Tutorial Menggunakan ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(→‎2. Mempersiapkan file program yang akan dijalankan: menjelaskan opsi via bullet points)
(paraphrasing)
Baris 1: Baris 1:
Halaman ini merangkum urutan tutorial penggunaan dan semua informasi teknis untuk menggunakan ALELEON Supercomputer.  
Halaman ini merangkum urutan tutorial penggunaan dan semua informasi teknis untuk menggunakan ALELEON Supercomputer.  
== '''Mengenalkan EFIRO OnDemand''' ==
== '''Mengenalkan EFIRO OnDemand''' ==
EFIRO OnDemand atau disingkat '''EFIRO''' adalah konsol tampilan grafis (GUI) untuk menggunakan ALELEON Supercomputer yang dapat diakses melalui web browser. EFIRO dapat menjalankan fungsi esensial dalam menggunakan superkomputer dimulai dari manajemen data hingga menjalankan komputasi (job submission) pada ALELEON Supercomputer.
EFIRO OnDemand atau disingkat '''EFIRO''' adalah konsol tampilan grafis (GUI) untuk menggunakan ALELEON Supercomputer yang dapat diakses melalui web browser.  
[[Berkas:Efirodashboard.png|nir|jmpl|700x700px|'''Tampilan dashboard EFIRO''' |al=]]
[[Berkas:Efirodashboard.png|nir|jmpl|700x700px|'''Tampilan dashboard EFIRO''' |al=]]
|
---


=== ''Doing the old way?'' Login SSH dan Terminal Linux '''ALELEON Supercomputer''' ===
=== ''Doing the old way?'' Login SSH dan Terminal Linux '''ALELEON Supercomputer''' ===
Baris 12: Baris 12:


== '''2 - Login''' '''EFIRO''' ==
== '''2 - Login''' '''EFIRO''' ==
User mengakses EFIRO melalui alamat:  
Setelah terhubung ke VPN, user dapat mengakses EFIRO melalui alamat:  
  '''http://efisonlt.ood'''
  '''http://efisonlt.ood'''
Kemudian masukkan '''username dan password user''' '''ALELEON Supercomputer'''.
Kemudian masukkan '''username dan password user''' '''ALELEON Supercomputer'''.
Baris 20: Baris 20:


[[Berkas:Efiromenubarbig.png|al=|1056x1056px]]
[[Berkas:Efiromenubarbig.png|al=|1056x1056px]]
[[Berkas:Efiroftp2edit.png|al=|nir|jmpl|700x700px|'''Halaman Files > Home Directory menampilkan isi direktori HOME user. User dapat melakukan manajemen file melalui deretan menu di bagian atas. User juga dapat membuka direktori ini melalui tampilan terminal via menu "Open in terminal".''']]
[[Berkas:Efiroftp3.png|al=|nir|jmpl|700x700px|'''Halaman Files > Home Directory: menampilkan isi direktori HOME user. User dapat melakukan manajemen file melalui deretan menu di bagian atas. User juga dapat membuka direktori ini melalui tampilan terminal via menu "Open in terminal".''']]
[[Berkas:Efiroactivejobs.png|nir|jmpl|700x700px|'''Halaman Jobs > Active Jobs menampilkan daftar job komputasi beserta statusnya yang sedang berjalan di ALELEON Supercomputer.''' |al=]]
[[Berkas:Efiroqueueedit.png|al=|nir|jmpl|700x700px|'''Halaman Jobs > Active Jobs: menampilkan daftar job komputasi beserta statusnya yang sedang berjalan di ALELEON Supercomputer.''']]
[[Berkas:Efiroshell.png|nir|jmpl|500x500px|'''Halaman Clusters > Aleleon Shell Access menampilkan terminal Linux (shell) ALELEON Supercomputer, ''talk about the legacy way to access supercomputer!''''' |al=]]
[[Berkas:Efiroshell.png|nir|jmpl|500x500px|'''Halaman Clusters > Aleleon Shell Access menampilkan terminal Linux (shell) ALELEON Supercomputer, ''talk about the legacy way to access supercomputer!''''' |al=]]


