Submit Script ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(→‎Menulis SBATCH: mengganti judul)
(→‎Parameter SBATCH esensial: melengkapi penjelasan SBATCH)
Baris 1: Baris 1:
{| class="wikitable"
|+
|'''Halaman ini menjadi suplemen untuk konten:'''
* [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#3_-_Menjalankan_Komputasi_ke_Compute_Node_via_SLURM '''Penggunaan terminal - menjalankan komputasi ke Compute Node via SLURM''']
* [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#3_-_Menjalankan_Komputasi_ke_Compute_Node_via_Job_Composer '''Penggunaan EFIRO - menjalankan komputasi ke Compute Node via Job Composer''']
|}
Halaman ini menjelaskan panduan memahami, membuat, dan mengisi '''SLURM Submit Script''' (atau disingkat Submit Script) yang merupakan 'formulir' untuk menjalankan komputasi ke Compute Node menggunakan sistem manajemen SLURM.   
Halaman ini menjelaskan panduan memahami, membuat, dan mengisi '''SLURM Submit Script''' (atau disingkat Submit Script) yang merupakan 'formulir' untuk menjalankan komputasi ke Compute Node menggunakan sistem manajemen SLURM.   


Baris 22: Baris 16:


=== Format Penulisan SBATCH ===
=== Format Penulisan SBATCH ===
SBATCH ditulis dengan contoh format berikut: <syntaxhighlight lang="bash">
SBATCH ditulis dengan format <code>'''#SBATCH --<nama-parameter>=<nilai>'''</code> sesuai contoh berikut: <syntaxhighlight lang="bash">
# Contoh penulisan SBATCH yang benar
# --- Contoh penulisan SBATCH yang benar
#SBATCH --ntasks=32
#SBATCH --ntasks=32
#SBATCH --mem=64GB
#SBATCH --mem=64GB
Baris 30: Baris 24:
#SBATCH --error=error-%j.txt
#SBATCH --error=error-%j.txt


# Contoh penulisan SBATCH yang salah
# --- Contoh penulisan SBATCH yang salah
# Yaitu ada spasi sebelum dan sesudah =
#SBATCH --ntasks = 32
#SBATCH --ntasks = 32
#SBATCH --mem= 64GB  
#SBATCH --mem= 64GB  
</syntaxhighlight>'''''Keterangan:'''''
#SBATCH --mem = 64 GB
 
</syntaxhighlight>
* Penulisan disambung antara nama parameter SBATCH. simbol =, dan nilai SBATCH
 
=== #SBATCH --partition ===
=== #SBATCH --partition ===
Menentukan partisi Compute Node yang akan digunakan untuk menjalankan job komputasi user. ALELEON Supercomputer mempunyai 2 partisi Compute Node:  
Menentukan jenis partisi (Compute Node) untuk menjalankan job komputasi user. ALELEON Supercomputer mempunyai 2 partisi Compute Node:  
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Partisi Compute Node
!Partisi Compute Node
!Menulis SBATCH
!Menulis SBATCH
|-
|-
|epyc (Compute Node CPU)
|'''epyc''' (Compute Node CPU)
|Merupakan partisi default
|Merupakan partisi default


* user tidak perlu menulis SBATCH parameter untuk epyc
* user tidak perlu menulis SBATCH parameter untuk epyc
|-
|-
|ampere (Compute Node GPU)
|'''ampere''' (Compute Node GPU)
|<code>#SBATCH --partition=ampere</code>
|<code>#SBATCH --partition=ampere</code>
|}
|}


=== #SBATCH --ntasks ===
=== #SBATCH --ntasks, --mem, dan --gpus ===
Menentukan jumlah '''core CPU''' untuk menjalankan job komputasi user. ALELEON Supercomputer mengaktifkan ''SMT (Simultaneous Multithreading)'' pada semua CPU sehingga ntasks mendefinisikan jumlah core thread CPU. Berikut adalah jumlah maksimal ntasks pada ALELEON Supercomputer:
ntasks, mem, dan gpus adalah parameter SBATCH utama untuk menentukan alokasi komputasi.
 
