM)

gpus

(GPU)

time

(time limit)

Fair policy usage untuk akumulasi semua job1 128 128GB 2 3-00:00:00

atau

72:00:00

R biasa 128 240GB 0
R biasa di high-mem node
  • Tambahkan #SBATCH --nodelist=epyc001
 128 500GB 0
R versi MPI (RMPI)2 384 240GB2 0
Keterangan:
  1. Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
  2. RMPI mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
    • SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
    • Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
    • Info detail buka laman MPI ALELEON Supercomputer.
Keterangan tambahan
  • Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:
    • SLURM akan menahan job apabila:
      • ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
      • gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
    • Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah:
$ sausage
3
Menjalankan Job Komputasi

Jalankan job dengan perintah sbatch. 

$ sbatch <nama-SLURM-Submit-script>

Contoh menjalankan nama script my_job_submission.sh. 

$ sbatch my_job_submission.sh
4A User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
  • Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ squeue -ul $USER

Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:

Daftar STATE squeue SLURM
STATE Kepanjangan Penjelasan
R RUN Job berjalan
PD PENDING Job tertahan, lihat keterangan NODELIST(REASON)
CG COMPLETING Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
CA CANCELED Job dibatalkan oleh user
PR PREEMPETED Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
S SUSPENDED Job ditahan oleh admin EFISON
4B
Menghentikan Job Komputasi

Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.

  • User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
$ scancel <job-ID-submission-user>

Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. 

$ scancel 231
4C Tips: Apabila program R gagal berjalan karena ada package R yang belum terinstal:
  • File output dari SBATCH error dapat merekap package R apa saja yang belum terinstal.
  • Berdasarkan info tersebut, lakukan instalasi package R.

Opsi menggunakan GUI Web - EFIRO Job Composer

Langkah Menjalankan R di Web EFIRO

Efirojobcomposer3.png

0
Login Web EFIRO
1
Membuka Job Composer dan Memilih Template Job
  • Buka menu Jobs > Jobs Composer pada dashboard EFIRO.
  • Pilih New Job > From Template
Menu Jobs > Jobs Composer
Menu New Jobs > From Template
2 Jcselecttemplate3.png*PIlih template R yang diinginkan.
  • Isi atau ganti kolom Job Name sesuai keinginan user.
  • Apabila sudah selesai, klik Create New Job.
Template R yang tersedia
Nama Template Penjelasan
R 4.3.0 "Already Tomorrow" Menjalankan R versi 4.3.0
RMPI 4.3.0 "Already Tomorrow" Menjalankan R versi 4.3.0 dengan MPI
3
Menyiapkan File Komputasi dan Library Package R

Jcjoboption3.png

Gunakan menu Edit Files untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.

  • Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
  • Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas 2GB per file.**Gunakan aplikasi FTP untuk upload file tunggal diatas 2GB.

Gunakan menu Open Terminal untuk melakukan instalasi library package R yang dibutuhkan.

  • Langkah lihat subbab Instalasi Library Package R di atas.
4
Melengkapi Submit Script

Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.

  • Lengkapi Submit Script melalui menu Open Editor.
  • Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
  • Jangan lupa klik Save setiap sekali mengubah script.

Panduan Nilai Maksimal SBATCH
Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
Skenario Komputasi ntasks

(CPU)

mem

(RAM)

gpus

(GPU)

time

(time limit)

Fair policy usage untuk akumulasi semua job1 128 128GB 2 3-00:00:00

atau

72:00:00

R biasa 128 240GB 0
R biasa di high-mem node
  • Tambahkan #SBATCH --nodelist=epyc001
 128 500GB 0
R versi MPI (RMPI)2 384 240GB2 0
Keterangan:
  1. Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
  2. RMPI mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
    • SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
    • Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
    • Info detail buka laman MPI ALELEON Supercomputer.
  • Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:
    • SLURM akan menahan job apabila:
      • ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
      • gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
    • Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu Open Terminal dan jalankan perintah:
$ sausage

Jcjoboption4.png

5

Menjalankan Job Komputasi

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Arti kolom Status, pantau perubahan dengan refresh halaman web
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Langkah melihat status job ketika queue
Buka Jobs > Active Jobs pada dashboard EFIRO.
  • Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini
Halaman Active Jobs. Ubah opsi Your jobs untuk melihat status job user saja. Klik simbol > untuk melihat status job pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
Menghentikan Job Komputasi

Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop.

Stop.png

6A
Melihat Output Komputasi

User dapat melihat output file komputasi pada kolom Folder Contents

  • Atau dengan membuka Edit Files
Kolom Folder Contents.
6B Tips: Apabila program R gagal berjalan karena ada package R yang belum terinstal:
  • File output dari SBATCH error dapat merekap package R apa saja yang belum terinstal.
  • Berdasarkan info tersebut, lakukan instalasi package R.
6C User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama dengan mengklik kembali tombol Submit.

Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email

SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:

#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user> 
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL

SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:

  • BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
  • END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
  • FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
  • TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
  • TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.

Menjalankan R dengan Sesi Interaktif Jupyter

Terdapat 2 langkah untuk menjalankan R melalui sesi interaktif Jupyter yaitu:

  1. Melakukan instalasi package IRKernel ketika pertama kali menggunakan Jupyter untuk R.
  2. Memulai sesi interaktif Jupyter Notebook atau Lab pada web EFIRO.

---

Instalasi Package IRkernel pertama kali

Berikut adalah langkah untuk instalasi package IRKernel (klik expand atau kembangkan):

Langkah instalasi package IRkernel R untuk masing-masing user
0 Instalasi package dilakukan melalui terminal.
  • Bagi user yang login ke web EFIRO, buka menu Clusters > Aleleon Shell Access.

Shellaccess.png

1 Aktifkan R dengan memuat modul versi R yang akan digunakan.
Versi Perintah Terminal
4.3.0 $ module load R/4.3.0-GCC11.3-MKL
2 Aktifkan modul Anaconda terbaru: 
$ module load Anaconda3
2 Jalankan R dan lakukan instalasi package dengan format perintah standar: 
$ R 
> install.packages('IRkernel')
> IRkernel::installspec()
> q()
3 Buat file R profile di direktori HOME user: 
$ cd
$ touch ~/.Rprofile
$ echo "options(bitmapType='cairo')" >> ~/.Rprofile

---

Memulai Sesi Jupyter

Berikut adalah langkah untuk memulai sesi Jupyter dengan kernel R:

Langkah Memulai Sesi Interaktif Jupyter

Efirojupyterlab.png

0
Login Web EFIRO
1 Buka menu Interactive Apps
  • Silahkan pilih Jupyter Notebook atau Lab sesuai referensi pribadi user.

Efirojupyternotebooklab.png

2

Mengisi Formulir Sesi Interaktif Jupyter

Isi formulir untuk memulai sesi Jupyter dengan panduan berikut:

Panduan Formulir Menggunakan Torti (Interactive Node CPU)
  • Partition -> torti
  • Number of CPU Cores -> Min: 1, maks: 32
  • Number of GPUs -> kosongkan
  • Number of hours (Durasi sesi interaktif) -> Min: 1, maks: 72
  • Anaconda Selection -> Pilih versi terbaru
  • Conda Environment Directory -> kosongkan
  • Software Modules
    • Isi dengan versi R yang akan digunakan
Versi Nama software modules
4.3.0 R/4.3.0-GCC11.3-MKL
  • Environment Setup -> kosongkan
  • Email Address
    • Sistem mengirim notifikasi ke email user ketika sesi Jupyter siap diakses.
    • Apabila butuh, isi dengan email user
Perhatian: Sesi Jupyter tidak akan berjalan apabila:
  • Number of CPU cores * Number of Hour lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
  • Number of GPUs * Number of Hour lebih besar dari sisa GPU Hour user.

Cek sisa Kredit Core Hour user dengan langkah:

  • Buka Clusters > Aleleon Shell Access pada dasboard EFIRO.
  • Jalankan perintah:
$ sausage

Shellaccess.png

4

Memulai Sesi Interaktif Jupyter

Apabila formulir sudah terisi, klik tombol Launch untuk memulai sesi Jupyter.

  • User akan diarahkan ke halaman My Interactive Sessions.
  • Tunggu hingga sesi Jupyter siap diakses.
Status sesi Jupyter mengantri menunggu alokasi hardware
5 Apabila status menunjukkan Running atau kolom berwarna hijau, klik Connect to Jupyter.
  • Sistem mulai menghitung Core Hour saat status sesi Jupyter menunjukkan running.
Sesi Jupyter siap diakses.
6 Pilih Notebook R untuk memulai sesi notebook R baik di Jupyter Notebook dan Lab.
Gunakan Notebook R untuk menjalankan kernel R di Jupyter Notebook
Gunakan Notebook R untuk menjalankan kernel R di Jupyter Lab
7A

Mengakses Kembali Sesi Interaktif Jupyter yang Berjalan

User dapat mengunjungi sesi Jupyter yang sedang berjalan di My Interactive Sessions

Interactivesession.png

7B

Menghentikan Sesi Interaktif Jupyter

User dapat menghentikan sesi Jupyter yang sedang berjalan dengan klik tombol Delete
Klik tombol Delete untuk menghentikan sesi Jupyter yang sedang berjalan

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi R, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com

Kontributor

EFISON mengucapkan terima kasih kepada para kontributor untuk pengujian R di ALELEON Supercomputer yang kemudian menjadi dasar penulisan tutorial di halaman ini:

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=R&oldid=1306"