=='''4 - Job Composer: Menjalankan Komputasi (''Job Submission'') di ALELEON Supercomputer'''==
=='''4 - Job Composer: Menjalankan Komputasi (''Job Submission'') di ALELEON Supercomputer'''==
[[Berkas:Efirojobcomposer2.png|nir|jmpl|700x700px|'''Halaman Jobs > Job Composer adalah tempat bagi user untuk menjalankan komputasi di ALELEON Supercomputer.'''|al=]]
[[Berkas:Efirojobcomposer2.png|al=|nirbing|700x700px]]
Halaman Jobs > '''Job Composer''' adalah tempat bagi user untuk membuat dan menjalankan komputasi (disebut sebagai '''<nowiki/>'job'''') di Compute Node ALELEON Supercomputer. Berikut adalah langkah-langkah untuk menggunakan Job Composer:


Halaman Jobs > '''Job Composer''' adalah tempat bagi user untuk membuat dan menjalankan komputasi di ALELEON Supercomputer. Job yang dibuat melalui Job Composer akan dijalankan pada Compute Node. Berikut adalah langkah-langkah untuk menggunakan Job Composer:
---
 
|


=== 1. Membuat job baru dan memilih template job ===
=== 1. Membuat job baru dan memilih template job ===
User membuat job baru melalui menu '''New Job''' yang pada dasarnya Job Composer menyiapkan folder dan template untuk menjalankan program user.
User membuat job baru melalui menu '''New Job''' yang pada dasarnya Job Composer menyiapkan ruang dan template untuk menjalankan program user.
[[Berkas:Jcnewjob.png|nir|jmpl|250x250px|'''Menu New Job''']]Pilihan New Job yang direkomendasikan:  
[[Berkas:Jcnewjob.png|nir|jmpl|250x250px|'''Menu New Job''']]Pilihan New Job yang direkomendasikan:  


* '''From Default Template'''
* '''From Default Template'''
** Template job secara umum di mana user harus menulis sendiri perintah untuk menjalankan program komputasi user.
** Template job default yang dapat digunakan untuk menjalankan job apapun di mana user menulis sendiri perintah jalannya program.
* '''From Template'''
* '''From Template'''
** Tersedia template yang dibuat oleh EFISON untuk menjalankan job software komputasi tertentu seperti GROMACS, QE, NAMD, R, dll.
** Tersedia template yang dibuat oleh EFISON untuk menjalankan job software komputasi tertentu seperti GROMACS, QE, NAMD, R, dll dan skenario tertentu seperti MPI, Hybrid MPI/OMP. BLAS, dll.
** User juga dapat membuat template job sendiri.
** User juga dapat membuat template job sendiri.
** User dapat menyampaikan permintaan kepada admin EFISON untuk pembuatan template tertentu.
** User dapat menyampaikan permintaan kepada admin EFISON untuk pembuatan template tertentu.


|
---


==== Opsi From Template ====
==== Opsi From Template ====
Apabila user memilih opsi '''From Template,''' langkah berikutnya adalah memilih template yang akan digunakan dan (disarankan) mengisi kolom '''Job Name,''' setelah itu klik '''Create New Job'''.
Apabila user memilih opsi '''From Template,''' langkah berikutnya adalah memilih template yang akan digunakan dan isi kolom '''Job Name''' untuk kerapian manajemen job user''',''' setelah itu klik '''Create New Job'''.
[[Berkas:Jcselecttemplate.png|nir|jmpl|700x700px|'''Memilih job template'''|al=]]
[[Berkas:Jcselecttemplate2.png|al=|nir|jmpl|700x700px|'''Memilih job template''']]
|
Kemudian user akan kembali ke Halaman Jobs dan melihat ruang untuk job yang barusan dibuat telah terbentuk:[[Berkas:Jcjobswall.png|nir|jmpl|600x600px|'''Ruang untuk job user yang telah dibuat yang siap untuk digunakan.''']]---
 
Kemudian user akan kembali ke Halaman Jobs dan melihat ruang untuk job yang barusan dibuat telah terbentuk.
[[Berkas:Jcjobswall.png|nir|jmpl|600x600px|'''Ruang untuk job user yang siap digunakan.''']]|