* '''ntasks''' -> alokasi jumlah '''core CPU.''' ALELEON Supercomputer mengaktifkan ''SMT (Simultaneous Multithreading)'' pada semua CPU sehingga ntasks mendefinisikan jumlah core thread CPU.
* '''mem''' -> alokasi jumlah '''memori RAM'''. Ditulis dengan satuan memori GB (Gigabyte).
* '''gpus''' -> alokasi jumlah '''GPU'''.
 
Berikut adalah panduan nilai maksimal masing-masing parameter untuk beberapa skenario penggunaan.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Skenario Penggunaan
! rowspan="2" |Skenario Penggunaan
!Nilai maksimal ntasks
! colspan="3" |Nilai maksimal
|-
!ntasks (CPU)
!mem (RAM)
!gpus (GPU)
|-
|-
|Fair policy usage<sup>''1''</sup>
|Akumulasi ''concurrent'' job fair policy usage<sup>''1''</sup>  
|128
|128
|128GB
|2
|-
|-
|Komputasi non-MPI di Partisi epyc (CPU)''<sup>2 4</sup>''
|Job non-MPI di epyc (Compute Node CPU)''<sup>2</sup>''  
|128
|128
|240GB
|0
|-
|-
|Komputasi MPI di Partisi epyc (CPU)<sup>''3 4''</sup>
|Job MPI di epyc (Compute Node CPU)<sup>''3''</sup>  
|384
|384
|240GB
|0
|-
|Semua jenis job di high-mem node epyc''<sup>4</sup>''
|128
|500GB
|0
|-
|-
|Komputasi MPI dan non-MPI di Partisi ampere (GPU)
|Semua jenis job di ampere (Compute Node GPU)''<sup>5</sup>''
|32
|32
|120GB
|2
|-
|-
| colspan="2" |'''''Keterangan:'''''  
| colspan="4" |''Tim admin dapat membantu user untuk membedakan program MPI dan non-MPI.''
# Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
* ''Daftar [[Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan|'''software komputasi ALELEON''']] memberikan indikator program MPI atau non-MPI.''
* ''Dapat pula menghubungi admin untuk diskusi melalui email '''support@efisonlt.com'''.''
|}
'''''Keterangan:'''''
# Limitasi '''fair policy usage''' untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
#* User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi apabila job membutuhkan alokasi lebih.
#* User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi apabila job membutuhkan alokasi lebih.
#* Info lebih detail lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
#* Info lebih detail lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
# Program komputasi non-MPI hanya dapat berjalan satu node dimana mempunyai 128 core thread CPU.
# Program non-MPI hanya dapat berjalan satu node (maks 128 core di epyc dan 32 core di ampere).
# Program komputasi MPI mendukung komputasi paralel untuk berjalan ''multi-node''.
# Program MPI dapat berjalan ''multi-node (parallel computing)'' pada Partisi epyc yaitu lebih dari 128 core.
#* Untuk menjalankan ntasks lebih dari 128, lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']]
#* Saat menjalankan job multi-node, SBATCH mem mengalokasikan memori RAM per node.
# Tim admin dapat membantu user untuk membedakan program komputasi MPI dan non-MPI.
#* Info lebih detail lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']]
#* Daftar [[Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan|'''software komputasi ALELEON Supercomputer''']] memberikan indikator  program MPI atau non-MPI.
#Partisi epyc mempunyai satu node dengan jumlah memori 500GB yaitu epyc001.
|}
##Tambahkan parameter '''<code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>'''
 
#Jangan lupa untuk menggunakan compute node GPU, tambahkan parameter '''<code>#SBATCH --partition=ampere</code>'''
=== #SBATCH --gpus ===
coming soon
 
=== #SBATCH --mem ===
coming soon
 
=== #SBATCH --time ===
=== #SBATCH --time ===
coming soon
Alokasi waktu maksimal untuk menjalankan job. Ditulis dengan format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS. ALELEON Supercomputer mengizinkan time maksimal 3 hari per job (72:00:00 atau 3-00:00:00).


=== #SBATCH --error ===
* SLURM akan menghentikan job apabila berjalan melebihi time yang dialokasikan,
coming soon
* SLURM juga dapat menghitung penggunaan Core Hour maksimal job berdasarkan time dan ntasks yang dialokasikan user. SLURM akan menahan job (status PENDING) apabila ntasks * time yang dialokasikan lebih besar dari sisa Core Hour user.