=== 2. Mempersiapkan file program yang akan dijalankan ===
=== 2. Mempersiapkan file program yang akan dijalankan ===
Baris 56: Baris 52:


*'''Edit Files'''
*'''Edit Files'''
** User dapat melakukan manajemen file seperti upload, download, editing, rename, dll.
** Membuka halaman manajemen file untuk ruang job yang dipilih.
** User dapat melakukan manajemen file seperti upload, download, editing file script, rename, dll.
* '''Open Terminal'''
* '''Open Terminal'''
** Membuka direktori job melalui terminal
** Membuka ruang job melalui terminal
** Dapat melakukan kebutuhan yang membutuhkan kegiatan di terminal seperti compiling.
** Dapat melakukan kebutuhan yang membutuhkan terminal seperti compiling.
[[Berkas:Jcupload.png|nir|jmpl|700x700px|'''Menu Edit Files untuk melakukan manajemen file pada job yang akan dipilih.''']]
[[Berkas:Jcjoboption.png|al=|nir|jmpl|700x700px|'''Opsi mempersiapkan file untuk menjalankan job.''']]
[[Berkas:Jcfilemanagement.png|nir|jmpl|700x700px|'''Disini user dapat melakukan manajemen file seperti upload, download, melihat file, dan mengoreksi script file apabila terdapat kesalahan atau perubahan.''']]
[[Berkas:Jcfilemanagement.png|nir|jmpl|700x700px|Opsi Edit Files membuka halaman manajemen job di mana user dapat melakukan upload dan editing file.]]
Semua file untuk job sudah siap? Berikutnya user kembali ke tab halaman Jobs.
Semua file untuk job sudah siap? Berikutnya user kembali ke tab halaman Jobs.


|
---


=== 3. Mengisi (SLURM) Submit Script ===
=== 3. Mengisi (SLURM) Submit Script ===
Langkah berikutnya adalah mengisi '''Submit Script''' (terletak di kanan bawah halaman Jobs). Submit Script adalah bash script yang '''memerintahkan program manajemen superkomputer untuk mengantarkan job komputasi user ke Compute Node, mengalokasikan resources komputasi (CPU, RAM, GPU, dll), menjalankan job, dan mengatur antrian job.'''  
Langkah berikutnya adalah mengisi '''Submit Script''' (terletak di kanan bawah halaman Jobs). Submit Script adalah bash script yang '''memerintahkan program manajemen superkomputer untuk mengantarkan job komputasi user ke Compute Node, mengalokasikan resources komputasi (CPU, RAM, GPU, dll), menjalankan job, dan mengatur antrian job.'''  
[[Berkas:Jcsubmits.png|nir|jmpl|400x400px|'''Submit SLURM Script''' ]]
[[Berkas:Jcsubmits.png|nir|jmpl|400x400px|'''Submit Script''' ]]
[[Berkas:Slurm.jpg|nir|jmpl|400x400px|'''ALELEON Supercomputer menggunakan manajemen SLURM yang artinya user akan mengisi Submit Script berdasarkan perintah SLURM.'''|al=]]|
[[Berkas:Slurm.jpg|nir|jmpl|400x400px|'''ALELEON Supercomputer menggunakan manajemen SLURM yang artinya user akan mengisi Submit Script berdasarkan perintah SLURM.'''|al=]]User dapat menulis atau mengubah Submit Script yang telah disediakan melalui menu Open Editor.[[Berkas:Jceditor.png|nir|jmpl|500x500px|'''Gunakan menu Open Editor untuk menulis / mengedit Submit Script,''']]
 
User dapat menulis atau mengubah Submit Script yang telah disediakan melalui menu Open Editor.[[Berkas:Jceditor.png|nir|jmpl|500x500px|'''Gunakan menu Open Editor untuk menulis / mengedit Submit Script,''']]
Admin EFISON memberikan instruksi pada template script untuk memandu menulis script atau mengisi parameter yang diperlukan.  
Admin EFISON memberikan instruksi pada template script untuk memandu menulis script atau mengisi parameter yang diperlukan.  


|
---


==== Mengedit SLURM Script ====
==== Mengedit SLURM Script ====
Baris 81: Baris 76:
[[Berkas:Wiki-14.jpg|1000x1000px|link=SLURM Script ALELEON Supercomputer |alt=SLURM Script ALELEON Supercomputer ]]  
[[Berkas:Wiki-14.jpg|1000x1000px|link=SLURM Script ALELEON Supercomputer |alt=SLURM Script ALELEON Supercomputer ]]  


|
---


==== Jangan Lupa Save Setelah Mengedit Submit Script! ====
==== Jangan Lupa Save Setelah Mengedit Submit Script! ====
Baris 87: Baris 82:


|
|
---


=== 4. Submit job dan memantau jalannya job ===
=== 4. Submit job dan memantau jalannya job ===
Baris 115: Baris 112:
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user atau server tiba-tiba mati.
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user atau server tiba-tiba mati.
|}
|}
Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop di sebelah tombol Submit.
Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit.


|
---


==== Melihat Hasil Job yang Selesai ====
==== Melihat Hasil Job yang Selesai ====
Apabila job sudah selesai berjalan, user dapat melihat hasil file yang dihasilkan melalui '''Edit Pages''' atau melihat secara cepat pada kolom '''Folder Contents'''.
Apabila job sudah selesai berjalan, user dapat melihat hasil file yang dihasilkan melalui '''Edit Pages''' atau melihat secara cepat pada kolom '''Folder Contents'''.
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|nir|jmpl|399x399px|'''User dapat melihat isi folder dari ruang job yang aktif pada Folder Contents.''']]
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|nir|jmpl|399x399px|'''User dapat melihat isi folder dari ruang job yang aktif pada Folder Contents.''']]
|
---


==== Submit Ulang Job ====
==== Submit Ulang Job ====
User dapat menjalankan ulang job yang sudah selesai dengan mengklik kembali tombol Submit.
User dapat menjalankan ulang job yang sudah selesai dengan mengklik kembali tombol Submit.

Revisi per 7 Februari 2022 04.51

Halaman ini merangkum urutan tutorial penggunaan dan semua informasi teknis untuk menggunakan ALELEON Supercomputer.

Mengenalkan EFIRO OnDemand

EFIRO OnDemand atau disingkat EFIRO adalah konsol tampilan grafis (GUI) untuk menggunakan ALELEON Supercomputer yang dapat diakses melalui web browser.

Tampilan dashboard EFIRO

---

Doing the old way? Login SSH dan Terminal Linux ALELEON Supercomputer

ALELEON Supercomputer tetap membuka akses login SSH untuk user yang memilih tampilan terminal Linux atau berpengalaman menggunakan superkomputer. EFISON menyediakan tutorial terpisah untuk menggunakan ALELEON Supercomputer melalui terminal.

1 - Koneksi VPN ALELEON Supercomputer

Langkah pertama untuk mengakses ALELEON Supercomputer adalah menghubungkan perangkat user ke koneksi VPN ALELEON Supercomputer demi keamanan jaringan dan data user selama mengakses ALELEON Supercomputer.

2 - Login EFIRO

Setelah terhubung ke VPN, user dapat mengakses EFIRO melalui alamat: 

http://efisonlt.ood

Kemudian masukkan username dan password user ALELEON Supercomputer.

3 - Selamat Datang di Dashboard EFIRO

Setelah login, user masuk ke dalam dashboard EFIRO yang menjadi central hub bagi user untuk menggunakan ALELEON Supercomputer.

Halaman Files > Home Directory: menampilkan isi direktori HOME user. User dapat melakukan manajemen file melalui deretan menu di bagian atas. User juga dapat membuka direktori ini melalui tampilan terminal via menu "Open in terminal".
Halaman Jobs > Active Jobs: menampilkan daftar job komputasi beserta statusnya yang sedang berjalan di ALELEON Supercomputer.
Halaman Clusters > Aleleon Shell Access menampilkan terminal Linux (shell) ALELEON Supercomputer, talk about the legacy way to access supercomputer!

4 - Job Composer: Menjalankan Komputasi (Job Submission) di ALELEON Supercomputer

Halaman Jobs > Job Composer adalah tempat bagi user untuk membuat dan menjalankan komputasi (disebut sebagai 'job') di Compute Node ALELEON Supercomputer. Berikut adalah langkah-langkah untuk menggunakan Job Composer:

---

1. Membuat job baru dan memilih template job

User membuat job baru melalui menu New Job yang pada dasarnya Job Composer menyiapkan ruang dan template untuk menjalankan program user.