=== #SBATCH --output ===
=== #SBATCH --output ===
coming soon
SBATCH output membuat file untuk merekap output terminal jalannya program. User mendefinisikan nama dan format file.
{| class="mw-collapsible mw-collapsed"
!SBATCH
!Penjelasan
|-
| rowspan="2" |'''nodes'''
|'''Alokasi jumlah Compute Node CPU yang digunakan.'''
|-
|'''<code>#SBATCH --nodes=<''jumlah-compute-node''></code>'''
* Contoh mengalokasikan 1 node:
 
<code>#SBATCH --nodes='''1'''</code>
{| class="wikitable"
!Jumlah nodes maksimal
!3
|}
|-
| rowspan="3" |'''ntasks'''
|'''Alokasi jumlah core CPU yang digunakan.'''
|-
|'''<code>#SBATCH --ntasks=<''jumlah-core-CPU''></code>'''
* Contoh mengalokasikan 32 core CPU:
 
<code>#SBATCH --ntasks='''32'''</code>
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Jumlah ntasks maksimal
|-
|Per Compute Node atau nodes
|'''128'''
|-
|Semua Compute Node
|'''384'''
|}
|-
|'''Note:'''
*''ALELEON Supercomputer menyalakan SMT (Simultaneous Multithreading) pada semua CPU sehingga '''ntasks mengisi core thread CPU.'''''
*''Berdasarkan arsiktektur CPU AMD yang digunakan ALELEON Supercomputer, user direkomendasikan untuk memilih jumlah ntasks berdasarkan kelipatan 4, dimulai dari 1,2,4, kemudian naik kelipatan 4 menjadi 8, 12, 16, 20, 24, 28, 32, 36, 40, dan seterusnya.''
* ''Kredit CPU Core Hour (CCH) akan berkurang sejumlah ntasks yang didefinisikan user per jam-nya.''
|-
| colspan="2" |'''Apabila user ingin menjalankan komputasi paralel lebih dari 2 Compute Node (dengan program yang mendukung seperti MPI), silahkan lihat panduan tambahan:'''
* '''[[MPI ALELEON Supercomputer#MPI%20Satu%20Node%20vs%20Multi%20Node|Panduan menjalankan Program MPI Multi-Compute Node]].'''
|-
| rowspan="3" |'''mem'''
|'''Alokasi jumlah memori RAM yang digunakan. Admin merekomendasikan satuan MB atau GB.'''
|-
|'''<code>#SBATCH --mem=<''jumlah-memori''<nowiki>>MB|GB</nowiki></code>'''
* Contoh mengalokasikan memori RAM 32GB:
 
<code>#SBATCH --mem='''32GB'''</code>
 
* Contoh mengalokasikan memori RAM 7500MB:
 
<code>#SBATCH --mem='''7500MB'''</code>
{| class="wikitable"
!Jumlah mem maksimal
!240GB
|}
|-
|Partisi epyc mempunyai '''satu node spesial dengan kapasitas RAM hingga 500GB''' (dibandingkan standar 240GB). Apabila user membutuhkan RAM lebih dari 240GB, gunakan kombinasi SBATCH berikut:
'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''
#SBATCH --mem=<''maks-hingga-500GB''>
'''Note:'''
 
* ''Hanya untuk user yang benar-benar membutuhkan komputasi dengan RAM lebih dari 240GB!''
* ''Compute  epyc001 juga digunakan oleh user lainnya jadi bersiaplah untuk mengantri apabila alokasi epyc01 belum dapat memenuhi permintaan user dengan RAM lebih dari 240GB.''
|-
| rowspan="2" |'''time'''
|'''Alokasi limit waktu untuk menjalankan job. Apabila waktu jalannya program melebihi limit maka akan dihentikan (''kill'') secara otomatis oleh SLURM.'''
|-
|'''<code>#SBATCH --time=<''HH:MM:SS''></code>'''<code>atau '''#SBATCH --time=<''D-HH:MM:SS''>'''</code>
* Contoh mengalokasikan limit waktu 10 jam 30 menit:
 