Menu New Job

Pilihan New Job yang direkomendasikan:

  • From Default Template
    • Template job default yang dapat digunakan untuk menjalankan job apapun di mana user menulis sendiri perintah jalannya program.
  • From Template
    • Tersedia template yang dibuat oleh EFISON untuk menjalankan job software komputasi tertentu seperti GROMACS, QE, NAMD, R, dll dan skenario tertentu seperti MPI, Hybrid MPI/OMP. BLAS, dll.
    • User juga dapat membuat template job sendiri.
    • User dapat menyampaikan permintaan kepada admin EFISON untuk pembuatan template tertentu.

---

Opsi From Template

Apabila user memilih opsi From Template, langkah berikutnya adalah memilih template yang akan digunakan dan isi kolom Job Name untuk kerapian manajemen job user, setelah itu klik Create New Job.

Memilih job template

Kemudian user akan kembali ke Halaman Jobs dan melihat ruang untuk job yang barusan dibuat telah terbentuk:

Ruang untuk job user yang telah dibuat yang siap untuk digunakan.

---

2. Mempersiapkan file program yang akan dijalankan

Berikutnya user mempersiapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan program tersebut seperti file input, config, binary program. Tersedia dua opsi:

  • Edit Files
    • Membuka halaman manajemen file untuk ruang job yang dipilih.
    • User dapat melakukan manajemen file seperti upload, download, editing file script, rename, dll.
  • Open Terminal
    • Membuka ruang job melalui terminal
    • Dapat melakukan kebutuhan yang membutuhkan terminal seperti compiling.
Opsi mempersiapkan file untuk menjalankan job.
Opsi Edit Files membuka halaman manajemen job di mana user dapat melakukan upload dan editing file.

Semua file untuk job sudah siap? Berikutnya user kembali ke tab halaman Jobs.

---

3. Mengisi (SLURM) Submit Script

Langkah berikutnya adalah mengisi Submit Script (terletak di kanan bawah halaman Jobs). Submit Script adalah bash script yang memerintahkan program manajemen superkomputer untuk mengantarkan job komputasi user ke Compute Node, mengalokasikan resources komputasi (CPU, RAM, GPU, dll), menjalankan job, dan mengatur antrian job.

Submit Script
ALELEON Supercomputer menggunakan manajemen SLURM yang artinya user akan mengisi Submit Script berdasarkan perintah SLURM.

User dapat menulis atau mengubah Submit Script yang telah disediakan melalui menu Open Editor.

Gunakan menu Open Editor untuk menulis / mengedit Submit Script,

Admin EFISON memberikan instruksi pada template script untuk memandu menulis script atau mengisi parameter yang diperlukan.

---

Mengedit SLURM Script

Admin EFISON merangkum panduan lengkap untuk memahami dan mengedit SLURM Script pada laman berikut:

SLURM Script ALELEON Supercomputer

---

Jangan Lupa Save Setelah Mengedit Submit Script!

Jcsaveedit.png

|

---

4. Submit job dan memantau jalannya job

Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job tersebut dengan menekan tombol Submit.

Perhatikan kolom Status pada job tersebut. User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job. Berikut adalah daftar Status yang terjadi:

Status jalannya Job
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan
Running Job berjalan
Queue Job mengantri dan belum berjalan
Completed Job selesai berjalan
Failed Job berhenti di tengah berjalan.

Bisa karena di Stop atau Delete oleh user atau server tiba-tiba mati.

Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.

---

Melihat Hasil Job yang Selesai

Apabila job sudah selesai berjalan, user dapat melihat hasil file yang dihasilkan melalui Edit Pages atau melihat secara cepat pada kolom Folder Contents.

User dapat melihat isi folder dari ruang job yang aktif pada Folder Contents.

---

Submit Ulang Job

User dapat menjalankan ulang job yang sudah selesai dengan mengklik kembali tombol Submit.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Tutorial_Menggunakan_ALELEON_Supercomputer&oldid=481"