<code>#SBATCH --time='''10:30:00'''</code>
 
* Contoh mengalokasikan limit waktu 2 hari:
 
<code>#SBATCH --time='''2-00:00:00'''</code>
{| class="wikitable"
!Jumlah time maksimal
!3-00:00:00 (3 hari)
|}
|-
| rowspan="2" |'''output'''
|'''Output textfile untuk merekap output terminal.''' User mendefinisikan nama dan format file.
* Terdapat pola penamaan dari SLURM yaitu %j untuk merekap nomor Job ID.
* Terdapat pola penamaan dari SLURM yaitu %j untuk merekap nomor Job ID.
* Format file dibebaskan (biasanya menggunakan .txt atau .out).
* Format file dibebaskan (biasanya menggunakan .txt atau .out).
|-
Kebanyakan template submit script pada wiki ini memberikan contoh penamaan <code>#SBATCH --output=result-%j.txt</code> dimana ketika job berjalan (contoh) dengan job-ID 670, maka nama file output menjadi '''result-670.txt'''.
|'''<code>#SBATCH --output=<''nama-file-output''>.<''format-file''></code>'''
 
*Contoh mendefinisikan file output dengan format txt bersama job-ID:
=== #SBATCH --error ===
<code>#SBATCH --output='''result-%j.txt'''</code>
SBATCH error membuat file untuk merekap output verbose program (status jalannya program dan error log ketika program gagal berjalan). File SBATCH error bermanfaat untuk melakukan ''troubleshooting'' ketika program gagal berjalan. Apabila membutuhkan support, admin biasanya akan meminta file output dari SBATCH error ini. Pola penamaan mengikuti SBATCH output di atas.
* Ketika job berjalan (contoh) dengan job-ID 670, maka nama file output menjadi '''result-670.txt'''.
|-
| rowspan="2" |'''error'''
|'''Output textfile untuk merekap output verbose (status jalannya program dan error log ketika program gagal berjalan).'''
* Bermanfaat untuk melakukan ''troubleshooting'' ketika program gagal berjalan. Apabila membutuhkan support, admin biasanya akan meminta file output dari SBATCH error ini.
* Pola penamaan mengikuti SBATCH output diatas.
|-
|'''<code>#SBATCH --error=<''nama-file-output''>.<''format-file''></code>'''
* Contoh mendefinisikan file error dengan format txt bersama job-ID:
<code>SBATCH --output='''error-%j.txt'''</code>
* Ketika job berjalan (contoh) dengan job-ID 670, maka nama file error menjadi '''error-670.txt'''.
|}


== '''SBATCH Notifikasi e-mail''' ==
=== '''SBATCH untuk notifikasi email SLURM''' ===
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user '''untuk mengabarkan apabila job user sudah berjalan atau selesai'''. SLURM ALELEON Supercomputer menggunakan nama email '''Jojo''' untuk mengirim notifikasi email. 
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada submit script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:  <syntaxhighlight lang="bash">
#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL
</syntaxhighlight>SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:


Silahkan tambahan SBATCH berikut apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM: 
* BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
#SBATCH --mail-user=<''alamat-email-user''>
* END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
#SBATCH --mail-type=begin
* FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
#SBATCH --mail-type=end
* TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
* TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.


* '''mail-user'''
=== SBATCH lainnya untuk job MPI ===
** Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
Dalam menjalankan job MPI, user dapat menggunakan parameter SBATCH yang lebih kompleks seperti <code>nodes</code> (alokasi jumlah node), <code>mem-per-cpu</code> (alokasi jumlah RAM per core CPU), <code>mem-per-gpu</code> (alokasi jumlah RAM per GPU). <code>cpus-per-task</code> (alokasi jumlah core per proses MPI untuk skenario hybrid MPI / OMP job), dan lain-lainnya. Info lebih detail lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']]
* '''mail-type=begin'''
** Notifikasi email yang menginfokan job sudah berjalan.
* '''mail-type=end'''
** Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
** Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari file output SBATCH output dan error job user.


== '''Memuat Software dengan module load''' ==
== '''Memuat Software dengan module load''' ==
Modul software pada SLURM Submit Script berfungsi supaya Compute Node dapat menjalankan software yang dibutuhkan oleh komputasi user. Masukkan line script berikut:
Perintah <code>module load</code> (bagian dari [[Module Environment|'''Module Environment''']] untuk memuat modul software) pada Submit Script berfungsi supaya Compute Node dapat menjalankan software yang dibutuhkan job user. <syntaxhighlight lang="bash">
'''module load <''nama-modul-software-yang-digunakan-untuk-komputasi-user''>'''
module load <nama-modul-software>
Tulis script module load tersebut sebelum menulis run script jalannya program.
</syntaxhighlight>'''''Keterangan:'''''  
* Daftar lengkap nama modul software dapat ditemukan pada [[Katalog Software ALELEON Supercomputer|'''Katalog Software ALELEON Supercomputer''']].


=== Daftar Template Submit Script ===
* Tulis <code>module load</code> sebelum menulis script alur jalannya program.
User dapat melihat daftar lengkap template Submit Script pada laman ini:


[[Berkas:Wiki-15.jpg|1000x1000px |link=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan |alt=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan]]
* Template Submit Script pada masing-masing tutorial software komputasi di laman [[Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan|'''Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan''']] dapat memandu memilih modul software yang tepat.
* Daftar modul software yang lengkap dirangkum pada laman [[Katalog Software ALELEON Supercomputer|'''Katalog Software ALELEON Supercomputer''']].

Revisi per 16 Oktober 2023 07.42

Halaman ini menjelaskan panduan memahami, membuat, dan mengisi SLURM Submit Script (atau disingkat Submit Script) yang merupakan 'formulir' untuk menjalankan komputasi ke Compute Node menggunakan sistem manajemen SLURM.

Struktur Submit Script

Submit Script mempunyai 4 bagian utama:

  1. Header #!/bin/bash (karena script ini ditulis dengan bahasa bash)
  2. Parameter SBATCH untuk mengalokasikan resources job seperti CPU, RAM, GPU, time, dll.
    • Pada penggunaan superkomputer, user menentukan sendiri jumlah alokasi komputasi (CPU, RAM, GPU, time limit) yang akan dipakai untuk menjalankan komputasi asalkan tidak melebihi kapasitas Compute Node ALELEON Supercomputer.
  3. Apabila membutuhkan, memuat modul software tertentu untuk menjalankan komputasi user dengan Module Environment
  4. Alur perintah menjalankan program user.
Struktur SLURM Submit Script

Parameter SBATCH esensial

Parameter SBATCH berfungsi untuk mengatur alokasi komputasi (CPU, RAM, GPU, time limit) dan output program. SLURM mempunyai ratusan opsi untuk parameter SBATCH dimana pada tutorial ini kami memberikan daftar SBATCH yang esensial untuk menjalankan komputasi di ALELEON Supercomputer.

Format Penulisan SBATCH

SBATCH ditulis dengan format #SBATCH --<nama-parameter>=<nilai> sesuai contoh berikut: 

# --- Contoh penulisan SBATCH yang benar
#SBATCH --ntasks=32
#SBATCH --mem=64GB
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --output=result-%j.txt
#SBATCH --error=error-%j.txt

# --- Contoh penulisan SBATCH yang salah
#SBATCH --ntasks = 32
#SBATCH --mem= 64GB 
#SBATCH --mem = 64 GB

#SBATCH --partition

Menentukan jenis partisi (Compute Node) untuk menjalankan job komputasi user. ALELEON Supercomputer mempunyai 2 partisi Compute Node:

Partisi Compute Node Menulis SBATCH
epyc (Compute Node CPU) Merupakan partisi default
  • user tidak perlu menulis SBATCH parameter untuk epyc
ampere (Compute Node GPU) #SBATCH --partition=ampere

#SBATCH --ntasks, --mem, dan --gpus

ntasks, mem, dan gpus adalah parameter SBATCH utama untuk menentukan alokasi komputasi.

  • ntasks -> alokasi jumlah core CPU. ALELEON Supercomputer mengaktifkan SMT (Simultaneous Multithreading) pada semua CPU sehingga ntasks mendefinisikan jumlah core thread CPU.
  • mem -> alokasi jumlah memori RAM. Ditulis dengan satuan memori GB (Gigabyte).
  • gpus -> alokasi jumlah GPU.

Berikut adalah panduan nilai maksimal masing-masing parameter untuk beberapa skenario penggunaan.

Skenario Penggunaan Nilai maksimal
ntasks (CPU) mem (RAM) gpus (GPU)
Akumulasi concurrent job fair policy usage1 128 128GB 2
Job non-MPI di epyc (Compute Node CPU)2 128 240GB 0
Job MPI di epyc (Compute Node CPU)3 384 240GB 0
Semua jenis job di high-mem node epyc4 128 500GB 0
Semua jenis job di ampere (Compute Node GPU)5 32 120GB 2
Tim admin dapat membantu user untuk membedakan program MPI dan non-MPI.
  • Daftar software komputasi ALELEON memberikan indikator program MPI atau non-MPI.
  • Dapat pula menghubungi admin untuk diskusi melalui email support@efisonlt.com.

Keterangan:

  1. Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
  2. Program non-MPI hanya dapat berjalan satu node (maks 128 core di epyc dan 32 core di ampere).
  3. Program MPI dapat berjalan multi-node (parallel computing) pada Partisi epyc yaitu lebih dari 128 core.
    • Saat menjalankan job multi-node, SBATCH mem mengalokasikan memori RAM per node.
    • Info lebih detail lihat laman MPI ALELEON Supercomputer
  4. Partisi epyc mempunyai satu node dengan jumlah memori 500GB yaitu epyc001.
    1. Tambahkan parameter #SBATCH --nodelist=epyc001
  5. Jangan lupa untuk menggunakan compute node GPU, tambahkan parameter #SBATCH --partition=ampere

#SBATCH --time

Alokasi waktu maksimal untuk menjalankan job. Ditulis dengan format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS. ALELEON Supercomputer mengizinkan time maksimal 3 hari per job (72:00:00 atau 3-00:00:00).

  • SLURM akan menghentikan job apabila berjalan melebihi time yang dialokasikan,
  • SLURM juga dapat menghitung penggunaan Core Hour maksimal job berdasarkan time dan ntasks yang dialokasikan user. SLURM akan menahan job (status PENDING) apabila ntasks * time yang dialokasikan lebih besar dari sisa Core Hour user.

#SBATCH --output

SBATCH output membuat file untuk merekap output terminal jalannya program. User mendefinisikan nama dan format file.

  • Terdapat pola penamaan dari SLURM yaitu %j untuk merekap nomor Job ID.
  • Format file dibebaskan (biasanya menggunakan .txt atau .out).

Kebanyakan template submit script pada wiki ini memberikan contoh penamaan #SBATCH --output=result-%j.txt dimana ketika job berjalan (contoh) dengan job-ID 670, maka nama file output menjadi result-670.txt.

#SBATCH --error

SBATCH error membuat file untuk merekap output verbose program (status jalannya program dan error log ketika program gagal berjalan). File SBATCH error bermanfaat untuk melakukan troubleshooting ketika program gagal berjalan. Apabila membutuhkan support, admin biasanya akan meminta file output dari SBATCH error ini. Pola penamaan mengikuti SBATCH output di atas.

SBATCH untuk notifikasi email SLURM

SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada submit script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM: 

#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user> 
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL

SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:

  • BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
  • END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
  • FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
  • TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
  • TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.

SBATCH lainnya untuk job MPI

Dalam menjalankan job MPI, user dapat menggunakan parameter SBATCH yang lebih kompleks seperti nodes (alokasi jumlah node), mem-per-cpu (alokasi jumlah RAM per core CPU), mem-per-gpu (alokasi jumlah RAM per GPU). cpus-per-task (alokasi jumlah core per proses MPI untuk skenario hybrid MPI / OMP job), dan lain-lainnya. Info lebih detail lihat laman MPI ALELEON Supercomputer

Memuat Software dengan module load

Perintah module load (bagian dari Module Environment untuk memuat modul software) pada Submit Script berfungsi supaya Compute Node dapat menjalankan software yang dibutuhkan job user. 

module load <nama-modul-software>

Keterangan:

  • Tulis module load sebelum menulis script alur jalannya program.
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Submit_Script_ALELEON_Supercomputer&oldid=1179"